--- trunk/libf/dyn3d/gcm.f90	2010/12/21 15:45:48	37
+++ trunk/libf/dyn3d/gcm.f90	2012/04/20 14:58:43	61
@@ -2,51 +2,50 @@
 
   ! Authors: P. Le Van, L. Fairhead, F. Hourdin
   ! From "gcm.F", version 1.4, 2006/04/04 15:05:16
-  ! General circulation model of LMD
-  ! Avec coordonnées verticales hybrides, avec nouveaux opérateurs de
-  ! dissipation "*" (gradiv2, divgrad2, nxgraro2)
-  ! Possibilité de choisir le schéma pour l'advection de "q", en
-  ! modifiant "iadv" dans "traceur.def".
-  ! Pour Van-Leer plus vapeur d'eau saturée : iadv(1)=4
-  ! Pour Van-Leer : iadv=10
 
+  ! General circulation model of LMD. Avec coordonnée verticale
+  ! hybride, avec nouveaux opérateurs de dissipation "*" ("gradiv2",
+  ! "divgrad2", "nxgraro2"). Possibilité de choisir le schéma pour
+  ! l'advection de "q", en modifiant "iadv" dans "traceur.def".
+
+  USE calendar, only: ioconf_calendar
   use clesphys2, only: read_clesphys2
-  use com_io_dyn, only: histid, histvid, histaveid
-  use comconst, only: daysec, cpp, dtvr, g, rad, r, initialize
+  use comconst, only: daysec, cpp, dtvr, g, rad, r
   use comgeom, only: rlatu, aire_2d, cu_2d, cv_2d, rlonv
   use comgeomphy, only: airephy, cuphy, cvphy, rlatd, rlond
   use conf_gcm_m, only: day_step, iperiod, anneeref, dayref, iecri, iphysiq, &
-       nday, raz_date, periodav, conf_gcm
+       nday, raz_date, periodav, conf_gcm, iflag_phys
   use dimens_m, only: iim, jjm, llm, nqmx
   use dimphy, only: klon
   use dynetat0_m, only: dynetat0, day_ini
   use dynredem0_m, only: dynredem0
   use grid_change, only: dyn_phy, init_dyn_phy
+  use histclo_m, only: histclo
   use iniadvtrac_m, only: iniadvtrac
   use inidissip_m, only: inidissip
+  use inifilr_m, only: inifilr
   use inigeom_m, only: inigeom
   use initdynav_m, only: initdynav
   use inithist_m, only: inithist
-  USE calendar, only: ioconf_calendar
-  use histcom, only: histclo
+  use init_dynzon_m, only: init_dynzon
+  use jumble, only: new_unit
   use leapfrog_m, only: leapfrog
-  use logic, only: iflag_phys
-  use paramet_m, only: ip1jm, ip1jmp1
   use suphec_m, only: suphec
   use temps, only: day_ref, annee_ref, day_end, itau_dyn
   use tracstoke, only: istdyn, istphy
+  use unit_nml_m, only: unit_nml
+  use yoethf_m, only: yoethf
 
   IMPLICIT NONE
 
   REAL zdtvr ! time step for dynamics, in s
 
   ! Variables dynamiques :
-  REAL vcov(ip1jm, llm), ucov(ip1jmp1, llm) ! vents covariants
-  REAL teta(ip1jmp1, llm) ! température potentielle 
-  REAL q(ip1jmp1, llm, nqmx) ! champs advectés
-  REAL ps(ip1jmp1) ! pression au sol (Pa)
-
-  REAL masse(ip1jmp1, llm) ! masse d'air
+  REAL ucov(iim + 1, jjm + 1, llm), vcov(iim + 1, jjm, llm)  ! vent covariant
+  REAL teta(iim + 1, jjm + 1, llm) ! température potentielle 
+  REAL q(iim + 1, jjm + 1, llm, nqmx) ! champs advectés
+  REAL ps(iim + 1, jjm + 1) ! pression au sol (Pa)
+  REAL masse(iim + 1, jjm + 1, llm) ! masse d'air
   REAL phis(iim + 1, jjm + 1) ! géopotentiel au sol
 
   ! Variables pour le fichier histoire :
@@ -63,12 +62,14 @@
 
   !------------------------------------------------------------
 
+  call new_unit(unit_nml)
+  open(unit_nml, file="used_namelists", status="replace", action="write")
+
+  CALL conf_gcm
+
   print *, "Enter namelist 'main_nml'."
   read (unit=*, nml=main_nml)
-  write(unit=*, nml=main_nml)
-
-  ! Initialisations:
-  call initialize
+  write(unit_nml, nml=main_nml)
 
   ! Choix du calendrier :
   if (true_calendar) then
@@ -79,7 +80,6 @@
 
   ! Lecture des fichiers "gcm.def" ou "run.def" :
   call read_clesphys2
-  CALL conf_gcm
 
   ! Initialisation des traceurs
   ! Choix du schéma pour l'advection dans le fichier "traceur.def" ou via INCA
@@ -118,6 +118,7 @@
   ENDIF
 
   CALL iniconst 
+  close(unit_nml)
   CALL inigeom ! initialisation de la géometrie
   CALL inifilr ! initialisation du filtre
   CALL inidissip
@@ -146,6 +147,7 @@
 
      airephy = pack(aire_2d, dyn_phy)
      CALL suphec
+     call yoethf
   ENDIF
 
   ! Initialisation des entrées-sorties :
@@ -154,10 +156,11 @@
   print *, "day_end = ", day_end
 
   CALL dynredem0("restart.nc", day_end, phis)
-  CALL inithist(day_ref, annee_ref, zdtvr, nqmx, histid, histvid, &
-       t_ops = iecri * daysec, t_wrt = iecri * daysec)
-  CALL initdynav(day_ref, annee_ref, zdtvr, nqmx, histaveid, &
-       t_ops = iperiod * zdtvr, t_wrt = periodav * daysec)
+  CALL inithist(day_ref, annee_ref, zdtvr, nqmx, t_ops = iecri * daysec, &
+       t_wrt = iecri * daysec)
+  CALL initdynav(day_ref, annee_ref, zdtvr, nqmx, t_ops = iperiod * zdtvr, &
+       t_wrt = periodav * daysec)
+  call init_dynzon(dt_app = dtvr * iperiod)
 
   ! Choix des fréquences de stockage pour le hors-ligne :
   istdyn = day_step / 4 ! stockage toutes les 6 h = 1 jour / 4