--- trunk/libf/dyn3d/gcm.f90	2010/12/02 17:11:04	36
+++ trunk/libf/dyn3d/gcm.f90	2012/01/10 19:02:02	56
@@ -2,18 +2,16 @@
 
   ! Authors: P. Le Van, L. Fairhead, F. Hourdin
   ! From "gcm.F", version 1.4, 2006/04/04 15:05:16
-  ! General circulation model of LMD
-  ! Avec coordonnées verticales hybrides, avec nouveaux opérateurs de
-  ! dissipation "*" (gradiv2, divgrad2, nxgraro2)
-  ! Possibilité de choisir le schéma pour l'advection de "q", en
-  ! modifiant "iadv" dans "traceur.def".
-  ! Pour Van-Leer plus vapeur d'eau saturée : iadv(1)=4
-  ! Pour Van-Leer : iadv=10
+
+  ! General circulation model of LMD. Avec coordonnée verticale
+  ! hybride, avec nouveaux opérateurs de dissipation "*" ("gradiv2",
+  ! "divgrad2", "nxgraro2"). Possibilité de choisir le schéma pour
+  ! l'advection de "q", en modifiant "iadv" dans "traceur.def".
 
   use clesphys2, only: read_clesphys2
-  use com_io_dyn, only: histid, histvid, histaveid
-  use comconst, only: daysec, cpp, dtvr, g, rad, r, initialize
+  use comconst, only: daysec, cpp, dtvr, g, rad, r
   use comgeom, only: rlatu, aire_2d, cu_2d, cv_2d, rlonv
+  use comgeomphy, only: airephy, cuphy, cvphy, rlatd, rlond
   use conf_gcm_m, only: day_step, iperiod, anneeref, dayref, iecri, iphysiq, &
        nday, raz_date, periodav, conf_gcm
   use dimens_m, only: iim, jjm, llm, nqmx
@@ -23,6 +21,7 @@
   use grid_change, only: dyn_phy, init_dyn_phy
   use iniadvtrac_m, only: iniadvtrac
   use inidissip_m, only: inidissip
+  use inifilr_m, only: inifilr
   use inigeom_m, only: inigeom
   use initdynav_m, only: initdynav
   use inithist_m, only: inithist
@@ -30,21 +29,21 @@
   use histcom, only: histclo
   use leapfrog_m, only: leapfrog
   use logic, only: iflag_phys
-  use paramet_m, only: ip1jm, ip1jmp1
+  use suphec_m, only: suphec
   use temps, only: day_ref, annee_ref, day_end, itau_dyn
   use tracstoke, only: istdyn, istphy
+  use yoethf_m, only: yoethf
 
   IMPLICIT NONE
 
   REAL zdtvr ! time step for dynamics, in s
 
   ! Variables dynamiques :
-  REAL vcov(ip1jm, llm), ucov(ip1jmp1, llm) ! vents covariants
-  REAL teta(ip1jmp1, llm) ! température potentielle 
-  REAL q(ip1jmp1, llm, nqmx) ! champs advectés
-  REAL ps(ip1jmp1) ! pression au sol (Pa)
-
-  REAL masse(ip1jmp1, llm) ! masse d'air
+  REAL ucov(iim + 1, jjm + 1, llm), vcov(iim + 1, jjm, llm)  ! vent covariant
+  REAL teta(iim + 1, jjm + 1, llm) ! température potentielle 
+  REAL q(iim + 1, jjm + 1, llm, nqmx) ! champs advectés
+  REAL ps(iim + 1, jjm + 1) ! pression au sol (Pa)
+  REAL masse(iim + 1, jjm + 1, llm) ! masse d'air
   REAL phis(iim + 1, jjm + 1) ! géopotentiel au sol
 
   ! Variables pour le fichier histoire :
@@ -53,11 +52,6 @@
   ! Calendrier :
   LOGICAL:: true_calendar = .false. ! default value
 
-  ! Variables pour l'initialisation de la physique :
-  REAL zcufi(klon), zcvfi(klon) ! "cu" and "cv" values on the scalar grid
-  REAL latfi(klon), lonfi(klon)
-  REAL airefi(klon)
-
   logical mask_v(iim + 1, jjm) 
   ! (mask for points in the "v" grid, first index is for longitude,
   ! second index is for latitude)
@@ -70,9 +64,6 @@
   read (unit=*, nml=main_nml)
   write(unit=*, nml=main_nml)
 
-  ! Initialisations:
-  call initialize
-
   ! Choix du calendrier :
   if (true_calendar) then
      call ioconf_calendar('gregorian')
@@ -128,28 +119,28 @@
 
   ! Initialisation de la physique :
   IF (iflag_phys == 1) THEN
-     latfi(1)=rlatu(1)
-     latfi(2:klon-1) = pack(spread(rlatu(2:jjm), 1, iim), .true.)
-     latfi(klon)= rlatu(jjm + 1)
-
-     lonfi(1)=0.
-     lonfi(2:klon-1) = pack(spread(rlonv(:iim), 2, jjm - 1), .true.)
-     lonfi(klon)= 0.
+     rlatd(1)=rlatu(1)
+     rlatd(2:klon-1) = pack(spread(rlatu(2:jjm), 1, iim), .true.)
+     rlatd(klon)= rlatu(jjm + 1)
+
+     rlond(1)=0.
+     rlond(2:klon-1) = pack(spread(rlonv(:iim), 2, jjm - 1), .true.)
+     rlond(klon)= 0.
 
-     zcufi = pack(cu_2d, dyn_phy)
+     cuphy = pack(cu_2d, dyn_phy)
 
      ! Construct a mask for points in the "v" grid:
      mask_v = .true.
      mask_v(2:, 1) = .false.
      mask_v(iim + 1, 2:) = .false.
 
-     zcvfi(:klon - 1) = pack(cv_2d, mask_v)
-     zcvfi(klon) = cv_2d(1, jjm)
-     ! (that value of "cv_2d" is used twice in "zcvfi")
-
-     airefi = pack(aire_2d, dyn_phy)
-     CALL iniphysiq(klon, llm, latfi, lonfi, airefi, zcufi, zcvfi, rad, g, r, &
-          cpp)
+     cvphy(:klon - 1) = pack(cv_2d, mask_v)
+     cvphy(klon) = cv_2d(1, jjm)
+     ! (that value of "cv_2d" is used twice in "cvphy")
+
+     airephy = pack(aire_2d, dyn_phy)
+     CALL suphec
+     call yoethf
   ENDIF
 
   ! Initialisation des entrées-sorties :
@@ -158,10 +149,10 @@
   print *, "day_end = ", day_end
 
   CALL dynredem0("restart.nc", day_end, phis)
-  CALL inithist(day_ref, annee_ref, zdtvr, nqmx, histid, histvid, &
-       t_ops = iecri * daysec, t_wrt = iecri * daysec)
-  CALL initdynav(day_ref, annee_ref, zdtvr, nqmx, histaveid, &
-       t_ops = iperiod * zdtvr, t_wrt = periodav * daysec)
+  CALL inithist(day_ref, annee_ref, zdtvr, nqmx, t_ops = iecri * daysec, &
+       t_wrt = iecri * daysec)
+  CALL initdynav(day_ref, annee_ref, zdtvr, nqmx, t_ops = iperiod * zdtvr, &
+       t_wrt = periodav * daysec)
 
   ! Choix des fréquences de stockage pour le hors-ligne :
   istdyn = day_step / 4 ! stockage toutes les 6 h = 1 jour / 4