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source: ether_iasi/web/initGeisa_script.jsp @ 696

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Line
1	<%@ page import="com.ether.Controller" %>
2	<%@ page import="com.ether.IsotopeG03" %>
3	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG03" %>
4	<%@ page import="com.ether.IsotopeG09" %>
5	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG09" %>
6
7	<script type="text/javascript">
8
9
10
11	var InterfaceInit = Class.create( {
12
13	initialize: function()
14	{
15
16	/ ******* CONTAINERS ******* /
17	this.containerFormSpectralRangeLower = $( "#spectralRangeLower" );
18	this.containerFormSpectralRangeUpper = $( "#spectralRangeUpper" );
19	this.containerFormIntensityLower = $( "#intensityLower" );
20	this.containerFormIntensityUpper = $( "#intensityUpper" );
21	this.containerFormMeanValue1 = $( "#meanValue1" );
22	this.containerDownload = $( "#downloadContainer" );
23	this.containerLoading = $( "#loading" );
24	this.containerTabs = $("#tabs");
25
26	/ ******* VARIABLE ******* /
27	//on va chercher les chemin dÃ©clarÃ© dans le controller
28	this.pathProcess = "<%=Controller.PATH_PROCESS%>";
29	this.LongPathImages = "<%=Controller.LONG_PATH_IMAGES%>";
30
31	<%--this.pathImg = <%=Controller.PATH_IMAGES%>;--%>
32
33	this.initializeMolecules();
34	this.createForm();
35
36	var downloadButton = new Button( {value:"Download", parent:$( "#downloadContainer" ), id:"button_submit_2", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDownload, this )} );
37
38	//onglet
39	this.ntabComparison = new Tab( {value:"Databases comparison", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Comparison", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabasesComparison, this )} );
40	this.ntabGlobal = new Tab( {value:"Global representation", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Global", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickGlobalRepresentation, this )} );
41	this.ntabContents = new Tab( {value:"Database contents", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Contents", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabaseContents, this )} );
42	//onglet avec la couleur active par dÃ©faut
43	this.ntabContents.active();
44	},
45
46	initializeMolecules: function()
47	{
48	this.arrayGeisa2011 = new Array();
49	this.arrayGeisa2003 = new Array();
50	this.arrayGeisaIasi2011 = new Array();
51	this.arrayGeisaIasi2003 = new Array();
52
53	var molecule = new Object();
54	molecule.id="h2o";
55	molecule.name="H<sub>2</sub>O";
56	molecule.isotopesArray = ["161", "162", "171", "181", "182", "172"];
57	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
58	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
59	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
60	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
61
62	var molecule = new Object();
63	molecule.id="co2";
64	molecule.name="CO<sub>2</sub>";
65	molecule.isotopesArray = ["626", "627", "628", "636", "637", "638", "728", "828", "838"];
66	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
67	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
68	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
69	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
70
71	var molecule = new Object();
72	molecule.id="o3";
73	molecule.name="O<sub>3</sub>";
74	molecule.isotopesArray = ["666", "668", "686", "667", "676"];
75	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
76	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
77	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
78	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
79
80	var molecule = new Object();
81	molecule.id="n2o";
82	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
83	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456","458", "546", "548", "556"];
84	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
85	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
86
87	var molecule = new Object();
88	molecule.id="n2o";
89	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
90	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456", "546"];
91	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
92	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
93
94	var molecule = new Object();
95	molecule.id="co";
96	molecule.name="CO";
97	molecule.isotopesArray = ["26", "36", "28", "27", "38", "37"];
98	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
99	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
100	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
101	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
102
103	var molecule = new Object();
104	molecule.id="ch4";
105	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
106	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
107	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
108	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
109
110	var molecule = new Object();
111	molecule.id="ch4";
112	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
113	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212", "312"];
114	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
115
116	var molecule = new Object();
117	molecule.id="ch4";
118	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
119	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212"];
120	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
121
122	var molecule = new Object();
123	molecule.id="o2";
124	molecule.name="O<sub>2</sub>";
125	molecule.isotopesArray = ["66", "67", "68"];
126	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
127	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
128
129	var molecule = new Object();
130	molecule.id="o2";
131	molecule.name="O<sub>2</sub>";
132	molecule.isotopesArray = ["66"];
133	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
134	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
135
136	var molecule = new Object();
137	molecule.id="no";
138	molecule.name="NO";
139	molecule.isotopesArray = ["46", "48", "56"];
140	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
141	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
142	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
143	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
144
145	var molecule = new Object();
146	molecule.id="so2";
147	molecule.name="SO<sub>2</sub>";
148	molecule.isotopesArray = ["626", "646"];
149	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
150	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
151	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
152	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
153
154	var molecule = new Object();
155	molecule.id="no2";
156	molecule.name="NO<sub>2</sub>";
157	molecule.isotopesArray = ["646"];
158	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
159	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
160	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
161	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
162
163	var molecule = new Object();
164	molecule.id="nh3";
165	molecule.name="NH<sub>3</sub>";
166	molecule.isotopesArray = ["411", "511" ];
167	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
168	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
169	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
170
171	var molecule = new Object();
172	molecule.id="ph3";
173	molecule.name="PH<sub>3</sub>";
174	molecule.isotopesArray = ["131" ];
175	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
176	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
177
178	var molecule = new Object();
179	molecule.id="hno3";
180	molecule.name="HNO<sub>3</sub>";
181	molecule.isotopesArray = ["146" ];
182	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
183	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
184	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
185	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
186
187	var molecule = new Object();
188	molecule.id="oh";
189	molecule.name="OH";
190	molecule.isotopesArray = ["61", "62", "81" ];
191	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
192	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
193
194	var molecule = new Object();
195	molecule.id="hf";
196	molecule.name="HF";
197	molecule.isotopesArray = ["19" ];
198	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
199	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
200
201	var molecule = new Object();
202	molecule.id="hcl";
203	molecule.name="HCL";
204	molecule.isotopesArray = ["15", "17" ];
205	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
206	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
207
208	var molecule = new Object();
209	molecule.id="hbr";
210	molecule.name="HBR";
211	molecule.isotopesArray = ["11", "19" ];
212	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
213	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
214
215	var molecule = new Object();
216	molecule.id="hi";
217	molecule.name="HI";
218	molecule.isotopesArray = ["17" ];
219	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
220	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
221
222	var molecule = new Object();
223	molecule.id="clo";
224	molecule.name="ClO";
225	molecule.isotopesArray = ["56", "76" ];
226	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
227	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
228
229	var molecule = new Object();
230	molecule.id="ocs";
231	molecule.name="OCS";
232	molecule.isotopesArray = ["622", "624", "632", "623", "822", "634"];
233	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
234	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
235	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
236	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
237
238	var molecule = new Object();
239	molecule.id="h2co";
240	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
241	molecule.isotopesArray = ["126", "128", "136"];
242	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
243	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
244
245	var molecule = new Object();
246	molecule.id="h2co";
247	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
248	molecule.isotopesArray = ["126"];
249	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
250
251	var molecule = new Object();
252	molecule.id="c2h6";
253	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>6</sub>";
254	molecule.isotopesArray = ["226", "236"];
255	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
256	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
257
258	var molecule = new Object();
259	molecule.id="ch3d";
260	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
261	molecule.isotopesArray = ["212", "312"];
262	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
263
264	var molecule = new Object();
265	molecule.id="ch3d";
266	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
267	molecule.isotopesArray = ["212"];
268	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
269
270	var molecule = new Object();
271	molecule.id="c2h2";
272	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>2</sub>";
273	molecule.isotopesArray = ["221", "231"];
274	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
275	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
276	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
277	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
278
279	var molecule = new Object();
280	molecule.id="c2h4";
281	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>4</sub>";
282	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
283	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
284	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
285	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
286
287	var molecule = new Object();
288	molecule.id="geh4";
289	molecule.name="GeH<sub>4</sub>";
290	molecule.isotopesArray = ["411"];
291	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
292	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
293
294	var molecule = new Object();
295	molecule.id="hcn";
296	molecule.name="HCN";
297	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134", "224"];
298	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
299	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
300
301	var molecule = new Object();
302	molecule.id="hcn";
303	molecule.name="HCN";
304	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134"];
305	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
306
307	var molecule = new Object();
308	molecule.id="c3h8";
309	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>8</sub>";
310	molecule.isotopesArray = ["221"];
311	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
312	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
313
314	var molecule = new Object();
315	molecule.id="c2n2";
316	molecule.name="C<sub>2</sub>N<sub>2</sub>";
317	molecule.isotopesArray = ["224"];
318	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
319	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
320
321	var molecule = new Object();
322	molecule.id="c4h2";
323	molecule.name="C<sub>4</sub>H<sub>2</sub>";
324	molecule.isotopesArray = ["211"];
325	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
326	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
327
328	var molecule = new Object();
329	molecule.id="hc3n";
330	molecule.name="HC<sub>3</sub>N";
331	molecule.isotopesArray = ["124"];
332	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
333	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
334
335	var molecule = new Object();
336	molecule.id="hocl";
337	molecule.name="HOCl";
338	molecule.isotopesArray = ["165", "167"];
339	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
340	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
341
342	var molecule = new Object();
343	molecule.id="n2";
344	molecule.name="N<sub>2</sub>";
345	molecule.isotopesArray = ["44"];
346	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
347	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
348	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
349	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
350
351	var molecule = new Object();
352	molecule.id="ch3cl";
353	molecule.name="CH<sub>3</sub>Cl";
354	molecule.isotopesArray = ["215", "217"];
355	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
356	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
357
358	var molecule = new Object();
359	molecule.id="h2o2";
360	molecule.name="H<sub>2</sub>O<sub>2</sub>";
361	molecule.isotopesArray = ["166"];
362	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
363	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
364
365	var molecule = new Object();
366	molecule.id="h2s";
367	molecule.name="H<sub>2</sub>S";
368	molecule.isotopesArray = ["121", "141", "131"];
369	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
370	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
371
372	var molecule = new Object();
373	molecule.id="hcooh";
374	molecule.name="HCOOH";
375	molecule.isotopesArray = ["261"];
376	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
377	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
378	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
379
380	var molecule = new Object();
381	molecule.id="cof2";
382	molecule.name="COF<sub>2</sub>";
383	molecule.isotopesArray = ["269"];
384	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
385	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
386
387	var molecule = new Object();
388	molecule.id="sf6";
389	molecule.name="SF<sub>6</sub>";
390	molecule.isotopesArray = ["29"];
391	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
392	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
393
394	var molecule = new Object();
395	molecule.id="c3h4";
396	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>4</sub>";
397	molecule.isotopesArray = ["341"];
398	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
399	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
400
401	var molecule = new Object();
402	molecule.id="ho2";
403	molecule.name="HO<sub>2</sub>";
404	molecule.isotopesArray = ["166"];
405	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
406	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
407
408	var molecule = new Object();
409	molecule.id="clono2";
410	molecule.name="ClONO<sub>2</sub>";
411	molecule.isotopesArray = ["564", "764"];
412	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
413	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
414
415	var molecule = new Object();
416	molecule.id="ch3br";
417	molecule.name="CH<sub>3</sub>Br";
418	molecule.isotopesArray = ["79", "81"];
419	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
420
421	var molecule = new Object();
422	molecule.id="ch3oh";
423	molecule.name="CH<sub>3</sub>OH";
424	molecule.isotopesArray = ["216"];
425	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
426	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
427
428	var molecule = new Object();
429	molecule.id="noplus";
430	molecule.name="NO<sup>+</sup>";
431	molecule.isotopesArray = ["46"];
432	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
433
434	var molecule = new Object();
435	molecule.id="hnc";
436	molecule.name="HNC";
437	molecule.isotopesArray = ["142"];
438	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
439
440	var molecule = new Object();
441	molecule.id="c6h6";
442	molecule.name="C<sub>6</sub>H<sub>6</sub>";
443	molecule.isotopesArray = ["266"];
444	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
445
446	var molecule = new Object();
447	molecule.id="c2hd";
448	molecule.name="C<sub>2</sub>HD";
449	molecule.isotopesArray = ["122"];
450	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
451
452	var molecule = new Object();
453	molecule.id="cf4";
454	molecule.name="CF<sub>4</sub>";
455	molecule.isotopesArray = ["291"];
456	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
457
458	var molecule = new Object();
459	molecule.id="ch3cn";
460	molecule.name="CH<sub>3</sub>CN";
461	molecule.isotopesArray = ["234"];
462	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
463
464
465	},
466
467	// CREATES ********************************************************
468	createForm: function()
469	{
470	//Titre de la page
471	var titlePage = document.createTextNode("Graphic vizualisation of the GEISA database");
472	document.getElementById("titlePage").appendChild(titlePage);
473
474	// Create menu deroulant choix de la base
475	var paramDatabase = new Object();
476	paramDatabase.id = "selectDatabase";
477	paramDatabase.parent = $("#database1");
478	this.selectDatabase = new Select( paramDatabase );
479	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
480	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
481	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
482	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
483	this.selectDatabase.selectFirst( false );
484	var bob = this.selectDatabase.getValues();
485
486	// Create menu deroulant choix de la base2 pour l'onglet "Database comparison"
487
488	var paramDatabase2 = new Object();
489	paramDatabase2.id = "selectDatabase2";
490	paramDatabase2.parent = $("#database2");
491	this.selectDatabase2 = new Select( paramDatabase2 );
492	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011");
493	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003");
494	this.selectDatabase2.add( 'HITRAN2009', "HITRAN 2009" );
495	this.selectDatabase2.selectFirst( false );
496
497
498
499
500	//crÃ©ation du bloc des molÃ©cules
501	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2011'), this.arrayGeisa2011, "GEISA2011");
502	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2003'), this.arrayGeisa2003, "GEISA2003");
503	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2011'), this.arrayGeisaIasi2011, "GEISAIASI2011");
504	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2003'), this.arrayGeisaIasi2003, "GEISAIASI2003");
505
506	//bouton selection-deselection toutes les molÃ©cules et isotopes
507	this.selectButton = new Button( {value:"Select all molecules", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonSelect", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.selectAll, this )} );
508	//bouton montrer-cacher les isotopes
509	this.showButton = new Button( {value:"View all isotopologues", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonShow", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.viewAll, this )} );
510
511
512
513	//Zone texte SpectralRange
514	//Titre gÃ©nÃ©ral (qui changera en fonction de la base geisa choisie)
515	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
516	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
517
518	//Titre
519	document.getElementById("spectralRangeLower").innerHTML = "Lower value, cm<sup>-1</sup> : ";
520	document.getElementById("spectralRangeUpper").innerHTML = "Upper value, cm<sup>-1</sup> : ";
521	document.getElementById("samplingStep").innerHTML = "<br> Splitting step, cm<sup>-1</sup> : <a href='#' TITLE='Split equally the selected spectral range for generating a series of graphs. Default case: one graph for the whole spectral range.'><img src='resources/images/elements/index.jpeg' height='16px' width='16px'></a> ";
522	//zone texte SpectralRangeLower
523	var inputSpectralRangeLower = $( document.createElement( "input" ) );
524	inputSpectralRangeLower.attr( {id:"rangeLower", class:"styleInputs"} );
525	inputSpectralRangeLower.val(0);
526	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions
527	inputSpectralRangeLower.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
528	this.containerFormSpectralRangeLower.append( inputSpectralRangeLower );
529	//zone texte SpectralRangeUpper
530	var inputSpectralRangeUpper = $( document.createElement( "input" ) );
531	inputSpectralRangeUpper.attr( {id:"rangeUpper"} );
532	inputSpectralRangeUpper.val(35877.030506);
533	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions lorsque l'on change la valeur du spectral range
534	inputSpectralRangeUpper.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
535	this.containerFormSpectralRangeUpper.append( inputSpectralRangeUpper );
536	//zone texte Sampling step Splitting step
537	var inputSamplingStep = $( document.createElement( "input" ) );
538	inputSamplingStep.attr( {id:"sampStep", size:6} );
539	$("#samplingStep").append( inputSamplingStep );
540
541
542
543
544	//Zone texte Intensity
545	//Titre
546	document.getElementById("intensityLower").innerHTML = "Lower value, cm/mol. : "
547	document.getElementById("intensityUpper").innerHTML = "Upper value, cm/mol. : "
548	//zone texte IntensityLower
549	var inputIntensityLower = $( document.createElement( "input" ) );
550	inputIntensityLower.attr( {id:"intensityLo", class:"styleInputs"} );
551	inputIntensityLower.val(0);
552	this.containerFormIntensityLower.append( inputIntensityLower );
553	//zone texte IntensityUpper
554	var inputIntensityUpper = $( document.createElement( "input" ) );
555	inputIntensityUpper.attr( {id:"intensityUp"} );
556	inputIntensityUpper.val(1e-16);
557	this.containerFormIntensityUpper.append( inputIntensityUpper );
558
559
560	// Create menu deroulant 1er choix axe des y
561	//Titre
562	var titleAxeY1 = document.createTextNode("Select parameter (left Y-axis)");
563	document.getElementById("axeY1").appendChild(titleAxeY1);
564	var spaceBr = document.createElement ("br");
565	document.getElementById("axeY1").appendChild(spaceBr);
566	//menu dÃ©roulant
567	var paramSelectAxeY1 = new Object();
568	paramSelectAxeY1.id = "selectAxeY1";
569	paramSelectAxeY1.parent = $("#axeY1");
570	this.selectTraceAxeY1 = new Select( paramSelectAxeY1 );
571	this.selectTraceAxeY1.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ));
572	this.selectTraceAxeY1.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
573	this.selectTraceAxeY1.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
574	this.selectTraceAxeY1.add( 'F', "Temperature dependence coefficient n of HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
575	this.selectTraceAxeY1.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHMself)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
576	this.selectTraceAxeY1.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
577	this.selectTraceAxeY1.add( 'R', "Temperature dependence coeff. of the air pressure shift", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
578	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( false );
579
580	// Create menu deroulant type de graphe
581	//Titre
582	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Type of graph");
583	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(titleTypeTrace);
584	var spaceBr = document.createElement ("br");
585	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(spaceBr);
586	//menu dÃ©roulant
587	var paramNbCourbes = new Object();
588	paramNbCourbes.id = "selectNbCourbes";
589	paramNbCourbes.parent = $("#nbCourbes");
590	this.selectNbCourbes = new Select( paramNbCourbes );
591	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selection", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
592	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
593	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
594	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
595	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
596	this.selectNbCourbes.selectFirst( false );
597
598	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y1
599	//Titre
600	var titleScaleY1 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
601	document.getElementById("scaleY1Titre").appendChild(titleScaleY1);
602	//menu dÃ©roulant
603	var paramSelectScaleY1 = new Object();
604	paramSelectScaleY1.id = "selectScaleY1";
605	paramSelectScaleY1.parent = $("#scaleY1");
606	this.selectScaleY1 = new Select( paramSelectScaleY1 );
607	this.selectScaleY1.add( 'l', "Linear" );
608	this.selectScaleY1.add( '-log_scale', "Logarithmic" );
609	this.selectScaleY1.selectFirst( false );
610
611
612	// Create menu deroulant style de tracer Y1
613	//Titre
614	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
615	document.getElementById("typePlotY1Titre").appendChild(titleTypeTrace);
616	var spaceBr = document.createElement ("br");
617	document.getElementById("typePlotY1Titre").appendChild(spaceBr);
618	//menu dÃ©roulant
619	var paramSelectTypeTraceY1 = new Object();
620	paramSelectTypeTraceY1.id = "selectTypePlotY1";
621	paramSelectTypeTraceY1.parent = $("#typePlotY1");
622	this.selectTypeTraceY1 = new Select( paramSelectTypeTraceY1 );
623	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
624	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
625	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
626	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
627	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( false );
628
629	//menu dÃ©roulant tracÃ© de la 2Ãšme base pour l'onglet "Database comparison"
630	var paramSelectTypeTraceDatabase2 = new Object();
631	paramSelectTypeTraceDatabase2.id = "selectTypePlotDatabase2";
632	paramSelectTypeTraceDatabase2.parent = $("#typePlotDatabase2");
633	this.selectTypeTraceDatabase2 = new Select( paramSelectTypeTraceDatabase2 );
634	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'l', "Lines" );
635	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'p', "Dots" );
636	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'i', "Peaks" );
637	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
638	this.selectTypeTraceDatabase2.selectFirst( false );
639
640
641	//lien pour montrer ou cacher le bloc "advanced options"
642	var showHide = $(document.createElement("a"));
643	showHide.html("Show advanced options");
644	showHide.attr( {id:"aShowHide", class:"fieldsetGeneralTitle"} );
645	showHide.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.onClickShowAdvancedOptions));
646	$("#showAdvancedOptions").append(showHide);
647
648
649	//titre menu deroulant transition upper
650	var titleTransitionUpper = document.createTextNode("Upper state : ");
651	document.getElementById("transitionUpper").appendChild(titleTransitionUpper);
652	//titre menu deroulant transition upper
653	this.selectTransitionUpper = $( document.createElement( "select" ) );
654	this.selectTransitionUpper.attr( {id:"transition1"} );
655	//fonction sur le menu dÃ©roulant (des qu'on clique dessus) et non sur chacune des options
656	this.selectTransitionUpper.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
657	var optTransitionUpper = $( document.createElement( "option" ) );
658	optTransitionUpper.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
659	this.selectTransitionUpper.append(optTransitionUpper);
660	$("#transitionUpper").append(this.selectTransitionUpper);
661
662
663	//titre menu deroulant transition lower
664	var titleTransitionLower = document.createTextNode("Lower state : ");
665	document.getElementById("transitionLower").appendChild(titleTransitionLower);
666	// Create menu deroulant transition lower
667	this.selectTransitionLower = $( document.createElement( "select" ) );
668	this.selectTransitionLower.attr( {id:"transition2"} );
669	this.selectTransitionLower.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
670	var optTransitionLower = $( document.createElement( "option" ) );
671	optTransitionLower.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
672	this.selectTransitionLower.append(optTransitionLower);
673	$("#transitionLower").append(this.selectTransitionLower);
674
675	//bouton reset pour les transition
676	var resetButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#transitionReset" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.requestTransition, this )} );
677
678
679	//Zone text Mean Value Bin-average
680	//Titre
681	var titleMeanValue = document.createTextNode("Bin-average : ");
682	document.getElementById("meanValue1").appendChild(titleMeanValue);
683	//champ input
684	var inputMeanValue = $( document.createElement( "input" ) );
685	inputMeanValue.attr( {id:"meanValue2", size:6} );
686	inputMeanValue.val(0);
687	this.containerFormMeanValue1.append( inputMeanValue );
688	inputMeanValue.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.onBlurInputMeanValue, this ));
689
690
691	// Create menu deroulant 2eme choix axe des y
692	//Titre
693	var titleAxeY2 = document.createTextNode("Select secondary parameter (right Y-axis)");
694	document.getElementById("axeY2Titre").appendChild(titleAxeY2);
695	//menu dÃ©roulant
696	var paramSelectAxeY2 = new Object();
697	paramSelectAxeY2.id = "selectAxeY2";
698	paramSelectAxeY2.parent = $("#axeY2");
699	this.selectTraceAxeY2 = new Select( paramSelectAxeY2 );
700	this.selectTraceAxeY2.add( 'no', "None", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
701	this.selectTraceAxeY2.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
702	this.selectTraceAxeY2.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
703	this.selectTraceAxeY2.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
704	this.selectTraceAxeY2.add( 'F', "Temperature dependence coefficient n of HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
705	this.selectTraceAxeY2.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHMself)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
706	this.selectTraceAxeY2.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
707	this.selectTraceAxeY2.add( 'R', "Temperature dependence coeff. of the air pressure shift", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
708	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( false );
709
710
711	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y2
712	//Titre
713	var titleScaleY2 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
714	document.getElementById("scaleY2Titre").appendChild(titleScaleY2);
715	//menu dÃ©roulant
716	var paramSelectScaleY2 = new Object();
717	paramSelectScaleY2.id = "SelectScaleY2";
718	paramSelectScaleY2.parent = $("#scaleY2");
719	this.selectScaleY2 = new Select( paramSelectScaleY2 );
720	this.selectScaleY2.add( 'l', "Linear" );
721	this.selectScaleY2.add( '-log_scale2', "Logarithmic" );
722	this.selectScaleY2.selectFirst( false );
723	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
724	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
725	this.selectScaleY2.disable();
726
727
728	// Create menu deroulant style de tracer Y2
729	//Titre
730	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
731	document.getElementById("typePlotY2Titre").appendChild(titleTypeTrace);
732	//menu dÃ©roulant
733	var paramSelectTypeTraceY2 = new Object();
734	paramSelectTypeTraceY2.id = "selectTypePlotY2";
735	paramSelectTypeTraceY2.parent = $("#typePlotY2");
736	this.selectTypeTraceY2 = new Select( paramSelectTypeTraceY2 );
737	this.selectTypeTraceY2.add( 'l', "Lines" );
738	this.selectTypeTraceY2.add( 'p', "Dots" );
739	this.selectTypeTraceY2.add( 'i', "Peaks" );
740	this.selectTypeTraceY2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
741	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( false );
742	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
743	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
744	this.selectTypeTraceY2.disable();
745
746	// Create menu deroulant choix de la sortie pour l'onglet "Database comparison"
747	var paramoutputDatabasecomparison = new Object();
748	paramoutputDatabasecomparison.id = "outputDatabaseComparisonChoice1";
749	paramoutputDatabasecomparison.parent = $("#outputDatabaseComparisonChoice");
750	this.selectOutputDatabasecomparison = new Select( paramoutputDatabasecomparison );
751	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'def', "Default output" );
752	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step', "Mean difference" );
753	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step100', "Mean difference in percentage" );
754	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_stepboth', "Both mean difference" );
755	this.selectOutputDatabasecomparison.selectFirst( false );
756
757
758	//crÃ©ation de l'image d'attente
759	var param = new Object();
760	param.id = "loadingForGraphics";
761	param.parent = this.containerLoading;
762	this.loadingGraphics = new Loading( param );
763	// this.loadingGraphics.display();
764	//this.loadingGraphics.hide();
765
766
767	// var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
768	var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "positive", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
769	//bouton reset pour toute la page
770	var resetPageButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.resetPage, this )} );
771
772
773
774	},
775
776
777
778
779	/**
780	* This method creates the case to check for the moles
781	* create cases Ã cocher pour les molÃ©cules
782	* @param container
783	* @param moleculesArray
784	*/
785	//createMolecules: function(container, moleculesArray)
786	createMolecules: function(container, moleculesArray, BddVersion)
787	{
788	var table = $(document.createElement("table"));
789	container.append(table);
790
791	var i=0;
792	//nombre de molecules par ligne
793	var l=11;
794	//taille du tableau
795	//alert("l" +moleculesArray.length);
796
797
798	$.each(moleculesArray, jQuery.proxy( function(index, moleculeElement )
799	{
800
801
802	//this.tr et non var tr pour que tr existe encore Ã la sortie du if
803	if ( index == (i*l))
804	{
805	//alert(index);
806	this.tr = $(document.createElement("tr"));
807	this.tr.attr({valign: "top"});
808	table.append(this.tr);
809	i=i+1;
810
811	}
812	var td = $(document.createElement("td"));
813	this.tr.append(td);
814
815	var span= $(document.createElement("span"));
816	span.addClass("molecule");
817	td.append(span);
818
819	var input = $(document.createElement("input"));
820	input.attr({type:"checkbox", id:"all-"+moleculeElement.id+"-"+BddVersion});
821	input.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliquetout, [this, moleculeElement.id, BddVersion ] ));
822	span.append(input);
823
824	var a = $(document.createElement("a"));
825	a.html("<b>"+moleculeElement.name+"</b>");
826
827	a.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.visibilite, [this,"Cache-"+ moleculeElement.id] ));
828	span.append(a);
829
830	var div= $(document.createElement("div"));
831	div.addClass("divViolet");
832	div.attr({id:"Cache-"+moleculeElement.id, style: "display:none"});
833	td.append(div);
834
835	var spanIsotopes= $(document.createElement("span"));
836	spanIsotopes.addClass("isotope");
837	spanIsotopes.attr({id:moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion});
838	div.append(spanIsotopes);
839
840
841	this.createIsotopes($("#"+moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion), moleculeElement.isotopesArray, moleculeElement.id, BddVersion);
842
843
844	}, this) );
845
846
847	},
848
849	createIsotopes: function(container, isotopesArray, moleculeElement, BddVersion )
850	{
851
852
853	$.each(isotopesArray, jQuery.proxy( function( index, isotopeElement )
854	{
855	container.append("   ");
856	var inputIsotopes = $(document.createElement("input"));
857	inputIsotopes.attr({type:"checkbox", id:"chk-"+moleculeElement+"_"+isotopeElement+"-"+BddVersion, name:"moles", value:moleculeElement+"_"+isotopeElement});
858	inputIsotopes.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliqueIsotope, [this, moleculeElement+"_"+isotopeElement, moleculeElement, BddVersion ] ));
859	container.append(inputIsotopes);
860	container.append(isotopeElement);
861	var br = $(document.createElement("br"));
862	container.append(br);
863
864	}, this) );
865	},
866
867	// <table><tr><td>
868	// <span class="molecule"><input type=checkbox id=all-ch3cn-GEISA2011 onclick="cliquetout('this, ch3cn, GEISA2011');">
869	// <a href="javascript:visibilite('this, Cache-ch3cn');"><B>CH<sub>3</sub>CN</a></B>
870	// </span>
871	// <div class="divViolet" id="Cache-ch3cn" style="display:none;">
872	// <span class="isotope" id="ch3cnIsotopeGEISA2011">   <input type=checkbox id=chk-ch3cn_234-GEISA2011 name=moles value=ch3cn_234 onclick="cliqueIsotope('this, ch3cn_234, GEISA2011');">234<br></span>
873	// </div>
874	// </td></tr></table>
875
876	// REQUESTS ********************************************************
877	//rÃ©cupÃ©ration de toutes les valeurs choisies par l'utilisateur et transformation de ces valeurs pour les inclure dans la requÃªte fortran
878	requestGeisa: function()
879	{
880	//temps en ms pour obtenir un nom unique de rÃ©pertoire
881	var dateTime = new Date().getTime();
882	this.NomRepFileOut = "graph"+dateTime+"/";
883
884
885	// appel ajax
886
887	//sÃ©lection du fichier binaire de la base geisa sÃ©lectionnÃ©e
888	var paramBase = "";
889	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
890	case 'GEISA2003':
891	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2003_asc_gs03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISA2003 -database_type gs03 -type_out png";
892	break;
893	case 'GEISA2011':
894	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2009_bin -database_name GEISA2011 -database_type gs08 -type_out png";
895	break;
896	case 'GEISAIASI2003':
897	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2003_asc_gsi03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISAIASI2003 -database_type gsi03 -type_out png";
898	break;
899	case 'GEISAIASI2011':
900	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2011_bin_gsi08_v1.0 -database_name GEISAIASI2011 -database_type gsi08 -type_out png";
901	break;
902	}
903
904	//sÃ©lection du fichier binaire de deuxiÃšme base geisa sÃ©lectionnÃ©e pour l'option graphique "databases comparison"
905	var paramBase2 = "";
906	switch (this.selectDatabase2.getValue()) {
907	case 'GEISA2003':
908	paramBase2 = " -filein2 "+this.pathProcess+"line_GEISA2003_bin_gs08_v1.0 -database_name2 GEISA2003";
909	break;
910	case 'GEISA2011':
911	paramBase2 = " -filein2 "+this.pathProcess+"line_GEISA2009_bin -database_name2 GEISA2011 -database_type gs08";
912	break;
913	case 'HITRAN2009':
914	paramBase2 = " -filein2 "+this.pathProcess+"HITRAN_2009_bin -database_name2 HITRAN2009";
915	break;
916	}
917
918
919	//molÃ©cules
920	//rÃ©cupÃ©ration des molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
921	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
922	var count = inputs.length;
923	var isotopesSelectedName ="";
924	// alert(this.selectDatabase.getValue());
925	var i=0;
926	this.nbIsotopes = 0;
927	this.nbMolecules = 0;
928	this.nbGraph = 0;
929	for( i = 0; i < count; i++ )
930	{
931	var input = inputs.item( i );
932	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
933	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
934	{
935	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
936	this.nbIsotopes = this.nbIsotopes + 1;
937
938	var molN=input.value;
939	var molN1=molN.replace("_", ":");
940	// exemple : -moleisot h2o:161 -moleisot h2o:162 -moleisot co2:626 -moleisot co2:627 -moleisot o3:666 -moleisot o3:668
941	isotopesSelectedName = isotopesSelectedName+"-moleisot "+molN1+" ";
942	}
943	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
944	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
945	{
946	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
947	this.nbMolecules = this.nbMolecules + 1;
948	}
949	}
950
951
952	//averti l'utilisateur qu'il faut au moins sÃ©lectionner un isotope
953	if (this.nbIsotopes == 0) {
954	alert("Error : no molecule or isotopoloque was selected");
955	return;
956	}
957
958
959
960	//sÃ©lection du nombre de courbes ou de graphs
961
962	var nbCourbes = "";
963
964	switch (this.selectNbCourbes.getValue()) {
965	//sswitch (document.getElementById('selectNbCourbes').options[document.getElementById('selectNbCourbes').selectedIndex].value) {
966	case 'cm':
967	nbCourbes = "-separate_mol -same_graph ";
968	this.nbGraph = 1;
969	this.nbCourbe = this.nbMolecules;
970	if (this.nbCourbe > 8) {
971	alert("Too much molecules selected to draw one curve for each molecule selected (>8)");
972	return;
973	}
974	break;
975	case 'ci':
976	nbCourbes = "-separate_iso -same_graph ";
977	this.nbGraph = 1;
978	this.nbCourbe = this.nbIsotopes;
979	if (this.nbCourbe > 8) {
980	alert("Too much isotopologues selected to draw one curve for each isotopologues selected (>8)");
981	return;
982	}
983	break;
984	case 'gm':
985	nbCourbes = "-separate_mol ";
986	this.nbGraph = this.nbMolecules;
987	if (this.nbGraph > 20) {
988	alert("Too much molecules selected to draw one graph for each molecules selected (>20)");
989	return;
990	}
991	break;
992	case 'gi':
993	nbCourbes = "-separate_iso ";
994	this.nbGraph = this.nbIsotopes;
995	if (this.nbGraph > 20) {
996	alert("Too much isotopologues selected to draw one graph for each isotopologues selected (>20)");
997	return;
998	}
999	break;
1000	default:
1001	nbCourbes = "";
1002	this.nbGraph = 1;
1003	break;
1004	}
1005
1006
1007	//Spectral range
1008	var rangeLower="-wavenb_min "+$("#rangeLower").val();
1009	var rangeUpper="-wavenb_max "+$("#rangeUpper").val();
1010
1011	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1012
1013	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
1014	case 'GEISA2003':
1015	//isNaN = n'est pas un nombre
1016	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1017	{
1018	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1019	return;
1020	}
1021
1022	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1023	{
1024	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1025	return;
1026	}
1027
1028	break;
1029	case 'GEISA2011':
1030	//isNaN = n'est pas un nombre
1031	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1032	{
1033	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1034	return;
1035	}
1036
1037	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1038	{
1039	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1040	return;
1041	}
1042	break;
1043	case 'GEISAIASI2003':
1044	//isNaN = n'est pas un nombre
1045	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1046	{
1047	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1048	return;
1049	}
1050
1051	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1052	{
1053	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1054	return;
1055	}
1056	break;
1057	case 'GEISAIASI2011':
1058	//isNaN = n'est pas un nombre
1059	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1060	{
1061	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1062	return;
1063	}
1064
1065	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1066	{
1067	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1068	return;
1069	}
1070	break;
1071	}
1072
1073
1074	if ($("#rangeLower").val() == "" )
1075	{
1076	rangeLower="";
1077	}
1078
1079	if ($("#rangeUpper").val() == "" )
1080	{
1081	rangeUpper="";
1082	}
1083	if( parseInt($("#rangeLower").val()) > parseInt($("#rangeUpper").val()) )
1084	{
1085	alert("Error: lower spectral range area is superior to upper spectral range area ");
1086	return;
1087	}
1088
1089
1090
1091	//Sampling step Splitting step
1092	if( $("#sampStep").val() > 0 )
1093	{
1094	var samplingStep="-band "+$("#sampStep").val();
1095	//calcul du nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s par l'option Sampling step
1096	this.nbGraphSamplingStep = (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) / parseFloat($("#sampStep").val());
1097	//calcul du nombre de graphs total Ã tracer (nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ©s par "type of graph" * nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ© par "Sampling Step")
1098	//test pour voir si "nbGraphSamplingStep" est un entier
1099	if ((this.nbGraphSamplingStep - parseInt(this.nbGraphSamplingStep)) == 0)
1100	{
1101	this.nbGraph=(this.nbGraph)*(this.nbGraphSamplingStep);
1102	}
1103	else
1104	{
1105	// si "nbGraphSamplingStep" n'est pas un entier prendre le nbre entier suivant
1106	this.nbGraph=this.nbGraph*(parseInt(this.nbGraphSamplingStep)+1);
1107	}
1108	}
1109
1110	if(isNaN($("#sampStep").val()) == true \|\| parseInt($("#sampStep").val()) < 0 )
1111	{
1112	alert("Error: Invalid value for sampling step");
1113	return;
1114	}
1115
1116	//Splitting step
1117	if( $("#sampStep").val() == 0 )
1118	{
1119	var samplingStep="";
1120	}
1121
1122	//test sur le nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s
1123	if (this.nbGraph > 20)
1124	{
1125	alert("Too many graphics will be drawn ("+this.nbGraph+"). Please change the value of the sampling step or change the type of graph.");
1126	return;
1127	}
1128
1129
1130
1131	//Transitions to do
1132	//exemple de requete avec transition
1133	//./all -filein line_GEISA2009_bin -moleisot h2o:161 -wavenb_min 1 -wavenb_max 1000 -database_name "GEISA2011" -vib_ident_lower '[000]'
1134	var transitionUpper=document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value;
1135
1136	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1137	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1138	var nb=0;
1139	nb=25-transitionUpper.length
1140	if (nb != 0)
1141	{
1142	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1143	transitionUpper=transitionUpper+" ";
1144	}
1145	}
1146
1147
1148	var transitionLower=document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value;
1149
1150	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1151	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1152	var nb=0;
1153	nb=25-transitionLower.length
1154	if (nb != 0)
1155	{
1156	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1157	transitionLower=transitionLower+" ";
1158	}
1159	}
1160
1161	//pas de transition sÃ©lectionnÃ©e
1162
1163	if (( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "transition" ))
1164	{
1165	transitionUpper ="no";
1166	}
1167	if (( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "transition" ))
1168	{
1169	transitionLower ="no";
1170	}
1171
1172	if ( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "")
1173	{
1174	transitionUpper ="noValue";
1175	}
1176
1177	if ( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "")
1178	{
1179	transitionLower ="noValue";
1180	}
1181
1182	var sel = document.getElementById('transition1');
1183	var idupper = sel.options[sel.selectedIndex].value;
1184
1185	//Intensity range
1186	var intensityLower="-int_min "+$("#intensityLo").val();
1187	var intensityUpper="-int_max "+$("#intensityUp").val();
1188
1189	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1190	if(isNaN($("#intensityLo").val()) == true \|\| $("#intensityLo").val() < 0 )
1191	{
1192	alert("Error: Invalid value for lower intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1193	return;
1194	}
1195	if ($("#intensityLo").val() == "" )
1196	{
1197	intensityLower="";
1198	}
1199	if(isNaN($("#intensityUp").val()) == true \|\| $("#intensityUp").val() < 0 )
1200	{
1201	alert("Error: Invalid value for upper intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1202	return;
1203	}
1204	if ($("#intensityUp").val() == "" )
1205	{
1206	intensityUpper="";
1207	}
1208
1209	//to do javascript ne sait comparer des exponenciels
1210	// if( $("#intensityLo").val() > $("#intensityUp").val() )
1211
1212	// {
1213	// alert("Error: lower intensity range area is superior to upper intensity range area ");
1214	// return;
1215	// }
1216
1217
1218	//Valeur de mean value Bin-average
1219	var meanValue = "-step "+$("#meanValue2").val();
1220	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1221	//Si ce n'est pas un nombre ou si il est nÃ©gatif ou si mean value est supÃ©rieur ou Ã©gal Ã l'interval spectral
1222	if(isNaN($("#meanValue2").val()) == true \|\| $("#meanValue2").val() < 0 \|\| $("#meanValue2").val() >= (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) )
1223	{
1224	alert("Error: Invalid value for Average calculation area");
1225	return;
1226	}
1227	//si aucune valeur
1228	if ($("#meanValue2").val() == "" )
1229	{
1230	meanValue="";
1231	}
1232
1233	//sÃ©lection du premier choix pour l'axe des Y
1234	var field="-field "+this.selectTraceAxeY1.getValue();
1235
1236
1237	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y1 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1238	if (this.selectScaleY1.getValue() == '-log_scale' && this.selectScaleY1.isDisable == false)
1239	{
1240	var logScale = this.selectScaleY1.getValue();
1241	}
1242	else
1243	{
1244	var logScale = ""
1245	}
1246
1247
1248
1249	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y1
1250	var lineType="-line_type "+this.selectTypeTraceY1.getValue();
1251	//var lineType="-line_type "+document.getElementById('selectTypePlotY1').options[document.getElementById('selectTypePlotY1').selectedIndex].value;
1252
1253	// sÃ©lection du type de tracÃ© pour la deuxiÃšme base dans l'option "databases comparison"
1254	//var lineType3="-line_type3 "+this.selectTypeTraceDatabase2.getValue();
1255
1256	//sÃ©lection ou non d'un 2eme choix pour l'axe des Y (pas de valeur pour ce champ si choix none ou si l'option n'est pas activÃ©e)
1257	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no' \|\| this.selectTraceAxeY2.isDisable == true)
1258	{
1259	var field2 = "";
1260	}
1261	else
1262	{
1263	var field2 = "-field2 "+this.selectTraceAxeY2.getValue();
1264	//var field2 = "-field2 "+document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value;
1265	}
1266
1267
1268
1269	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y2 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1270	if (this.selectScaleY2.getValue() == '-log_scale2' && this.selectScaleY2.isDisable == false)
1271	{
1272	var logScale2 =this.selectScaleY2.getValue();
1273	// var logScale2 = document.getElementById('selectScaleY2').options[document.getElementById('selectScaleY2').selectedIndex].value;
1274	}
1275	else
1276	{
1277	var logScale2 = "";
1278	}
1279
1280
1281	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y2 (pas de valeur si l'option n'est pas activÃ©e)
1282	if ( this.selectTypeTraceY2.isDisable == true)
1283	{
1284	var lineType2 = "";
1285	}
1286	else
1287	{
1288	var lineType2 = "-line_type2 "+this.selectTypeTraceY2.getValue();
1289	}
1290
1291	//choix du type de sortie pour l'option graphique 'databases comparison"
1292	var diffStep="";
1293	switch (this.selectOutputDatabasecomparison.getValue()) {
1294	case 'def':
1295	diffStep = "";
1296	break;
1297	case 'diff_step':
1298	diffStep = "-diff_step";
1299	break;
1300	case 'diff_step100':
1301	diffStep = "-diff_step100";
1302	break;
1303	case 'diff_stepboth':
1304	diffStep = "-diff_stepboth";
1305	break;
1306	}
1307
1308	//Dans l'option graphique "databases comparison", pour les sorties par diffÃ©rence moyenne le champ "Bin-average" doit Ãªtre supÃ©rieur Ã 0
1309	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="comparison" && $("#meanValue2").val() == 0 && this.selectOutputDatabasecomparison.getValue() != "def" )
1310	{
1311	alert("For average output, the Bin-average field must be > 0");
1312	return;
1313	}
1314
1315
1316	//ouverture de la div de l'image d'attente
1317	this.loadingGraphics.display();
1318
1319
1320	//construction du nom du fichier (exemple GEISA2011-0_100)
1321	//this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1322	switch ($("#graphicOptionChoice").val()) {
1323	//(exemple GEISA2011-0_100)
1324	case 'contents':
1325	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1326	break;
1327	case 'global':
1328	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1329	break;
1330	//(exemple GEISA2011_GEISA2003-0_100)
1331	case 'comparison':
1332	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"_"+this.selectDatabase2.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1333	break;
1334	}
1335
1336	//Submit pour l'option graphique "Database contents"
1337	if ($("#graphicOptionChoice").val() == "contents" )
1338	{
1339	//construction de la requÃªte Fortran
1340	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1341	meanValue+" "+nbCourbes+" "+field+" "+logScale+" "+lineType+" "+field2+" "+logScale2+" "+lineType2;
1342
1343
1344	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1345	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1346	transitionUpper=transitionUpper.replace(/ /g,"kkk");
1347	//le + est interprÃ©tÃ© comme un espace (plus sera retransformÃ© en + dans le shell)
1348	transitionUpper=transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1349	transitionLower=transitionLower.replace(/ /g,"kkk");
1350	transitionLower=transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1351
1352	//envoie de la requÃªte au controller
1353	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1354	$.ajax( {
1355	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1356	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1357	} );
1358
1359	}
1360
1361	//Submit pour l'option graphique "Global representation"
1362	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="global" )
1363	{
1364	//construction de la requÃªte Fortran
1365
1366	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1367	nbCourbes+" "+logScale+" "+lineType+" -global_position";
1368
1369
1370	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1371	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1372
1373	//pas de transition dans cette option
1374	transitionUpper ="no";
1375	transitionLower ="no";
1376
1377	//envoie de la requÃªte au controller
1378	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1379	$.ajax( {
1380	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1381	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1382	} );
1383
1384	}
1385
1386	//ParamÃštres Ã prendre en compte pour l'option "Databases comparison"
1387
1388	//Submit pour l'option graphique "Databases comparison"
1389	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="comparison" )
1390	{
1391	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour pour la 2Ãšme base de donnÃ©es pour l'option "database comparison"
1392	var lineType2="-line_type2 "+this.selectTypeTraceDatabase2.getValue();
1393
1394
1395	//construction de la requÃªte Fortran
1396	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+paramBase2+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1397	meanValue+" "+nbCourbes+" "+field+" "+logScale+" "+lineType+" "+lineType2+" "+diffStep;
1398
1399
1400	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1401	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1402	transitionUpper=transitionUpper.replace(/ /g,"kkk");
1403	//le + est interprÃ©tÃ© comme un espace (plus sera retransformÃ© en + dans le shell)
1404	transitionUpper=transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1405	transitionLower=transitionLower.replace(/ /g,"kkk");
1406	transitionLower=transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1407
1408	//envoie de la requÃªte au controller
1409	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1410	$.ajax( {
1411	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1412	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1413	} );
1414
1415	}
1416
1417	},
1418
1419
1420	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions
1421	requestTransition: function()
1422	{
1423
1424	var nbMolecules=0;
1425
1426	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1427	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1428	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1429
1430	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1431	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1432	var count = inputs.length;
1433	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1434	var i=0;
1435
1436	for( i = 0; i < count; i++ )
1437	{
1438	var input = inputs.item( i );
1439	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1440	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1441	{
1442	var molN=input.value;
1443	var molN1=molN.replace("_", ":");
1444	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1445	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1446	}
1447
1448	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
1449	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1450	{
1451	nbMolecules = nbMolecules + 1;
1452	}
1453
1454	}
1455	//alert ("nbMolecules"+nbMolecules);
1456	//si le nombre de molÃ©cule sÃ©lectionnÃ©es est supÃ©rieure Ã 1 les menus des transition sont inactifs
1457	if (nbMolecules > 1)
1458	{
1459	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1460	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1461	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1462	}
1463	else
1464	{
1465	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
1466	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
1467	}
1468
1469
1470	//On ne fait appel Ã la BDD des transitions et si au plus 1 molÃ©cule est sÃ©lectionnÃ©e
1471	if (nbMolecules == 1 )
1472	{
1473
1474
1475	$.ajax( {
1476	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeName&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+this.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper,
1477	success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this ),
1478	error: jQuery.proxy( this.handleErrorRequestTransition, this )
1479	} );
1480
1481	}
1482	else
1483	{
1484	//pour rÃ©initialiser le menu dÃ©roulant si aucune ou plusieurs molÃ©cules sont sÃ©lectionnÃ©es
1485	document.getElementById("transition2").length=0;
1486	//this.selectTransitionUpper.clear();
1487	document.getElementById("transition1").length=0;
1488
1489	if (nbMolecules == 0 )
1490	{
1491	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1492	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1493	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1494	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1495	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1496	}
1497
1498	if (nbMolecules > 1 )
1499	{
1500
1501	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1502	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1503	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1504	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1505	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1506	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1507	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1508	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1509	}
1510	}
1511	},
1512
1513
1514
1515
1516	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition lower
1517	requestTransitionByTransitionLower: function()
1518	{
1519	var context = this[0];
1520	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1521	context.transitionLower = this[1];
1522
1523	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1524	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1525
1526	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1527	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1528	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1529
1530	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1531	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1532	var count = inputs.length;
1533	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1534	var i=0;
1535
1536	for( i = 0; i < count; i++ )
1537	{
1538	var input = inputs.item( i );
1539	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1540	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1541	{
1542	var molN=input.value;
1543	var molN1=molN.replace("_", ":");
1544	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1545	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1546	}
1547
1548	}
1549
1550	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1551	var transitionLowerReplaced = context.transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1552
1553	//Appel Ã la BDD
1554
1555	$.ajax( {
1556	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionLower&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionLower="+transitionLowerReplaced,
1557	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionLower, context)
1558	} );
1559
1560
1561
1562	},
1563
1564
1565	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition upper
1566	requestTransitionByTransitionUpper: function()
1567	{
1568	var context = this[0];
1569	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1570	context.transitionUpper = this[1];
1571
1572	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1573	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1574
1575	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1576	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1577	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1578
1579	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1580	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1581	var count = inputs.length;
1582	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1583	var i=0;
1584
1585	for( i = 0; i < count; i++ )
1586	{
1587	var input = inputs.item( i );
1588	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1589	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1590	{
1591	var molN=input.value;
1592	var molN1=molN.replace("_", ":");
1593	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1594	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1595	}
1596
1597	}
1598	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1599	var transitionUpperReplaced = context.transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1600
1601	//Appel Ã la BDD
1602	$.ajax( {
1603	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionUpper&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionUpper="+transitionUpperReplaced,
1604	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionUpper, context)
1605	} );
1606
1607
1608
1609	},
1610
1611
1612
1613	// requestTransition: function()
1614	// {
1615	// $.ajax( {
1616	// url: "project?methodName=transition&transitionValue="+ this.selectTransitionUpper.getValue(),
1617	// success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this )
1618	// } );
1619	// },
1620
1621	// HANDLES ******************************************************** = retours ajax
1622	//affichage sur l'interface
1623
1624	handleGeisa: function( result )
1625	{
1626
1627	//nom du rÃ©pertoire : exemple de retour de valeur du controleur
1628	//this.nb = jQuery.parseJSON( result ).nb;
1629	//this.NomRepFileOut = jQuery.parseJSON( result ).NomRepFileOut;
1630
1631	//chemin court de l'image
1632	this.pathImg = "<%=Controller.PATH_IMAGES%>"+this.NomRepFileOut;
1633
1634
1635	//Pour tracer le bon nombre de graphe et de bouton download
1636	var i=1;
1637	var content="";
1638	//bouton "Download All" si il y a plus d'un graph
1639	if (this.nbGraph > 1)
1640	{
1641	content = "<a href=project?methodName=downloadFile&fileName=" +this.NomRepFileOut + "GEISA.tar&fileNameToDisplay=GEISA.tar><button class='dataProtocolDownloadButton'>Download All</button></a>";
1642	}
1643	//tracer chaque graphe avec son bouton download associÃ©
1644	for (i=1; i<this.nbGraph+1; i++) {
1645	//content = content + '<img src=' + this.pathImg + "graph" + this.nb +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + "graph" + this.nb+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1646	content = content +'<img src=' + this.pathImg + this.nomFichier +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' +this.NomRepFileOut + this.nomFichier+"-"+i + ".png&fileNameToDisplay="+this.nomFichier+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1647	}
1648
1649	this.displayWindow(content);
1650	},
1651
1652
1653	handleRequestTransition: function( result )
1654	{
1655
1656
1657	// var transitions = jQuery.parseJSON( result ).transitions;
1658	var transitionsLower = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLower;
1659	var transitionsUpper = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpper;
1660
1661	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1662	// this.selectTransitionLower.clear();
1663	document.getElementById("transition2").length=0;
1664	//this.selectTransitionUpper.clear();
1665	document.getElementById("transition1").length=0;
1666
1667	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1668	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1669	// this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1670	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1671	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1672	// this.selectTransitionLower.selectFirst();
1673	// this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1674
1675
1676	$.each(transitionsLower, jQuery.proxy( function(index, transitionsLower )
1677	{
1678	// this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ]));
1679
1680
1681	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLower, text:transitionsLower} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ])));
1682
1683	}, this));
1684
1685	$.each(transitionsUpper, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpper )
1686	{
1687	//this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ]));
1688	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpper, text:transitionsUpper} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ])));
1689
1690	}, this));
1691
1692	},
1693
1694	//en cas d'erreur dans la requÃªte des transitions ( pas de valeur ou caractÃšres Ã la place de nombres dans champ spectral)
1695	handleErrorRequestTransition : function()
1696	{
1697	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1698	document.getElementById("transition2").length=0;
1699	document.getElementById("transition1").length=0;
1700
1701	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1702	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1703
1704	},
1705
1706	handleRequestTransitionByTransitionLower : function( result )
1707	{
1708	//alert("transitionLower"+this.transitionLower);
1709	var transitionsUpperBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpperBis;
1710	//alert("transitionsUpper"+transitionsUpper);
1711
1712	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1713	// this.selectTransitionLower.clear();
1714	document.getElementById("transition2").length=0;
1715	//this.selectTransitionUpper.clear();
1716	document.getElementById("transition1").length=0;
1717	// while(0 < document.getElementById("transition1").length)
1718	// {
1719	// document.getElementById("transition1").options[0] = null;
1720	// }
1721
1722
1723	//this.selectTransitionLower.add(this.transitionLower, this.transitionLower);
1724	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1725	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionLower, text:this.transitionLower, selected:"selected"} ));
1726	//this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1727	//rajout du text "Choose a transition" selectionnÃ© en premier mais on ne peut pas cliquer dessus
1728	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1729
1730
1731	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1732	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1733	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1734
1735
1736
1737	$.each(transitionsUpperBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpperBis )
1738	{
1739	// this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper);
1740	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpperBis, text:transitionsUpperBis} ));
1741
1742	}, this));
1743
1744	},
1745
1746
1747	handleRequestTransitionByTransitionUpper : function( result )
1748	{
1749	// alert("transitionUpper"+this.transitionUpper);
1750	var transitionsLowerBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLowerBis;
1751	//alert("transitionsLower"+transitionsLower);
1752
1753	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1754	// this.selectTransitionLower.clear();
1755	document.getElementById("transition2").length=0;
1756	//this.selectTransitionUpper.clear();
1757	document.getElementById("transition1").length=0;
1758
1759	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1760	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1761
1762	// this.selectTransitionUpper.add(this.transitionUpper, this.transitionUpper);
1763	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1764	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionUpper, text:this.transitionUpper, selected:"selected"} ));
1765
1766
1767	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1768	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1769	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1770
1771
1772
1773	$.each(transitionsLowerBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsLowerBis )
1774	{
1775	//this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower);
1776	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLowerBis, text:transitionsLowerBis} ));
1777	}, this));
1778
1779	},
1780	// EVENTS ********************************************************
1781	//
1782	//Action quand on clique sur l'onglet DatabaseContents
1783	onClickDatabaseContents: function()
1784	{
1785
1786	//change la couleur des onglets
1787	this.ntabContents.active();
1788	this.ntabGlobal.inactive();
1789	this.ntabComparison.inactive();
1790	//rempli la valeur d'une variable cachÃ©e pour indiquÃ©e quelle option graphique est choisi par l'utilisateur au moment du submit
1791	$("#graphicOptionChoice").val("contents");
1792	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1793	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1794	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Graphic vizualisation of the GEISA database";
1795	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1796	document.getElementById("informationContents").style.display= "";
1797	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "";
1798	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
1799	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "";
1800	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "";
1801	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1802	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "none";
1803	document.getElementById("informationComparison").style.display= "none";
1804	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "none";
1805	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "none";
1806	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1807	document.getElementById("titreTypePlotDatabase1").style.display= "none";
1808	document.getElementById("titreTypePlotDatabase2").style.display= "none";
1809	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1810	document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "none";
1811	//modification de titre d'option
1812	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "";
1813	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "Select the type of scale (if intensity is choosen)";
1814	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1815	$("#database1").removeClass("containerDatabase");
1816	$("#database1").addClass("containerBeginDatabase");
1817	$("#typePlotY1").removeClass("containerPlot");
1818	$("#typePlotY1").addClass("containerInsideOptions");
1819	//Pour que le lien show/hide advanced option et le bloc "advanced option" fonctionnent correctement ensemble
1820	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Show advanced options" )
1821	{
1822	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
1823
1824	}
1825	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Hide advanced options" )
1826
1827	{
1828	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
1829
1830	}
1831	//modification du contenu des menus dÃ©roulants
1832	this.selectDatabase.clear();
1833	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
1834	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
1835	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
1836	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
1837	this.selectDatabase.selectFirst();
1838
1839	//pour effacer le menu dÃ©roulant
1840	this.selectNbCourbes.clear();
1841	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selection", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1842	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1843	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1844	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1845	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1846	//pour remettre par dÃ©faut le premier de la liste
1847	this.selectNbCourbes.selectFirst();
1848
1849	this.selectTypeTraceY1.clear();
1850	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
1851	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
1852	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
1853	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
1854	this.selectTypeTraceY1.selectFirst();
1855
1856	},
1857	//Action quand on clique sur l'onglet GlobalRepresentation
1858	onClickGlobalRepresentation: function()
1859	{
1860	//change la couleur des onglets
1861	this.ntabGlobal.active();
1862	this.ntabContents.inactive();
1863	this.ntabComparison.inactive();
1864	//rempli la valeur d'une variable cachÃ©e pour indiquÃ©e quelle option graphique est choisi par l'utilisateur au moment du submit
1865	$("#graphicOptionChoice").val("global");
1866	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1867	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1868	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Global Representation";
1869	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1870	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "";
1871	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1872	document.getElementById("informationContents").style.display= "none";
1873	document.getElementById("informationComparison").style.display= "none";
1874	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "none";
1875	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "none";
1876	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1877	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "none";
1878	document.getElementById("titreTypePlotDatabase1").style.display= "none";
1879	document.getElementById("titreTypePlotDatabase2").style.display= "none";
1880	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1881	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "none";
1882	document.getElementById("advancedOptions").style.display= "none";
1883	//modification de titre d'option
1884	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "";
1885	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "Select the type of scale";
1886	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1887	$("#database1").removeClass("containerDatabase");
1888	$("#database1").addClass("containerBeginDatabase");
1889	$("#typePlotY1").removeClass("containerPlot");
1890	$("#typePlotY1").addClass("containerInsideOptions");
1891	//modification du contenu des menus dÃ©roulants
1892	this.selectDatabase.clear();
1893	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
1894	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
1895	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
1896	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
1897	this.selectDatabase.selectFirst();
1898
1899	this.selectNbCourbes.clear();
1900	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1901	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1902	this.selectNbCourbes.selectFirst();
1903
1904	this.selectTypeTraceY1.clear();
1905	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
1906	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
1907	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
1908	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
1909	this.selectTypeTraceY1.selectFirst();
1910
1911	},
1912	//Action quand on clique sur l'onglet DatabasesComparison
1913	onClickDatabasesComparison: function()
1914	{
1915	//change la couleur des onglets
1916	this.ntabComparison.active();
1917	this.ntabGlobal.inactive();
1918	this.ntabContents.inactive();
1919	//rempli la valeur d'une variable cachÃ©e pour indiquÃ©e quelle option graphique est choisi par l'utilisateur au moment du submit
1920	$("#graphicOptionChoice").val("comparison");
1921	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1922	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1923	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Databases Comparison";
1924	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1925	document.getElementById("informationComparison").style.display= "";
1926	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "";
1927	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "";
1928	document.getElementById("database2").style.display= "";
1929	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "";
1930	document.getElementById("titreTypePlotDatabase1").style.display= "";
1931	document.getElementById("titreTypePlotDatabase2").style.display= "";
1932	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "";
1933	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
1934	document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "";
1935	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1936	document.getElementById("informationContents").style.display= "none";
1937	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "none";
1938	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "none";
1939	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "none";
1940	//modification de titre d'option
1941	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "";
1942	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "Select the type of scale (if intensity is choosen)";
1943	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1944	$("#database1").removeClass("containerBeginDatabase");
1945	$("#database1").addClass("containerDatabase");
1946	$("#typePlotY1").removeClass("containerInsideOptions");
1947	$("#typePlotY1").addClass("containerPlot");
1948
1949	//Pour que le lien show/hide advanced option et le bloc "advanced option" fonctionnent correctement ensemble
1950	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Show advanced options" )
1951
1952	{
1953	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
1954	}
1955	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Hide advanced options" )
1956
1957	{
1958	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
1959	}
1960	//modification du contenu des menus dÃ©roulants
1961	this.selectDatabase.clear();
1962	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
1963	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
1964	this.selectDatabase.selectFirst();
1965
1966	this.selectNbCourbes.clear();
1967	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selection", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1968	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1969	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1970	this.selectNbCourbes.selectFirst();
1971
1972	this.selectTypeTraceY1.clear();
1973	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
1974	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
1975	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
1976	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
1977	this.selectTypeTraceY1.selectFirst();
1978	},
1979
1980
1981	//affichage de la valeur du spectral range et affichage du bloc des molecules en fonction de la base de donnees selectionnee
1982	onClickSelectDatabase: function(value)
1983	{
1984
1985	if ('GEISA2011' == value)
1986	{
1987	//modifier le titre en fonction de la base sÃ©lectionnÃ©e
1988	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
1989	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
1990
1991	//remplir les valeurs par dÃ©faut
1992	if($("#rangeLower").val()=="")
1993	{
1994	$("#rangeLower").val(0);
1995	}
1996	if($("#rangeUpper").val()=="")
1997	{
1998	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
1999	}
2000
2001	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2002	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
2003	{
2004	$("#rangeLower").val(0);
2005	}
2006	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
2007	{
2008	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2009	}
2010
2011	//afficher le bon bloc de molÃ©cules
2012	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "";
2013	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
2014	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
2015	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
2016	}
2017
2018	if ('GEISAIASI2011' == value)
2019	{
2020	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2021	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
2022
2023
2024	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2025	if($("#rangeLower").val()=="")
2026	{
2027	$("#rangeLower").val(599.000793);
2028	}
2029	if($("#rangeUpper").val()=="")
2030	{
2031	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2032	}
2033	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2034	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
2035	{
2036	$("#rangeLower").val(599.000793);
2037	}
2038	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
2039	{
2040	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2041	}
2042
2043	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
2044	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "";
2045	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
2046	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
2047	}
2048
2049	if ('GEISA2003' == value)
2050	{
2051	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2052	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
2053
2054	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2055	if($("#rangeLower").val()=="")
2056	{
2057	$("#rangeLower").val(0);
2058	}
2059	if($("#rangeUpper").val()=="")
2060	{
2061	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2062	}
2063	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2064	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
2065	{
2066	$("#rangeLower").val(0);
2067	}
2068	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
2069	{
2070	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2071	}
2072
2073	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
2074	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
2075	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "";
2076	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
2077	}
2078	if ('GEISAIASI2003' == value)
2079	{
2080	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2081	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
2082
2083	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2084	if($("#rangeLower").val()=="")
2085	{
2086	$("#rangeLower").val(599.000793);
2087	}
2088	if($("#rangeUpper").val()=="")
2089	{
2090	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2091	}
2092	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2093	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
2094	{
2095	$("#rangeLower").val(599.000793);
2096	}
2097	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
2098	{
2099	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2100	}
2101
2102	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
2103	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
2104	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
2105	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "";
2106	}
2107
2108	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2109	this.requestTransition();
2110	},
2111
2112	//Pour sÃ©lectionner-desÃ©lectionner tous les isotopes
2113	selectAll: function()
2114	{
2115	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2116	var count = inputs.length;
2117	var i=0;
2118
2119
2120	if( this.selectButton.getValue() == 'Select all molecules')
2121	{
2122	for( i = 0; i < count; i++ )
2123	{
2124	var input = inputs.item( i );
2125	if( input.type == 'checkbox' )
2126	{
2127	input.checked = true;
2128	}
2129	}
2130	this.selectButton.setValue("Unselect all molecules");
2131
2132	}
2133	else
2134	{
2135	for( i = 0; i < count; i++ )
2136	{
2137	var input = inputs.item( i );
2138	if( input.type == 'checkbox' )
2139	{
2140	input.checked = false;
2141	}
2142	}
2143	this.selectButton.setValue("Select all molecules");
2144	}
2145
2146	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2147	this.requestTransition();
2148
2149	},
2150
2151	//Pour montrer-cacher tous les isotopes
2152	viewAll: function()
2153	{
2154	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2155	var count = divs.length;
2156	var i = 0;
2157	if( this.showButton.getValue() == 'View all isotopologues')
2158	{
2159	for( i = 0; i < count; i++ )
2160	{
2161	//ouvrir que les div dont l'id contient la chaine Cache
2162	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2163	divs.item(i).style.display = "" ;
2164	}
2165	}
2166	this.showButton.setValue("Hide all isotopologues");
2167	}
2168	else
2169	{
2170	for( i = 0; i < count; i++ )
2171	{
2172	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
2173	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2174	divs.item(i).style.display = "none" ;
2175	}
2176	}
2177	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
2178	}
2179	},
2180
2181	//Actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur le nom d'une molÃ©cule
2182	cliquetout: function()
2183	{
2184	var context = this[0];
2185	// exemple :moleculeName = ch3ch
2186	var moleculeName = this[1];
2187	var bddVersion = this[2];
2188	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2189	var count = inputs.length;
2190	var i=0;
2191	for( i = 0; i < count; i++ )
2192	{
2193	var input = inputs.item( i );
2194	//cliquer toutes les molÃ©cules et isotopes du meme nom dans toutes les bases
2195	//if( input.type == 'checkbox' && ( input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-03') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-03')
2196	// \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-11') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-11')))
2197
2198	if( input.type == 'checkbox' && ( input.id.indexOf('chk-' + moleculeName + '_') != -1 \|\| input.id.indexOf('all-'+moleculeName+'-')!= -1 ))
2199
2200	{
2201	input.checked = document.getElementById( 'all-'+ moleculeName + '-' + bddVersion ).checked;
2202	}
2203	}
2204	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2205	context.requestTransition();
2206	},
2207
2208	//actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur un isotope
2209	cliqueIsotope: function()
2210	{
2211	var context = this[0];
2212	//exemple isotopeName = ch3cn_134
2213	var isotopeName = this[1];
2214	// exemple moleculeName= ch3cn
2215	var moleculeName = this[2];
2216	var bddVersion = this[3];
2217	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2218	var count = inputs.length;
2219	var i = 0;
2220	for( i = 0; i < count; i++ )
2221	{
2222	input = inputs.item( i );
2223
2224	//id=chk-ch3cn_234-GEISA2011
2225	//cliquer ou decliquer le meme isotope dans toutes les bases
2226	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-' + isotopeName) != -1)
2227	{
2228	input.checked = document.getElementById( 'chk-' + isotopeName + '-' + bddVersion ).checked;
2229
2230	}
2231	// id=all-ch3cn-GEISA2011
2232	//pour dÃ©cocher la case de la molecule quand on dÃ©coche un isotope
2233	// if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('all-'+ moleculeName) != -1 && input.checked == true )
2234	// {
2235	// input.checked = false;
2236	// }
2237	}
2238
2239
2240	//pour cocher molecule quand on clique sur un isotope et dÃ©cocher molÃ©cule quand tous les isotopes de la molÃ©cule sont dÃ©cochÃ©s
2241	var nbIsotopeSelected=0;
2242	var input = "";
2243	var j=0;
2244	var k=0;
2245
2246	//tableau contenant toutes les valeurs du menu dÃ©roulant "choosing Database"
2247	var databaseValues=context.selectDatabase.getValues();
2248	//taille du menu dÃ©roulant
2249	var nbdatabaseValues=context.selectDatabase.getSize();
2250
2251	//pour chaque base faire ...
2252	for( j = 0; j < nbdatabaseValues ; j++ )
2253	{
2254	var nbIsotopeSelected=0;
2255	//calcul du nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s pour une molÃ©cule prÃ©cise et une base de donnÃ©es
2256	for( k = 0; k < count; k++ )
2257	{
2258	input = inputs.item( k );
2259	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-'+moleculeName+'_') != -1 && input.id.indexOf(databaseValues[j]) != -1 && input.checked == true )
2260	{
2261	nbIsotopeSelected=nbIsotopeSelected+1;
2262	}
2263
2264	}
2265	//si aucun isotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on dÃ©coche la molÃ©cule
2266	if ( nbIsotopeSelected == 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2267	{
2268	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=false;
2269	}
2270	//si au moins unisotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on coche la molÃ©cule
2271	if ( nbIsotopeSelected > 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2272	{
2273	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=true;
2274	}
2275	}
2276
2277
2278	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2279	context.requestTransition();
2280
2281	},
2282
2283
2284
2285	//pour cacher ou voir les isotopes d'une molecule
2286	visibilite: function( )
2287	{
2288	var context = this[0];
2289	var thingId = this[1];
2290	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2291	var count = divs.length;
2292	var i = 0;
2293	for( i = 0; i < count; i++ )
2294	{
2295	var div = divs.item( i );
2296
2297
2298	if ( div.id == thingId)
2299	{
2300	if( div.style.display == "none" )
2301	{
2302	div.style.display = "";
2303	}
2304	else
2305	{
2306	div.style.display = "none";
2307	}
2308	}
2309	}
2310	},
2311
2312	//Faire apparatre ou disparaitre le bloc "advanced options" quand on clique sur le lien "show advanced options"
2313	onClickShowAdvancedOptions: function()
2314	{
2315	//document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2316	if( document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display == "none" )
2317	{
2318	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
2319	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2320	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Hide advanced options";
2321	}
2322	else
2323	{
2324	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2325	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2326	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Show advanced options";
2327	}
2328	},
2329
2330	//Alerter l'utilisateur si aucune transition n'a Ã©tÃ© trouvÃ©e
2331	OnclickVerifTransition : function()
2332	{
2333	//si l'utilisateur change les valeurs de spectral range et clique directement sur le menu dÃ©roulant des transitions
2334	//le menu dÃ©roulant ne se met pas Ã jour avant de faire la vÃ©rification
2335	this.containerFormSpectralRangeLower.blur();
2336	this.containerFormSpectralRangeUpper.blur();
2337
2338
2339
2340
2341	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2342	//cas oÃ¹ la requete utilisateur est correct mais il n'y a pas de transition pour cette molecule t ce domaine spectral
2343	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="transition" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="transition")
2344	{
2345	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2346	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2347	this.selectTransitionUpper.blur();
2348	this.selectTransitionLower.blur();
2349	alert("Change isotopologues selection or spectral range values to obtain transition values");
2350
2351	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2352	//document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2353	}
2354	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2355	//cas oÃ¹ la requete est fausse = les valeurs du domaine spectral sont fausses
2356	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="requestError" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="requestError")
2357	{
2358	this.selectTransitionUpper.blur();
2359	this.selectTransitionLower.blur();
2360	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2361	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2362	alert("Change spectral range values to obtain transition values");
2363	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2364	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2365	}
2366
2367
2368	},
2369
2370	onBlurInputMeanValue: function()
2371	{
2372	//si step est sup a 0, ajout d'une ligne Z aux parametres Y1 et y2 si elle n'est pas dÃ©jÃ prÃ©sente
2373	// !this.selectTraceAxeY1.content('Z') indique que "Z" n'exite pas dans le menu dÃ©roulant selectTraceAxeY1
2374	if ($("#meanValue2").val() > 0 && !this.selectTraceAxeY1.content('Z'))
2375	// if ($("#meanValue2").val() > 0 && document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != "Z")
2376	{
2377
2378	this.selectTraceAxeY1.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2379	this.selectTraceAxeY2.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2380	//this.selectTraceAxeY1.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, [this, "Z" ])));
2381	//this.selectTraceAxeY2.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, [this, "Z" ])));
2382	}
2383	//si step = a 0 et autres valeurs (a faire) , retrait de la ligne Z aux parametres Y1 et y2
2384	if ($("#meanValue2").val() == 0)
2385	{
2386	this.selectTraceAxeY1.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2387	this.selectTraceAxeY2.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2388	//Selection par defaut du 1er element (pour que "Number of lines" ne soit plus selectionne par defaut si il n'existe plus)
2389	this.selectTraceAxeY1.selectFirst();
2390	this.selectTraceAxeY2.selectFirst();
2391	}
2392	},
2393
2394	onClickSelectNbCourbes: function(value)
2395	{
2396	var context = this[0];
2397	var optionVal = this[1];
2398
2399	//si plusieurs courbes choisis pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont inactifs
2400	if ('cm' == value \|\| 'ci' == value)
2401	//if ('cm' == optionVal \|\| 'ci' == optionVal)
2402	{
2403	//transformer le texte en gris
2404	document.getElementById("axeY2Titre").className = "notActiveText";
2405	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2406	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2407	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2408	this.selectTraceAxeY2.disable();
2409	this.selectScaleY2.disable();
2410	this.selectTypeTraceY2.disable();
2411	//document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=true;
2412	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2413	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2414
2415	}
2416	//si une seule courbe choisie pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont actifs
2417	if ('ca' == value \|\| 'gm' == value \|\| 'gi' == value)
2418	//if ('ca' == optionVal \|\| 'gm' == optionVal \|\| 'gi' == optionVal)
2419	{
2420	//remet le texte en couleur active
2421	document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2422	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2423	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2424	{
2425	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2426	}
2427	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2428	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2429	{
2430	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2431	}
2432	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2433	this.selectTraceAxeY2.enable();
2434	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2435	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2436	{
2437	this.selectScaleY2.enable();
2438	}
2439	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2440	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2441	{
2442	this.selectTypeTraceY2.enable();
2443	}
2444
2445	//remet le texte en couleur active
2446	// document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2447	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2448	// document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=false;
2449	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2450	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2451	// {
2452	// document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2453	// document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2454	//}
2455	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2456	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2457	//{
2458	// document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2459	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2460	//}
2461	}
2462
2463
2464	},
2465
2466
2467	onClickSelectTraceAxeY1: function(value)
2468	{
2469	//si intensite n'est pas choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est inactif
2470	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() != 'B')
2471	// if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != 'B')
2472	{
2473	//transformer le texte en gris
2474	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "notActiveText";
2475	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2476	this.selectScaleY1.disable();
2477	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=true;
2478	}
2479	//si intensite est choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est actif
2480	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() == 'B')
2481	//if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value == 'B')
2482	{
2483	//transformer le texte en gris
2484	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "activeText";
2485	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2486	this.selectScaleY1.enable();
2487	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=false;
2488	}
2489	},
2490
2491	onClickSelectTraceAxeY2: function(value)
2492	{
2493	//si intensite n'est pas choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est inactif
2494	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'B')
2495	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'B')
2496	{
2497	//transformer le texte en gris
2498	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2499	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2500	this.selectScaleY2.disable();
2501	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2502	}
2503	//si intensite est choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est actif
2504	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2505	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2506	{
2507	//transformer le texte en foncÃ©
2508	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2509	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2510	this.selectScaleY2.enable();
2511	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2512	}
2513	//si aucun parametre est choisi pour Y2, le type de plot est inactif
2514	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no')
2515	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'no')
2516	{
2517	//transformer le texte en gris
2518	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2519	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2520	this.selectTypeTraceY2.disable();
2521	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2522	}
2523	//si un parametre est choisi pour Y2, le type de plot est actif
2524	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2525	// if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2526	{
2527	//transformer le texte en foncÃ©
2528	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2529	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2530	this.selectTypeTraceY2.enable();
2531	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2532	}
2533
2534	},
2535
2536	//bouton reset de toute la page (rechargement de la page)
2537	resetPage: function()
2538	{
2539	//location.reload(); //pas appliquÃ©e car supprime la fenÃªtre graphique
2540
2541	//reset du choix de la base de donnÃ©es
2542	// selectFirst : affiche le premier Ã©lÃ©ment de la liste
2543	//true : active la fonction associÃ©e au bouton
2544	//this.selectDatabase.selectFirst( true );
2545
2546	//cacher tous les isotopes
2547	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2548	var count = divs.length;
2549	var i = 0;
2550
2551	for( i = 0; i < count; i++ )
2552	{
2553	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
2554	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2555	divs.item(i).style.display = "none" ;
2556	}
2557	}
2558	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
2559
2560	//dÃ©selectionner tous les isotopes
2561	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2562	var count = inputs.length;
2563	var i=0;
2564
2565	for( i = 0; i < count; i++ )
2566	{
2567	var input = inputs.item( i );
2568	if( input.type == 'checkbox' )
2569	{
2570	input.checked = false;
2571	}
2572	}
2573	this.selectButton.setValue("Select all isotopologues");
2574
2575	//spectral range
2576	//remettre les valeurs par dÃ©faut en fonction de la base sÃ©lectionnÃ©e :
2577	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
2578	case 'GEISA2003':
2579	$("#rangeLower").val(0);
2580	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2581	break;
2582	case 'GEISA2011':
2583	$("#rangeLower").val(0);
2584	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2585	break;
2586	case 'GEISAIASI2003':
2587	$("#rangeLower").val(599.000793);
2588	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2589	break;
2590	case 'GEISAIASI2011':
2591	$("#rangeLower").val(599.000793);
2592	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2593	break;
2594	}
2595
2596	$("#sampStep").val("");
2597
2598	//intensity range
2599	$("#intensityLo").val(0);
2600	$("#intensityUp").val(1e-16);
2601
2602	this.selectNbCourbes.selectFirst( true );
2603
2604	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( true );
2605	this.selectScaleY1.selectFirst( true );
2606	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( true );
2607
2608	document.getElementById("transition1").length=0;
2609	document.getElementById("transition2").length=0;
2610	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2611	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2612	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
2613	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
2614
2615
2616	$("#meanValue2").val("");
2617
2618	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( true );
2619	this.selectScaleY2.selectFirst( true );
2620	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( true );
2621
2622	},
2623
2624	onClickSubmit: function()
2625	{
2626	this.requestGeisa();
2627	},
2628
2629	displayWindow: function(content)
2630	{
2631	//fermeture de la div de l'image d'attente
2632	this.loadingGraphics.hide();
2633
2634	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2635
2636	//alert(content);
2637	var $dialog = $( '<div></div>' )
2638
2639	.html( content )
2640
2641	.dialog( {
2642	autoOpen: false,
2643	title: "GEISA : spectroscopic database",
2644	//buttons: { "Close": function() { $(this).dialog("close"); }, "Min": function() { $(this).dialog({ height: 20, width:350 }); },"Max": function() { $(this).dialog({ height: 560, width:700 }); } },
2645	buttons:{
2646	"close":{
2647	id:'close',
2648	text:'Close',
2649	height:'30px',
2650	width:'53px',
2651	title :'to close the window',
2652	click: function() { $(this).dialog("close"); },
2653	},
2654	"min" :{
2655	id:'Min',
2656	text:'-',
2657	height:'30px',
2658	width:'30px',
2659	title :'to reduce the window',
2660	click: function() { $(this).dialog({ height:18, width:350 }); },
2661	},
2662	"max" :{
2663	id:'Max',
2664	text:'+',
2665	height:'30px',
2666	width:'30px',
2667	title :'to enlarge the window ',
2668	click: function() { $(this).dialog({ height: 640, width:700 }); },
2669	},
2670	},
2671
2672	//minHeight: 500,
2673	// minWidth: 660,
2674	height: 640,
2675	width:700,
2676	//Exemple de valeurs possible pour position : "middle", "top", [200, 100]
2677	position: "middle"
2678	} );
2679	$dialog.dialog( 'open' );
2680	},
2681
2682	// displayWindow: function(coordinate)
2683	//{
2684	//var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2685	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2686
2687	//alert(content);
2688	// var $dialog = $( '<div></div>' )
2689	// .html( content + content1 )
2690
2691	// .dialog( {
2692	// autoOpen: false,
2693	// title: "GEISA : spectroscopic database",
2694	// minHeight: 500,
2695	// minWidth: 660,
2696
2697	//coordonnee y y
2698	// position:coordinate
2699
2700	// } );
2701	// $dialog.dialog( 'open' )
2702	//},
2703
2704
2705	onClickDownload: function()
2706	{
2707	document.location.href = "project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt";
2708	}
2709
2710
2711	} );
2712
2713
2714	</script>
2715
2716
2717

Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

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