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source: geisa/web/initGeisa_script.jsp @ 730

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Line
1	<%@ page import="com.ether.Controller" %>
2	<%@ page import="com.ether.IsotopeG03" %>
3	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG03" %>
4	<%@ page import="com.ether.IsotopeG09" %>
5	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG09" %>
6
7	<script type="text/javascript">
8
9
10
11	var InterfaceInit = Class.create( {
12
13	initialize: function()
14	{
15
16	/ ******* CONTAINERS ******* /
17	this.containerFormSpectralRangeLower = $( "#spectralRangeLower" );
18	this.containerFormSpectralRangeUpper = $( "#spectralRangeUpper" );
19	this.containerFormIntensityLower = $( "#intensityLower" );
20	this.containerFormIntensityUpper = $( "#intensityUpper" );
21	this.containerFormMeanValue1 = $( "#meanValue1" );
22	this.containerDownload = $( "#downloadContainer" );
23	this.containerLoading = $( "#loading" );
24	this.containerTabs = $("#tabs");
25
26	/ ******* VARIABLE ******* /
27	//on va chercher les chemin dÃ©clarÃ© dans le controller
28	this.pathProcess = "<%=Controller.PATH_PROCESS%>";
29	this.LongPathImages = "<%=Controller.LONG_PATH_IMAGES%>";
30
31	<%--this.pathImg = <%=Controller.PATH_IMAGES%>;--%>
32
33	this.initializeMolecules();
34	this.createForm();
35
36	var downloadButton = new Button( {value:"Download", parent:$( "#downloadContainer" ), id:"button_submit_2", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDownload, this )} );
37
38	//onglet
39	this.ntabComparison = new Tab( {value:"Databases comparison", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Comparison", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabasesComparison, this )} );
40	this.ntabGlobal = new Tab( {value:"Global representation", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Global", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickGlobalRepresentation, this )} );
41	this.ntabContents = new Tab( {value:"Database contents", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Contents", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabaseContents, this )} );
42	//onglet avec la couleur active par dÃ©faut
43	this.ntabContents.active();
44	},
45
46	initializeMolecules: function()
47	{
48	this.arrayGeisa2011 = new Array();
49	this.arrayGeisa2003 = new Array();
50	this.arrayGeisaIasi2011 = new Array();
51	this.arrayGeisaIasi2003 = new Array();
52
53	var molecule = new Object();
54	molecule.id="h2o";
55	molecule.name="H<sub>2</sub>O";
56	molecule.isotopesArray = ["161", "162", "171", "181", "182", "172"];
57	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
58	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
59	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
60	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
61
62	var molecule = new Object();
63	molecule.id="co2";
64	molecule.name="CO<sub>2</sub>";
65	molecule.isotopesArray = ["626", "627", "628", "636", "637", "638", "728", "828", "838"];
66	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
67	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
68	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
69	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
70
71	var molecule = new Object();
72	molecule.id="o3";
73	molecule.name="O<sub>3</sub>";
74	molecule.isotopesArray = ["666", "668", "686", "667", "676"];
75	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
76	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
77	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
78	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
79
80	var molecule = new Object();
81	molecule.id="n2o";
82	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
83	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456","458", "546", "548", "556"];
84	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
85	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
86
87	var molecule = new Object();
88	molecule.id="n2o";
89	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
90	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456", "546"];
91	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
92	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
93
94	var molecule = new Object();
95	molecule.id="co";
96	molecule.name="CO";
97	molecule.isotopesArray = ["26", "36", "28", "27", "38", "37"];
98	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
99	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
100	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
101	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
102
103	var molecule = new Object();
104	molecule.id="ch4";
105	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
106	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
107	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
108	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
109
110	var molecule = new Object();
111	molecule.id="ch4";
112	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
113	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212", "312"];
114	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
115
116	var molecule = new Object();
117	molecule.id="ch4";
118	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
119	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212"];
120	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
121
122	var molecule = new Object();
123	molecule.id="o2";
124	molecule.name="O<sub>2</sub>";
125	molecule.isotopesArray = ["66", "67", "68"];
126	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
127	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
128
129	var molecule = new Object();
130	molecule.id="o2";
131	molecule.name="O<sub>2</sub>";
132	molecule.isotopesArray = ["66"];
133	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
134	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
135
136	var molecule = new Object();
137	molecule.id="no";
138	molecule.name="NO";
139	molecule.isotopesArray = ["46", "48", "56"];
140	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
141	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
142	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
143	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
144
145	var molecule = new Object();
146	molecule.id="so2";
147	molecule.name="SO<sub>2</sub>";
148	molecule.isotopesArray = ["626", "646"];
149	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
150	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
151	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
152	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
153
154	var molecule = new Object();
155	molecule.id="no2";
156	molecule.name="NO<sub>2</sub>";
157	molecule.isotopesArray = ["646"];
158	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
159	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
160	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
161	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
162
163	var molecule = new Object();
164	molecule.id="nh3";
165	molecule.name="NH<sub>3</sub>";
166	molecule.isotopesArray = ["411", "511" ];
167	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
168	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
169	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
170
171	var molecule = new Object();
172	molecule.id="ph3";
173	molecule.name="PH<sub>3</sub>";
174	molecule.isotopesArray = ["131" ];
175	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
176	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
177
178	var molecule = new Object();
179	molecule.id="hno3";
180	molecule.name="HNO<sub>3</sub>";
181	molecule.isotopesArray = ["146" ];
182	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
183	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
184	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
185	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
186
187	var molecule = new Object();
188	molecule.id="oh";
189	molecule.name="OH";
190	molecule.isotopesArray = ["61", "62", "81" ];
191	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
192	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
193
194	var molecule = new Object();
195	molecule.id="hf";
196	molecule.name="HF";
197	molecule.isotopesArray = ["19" ];
198	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
199	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
200
201	var molecule = new Object();
202	molecule.id="hcl";
203	molecule.name="HCL";
204	molecule.isotopesArray = ["15", "17" ];
205	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
206	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
207
208	var molecule = new Object();
209	molecule.id="hbr";
210	molecule.name="HBR";
211	molecule.isotopesArray = ["11", "19" ];
212	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
213	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
214
215	var molecule = new Object();
216	molecule.id="hi";
217	molecule.name="HI";
218	molecule.isotopesArray = ["17" ];
219	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
220	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
221
222	var molecule = new Object();
223	molecule.id="clo";
224	molecule.name="ClO";
225	molecule.isotopesArray = ["56", "76" ];
226	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
227	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
228
229	var molecule = new Object();
230	molecule.id="ocs";
231	molecule.name="OCS";
232	molecule.isotopesArray = ["622", "624", "632", "623", "822", "634"];
233	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
234	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
235	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
236	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
237
238	var molecule = new Object();
239	molecule.id="h2co";
240	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
241	molecule.isotopesArray = ["126", "128", "136"];
242	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
243	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
244
245	var molecule = new Object();
246	molecule.id="h2co";
247	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
248	molecule.isotopesArray = ["126"];
249	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
250
251	var molecule = new Object();
252	molecule.id="c2h6";
253	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>6</sub>";
254	molecule.isotopesArray = ["226", "236"];
255	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
256	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
257
258	var molecule = new Object();
259	molecule.id="ch3d";
260	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
261	molecule.isotopesArray = ["212", "312"];
262	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
263
264	var molecule = new Object();
265	molecule.id="ch3d";
266	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
267	molecule.isotopesArray = ["212"];
268	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
269
270	var molecule = new Object();
271	molecule.id="c2h2";
272	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>2</sub>";
273	molecule.isotopesArray = ["221", "231"];
274	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
275	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
276	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
277	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
278
279	var molecule = new Object();
280	molecule.id="c2h4";
281	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>4</sub>";
282	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
283	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
284	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
285	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
286
287	var molecule = new Object();
288	molecule.id="geh4";
289	molecule.name="GeH<sub>4</sub>";
290	molecule.isotopesArray = ["411"];
291	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
292	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
293
294	var molecule = new Object();
295	molecule.id="hcn";
296	molecule.name="HCN";
297	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134", "224"];
298	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
299	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
300
301	var molecule = new Object();
302	molecule.id="hcn";
303	molecule.name="HCN";
304	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134"];
305	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
306
307	var molecule = new Object();
308	molecule.id="c3h8";
309	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>8</sub>";
310	molecule.isotopesArray = ["221"];
311	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
312	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
313
314	var molecule = new Object();
315	molecule.id="c2n2";
316	molecule.name="C<sub>2</sub>N<sub>2</sub>";
317	molecule.isotopesArray = ["224"];
318	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
319	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
320
321	var molecule = new Object();
322	molecule.id="c4h2";
323	molecule.name="C<sub>4</sub>H<sub>2</sub>";
324	molecule.isotopesArray = ["211"];
325	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
326	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
327
328	var molecule = new Object();
329	molecule.id="hc3n";
330	molecule.name="HC<sub>3</sub>N";
331	molecule.isotopesArray = ["124"];
332	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
333	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
334
335	var molecule = new Object();
336	molecule.id="hocl";
337	molecule.name="HOCl";
338	molecule.isotopesArray = ["165", "167"];
339	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
340	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
341
342	var molecule = new Object();
343	molecule.id="n2";
344	molecule.name="N<sub>2</sub>";
345	molecule.isotopesArray = ["44"];
346	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
347	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
348	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
349	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
350
351	var molecule = new Object();
352	molecule.id="ch3cl";
353	molecule.name="CH<sub>3</sub>Cl";
354	molecule.isotopesArray = ["215", "217"];
355	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
356	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
357
358	var molecule = new Object();
359	molecule.id="h2o2";
360	molecule.name="H<sub>2</sub>O<sub>2</sub>";
361	molecule.isotopesArray = ["166"];
362	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
363	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
364
365	var molecule = new Object();
366	molecule.id="h2s";
367	molecule.name="H<sub>2</sub>S";
368	molecule.isotopesArray = ["121", "141", "131"];
369	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
370	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
371
372	var molecule = new Object();
373	molecule.id="hcooh";
374	molecule.name="HCOOH";
375	molecule.isotopesArray = ["261"];
376	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
377	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
378	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
379
380	var molecule = new Object();
381	molecule.id="cof2";
382	molecule.name="COF<sub>2</sub>";
383	molecule.isotopesArray = ["269"];
384	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
385	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
386
387	var molecule = new Object();
388	molecule.id="sf6";
389	molecule.name="SF<sub>6</sub>";
390	molecule.isotopesArray = ["29"];
391	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
392	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
393
394	var molecule = new Object();
395	molecule.id="c3h4";
396	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>4</sub>";
397	molecule.isotopesArray = ["341"];
398	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
399	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
400
401	var molecule = new Object();
402	molecule.id="ho2";
403	molecule.name="HO<sub>2</sub>";
404	molecule.isotopesArray = ["166"];
405	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
406	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
407
408	var molecule = new Object();
409	molecule.id="clono2";
410	molecule.name="ClONO<sub>2</sub>";
411	molecule.isotopesArray = ["564", "764"];
412	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
413	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
414
415	var molecule = new Object();
416	molecule.id="ch3br";
417	molecule.name="CH<sub>3</sub>Br";
418	molecule.isotopesArray = ["79", "81"];
419	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
420
421	var molecule = new Object();
422	molecule.id="ch3oh";
423	molecule.name="CH<sub>3</sub>OH";
424	molecule.isotopesArray = ["216"];
425	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
426	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
427
428	var molecule = new Object();
429	molecule.id="noplus";
430	molecule.name="NO<sup>+</sup>";
431	molecule.isotopesArray = ["46"];
432	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
433
434	var molecule = new Object();
435	molecule.id="hnc";
436	molecule.name="HNC";
437	molecule.isotopesArray = ["142"];
438	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
439
440	var molecule = new Object();
441	molecule.id="c6h6";
442	molecule.name="C<sub>6</sub>H<sub>6</sub>";
443	molecule.isotopesArray = ["266"];
444	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
445
446	var molecule = new Object();
447	molecule.id="c2hd";
448	molecule.name="C<sub>2</sub>HD";
449	molecule.isotopesArray = ["122"];
450	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
451
452	var molecule = new Object();
453	molecule.id="cf4";
454	molecule.name="CF<sub>4</sub>";
455	molecule.isotopesArray = ["291"];
456	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
457
458	var molecule = new Object();
459	molecule.id="ch3cn";
460	molecule.name="CH<sub>3</sub>CN";
461	molecule.isotopesArray = ["234"];
462	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
463
464
465	},
466
467	// CREATES ********************************************************
468	createForm: function()
469	{
470	//Titre de la page
471	var titlePage = document.createTextNode("Graphic vizualisation of the GEISA database");
472	document.getElementById("titlePage").appendChild(titlePage);
473
474	// Create menu deroulant choix de la base
475	var paramDatabase = new Object();
476	paramDatabase.id = "selectDatabase";
477	paramDatabase.parent = $("#database1");
478	this.selectDatabase = new Select( paramDatabase );
479	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
480	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
481	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
482	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
483	this.selectDatabase.selectFirst( false );
484	var bob = this.selectDatabase.getValues();
485
486	// Create menu deroulant choix de la base2 pour l'onglet "Database comparison"
487
488	var paramDatabase2 = new Object();
489	paramDatabase2.id = "selectDatabase2";
490	paramDatabase2.parent = $("#database2");
491	this.selectDatabase2 = new Select( paramDatabase2 );
492	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011");
493	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003");
494	this.selectDatabase2.add( 'HITRAN2009', "HITRAN 2009" );
495	this.selectDatabase2.selectFirst( false );
496
497
498
499
500	//crÃ©ation du bloc des molÃ©cules
501	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2011'), this.arrayGeisa2011, "GEISA2011");
502	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2003'), this.arrayGeisa2003, "GEISA2003");
503	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2011'), this.arrayGeisaIasi2011, "GEISAIASI2011");
504	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2003'), this.arrayGeisaIasi2003, "GEISAIASI2003");
505
506	//bouton selection-deselection toutes les molÃ©cules et isotopes
507	this.selectButton = new Button( {value:"Select all molecules", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonSelect", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.selectAll, this )} );
508	//bouton montrer-cacher les isotopes
509	this.showButton = new Button( {value:"View all isotopologues", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonShow", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.viewAll, this )} );
510
511
512
513	//Zone texte SpectralRange
514	//Titre gÃ©nÃ©ral (qui changera en fonction de la base geisa choisie)
515	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
516	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
517
518	//Titre
519	document.getElementById("spectralRangeLower").innerHTML = "Lower value, cm<sup>-1</sup> : ";
520	document.getElementById("spectralRangeUpper").innerHTML = "Upper value, cm<sup>-1</sup> : ";
521	document.getElementById("samplingStep").innerHTML = "<br> Splitting step, cm<sup>-1</sup> : <a href='#' TITLE='Split equally the selected spectral range for generating a series of graphs. Default case: one graph for the whole spectral range.'><img src='resources/images/elements/index.jpeg' height='16px' width='16px'></a> ";
522	//zone texte SpectralRangeLower
523	var inputSpectralRangeLower = $( document.createElement( "input" ) );
524	inputSpectralRangeLower.attr( {id:"rangeLower", class:"styleInputs"} );
525	inputSpectralRangeLower.val(0);
526	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions
527	inputSpectralRangeLower.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
528	this.containerFormSpectralRangeLower.append( inputSpectralRangeLower );
529	//zone texte SpectralRangeUpper
530	var inputSpectralRangeUpper = $( document.createElement( "input" ) );
531	inputSpectralRangeUpper.attr( {id:"rangeUpper"} );
532	inputSpectralRangeUpper.val(35877.030506);
533	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions lorsque l'on change la valeur du spectral range
534	inputSpectralRangeUpper.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
535	this.containerFormSpectralRangeUpper.append( inputSpectralRangeUpper );
536	//zone texte Sampling step Splitting step
537	var inputSamplingStep = $( document.createElement( "input" ) );
538	inputSamplingStep.attr( {id:"sampStep", size:6} );
539	$("#samplingStep").append( inputSamplingStep );
540
541
542
543
544	//Zone texte Intensity
545	//Titre
546	document.getElementById("intensityLower").innerHTML = "Lower value, cm/mol. : "
547	document.getElementById("intensityUpper").innerHTML = "Upper value, cm/mol. : "
548	//zone texte IntensityLower
549	var inputIntensityLower = $( document.createElement( "input" ) );
550	inputIntensityLower.attr( {id:"intensityLo", class:"styleInputs"} );
551	inputIntensityLower.val(0);
552	this.containerFormIntensityLower.append( inputIntensityLower );
553	//zone texte IntensityUpper
554	var inputIntensityUpper = $( document.createElement( "input" ) );
555	inputIntensityUpper.attr( {id:"intensityUp"} );
556	inputIntensityUpper.val(1e-16);
557	this.containerFormIntensityUpper.append( inputIntensityUpper );
558
559
560	// Create menu deroulant 1er choix axe des y
561	//Titre
562	var titleAxeY1 = document.createTextNode("Select parameter (left Y-axis)");
563	document.getElementById("axeY1").appendChild(titleAxeY1);
564	var spaceBr = document.createElement ("br");
565	document.getElementById("axeY1").appendChild(spaceBr);
566	//menu dÃ©roulant
567	var paramSelectAxeY1 = new Object();
568	paramSelectAxeY1.id = "selectAxeY1";
569	paramSelectAxeY1.parent = $("#axeY1");
570	this.selectTraceAxeY1 = new Select( paramSelectAxeY1 );
571	this.selectTraceAxeY1.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ));
572	this.selectTraceAxeY1.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
573	this.selectTraceAxeY1.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
574	this.selectTraceAxeY1.add( 'F', "Temperature dependence coefficient n of HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
575	this.selectTraceAxeY1.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHMself)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
576	this.selectTraceAxeY1.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
577	this.selectTraceAxeY1.add( 'R', "Temperature dependence coeff. of the air pressure shift", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
578	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( false );
579
580	// Create menu deroulant type de graphe
581	//Titre
582	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Type of graph");
583	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(titleTypeTrace);
584	var spaceBr = document.createElement ("br");
585	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(spaceBr);
586	//menu dÃ©roulant
587	var paramNbCourbes = new Object();
588	paramNbCourbes.id = "selectNbCourbes";
589	paramNbCourbes.parent = $("#nbCourbes");
590	this.selectNbCourbes = new Select( paramNbCourbes );
591	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selection", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
592	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
593	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
594	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
595	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
596	this.selectNbCourbes.selectFirst( false );
597
598	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y1
599	//Titre
600	var titleScaleY1 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
601	document.getElementById("scaleY1Titre").appendChild(titleScaleY1);
602	//menu dÃ©roulant
603	var paramSelectScaleY1 = new Object();
604	paramSelectScaleY1.id = "selectScaleY1";
605	paramSelectScaleY1.parent = $("#scaleY1");
606	this.selectScaleY1 = new Select( paramSelectScaleY1 );
607	this.selectScaleY1.add( 'l', "Linear" );
608	this.selectScaleY1.add( '-log_scale', "Logarithmic" );
609	this.selectScaleY1.selectFirst( false );
610
611
612	// Create menu deroulant style de tracer Y1
613	//Titre
614	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
615	document.getElementById("typePlotY1Titre").appendChild(titleTypeTrace);
616	var spaceBr = document.createElement ("br");
617	document.getElementById("typePlotY1Titre").appendChild(spaceBr);
618	//menu dÃ©roulant
619	var paramSelectTypeTraceY1 = new Object();
620	paramSelectTypeTraceY1.id = "selectTypePlotY1";
621	paramSelectTypeTraceY1.parent = $("#typePlotY1");
622	this.selectTypeTraceY1 = new Select( paramSelectTypeTraceY1 );
623	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
624	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
625	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
626	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
627	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( false );
628
629	//menu dÃ©roulant tracÃ© de la 2Ãšme base pour l'onglet "Database comparison"
630	var paramSelectTypeTraceDatabase2 = new Object();
631	paramSelectTypeTraceDatabase2.id = "selectTypePlotDatabase2";
632	paramSelectTypeTraceDatabase2.parent = $("#typePlotDatabase2");
633	this.selectTypeTraceDatabase2 = new Select( paramSelectTypeTraceDatabase2 );
634	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'l', "Lines" );
635	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'p', "Dots" );
636	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'i', "Peaks" );
637	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
638	this.selectTypeTraceDatabase2.selectFirst( false );
639
640
641	//lien pour montrer ou cacher le bloc "advanced options"
642	var showHide = $(document.createElement("a"));
643	showHide.html("Show advanced options");
644	showHide.attr( {id:"aShowHide", class:"fieldsetGeneralTitle"} );
645	showHide.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.onClickShowAdvancedOptions));
646	$("#showAdvancedOptions").append(showHide);
647
648
649	//titre menu deroulant transition upper
650	var titleTransitionUpper = document.createTextNode("Upper state : ");
651	document.getElementById("transitionUpper").appendChild(titleTransitionUpper);
652	//titre menu deroulant transition upper
653	this.selectTransitionUpper = $( document.createElement( "select" ) );
654	this.selectTransitionUpper.attr( {id:"transition1"} );
655	//fonction sur le menu dÃ©roulant (des qu'on clique dessus) et non sur chacune des options
656	this.selectTransitionUpper.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
657	var optTransitionUpper = $( document.createElement( "option" ) );
658	optTransitionUpper.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
659	this.selectTransitionUpper.append(optTransitionUpper);
660	$("#transitionUpper").append(this.selectTransitionUpper);
661
662
663	//titre menu deroulant transition lower
664	var titleTransitionLower = document.createTextNode("Lower state : ");
665	document.getElementById("transitionLower").appendChild(titleTransitionLower);
666	// Create menu deroulant transition lower
667	this.selectTransitionLower = $( document.createElement( "select" ) );
668	this.selectTransitionLower.attr( {id:"transition2"} );
669	this.selectTransitionLower.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
670	var optTransitionLower = $( document.createElement( "option" ) );
671	optTransitionLower.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
672	this.selectTransitionLower.append(optTransitionLower);
673	$("#transitionLower").append(this.selectTransitionLower);
674
675	//bouton reset pour les transition
676	var resetButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#transitionReset" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.requestTransition, this )} );
677
678
679	//Zone text Mean Value Bin-average
680	//Titre
681	var titleMeanValue = document.createTextNode("Bin-average : ");
682	document.getElementById("meanValue1").appendChild(titleMeanValue);
683	//champ input
684	var inputMeanValue = $( document.createElement( "input" ) );
685	inputMeanValue.attr( {id:"meanValue2", size:6} );
686	inputMeanValue.val(0);
687	this.containerFormMeanValue1.append( inputMeanValue );
688	inputMeanValue.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.onBlurInputMeanValue, this ));
689
690
691	// Create menu deroulant 2eme choix axe des y
692	//Titre
693	var titleAxeY2 = document.createTextNode("Select secondary parameter (right Y-axis)");
694	document.getElementById("axeY2Titre").appendChild(titleAxeY2);
695	//menu dÃ©roulant
696	var paramSelectAxeY2 = new Object();
697	paramSelectAxeY2.id = "selectAxeY2";
698	paramSelectAxeY2.parent = $("#axeY2");
699	this.selectTraceAxeY2 = new Select( paramSelectAxeY2 );
700	this.selectTraceAxeY2.add( 'no', "None", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
701	this.selectTraceAxeY2.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
702	this.selectTraceAxeY2.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
703	this.selectTraceAxeY2.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
704	this.selectTraceAxeY2.add( 'F', "Temperature dependence coefficient n of HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
705	this.selectTraceAxeY2.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHMself)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
706	this.selectTraceAxeY2.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
707	this.selectTraceAxeY2.add( 'R', "Temperature dependence coeff. of the air pressure shift", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
708	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( false );
709
710
711	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y2
712	//Titre
713	var titleScaleY2 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
714	document.getElementById("scaleY2Titre").appendChild(titleScaleY2);
715	//menu dÃ©roulant
716	var paramSelectScaleY2 = new Object();
717	paramSelectScaleY2.id = "SelectScaleY2";
718	paramSelectScaleY2.parent = $("#scaleY2");
719	this.selectScaleY2 = new Select( paramSelectScaleY2 );
720	this.selectScaleY2.add( 'l', "Linear" );
721	this.selectScaleY2.add( '-log_scale2', "Logarithmic" );
722	this.selectScaleY2.selectFirst( false );
723	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
724	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
725	this.selectScaleY2.disable();
726
727
728	// Create menu deroulant style de tracer Y2
729	//Titre
730	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
731	document.getElementById("typePlotY2Titre").appendChild(titleTypeTrace);
732	//menu dÃ©roulant
733	var paramSelectTypeTraceY2 = new Object();
734	paramSelectTypeTraceY2.id = "selectTypePlotY2";
735	paramSelectTypeTraceY2.parent = $("#typePlotY2");
736	this.selectTypeTraceY2 = new Select( paramSelectTypeTraceY2 );
737	this.selectTypeTraceY2.add( 'l', "Lines" );
738	this.selectTypeTraceY2.add( 'p', "Dots" );
739	this.selectTypeTraceY2.add( 'i', "Peaks" );
740	this.selectTypeTraceY2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
741	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( false );
742	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
743	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
744	this.selectTypeTraceY2.disable();
745
746	// Create menu deroulant choix de la sortie pour l'onglet "Database comparison"
747	var paramoutputDatabasecomparison = new Object();
748	paramoutputDatabasecomparison.id = "outputDatabaseComparisonChoice1";
749	paramoutputDatabasecomparison.parent = $("#outputDatabaseComparisonChoice");
750	this.selectOutputDatabasecomparison = new Select( paramoutputDatabasecomparison );
751	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'def', "Default output" );
752	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step', "Mean difference" );
753	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step100', "Mean difference in percentage" );
754	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_stepboth', "Both mean difference" );
755	this.selectOutputDatabasecomparison.selectFirst( false );
756
757
758	//crÃ©ation de l'image d'attente
759	var param = new Object();
760	param.id = "loadingForGraphics";
761	param.parent = this.containerLoading;
762	this.loadingGraphics = new Loading( param );
763	// this.loadingGraphics.display();
764	//this.loadingGraphics.hide();
765
766
767	// var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
768	var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "positive", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
769	//bouton reset pour toute la page
770	var resetPageButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.resetPage, this )} );
771
772
773
774	},
775
776
777
778
779	/**
780	* This method creates the case to check for the moles
781	* create cases Ã cocher pour les molÃ©cules
782	* @param container
783	* @param moleculesArray
784	*/
785	//createMolecules: function(container, moleculesArray)
786	createMolecules: function(container, moleculesArray, BddVersion)
787	{
788	var table = $(document.createElement("table"));
789	container.append(table);
790
791	var i=0;
792	//nombre de molecules par ligne
793	var l=11;
794	//taille du tableau
795	//alert("l" +moleculesArray.length);
796
797
798	$.each(moleculesArray, jQuery.proxy( function(index, moleculeElement )
799	{
800
801
802	//this.tr et non var tr pour que tr existe encore Ã la sortie du if
803	if ( index == (i*l))
804	{
805	//alert(index);
806	this.tr = $(document.createElement("tr"));
807	this.tr.attr({valign: "top"});
808	table.append(this.tr);
809	i=i+1;
810
811	}
812	var td = $(document.createElement("td"));
813	this.tr.append(td);
814
815	var span= $(document.createElement("span"));
816	span.addClass("molecule");
817	td.append(span);
818
819	var input = $(document.createElement("input"));
820	input.attr({type:"checkbox", id:"all-"+moleculeElement.id+"-"+BddVersion});
821	input.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliquetout, [this, moleculeElement.id, BddVersion ] ));
822	span.append(input);
823
824	var a = $(document.createElement("a"));
825	a.html("<b>"+moleculeElement.name+"</b>");
826
827	a.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.visibilite, [this,"Cache-"+ moleculeElement.id] ));
828	span.append(a);
829
830	var div= $(document.createElement("div"));
831	div.addClass("divViolet");
832	div.attr({id:"Cache-"+moleculeElement.id, style: "display:none"});
833	td.append(div);
834
835	var spanIsotopes= $(document.createElement("span"));
836	spanIsotopes.addClass("isotope");
837	spanIsotopes.attr({id:moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion});
838	div.append(spanIsotopes);
839
840
841	this.createIsotopes($("#"+moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion), moleculeElement.isotopesArray, moleculeElement.id, BddVersion);
842
843
844	}, this) );
845
846
847	},
848
849	createIsotopes: function(container, isotopesArray, moleculeElement, BddVersion )
850	{
851
852
853	$.each(isotopesArray, jQuery.proxy( function( index, isotopeElement )
854	{
855	container.append("   ");
856	var inputIsotopes = $(document.createElement("input"));
857	inputIsotopes.attr({type:"checkbox", id:"chk-"+moleculeElement+"_"+isotopeElement+"-"+BddVersion, name:"moles", value:moleculeElement+"_"+isotopeElement});
858	inputIsotopes.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliqueIsotope, [this, moleculeElement+"_"+isotopeElement, moleculeElement, BddVersion ] ));
859	container.append(inputIsotopes);
860	container.append(isotopeElement);
861	var br = $(document.createElement("br"));
862	container.append(br);
863
864	}, this) );
865	},
866
867	// <table><tr><td>
868	// <span class="molecule"><input type=checkbox id=all-ch3cn-GEISA2011 onclick="cliquetout('this, ch3cn, GEISA2011');">
869	// <a href="javascript:visibilite('this, Cache-ch3cn');"><B>CH<sub>3</sub>CN</a></B>
870	// </span>
871	// <div class="divViolet" id="Cache-ch3cn" style="display:none;">
872	// <span class="isotope" id="ch3cnIsotopeGEISA2011">   <input type=checkbox id=chk-ch3cn_234-GEISA2011 name=moles value=ch3cn_234 onclick="cliqueIsotope('this, ch3cn_234, GEISA2011');">234<br></span>
873	// </div>
874	// </td></tr></table>
875
876	// REQUESTS ********************************************************
877	//rÃ©cupÃ©ration de toutes les valeurs choisies par l'utilisateur et transformation de ces valeurs pour les inclure dans la requÃªte fortran
878	requestGeisa: function()
879	{
880	//temps en ms pour obtenir un nom unique de rÃ©pertoire
881	var dateTime = new Date().getTime();
882	this.NomRepFileOut = "graph"+dateTime+"/";
883
884
885	// appel ajax
886
887	//sÃ©lection du fichier binaire de la base geisa sÃ©lectionnÃ©e
888	var paramBase = "";
889	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
890	case 'GEISA2003':
891	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2003_asc_gs03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISA2003 -database_type gs03 -type_out png";
892	break;
893	case 'GEISA2011':
894	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2009_bin -database_name GEISA2011 -database_type gs08 -type_out png";
895	break;
896	case 'GEISAIASI2003':
897	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2003_asc_gsi03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISAIASI2003 -database_type gsi03 -type_out png";
898	break;
899	case 'GEISAIASI2011':
900	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2011_bin_gsi08_v1.0 -database_name GEISAIASI2011 -database_type gsi08 -type_out png";
901	break;
902	}
903
904	//sÃ©lection du fichier binaire de deuxiÃšme base geisa sÃ©lectionnÃ©e pour l'option graphique "databases comparison"
905	var paramBase2 = "";
906	switch (this.selectDatabase2.getValue()) {
907	case 'GEISA2003':
908	paramBase2 = " -filein2 "+this.pathProcess+"line_GEISA2003_bin_gs08_v1.0 -database_name2 GEISA2003";
909	break;
910	case 'GEISA2011':
911	paramBase2 = " -filein2 "+this.pathProcess+"line_GEISA2009_bin -database_name2 GEISA2011 -database_type gs08";
912	break;
913	case 'HITRAN2009':
914	paramBase2 = " -filein2 "+this.pathProcess+"HITRAN_2009_bin -database_name2 HITRAN2009";
915	break;
916	}
917
918
919	//molÃ©cules
920	//rÃ©cupÃ©ration des molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
921	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
922	var count = inputs.length;
923	var isotopesSelectedName ="";
924	// alert(this.selectDatabase.getValue());
925	var i=0;
926	this.nbIsotopes = 0;
927	this.nbMolecules = 0;
928	this.nbGraph = 0;
929	for( i = 0; i < count; i++ )
930	{
931	var input = inputs.item( i );
932	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
933	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
934	{
935	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
936	this.nbIsotopes = this.nbIsotopes + 1;
937
938	var molN=input.value;
939	var molN1=molN.replace("_", ":");
940	// exemple : -moleisot h2o:161 -moleisot h2o:162 -moleisot co2:626 -moleisot co2:627 -moleisot o3:666 -moleisot o3:668
941	isotopesSelectedName = isotopesSelectedName+"-moleisot "+molN1+" ";
942	}
943	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
944	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
945	{
946	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
947	this.nbMolecules = this.nbMolecules + 1;
948	}
949	}
950
951
952	//averti l'utilisateur qu'il faut au moins sÃ©lectionner un isotope
953	if (this.nbIsotopes == 0) {
954	alert("Error : no molecule or isotopoloque was selected");
955	return;
956	}
957
958
959
960	//sÃ©lection du nombre de courbes ou de graphs
961
962	var nbCourbes = "";
963	//dans le cas de l'option "Global representation" tous les 10 isotopes ou molecules un nouveau graph est construit
964	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="global" )
965	{
966	switch (this.selectNbCourbes.getValue()) {
967	case 'cm':
968	nbCourbes = "-separate_mol ";
969	//si c'est un entier
970	if((parseFloat(this.nbMolecules/10) == parseInt(this.nbMolecules/10))){
971	this.nbGraph = parseInt(this.nbMolecules/10);
972	}
973	//si ce n'est pas un entier
974	else{
975	this.nbGraph = parseInt(this.nbMolecules/10)+1;
976	}
977	break;
978	case 'ci':
979	nbCourbes = "-separate_iso ";
980	//si c'est un entier
981	if((parseFloat(this.nbIsotopes/10) == parseInt(this.nbIsotopes/10))){
982	this.nbGraph = parseInt(this.nbIsotopes/10);
983	}
984	else{
985	this.nbGraph = parseInt(this.nbIsotopes/10)+1;
986	}
987	break;
988	}
989	}
990	else
991	//dans les 2 autres cas
992	{
993	switch (this.selectNbCourbes.getValue()) {
994	//sswitch (document.getElementById('selectNbCourbes').options[document.getElementById('selectNbCourbes').selectedIndex].value) {
995	case 'cm':
996	nbCourbes = "-separate_mol -same_graph ";
997	this.nbGraph = 1;
998	this.nbCourbe = this.nbMolecules;
999	if (this.nbCourbe > 8) {
1000	alert("Too much molecules selected to draw one curve for each molecule selected (>8)");
1001	return;
1002	}
1003	break;
1004	case 'ci':
1005	nbCourbes = "-separate_iso -same_graph ";
1006	this.nbGraph = 1;
1007	this.nbCourbe = this.nbIsotopes;
1008	if (this.nbCourbe > 8) {
1009	alert("Too much isotopologues selected to draw one curve for each isotopologues selected (>8)");
1010	return;
1011	}
1012	break;
1013	case 'gm':
1014	nbCourbes = "-separate_mol ";
1015	this.nbGraph = this.nbMolecules;
1016	if (this.nbGraph > 20) {
1017	alert("Too much molecules selected to draw one graph for each molecules selected (>20)");
1018	return;
1019	}
1020	break;
1021	case 'gi':
1022	nbCourbes = "-separate_iso ";
1023	this.nbGraph = this.nbIsotopes;
1024	if (this.nbGraph > 20) {
1025	alert("Too much isotopologues selected to draw one graph for each isotopologues selected (>20)");
1026	return;
1027	}
1028	break;
1029	default:
1030	nbCourbes = "";
1031	this.nbGraph = 1;
1032	break;
1033	}
1034	}
1035
1036	//Spectral range
1037	var rangeLower="-wavenb_min "+$("#rangeLower").val();
1038	var rangeUpper="-wavenb_max "+$("#rangeUpper").val();
1039
1040	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1041
1042	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
1043	case 'GEISA2003':
1044	//isNaN = n'est pas un nombre
1045	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1046	{
1047	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1048	return;
1049	}
1050
1051	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1052	{
1053	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1054	return;
1055	}
1056
1057	break;
1058	case 'GEISA2011':
1059	//isNaN = n'est pas un nombre
1060	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1061	{
1062	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1063	return;
1064	}
1065
1066	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1067	{
1068	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1069	return;
1070	}
1071	break;
1072	case 'GEISAIASI2003':
1073	//isNaN = n'est pas un nombre
1074	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1075	{
1076	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1077	return;
1078	}
1079
1080	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1081	{
1082	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1083	return;
1084	}
1085	break;
1086	case 'GEISAIASI2011':
1087	//isNaN = n'est pas un nombre
1088	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1089	{
1090	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1091	return;
1092	}
1093
1094	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1095	{
1096	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1097	return;
1098	}
1099	break;
1100	}
1101
1102
1103	if ($("#rangeLower").val() == "" )
1104	{
1105	rangeLower="";
1106	}
1107
1108	if ($("#rangeUpper").val() == "" )
1109	{
1110	rangeUpper="";
1111	}
1112	if( parseInt($("#rangeLower").val()) > parseInt($("#rangeUpper").val()) )
1113	{
1114	alert("Error: lower spectral range area is superior to upper spectral range area ");
1115	return;
1116	}
1117
1118
1119
1120	//Sampling step Splitting step
1121	if( $("#sampStep").val() > 0 )
1122	{
1123	var samplingStep="-band "+$("#sampStep").val();
1124	//calcul du nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s par l'option Sampling step
1125	this.nbGraphSamplingStep = (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) / parseFloat($("#sampStep").val());
1126	//calcul du nombre de graphs total Ã tracer (nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ©s par "type of graph" * nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ© par "Sampling Step")
1127	//test pour voir si "nbGraphSamplingStep" est un entier
1128	if ((this.nbGraphSamplingStep - parseInt(this.nbGraphSamplingStep)) == 0)
1129	{
1130	this.nbGraph=(this.nbGraph)*(this.nbGraphSamplingStep);
1131	}
1132	else
1133	{
1134	// si "nbGraphSamplingStep" n'est pas un entier prendre le nbre entier suivant
1135	this.nbGraph=this.nbGraph*(parseInt(this.nbGraphSamplingStep)+1);
1136	}
1137	}
1138
1139	if(isNaN($("#sampStep").val()) == true \|\| parseInt($("#sampStep").val()) < 0 )
1140	{
1141	alert("Error: Invalid value for sampling step");
1142	return;
1143	}
1144
1145	//Splitting step
1146	if( $("#sampStep").val() == 0 )
1147	{
1148	var samplingStep="";
1149	}
1150
1151	//test sur le nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s
1152	if (this.nbGraph > 20)
1153	{
1154	alert("Too many graphics will be drawn ("+this.nbGraph+"). Please change the value of the sampling step or change the type of graph.");
1155	return;
1156	}
1157
1158
1159
1160	//Transitions to do
1161	//exemple de requete avec transition
1162	//./all -filein line_GEISA2009_bin -moleisot h2o:161 -wavenb_min 1 -wavenb_max 1000 -database_name "GEISA2011" -vib_ident_lower '[000]'
1163	var transitionUpper=document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value;
1164
1165	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1166	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1167	var nb=0;
1168	nb=25-transitionUpper.length
1169	if (nb != 0)
1170	{
1171	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1172	transitionUpper=transitionUpper+" ";
1173	}
1174	}
1175
1176
1177	var transitionLower=document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value;
1178
1179	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1180	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1181	var nb=0;
1182	nb=25-transitionLower.length
1183	if (nb != 0)
1184	{
1185	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1186	transitionLower=transitionLower+" ";
1187	}
1188	}
1189
1190	//pas de transition sÃ©lectionnÃ©e
1191
1192	if (( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "transition" ))
1193	{
1194	transitionUpper ="no";
1195	}
1196	if (( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "transition" ))
1197	{
1198	transitionLower ="no";
1199	}
1200
1201	if ( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "")
1202	{
1203	transitionUpper ="noValue";
1204	}
1205
1206	if ( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "")
1207	{
1208	transitionLower ="noValue";
1209	}
1210
1211	var sel = document.getElementById('transition1');
1212	var idupper = sel.options[sel.selectedIndex].value;
1213
1214	//Intensity range
1215	var intensityLower="-int_min "+$("#intensityLo").val();
1216	var intensityUpper="-int_max "+$("#intensityUp").val();
1217
1218	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1219	if(isNaN($("#intensityLo").val()) == true \|\| $("#intensityLo").val() < 0 )
1220	{
1221	alert("Error: Invalid value for lower intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1222	return;
1223	}
1224	if ($("#intensityLo").val() == "" )
1225	{
1226	intensityLower="";
1227	}
1228	if(isNaN($("#intensityUp").val()) == true \|\| $("#intensityUp").val() < 0 )
1229	{
1230	alert("Error: Invalid value for upper intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1231	return;
1232	}
1233	if ($("#intensityUp").val() == "" )
1234	{
1235	intensityUpper="";
1236	}
1237
1238	//to do javascript ne sait comparer des exponenciels
1239	// if( $("#intensityLo").val() > $("#intensityUp").val() )
1240
1241	// {
1242	// alert("Error: lower intensity range area is superior to upper intensity range area ");
1243	// return;
1244	// }
1245
1246
1247	//Valeur de mean value Bin-average
1248	var meanValue = "-step "+$("#meanValue2").val();
1249	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1250	//Si ce n'est pas un nombre ou si il est nÃ©gatif ou si mean value est supÃ©rieur ou Ã©gal Ã l'interval spectral
1251	if(isNaN($("#meanValue2").val()) == true \|\| $("#meanValue2").val() < 0 \|\| $("#meanValue2").val() >= (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) )
1252	{
1253	alert("Error: Invalid value for Average calculation area");
1254	return;
1255	}
1256	//si aucune valeur
1257	if ($("#meanValue2").val() == "" )
1258	{
1259	meanValue="";
1260	}
1261
1262	//sÃ©lection du premier choix pour l'axe des Y
1263	var field="-field "+this.selectTraceAxeY1.getValue();
1264
1265
1266	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y1 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1267	if (this.selectScaleY1.getValue() == '-log_scale' && this.selectScaleY1.isDisable == false)
1268	{
1269	var logScale = this.selectScaleY1.getValue();
1270	}
1271	else
1272	{
1273	var logScale = ""
1274	}
1275
1276
1277
1278	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y1
1279	var lineType="-line_type "+this.selectTypeTraceY1.getValue();
1280	//var lineType="-line_type "+document.getElementById('selectTypePlotY1').options[document.getElementById('selectTypePlotY1').selectedIndex].value;
1281
1282	// sÃ©lection du type de tracÃ© pour la deuxiÃšme base dans l'option "databases comparison"
1283	//var lineType3="-line_type3 "+this.selectTypeTraceDatabase2.getValue();
1284
1285	//sÃ©lection ou non d'un 2eme choix pour l'axe des Y (pas de valeur pour ce champ si choix none ou si l'option n'est pas activÃ©e)
1286	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no' \|\| this.selectTraceAxeY2.isDisable == true)
1287	{
1288	var field2 = "";
1289	}
1290	else
1291	{
1292	var field2 = "-field2 "+this.selectTraceAxeY2.getValue();
1293	//var field2 = "-field2 "+document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value;
1294	}
1295
1296
1297
1298	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y2 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1299	if (this.selectScaleY2.getValue() == '-log_scale2' && this.selectScaleY2.isDisable == false)
1300	{
1301	var logScale2 =this.selectScaleY2.getValue();
1302	// var logScale2 = document.getElementById('selectScaleY2').options[document.getElementById('selectScaleY2').selectedIndex].value;
1303	}
1304	else
1305	{
1306	var logScale2 = "";
1307	}
1308
1309
1310	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y2 (pas de valeur si l'option n'est pas activÃ©e)
1311	if ( this.selectTypeTraceY2.isDisable == true)
1312	{
1313	var lineType2 = "";
1314	}
1315	else
1316	{
1317	var lineType2 = "-line_type2 "+this.selectTypeTraceY2.getValue();
1318	}
1319
1320	//choix du type de sortie pour l'option graphique 'databases comparison"
1321	var diffStep="";
1322	switch (this.selectOutputDatabasecomparison.getValue()) {
1323	case 'def':
1324	diffStep = "";
1325	break;
1326	case 'diff_step':
1327	diffStep = "-diff_step";
1328	break;
1329	case 'diff_step100':
1330	diffStep = "-diff_step100";
1331	break;
1332	case 'diff_stepboth':
1333	diffStep = "-diff_stepboth";
1334	break;
1335	}
1336
1337	//Dans l'option graphique "databases comparison", pour les sorties par diffÃ©rence moyenne le champ "Bin-average" doit Ãªtre supÃ©rieur Ã 0
1338	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="comparison" && $("#meanValue2").val() == 0 && this.selectOutputDatabasecomparison.getValue() != "def" )
1339	{
1340	alert("For average output, the Bin-average field must be > 0");
1341	return;
1342	}
1343
1344
1345	//ouverture de la div de l'image d'attente
1346	this.loadingGraphics.display();
1347
1348
1349	//construction du nom du fichier (exemple GEISA2011-0_100)
1350	//this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1351	switch ($("#graphicOptionChoice").val()) {
1352	//(exemple GEISA2011-0_100)
1353	case 'contents':
1354	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1355	break;
1356	case 'global':
1357	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1358	break;
1359	//(exemple GEISA2011_GEISA2003-0_100)
1360	case 'comparison':
1361	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"_"+this.selectDatabase2.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1362	break;
1363	}
1364
1365
1366	//Submit pour l'option graphique "Database contents"
1367	if ($("#graphicOptionChoice").val() == "contents" )
1368	{
1369	//construction de la requÃªte Fortran
1370	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1371	meanValue+" "+nbCourbes+" "+field+" "+logScale+" "+lineType+" "+field2+" "+logScale2+" "+lineType2;
1372
1373
1374	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1375	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1376	transitionUpper=transitionUpper.replace(/ /g,"kkk");
1377	//le + est interprÃ©tÃ© comme un espace (plus sera retransformÃ© en + dans le shell)
1378	transitionUpper=transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1379	transitionLower=transitionLower.replace(/ /g,"kkk");
1380	transitionLower=transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1381
1382	//envoie de la requÃªte au controller
1383	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1384	$.ajax( {
1385	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1386	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1387	} );
1388
1389	}
1390
1391	//Submit pour l'option graphique "Global representation"
1392	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="global" )
1393	{
1394	//construction de la requÃªte Fortran
1395
1396	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1397	nbCourbes+" "+logScale+" "+lineType+" -global_position";
1398
1399
1400	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1401	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1402
1403	//pas de transition dans cette option
1404	transitionUpper ="no";
1405	transitionLower ="no";
1406
1407	//envoie de la requÃªte au controller
1408	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1409	$.ajax( {
1410	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1411	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1412	} );
1413
1414	}
1415
1416	//ParamÃštres Ã prendre en compte pour l'option "Databases comparison"
1417
1418	//Submit pour l'option graphique "Databases comparison"
1419	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="comparison" )
1420	{
1421	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour pour la 2Ãšme base de donnÃ©es pour l'option "database comparison"
1422	var lineType2="-line_type2 "+this.selectTypeTraceDatabase2.getValue();
1423
1424
1425	//construction de la requÃªte Fortran
1426	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+paramBase2+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1427	meanValue+" "+nbCourbes+" "+field+" "+logScale+" "+lineType+" "+lineType2+" "+diffStep;
1428
1429
1430	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1431	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1432	transitionUpper=transitionUpper.replace(/ /g,"kkk");
1433	//le + est interprÃ©tÃ© comme un espace (plus sera retransformÃ© en + dans le shell)
1434	transitionUpper=transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1435	transitionLower=transitionLower.replace(/ /g,"kkk");
1436	transitionLower=transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1437
1438	//envoie de la requÃªte au controller
1439	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1440	$.ajax( {
1441	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1442	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1443	} );
1444
1445	}
1446
1447	},
1448
1449
1450	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions
1451	requestTransition: function()
1452	{
1453
1454	var nbMolecules=0;
1455
1456	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1457	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1458	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1459
1460	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1461	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1462	var count = inputs.length;
1463	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1464	var i=0;
1465
1466	for( i = 0; i < count; i++ )
1467	{
1468	var input = inputs.item( i );
1469	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1470	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1471	{
1472	var molN=input.value;
1473	var molN1=molN.replace("_", ":");
1474	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1475	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1476	}
1477
1478	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
1479	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1480	{
1481	nbMolecules = nbMolecules + 1;
1482	}
1483
1484	}
1485	//alert ("nbMolecules"+nbMolecules);
1486	//si le nombre de molÃ©cule sÃ©lectionnÃ©es est supÃ©rieure Ã 1 les menus des transition sont inactifs
1487	if (nbMolecules > 1)
1488	{
1489	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1490	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1491	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1492	}
1493	else
1494	{
1495	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
1496	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
1497	}
1498
1499
1500	//On ne fait appel Ã la BDD des transitions et si au plus 1 molÃ©cule est sÃ©lectionnÃ©e
1501	if (nbMolecules == 1 )
1502	{
1503
1504
1505	$.ajax( {
1506	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeName&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+this.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper,
1507	success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this ),
1508	error: jQuery.proxy( this.handleErrorRequestTransition, this )
1509	} );
1510
1511	}
1512	else
1513	{
1514	//pour rÃ©initialiser le menu dÃ©roulant si aucune ou plusieurs molÃ©cules sont sÃ©lectionnÃ©es
1515	document.getElementById("transition2").length=0;
1516	//this.selectTransitionUpper.clear();
1517	document.getElementById("transition1").length=0;
1518
1519	if (nbMolecules == 0 )
1520	{
1521	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1522	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1523	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1524	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1525	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1526	}
1527
1528	if (nbMolecules > 1 )
1529	{
1530
1531	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1532	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1533	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1534	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1535	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1536	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1537	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1538	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1539	}
1540	}
1541	},
1542
1543
1544
1545
1546	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition lower
1547	requestTransitionByTransitionLower: function()
1548	{
1549	var context = this[0];
1550	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1551	context.transitionLower = this[1];
1552
1553	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1554	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1555
1556	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1557	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1558	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1559
1560	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1561	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1562	var count = inputs.length;
1563	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1564	var i=0;
1565
1566	for( i = 0; i < count; i++ )
1567	{
1568	var input = inputs.item( i );
1569	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1570	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1571	{
1572	var molN=input.value;
1573	var molN1=molN.replace("_", ":");
1574	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1575	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1576	}
1577
1578	}
1579
1580	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1581	var transitionLowerReplaced = context.transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1582
1583	//Appel Ã la BDD
1584
1585	$.ajax( {
1586	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionLower&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionLower="+transitionLowerReplaced,
1587	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionLower, context)
1588	} );
1589
1590
1591
1592	},
1593
1594
1595	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition upper
1596	requestTransitionByTransitionUpper: function()
1597	{
1598	var context = this[0];
1599	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1600	context.transitionUpper = this[1];
1601
1602	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1603	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1604
1605	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1606	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1607	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1608
1609	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1610	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1611	var count = inputs.length;
1612	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1613	var i=0;
1614
1615	for( i = 0; i < count; i++ )
1616	{
1617	var input = inputs.item( i );
1618	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1619	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1620	{
1621	var molN=input.value;
1622	var molN1=molN.replace("_", ":");
1623	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1624	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1625	}
1626
1627	}
1628	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1629	var transitionUpperReplaced = context.transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1630
1631	//Appel Ã la BDD
1632	$.ajax( {
1633	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionUpper&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionUpper="+transitionUpperReplaced,
1634	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionUpper, context)
1635	} );
1636
1637
1638
1639	},
1640
1641
1642
1643	// requestTransition: function()
1644	// {
1645	// $.ajax( {
1646	// url: "project?methodName=transition&transitionValue="+ this.selectTransitionUpper.getValue(),
1647	// success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this )
1648	// } );
1649	// },
1650
1651	// HANDLES ******************************************************** = retours ajax
1652	//affichage sur l'interface
1653
1654	handleGeisa: function( result )
1655	{
1656
1657	//nom du rÃ©pertoire : exemple de retour de valeur du controleur
1658	//this.nb = jQuery.parseJSON( result ).nb;
1659	//this.NomRepFileOut = jQuery.parseJSON( result ).NomRepFileOut;
1660	//liste des fichiers png crÃ©es par le programme fortran.
1661	var fileList = jQuery.parseJSON( result ).fileList;
1662
1663
1664
1665	//chemin court de l'image
1666	this.pathImg = "<%=Controller.PATH_IMAGES%>"+this.NomRepFileOut;
1667
1668
1669	//Pour tracer le bon nombre de graphs et de bouton download
1670	var i=1;
1671	var content="";
1672	//bouton "Download All" si il y a plus d'un graph
1673	if (this.nbGraph > 1)
1674	{
1675	content = "<a href=project?methodName=downloadFile&fileName=" +this.NomRepFileOut + "GEISA.tar&fileNameToDisplay=GEISA.tar><button class='dataProtocolDownloadButton'>Download All</button></a>";
1676	}
1677	// //tracer chaque graphe avec son bouton download associÃ©
1678	// // for (i=1; i<this.nbGraph+1; i++) {
1679	//content = content + '<img src=' + this.pathImg + "graph" + this.nb +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + "graph" + this.nb+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1680	// // content = content +'<img src=' + this.pathImg + this.nomFichier +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' +this.NomRepFileOut + this.nomFichier+"-"+i + ".png&fileNameToDisplay="+this.nomFichier+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1681	// // }
1682
1683
1684	$.each( fileList, jQuery.proxy(function( index, fileElement )
1685	{
1686	content = content +'<img src=' + this.pathImg + fileElement + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' +this.NomRepFileOut + fileElement+"&fileNameToDisplay="+fileElement+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1687	}, this) );
1688
1689
1690
1691
1692
1693	this.displayWindow(content);
1694	},
1695
1696
1697	handleRequestTransition: function( result )
1698	{
1699
1700
1701	// var transitions = jQuery.parseJSON( result ).transitions;
1702	var transitionsLower = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLower;
1703	var transitionsUpper = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpper;
1704
1705	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1706	// this.selectTransitionLower.clear();
1707	document.getElementById("transition2").length=0;
1708	//this.selectTransitionUpper.clear();
1709	document.getElementById("transition1").length=0;
1710
1711	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1712	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1713	// this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1714	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1715	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1716	// this.selectTransitionLower.selectFirst();
1717	// this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1718
1719
1720	$.each(transitionsLower, jQuery.proxy( function(index, transitionsLower )
1721	{
1722	// this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ]));
1723
1724
1725	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLower, text:transitionsLower} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ])));
1726
1727	}, this));
1728
1729	$.each(transitionsUpper, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpper )
1730	{
1731	//this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ]));
1732	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpper, text:transitionsUpper} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ])));
1733
1734	}, this));
1735
1736	},
1737
1738	//en cas d'erreur dans la requÃªte des transitions ( pas de valeur ou caractÃšres Ã la place de nombres dans champ spectral)
1739	handleErrorRequestTransition : function()
1740	{
1741	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1742	document.getElementById("transition2").length=0;
1743	document.getElementById("transition1").length=0;
1744
1745	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1746	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1747
1748	},
1749
1750	handleRequestTransitionByTransitionLower : function( result )
1751	{
1752	//alert("transitionLower"+this.transitionLower);
1753	var transitionsUpperBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpperBis;
1754	//alert("transitionsUpper"+transitionsUpper);
1755
1756	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1757	// this.selectTransitionLower.clear();
1758	document.getElementById("transition2").length=0;
1759	//this.selectTransitionUpper.clear();
1760	document.getElementById("transition1").length=0;
1761	// while(0 < document.getElementById("transition1").length)
1762	// {
1763	// document.getElementById("transition1").options[0] = null;
1764	// }
1765
1766
1767	//this.selectTransitionLower.add(this.transitionLower, this.transitionLower);
1768	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1769	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionLower, text:this.transitionLower, selected:"selected"} ));
1770	//this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1771	//rajout du text "Choose a transition" selectionnÃ© en premier mais on ne peut pas cliquer dessus
1772	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1773
1774
1775	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1776	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1777	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1778
1779
1780
1781	$.each(transitionsUpperBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpperBis )
1782	{
1783	// this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper);
1784	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpperBis, text:transitionsUpperBis} ));
1785
1786	}, this));
1787
1788	},
1789
1790
1791	handleRequestTransitionByTransitionUpper : function( result )
1792	{
1793	// alert("transitionUpper"+this.transitionUpper);
1794	var transitionsLowerBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLowerBis;
1795	//alert("transitionsLower"+transitionsLower);
1796
1797	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1798	// this.selectTransitionLower.clear();
1799	document.getElementById("transition2").length=0;
1800	//this.selectTransitionUpper.clear();
1801	document.getElementById("transition1").length=0;
1802
1803	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1804	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1805
1806	// this.selectTransitionUpper.add(this.transitionUpper, this.transitionUpper);
1807	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1808	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionUpper, text:this.transitionUpper, selected:"selected"} ));
1809
1810
1811	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1812	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1813	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1814
1815
1816
1817	$.each(transitionsLowerBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsLowerBis )
1818	{
1819	//this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower);
1820	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLowerBis, text:transitionsLowerBis} ));
1821	}, this));
1822
1823	},
1824	// EVENTS ********************************************************
1825	//
1826	//Action quand on clique sur l'onglet DatabaseContents
1827	onClickDatabaseContents: function()
1828	{
1829
1830	//change la couleur des onglets
1831	this.ntabContents.active();
1832	this.ntabGlobal.inactive();
1833	this.ntabComparison.inactive();
1834	//rempli la valeur d'une variable cachÃ©e pour indiquÃ©e quelle option graphique est choisi par l'utilisateur au moment du submit
1835	$("#graphicOptionChoice").val("contents");
1836	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1837	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1838	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Graphic vizualisation of the GEISA database";
1839	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1840	document.getElementById("informationContents").style.display= "";
1841	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "";
1842	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
1843	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "";
1844	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "";
1845	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1846	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "none";
1847	document.getElementById("informationComparison").style.display= "none";
1848	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "none";
1849	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "none";
1850	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1851	document.getElementById("titreTypePlotDatabase1").style.display= "none";
1852	document.getElementById("titreTypePlotDatabase2").style.display= "none";
1853	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1854	document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "none";
1855	//modification de titre d'option
1856	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "";
1857	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "Select the type of scale (if intensity is choosen)";
1858	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1859	$("#database1").removeClass("containerDatabase");
1860	$("#database1").addClass("containerBeginDatabase");
1861	$("#typePlotY1").removeClass("containerPlot");
1862	$("#typePlotY1").addClass("containerInsideOptions");
1863	//Pour que le lien show/hide advanced option et le bloc "advanced option" fonctionnent correctement ensemble
1864	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Show advanced options" )
1865	{
1866	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
1867
1868	}
1869	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Hide advanced options" )
1870
1871	{
1872	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
1873
1874	}
1875	//modification du contenu des menus dÃ©roulants
1876	this.selectDatabase.clear();
1877	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
1878	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
1879	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
1880	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
1881	this.selectDatabase.selectFirst();
1882
1883	//pour effacer le menu dÃ©roulant
1884	this.selectNbCourbes.clear();
1885	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selection", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1886	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1887	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1888	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1889	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1890	//pour remettre par dÃ©faut le premier de la liste
1891	this.selectNbCourbes.selectFirst();
1892
1893	this.selectTypeTraceY1.clear();
1894	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
1895	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
1896	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
1897	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
1898	this.selectTypeTraceY1.selectFirst();
1899
1900	},
1901	//Action quand on clique sur l'onglet GlobalRepresentation
1902	onClickGlobalRepresentation: function()
1903	{
1904	//change la couleur des onglets
1905	this.ntabGlobal.active();
1906	this.ntabContents.inactive();
1907	this.ntabComparison.inactive();
1908	//rempli la valeur d'une variable cachÃ©e pour indiquÃ©e quelle option graphique est choisi par l'utilisateur au moment du submit
1909	$("#graphicOptionChoice").val("global");
1910	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1911	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1912	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Global Representation";
1913	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1914	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "";
1915	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1916	document.getElementById("informationContents").style.display= "none";
1917	document.getElementById("informationComparison").style.display= "none";
1918	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "none";
1919	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "none";
1920	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1921	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "none";
1922	document.getElementById("titreTypePlotDatabase1").style.display= "none";
1923	document.getElementById("titreTypePlotDatabase2").style.display= "none";
1924	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1925	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "none";
1926	document.getElementById("advancedOptions").style.display= "none";
1927	//modification de titre d'option
1928	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "";
1929	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "Select the type of scale";
1930	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1931	$("#database1").removeClass("containerDatabase");
1932	$("#database1").addClass("containerBeginDatabase");
1933	$("#typePlotY1").removeClass("containerPlot");
1934	$("#typePlotY1").addClass("containerInsideOptions");
1935	//modification du contenu des menus dÃ©roulants
1936	this.selectDatabase.clear();
1937	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
1938	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
1939	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
1940	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
1941	this.selectDatabase.selectFirst();
1942
1943	this.selectNbCourbes.clear();
1944	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1945	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1946	this.selectNbCourbes.selectFirst();
1947
1948	this.selectTypeTraceY1.clear();
1949	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
1950	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
1951	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
1952	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
1953	this.selectTypeTraceY1.selectFirst();
1954
1955	},
1956	//Action quand on clique sur l'onglet DatabasesComparison
1957	onClickDatabasesComparison: function()
1958	{
1959	//change la couleur des onglets
1960	this.ntabComparison.active();
1961	this.ntabGlobal.inactive();
1962	this.ntabContents.inactive();
1963	//rempli la valeur d'une variable cachÃ©e pour indiquÃ©e quelle option graphique est choisi par l'utilisateur au moment du submit
1964	$("#graphicOptionChoice").val("comparison");
1965	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1966	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1967	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Databases Comparison";
1968	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1969	document.getElementById("informationComparison").style.display= "";
1970	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "";
1971	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "";
1972	document.getElementById("database2").style.display= "";
1973	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "";
1974	document.getElementById("titreTypePlotDatabase1").style.display= "";
1975	document.getElementById("titreTypePlotDatabase2").style.display= "";
1976	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "";
1977	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
1978	document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "";
1979	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1980	document.getElementById("informationContents").style.display= "none";
1981	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "none";
1982	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "none";
1983	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "none";
1984	//modification de titre d'option
1985	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "";
1986	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "Select the type of scale (if intensity is choosen)";
1987	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1988	$("#database1").removeClass("containerBeginDatabase");
1989	$("#database1").addClass("containerDatabase");
1990	$("#typePlotY1").removeClass("containerInsideOptions");
1991	$("#typePlotY1").addClass("containerPlot");
1992
1993	//Pour que le lien show/hide advanced option et le bloc "advanced option" fonctionnent correctement ensemble
1994	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Show advanced options" )
1995
1996	{
1997	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
1998	}
1999	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Hide advanced options" )
2000
2001	{
2002	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
2003	}
2004	//modification du contenu des menus dÃ©roulants
2005	this.selectDatabase.clear();
2006	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
2007	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
2008	this.selectDatabase.selectFirst();
2009
2010	this.selectNbCourbes.clear();
2011	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selection", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
2012	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
2013	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
2014	this.selectNbCourbes.selectFirst();
2015
2016	this.selectTypeTraceY1.clear();
2017	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
2018	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
2019	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
2020	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
2021	this.selectTypeTraceY1.selectFirst();
2022	},
2023
2024
2025	//affichage de la valeur du spectral range et affichage du bloc des molecules en fonction de la base de donnees selectionnee
2026	onClickSelectDatabase: function(value)
2027	{
2028
2029	if ('GEISA2011' == value)
2030	{
2031	//modifier le titre en fonction de la base sÃ©lectionnÃ©e
2032	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2033	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
2034
2035	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2036	if($("#rangeLower").val()=="")
2037	{
2038	$("#rangeLower").val(0);
2039	}
2040	if($("#rangeUpper").val()=="")
2041	{
2042	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2043	}
2044
2045	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2046	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
2047	{
2048	$("#rangeLower").val(0);
2049	}
2050	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
2051	{
2052	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2053	}
2054
2055	//afficher le bon bloc de molÃ©cules
2056	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "";
2057	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
2058	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
2059	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
2060	}
2061
2062	if ('GEISAIASI2011' == value)
2063	{
2064	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2065	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
2066
2067
2068	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2069	if($("#rangeLower").val()=="")
2070	{
2071	$("#rangeLower").val(599.000793);
2072	}
2073	if($("#rangeUpper").val()=="")
2074	{
2075	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2076	}
2077	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2078	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
2079	{
2080	$("#rangeLower").val(599.000793);
2081	}
2082	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
2083	{
2084	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2085	}
2086
2087	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
2088	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "";
2089	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
2090	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
2091	}
2092
2093	if ('GEISA2003' == value)
2094	{
2095	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2096	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
2097
2098	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2099	if($("#rangeLower").val()=="")
2100	{
2101	$("#rangeLower").val(0);
2102	}
2103	if($("#rangeUpper").val()=="")
2104	{
2105	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2106	}
2107	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2108	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
2109	{
2110	$("#rangeLower").val(0);
2111	}
2112	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
2113	{
2114	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2115	}
2116
2117	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
2118	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
2119	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "";
2120	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
2121	}
2122	if ('GEISAIASI2003' == value)
2123	{
2124	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2125	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
2126
2127	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2128	if($("#rangeLower").val()=="")
2129	{
2130	$("#rangeLower").val(599.000793);
2131	}
2132	if($("#rangeUpper").val()=="")
2133	{
2134	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2135	}
2136	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2137	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
2138	{
2139	$("#rangeLower").val(599.000793);
2140	}
2141	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
2142	{
2143	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2144	}
2145
2146	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
2147	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
2148	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
2149	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "";
2150	}
2151
2152	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2153	this.requestTransition();
2154	},
2155
2156	//Pour sÃ©lectionner-desÃ©lectionner tous les isotopes
2157	selectAll: function()
2158	{
2159	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2160	var count = inputs.length;
2161	var i=0;
2162
2163
2164	if( this.selectButton.getValue() == 'Select all molecules')
2165	{
2166	for( i = 0; i < count; i++ )
2167	{
2168	var input = inputs.item( i );
2169	if( input.type == 'checkbox' )
2170	{
2171	input.checked = true;
2172	}
2173	}
2174	this.selectButton.setValue("Unselect all molecules");
2175
2176	}
2177	else
2178	{
2179	for( i = 0; i < count; i++ )
2180	{
2181	var input = inputs.item( i );
2182	if( input.type == 'checkbox' )
2183	{
2184	input.checked = false;
2185	}
2186	}
2187	this.selectButton.setValue("Select all molecules");
2188	}
2189
2190	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2191	this.requestTransition();
2192
2193	},
2194
2195	//Pour montrer-cacher tous les isotopes
2196	viewAll: function()
2197	{
2198	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2199	var count = divs.length;
2200	var i = 0;
2201	if( this.showButton.getValue() == 'View all isotopologues')
2202	{
2203	for( i = 0; i < count; i++ )
2204	{
2205	//ouvrir que les div dont l'id contient la chaine Cache
2206	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2207	divs.item(i).style.display = "" ;
2208	}
2209	}
2210	this.showButton.setValue("Hide all isotopologues");
2211	}
2212	else
2213	{
2214	for( i = 0; i < count; i++ )
2215	{
2216	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
2217	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2218	divs.item(i).style.display = "none" ;
2219	}
2220	}
2221	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
2222	}
2223	},
2224
2225	//Actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur le nom d'une molÃ©cule
2226	cliquetout: function()
2227	{
2228	var context = this[0];
2229	// exemple :moleculeName = ch3ch
2230	var moleculeName = this[1];
2231	var bddVersion = this[2];
2232	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2233	var count = inputs.length;
2234	var i=0;
2235	for( i = 0; i < count; i++ )
2236	{
2237	var input = inputs.item( i );
2238	//cliquer toutes les molÃ©cules et isotopes du meme nom dans toutes les bases
2239	//if( input.type == 'checkbox' && ( input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-03') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-03')
2240	// \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-11') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-11')))
2241
2242	if( input.type == 'checkbox' && ( input.id.indexOf('chk-' + moleculeName + '_') != -1 \|\| input.id.indexOf('all-'+moleculeName+'-')!= -1 ))
2243
2244	{
2245	input.checked = document.getElementById( 'all-'+ moleculeName + '-' + bddVersion ).checked;
2246	}
2247	}
2248	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2249	context.requestTransition();
2250	},
2251
2252	//actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur un isotope
2253	cliqueIsotope: function()
2254	{
2255	var context = this[0];
2256	//exemple isotopeName = ch3cn_134
2257	var isotopeName = this[1];
2258	// exemple moleculeName= ch3cn
2259	var moleculeName = this[2];
2260	var bddVersion = this[3];
2261	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2262	var count = inputs.length;
2263	var i = 0;
2264	for( i = 0; i < count; i++ )
2265	{
2266	input = inputs.item( i );
2267
2268	//id=chk-ch3cn_234-GEISA2011
2269	//cliquer ou decliquer le meme isotope dans toutes les bases
2270	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-' + isotopeName) != -1)
2271	{
2272	input.checked = document.getElementById( 'chk-' + isotopeName + '-' + bddVersion ).checked;
2273
2274	}
2275	// id=all-ch3cn-GEISA2011
2276	//pour dÃ©cocher la case de la molecule quand on dÃ©coche un isotope
2277	// if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('all-'+ moleculeName) != -1 && input.checked == true )
2278	// {
2279	// input.checked = false;
2280	// }
2281	}
2282
2283
2284	//pour cocher molecule quand on clique sur un isotope et dÃ©cocher molÃ©cule quand tous les isotopes de la molÃ©cule sont dÃ©cochÃ©s
2285	var nbIsotopeSelected=0;
2286	var input = "";
2287	var j=0;
2288	var k=0;
2289
2290	//tableau contenant toutes les valeurs du menu dÃ©roulant "choosing Database"
2291	var databaseValues=context.selectDatabase.getValues();
2292	//taille du menu dÃ©roulant
2293	var nbdatabaseValues=context.selectDatabase.getSize();
2294
2295	//pour chaque base faire ...
2296	for( j = 0; j < nbdatabaseValues ; j++ )
2297	{
2298	var nbIsotopeSelected=0;
2299	//calcul du nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s pour une molÃ©cule prÃ©cise et une base de donnÃ©es
2300	for( k = 0; k < count; k++ )
2301	{
2302	input = inputs.item( k );
2303	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-'+moleculeName+'_') != -1 && input.id.indexOf(databaseValues[j]) != -1 && input.checked == true )
2304	{
2305	nbIsotopeSelected=nbIsotopeSelected+1;
2306	}
2307
2308	}
2309	//si aucun isotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on dÃ©coche la molÃ©cule
2310	if ( nbIsotopeSelected == 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2311	{
2312	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=false;
2313	}
2314	//si au moins unisotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on coche la molÃ©cule
2315	if ( nbIsotopeSelected > 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2316	{
2317	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=true;
2318	}
2319	}
2320
2321
2322	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2323	context.requestTransition();
2324
2325	},
2326
2327
2328
2329	//pour cacher ou voir les isotopes d'une molecule
2330	visibilite: function( )
2331	{
2332	var context = this[0];
2333	var thingId = this[1];
2334	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2335	var count = divs.length;
2336	var i = 0;
2337	for( i = 0; i < count; i++ )
2338	{
2339	var div = divs.item( i );
2340
2341
2342	if ( div.id == thingId)
2343	{
2344	if( div.style.display == "none" )
2345	{
2346	div.style.display = "";
2347	}
2348	else
2349	{
2350	div.style.display = "none";
2351	}
2352	}
2353	}
2354	},
2355
2356	//Faire apparatre ou disparaitre le bloc "advanced options" quand on clique sur le lien "show advanced options"
2357	onClickShowAdvancedOptions: function()
2358	{
2359	//document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2360	if( document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display == "none" )
2361	{
2362	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
2363	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2364	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Hide advanced options";
2365	}
2366	else
2367	{
2368	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2369	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2370	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Show advanced options";
2371	}
2372	},
2373
2374	//Alerter l'utilisateur si aucune transition n'a Ã©tÃ© trouvÃ©e
2375	OnclickVerifTransition : function()
2376	{
2377	//si l'utilisateur change les valeurs de spectral range et clique directement sur le menu dÃ©roulant des transitions
2378	//le menu dÃ©roulant ne se met pas Ã jour avant de faire la vÃ©rification
2379	this.containerFormSpectralRangeLower.blur();
2380	this.containerFormSpectralRangeUpper.blur();
2381
2382
2383
2384
2385	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2386	//cas oÃ¹ la requete utilisateur est correct mais il n'y a pas de transition pour cette molecule t ce domaine spectral
2387	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="transition" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="transition")
2388	{
2389	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2390	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2391	this.selectTransitionUpper.blur();
2392	this.selectTransitionLower.blur();
2393	alert("Change isotopologues selection or spectral range values to obtain transition values");
2394
2395	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2396	//document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2397	}
2398	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2399	//cas oÃ¹ la requete est fausse = les valeurs du domaine spectral sont fausses
2400	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="requestError" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="requestError")
2401	{
2402	this.selectTransitionUpper.blur();
2403	this.selectTransitionLower.blur();
2404	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2405	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2406	alert("Change spectral range values to obtain transition values");
2407	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2408	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2409	}
2410
2411
2412	},
2413
2414	onBlurInputMeanValue: function()
2415	{
2416	//si step est sup a 0, ajout d'une ligne Z aux parametres Y1 et y2 si elle n'est pas dÃ©jÃ prÃ©sente
2417	// !this.selectTraceAxeY1.content('Z') indique que "Z" n'exite pas dans le menu dÃ©roulant selectTraceAxeY1
2418	if ($("#meanValue2").val() > 0 && !this.selectTraceAxeY1.content('Z'))
2419	// if ($("#meanValue2").val() > 0 && document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != "Z")
2420	{
2421
2422	this.selectTraceAxeY1.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2423	this.selectTraceAxeY2.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2424	//this.selectTraceAxeY1.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, [this, "Z" ])));
2425	//this.selectTraceAxeY2.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, [this, "Z" ])));
2426	}
2427	//si step = a 0 et autres valeurs (a faire) , retrait de la ligne Z aux parametres Y1 et y2
2428	if ($("#meanValue2").val() == 0)
2429	{
2430	this.selectTraceAxeY1.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2431	this.selectTraceAxeY2.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2432	//Selection par defaut du 1er element (pour que "Number of lines" ne soit plus selectionne par defaut si il n'existe plus)
2433	this.selectTraceAxeY1.selectFirst();
2434	this.selectTraceAxeY2.selectFirst();
2435	}
2436	},
2437
2438	onClickSelectNbCourbes: function(value)
2439	{
2440	var context = this[0];
2441	var optionVal = this[1];
2442
2443	//si plusieurs courbes choisis pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont inactifs
2444	if ('cm' == value \|\| 'ci' == value)
2445	//if ('cm' == optionVal \|\| 'ci' == optionVal)
2446	{
2447	//transformer le texte en gris
2448	document.getElementById("axeY2Titre").className = "notActiveText";
2449	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2450	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2451	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2452	this.selectTraceAxeY2.disable();
2453	this.selectScaleY2.disable();
2454	this.selectTypeTraceY2.disable();
2455	//document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=true;
2456	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2457	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2458
2459	}
2460	//si une seule courbe choisie pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont actifs
2461	if ('ca' == value \|\| 'gm' == value \|\| 'gi' == value)
2462	//if ('ca' == optionVal \|\| 'gm' == optionVal \|\| 'gi' == optionVal)
2463	{
2464	//remet le texte en couleur active
2465	document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2466	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2467	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2468	{
2469	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2470	}
2471	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2472	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2473	{
2474	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2475	}
2476	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2477	this.selectTraceAxeY2.enable();
2478	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2479	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2480	{
2481	this.selectScaleY2.enable();
2482	}
2483	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2484	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2485	{
2486	this.selectTypeTraceY2.enable();
2487	}
2488
2489	//remet le texte en couleur active
2490	// document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2491	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2492	// document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=false;
2493	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2494	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2495	// {
2496	// document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2497	// document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2498	//}
2499	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2500	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2501	//{
2502	// document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2503	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2504	//}
2505	}
2506
2507
2508	},
2509
2510
2511	onClickSelectTraceAxeY1: function(value)
2512	{
2513	//si intensite n'est pas choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est inactif
2514	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() != 'B')
2515	// if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != 'B')
2516	{
2517	//transformer le texte en gris
2518	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "notActiveText";
2519	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2520	this.selectScaleY1.disable();
2521	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=true;
2522	}
2523	//si intensite est choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est actif
2524	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() == 'B')
2525	//if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value == 'B')
2526	{
2527	//transformer le texte en gris
2528	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "activeText";
2529	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2530	this.selectScaleY1.enable();
2531	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=false;
2532	}
2533	},
2534
2535	onClickSelectTraceAxeY2: function(value)
2536	{
2537	//si intensite n'est pas choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est inactif
2538	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'B')
2539	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'B')
2540	{
2541	//transformer le texte en gris
2542	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2543	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2544	this.selectScaleY2.disable();
2545	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2546	}
2547	//si intensite est choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est actif
2548	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2549	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2550	{
2551	//transformer le texte en foncÃ©
2552	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2553	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2554	this.selectScaleY2.enable();
2555	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2556	}
2557	//si aucun parametre est choisi pour Y2, le type de plot est inactif
2558	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no')
2559	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'no')
2560	{
2561	//transformer le texte en gris
2562	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2563	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2564	this.selectTypeTraceY2.disable();
2565	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2566	}
2567	//si un parametre est choisi pour Y2, le type de plot est actif
2568	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2569	// if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2570	{
2571	//transformer le texte en foncÃ©
2572	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2573	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2574	this.selectTypeTraceY2.enable();
2575	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2576	}
2577
2578	},
2579
2580	//bouton reset de toute la page (rechargement de la page)
2581	resetPage: function()
2582	{
2583	//location.reload(); //pas appliquÃ©e car supprime la fenÃªtre graphique
2584
2585	//reset du choix de la base de donnÃ©es
2586	// selectFirst : affiche le premier Ã©lÃ©ment de la liste
2587	//true : active la fonction associÃ©e au bouton
2588	//this.selectDatabase.selectFirst( true );
2589
2590	//cacher tous les isotopes
2591	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2592	var count = divs.length;
2593	var i = 0;
2594
2595	for( i = 0; i < count; i++ )
2596	{
2597	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
2598	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2599	divs.item(i).style.display = "none" ;
2600	}
2601	}
2602	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
2603
2604	//dÃ©selectionner tous les isotopes
2605	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2606	var count = inputs.length;
2607	var i=0;
2608
2609	for( i = 0; i < count; i++ )
2610	{
2611	var input = inputs.item( i );
2612	if( input.type == 'checkbox' )
2613	{
2614	input.checked = false;
2615	}
2616	}
2617	this.selectButton.setValue("Select all isotopologues");
2618
2619	//spectral range
2620	//remettre les valeurs par dÃ©faut en fonction de la base sÃ©lectionnÃ©e :
2621	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
2622	case 'GEISA2003':
2623	$("#rangeLower").val(0);
2624	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2625	break;
2626	case 'GEISA2011':
2627	$("#rangeLower").val(0);
2628	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2629	break;
2630	case 'GEISAIASI2003':
2631	$("#rangeLower").val(599.000793);
2632	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2633	break;
2634	case 'GEISAIASI2011':
2635	$("#rangeLower").val(599.000793);
2636	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2637	break;
2638	}
2639
2640	$("#sampStep").val("");
2641
2642	//intensity range
2643	$("#intensityLo").val(0);
2644	$("#intensityUp").val(1e-16);
2645
2646	this.selectNbCourbes.selectFirst( true );
2647
2648	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( true );
2649	this.selectScaleY1.selectFirst( true );
2650	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( true );
2651
2652	document.getElementById("transition1").length=0;
2653	document.getElementById("transition2").length=0;
2654	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2655	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2656	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
2657	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
2658
2659
2660	$("#meanValue2").val("");
2661
2662	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( true );
2663	this.selectScaleY2.selectFirst( true );
2664	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( true );
2665
2666	},
2667
2668	onClickSubmit: function()
2669	{
2670	this.requestGeisa();
2671	},
2672
2673	displayWindow: function(content)
2674	{
2675	//fermeture de la div de l'image d'attente
2676	this.loadingGraphics.hide();
2677
2678	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2679
2680	//alert(content);
2681	var $dialog = $( '<div></div>' )
2682
2683	.html( content )
2684
2685	.dialog( {
2686	autoOpen: false,
2687	title: "GEISA : spectroscopic database",
2688	//buttons: { "Close": function() { $(this).dialog("close"); }, "Min": function() { $(this).dialog({ height: 20, width:350 }); },"Max": function() { $(this).dialog({ height: 560, width:700 }); } },
2689	buttons:{
2690	"close":{
2691	id:'close',
2692	text:'Close',
2693	height:'30px',
2694	width:'53px',
2695	title :'to close the window',
2696	click: function() { $(this).dialog("close"); },
2697	},
2698	"min" :{
2699	id:'Min',
2700	text:'-',
2701	height:'30px',
2702	width:'30px',
2703	title :'to reduce the window',
2704	click: function() { $(this).dialog({ height:18, width:350 }); },
2705	},
2706	"max" :{
2707	id:'Max',
2708	text:'+',
2709	height:'30px',
2710	width:'30px',
2711	title :'to enlarge the window ',
2712	click: function() { $(this).dialog({ height: 640, width:700 }); },
2713	},
2714	},
2715
2716	//minHeight: 500,
2717	// minWidth: 660,
2718	height: 640,
2719	width:700,
2720	//Exemple de valeurs possible pour position : "middle", "top", [200, 100]
2721	position: "middle"
2722	} );
2723	$dialog.dialog( 'open' );
2724	},
2725
2726	// displayWindow: function(coordinate)
2727	//{
2728	//var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2729	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2730
2731	//alert(content);
2732	// var $dialog = $( '<div></div>' )
2733	// .html( content + content1 )
2734
2735	// .dialog( {
2736	// autoOpen: false,
2737	// title: "GEISA : spectroscopic database",
2738	// minHeight: 500,
2739	// minWidth: 660,
2740
2741	//coordonnee y y
2742	// position:coordinate
2743
2744	// } );
2745	// $dialog.dialog( 'open' )
2746	//},
2747
2748
2749	onClickDownload: function()
2750	{
2751	document.location.href = "project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt";
2752	}
2753
2754
2755	} );
2756
2757
2758	</script>
2759
2760
2761

Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

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