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Line
1	<%@ page import="com.ether.Controller" %>
2	<%@ page import="com.ether.IsotopeG03" %>
3	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG03" %>
4	<%@ page import="com.ether.IsotopeG09" %>
5	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG09" %>
6
7	<script type="text/javascript">
8
9
10
11	var InterfaceInit = Class.create( {
12
13	initialize: function()
14	{
15
16	/ ******* CONTAINERS ******* /
17	this.containerFormSpectralRangeLower = $( "#spectralRangeLower" );
18	this.containerFormSpectralRangeUpper = $( "#spectralRangeUpper" );
19	this.containerFormIntensityLower = $( "#intensityLower" );
20	this.containerFormIntensityUpper = $( "#intensityUpper" );
21	this.containerFormMeanValue1 = $( "#meanValue1" );
22	this.containerDownload = $( "#downloadContainer" );
23	this.containerLoading = $( "#loading" );
24	this.containerTabs = $("#tabs");
25
26	/ ******* VARIABLE ******* /
27	//on va chercher les chemin dÃ©clarÃ© dans le controller
28	this.pathProcess = "<%=Controller.PATH_PROCESS%>";
29	this.LongPathImages = "<%=Controller.LONG_PATH_IMAGES%>";
30
31	<%--this.pathImg = <%=Controller.PATH_IMAGES%>;--%>
32
33	this.initializeMolecules();
34	this.createForm();
35
36	var downloadButton = new Button( {value:"Download", parent:$( "#downloadContainer" ), id:"button_submit_2", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDownload, this )} );
37
38	//onglet
39	this.ntabComparison = new Tab( {value:"Databases comparison", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Comparison", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabasesComparison, this )} );
40	this.ntabGlobal = new Tab( {value:"Global positions", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Global", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickGlobalPosition, this )} );
41	this.ntabContents = new Tab( {value:"Database contents", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Contents", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabaseContents, this )} );
42	//onglet avec la couleur active par dÃ©faut
43	this.ntabContents.active();
44	//pour etre sur que la variable cachÃ©e "graphicOptionChoice" soit bien a "contents" Ã l'initialisation
45	$("#graphicOptionChoice").val("contents");
46	},
47
48	initializeMolecules: function()
49	{
50	this.arrayGeisa2011 = new Array();
51	this.arrayGeisa2003 = new Array();
52	this.arrayGeisaIasi2011 = new Array();
53	this.arrayGeisaIasi2003 = new Array();
54
55	var molecule = new Object();
56	molecule.id="h2o";
57	molecule.name="H<sub>2</sub>O";
58	molecule.isotopesArray = ["161", "162", "171", "181", "182", "172"];
59	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
60	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
61	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
62	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
63
64	var molecule = new Object();
65	molecule.id="co2";
66	molecule.name="CO<sub>2</sub>";
67	molecule.isotopesArray = ["626", "627", "628", "636", "637", "638", "728", "828", "838"];
68	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
69	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
70	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
71	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
72
73	var molecule = new Object();
74	molecule.id="o3";
75	molecule.name="O<sub>3</sub>";
76	molecule.isotopesArray = ["666", "668", "686", "667", "676"];
77	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
78	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
79	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
80	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
81
82	var molecule = new Object();
83	molecule.id="n2o";
84	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
85	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456","458", "546", "548", "556"];
86	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
87	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
88
89	var molecule = new Object();
90	molecule.id="n2o";
91	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
92	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456", "546"];
93	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
94	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
95
96	var molecule = new Object();
97	molecule.id="co";
98	molecule.name="CO";
99	molecule.isotopesArray = ["26", "36", "28", "27", "38", "37"];
100	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
101	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
102	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
103	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
104
105	var molecule = new Object();
106	molecule.id="ch4";
107	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
108	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
109	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
110	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
111
112	var molecule = new Object();
113	molecule.id="ch4";
114	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
115	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212", "312"];
116	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
117
118	var molecule = new Object();
119	molecule.id="ch4";
120	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
121	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212"];
122	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
123
124	var molecule = new Object();
125	molecule.id="o2";
126	molecule.name="O<sub>2</sub>";
127	molecule.isotopesArray = ["66", "67", "68"];
128	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
129	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
130
131	var molecule = new Object();
132	molecule.id="o2";
133	molecule.name="O<sub>2</sub>";
134	molecule.isotopesArray = ["66"];
135	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
136	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
137
138	var molecule = new Object();
139	molecule.id="no";
140	molecule.name="NO";
141	molecule.isotopesArray = ["46", "48", "56"];
142	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
143	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
144	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
145	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
146
147	var molecule = new Object();
148	molecule.id="so2";
149	molecule.name="SO<sub>2</sub>";
150	molecule.isotopesArray = ["626", "646"];
151	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
152	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
153	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
154	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
155
156	var molecule = new Object();
157	molecule.id="no2";
158	molecule.name="NO<sub>2</sub>";
159	molecule.isotopesArray = ["646"];
160	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
161	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
162	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
163	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
164
165	var molecule = new Object();
166	molecule.id="nh3";
167	molecule.name="NH<sub>3</sub>";
168	molecule.isotopesArray = ["411", "511" ];
169	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
170	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
171	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
172
173	var molecule = new Object();
174	molecule.id="ph3";
175	molecule.name="PH<sub>3</sub>";
176	molecule.isotopesArray = ["131" ];
177	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
178	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
179
180	var molecule = new Object();
181	molecule.id="hno3";
182	molecule.name="HNO<sub>3</sub>";
183	molecule.isotopesArray = ["146" ];
184	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
185	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
186	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
187	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
188
189	var molecule = new Object();
190	molecule.id="oh";
191	molecule.name="OH";
192	molecule.isotopesArray = ["61", "62", "81" ];
193	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
194	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
195
196	var molecule = new Object();
197	molecule.id="hf";
198	molecule.name="HF";
199	molecule.isotopesArray = ["19" ];
200	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
201	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
202
203	var molecule = new Object();
204	molecule.id="hcl";
205	molecule.name="HCL";
206	molecule.isotopesArray = ["15", "17" ];
207	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
208	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
209
210	var molecule = new Object();
211	molecule.id="hbr";
212	molecule.name="HBR";
213	molecule.isotopesArray = ["11", "19" ];
214	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
215	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
216
217	var molecule = new Object();
218	molecule.id="hi";
219	molecule.name="HI";
220	molecule.isotopesArray = ["17" ];
221	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
222	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
223
224	var molecule = new Object();
225	molecule.id="clo";
226	molecule.name="ClO";
227	molecule.isotopesArray = ["56", "76" ];
228	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
229	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
230
231	var molecule = new Object();
232	molecule.id="ocs";
233	molecule.name="OCS";
234	molecule.isotopesArray = ["622", "624", "632", "623", "822", "634"];
235	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
236	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
237	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
238	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
239
240	var molecule = new Object();
241	molecule.id="h2co";
242	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
243	molecule.isotopesArray = ["126", "128", "136"];
244	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
245	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
246
247	var molecule = new Object();
248	molecule.id="h2co";
249	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
250	molecule.isotopesArray = ["126"];
251	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
252
253	var molecule = new Object();
254	molecule.id="c2h6";
255	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>6</sub>";
256	molecule.isotopesArray = ["226", "236"];
257	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
258	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
259
260	var molecule = new Object();
261	molecule.id="ch3d";
262	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
263	molecule.isotopesArray = ["212", "312"];
264	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
265
266	var molecule = new Object();
267	molecule.id="ch3d";
268	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
269	molecule.isotopesArray = ["212"];
270	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
271
272	var molecule = new Object();
273	molecule.id="c2h2";
274	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>2</sub>";
275	molecule.isotopesArray = ["221", "231"];
276	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
277	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
278	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
279	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
280
281	var molecule = new Object();
282	molecule.id="c2h4";
283	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>4</sub>";
284	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
285	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
286	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
287	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
288
289	var molecule = new Object();
290	molecule.id="geh4";
291	molecule.name="GeH<sub>4</sub>";
292	molecule.isotopesArray = ["411"];
293	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
294	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
295
296	var molecule = new Object();
297	molecule.id="hcn";
298	molecule.name="HCN";
299	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134", "224"];
300	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
301	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
302
303	var molecule = new Object();
304	molecule.id="hcn";
305	molecule.name="HCN";
306	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134"];
307	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
308
309	var molecule = new Object();
310	molecule.id="c3h8";
311	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>8</sub>";
312	molecule.isotopesArray = ["221"];
313	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
314	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
315
316	var molecule = new Object();
317	molecule.id="c2n2";
318	molecule.name="C<sub>2</sub>N<sub>2</sub>";
319	molecule.isotopesArray = ["224"];
320	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
321	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
322
323	var molecule = new Object();
324	molecule.id="c4h2";
325	molecule.name="C<sub>4</sub>H<sub>2</sub>";
326	molecule.isotopesArray = ["211"];
327	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
328	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
329
330	var molecule = new Object();
331	molecule.id="hc3n";
332	molecule.name="HC<sub>3</sub>N";
333	molecule.isotopesArray = ["124"];
334	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
335	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
336
337	var molecule = new Object();
338	molecule.id="hocl";
339	molecule.name="HOCl";
340	molecule.isotopesArray = ["165", "167"];
341	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
342	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
343
344	var molecule = new Object();
345	molecule.id="n2";
346	molecule.name="N<sub>2</sub>";
347	molecule.isotopesArray = ["44"];
348	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
349	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
350	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
351	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
352
353	var molecule = new Object();
354	molecule.id="ch3cl";
355	molecule.name="CH<sub>3</sub>Cl";
356	molecule.isotopesArray = ["215", "217"];
357	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
358	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
359
360	var molecule = new Object();
361	molecule.id="h2o2";
362	molecule.name="H<sub>2</sub>O<sub>2</sub>";
363	molecule.isotopesArray = ["166"];
364	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
365	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
366
367	var molecule = new Object();
368	molecule.id="h2s";
369	molecule.name="H<sub>2</sub>S";
370	molecule.isotopesArray = ["121", "141", "131"];
371	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
372	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
373
374	var molecule = new Object();
375	molecule.id="hcooh";
376	molecule.name="HCOOH";
377	molecule.isotopesArray = ["261"];
378	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
379	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
380	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
381
382	var molecule = new Object();
383	molecule.id="cof2";
384	molecule.name="COF<sub>2</sub>";
385	molecule.isotopesArray = ["269"];
386	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
387	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
388
389	var molecule = new Object();
390	molecule.id="sf6";
391	molecule.name="SF<sub>6</sub>";
392	molecule.isotopesArray = ["29"];
393	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
394	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
395
396	var molecule = new Object();
397	molecule.id="c3h4";
398	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>4</sub>";
399	molecule.isotopesArray = ["341"];
400	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
401	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
402
403	var molecule = new Object();
404	molecule.id="ho2";
405	molecule.name="HO<sub>2</sub>";
406	molecule.isotopesArray = ["166"];
407	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
408	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
409
410	var molecule = new Object();
411	molecule.id="clono2";
412	molecule.name="ClONO<sub>2</sub>";
413	molecule.isotopesArray = ["564", "764"];
414	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
415	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
416
417	var molecule = new Object();
418	molecule.id="ch3br";
419	molecule.name="CH<sub>3</sub>Br";
420	molecule.isotopesArray = ["79", "81"];
421	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
422
423	var molecule = new Object();
424	molecule.id="ch3oh";
425	molecule.name="CH<sub>3</sub>OH";
426	molecule.isotopesArray = ["216"];
427	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
428	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
429
430	var molecule = new Object();
431	molecule.id="noplus";
432	molecule.name="NO<sup>+</sup>";
433	molecule.isotopesArray = ["46"];
434	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
435
436	var molecule = new Object();
437	molecule.id="hnc";
438	molecule.name="HNC";
439	molecule.isotopesArray = ["142"];
440	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
441
442	var molecule = new Object();
443	molecule.id="c6h6";
444	molecule.name="C<sub>6</sub>H<sub>6</sub>";
445	molecule.isotopesArray = ["266"];
446	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
447
448	var molecule = new Object();
449	molecule.id="c2hd";
450	molecule.name="C<sub>2</sub>HD";
451	molecule.isotopesArray = ["122"];
452	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
453
454	var molecule = new Object();
455	molecule.id="cf4";
456	molecule.name="CF<sub>4</sub>";
457	molecule.isotopesArray = ["291"];
458	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
459
460	var molecule = new Object();
461	molecule.id="ch3cn";
462	molecule.name="CH<sub>3</sub>CN";
463	molecule.isotopesArray = ["234"];
464	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
465
466
467	},
468
469	// CREATES ********************************************************
470	createForm: function()
471	{
472	//Titre de la page
473	var titlePage = document.createTextNode("Graphic visualization of the GEISA database");
474	document.getElementById("titlePage").appendChild(titlePage);
475
476	// Create menu deroulant choix de la base
477	var paramDatabase = new Object();
478	paramDatabase.id = "selectDatabase";
479	paramDatabase.parent = $("#database1");
480	this.selectDatabase = new Select( paramDatabase );
481	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
482	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
483	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
484	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
485	this.selectDatabase.selectFirst( false );
486	var bob = this.selectDatabase.getValues();
487
488	// Create menu deroulant choix de la base2 pour l'onglet "Database comparison"
489
490	var paramDatabase2 = new Object();
491	paramDatabase2.id = "selectDatabase2";
492	paramDatabase2.parent = $("#database2");
493	this.selectDatabase2 = new Select( paramDatabase2 );
494	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003");
495	this.selectDatabase2.add( 'HITRAN2009', "HITRAN 2009" );
496	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011");
497	this.selectDatabase2.selectFirst( false );
498
499
500
501
502	//crÃ©ation du bloc des molÃ©cules
503	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2011'), this.arrayGeisa2011, "GEISA2011");
504	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2003'), this.arrayGeisa2003, "GEISA2003");
505	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2011'), this.arrayGeisaIasi2011, "GEISAIASI2011");
506	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2003'), this.arrayGeisaIasi2003, "GEISAIASI2003");
507
508	//bouton selection-deselection toutes les molÃ©cules et isotopes
509	this.selectButton = new Button( {value:"Select all molecules", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonSelect", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.selectAll, this )} );
510	//bouton montrer-cacher les isotopes
511	this.showButton = new Button( {value:"View all isotopologues", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonShow", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.viewAll, this )} );
512
513
514
515	//Zone texte SpectralRange
516	//Titre gÃ©nÃ©ral (qui changera en fonction de la base geisa choisie)
517	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
518	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
519
520	//Titre
521	document.getElementById("spectralRangeLower").innerHTML = "Lower value, cm<sup>-1</sup> : ";
522	document.getElementById("spectralRangeUpper").innerHTML = "Upper value, cm<sup>-1</sup> : ";
523	document.getElementById("samplingStep").innerHTML = "<br> Splitting step, cm<sup>-1</sup> : <a href='#' TITLE='Split equally the selected spectral range for generating a series of graphs. Default case: one graph for the whole spectral range.'><img src='resources/images/elements/index-or.jpeg' height='16px' width='16px'></a> ";
524	//zone texte SpectralRangeLower
525	var inputSpectralRangeLower = $( document.createElement( "input" ) );
526	inputSpectralRangeLower.attr( {id:"rangeLower", class:"styleInputs"} );
527	inputSpectralRangeLower.val(0);
528	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions
529	inputSpectralRangeLower.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
530	// inputSpectralRangeLower.bind( 'mouseout', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
531	this.containerFormSpectralRangeLower.append( inputSpectralRangeLower );
532	//zone texte SpectralRangeUpper
533	var inputSpectralRangeUpper = $( document.createElement( "input" ) );
534	inputSpectralRangeUpper.attr( {id:"rangeUpper"} );
535	inputSpectralRangeUpper.val(35877.030506);
536	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions lorsque l'on change la valeur du spectral range
537	inputSpectralRangeUpper.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
538	//inputSpectralRangeUpper.bind( 'mouseout', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
539	this.containerFormSpectralRangeUpper.append( inputSpectralRangeUpper );
540	//zone texte Sampling step Splitting step
541	var inputSamplingStep = $( document.createElement( "input" ) );
542	inputSamplingStep.attr( {id:"sampStep", size:6} );
543	$("#samplingStep").append( inputSamplingStep );
544
545
546
547
548	//Zone texte Intensity
549	//Titre
550	document.getElementById("intensityLower").innerHTML = "Lower value, cm/mol. : "
551	document.getElementById("intensityUpper").innerHTML = "Upper value, cm/mol. : "
552	//zone texte IntensityLower
553	var inputIntensityLower = $( document.createElement( "input" ) );
554	inputIntensityLower.attr( {id:"intensityLo", class:"styleInputs"} );
555	inputIntensityLower.val(0);
556	this.containerFormIntensityLower.append( inputIntensityLower );
557	//zone texte IntensityUpper
558	var inputIntensityUpper = $( document.createElement( "input" ) );
559	inputIntensityUpper.attr( {id:"intensityUp"} );
560	inputIntensityUpper.val(1e-16);
561	this.containerFormIntensityUpper.append( inputIntensityUpper );
562
563
564	// Create menu deroulant 1er choix axe des y
565	//Titre
566	var titleAxeY1 = document.createTextNode("Select parameter (left Y-axis)");
567	document.getElementById("axeY1").appendChild(titleAxeY1);
568	var spaceBr = document.createElement ("br");
569	document.getElementById("axeY1").appendChild(spaceBr);
570	//menu dÃ©roulant
571	var paramSelectAxeY1 = new Object();
572	paramSelectAxeY1.id = "selectAxeY1";
573	paramSelectAxeY1.parent = $("#axeY1");
574	this.selectTraceAxeY1 = new Select( paramSelectAxeY1 );
575	this.selectTraceAxeY1.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ));
576	this.selectTraceAxeY1.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
577	this.selectTraceAxeY1.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
578	this.selectTraceAxeY1.add( 'F', "Temperature dependence coefficient n of HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
579	this.selectTraceAxeY1.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHMself)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
580	this.selectTraceAxeY1.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
581	this.selectTraceAxeY1.add( 'R', "Temperature dependence coeff. of the air pressure shift", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
582	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( false );
583
584	// Create menu deroulant type de graphe
585	//Titre
586	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Type of graph");
587	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(titleTypeTrace);
588	var spaceBr = document.createElement ("br");
589	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(spaceBr);
590	//menu dÃ©roulant
591	var paramNbCourbes = new Object();
592	paramNbCourbes.id = "selectNbCourbes";
593	paramNbCourbes.parent = $("#nbCourbes");
594	this.selectNbCourbes = new Select( paramNbCourbes );
595	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selected molecules", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
596	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
597	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
598	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
599	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
600	this.selectNbCourbes.selectFirst( false );
601
602	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y1
603	//Titre
604	var titleScaleY1 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
605	document.getElementById("scaleY1Titre").appendChild(titleScaleY1);
606	//menu dÃ©roulant
607	var paramSelectScaleY1 = new Object();
608	paramSelectScaleY1.id = "selectScaleY1";
609	paramSelectScaleY1.parent = $("#scaleY1");
610	this.selectScaleY1 = new Select( paramSelectScaleY1 );
611	this.selectScaleY1.add( 'l', "Linear" );
612	this.selectScaleY1.add( '-log_scale', "Logarithmic" );
613	this.selectScaleY1.selectFirst( false );
614
615
616	// Create menu deroulant style de tracer Y1
617	//Titre
618	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
619	document.getElementById("typePlotY1Titre").appendChild(titleTypeTrace);
620	var spaceBr = document.createElement ("br");
621	document.getElementById("typePlotY1Titre").appendChild(spaceBr);
622	//menu dÃ©roulant
623	var paramSelectTypeTraceY1 = new Object();
624	paramSelectTypeTraceY1.id = "selectTypePlotY1";
625	paramSelectTypeTraceY1.parent = $("#typePlotY1");
626	this.selectTypeTraceY1 = new Select( paramSelectTypeTraceY1 );
627	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
628	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
629	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
630	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
631	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( false );
632
633	//menu dÃ©roulant tracÃ© de la 2Ãšme base pour l'onglet "Database comparison"
634	var paramSelectTypeTraceDatabase2 = new Object();
635	paramSelectTypeTraceDatabase2.id = "selectTypePlotDatabase2";
636	paramSelectTypeTraceDatabase2.parent = $("#typePlotDatabase2");
637	this.selectTypeTraceDatabase2 = new Select( paramSelectTypeTraceDatabase2 );
638	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'l', "Lines" );
639	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'p', "Dots" );
640	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'i', "Peaks" );
641	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
642	this.selectTypeTraceDatabase2.selectFirst( false );
643
644
645	//lien pour montrer ou cacher le bloc "advanced options"
646	var showHide = $(document.createElement("a"));
647	showHide.html("Show advanced options");
648	showHide.attr( {id:"aShowHide", class:"fieldsetGeneralTitle"} );
649	showHide.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.onClickShowAdvancedOptions));
650	$("#showAdvancedOptions").append(showHide);
651
652
653	//titre menu deroulant transition upper
654	var titleTransitionUpper = document.createTextNode("Upper state : ");
655	document.getElementById("transitionUpper").appendChild(titleTransitionUpper);
656	//titre menu deroulant transition upper
657	this.selectTransitionUpper = $( document.createElement( "select" ) );
658	this.selectTransitionUpper.attr( {id:"transition1"} );
659	//fonction sur le menu dÃ©roulant (des qu'on clique dessus) et non sur chacune des options
660	this.selectTransitionUpper.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
661	var optTransitionUpper = $( document.createElement( "option" ) );
662	optTransitionUpper.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
663	this.selectTransitionUpper.append(optTransitionUpper);
664	$("#transitionUpper").append(this.selectTransitionUpper);
665
666
667	//titre menu deroulant transition lower
668	var titleTransitionLower = document.createTextNode("Lower state : ");
669	document.getElementById("transitionLower").appendChild(titleTransitionLower);
670	// Create menu deroulant transition lower
671	this.selectTransitionLower = $( document.createElement( "select" ) );
672	this.selectTransitionLower.attr( {id:"transition2"} );
673	this.selectTransitionLower.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
674	var optTransitionLower = $( document.createElement( "option" ) );
675	optTransitionLower.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
676	this.selectTransitionLower.append(optTransitionLower);
677	$("#transitionLower").append(this.selectTransitionLower);
678
679	//bouton reset pour les transition
680	var resetButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#transitionReset" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.requestTransition, this )} );
681
682
683	//Zone text Mean Value Bin-average
684	//Titre
685	document.getElementById("meanValue1").innerHTML = "Bin-average, cm<sup>-1</sup> : ";
686	//var titleMeanValue = document.createTextNode("Bin-average : ");
687	//document.getElementById("meanValue1").appendChild(titleMeanValue);
688	//champ input
689	var inputMeanValue = $( document.createElement( "input" ) );
690	inputMeanValue.attr( {id:"meanValue2", size:6} );
691	inputMeanValue.val(0);
692	this.containerFormMeanValue1.append( inputMeanValue );
693	//inputMeanValue.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.onBlurInputMeanValue, this ));
694	inputMeanValue.bind( 'mouseout', this, jQuery.proxy( this.onMouseOutInputMeanValue, this ));
695
696	// Create menu deroulant 2eme choix axe des y
697	//Titre
698	var titleAxeY2 = document.createTextNode("Select secondary parameter (right Y-axis)");
699	document.getElementById("axeY2Titre").appendChild(titleAxeY2);
700	//menu dÃ©roulant
701	var paramSelectAxeY2 = new Object();
702	paramSelectAxeY2.id = "selectAxeY2";
703	paramSelectAxeY2.parent = $("#axeY2");
704	this.selectTraceAxeY2 = new Select( paramSelectAxeY2 );
705	this.selectTraceAxeY2.add( 'no', "None", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
706	this.selectTraceAxeY2.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
707	this.selectTraceAxeY2.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
708	this.selectTraceAxeY2.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
709	this.selectTraceAxeY2.add( 'F', "Temperature dependence coefficient n of HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
710	this.selectTraceAxeY2.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHMself)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
711	this.selectTraceAxeY2.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
712	this.selectTraceAxeY2.add( 'R', "Temperature dependence coeff. of the air pressure shift", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
713	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( false );
714
715
716	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y2
717	//Titre
718	var titleScaleY2 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
719	document.getElementById("scaleY2Titre").appendChild(titleScaleY2);
720	//menu dÃ©roulant
721	var paramSelectScaleY2 = new Object();
722	paramSelectScaleY2.id = "SelectScaleY2";
723	paramSelectScaleY2.parent = $("#scaleY2");
724	this.selectScaleY2 = new Select( paramSelectScaleY2 );
725	this.selectScaleY2.add( 'l', "Linear" );
726	this.selectScaleY2.add( '-log_scale2', "Logarithmic" );
727	this.selectScaleY2.selectFirst( false );
728	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
729	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
730	this.selectScaleY2.disable();
731
732
733	// Create menu deroulant style de tracer Y2
734	//Titre
735	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
736	document.getElementById("typePlotY2Titre").appendChild(titleTypeTrace);
737	//menu dÃ©roulant
738	var paramSelectTypeTraceY2 = new Object();
739	paramSelectTypeTraceY2.id = "selectTypePlotY2";
740	paramSelectTypeTraceY2.parent = $("#typePlotY2");
741	this.selectTypeTraceY2 = new Select( paramSelectTypeTraceY2 );
742	this.selectTypeTraceY2.add( 'l', "Lines" );
743	this.selectTypeTraceY2.add( 'p', "Dots" );
744	this.selectTypeTraceY2.add( 'i', "Peaks" );
745	this.selectTypeTraceY2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
746	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( false );
747	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
748	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
749	this.selectTypeTraceY2.disable();
750
751	// Create menu deroulant choix de la sortie pour l'onglet "Database comparison"
752	// var paramoutputDatabasecomparison = new Object();
753	// paramoutputDatabasecomparison.id = "outputDatabaseComparisonChoice1";
754	// paramoutputDatabasecomparison.parent = $("#outputDatabaseComparisonChoice");
755	// this.selectOutputDatabasecomparison = new Select( paramoutputDatabasecomparison );
756	// this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'def', "Default output" );
757	// this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step', "Mean difference" );
758	// this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step100', "Mean difference in percentage" );
759	// this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_stepboth', "Both mean difference" );
760	// this.selectOutputDatabasecomparison.selectFirst( false );
761
762	// Create case Ã cocher choix de la sortie pour l'onglet "Database comparison"
763	//Titre
764	// var titleOutput = document.createTextNode("Mean value output choice (if Bin-average>0) : ");
765	// document.getElementById("outputChoiceTitre").appendChild(titleOutput);
766	document.getElementById("outputChoiceTitre").innerHTML = "Mean value output choice (if Bin-average>0) : <a href='#' TITLE='Drawing differences is only available when a bin-average greater than 0 is chosen.'><img src='resources/images/elements/index-or.jpeg' height='16px' width='16px'></a> ";
767
768	//case Ã cocher
769	var titleDifferences = document.createTextNode("Differences ");
770	document.getElementById("outputChoiceDifferences").appendChild(titleDifferences);
771	var input = $(document.createElement("input"));
772	input.attr({type:"checkbox", id:"differences"});
773	$("#outputChoiceDifferences").append(input);
774
775	var titleDifferencesPercentage = document.createTextNode("Differences in percentage ");
776	document.getElementById("outputChoiceDifferencesPercentage").appendChild(titleDifferencesPercentage);
777	var input = $(document.createElement("input"));
778	input.attr({type:"checkbox", id:"differencesPercentage"});
779	$("#outputChoiceDifferencesPercentage").append(input);
780
781	//pour griser le texte des cases Ã cocher et dÃ©sactiver les cases Ã cocher car bin-average est = 0
782	$("#outputChoiceDifferences").addClass("outputChoiceDifferencesNotActiveText");
783	$("#outputChoiceDifferencesPercentage").addClass("outputChoiceDifferencesPercentageNotActiveText");
784	$("#differences").attr("disabled", "disabled");
785	$("#differencesPercentage").attr("disabled", "disabled");
786
787	//crÃ©ation de l'image d'attente
788	var param = new Object();
789	param.id = "loadingForGraphics";
790	param.parent = this.containerLoading;
791	this.loadingGraphics = new Loading( param );
792	// this.loadingGraphics.display();
793	//this.loadingGraphics.hide();
794
795
796	// var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
797	var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "positive", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
798	//bouton reset pour toute la page
799	var resetPageButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.resetPage, this )} );
800
801
802
803	},
804
805
806
807
808	/**
809	* This method creates the case to check for the moles
810	* create cases Ã cocher pour les molÃ©cules
811	* @param container
812	* @param moleculesArray
813	*/
814	//createMolecules: function(container, moleculesArray)
815	createMolecules: function(container, moleculesArray, BddVersion)
816	{
817	var table = $(document.createElement("table"));
818	container.append(table);
819
820	var i=0;
821	//nombre de molecules par ligne
822	var l=11;
823	//taille du tableau
824	//alert("l" +moleculesArray.length);
825
826
827	$.each(moleculesArray, jQuery.proxy( function(index, moleculeElement )
828	{
829
830
831	//this.tr et non var tr pour que tr existe encore Ã la sortie du if
832	if ( index == (i*l))
833	{
834	//alert(index);
835	this.tr = $(document.createElement("tr"));
836	this.tr.attr({valign: "top"});
837	table.append(this.tr);
838	i=i+1;
839
840	}
841	var td = $(document.createElement("td"));
842	this.tr.append(td);
843
844	var span= $(document.createElement("span"));
845	span.addClass("molecule");
846	td.append(span);
847
848	var input = $(document.createElement("input"));
849	input.attr({type:"checkbox", id:"all-"+moleculeElement.id+"-"+BddVersion});
850	input.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliquetout, [this, moleculeElement.id, BddVersion ] ));
851	span.append(input);
852
853	var a = $(document.createElement("a"));
854	a.html("<b>"+moleculeElement.name+"</b>");
855
856	a.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.visibilite, [this,"Cache-"+ moleculeElement.id] ));
857	span.append(a);
858
859	var div= $(document.createElement("div"));
860	div.addClass("divViolet");
861	div.attr({id:"Cache-"+moleculeElement.id, style: "display:none"});
862	td.append(div);
863
864	var spanIsotopes= $(document.createElement("span"));
865	spanIsotopes.addClass("isotope");
866	spanIsotopes.attr({id:moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion});
867	div.append(spanIsotopes);
868
869
870	this.createIsotopes($("#"+moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion), moleculeElement.isotopesArray, moleculeElement.id, BddVersion);
871
872
873	}, this) );
874
875
876	},
877
878	createIsotopes: function(container, isotopesArray, moleculeElement, BddVersion )
879	{
880
881
882	$.each(isotopesArray, jQuery.proxy( function( index, isotopeElement )
883	{
884	container.append("   ");
885	var inputIsotopes = $(document.createElement("input"));
886	inputIsotopes.attr({type:"checkbox", id:"chk-"+moleculeElement+"_"+isotopeElement+"-"+BddVersion, name:"moles", value:moleculeElement+"_"+isotopeElement});
887	inputIsotopes.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliqueIsotope, [this, moleculeElement+"_"+isotopeElement, moleculeElement, BddVersion ] ));
888	container.append(inputIsotopes);
889	container.append(isotopeElement);
890	var br = $(document.createElement("br"));
891	container.append(br);
892
893	}, this) );
894	},
895
896	// <table><tr><td>
897	// <span class="molecule"><input type=checkbox id=all-ch3cn-GEISA2011 onclick="cliquetout('this, ch3cn, GEISA2011');">
898	// <a href="javascript:visibilite('this, Cache-ch3cn');"><B>CH<sub>3</sub>CN</a></B>
899	// </span>
900	// <div class="divViolet" id="Cache-ch3cn" style="display:none;">
901	// <span class="isotope" id="ch3cnIsotopeGEISA2011">   <input type=checkbox id=chk-ch3cn_234-GEISA2011 name=moles value=ch3cn_234 onclick="cliqueIsotope('this, ch3cn_234, GEISA2011');">234<br></span>
902	// </div>
903	// </td></tr></table>
904
905	// REQUESTS ********************************************************
906	//rÃ©cupÃ©ration de toutes les valeurs choisies par l'utilisateur et transformation de ces valeurs pour les inclure dans la requÃªte fortran
907	requestGeisa: function()
908	{
909	//temps en ms pour obtenir un nom unique de rÃ©pertoire
910	var dateTime = new Date().getTime();
911	this.NomRepFileOut = "graph"+dateTime+"/";
912
913
914	// appel ajax
915
916	//sÃ©lection du fichier binaire de la base geisa sÃ©lectionnÃ©e
917	var paramBase = "";
918	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
919	case 'GEISA2003':
920	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2003_asc_gs03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISA2003 -database_type gs03 -type_out png";
921	break;
922	case 'GEISA2011':
923	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2011_bin_gs08_v1.0 -database_name GEISA2011 -database_type gs08 -type_out png";
924	break;
925	case 'GEISAIASI2003':
926	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2003_asc_gsi03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISAIASI2003 -database_type gsi03 -type_out png";
927	break;
928	case 'GEISAIASI2011':
929	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2011_bin_gsi08_v1.0 -database_name GEISAIASI2011 -database_type gsi08 -type_out png";
930	break;
931	}
932
933	//sÃ©lection du fichier binaire de deuxiÃšme base geisa sÃ©lectionnÃ©e pour l'option graphique "databases comparison"
934	var paramBase2 = "";
935	switch (this.selectDatabase2.getValue()) {
936	case 'GEISA2003':
937	paramBase2 = " -filein2 "+this.pathProcess+"line_GEISA2003_bin_gs08_v1.0 -database_name2 GEISA2003";
938	break;
939	case 'GEISA2011':
940	paramBase2 = " -filein2 "+this.pathProcess+"line_GEISA2011_bin_gs08_v1.0 -database_name2 GEISA2011 -database_type gs08";
941	break;
942	case 'HITRAN2009':
943	paramBase2 = " -filein2 "+this.pathProcess+"HITRAN_2009_bin -database_name2 HITRAN2009";
944	break;
945	}
946
947
948	//molÃ©cules
949	//rÃ©cupÃ©ration des molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
950	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
951	var count = inputs.length;
952	var isotopesSelectedName ="";
953	// alert(this.selectDatabase.getValue());
954	var i=0;
955	this.nbIsotopes = 0;
956	this.nbMolecules = 0;
957	this.nbGraph = 0;
958	for( i = 0; i < count; i++ )
959	{
960	var input = inputs.item( i );
961	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
962	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
963	{
964	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
965	this.nbIsotopes = this.nbIsotopes + 1;
966
967	var molN=input.value;
968	var molN1=molN.replace("_", ":");
969	// exemple : -moleisot h2o:161 -moleisot h2o:162 -moleisot co2:626 -moleisot co2:627 -moleisot o3:666 -moleisot o3:668
970	isotopesSelectedName = isotopesSelectedName+"-moleisot "+molN1+" ";
971	}
972	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
973	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
974	{
975	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
976	this.nbMolecules = this.nbMolecules + 1;
977	}
978	}
979
980
981	//averti l'utilisateur qu'il faut au moins sÃ©lectionner un isotope
982	if (this.nbIsotopes == 0) {
983	alert("Error : no molecule or isotopoloque was selected");
984	return;
985	}
986
987
988
989	//sÃ©lection du nombre de courbes ou de graphs
990
991	var nbCourbes = "";
992	//dans le cas de l'option "Global position" tous les 10 isotopes ou molecules un nouveau graph est construit
993	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="global" )
994	{
995	switch (this.selectNbCourbes.getValue()) {
996	case 'cm':
997	nbCourbes = "-separate_mol ";
998	//si c'est un entier
999	if((parseFloat(this.nbMolecules/10) == parseInt(this.nbMolecules/10))){
1000	this.nbGraph = parseInt(this.nbMolecules/10);
1001	}
1002	//si ce n'est pas un entier
1003	else{
1004	this.nbGraph = parseInt(this.nbMolecules/10)+1;
1005	}
1006	break;
1007	case 'ci':
1008	nbCourbes = "-separate_iso ";
1009	//si c'est un entier
1010	if((parseFloat(this.nbIsotopes/10) == parseInt(this.nbIsotopes/10))){
1011	this.nbGraph = parseInt(this.nbIsotopes/10);
1012	}
1013	else{
1014	this.nbGraph = parseInt(this.nbIsotopes/10)+1;
1015	}
1016	break;
1017	}
1018	}
1019	else
1020	//dans les 2 autres cas
1021	{
1022	switch (this.selectNbCourbes.getValue()) {
1023	//sswitch (document.getElementById('selectNbCourbes').options[document.getElementById('selectNbCourbes').selectedIndex].value) {
1024	case 'cm':
1025	nbCourbes = "-separate_mol -same_graph ";
1026	this.nbGraph = 1;
1027	this.nbCourbe = this.nbMolecules;
1028	if (this.nbCourbe > 8) {
1029	alert("Too much molecules selected to draw one curve for each molecule selected (>8)");
1030	return;
1031	}
1032	break;
1033	case 'ci':
1034	nbCourbes = "-separate_iso -same_graph ";
1035	this.nbGraph = 1;
1036	this.nbCourbe = this.nbIsotopes;
1037	if (this.nbCourbe > 8) {
1038	alert("Too much isotopologues selected to draw one curve for each isotopologues selected (>8)");
1039	return;
1040	}
1041	break;
1042	case 'gm':
1043	nbCourbes = "-separate_mol ";
1044	this.nbGraph = this.nbMolecules;
1045	if (this.nbGraph > 50) {
1046	alert("Too much molecules selected to draw one graph for each molecules selected (>50)");
1047	return;
1048	}
1049	break;
1050	case 'gi':
1051	nbCourbes = "-separate_iso ";
1052	this.nbGraph = this.nbIsotopes;
1053	if (this.nbGraph > 50) {
1054	alert("Too much isotopologues selected to draw one graph for each isotopologues selected (>50)");
1055	return;
1056	}
1057	break;
1058	default:
1059	nbCourbes = "";
1060	this.nbGraph = 1;
1061	break;
1062	}
1063	}
1064
1065	//Spectral range
1066	var rangeLower="-wavenb_min "+$("#rangeLower").val();
1067	var rangeUpper="-wavenb_max "+$("#rangeUpper").val();
1068
1069	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1070
1071	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
1072	case 'GEISA2003':
1073	//isNaN = n'est pas un nombre
1074	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1075	{
1076	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1077	return;
1078	}
1079
1080	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1081	{
1082	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1083	return;
1084	}
1085
1086	break;
1087	case 'GEISA2011':
1088	//isNaN = n'est pas un nombre
1089	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1090	{
1091	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1092	return;
1093	}
1094
1095	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1096	{
1097	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1098	return;
1099	}
1100	break;
1101	case 'GEISAIASI2003':
1102	//isNaN = n'est pas un nombre
1103	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1104	{
1105	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1106	return;
1107	}
1108
1109	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1110	{
1111	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1112	return;
1113	}
1114	break;
1115	case 'GEISAIASI2011':
1116	//isNaN = n'est pas un nombre
1117	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1118	{
1119	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1120	return;
1121	}
1122
1123	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1124	{
1125	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1126	return;
1127	}
1128	break;
1129	}
1130
1131
1132	if ($("#rangeLower").val() == "" )
1133	{
1134	rangeLower="";
1135	}
1136
1137	if ($("#rangeUpper").val() == "" )
1138	{
1139	rangeUpper="";
1140	}
1141	if( parseInt($("#rangeLower").val()) > parseInt($("#rangeUpper").val()) )
1142	{
1143	alert("Error: lower spectral range area is superior to upper spectral range area ");
1144	return;
1145	}
1146
1147
1148
1149	//Sampling step Splitting step
1150	if( $("#sampStep").val() > 0 )
1151	{
1152	var samplingStep="-band "+$("#sampStep").val();
1153	//calcul du nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s par l'option Sampling step
1154	this.nbGraphSamplingStep = (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) / parseFloat($("#sampStep").val());
1155	//calcul du nombre de graphs total Ã tracer (nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ©s par "type of graph" * nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ© par "Sampling Step")
1156	//test pour voir si "nbGraphSamplingStep" est un entier
1157	if ((this.nbGraphSamplingStep - parseInt(this.nbGraphSamplingStep)) == 0)
1158	{
1159	this.nbGraph=(this.nbGraph)*(this.nbGraphSamplingStep);
1160	}
1161	else
1162	{
1163	// si "nbGraphSamplingStep" n'est pas un entier prendre le nbre entier suivant
1164	this.nbGraph=this.nbGraph*(parseInt(this.nbGraphSamplingStep)+1);
1165	}
1166	}
1167
1168	if(isNaN($("#sampStep").val()) == true \|\| parseInt($("#sampStep").val()) < 0 )
1169	{
1170	alert("Error: Invalid value for sampling step");
1171	return;
1172	}
1173
1174	//Splitting step
1175	if( $("#sampStep").val() == 0 )
1176	{
1177	var samplingStep="";
1178	}
1179
1180	//test sur le nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s
1181	if (this.nbGraph > 50)
1182	{
1183	alert("Too many graphics will be drawn ("+this.nbGraph+"). Please change the value of the sampling step or change the type of graph.");
1184	return;
1185	}
1186
1187
1188
1189	//Transitions to do
1190	//exemple de requete avec transition
1191	//./all -filein line_GEISA2009_bin -moleisot h2o:161 -wavenb_min 1 -wavenb_max 1000 -database_name "GEISA2011" -vib_ident_lower '[000]'
1192	var transitionUpper=document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value;
1193
1194	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1195	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1196	var nb=0;
1197	nb=25-transitionUpper.length
1198	if (nb != 0)
1199	{
1200	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1201	transitionUpper=transitionUpper+" ";
1202	}
1203	}
1204
1205
1206	var transitionLower=document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value;
1207
1208	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1209	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1210	var nb=0;
1211	nb=25-transitionLower.length
1212	if (nb != 0)
1213	{
1214	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1215	transitionLower=transitionLower+" ";
1216	}
1217	}
1218
1219	//pas de transition sÃ©lectionnÃ©e
1220
1221	if (( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "transition" ))
1222	{
1223	transitionUpper ="no";
1224	}
1225	if (( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "transition" ))
1226	{
1227	transitionLower ="no";
1228	}
1229
1230	if ( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "")
1231	{
1232	transitionUpper ="noValue";
1233	}
1234
1235	if ( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "")
1236	{
1237	transitionLower ="noValue";
1238	}
1239
1240	var sel = document.getElementById('transition1');
1241	var idupper = sel.options[sel.selectedIndex].value;
1242
1243	//Intensity range
1244	var intensityLower="-int_min "+$("#intensityLo").val();
1245	var intensityUpper="-int_max "+$("#intensityUp").val();
1246
1247	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1248	if(isNaN($("#intensityLo").val()) == true \|\| $("#intensityLo").val() < 0 )
1249	{
1250	alert("Error: Invalid value for lower intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1251	return;
1252	}
1253	if ($("#intensityLo").val() == "" )
1254	{
1255	intensityLower="";
1256	}
1257	if(isNaN($("#intensityUp").val()) == true \|\| $("#intensityUp").val() < 0 )
1258	{
1259	alert("Error: Invalid value for upper intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1260	return;
1261	}
1262	if ($("#intensityUp").val() == "" )
1263	{
1264	intensityUpper="";
1265	}
1266
1267	//to do javascript ne sait comparer des exponenciels
1268	// if( $("#intensityLo").val() > $("#intensityUp").val() )
1269
1270	// {
1271	// alert("Error: lower intensity range area is superior to upper intensity range area ");
1272	// return;
1273	// }
1274
1275
1276	//Valeur de mean value Bin-average
1277	var meanValue = "-step "+$("#meanValue2").val();
1278	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1279	//Si ce n'est pas un nombre ou si il est nÃ©gatif ou si mean value est supÃ©rieur ou Ã©gal Ã l'interval spectral
1280	if(isNaN($("#meanValue2").val()) == true \|\| $("#meanValue2").val() < 0 \|\| $("#meanValue2").val() >= (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) )
1281	{
1282	alert("Error: Invalid value for Average calculation area (Bin-average field)");
1283	return;
1284	}
1285	//si aucune valeur
1286	if ($("#meanValue2").val() == "" )
1287	{
1288	meanValue="";
1289	}
1290
1291	//sÃ©lection du premier choix pour l'axe des Y
1292	var field="-field "+this.selectTraceAxeY1.getValue();
1293
1294
1295	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y1 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1296	if (this.selectScaleY1.getValue() == '-log_scale' && this.selectScaleY1.isDisable == false)
1297	{
1298	var logScale = this.selectScaleY1.getValue();
1299	}
1300	else
1301	{
1302	var logScale = ""
1303	}
1304
1305
1306
1307	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y1
1308	var lineType="-line_type "+this.selectTypeTraceY1.getValue();
1309	//var lineType="-line_type "+document.getElementById('selectTypePlotY1').options[document.getElementById('selectTypePlotY1').selectedIndex].value;
1310
1311	// sÃ©lection du type de tracÃ© pour la deuxiÃšme base dans l'option "databases comparison"
1312	//var lineType3="-line_type3 "+this.selectTypeTraceDatabase2.getValue();
1313
1314	//sÃ©lection ou non d'un 2eme choix pour l'axe des Y (pas de valeur pour ce champ si choix none ou si l'option n'est pas activÃ©e)
1315	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no' \|\| this.selectTraceAxeY2.isDisable == true)
1316	{
1317	var field2 = "";
1318	}
1319	else
1320	{
1321	var field2 = "-field2 "+this.selectTraceAxeY2.getValue();
1322	//var field2 = "-field2 "+document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value;
1323	}
1324
1325
1326
1327	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y2 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1328	if (this.selectScaleY2.getValue() == '-log_scale2' && this.selectScaleY2.isDisable == false)
1329	{
1330	var logScale2 =this.selectScaleY2.getValue();
1331	// var logScale2 = document.getElementById('selectScaleY2').options[document.getElementById('selectScaleY2').selectedIndex].value;
1332	}
1333	else
1334	{
1335	var logScale2 = "";
1336	}
1337
1338
1339	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y2 (pas de valeur si l'option n'est pas activÃ©e)
1340	if ( this.selectTypeTraceY2.isDisable == true)
1341	{
1342	var lineType2 = "";
1343	}
1344	else
1345	{
1346	var lineType2 = "-line_type2 "+this.selectTypeTraceY2.getValue();
1347	}
1348
1349	//choix du type de sortie pour l'option graphique 'databases comparison"
1350	// var diffStep="";
1351	// switch (this.selectOutputDatabasecomparison.getValue()) {
1352	// case 'def':
1353	// diffStep = "";
1354	// break;
1355	// case 'diff_step':
1356	// diffStep = "-diff_step";
1357	// break;
1358	// case 'diff_step100':
1359	// diffStep = "-diff_step100";
1360	// break;
1361	// case 'diff_stepboth':
1362	// diffStep = "-diff_stepboth";
1363	// break;
1364	// }
1365	var diffStep="";
1366	//si case "differences" est cochÃ©e et pas la case differences in percentage et bin-average >0
1367	if ( $('#differences').attr('checked') && $('#differencesPercentage').attr('checked')==false && $("#meanValue2").val() > 0 )
1368	{
1369	diffStep = "-diff_step";
1370	}
1371	//si case "differences in percentage " est cochÃ©e et pas la case "differences" et bin-average >0
1372	if ( $('#differences').attr('checked')==false && $('#differencesPercentage').attr('checked') && $("#meanValue2").val() > 0)
1373	{
1374	diffStep = "-diff_step100";
1375	}
1376
1377	//si case "differences in percentage " et la case "differences" sont cochÃ©es et bin-average >0
1378
1379	if ( $('#differencesPercentage').attr('checked') && $('#differences').attr('checked') && $("#meanValue2").val() > 0)
1380	{
1381	diffStep = "-diff_stepboth";
1382	}
1383
1384	if ( ($('#differencesPercentage').attr('checked')==false && $('#differences').attr('checked')==false) \|\| $("#meanValue2").val() == 0)
1385	{
1386	diffStep = "";
1387	}
1388
1389
1390	//Dans l'option graphique "databases comparison", pour les sorties par diffÃ©rence moyenne le champ "Bin-average" doit Ãªtre supÃ©rieur Ã 0
1391	// if ($("#graphicOptionChoice").val() =="comparison" && $("#meanValue2").val() == 0 && this.selectOutputDatabasecomparison.getValue() != "def" )
1392	// {
1393	// alert("For average output, the Bin-average field must be > 0");
1394	// return;
1395	// }
1396
1397
1398	//ouverture de la div de l'image d'attente
1399	this.loadingGraphics.display();
1400
1401
1402	//construction du nom du fichier (exemple GEISA2011-0_100)
1403	//this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1404	switch ($("#graphicOptionChoice").val()) {
1405	//(exemple GEISA2011-0_100)
1406	case 'contents':
1407	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1408	break;
1409	case 'global':
1410	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1411	break;
1412	//(exemple GEISA2011_GEISA2003-0_100)
1413	case 'comparison':
1414	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"_"+this.selectDatabase2.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1415	break;
1416	}
1417
1418
1419	//Submit pour l'option graphique "Database contents"
1420	if ($("#graphicOptionChoice").val() == "contents" )
1421	{
1422	//construction de la requÃªte Fortran
1423	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1424	meanValue+" "+nbCourbes+" "+field+" "+logScale+" "+lineType+" "+field2+" "+logScale2+" "+lineType2;
1425
1426
1427	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1428	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1429	transitionUpper=transitionUpper.replace(/ /g,"kkk");
1430	//le + est interprÃ©tÃ© comme un espace (plus sera retransformÃ© en + dans le shell)
1431	transitionUpper=transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1432	transitionLower=transitionLower.replace(/ /g,"kkk");
1433	transitionLower=transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1434
1435	//envoie de la requÃªte au controller
1436	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1437	$.ajax( {
1438	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1439	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1440	} );
1441
1442	}
1443
1444	//Submit pour l'option graphique "Global position"
1445	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="global" )
1446	{
1447	//construction de la requÃªte Fortran
1448
1449	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1450	nbCourbes+" "+logScale+" "+lineType+" -global_position";
1451
1452
1453	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1454	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1455
1456	//pas de transition dans cette option
1457	transitionUpper ="no";
1458	transitionLower ="no";
1459
1460	//envoie de la requÃªte au controller
1461	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1462	$.ajax( {
1463	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1464	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1465	} );
1466
1467	}
1468
1469	//ParamÃštres Ã prendre en compte pour l'option "Databases comparison"
1470
1471	//Submit pour l'option graphique "Databases comparison"
1472	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="comparison" )
1473	{
1474	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour pour la 2Ãšme base de donnÃ©es pour l'option "database comparison"
1475	var lineType2="-line_type2 "+this.selectTypeTraceDatabase2.getValue();
1476
1477
1478	//construction de la requÃªte Fortran
1479	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+paramBase2+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1480	meanValue+" "+nbCourbes+" "+field+" "+logScale+" "+lineType+" "+lineType2+" "+diffStep;
1481
1482
1483	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1484	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1485	transitionUpper=transitionUpper.replace(/ /g,"kkk");
1486	//le + est interprÃ©tÃ© comme un espace (plus sera retransformÃ© en + dans le shell)
1487	transitionUpper=transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1488	transitionLower=transitionLower.replace(/ /g,"kkk");
1489	transitionLower=transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1490
1491	//envoie de la requÃªte au controller
1492	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1493	$.ajax( {
1494	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1495	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1496	} );
1497
1498	}
1499
1500	},
1501
1502
1503	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions
1504	requestTransition: function()
1505	{
1506
1507	var nbMolecules=0;
1508
1509	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1510	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1511	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1512
1513	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1514	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1515	var count = inputs.length;
1516	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1517	var i=0;
1518
1519	for( i = 0; i < count; i++ )
1520	{
1521	var input = inputs.item( i );
1522	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1523	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1524	{
1525	var molN=input.value;
1526	var molN1=molN.replace("_", ":");
1527	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1528	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1529	}
1530
1531	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
1532	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1533	{
1534	nbMolecules = nbMolecules + 1;
1535	}
1536
1537	}
1538	//alert ("nbMolecules"+nbMolecules);
1539	//si le nombre de molÃ©cule sÃ©lectionnÃ©es est supÃ©rieure Ã 1 les menus des transition sont inactifs
1540	if (nbMolecules > 1)
1541	{
1542	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1543	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1544	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1545	}
1546	else
1547	{
1548	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
1549	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
1550	}
1551
1552
1553	//On ne fait appel Ã la BDD des transitions et si au plus 1 molÃ©cule est sÃ©lectionnÃ©e
1554	if (nbMolecules == 1 )
1555	{
1556
1557
1558	$.ajax( {
1559	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeName&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+this.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper,
1560	success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this ),
1561	error: jQuery.proxy( this.handleErrorRequestTransition, this )
1562	} );
1563
1564	}
1565	else
1566	{
1567	//pour rÃ©initialiser le menu dÃ©roulant si aucune ou plusieurs molÃ©cules sont sÃ©lectionnÃ©es
1568	document.getElementById("transition2").length=0;
1569	//this.selectTransitionUpper.clear();
1570	document.getElementById("transition1").length=0;
1571
1572	if (nbMolecules == 0 )
1573	{
1574	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1575	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1576	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1577	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1578	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1579	}
1580
1581	if (nbMolecules > 1 )
1582	{
1583
1584	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1585	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1586	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1587	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1588	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1589	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1590	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1591	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1592	}
1593	}
1594	},
1595
1596
1597
1598
1599	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition lower
1600	requestTransitionByTransitionLower: function()
1601	{
1602	var context = this[0];
1603	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1604	context.transitionLower = this[1];
1605
1606	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1607	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1608
1609	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1610	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1611	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1612
1613	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1614	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1615	var count = inputs.length;
1616	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1617	var i=0;
1618
1619	for( i = 0; i < count; i++ )
1620	{
1621	var input = inputs.item( i );
1622	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1623	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1624	{
1625	var molN=input.value;
1626	var molN1=molN.replace("_", ":");
1627	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1628	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1629	}
1630
1631	}
1632
1633	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1634	var transitionLowerReplaced = context.transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1635
1636	//Appel Ã la BDD
1637
1638	$.ajax( {
1639	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionLower&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionLower="+transitionLowerReplaced,
1640	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionLower, context)
1641	} );
1642
1643
1644
1645	},
1646
1647
1648	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition upper
1649	requestTransitionByTransitionUpper: function()
1650	{
1651	var context = this[0];
1652	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1653	context.transitionUpper = this[1];
1654
1655	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1656	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1657
1658	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1659	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1660	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1661
1662	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1663	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1664	var count = inputs.length;
1665	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1666	var i=0;
1667
1668	for( i = 0; i < count; i++ )
1669	{
1670	var input = inputs.item( i );
1671	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1672	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1673	{
1674	var molN=input.value;
1675	var molN1=molN.replace("_", ":");
1676	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1677	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1678	}
1679
1680	}
1681	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1682	var transitionUpperReplaced = context.transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1683
1684	//Appel Ã la BDD
1685	$.ajax( {
1686	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionUpper&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionUpper="+transitionUpperReplaced,
1687	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionUpper, context)
1688	} );
1689
1690
1691
1692	},
1693
1694
1695
1696	// requestTransition: function()
1697	// {
1698	// $.ajax( {
1699	// url: "project?methodName=transition&transitionValue="+ this.selectTransitionUpper.getValue(),
1700	// success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this )
1701	// } );
1702	// },
1703
1704	// HANDLES ******************************************************** = retours ajax
1705	//affichage sur l'interface
1706
1707	handleGeisa: function( result )
1708	{
1709
1710	//nom du rÃ©pertoire : exemple de retour de valeur du controleur
1711	//this.nb = jQuery.parseJSON( result ).nb;
1712	//this.NomRepFileOut = jQuery.parseJSON( result ).NomRepFileOut;
1713	//liste des fichiers png crÃ©es par le programme fortran.
1714	var fileList = jQuery.parseJSON( result ).fileList;
1715
1716
1717
1718	//chemin court de l'image
1719	this.pathImg = "<%=Controller.PATH_IMAGES%>"+this.NomRepFileOut;
1720
1721
1722	//Pour tracer le bon nombre de graphs et de bouton download
1723	var i=1;
1724	var content="";
1725	//bouton "Download All" si il y a plus d'un graph
1726	if (this.nbGraph > 1)
1727	{
1728	content = "<a href=project?methodName=downloadFile&fileName=" +this.NomRepFileOut + "GEISA.tar&fileNameToDisplay=GEISA.tar><button class='dataProtocolDownloadButton'>Download All</button></a>";
1729	}
1730	// //tracer chaque graphe avec son bouton download associÃ©
1731	// // for (i=1; i<this.nbGraph+1; i++) {
1732	//content = content + '<img src=' + this.pathImg + "graph" + this.nb +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + "graph" + this.nb+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1733	// // content = content +'<img src=' + this.pathImg + this.nomFichier +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' +this.NomRepFileOut + this.nomFichier+"-"+i + ".png&fileNameToDisplay="+this.nomFichier+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1734	// // }
1735
1736
1737	$.each( fileList, jQuery.proxy(function( index, fileElement )
1738	{
1739	content = content +'<img src=' + this.pathImg + fileElement + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' +this.NomRepFileOut + fileElement+"&fileNameToDisplay="+fileElement+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1740	}, this) );
1741
1742
1743
1744
1745
1746	this.displayWindow(content);
1747	},
1748
1749
1750	handleRequestTransition: function( result )
1751	{
1752
1753
1754	// var transitions = jQuery.parseJSON( result ).transitions;
1755	var transitionsLower = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLower;
1756	var transitionsUpper = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpper;
1757
1758	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1759	// this.selectTransitionLower.clear();
1760	document.getElementById("transition2").length=0;
1761	//this.selectTransitionUpper.clear();
1762	document.getElementById("transition1").length=0;
1763
1764	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1765	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1766	// this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1767	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1768	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1769	// this.selectTransitionLower.selectFirst();
1770	// this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1771
1772
1773	$.each(transitionsLower, jQuery.proxy( function(index, transitionsLower )
1774	{
1775	// this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ]));
1776
1777
1778	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLower, text:transitionsLower} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ])));
1779
1780	}, this));
1781
1782	$.each(transitionsUpper, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpper )
1783	{
1784	//this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ]));
1785	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpper, text:transitionsUpper} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ])));
1786
1787	}, this));
1788
1789	},
1790
1791	//en cas d'erreur dans la requÃªte des transitions ( pas de valeur ou caractÃšres Ã la place de nombres dans champ spectral)
1792	handleErrorRequestTransition : function()
1793	{
1794	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1795	document.getElementById("transition2").length=0;
1796	document.getElementById("transition1").length=0;
1797
1798	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1799	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1800
1801	},
1802
1803	handleRequestTransitionByTransitionLower : function( result )
1804	{
1805	//alert("transitionLower"+this.transitionLower);
1806	var transitionsUpperBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpperBis;
1807	//alert("transitionsUpper"+transitionsUpper);
1808
1809	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1810	// this.selectTransitionLower.clear();
1811	document.getElementById("transition2").length=0;
1812	//this.selectTransitionUpper.clear();
1813	document.getElementById("transition1").length=0;
1814	// while(0 < document.getElementById("transition1").length)
1815	// {
1816	// document.getElementById("transition1").options[0] = null;
1817	// }
1818
1819
1820	//this.selectTransitionLower.add(this.transitionLower, this.transitionLower);
1821	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1822	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionLower, text:this.transitionLower, selected:"selected"} ));
1823	//this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1824	//rajout du text "Choose a transition" selectionnÃ© en premier mais on ne peut pas cliquer dessus
1825	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1826
1827
1828	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1829	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1830	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1831
1832
1833
1834	$.each(transitionsUpperBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpperBis )
1835	{
1836	// this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper);
1837	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpperBis, text:transitionsUpperBis} ));
1838
1839	}, this));
1840
1841	},
1842
1843
1844	handleRequestTransitionByTransitionUpper : function( result )
1845	{
1846	// alert("transitionUpper"+this.transitionUpper);
1847	var transitionsLowerBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLowerBis;
1848	//alert("transitionsLower"+transitionsLower);
1849
1850	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1851	// this.selectTransitionLower.clear();
1852	document.getElementById("transition2").length=0;
1853	//this.selectTransitionUpper.clear();
1854	document.getElementById("transition1").length=0;
1855
1856	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1857	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1858
1859	// this.selectTransitionUpper.add(this.transitionUpper, this.transitionUpper);
1860	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1861	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionUpper, text:this.transitionUpper, selected:"selected"} ));
1862
1863
1864	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1865	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1866	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1867
1868
1869
1870	$.each(transitionsLowerBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsLowerBis )
1871	{
1872	//this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower);
1873	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLowerBis, text:transitionsLowerBis} ));
1874	}, this));
1875
1876	},
1877	// EVENTS ********************************************************
1878	//
1879	//Action quand on clique sur l'onglet DatabaseContents
1880	onClickDatabaseContents: function()
1881	{
1882
1883	//change la couleur des onglets .
1884	this.ntabContents.active();
1885	this.ntabGlobal.inactive();
1886	this.ntabComparison.inactive();
1887	//rempli la valeur d'une variable cachÃ©e pour indiquÃ©e quelle option graphique est choisi par l'utilisateur au moment du submit
1888	$("#graphicOptionChoice").val("contents");
1889	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1890	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1891	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Graphic visualization of the GEISA database";
1892	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1893	document.getElementById("informationContents").style.display= "";
1894	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "";
1895	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
1896	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "";
1897	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "";
1898	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1899	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "none";
1900	document.getElementById("informationComparison").style.display= "none";
1901	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "none";
1902	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "none";
1903	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1904	document.getElementById("titreTypePlotDatabase1").style.display= "none";
1905	document.getElementById("titreTypePlotDatabase2").style.display= "none";
1906	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1907	// document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "none";
1908	document.getElementById("outputChoiceTitre").style.display= "none";
1909	document.getElementById("outputChoiceDifferences").style.display= "none";
1910	document.getElementById("outputChoiceDifferencesPercentage").style.display= "none";
1911
1912	//modification de titre d'option
1913	document.getElementById('fieldsetGeneralTitle2').innerHTML = "";
1914	document.getElementById('fieldsetGeneralTitle2').innerHTML = "Basic Options :";
1915	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "";
1916	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "Select the type of scale (if intensity is choosen)";
1917	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1918	$("#database1").removeClass("containerDatabase");
1919	$("#database1").addClass("containerBeginDatabase");
1920	$("#typePlotY1").removeClass("containerPlot");
1921	$("#typePlotY1").addClass("containerInsideOptions");
1922	//Pour que le lien show/hide advanced option et le bloc "advanced option" fonctionnent correctement ensemble
1923	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Show advanced options" )
1924	{
1925	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
1926
1927	}
1928	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Hide advanced options" )
1929
1930	{
1931	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
1932
1933	}
1934	//modification du contenu des menus dÃ©roulants
1935	this.selectDatabase.clear();
1936	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
1937	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
1938	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
1939	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
1940	this.selectDatabase.selectFirst();
1941
1942	//pour effacer le menu dÃ©roulant
1943	this.selectNbCourbes.clear();
1944	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selected molecules", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1945	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1946	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1947	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1948	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
1949	//pour remettre par dÃ©faut le premier de la liste
1950	this.selectNbCourbes.selectFirst();
1951
1952	this.selectTypeTraceY1.clear();
1953	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
1954	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
1955	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
1956	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
1957	this.selectTypeTraceY1.selectFirst();
1958
1959	},
1960	//Action quand on clique sur l'onglet GlobalPosition
1961	onClickGlobalPosition: function()
1962	{
1963	//change la couleur des onglets
1964	this.ntabGlobal.active();
1965	this.ntabContents.inactive();
1966	this.ntabComparison.inactive();
1967	//rempli la valeur d'une variable cachÃ©e pour indiquÃ©e quelle option graphique est choisi par l'utilisateur au moment du submit
1968	$("#graphicOptionChoice").val("global");
1969	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1970	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1971	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Global positions";
1972	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1973	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "";
1974	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1975	document.getElementById("informationContents").style.display= "none";
1976	document.getElementById("informationComparison").style.display= "none";
1977	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "none";
1978	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "none";
1979	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1980	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "none";
1981	document.getElementById("titreTypePlotDatabase1").style.display= "none";
1982	document.getElementById("titreTypePlotDatabase2").style.display= "none";
1983	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1984	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "none";
1985	document.getElementById("advancedOptions").style.display= "none";
1986	document.getElementById("outputChoiceTitre").style.display= "none";
1987	document.getElementById("outputChoiceDifferences").style.display= "none";
1988	document.getElementById("outputChoiceDifferencesPercentage").style.display= "none";
1989	//modification de titre d'option
1990	document.getElementById('fieldsetGeneralTitle2').innerHTML = "";
1991	document.getElementById('fieldsetGeneralTitle2').innerHTML = "Options :";
1992	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "";
1993	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "Select the type of scale";
1994	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1995	$("#database1").removeClass("containerDatabase");
1996	$("#database1").addClass("containerBeginDatabase");
1997	$("#typePlotY1").removeClass("containerPlot");
1998	$("#typePlotY1").addClass("containerInsideOptions");
1999	//modification du contenu des menus dÃ©roulants
2000	this.selectDatabase.clear();
2001	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
2002	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
2003	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
2004	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
2005	this.selectDatabase.selectFirst();
2006
2007	this.selectNbCourbes.clear();
2008	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
2009	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
2010	this.selectNbCourbes.selectFirst();
2011
2012	this.selectTypeTraceY1.clear();
2013	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
2014	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
2015	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
2016	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
2017	this.selectTypeTraceY1.selectFirst();
2018
2019	},
2020	//Action quand on clique sur l'onglet DatabasesComparison
2021	onClickDatabasesComparison: function()
2022	{
2023	//change la couleur des onglets
2024	this.ntabComparison.active();
2025	this.ntabGlobal.inactive();
2026	this.ntabContents.inactive();
2027	//rempli la valeur d'une variable cachÃ©e pour indiquÃ©e quelle option graphique est choisi par l'utilisateur au moment du submit
2028	$("#graphicOptionChoice").val("comparison");
2029	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
2030	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
2031	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Databases Comparison";
2032	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
2033	document.getElementById("informationComparison").style.display= "";
2034	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "";
2035	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "";
2036	document.getElementById("database2").style.display= "";
2037	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "";
2038	document.getElementById("titreTypePlotDatabase1").style.display= "";
2039	document.getElementById("titreTypePlotDatabase2").style.display= "";
2040	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "";
2041	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
2042	//document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "";
2043	document.getElementById("outputChoiceTitre").style.display= "";
2044	document.getElementById("outputChoiceDifferences").style.display= "";
2045	document.getElementById("outputChoiceDifferencesPercentage").style.display= "";
2046	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
2047	document.getElementById("informationContents").style.display= "none";
2048	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "none";
2049	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "none";
2050	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "none";
2051	//modification de titre d'option
2052	document.getElementById('fieldsetGeneralTitle2').innerHTML = "";
2053	document.getElementById('fieldsetGeneralTitle2').innerHTML = "Basic Options :";
2054	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "";
2055	document.getElementById('scaleY1Titre').innerHTML = "Select the type of scale (if intensity is choosen)";
2056	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
2057	$("#database1").removeClass("containerBeginDatabase");
2058	$("#database1").addClass("containerDatabase");
2059	$("#typePlotY1").removeClass("containerInsideOptions");
2060	$("#typePlotY1").addClass("containerPlot");
2061
2062	//Pour que le lien show/hide advanced option et le bloc "advanced option" fonctionnent correctement ensemble
2063	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Show advanced options" )
2064
2065	{
2066	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2067	}
2068	if( document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML == "Hide advanced options" )
2069
2070	{
2071	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
2072	}
2073	//modification du contenu des menus dÃ©roulants
2074	this.selectDatabase.clear();
2075	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
2076	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
2077	this.selectDatabase.selectFirst();
2078
2079	this.selectNbCourbes.clear();
2080	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selected molecules", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
2081	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
2082	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
2083	this.selectNbCourbes.selectFirst();
2084
2085	this.selectTypeTraceY1.clear();
2086	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
2087	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
2088	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
2089	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
2090	this.selectTypeTraceY1.selectFirst();
2091	},
2092
2093
2094	//affichage de la valeur du spectral range et affichage du bloc des molecules en fonction de la base de donnees selectionnee
2095	onClickSelectDatabase: function(value)
2096	{
2097
2098	if ('GEISA2011' == value)
2099	{
2100	//modifier le titre en fonction de la base sÃ©lectionnÃ©e
2101	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2102	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
2103
2104	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2105	if($("#rangeLower").val()=="")
2106	{
2107	$("#rangeLower").val(0);
2108	}
2109	if($("#rangeUpper").val()=="")
2110	{
2111	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2112	}
2113
2114	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2115	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
2116	{
2117	$("#rangeLower").val(0);
2118	}
2119	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
2120	{
2121	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2122	}
2123
2124	//afficher le bon bloc de molÃ©cules
2125	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "";
2126	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
2127	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
2128	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
2129	}
2130
2131	if ('GEISAIASI2011' == value)
2132	{
2133	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2134	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
2135
2136
2137	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2138	if($("#rangeLower").val()=="")
2139	{
2140	$("#rangeLower").val(599.000793);
2141	}
2142	if($("#rangeUpper").val()=="")
2143	{
2144	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2145	}
2146	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2147	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
2148	{
2149	$("#rangeLower").val(599.000793);
2150	}
2151	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
2152	{
2153	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2154	}
2155
2156	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
2157	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "";
2158	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
2159	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
2160	}
2161
2162	if ('GEISA2003' == value)
2163	{
2164	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2165	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
2166
2167	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2168	if($("#rangeLower").val()=="")
2169	{
2170	$("#rangeLower").val(0);
2171	}
2172	if($("#rangeUpper").val()=="")
2173	{
2174	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2175	}
2176	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2177	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
2178	{
2179	$("#rangeLower").val(0);
2180	}
2181	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
2182	{
2183	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2184	}
2185
2186	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
2187	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
2188	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "";
2189	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
2190	}
2191	if ('GEISAIASI2003' == value)
2192	{
2193	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
2194	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
2195
2196	//remplir les valeurs par dÃ©faut
2197	if($("#rangeLower").val()=="")
2198	{
2199	$("#rangeLower").val(599.000793);
2200	}
2201	if($("#rangeUpper").val()=="")
2202	{
2203	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2204	}
2205	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
2206	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
2207	{
2208	$("#rangeLower").val(599.000793);
2209	}
2210	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
2211	{
2212	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2213	}
2214
2215	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
2216	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
2217	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
2218	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "";
2219	}
2220
2221	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2222	this.requestTransition();
2223	},
2224
2225	//Pour sÃ©lectionner-desÃ©lectionner tous les isotopes
2226	selectAll: function()
2227	{
2228	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2229	var count = inputs.length;
2230	var i=0;
2231
2232
2233	if( this.selectButton.getValue() == 'Select all molecules')
2234	{
2235	for( i = 0; i < count; i++ )
2236	{
2237	var input = inputs.item( i );
2238	if( input.type == 'checkbox' )
2239	{
2240	input.checked = true;
2241	}
2242	}
2243	this.selectButton.setValue("Unselect all molecules");
2244
2245	}
2246	else
2247	{
2248	for( i = 0; i < count; i++ )
2249	{
2250	var input = inputs.item( i );
2251	if( input.type == 'checkbox' )
2252	{
2253	input.checked = false;
2254	}
2255	}
2256	this.selectButton.setValue("Select all molecules");
2257	}
2258
2259	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2260	this.requestTransition();
2261
2262	},
2263
2264	//Pour montrer-cacher tous les isotopes
2265	viewAll: function()
2266	{
2267	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2268	var count = divs.length;
2269	var i = 0;
2270	if( this.showButton.getValue() == 'View all isotopologues')
2271	{
2272	for( i = 0; i < count; i++ )
2273	{
2274	//ouvrir que les div dont l'id contient la chaine Cache
2275	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2276	divs.item(i).style.display = "" ;
2277	}
2278	}
2279	this.showButton.setValue("Hide all isotopologues");
2280	}
2281	else
2282	{
2283	for( i = 0; i < count; i++ )
2284	{
2285	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
2286	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2287	divs.item(i).style.display = "none" ;
2288	}
2289	}
2290	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
2291	}
2292	},
2293
2294	//Actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur le nom d'une molÃ©cule
2295	cliquetout: function()
2296	{
2297	var context = this[0];
2298	// exemple :moleculeName = ch3ch
2299	var moleculeName = this[1];
2300	var bddVersion = this[2];
2301	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2302	var count = inputs.length;
2303	var i=0;
2304	for( i = 0; i < count; i++ )
2305	{
2306	var input = inputs.item( i );
2307	//cliquer toutes les molÃ©cules et isotopes du meme nom dans toutes les bases
2308	//if( input.type == 'checkbox' && ( input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-03') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-03')
2309	// \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-11') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-11')))
2310
2311	if( input.type == 'checkbox' && ( input.id.indexOf('chk-' + moleculeName + '_') != -1 \|\| input.id.indexOf('all-'+moleculeName+'-')!= -1 ))
2312
2313	{
2314	input.checked = document.getElementById( 'all-'+ moleculeName + '-' + bddVersion ).checked;
2315	}
2316	}
2317	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2318	context.requestTransition();
2319	},
2320
2321	//actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur un isotope
2322	cliqueIsotope: function()
2323	{
2324	var context = this[0];
2325	//exemple isotopeName = ch3cn_134
2326	var isotopeName = this[1];
2327	// exemple moleculeName= ch3cn
2328	var moleculeName = this[2];
2329	var bddVersion = this[3];
2330	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2331	var count = inputs.length;
2332	var i = 0;
2333	for( i = 0; i < count; i++ )
2334	{
2335	input = inputs.item( i );
2336
2337	//id=chk-ch3cn_234-GEISA2011
2338	//cliquer ou decliquer le meme isotope dans toutes les bases
2339	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-' + isotopeName) != -1)
2340	{
2341	input.checked = document.getElementById( 'chk-' + isotopeName + '-' + bddVersion ).checked;
2342
2343	}
2344	// id=all-ch3cn-GEISA2011
2345	//pour dÃ©cocher la case de la molecule quand on dÃ©coche un isotope
2346	// if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('all-'+ moleculeName) != -1 && input.checked == true )
2347	// {
2348	// input.checked = false;
2349	// }
2350	}
2351
2352
2353	//pour cocher molecule quand on clique sur un isotope et dÃ©cocher molÃ©cule quand tous les isotopes de la molÃ©cule sont dÃ©cochÃ©s
2354	var nbIsotopeSelected=0;
2355	var input = "";
2356	var j=0;
2357	var k=0;
2358
2359	//tableau contenant toutes les valeurs du menu dÃ©roulant "choosing Database"
2360	var databaseValues=context.selectDatabase.getValues();
2361	//taille du menu dÃ©roulant
2362	var nbdatabaseValues=context.selectDatabase.getSize();
2363
2364	//pour chaque base faire ...
2365	for( j = 0; j < nbdatabaseValues ; j++ )
2366	{
2367	var nbIsotopeSelected=0;
2368	//calcul du nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s pour une molÃ©cule prÃ©cise et une base de donnÃ©es
2369	for( k = 0; k < count; k++ )
2370	{
2371	input = inputs.item( k );
2372	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-'+moleculeName+'_') != -1 && input.id.indexOf(databaseValues[j]) != -1 && input.checked == true )
2373	{
2374	nbIsotopeSelected=nbIsotopeSelected+1;
2375	}
2376
2377	}
2378	//si aucun isotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on dÃ©coche la molÃ©cule
2379	if ( nbIsotopeSelected == 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2380	{
2381	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=false;
2382	}
2383	//si au moins unisotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on coche la molÃ©cule
2384	if ( nbIsotopeSelected > 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2385	{
2386	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=true;
2387	}
2388	}
2389
2390
2391	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2392	context.requestTransition();
2393
2394	},
2395
2396
2397
2398	//pour cacher ou voir les isotopes d'une molecule
2399	visibilite: function( )
2400	{
2401	var context = this[0];
2402	var thingId = this[1];
2403	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2404	var count = divs.length;
2405	var i = 0;
2406	for( i = 0; i < count; i++ )
2407	{
2408	var div = divs.item( i );
2409
2410
2411	if ( div.id == thingId)
2412	{
2413	if( div.style.display == "none" )
2414	{
2415	div.style.display = "";
2416	}
2417	else
2418	{
2419	div.style.display = "none";
2420	}
2421	}
2422	}
2423	},
2424
2425	//Faire apparatre ou disparaitre le bloc "advanced options" quand on clique sur le lien "show advanced options"
2426	onClickShowAdvancedOptions: function()
2427	{
2428	//document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2429	if( document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display == "none" )
2430	{
2431	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
2432	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2433	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Hide advanced options";
2434	}
2435	else
2436	{
2437	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2438	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2439	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Show advanced options";
2440	}
2441	},
2442
2443	//Alerter l'utilisateur si aucune transition n'a Ã©tÃ© trouvÃ©e
2444	OnclickVerifTransition : function()
2445	{
2446	//si l'utilisateur change les valeurs de spectral range et clique directement sur le menu dÃ©roulant des transitions
2447	//le menu dÃ©roulant ne se met pas Ã jour avant de faire la vÃ©rification
2448	this.containerFormSpectralRangeLower.blur();
2449	this.containerFormSpectralRangeUpper.blur();
2450
2451
2452
2453
2454	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2455	//cas oÃ¹ la requete utilisateur est correct mais il n'y a pas de transition pour cette molecule t ce domaine spectral
2456	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="transition" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="transition")
2457	{
2458	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2459	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2460	this.selectTransitionUpper.blur();
2461	this.selectTransitionLower.blur();
2462	alert("Change isotopologues selection or spectral range values to obtain transition values");
2463
2464	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2465	//document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2466	}
2467	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2468	//cas oÃ¹ la requete est fausse = les valeurs du domaine spectral sont fausses
2469	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="requestError" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="requestError")
2470	{
2471	this.selectTransitionUpper.blur();
2472	this.selectTransitionLower.blur();
2473	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2474	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2475	alert("Change spectral range values to obtain transition values");
2476	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2477	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2478	}
2479
2480
2481	},
2482
2483	// onBlurInputMeanValue: function()
2484	onMouseOutInputMeanValue: function()
2485	{
2486	//si step est sup a 0, ajout d'une ligne Z aux parametres Y1 et y2 si elle n'est pas dÃ©jÃ prÃ©sente
2487	// !this.selectTraceAxeY1.content('Z') indique que "Z" n'exite pas dans le menu dÃ©roulant selectTraceAxeY1
2488	if ($("#meanValue2").val() > 0 && !this.selectTraceAxeY1.content('Z'))
2489	// if ($("#meanValue2").val() > 0 && document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != "Z")
2490	{
2491
2492	this.selectTraceAxeY1.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2493	this.selectTraceAxeY2.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2494	//this.selectTraceAxeY1.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, [this, "Z" ])));
2495	//this.selectTraceAxeY2.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, [this, "Z" ])));
2496	}
2497	//si step = a 0 et autres valeurs (a faire) , retrait de la ligne Z aux parametres Y1 et y2
2498	if ($("#meanValue2").val() == 0)
2499	{
2500	this.selectTraceAxeY1.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2501	this.selectTraceAxeY2.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2502	//Si "number of line" est selectionnÃ© alors qu'il n'existe plus (car mean value est maintenant 0), alors on recharge le menu deroulant pour qu'il se mette sur "intensity".
2503	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() == 'Z' )
2504	{
2505	this.selectTraceAxeY1.selectFirst();
2506	}
2507	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'Z' )
2508	{
2509	this.selectTraceAxeY1.selectFirst();
2510	}
2511	// this.selectTraceAxeY1.selectFirst();
2512	//this.selectTraceAxeY2.selectFirst();
2513	}
2514	//dans l'option "databases comparison" griser ou non la zone outputChoice en fonction de la valeur de "Bin-average"
2515	if ($("#graphicOptionChoice").val() =="comparison" )
2516	{
2517	if ($("#meanValue2").val() > 0 )
2518	{
2519	$("#outputChoiceDifferences").removeClass("outputChoiceDifferencesNotActiveText");
2520	$("#outputChoiceDifferencesPercentage").removeClass("outputChoiceDifferencesPercentageNotActiveText");
2521	$("#differences").removeAttr("disabled");
2522	$("#differencesPercentage").removeAttr("disabled");
2523	}
2524	else
2525	{
2526	$("#outputChoiceDifferences").addClass("outputChoiceDifferencesNotActiveText");
2527	$("#outputChoiceDifferencesPercentage").addClass("outputChoiceDifferencesPercentageNotActiveText");
2528	$("#differences").attr("disabled", "disabled");
2529	$("#differencesPercentage").attr("disabled", "disabled");
2530	}
2531	}
2532
2533	},
2534
2535	onClickSelectNbCourbes: function(value)
2536	{
2537	var context = this[0];
2538	var optionVal = this[1];
2539
2540	//si plusieurs courbes choisis pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont inactifs
2541	if ('cm' == value \|\| 'ci' == value)
2542	//if ('cm' == optionVal \|\| 'ci' == optionVal)
2543	{
2544	//transformer le texte en gris
2545	document.getElementById("axeY2Titre").className = "notActiveText";
2546	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2547	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2548	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2549	this.selectTraceAxeY2.disable();
2550	this.selectScaleY2.disable();
2551	this.selectTypeTraceY2.disable();
2552	//document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=true;
2553	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2554	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2555
2556	}
2557	//si une seule courbe choisie pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont actifs
2558	if ('ca' == value \|\| 'gm' == value \|\| 'gi' == value)
2559	//if ('ca' == optionVal \|\| 'gm' == optionVal \|\| 'gi' == optionVal)
2560	{
2561	//remet le texte en couleur active
2562	document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2563	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2564	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2565	{
2566	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2567	}
2568	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2569	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2570	{
2571	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2572	}
2573	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2574	this.selectTraceAxeY2.enable();
2575	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2576	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2577	{
2578	this.selectScaleY2.enable();
2579	}
2580	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2581	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2582	{
2583	this.selectTypeTraceY2.enable();
2584	}
2585
2586	//remet le texte en couleur active
2587	// document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2588	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2589	// document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=false;
2590	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2591	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2592	// {
2593	// document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2594	// document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2595	//}
2596	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2597	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2598	//{
2599	// document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2600	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2601	//}
2602	}
2603
2604
2605	},
2606
2607
2608	onClickSelectTraceAxeY1: function(value)
2609	{
2610	//si intensite n'est pas choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est inactif
2611	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() != 'B')
2612	// if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != 'B')
2613	{
2614	//transformer le texte en gris
2615	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "notActiveText";
2616	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2617	this.selectScaleY1.disable();
2618	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=true;
2619	}
2620	//si intensite est choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est actif
2621	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() == 'B')
2622	//if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value == 'B')
2623	{
2624	//transformer le texte en gris
2625	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "activeText";
2626	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2627	this.selectScaleY1.enable();
2628	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=false;
2629	}
2630	},
2631
2632	onClickSelectTraceAxeY2: function(value)
2633	{
2634	//si intensite n'est pas choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est inactif
2635	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'B')
2636	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'B')
2637	{
2638	//transformer le texte en gris
2639	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2640	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2641	this.selectScaleY2.disable();
2642	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2643	}
2644	//si intensite est choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est actif
2645	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2646	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2647	{
2648	//transformer le texte en foncÃ©
2649	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2650	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2651	this.selectScaleY2.enable();
2652	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2653	}
2654	//si aucun parametre est choisi pour Y2, le type de plot est inactif
2655	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no')
2656	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'no')
2657	{
2658	//transformer le texte en gris
2659	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2660	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2661	this.selectTypeTraceY2.disable();
2662	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2663	}
2664	//si un parametre est choisi pour Y2, le type de plot est actif
2665	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2666	// if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2667	{
2668	//transformer le texte en foncÃ©
2669	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2670	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2671	this.selectTypeTraceY2.enable();
2672	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2673	}
2674
2675	},
2676
2677	//bouton reset de toute la page (rechargement de la page)
2678	resetPage: function()
2679	{
2680	//location.reload(); //pas appliquÃ©e car supprime la fenÃªtre graphique
2681
2682	//reset du choix de la base de donnÃ©es
2683	// selectFirst : affiche le premier Ã©lÃ©ment de la liste
2684	//true : active la fonction associÃ©e au bouton
2685	//this.selectDatabase.selectFirst( true );
2686
2687	//cacher tous les isotopes
2688	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2689	var count = divs.length;
2690	var i = 0;
2691
2692	for( i = 0; i < count; i++ )
2693	{
2694	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
2695	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2696	divs.item(i).style.display = "none" ;
2697	}
2698	}
2699	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
2700
2701	//dÃ©selectionner tous les isotopes
2702	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2703	var count = inputs.length;
2704	var i=0;
2705
2706	for( i = 0; i < count; i++ )
2707	{
2708	var input = inputs.item( i );
2709	if( input.type == 'checkbox' )
2710	{
2711	input.checked = false;
2712	}
2713	}
2714	this.selectButton.setValue("Select all isotopologues");
2715
2716	//spectral range
2717	//remettre les valeurs par dÃ©faut en fonction de la base sÃ©lectionnÃ©e :
2718	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
2719	case 'GEISA2003':
2720	$("#rangeLower").val(0);
2721	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2722	break;
2723	case 'GEISA2011':
2724	$("#rangeLower").val(0);
2725	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2726	break;
2727	case 'GEISAIASI2003':
2728	$("#rangeLower").val(599.000793);
2729	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2730	break;
2731	case 'GEISAIASI2011':
2732	$("#rangeLower").val(599.000793);
2733	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2734	break;
2735	}
2736
2737	$("#sampStep").val("");
2738
2739	//intensity range
2740	$("#intensityLo").val(0);
2741	$("#intensityUp").val(1e-16);
2742
2743	this.selectNbCourbes.selectFirst( true );
2744
2745	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( true );
2746	this.selectScaleY1.selectFirst( true );
2747	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( true );
2748
2749	document.getElementById("transition1").length=0;
2750	document.getElementById("transition2").length=0;
2751	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2752	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2753	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
2754	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
2755
2756
2757	$("#meanValue2").val("");
2758
2759	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( true );
2760	this.selectScaleY2.selectFirst( true );
2761	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( true );
2762
2763	},
2764
2765	onClickSubmit: function()
2766	{
2767	this.requestGeisa();
2768	},
2769
2770	displayWindow: function(content)
2771	{
2772	//fermeture de la div de l'image d'attente
2773	this.loadingGraphics.hide();
2774
2775	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2776
2777	//alert(content);
2778	var $dialog = $( '<div></div>' )
2779
2780	.html( content )
2781
2782	.dialog( {
2783	autoOpen: false,
2784	title: "GEISA : spectroscopic database",
2785	//buttons: { "Close": function() { $(this).dialog("close"); }, "Min": function() { $(this).dialog({ height: 20, width:350 }); },"Max": function() { $(this).dialog({ height: 560, width:700 }); } },
2786	buttons:{
2787	"close":{
2788	id:'close',
2789	text:'Close',
2790	height:'30px',
2791	width:'53px',
2792	title :'to close the window',
2793	click: function() { $(this).dialog("close"); },
2794	},
2795	"min" :{
2796	id:'Min',
2797	text:'-',
2798	height:'30px',
2799	width:'30px',
2800	title :'to reduce the window',
2801	click: function() { $(this).dialog({ height:18, width:350 }); },
2802	},
2803	"max" :{
2804	id:'Max',
2805	text:'+',
2806	height:'30px',
2807	width:'30px',
2808	title :'to enlarge the window ',
2809	click: function() { $(this).dialog({ height: 640, width:700 }); },
2810	},
2811	},
2812
2813	//minHeight: 500,
2814	// minWidth: 660,
2815	height: 640,
2816	width:700,
2817	//Exemple de valeurs possible pour position : "middle", "top", [200, 100]
2818	position: "middle"
2819	} );
2820	$dialog.dialog( 'open' );
2821	},
2822
2823	// displayWindow: function(coordinate)
2824	//{
2825	//var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2826	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2827
2828	//alert(content);
2829	// var $dialog = $( '<div></div>' )
2830	// .html( content + content1 )
2831
2832	// .dialog( {
2833	// autoOpen: false,
2834	// title: "GEISA : spectroscopic database",
2835	// minHeight: 500,
2836	// minWidth: 660,
2837
2838	//coordonnee y y
2839	// position:coordinate
2840
2841	// } );
2842	// $dialog.dialog( 'open' )
2843	//},
2844
2845
2846	onClickDownload: function()
2847	{
2848	document.location.href = "project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt";
2849	}
2850
2851
2852	} );
2853
2854
2855	</script>
2856
2857
2858

Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

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