source: TOOLS/MOSAIX/CreateNemoAtmWeightsMask.bash @ 3624

Last change on this file since 3624 was 3623, checked in by omamce, 6 years ago

O.M.: add SVN properties
  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Date Revision HeadURL Author Id
File size: 13.7 KB
Line 
1#!/bin/bash
2#MSUB -r NemoAtm        # nom de la requete
3#MSUB -o NemoAtm.out    # nom du fichier de sortie
4#MSUB -e NemoAtm.out    # nom du fichier de sortie
5#MSUB -eo
6#MSUB -n 16             # Reservation des processeurs pour le job
7#MSUB -T 1800           # Limite temps (en secondes)
8#MSUB -q standard
9#MSUB -Q test
10#MSUB -p devcmip6
11
12### ===========================================================================
13###
14### Creates interpolation weights between ORCA and DYNAMICO grids
15### Interpolates ORCA mask to DYNAMICO grid
16###
17### ===========================================================================
18##
19##  Warning, to install, configure, run, use any of Olivier Marti's
20##  software or to read the associated documentation you'll need at least
21##  one (1) brain in a reasonably working order. Lack of this implement
22##  will void any warranties (either express or implied).
23##  O. Marti assumes no responsability for errors, omissions,
24##  data loss, or any other consequences caused directly or indirectly by
25##  the usage of his software by incorrectly or partially configured
26##  personal.
27##
28
29##
30## Configuration
31## ===========================================================================
32
33#
34# Defines models
35# ==============
36OCE=ORCA2.3
37OCE=eORCA1.2
38#OCE=ORCA025
39
40ATM=dynamico30
41#ATM=dynamico40
42#ATM=dynamico450
43#ATM=LMD9695
44#ATM=LMD144X142
45
46
47
48#
49# Defines OCE grids to handle
50# ===========================
51
52OCEGRIDS="T" # " UV
53
54### ===========================================================================
55###
56### You should not change anything below this line ....
57###
58### ===========================================================================
59SUBMIT_DIR=$(pwd)
60
61# Defines computer
62# ================
63[[ $(hostname) = curie* ]] && arch=curie
64
65case ${arch} in
66    ( curie | irene ) 
67    module load netcdf/4.3.3.1_hdf5_parallel
68    module load nco/4.4.8
69    R_IN=$(ccc_home -u igcmg --cccwork)/IGCM
70    TMPDIR=${SCRATCHDIR}/TMP/${OCE}x${ATM}
71    ;;
72    ( * )
73    exit -1
74    ;;
75esac
76
77
78set -vx ; set -e
79
80mkdir -p ${TMPDIR}/${OCE}x${ATM} || exit 1
81cd       ${TMPDIR}/${OCE}x${ATM} || exit 1
82rm -f *
83
84#
85# Suffixes
86# ---------------------------------------------------------------------------
87ocegrids=${OCEGRIDS~}
88
89case ${OCE} in
90    ( *ORC*) oce=orc ;;
91esac
92case ${ATM} in
93    ( *dynamico*    ) atm=ico ;;
94    ( *lmd* | *LMD* ) atm=lmd ;;
95esac
96
97#
98# Format for OASIS files : should be NetCDF3 classic or NetCDF3 64 bits
99# ---------------------------------------------------------------------------
100FL_FMT=64bit
101
102##
103## NEMO T point towards ATM - 1st order
104## ===========================================================================
105cp ${SUBMIT_DIR}/bin/interpol.exe                 .
106cp ${SUBMIT_DIR}/iodef_t${oce}_to_t${atm}_1storder.xml   iodef.xml
107
108cp ${R_IN}/OCE/NEMO/${OCE}/${OCE}_coordinates_mask.nc  .
109cp ${R_IN}/ATM/${ATM}/${ATM}_grid.nc .
110
111ln -s ${OCE}_coordinates_mask.nc  oce_grid.nc
112ln -s ${ATM}_grid.nc              atm_grid.nc
113
114sed --in-place -e 's/"mask_[TUV]"/"mask_T"/g' -e "s/[tuv]${oce}/t${oce}/" -e 's/_...order/_1storder/g' -e 's/order="."/order="1"/' iodef.xml
115time /usr/bin/time ccc_mprun ./interpol.exe --mask_src=yes --mask_dst=no
116
117##
118## Correct spurious values (extremes)
119## ===========================================================================
120cat <<EOF > correction_masque.nco
121where (OceFrac <   0.00001 )  OceFrac=OceFrac.get_miss() ;
122where (OceFrac >   0.99999 )  OceFrac=1.0 ;
123OceFrac.delete_miss() ;
124// Fill masked values to land values
125where (OceFrac >  1.0 )  OceFrac=0.0 ;
126where (OceFrac <  0.0 )  OceFrac=0.0 ;
127EOF
128ncap2 -h --overwrite --script-file correction_masque.nco t${oce}_to_t${atm}_1storder.nc tmp_t${oce}_to_t${atm}_1storder.nc ; mv tmp_t${oce}_to_t${atm}_1storder.nc t${oce}_to_t${atm}_1storder.nc
129ncatted -h -a missing_value,OceFrac,d,,"" -a _FillValue,OceFrac,d,,"" t${oce}_to_t${atm}_1storder.nc
130
131##
132##  Creates mask on ATM grid
133## ===========================================================================
134cp t${oce}_to_t${atm}_1storder.nc  t${oce}_to_t${atm}_1storder_mask.nc
135ncks -h --overwrite                      -v OceFrac               t${oce}_to_t${atm}_1storder_mask.nc  ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
136ncks -h --append                         -v aire                  atm_grid.nc                          ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
137[[ ${atm} = *ico* ]] && ncks -h --append -v bounds_lon,bounds_lat atm_grid.nc                          ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
138
139cat <<EOF > creation_masque.nco
140where (OceFrac >  0.0 )  OceFrac=1 ;
141where (OceFrac <= 0.0 )  OceFrac=0 ;
142EOF
143ncap2 -h --overwrite --script-file creation_masque.nco t${oce}_to_t${atm}_1storder_mask.nc tmp_t${oce}_to_t${atm}_1storder_mask.nc ; mv tmp_t${oce}_to_t${atm}_1storder_mask.nc t${oce}_to_t${atm}_1storder_mask.nc
144ncrename -h -v OceFrac,OceMask t${oce}_to_t${atm}_1storder_mask.nc
145
146ncks -h --append  -v OceMask t${oce}_to_t${atm}_1storder_mask.nc   ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
147
148##
149## NEMO T point towards ATM - 2nd order
150## ===========================================================================
151sed --in-place -e 's/"mask_[TUV]"/"mask_T"/g' -e "s/[tuv]${oce}/t${oce}/" -e 's/_...order/_2ndorder/g' -e 's/order="."/order="2"/' iodef.xml
152#time /usr/bin/time ccc_mprun ./interpol.exe --mask_src=yes --mask_dst=yes
153 
154##
155## ATM towards NEMO T point - 1st order
156## ===========================================================================
157cp ${SUBMIT_DIR}/iodef_t${atm}_to_t${oce}_1storder.xml           iodef.xml
158sed --in-place -e 's/"mask_[TUV]"/"mask_T"/g' -e "s/[tuv]${oce}/t${oce}/" -e 's/_...order/_1storder/g' -e 's/order="."/order="1"/' iodef.xml
159time /usr/bin/time ccc_mprun ./interpol.exe --mask_src=yes --mask_dst=yes
160
161##
162## ATM towards NEMO U Point - 1st order
163## ===========================================================================
164sed --in-place -e 's/"mask_[TUV]"/"mask_U"/g' -e "s/[tuv]${oce}/u${oce}/" -e 's/_...order/_1storder/g' -e 's/order="."/order="1"/' iodef.xml
165#time /usr/bin/time ccc_mprun ./interpol.exe --mask_src=yes --mask_dst=yes
166
167##
168## ATM towards NEMO V Point - 1st order
169## ===========================================================================
170sed --in-place -e 's/"mask_[TUV]"/"mask_V"/g' -e "s/[tuv]${oce}/v${oce}/" -e 's/_...order/_1storder/g' -e 's/order="."/order="1"/' iodef.xml
171#time /usr/bin/time ccc_mprun ./interpol.exe --mask_src=yes --mask_dst=yes
172
173##
174## ATM verstowards NEMO T point - 2nd order
175## ===========================================================================
176sed --in-place -e 's/"mask_[TUV]"/"mask_T"/g' -e "s/[tuv]${oce}/t${oce}/" -e 's/_...order/_2ndorder/g' -e 's/order="."/order="2"/' iodef.xml
177#/usr/bin/time ccc_mprun ./interpol.exe --mask_src=yes --mask_dst=yes
178
179
180##
181## Change all NetCDF files to NetCDF 3 format (needed for OASIS)
182## ===========================================================================
183for InFile in *.nc ; do
184    if [[ $(ncdump -k ${InFile}) = *netCDF-4* ]] ; then
185        mv ${InFile} tmp_${InFile}
186        ncks --fl_fmt=${FL_FMT} -h  tmp_${InFile}  ${InFile}
187    fi
188done
189
190
191##
192## Add time axis and coordinates information
193## (needed if files need to be read by XIOS)
194## ===========================================================================
195if [[ ${atm} = ico ]] ; then
196    cat <<EOF > add_time.nco
197defdim("time_counter",1) ;
198OceFrac [time_counter,cell] = OceFrac (:) ;
199OceMask [time_counter,cell] = OceMask (:) ;
200EOF
201    ncap2 -O -h -S add_time.nco     ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc tmp_${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc ; mv tmp_${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
202    ncks -O --mk_rec time_counter   ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc tmp_${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc ; mv tmp_${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
203    ncatted -h \
204            -a coordinates,OceFrac,c,c,"time_counter cell" \
205            -a coordinates,OceMask,c,c,"time_counter cell" \
206            -a coordinates,aire,c,c,"time_counter cell"    ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
207fi
208if [[ ${atm} = lmd ]] ; then
209    cat <<EOF > add_time.nco
210defdim("time_counter",1) ;
211OceFrac [time_counter,lat,lon] = OceFrac (:,:) ;
212OceMask [time_counter,lat,lon] = OceMask (:,:) ;
213EOF
214    ncap2 -O -h -S add_time.nco     ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc tmp_${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc  ; mv tmp_${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
215    ncks -O --mk_rec time_counter   ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc tmp_${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc  ; mv tmp_${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
216    ncatted -h \
217            -a coordinates,OceFrac,c,c,"time_counter lat lon" \
218            -a coordinates,OceMask,c,c,"time_counter lat lon" \
219            -a coordinates,aire,c,c,"time_counter lat lon"    ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc
220fi
221
222##
223## Add some information in file headers
224## ===========================================================================
225
226UUID=$(uuid)
227NCO="$(ncks --version |& tail -1|sed 's/ncks //')"
228for InFile in *${oce}_to_*${atm}_*.nc *${atm}_to_*${oce}_*.nc ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc ; do
229    ncatted -h \
230            --attribute uuid,global,d,,                                           \
231            --attribute LongName,global,d,,                                       \
232            --attribute nco_openmp_thread_number,global,d,,                       \
233            --attribute Conventions,global,o,c,"CF-1.6"                           \
234            --attribute source,global,o,c,"IPSL Earth system model"               \
235            --attribute group,global,o,c,"ICMC IPSL Climate Modelling Center"     \
236            --attribute Institution,global,o,c,"IPSL"                             \
237            --attribute Ocean,global,o,c,"${OCE}"                                 \
238            --attribute Atmosphere,global,o,c,"${ATM}"                            \
239            --attribute production,global,o,c,"$(finger ${LOGNAME} | head -1 | awk '{print $4, $5}') " \
240            --attribute originalFiles,global,o,c,"${OCE}_coordinates_mask.nc ${ATM}_grid_mask.nc"      \
241            --attribute associatedFiles,global,o,c,"grids_${OCE}x${ATM}.nc areas_${OCE}x${ATM}.nc masks_${OCE}x${ATM}.nc" \
242            --attribute directory,global,o,c,"$(pwd)"                             \
243            --attribute description,global,o,c,"Fields needed by OASIS-MCT"       \
244            --attribute title,global,o,c,"${type}_${OCE}x${ATM}.nc"               \
245            --attribute timeStamp,global,o,c,"$(date)"                            \
246            --attribute uuid,global,o,c,"${UUID}"                                 \
247            --attribute HOSTNAME,global,o,c,"$(hostname)"                         \
248            --attribute LOGNAME,global,o,c,"$(whoami)"                            \
249            --attribute NCO,global,o,c,"NCO ${NCO}"                               \
250            --attribute OS,global,o,c,"$(uname -o)"                               \
251            --attribute release,global,o,c,"$(uname -r)"                          \
252            --attribute hardware,global,o,c,"$(uname -i)"                         \
253            --attribute directory,global,o,c,"$(pwd)"                             \
254            --attribute description,global,o,c,"Generated with XIOS"              \
255            --attribute Comment,global,o,c,"Preliminary attempt - Do not trust !" \
256            ${InFile}
257done
258
259
260##
261## Update and complete weights file to fit OASIS requested format
262## ===========================================================================
263cat <<EOF > add_dim.nco
264defdim("num_wgts",1) ;
265weight[n_weight, num_wgts] = weight ;
266EOF
267
268for file in rmp_*${oce}_to_*${atm}_*.nc rmp_*${atm}_to_*${oce}_*.nc ; do
269    mv ${file} xios_${file}
270    ncap2 --fl_fmt=${FL_FMT} -h --script-file add_dim.nco xios_${file} ${file}
271   
272    ncrename -h --dimension n_weight,num_links   ${file}
273    ncrename -h --variable  src_idx,src_address  ${file}
274    ncrename -h --variable  dst_idx,dst_address  ${file}
275    ncrename -h --variable  weight,remap_matrix  ${file}
276    case ${file} in
277        ( *1storder.nc ) ncatted -h --attribute map_method,global,o,c,"Conservative Remapping - 1st order"  ${file} ;;
278        ( *2ndorder.nc ) ncatted -h --attribute map_method,global,o,c,"Conservative Remapping - 2nd order"  ${file} ;;
279    esac
280    ncatted -h --attribute conventions,global,o,c,"SCRIP"                            ${file}
281    ncatted -h --attribute normalization,global,o,c,"none"                           ${file}
282   
283    case ${file} in
284        ( rmp_*${oce}_to_t${atm}_* )
285        ncatted -h \
286                --attribute title,global,o,c,"Weights ${OCE} to ${ATM}"           \
287                --attribute source_grid,global,o,c,"curvilinear"                  \
288                --attribute dest_grid,global,o,c,"unstructured"                   \
289                ${file} 
290        ;;
291        ( rmp_*${atm}_to_*${oce}_* )
292        ncatted -h \
293                --attribute title,global,o,c,"Weights ${ATM} to ${OCE}"           \
294                --attribute source_grid,global,o,c,"unstructured"                 \
295                --attribute dest_grid,global,o,c,"curvilinear"                    \
296                ${file}
297        ;;
298    esac
299done
300
301##
302## Save results
303## ===========================================================================
304cp ${ATM}_grid_maskFrom_${OCE}.nc ${SUBMIT_DIR}
305for order in 1st # 2nd
306do
307    cp t${oce}_to_t${atm}_${order}order.nc     ${SUBMIT_DIR}/t${OCE}_to_t${ATM}_${order}order.nc
308    cp rmp_t${oce}_to_t${atm}_${order}order.nc ${SUBMIT_DIR}/rmp_t${OCE}_to_t${ATM}_${order}order.nc
309    for grid in ${ocegrids} ; do
310        cp rmp_t${atm}_to_${grid}${oce}_${order}order.nc ${SUBMIT_DIR}/rmp_t${ATM}_to_${grid}${OCE}_${order}order.nc
311        cp t${atm}_to_${grid}${oce}_${order}order.nc     ${SUBMIT_DIR}/t${ATM}_to_${grid}${OCE}_${order}order.nc
312    done
313done
314
315##
316## Creates and save auxiliary files for OASIS
317## ===========================================================================
318bash ${SUBMIT_DIR}/GenerateOasisGrids.bash --oce ${OCE} --atm ${ATM}
319
320cp areas_${OCE}_${ATM}.nc ${SUBMIT_DIR}
321cp grids_${OCE}_${ATM}.nc ${SUBMIT_DIR}
322cp masks_${OCE}_${ATM}.nc ${SUBMIT_DIR}
323
324
325### ===========================================================================
326###
327###                               That's all folk's !!!
328###
329### ===========================================================================
330
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.