| [1849] | 1 | #!/bin/bash |
|---|
| 2 | |
|---|
| [1853] | 3 | function update_tasks_list |
|---|
| 4 | { |
|---|
| 5 | local tasksListFile=$1 # fichier contenant la nouvelle liste de cmds |
|---|
| 6 | touch $tasksListFile |
|---|
| 7 | local logFileOfPrevPack=$2 # fichier log de relatif a l'execution de la derniere liste de cmds |
|---|
| 8 | local tasksListFileOfPrevPack=$3 # fichier contenant la derniere liste de cmds |
|---|
| 9 | |
|---|
| 10 | > $tasksListFile |
|---|
| 11 | |
|---|
| 12 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
|---|
| 13 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
|---|
| [1882] | 14 | for cmdReport in $( cat $logFileOfPrevPack | grep -e '^#executed by process' ) |
|---|
| [1853] | 15 | do |
|---|
| 16 | local resCmd=`echo $cmdReport | awk '{print $9}' ` |
|---|
| [1882] | 17 | # Status 50 = FAILED mais pas de ressoumission |
|---|
| 18 | if [ "x$resCmd" != "x0" ] && [ "x$resCmd" != "x50" ] |
|---|
| [1853] | 19 | then |
|---|
| 20 | local cmdToPrint=`echo $cmdReport | awk '{print $NF}' ` |
|---|
| [1863] | 21 | case "x$resCmd" in |
|---|
| 22 | x5) |
|---|
| 23 | newCmdToPrint=`echo $cmdToPrint | sed 's;output_ncrcat;output_tar;' ` |
|---|
| 24 | echo "./process_list.sh $newCmdToPrint" >> ${tasksListFile} |
|---|
| 25 | ;; |
|---|
| 26 | x10) |
|---|
| 27 | echo "./process_list.sh $cmdToPrint" >> ${tasksListFile} |
|---|
| 28 | newCmdToPrint=`echo $cmdToPrint | sed 's;output_ncrcat;output_tar;' ` |
|---|
| 29 | echo "./process_list.sh $newCmdToPrint" >> ${tasksListFile} |
|---|
| 30 | ;; |
|---|
| 31 | *) |
|---|
| 32 | echo "./process_list.sh $cmdToPrint" >> ${tasksListFile} |
|---|
| 33 | ;; |
|---|
| 34 | esac |
|---|
| [1853] | 35 | fi |
|---|
| 36 | done |
|---|
| 37 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
|---|
| 38 | |
|---|
| 39 | # Il faut aussi rajouter les cmds qui n'ont pas ete traitees du tout, |
|---|
| 40 | # par exemple en cas d'interruption du calculateur |
|---|
| 41 | # Pour cela, on boucle sur la derniere liste de cmds et on cherche dans le |
|---|
| 42 | # fichier log associe si certaines sont absentes. On remet ces commandes (absentes) |
|---|
| 43 | # dans la nouvelle liste |
|---|
| 44 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
|---|
| 45 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
|---|
| 46 | for cmd in $( cat $tasksListFileOfPrevPack ) |
|---|
| 47 | do |
|---|
| 48 | local list=`echo $cmd | awk '{print $NF}' ` |
|---|
| 49 | hasListBeenTreated=`grep $list $logFileOfPrevPack | wc -l ` |
|---|
| 50 | if [ "x${hasListBeenTreated}" == "x0" ] |
|---|
| 51 | then |
|---|
| 52 | echo $cmd >> ${tasksListFile} |
|---|
| 53 | fi |
|---|
| 54 | |
|---|
| 55 | |
|---|
| 56 | done |
|---|
| [1864] | 57 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
|---|
| 58 | |
|---|
| 59 | # Il peut arriver que 2 listes soient identiques, on empeche ce cas |
|---|
| [1911] | 60 | cat ${tasksListFile} | sort | uniq > ${JOB_DIR}/taskFile.txt |
|---|
| 61 | cat ${JOB_DIR}/taskFile.txt > ${tasksListFile} |
|---|
| [1853] | 62 | |
|---|
| 63 | } |
|---|
| 64 | |
|---|
| 65 | function getNumeroOfCurrentTry |
|---|
| 66 | { |
|---|
| 67 | local num_try="1" |
|---|
| 68 | tryNumFile=${USER_OUTPUT_PROGRESS}/numero_current_try.txt |
|---|
| 69 | if [ ! -e $tryNumFile ] |
|---|
| 70 | then |
|---|
| 71 | echo "Le fichier :" >> $badFailureFile |
|---|
| 72 | echo "$tryNumFile" >> $badFailureFile |
|---|
| 73 | echo "doit etre present dans le repertoire :" >> $badFailureFile |
|---|
| 74 | echo "${USER_OUTPUT_PROGRESS}" >> $badFailureFile |
|---|
| 75 | echo "et il doit contenir un numero d'essai" >> $badFailureFile |
|---|
| 76 | exit 1 |
|---|
| 77 | fi |
|---|
| 78 | num_try=`head -n 1 $tryNumFile ` |
|---|
| 79 | echo $num_try |
|---|
| 80 | |
|---|
| 81 | } |
|---|
| 82 | |
|---|
| 83 | function getNumeroOfLastInstance |
|---|
| 84 | { |
|---|
| 85 | local num_instance="0" |
|---|
| 86 | local numTry=$1 |
|---|
| 87 | ici=$PWD |
|---|
| 88 | local progressDirectory="${USER_OUTPUT_PROGRESS}/TRY__${numTry}" |
|---|
| 89 | if [ ! -e $progressDirectory ] |
|---|
| 90 | then |
|---|
| 91 | echo "fonction getNumeroOfLastInstance :" >> $badFailureFile |
|---|
| 92 | echo "Le repertoire :" >> $badFailureFile |
|---|
| 93 | echo "$progressDirectory" >> $badFailureFile |
|---|
| 94 | echo "devrait exister. Il n'existe pas." >> $badFailureFile |
|---|
| 95 | exit 1 |
|---|
| 96 | fi |
|---|
| 97 | cd $progressDirectory |
|---|
| 98 | |
|---|
| 99 | listFiles=`ls | grep -e "inputCmd__try__${numTry}__instance__[[:digit:]]\{1,2\}.list" ` |
|---|
| 100 | for listFile in $listFiles |
|---|
| 101 | do |
|---|
| 102 | num=`echo $listFile | awk -F"__" '{print $NF}' | awk -F"." '{print $1}' ` |
|---|
| 103 | if [ $num -gt $num_instance ] |
|---|
| 104 | then |
|---|
| 105 | num_instance=$num |
|---|
| 106 | fi |
|---|
| 107 | done |
|---|
| 108 | cd $ici |
|---|
| 109 | echo $num_instance |
|---|
| 110 | |
|---|
| 111 | |
|---|
| 112 | } |
|---|
| 113 | |
|---|
| 114 | |
|---|
| 115 | function check_progress |
|---|
| 116 | { |
|---|
| 117 | local file1=$1 |
|---|
| 118 | local file2=$2 |
|---|
| [1869] | 119 | local file_to_get_retCode=$3 |
|---|
| 120 | if [ "x${file1}" == "x" ] || [ "x${file2}" == "x" ] || [ "x${file_to_get_retCode}" == "x" ] |
|---|
| [1853] | 121 | then |
|---|
| [1869] | 122 | echo "check_progress : Le nom d'au moins 1 des 3 fichiers d'entree est vide" >> $badFailureFile |
|---|
| [1853] | 123 | exit 1 |
|---|
| 124 | fi |
|---|
| 125 | |
|---|
| [1869] | 126 | if [ ! -e $file1 ] || [ ! -e $file2 ] || [ ! -e ${file_to_get_retCode} ] |
|---|
| [1853] | 127 | then |
|---|
| [1869] | 128 | echo "check_progress : au moins un des 3 fichiers suivants n'existe pas :" >> $badFailureFile |
|---|
| 129 | echo "$file1" >> $badFailureFile |
|---|
| 130 | echo "$file2" >> $badFailureFile |
|---|
| 131 | echo "${file_to_get_retCode}" >> $badFailureFile |
|---|
| [1853] | 132 | exit 1 |
|---|
| 133 | fi |
|---|
| 134 | local nbLineFile1=`cat $file1 | wc -l ` |
|---|
| [1869] | 135 | local nbLineFile2=`cat $file2 | wc -l ` |
|---|
| 136 | if [ $nbLineFile1 -ne $nbLineFile2 ] |
|---|
| [1853] | 137 | then |
|---|
| 138 | echo 1 |
|---|
| 139 | return |
|---|
| 140 | fi |
|---|
| [1869] | 141 | # si l'on parvient a ce stade, c'est les 2 fichiers ont le meme |
|---|
| 142 | # nombre de lignes |
|---|
| [1853] | 143 | |
|---|
| 144 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
|---|
| 145 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
|---|
| 146 | for line in $( cat $file1 ) |
|---|
| 147 | do |
|---|
| 148 | # echo $line |
|---|
| 149 | local isLineInFile2=`grep $line $file2 | wc -l ` |
|---|
| 150 | if [ $isLineInFile2 -eq 0 ] |
|---|
| 151 | then |
|---|
| 152 | echo 1 |
|---|
| 153 | return |
|---|
| 154 | fi |
|---|
| 155 | done |
|---|
| [1869] | 156 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
|---|
| 157 | |
|---|
| 158 | # Les codes de retour sont-ils != 0 ? |
|---|
| 159 | nbNonZeroCodes=`cat ${file_to_get_retCode} | grep -e '^#executed by' | awk '{ if ($9 != 0) {print $9} }' | wc -l ` |
|---|
| 160 | if [ $nbNonZeroCodes -gt 0 ] |
|---|
| 161 | then |
|---|
| 162 | echo 1 |
|---|
| 163 | return |
|---|
| 164 | fi |
|---|
| 165 | |
|---|
| [1853] | 166 | echo 0 |
|---|
| 167 | } |
|---|
| 168 | |
|---|
| 169 | |
|---|
| 170 | function update_report |
|---|
| 171 | { |
|---|
| 172 | > $reportFile # on vide le fichier rapport |
|---|
| 173 | echo "Execution of tasks :" >> $reportFile |
|---|
| 174 | echo "------------------" >> $reportFile |
|---|
| 175 | cat $inputCmd >> $reportFile |
|---|
| 176 | echo >> $reportFile |
|---|
| 177 | echo "Results of tasks :" >> $reportFile |
|---|
| 178 | echo "----------------" >> $reportFile |
|---|
| 179 | cat $output >> $reportFile |
|---|
| 180 | echo >> $reportFile |
|---|
| 181 | echo >> $reportFile |
|---|
| 182 | |
|---|
| 183 | } |
|---|
| 184 | |
|---|
| [1880] | 185 | function searchListsToDestroy |
|---|
| 186 | { |
|---|
| 187 | outputToSearchIn=$1 |
|---|
| 188 | listToRmvFile=$2 |
|---|
| [1881] | 189 | listsToProcessFile=$3 |
|---|
| 190 | # On cherche les listes qui ont ete traitees correctement a la precedente etape de traitement |
|---|
| [1880] | 191 | cat ${outputToSearchIn} | grep -e '^#executed by' | awk '{ if ($9 == 0) {print $12} }' >> ${listToRmvFile} |
|---|
| [1881] | 192 | |
|---|
| 193 | # Cependant, il se peut (cas du basculement de listes "output_ncrcat" vers "output_tar") que des listes soient |
|---|
| 194 | # encore a traiter alors que qu'il y a eu traitement correct. |
|---|
| 195 | # Ne pas supprimer ces listes (les retirer du fichier des listes a supprimer). |
|---|
| 196 | listToRmvFile_tmp="${listToRmvFile}_tmp" |
|---|
| 197 | cp $listToRmvFile $listToRmvFile_tmp |
|---|
| 198 | |
|---|
| 199 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
|---|
| 200 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
|---|
| 201 | for list in $( cat $listToRmvFile_tmp | grep "/output_ncrcat/" ) |
|---|
| 202 | do |
|---|
| 203 | list_tar=`echo $list | sed 's;output_ncrcat;output_tar;' ` |
|---|
| [1882] | 204 | isInLstsToProcess=`grep $list_tar $listsToProcessFile | wc -l ` |
|---|
| [1881] | 205 | if [ "x${isInLstsToProcess}" != "x0" ] |
|---|
| 206 | then |
|---|
| [1882] | 207 | lineNbInRmvFile=`grep -n $list $listToRmvFile | awk -F":" '{print $1}' ` |
|---|
| [1881] | 208 | sed -i "${lineNbInRmvFile}d" ${listToRmvFile} |
|---|
| 209 | fi |
|---|
| 210 | done |
|---|
| 211 | |
|---|
| 212 | for list in $( cat $listToRmvFile_tmp | grep "/output_tar/" ) |
|---|
| 213 | do |
|---|
| 214 | list_ncrcat=`echo $list | sed 's;output_tar;output_ncrcat;' ` |
|---|
| [1882] | 215 | isInLstsToProcess=`grep $list_ncrcat $listsToProcessFile | wc -l ` |
|---|
| [1881] | 216 | if [ "x${isInLstsToProcess}" != "x0" ] |
|---|
| 217 | then |
|---|
| [1882] | 218 | lineNbInRmvFile=`grep -n $list $listToRmvFile | awk -F":" '{print $1}' ` |
|---|
| [1881] | 219 | sed -i "${lineNbInRmvFile}d" ${listToRmvFile} |
|---|
| [1882] | 220 | fi |
|---|
| 221 | |
|---|
| 222 | # Si la liste est a detruire ET a traiter alors on l enleve de la liste a traiter |
|---|
| 223 | isInLstsToProcess=`grep $list $listsToProcessFile | wc -l ` |
|---|
| 224 | if [ "x${isInLstsToProcess}" != "x0" ] |
|---|
| 225 | then |
|---|
| 226 | lineNbInProcessFile=`grep -n $list $listsToProcessFile | awk -F":" '{print $1}' ` |
|---|
| 227 | sed -i "${lineNbInProcessFile}d" ${listsToProcessFile} |
|---|
| 228 | fi |
|---|
| 229 | done |
|---|
| 230 | |
|---|
| [2010] | 231 | IFS=$old_IFS # retablissement du separateur de champ par defaut |
|---|
| [1881] | 232 | |
|---|
| 233 | rm -f $listToRmvFile_tmp |
|---|
| [1880] | 234 | } |
|---|
| [1881] | 235 | |
|---|
| [1880] | 236 | function removeFilesInLists |
|---|
| 237 | { |
|---|
| 238 | setOfFileLstsToRmv=$1 |
|---|
| 239 | rmvedFiles=$2 |
|---|
| 240 | linksToEraseFile=$3 |
|---|
| 241 | realDataToEraseFile=$4 |
|---|
| 242 | |
|---|
| 243 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
|---|
| 244 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
|---|
| 245 | |
|---|
| 246 | # Suppression des donnees autres que celles de type "debug" et "restart". |
|---|
| 247 | for lst in $( cat $setOfFileLstsToRmv | grep -v -E '(restart_tar|debug_tar)' ) |
|---|
| 248 | do |
|---|
| 249 | opt= |
|---|
| 250 | lstName=$( basename $lst ) |
|---|
| 251 | |
|---|
| 252 | if [ "${lstName}" == "tar_full_simul.list" ] || [ "${lstName}" == "cp_files.list" ] |
|---|
| 253 | then |
|---|
| 254 | opt="r" |
|---|
| 255 | fi |
|---|
| [2010] | 256 | |
|---|
| 257 | sed -e "s/\(.*\)/rm -f${opt} \1/" $lst >> ${rmvedFiles} |
|---|
| [1880] | 258 | |
|---|
| [2010] | 259 | # for file in $( cat $lst ) |
|---|
| 260 | # do |
|---|
| 261 | # echo "rm -f${opt} $file" >> ${rmvedFiles} |
|---|
| 262 | # if [ "x$deleteFiles" == "x1" ] |
|---|
| 263 | # then |
|---|
| 264 | # rm -f${opt} $file |
|---|
| 265 | # fi |
|---|
| 266 | # done |
|---|
| [1880] | 267 | done |
|---|
| 268 | |
|---|
| 269 | # Pour les listes de type "debug" et "restart", les listes ne comportent |
|---|
| 270 | # que des liens : uniquement leur nom de base, pas leur path |
|---|
| 271 | # Il faut retrouver leur path, detruire le lien et le fichier qu'il pointe. |
|---|
| 272 | |
|---|
| 273 | # Recherche de l'ensemble des fichiers a detruire : les liens + les donnees pointees par les liens |
|---|
| 274 | for lst in $( cat $setOfFileLstsToRmv | grep -E '(restart_tar|debug_tar)' ) |
|---|
| 275 | do |
|---|
| 276 | # Recuperation du repertoire contenant les fichiers de liens |
|---|
| 277 | dir_containing_links= |
|---|
| 278 | is_debug_tar_lst=`echo $lst | grep "debug_tar" | wc -l ` |
|---|
| 279 | if [ "x${is_debug_tar_lst}" != "x0" ] |
|---|
| 280 | then |
|---|
| 281 | dir_containing_links="DEBUG" |
|---|
| 282 | else |
|---|
| 283 | dir_containing_links="RESTART" |
|---|
| 284 | fi |
|---|
| 285 | |
|---|
| 286 | tar_dir=$( dirname $lst ) |
|---|
| 287 | simu_dir=$( dirname $tar_dir ) |
|---|
| 288 | |
|---|
| 289 | LINK_DIR="${simu_dir}/${dir_containing_links}" |
|---|
| 290 | if [ ! -d $LINK_DIR ] |
|---|
| 291 | then |
|---|
| 292 | echo "Suppression des donnees :" >> $badFailureFile |
|---|
| 293 | echo "Le repertoire sense contenir des liens symboliques :" >> $badFailureFile |
|---|
| 294 | echo "${LINK_DIR}" >> $badFailureFile |
|---|
| 295 | echo "n'existe pas." >> $badFailureFile |
|---|
| 296 | exit 1 |
|---|
| 297 | fi |
|---|
| 298 | |
|---|
| 299 | # |
|---|
| 300 | # ls sur le reperoire de lien et insertion du path absolu avant chaque lien. |
|---|
| 301 | ls -1 ${LINK_DIR} | sed "s;^;${LINK_DIR}/;" >> ${linksToEraseFile} |
|---|
| 302 | |
|---|
| 303 | # Recuperation des donnees reelles pointees par les liens. |
|---|
| 304 | ls -1 -lrt ${LINK_DIR} | awk -F"->" '{print $2}' | sed 's;^ ;;' >> ${realDataToEraseFile} |
|---|
| 305 | done |
|---|
| 306 | |
|---|
| 307 | # Destruction des liens et des donnees pointees par les liens pour les listes |
|---|
| 308 | # de type "debug" et "restart" |
|---|
| 309 | |
|---|
| 310 | # Destroy links |
|---|
| [2010] | 311 | |
|---|
| 312 | # for file in $( cat ${linksToEraseFile} ) |
|---|
| 313 | # do |
|---|
| 314 | # echo "rm -f $file" >> ${rmvedFiles} |
|---|
| 315 | # if [ "x$deleteFiles" == "x1" ] |
|---|
| 316 | # then |
|---|
| 317 | # rm -f $file |
|---|
| 318 | # fi |
|---|
| 319 | # done |
|---|
| 320 | |
|---|
| 321 | sed -e "s/\(.*\)/rm -f \1/" ${linksToEraseFile} >> ${rmvedFiles} |
|---|
| 322 | |
|---|
| [1880] | 323 | # Destroy real datas |
|---|
| [2010] | 324 | # for file in $( cat ${realDataToEraseFile} ) |
|---|
| 325 | # do |
|---|
| 326 | # echo "rm -f $file" >> ${rmvedFiles} |
|---|
| 327 | # if [ "x$deleteFiles" == "x1" ] |
|---|
| 328 | # then |
|---|
| 329 | # rm -f $file |
|---|
| 330 | # fi |
|---|
| 331 | # done |
|---|
| 332 | |
|---|
| 333 | sed -e "s/\(.*\)/rm -f \1/" ${realDataToEraseFile} >> ${rmvedFiles} |
|---|
| [1880] | 334 | |
|---|
| [2010] | 335 | if [ "x$deleteFiles" == "x1" ] |
|---|
| 336 | then |
|---|
| 337 | sh ${rmvedFiles} |
|---|
| 338 | fi |
|---|
| 339 | |
|---|
| 340 | IFS=$old_IFS # retablissement du separateur de champ par defaut |
|---|
| [1880] | 341 | } |
|---|
| 342 | |
|---|
| 343 | |
|---|
| [1864] | 344 | export RANDOM=$$ # random seed |
|---|
| 345 | function gives_random_number |
|---|
| 346 | { |
|---|
| 347 | lim=$1 |
|---|
| 348 | bit=-1 |
|---|
| 349 | let "bit = RANDOM % $lim" |
|---|
| 350 | bit=$(( $bit + 1 )) # nb entre 1 et $limit |
|---|
| 351 | echo $bit |
|---|
| 352 | } |
|---|
| 353 | |
|---|
| [1853] | 354 | ########## batch directives : begin ########## |
|---|
| [1849] | 355 | #MSUB -r pack_ipsl # Nom du job |
|---|
| [1853] | 356 | ### mutable directives ### |
|---|
| [1911] | 357 | #MSUB -o /ccc/dmfbuf/ipsl_logs/dsm/bacasable/ARNAUD/PSEUDO_DMNFS_PROGRESS/ARNAUD/IPSLCM5/R55C/detailed_pack_output/pack_ipsl_%I.o |
|---|
| 358 | #MSUB -e /ccc/dmfbuf/ipsl_logs/dsm/bacasable/ARNAUD/PSEUDO_DMNFS_PROGRESS/ARNAUD/IPSLCM5/R55C/detailed_pack_output/pack_ipsl_%I.e |
|---|
| [1882] | 359 | #MSUB -n 16 |
|---|
| [2023] | 360 | #MSUB -c 2 |
|---|
| 361 | #MSUB -x |
|---|
| [1880] | 362 | #MSUB -T 1500 |
|---|
| [1849] | 363 | #MSUB -A tgcc0013 |
|---|
| 364 | #MSUB -q standard |
|---|
| [2023] | 365 | #MSUB -Q test |
|---|
| [1853] | 366 | ########## batch directives : end ########## |
|---|
| [1885] | 367 | set +x |
|---|
| [1900] | 368 | export JOB_DIR=${TMP_MIGR_DATA} |
|---|
| 369 | export EXE_DIR=${LS_SUBCWD:-${PWD}} |
|---|
| [1849] | 370 | source ${EXE_DIR}/DEM_utilities.sh |
|---|
| 371 | |
|---|
| [1853] | 372 | export badFailureFile=${USER_OUTPUT_PROGRESS}/badFailure.txt |
|---|
| [1849] | 373 | |
|---|
| [1853] | 374 | export numCurrentTry=$( getNumeroOfCurrentTry ) |
|---|
| 375 | export progressDir="${USER_OUTPUT_PROGRESS}/TRY__${numCurrentTry}" |
|---|
| 376 | if [ ! -e $progressDir ] |
|---|
| 377 | then |
|---|
| 378 | echo "Le repertoire de suivi :" >> $badFailureFile |
|---|
| 379 | echo "$progressDir" >> $badFailureFile |
|---|
| 380 | echo "n'existe pas. STOP." >> $badFailureFile |
|---|
| 381 | exit 1 |
|---|
| 382 | fi |
|---|
| 383 | export numPrevInstance=$( getNumeroOfLastInstance $numCurrentTry ) |
|---|
| 384 | export numNewInstance=$(( $numPrevInstance + 1 )) |
|---|
| [1849] | 385 | |
|---|
| [1853] | 386 | export inputCmd="${progressDir}/inputCmd__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.list" |
|---|
| 387 | export nextInputCmd="${progressDir}/nextInputCmd__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.list" |
|---|
| 388 | export output="${progressDir}/packOutput__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.log" |
|---|
| 389 | export reportFile="${progressDir}/report__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.log" |
|---|
| [1864] | 390 | export checkFile="${progressDir}/check__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.log" |
|---|
| [1911] | 391 | export checkFileTmp="${JOB_DIR}/checkTmp__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
|---|
| [1849] | 392 | |
|---|
| [1880] | 393 | export listsOfFilesToRemove="${progressDir}/listsToRmv__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
|---|
| 394 | export removedFiles="${progressDir}/removedFiles__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
|---|
| [1849] | 395 | |
|---|
| [1880] | 396 | # Les 2 fichiers suivants sont crees pour la destruction des liens et des donnees pointes par ces liens |
|---|
| 397 | # dans le cas de listes de type "debug" ou "restart" |
|---|
| 398 | export linksToDestroyFile="${progressDir}/linksToDestroy__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
|---|
| 399 | export realDataToDestroyFile="${progressDir}/realDataToDestroy__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
|---|
| [1849] | 400 | |
|---|
| [1880] | 401 | export noInterruptFile="${progressDir}/noInterrupt__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
|---|
| [1849] | 402 | |
|---|
| [1853] | 403 | |
|---|
| 404 | if [ ${numCurrentTry} -le 1 ] && [ ${numNewInstance} -le 1 ] |
|---|
| 405 | then |
|---|
| 406 | # C'est le tout premier essai |
|---|
| 407 | # on construit la liste des taches a effectuer en inventoriant les fichiers *.liste |
|---|
| 408 | # dans les rep contenus dans le fichier "config_card.liste" |
|---|
| 409 | > ${inputCmd} |
|---|
| 410 | for CONFIG in $( awk '{print $1}' ${IGCM_DEM}/config_card.liste ) ; do |
|---|
| 411 | |
|---|
| 412 | PATH_SIMU=$( dirname $CONFIG ) |
|---|
| 413 | # echo "PATH_SIMU=$PATH_SIMU" |
|---|
| 414 | |
|---|
| 415 | setOfListFiles=`find $PATH_SIMU -type f -name "*.list" ` |
|---|
| 416 | for file in $setOfListFiles |
|---|
| [1849] | 417 | do |
|---|
| [1853] | 418 | echo "./process_list.sh $file" >> ${inputCmd} |
|---|
| [1863] | 419 | done |
|---|
| [1853] | 420 | done |
|---|
| [1863] | 421 | |
|---|
| [1853] | 422 | else |
|---|
| 423 | # if try > 1 && inst == 1 ==> construction liste cmd avec fichiers try - 1, derniere instance |
|---|
| 424 | # dans ce dernier cas, gerer une eventuelle interruption au try - 1 |
|---|
| 425 | # if try > 1 && inst > 1 ==> construction liste cmd avec fichiers try, instance precedente |
|---|
| 426 | if [ ${numNewInstance} -ge 2 ] |
|---|
| 427 | then |
|---|
| 428 | nextInputCmd_of_PrevInst="${progressDir}/nextInputCmd__try__${numCurrentTry}__instance__${numPrevInstance}.list" |
|---|
| 429 | if [ ! -e $nextInputCmd_of_PrevInst ] |
|---|
| 430 | then |
|---|
| 431 | echo "Le fichier suivant :" >> $badFailureFile |
|---|
| 432 | echo "$nextInputCmd_of_PrevInst" >> $badFailureFile |
|---|
| 433 | echo "n'existe pas. Il devrait exister. STOP." >> $badFailureFile |
|---|
| 434 | exit 1 |
|---|
| 435 | fi |
|---|
| 436 | cat $nextInputCmd_of_PrevInst > ${inputCmd} |
|---|
| 437 | |
|---|
| 438 | else # numNewInstance == 1 |
|---|
| 439 | numPrevTry=$(( $numCurrentTry - 1 )) |
|---|
| 440 | numLastInstInstanceInPrevTry=$( getNumeroOfLastInstance $numPrevTry ) |
|---|
| [1880] | 441 | noInterruptFile_prev_try="${progressDir}/noInterrupt__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
|---|
| 442 | if [ ! -e ${noInterruptFile_prev_try} ] |
|---|
| [1853] | 443 | then |
|---|
| 444 | # il y a eu interruption non prevue au dernier essai, il faut recomposer la liste des cmds avec les resultats |
|---|
| 445 | # de l'essai precedent, derniere instance |
|---|
| 446 | prevProgressDir="${USER_OUTPUT_PROGRESS}/TRY__${numPrevTry}" |
|---|
| 447 | nextInputCmd_of_LastInst="${prevProgressDir}/nextInputCmd__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.list" |
|---|
| 448 | output_of_LastInst="${prevProgressDir}/packOutput__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.log" |
|---|
| 449 | inputCmd_of_LastInst="${prevProgressDir}/inputCmd__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.list" |
|---|
| 450 | if [ ! -e $output_of_LastInst ] || [ ! -e $inputCmd_of_LastInst ] |
|---|
| 451 | then |
|---|
| 452 | echo "Les fichiers suivants :" >> $badFailureFile |
|---|
| 453 | echo "$output_of_LastInst" >> $badFailureFile |
|---|
| 454 | echo "$inputCmd_of_LastInst" >> $badFailureFile |
|---|
| 455 | echo "n'existent pas. Il devrait exister. STOP." >> $badFailureFile |
|---|
| 456 | exit 1 |
|---|
| 457 | fi |
|---|
| 458 | |
|---|
| 459 | update_tasks_list ${nextInputCmd_of_LastInst} ${output_of_LastInst} ${inputCmd_of_LastInst} |
|---|
| 460 | cat $nextInputCmd_of_LastInst > ${inputCmd} |
|---|
| [1880] | 461 | |
|---|
| 462 | |
|---|
| 463 | # Il faut aussi detruire les donnees correctement traitement a l'essai precedent, derniere instance. |
|---|
| 464 | listsOfFilesToRemoveFromPrevTry="${progressDir}/listsToRmvFromPrev__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
|---|
| 465 | removedFilesFromPrevTry="${progressDir}/removedFilesFromPrev__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
|---|
| 466 | linksToDestroyFileFromPrevTry="${progressDir}/linksToDestroyFromPrev__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
|---|
| 467 | realDataToDestroyFileFromPrevTry="${progressDir}/realDataToDestroyFromPrev__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
|---|
| 468 | |
|---|
| [1881] | 469 | searchListsToDestroy $output_of_LastInst $listsOfFilesToRemoveFromPrevTry ${inputCmd} |
|---|
| [1880] | 470 | removeFilesInLists $listsOfFilesToRemoveFromPrevTry $removedFilesFromPrevTry $linksToDestroyFileFromPrevTry $realDataToDestroyFileFromPrevTry |
|---|
| 471 | |
|---|
| [1853] | 472 | else |
|---|
| 473 | nextInputCmd_of_LastInst="${progressDir}/nextInputCmd__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.list" |
|---|
| 474 | if [ ! -e $nextInputCmd_of_LastInst ] |
|---|
| 475 | then |
|---|
| 476 | echo "Le fichier suivant :" >> $badFailureFile |
|---|
| 477 | echo "$nextInputCmd_of_LastInst" >> $badFailureFile |
|---|
| 478 | echo "n'existe pas. Il devrait exister. STOP." >> $badFailureFile |
|---|
| 479 | exit 1 |
|---|
| 480 | fi |
|---|
| 481 | cat $nextInputCmd_of_LastInst > ${inputCmd} |
|---|
| 482 | fi |
|---|
| 483 | |
|---|
| 484 | fi |
|---|
| 485 | fi |
|---|
| [1849] | 486 | |
|---|
| [1853] | 487 | # Initialisation du rapport : par defaut, les calculs ont ete interrompus |
|---|
| [1880] | 488 | echo "No report. Le computation must have been interrupted." > $reportFile |
|---|
| [1849] | 489 | |
|---|
| [1853] | 490 | # exit 0 # a virer |
|---|
| [1849] | 491 | |
|---|
| [1853] | 492 | # a virer ######################################### |
|---|
| [1880] | 493 | # if [ ${numNewInstance} -ge 10 ] |
|---|
| 494 | # then |
|---|
| 495 | # echo >> $badFailureFile |
|---|
| 496 | # echo "10eme instance. STOP." >> $badFailureFile |
|---|
| 497 | # exit 1 |
|---|
| 498 | # fi |
|---|
| [1853] | 499 | ################################################### |
|---|
| [1862] | 500 | # startTime=$( getDateMilliSeconds ) # suppr |
|---|
| 501 | # echo "start time:$startTime" >> $timeHandlingFile # suppr |
|---|
| 502 | > $timeEndFile # added |
|---|
| [1849] | 503 | |
|---|
| [1853] | 504 | ccc_mprun ./glost_launch -R $timeLimitBeforeEnd ${inputCmd} 2>${output} |
|---|
| [1882] | 505 | if [ "x$?" != "x0" ] |
|---|
| 506 | then |
|---|
| 507 | echo "Temps limite atteint pour l'essai : ${numCurrentTry}; instance : ${numNewInstance}" >> $badFailureFile |
|---|
| 508 | fi |
|---|
| [1849] | 509 | |
|---|
| [1853] | 510 | ### ccc_mprun ./cmd_launch.exe ${inputCmd} 2>${output} |
|---|
| 511 | |
|---|
| 512 | ### ./cmd_launch.exe ${inputCmd} 2>${output} |
|---|
| 513 | ### ccc_mprun -p standard -n ${BRIDGE_MSUB_NPROC} ./cmd_launch.exe ${inputCmd} 2>myIO/output.log |
|---|
| 514 | ### mpirun -n 4 ./cmd_launch.exe myIO/inputCmd10.list 2>myIO/output.log |
|---|
| 515 | |
|---|
| [1862] | 516 | # meantime=$( getTimeDiffSeconds $startTime ) # suppr |
|---|
| [1849] | 517 | |
|---|
| 518 | endExecutionTime=$( getDateMilliSeconds ) |
|---|
| [1862] | 519 | echo "end time:$endExecutionTime" >> $timeEndFile |
|---|
| [1849] | 520 | |
|---|
| 521 | |
|---|
| [1862] | 522 | |
|---|
| 523 | # echo "meantime ncrcat = $meantime" |
|---|
| 524 | |
|---|
| [1853] | 525 | # exit 0 # a virer |
|---|
| 526 | |
|---|
| 527 | # Gestion des reprises : |
|---|
| 528 | # -------------------- |
|---|
| 529 | |
|---|
| 530 | update_report |
|---|
| 531 | |
|---|
| 532 | update_tasks_list $nextInputCmd $output $inputCmd |
|---|
| 533 | |
|---|
| [1880] | 534 | |
|---|
| 535 | # Verifications sur qq listes (dont le traitement semble correct) : |
|---|
| 536 | # ---------------------------------------------------------------------------------------- |
|---|
| [1869] | 537 | if [ "x${doYouWantCheck}" == "xyes" ] |
|---|
| [1864] | 538 | then |
|---|
| [1869] | 539 | if [ "x${nbListsToCheck}" == "x" ] |
|---|
| 540 | then |
|---|
| 541 | echo "nbre de listes a checker absent" >> $checkFile |
|---|
| 542 | echo "nbre de listes a checker absent" >> $badFailureFile |
|---|
| 543 | exit 1 |
|---|
| 544 | fi |
|---|
| 545 | > $checkFileTmp |
|---|
| 546 | # ensemble des listes concatenees correctement |
|---|
| 547 | set_of_good_lists=`cat $output | grep -e '^#executed by process' | awk '{ if ($9==0){print $12} }' | grep "output_ncrcat" ` |
|---|
| [1864] | 548 | |
|---|
| [1869] | 549 | # envoi des cmds de check dans fichier tmp |
|---|
| 550 | for lst in $set_of_good_lists |
|---|
| 551 | do |
|---|
| 552 | echo "./check_ncrcat_list.sh $lst" >> $checkFileTmp |
|---|
| 553 | done |
|---|
| [1864] | 554 | |
|---|
| [1869] | 555 | # nombre de listes concatenees correctement |
|---|
| 556 | nb_of_good_lists=`cat $checkFileTmp | wc -l ` |
|---|
| [1864] | 557 | |
|---|
| [1869] | 558 | # le nb de listes a checker ne peut exceder le nb de listes disponibles pour le check |
|---|
| 559 | if [ $nbListsToCheck -ge $nb_of_good_lists ] |
|---|
| [1864] | 560 | then |
|---|
| [1869] | 561 | nbListsToCheck=$nb_of_good_lists |
|---|
| [1864] | 562 | fi |
|---|
| [1869] | 563 | nbLstToCheck_tmp=$nbListsToCheck |
|---|
| [1864] | 564 | |
|---|
| [1869] | 565 | while [ $nbLstToCheck_tmp -gt 0 ] |
|---|
| 566 | do |
|---|
| 567 | random_number=$( gives_random_number $nbLstToCheck_tmp ) # nb aleatoire entre 1 et $nbLstToCheck_tmp |
|---|
| 568 | checkCmd=`sed -n "${random_number}p" $checkFileTmp ` |
|---|
| 569 | $checkCmd # on envoie la cmd de check |
|---|
| 570 | resCmd=$? |
|---|
| 571 | if [ "x${resCmd}" != "x0" ] |
|---|
| 572 | then |
|---|
| 573 | echo "$checkCmd ==> not OK ==> stop everything." >> $checkFile |
|---|
| 574 | echo "$checkCmd ==> not OK ==> stop everything." >> $badFailureFile |
|---|
| [1880] | 575 | exit 1 # a retablir |
|---|
| [1869] | 576 | else |
|---|
| 577 | echo "$checkCmd ==> OK" >> $checkFile |
|---|
| 578 | fi |
|---|
| 579 | sed -i "${random_number}d" $checkFileTmp # on retire la cmd qui vient d'etre effectuee du fichier tmp |
|---|
| 580 | nbLstToCheck_tmp=$(( $nbLstToCheck_tmp - 1 )) |
|---|
| 581 | done |
|---|
| [1864] | 582 | |
|---|
| 583 | |
|---|
| [1869] | 584 | rm $checkFileTmp |
|---|
| 585 | fi |
|---|
| [1880] | 586 | # ----- Fin verif ------------------------------------------------------------------------ |
|---|
| [1869] | 587 | |
|---|
| [1880] | 588 | |
|---|
| 589 | # Suppression des données des fichiers de listes correctement traitees ------------------- |
|---|
| 590 | # Recherche des listes de fichiers de donnees a detruire : |
|---|
| 591 | # Parmi celles traitees, celles qui ont ete traitees correctement |
|---|
| 592 | > $listsOfFilesToRemove |
|---|
| 593 | > $removedFiles |
|---|
| 594 | > $linksToDestroyFile |
|---|
| 595 | > $realDataToDestroyFile |
|---|
| 596 | |
|---|
| [1881] | 597 | searchListsToDestroy $output $listsOfFilesToRemove $nextInputCmd |
|---|
| [1880] | 598 | |
|---|
| 599 | removeFilesInLists $listsOfFilesToRemove $removedFiles $linksToDestroyFile $realDataToDestroyFile |
|---|
| 600 | |
|---|
| 601 | |
|---|
| 602 | |
|---|
| 603 | # ----- Fin suppression de donnees ------------------------------------------------------- |
|---|
| 604 | |
|---|
| 605 | # Si le fichier dans variable "noInterruptFile" inexistant, une interruption non prevue a eu lieu |
|---|
| [1853] | 606 | echo "no interruption has occured" > ${noInterruptFile} |
|---|
| 607 | |
|---|
| [1880] | 608 | # exit 0 # a virer |
|---|
| [1864] | 609 | |
|---|
| [1853] | 610 | # Tout s'est bien passe |
|---|
| 611 | # ---------------------- |
|---|
| 612 | everythingOK=`cat $nextInputCmd | wc -l ` |
|---|
| [1864] | 613 | if [ "x${everythingOK}" == "x0" ] |
|---|
| [1853] | 614 | then |
|---|
| 615 | echo "Tout s'est fini correctement" >> $badFailureFile |
|---|
| [1864] | 616 | exit 0 |
|---|
| [1853] | 617 | fi |
|---|
| 618 | |
|---|
| [1880] | 619 | # Y a t il progression entre avant traitements et apres ? |
|---|
| 620 | # ------------------------------------------------------ |
|---|
| [1869] | 621 | # Dans la fonction 'check_progress', on a besoin de verifier le code |
|---|
| 622 | # de retour du traitement des listes : en effet, si les 2 fichiers a comparer |
|---|
| 623 | # contiennent les memes fichiers de liste, il faut aussi que les codes de |
|---|
| 624 | # retour soient != 0. |
|---|
| 625 | file_to_get_lists_retCode=$output |
|---|
| 626 | resDiff=$( check_progress $inputCmd $nextInputCmd $file_to_get_lists_retCode ) |
|---|
| 627 | |
|---|
| [1853] | 628 | # resDiff == 1 : fichiers differents |
|---|
| 629 | # resDiff == 0 : fichiers identiques |
|---|
| 630 | if [ "x${resDiff}" == "x0" ] |
|---|
| 631 | then |
|---|
| 632 | echo "Il n'y pas plus de progression" >> $badFailureFile |
|---|
| 633 | exit 1 |
|---|
| 634 | fi |
|---|
| 635 | |
|---|
| 636 | # On enchaine avec le meme script |
|---|
| [1912] | 637 | ccc_msub ${TMP_MIGR_DATA}/launch_and_measureTime.sh |
|---|
