1 | #!/bin/bash |
---|
2 | |
---|
3 | function update_tasks_list |
---|
4 | { |
---|
5 | local tasksListFile=$1 # fichier contenant la nouvelle liste de cmds |
---|
6 | touch $tasksListFile |
---|
7 | local logFileOfPrevPack=$2 # fichier log de relatif a l'execution de la derniere liste de cmds |
---|
8 | local tasksListFileOfPrevPack=$3 # fichier contenant la derniere liste de cmds |
---|
9 | |
---|
10 | > $tasksListFile |
---|
11 | |
---|
12 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
---|
13 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
---|
14 | for cmdReport in $( cat $logFileOfPrevPack ) |
---|
15 | do |
---|
16 | hasCmdGoodFormat=`echo $cmdReport | grep -e '^#executed by process' | wc -l ` |
---|
17 | if [ "x${hasCmdGoodFormat}" == "x0" ] |
---|
18 | then |
---|
19 | continue |
---|
20 | fi |
---|
21 | |
---|
22 | local resCmd=`echo $cmdReport | awk '{print $9}' ` |
---|
23 | |
---|
24 | if [ "x$resCmd" != "x0" ] |
---|
25 | then |
---|
26 | local cmdToPrint=`echo $cmdReport | awk '{print $NF}' ` |
---|
27 | echo "./process_list.sh $cmdToPrint" >> ${tasksListFile} |
---|
28 | fi |
---|
29 | done |
---|
30 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
---|
31 | |
---|
32 | # Il faut aussi rajouter les cmds qui n'ont pas ete traitees du tout, |
---|
33 | # par exemple en cas d'interruption du calculateur |
---|
34 | # Pour cela, on boucle sur la derniere liste de cmds et on cherche dans le |
---|
35 | # fichier log associe si certaines sont absentes. On remet ces commandes (absentes) |
---|
36 | # dans la nouvelle liste |
---|
37 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
---|
38 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
---|
39 | for cmd in $( cat $tasksListFileOfPrevPack ) |
---|
40 | do |
---|
41 | local list=`echo $cmd | awk '{print $NF}' ` |
---|
42 | hasListBeenTreated=`grep $list $logFileOfPrevPack | wc -l ` |
---|
43 | if [ "x${hasListBeenTreated}" == "x0" ] |
---|
44 | then |
---|
45 | echo $cmd >> ${tasksListFile} |
---|
46 | fi |
---|
47 | |
---|
48 | |
---|
49 | done |
---|
50 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
---|
51 | |
---|
52 | } |
---|
53 | |
---|
54 | function getNumeroOfCurrentTry |
---|
55 | { |
---|
56 | local num_try="1" |
---|
57 | tryNumFile=${USER_OUTPUT_PROGRESS}/numero_current_try.txt |
---|
58 | if [ ! -e $tryNumFile ] |
---|
59 | then |
---|
60 | echo "Le fichier :" >> $badFailureFile |
---|
61 | echo "$tryNumFile" >> $badFailureFile |
---|
62 | echo "doit etre present dans le repertoire :" >> $badFailureFile |
---|
63 | echo "${USER_OUTPUT_PROGRESS}" >> $badFailureFile |
---|
64 | echo "et il doit contenir un numero d'essai" >> $badFailureFile |
---|
65 | exit 1 |
---|
66 | fi |
---|
67 | num_try=`head -n 1 $tryNumFile ` |
---|
68 | echo $num_try |
---|
69 | |
---|
70 | } |
---|
71 | |
---|
72 | function getNumeroOfLastInstance |
---|
73 | { |
---|
74 | local num_instance="0" |
---|
75 | local numTry=$1 |
---|
76 | ici=$PWD |
---|
77 | local progressDirectory="${USER_OUTPUT_PROGRESS}/TRY__${numTry}" |
---|
78 | if [ ! -e $progressDirectory ] |
---|
79 | then |
---|
80 | echo "fonction getNumeroOfLastInstance :" >> $badFailureFile |
---|
81 | echo "Le repertoire :" >> $badFailureFile |
---|
82 | echo "$progressDirectory" >> $badFailureFile |
---|
83 | echo "devrait exister. Il n'existe pas." >> $badFailureFile |
---|
84 | exit 1 |
---|
85 | fi |
---|
86 | cd $progressDirectory |
---|
87 | |
---|
88 | listFiles=`ls | grep -e "inputCmd__try__${numTry}__instance__[[:digit:]]\{1,2\}.list" ` |
---|
89 | for listFile in $listFiles |
---|
90 | do |
---|
91 | num=`echo $listFile | awk -F"__" '{print $NF}' | awk -F"." '{print $1}' ` |
---|
92 | if [ $num -gt $num_instance ] |
---|
93 | then |
---|
94 | num_instance=$num |
---|
95 | fi |
---|
96 | done |
---|
97 | cd $ici |
---|
98 | echo $num_instance |
---|
99 | |
---|
100 | |
---|
101 | } |
---|
102 | |
---|
103 | |
---|
104 | function check_progress |
---|
105 | { |
---|
106 | local file1=$1 |
---|
107 | local file2=$2 |
---|
108 | if [ "x${file1}" == "x" ] || [ "x${file2}" == "x" ] |
---|
109 | then |
---|
110 | echo "check_progress : Le nom d'au moins 1 des 2 fichiers d'entree est vide" >> $badFailureFile |
---|
111 | exit 1 |
---|
112 | fi |
---|
113 | |
---|
114 | if [ ! -e $file1 ] || [ ! -e $file2 ] |
---|
115 | then |
---|
116 | echo "check_progress : au moins un des 2 fichiers suivants n'existe pas :" >> $badFailureFile |
---|
117 | echo "$file1" |
---|
118 | echo "$file2" |
---|
119 | exit 1 |
---|
120 | fi |
---|
121 | local nbLineFile1=`cat $file1 | wc -l ` |
---|
122 | local nbLineFile1=`cat $file2 | wc -l ` |
---|
123 | if [ $nbLineFile1 -ne $nbLineFile1 ] |
---|
124 | then |
---|
125 | echo 1 |
---|
126 | return |
---|
127 | fi |
---|
128 | |
---|
129 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
---|
130 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
---|
131 | for line in $( cat $file1 ) |
---|
132 | do |
---|
133 | # echo $line |
---|
134 | local isLineInFile2=`grep $line $file2 | wc -l ` |
---|
135 | if [ $isLineInFile2 -eq 0 ] |
---|
136 | then |
---|
137 | echo 1 |
---|
138 | return |
---|
139 | fi |
---|
140 | done |
---|
141 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
---|
142 | echo 0 |
---|
143 | } |
---|
144 | |
---|
145 | |
---|
146 | function update_report |
---|
147 | { |
---|
148 | > $reportFile # on vide le fichier rapport |
---|
149 | echo "Execution of tasks :" >> $reportFile |
---|
150 | echo "------------------" >> $reportFile |
---|
151 | cat $inputCmd >> $reportFile |
---|
152 | echo >> $reportFile |
---|
153 | echo "Results of tasks :" >> $reportFile |
---|
154 | echo "----------------" >> $reportFile |
---|
155 | cat $output >> $reportFile |
---|
156 | echo >> $reportFile |
---|
157 | echo >> $reportFile |
---|
158 | |
---|
159 | } |
---|
160 | |
---|
161 | ########## batch directives : begin ########## |
---|
162 | #MSUB -r pack_ipsl # Nom du job |
---|
163 | ### mutable directives ### |
---|
164 | #MSUB -o /ccc/dmfbuf/import_data.2/ccrt/dmnfs12/cont003/bacasable/GUILLAUME/PSEUDO_DMNFS_PROGRESS/zIGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/detailed_pack_output/pack_ipsl_%I.o |
---|
165 | #MSUB -e /ccc/dmfbuf/import_data.2/ccrt/dmnfs12/cont003/bacasable/GUILLAUME/PSEUDO_DMNFS_PROGRESS/zIGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/detailed_pack_output/pack_ipsl_%I.e |
---|
166 | #MSUB -n 4 |
---|
167 | #MSUB -T 900 |
---|
168 | #MSUB -A tgcc0013 |
---|
169 | #MSUB -q standard |
---|
170 | #MSUB -Qos test |
---|
171 | ########## batch directives : end ########## |
---|
172 | |
---|
173 | export JOB_DIR=${LS_SUBCWD:-${PWD}} |
---|
174 | export EXE_DIR=${JOB_DIR} |
---|
175 | source ${EXE_DIR}/DEM_utilities.sh |
---|
176 | |
---|
177 | export badFailureFile=${USER_OUTPUT_PROGRESS}/badFailure.txt |
---|
178 | |
---|
179 | export numCurrentTry=$( getNumeroOfCurrentTry ) |
---|
180 | export progressDir="${USER_OUTPUT_PROGRESS}/TRY__${numCurrentTry}" |
---|
181 | if [ ! -e $progressDir ] |
---|
182 | then |
---|
183 | echo "Le repertoire de suivi :" >> $badFailureFile |
---|
184 | echo "$progressDir" >> $badFailureFile |
---|
185 | echo "n'existe pas. STOP." >> $badFailureFile |
---|
186 | exit 1 |
---|
187 | fi |
---|
188 | export numPrevInstance=$( getNumeroOfLastInstance $numCurrentTry ) |
---|
189 | export numNewInstance=$(( $numPrevInstance + 1 )) |
---|
190 | |
---|
191 | export inputCmd="${progressDir}/inputCmd__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.list" |
---|
192 | export nextInputCmd="${progressDir}/nextInputCmd__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.list" |
---|
193 | export output="${progressDir}/packOutput__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.log" |
---|
194 | export reportFile="${progressDir}/report__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.log" |
---|
195 | |
---|
196 | |
---|
197 | export noInterruptFile="${progressDir}/noInterrupt__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
---|
198 | |
---|
199 | |
---|
200 | # a virer |
---|
201 | #echo "inputCmd=$inputCmd" >> $badFailureFile |
---|
202 | #echo "nextInputCmd=$nextInputCmd" >> $badFailureFile |
---|
203 | #echo "output=$nextInputCmd" >> $badFailureFile |
---|
204 | #echo "reportFile=$nextInputCmd" >> $badFailureFile |
---|
205 | #echo "noInterruptFile=$noInterruptFile" >> $badFailureFile |
---|
206 | |
---|
207 | # exit 0 # a virer |
---|
208 | |
---|
209 | # a virer |
---|
210 | #if [ ${numNewInstance} -ge 4 ] |
---|
211 | #then |
---|
212 | # echo "inputCmd=$inputCmd" >> $badFailureFile |
---|
213 | # echo "nextInputCmd=$nextInputCmd" >> $badFailureFile |
---|
214 | # echo "output=$nextInputCmd" >> $badFailureFile |
---|
215 | # echo "reportFile=$nextInputCmd" >> $badFailureFile |
---|
216 | # echo "noInterruptFile=$noInterruptFile" >> $badFailureFile |
---|
217 | # echo >> $badFailureFile |
---|
218 | #fi |
---|
219 | |
---|
220 | if [ ${numCurrentTry} -le 1 ] && [ ${numNewInstance} -le 1 ] |
---|
221 | then |
---|
222 | # C'est le tout premier essai |
---|
223 | # on construit la liste des taches a effectuer en inventoriant les fichiers *.liste |
---|
224 | # dans les rep contenus dans le fichier "config_card.liste" |
---|
225 | > ${inputCmd} |
---|
226 | for CONFIG in $( awk '{print $1}' ${IGCM_DEM}/config_card.liste ) ; do |
---|
227 | |
---|
228 | PATH_SIMU=$( dirname $CONFIG ) |
---|
229 | # echo "PATH_SIMU=$PATH_SIMU" |
---|
230 | |
---|
231 | setOfListFiles=`find $PATH_SIMU -type f -name "*.list" ` |
---|
232 | for file in $setOfListFiles |
---|
233 | do |
---|
234 | echo "./process_list.sh $file" >> ${inputCmd} |
---|
235 | done |
---|
236 | |
---|
237 | done |
---|
238 | else |
---|
239 | # if try > 1 && inst == 1 ==> construction liste cmd avec fichiers try - 1, derniere instance |
---|
240 | # dans ce dernier cas, gerer une eventuelle interruption au try - 1 |
---|
241 | # if try > 1 && inst > 1 ==> construction liste cmd avec fichiers try, instance precedente |
---|
242 | if [ ${numNewInstance} -ge 2 ] |
---|
243 | then |
---|
244 | nextInputCmd_of_PrevInst="${progressDir}/nextInputCmd__try__${numCurrentTry}__instance__${numPrevInstance}.list" |
---|
245 | if [ ! -e $nextInputCmd_of_PrevInst ] |
---|
246 | then |
---|
247 | echo "Le fichier suivant :" >> $badFailureFile |
---|
248 | echo "$nextInputCmd_of_PrevInst" >> $badFailureFile |
---|
249 | echo "n'existe pas. Il devrait exister. STOP." >> $badFailureFile |
---|
250 | exit 1 |
---|
251 | fi |
---|
252 | cat $nextInputCmd_of_PrevInst > ${inputCmd} |
---|
253 | |
---|
254 | else # numNewInstance == 1 |
---|
255 | numPrevTry=$(( $numCurrentTry - 1 )) |
---|
256 | # echo "numCurrentTry=$numCurrentTry" >> $badFailureFile # a virer |
---|
257 | # echo "numPrevTry=$numPrevTry" >> $badFailureFile # a virer |
---|
258 | # exit 1 # a virer |
---|
259 | numLastInstInstanceInPrevTry=$( getNumeroOfLastInstance $numPrevTry ) |
---|
260 | noInterruptFile="${progressDir}/noInterrupt__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
---|
261 | if [ ! -e $noInterruptFile ] |
---|
262 | then |
---|
263 | # il y a eu interruption non prevue au dernier essai, il faut recomposer la liste des cmds avec les resultats |
---|
264 | # de l'essai precedent, derniere instance |
---|
265 | prevProgressDir="${USER_OUTPUT_PROGRESS}/TRY__${numPrevTry}" |
---|
266 | nextInputCmd_of_LastInst="${prevProgressDir}/nextInputCmd__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.list" |
---|
267 | output_of_LastInst="${prevProgressDir}/packOutput__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.log" |
---|
268 | inputCmd_of_LastInst="${prevProgressDir}/inputCmd__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.list" |
---|
269 | if [ ! -e $output_of_LastInst ] || [ ! -e $inputCmd_of_LastInst ] |
---|
270 | then |
---|
271 | echo "Les fichiers suivants :" >> $badFailureFile |
---|
272 | echo "$output_of_LastInst" >> $badFailureFile |
---|
273 | echo "$inputCmd_of_LastInst" >> $badFailureFile |
---|
274 | echo "n'existent pas. Il devrait exister. STOP." >> $badFailureFile |
---|
275 | exit 1 |
---|
276 | fi |
---|
277 | |
---|
278 | update_tasks_list ${nextInputCmd_of_LastInst} ${output_of_LastInst} ${inputCmd_of_LastInst} |
---|
279 | cat $nextInputCmd_of_LastInst > ${inputCmd} |
---|
280 | else |
---|
281 | nextInputCmd_of_LastInst="${progressDir}/nextInputCmd__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.list" |
---|
282 | if [ ! -e $nextInputCmd_of_LastInst ] |
---|
283 | then |
---|
284 | echo "Le fichier suivant :" >> $badFailureFile |
---|
285 | echo "$nextInputCmd_of_LastInst" >> $badFailureFile |
---|
286 | echo "n'existe pas. Il devrait exister. STOP." >> $badFailureFile |
---|
287 | exit 1 |
---|
288 | fi |
---|
289 | cat $nextInputCmd_of_LastInst > ${inputCmd} |
---|
290 | fi |
---|
291 | |
---|
292 | fi |
---|
293 | fi |
---|
294 | |
---|
295 | # Initialisation du rapport : par defaut, les calculs ont ete interrompus |
---|
296 | echo "No report. Le computation must have interrupted." > $reportFile |
---|
297 | |
---|
298 | # exit 0 # a virer |
---|
299 | |
---|
300 | # a virer ######################################### |
---|
301 | #if [ ${numNewInstance} -ge 4 ] |
---|
302 | #then |
---|
303 | # echo >> $badFailureFile |
---|
304 | # echo "4eme instance. STOP." >> $badFailureFile |
---|
305 | # exit 1 |
---|
306 | #fi |
---|
307 | ################################################### |
---|
308 | # startTime=$( getDateMilliSeconds ) # suppr |
---|
309 | # echo "start time:$startTime" >> $timeHandlingFile # suppr |
---|
310 | > $timeEndFile # added |
---|
311 | |
---|
312 | ccc_mprun ./glost_launch -R $timeLimitBeforeEnd ${inputCmd} 2>${output} |
---|
313 | |
---|
314 | ### ccc_mprun ./cmd_launch.exe ${inputCmd} 2>${output} |
---|
315 | |
---|
316 | ### ./cmd_launch.exe ${inputCmd} 2>${output} |
---|
317 | ### ccc_mprun -p standard -n ${BRIDGE_MSUB_NPROC} ./cmd_launch.exe ${inputCmd} 2>myIO/output.log |
---|
318 | ### mpirun -n 4 ./cmd_launch.exe myIO/inputCmd10.list 2>myIO/output.log |
---|
319 | |
---|
320 | # meantime=$( getTimeDiffSeconds $startTime ) # suppr |
---|
321 | |
---|
322 | endExecutionTime=$( getDateMilliSeconds ) |
---|
323 | echo "end time:$endExecutionTime" >> $timeEndFile |
---|
324 | |
---|
325 | |
---|
326 | |
---|
327 | # echo "meantime ncrcat = $meantime" |
---|
328 | |
---|
329 | # exit 0 # a virer |
---|
330 | |
---|
331 | # Gestion des reprises : |
---|
332 | # -------------------- |
---|
333 | |
---|
334 | update_report |
---|
335 | |
---|
336 | update_tasks_list $nextInputCmd $output $inputCmd |
---|
337 | |
---|
338 | echo "no interruption has occured" > ${noInterruptFile} |
---|
339 | |
---|
340 | # Tout s'est bien passe |
---|
341 | # ---------------------- |
---|
342 | everythingOK=`cat $nextInputCmd | wc -l ` |
---|
343 | if [ "x{everythingOK}" == "x0"] |
---|
344 | then |
---|
345 | echo "Tout s'est fini correctement" >> $badFailureFile |
---|
346 | exit 1 |
---|
347 | fi |
---|
348 | |
---|
349 | # y a t il progression ? |
---|
350 | # ---------------------- |
---|
351 | resDiff=$( check_progress $inputCmd $nextInputCmd ) |
---|
352 | # resDiff == 1 : fichiers differents |
---|
353 | # resDiff == 0 : fichiers identiques |
---|
354 | if [ "x${resDiff}" == "x0" ] |
---|
355 | then |
---|
356 | echo "Il n'y pas plus de progression" >> $badFailureFile |
---|
357 | exit 1 |
---|
358 | fi |
---|
359 | |
---|
360 | # On enchaine avec le meme script |
---|
361 | ccc_msub launch_and_measureTime.sh |
---|