Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/AA_make
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/AA_make	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/AA_make	(revision 349)
@@ -0,0 +1,73 @@
+#- $Id$
+ifneq ($(MAKECMDGOALS),$(shell cat .resol))
+ifneq ($(MAKECMDGOALS),)
+$(shell rm -rf ../../modeles/INCA3/config)
+$(shell rm -f ../../modeles/INCA3/src/INCA_PP/*)
+$(shell rm -rf ../../lib/* )
+endif
+endif
+
+
+all :
+	if [ -s ./.resol ] ; then gmake `cat .resol` ; else gmake AERxLMD9672 ; fi
+
+
+CH4_AERxLMD9672 : libioipsl inca3_lmdz9672_ch4aer
+	echo "CH4_AERxLMD9672" > .resol
+
+CH4xLMD9672 : libioipsl inca3_lmdz9672_ch4
+	echo "CH4xLMD9672" > .resol
+
+NMHCxLMD9672 : libioipsl inca3_lmdz9672_nmhc
+	echo "NMHCxLMD9672" > .resol
+
+NMHC_AERxLMD9672 : libioipsl inca3_lmdz9672_nmhcaer
+	echo "NMHC_AERxLMD9672" > .resol
+
+AERxLMD9672 : libioipsl inca3_lmdz9672_aer
+	echo "AERxLMD9672" > .resol
+
+GESxLMD9672 : libioipsl inca3_lmdz9672_ges
+	echo "GESxLMD9672" > .resol
+
+
+inca3_lmdz9672_aer : 
+	(cd ../../modeles/INCA3; ./inca_fcm -chimie AER -parallel true -m $(FCM_ARCH); cp SIMULATIONS/AER/inca.dat ../../bin/inca.dat ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4;  ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 31 -v false -chimie AER -parallel false -m $(FCM_ARCH) -g reg create_etat0_limit ; cp bin/create_etat0_limit_96x72x19_t31_phylmd_seq.e ../../bin/create_etat0_limit.e ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4;  ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 31 -v false -chimie AER -parallel true -m $(FCM_ARCH) -g reg gcm ; cp bin/gcm_96x72x19_t31_phylmd_para.e ../../bin/gcm.e ; )
+
+
+inca3_lmdz9672_ch4aer :
+	(cd ../../modeles/INCA3; ./inca_fcm -chimie CH4_AER -parallel true -m $(FCM_ARCH); cp SIMULATIONS/CH4_AER/inca.dat ../../bin/inca.dat ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 75 -v false -chimie CH4_AER -parallel false  -m $(FCM_ARCH) -g reg create_etat0_limit ; cp bin/create_etat0_limit_96x72x19_t75_phylmd_seq.e ../../bin/create_etat0_limit.e ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 75 -v false -chimie CH4_AER -parallel true  -m $(FCM_ARCH) -g reg gcm ; cp bin/gcm_96x72x19_t75_phylmd_para.e ../../bin/gcm.e ; )
+
+inca3_lmdz9672_ch4 :
+	(cd ../../modeles/INCA3; ./inca_fcm -chimie CH4 -parallel true -m $(FCM_ARCH); cp SIMULATIONS/CH4/inca.dat ../../bin/inca.dat ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 45 -v false -chimie CH4 -parallel false  -m $(FCM_ARCH) -g reg create_etat0_limit ; cp bin/create_etat0_limit_96x72x19_t45_phylmd_seq.e ../../bin/create_etat0_limit.e ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 45 -v false -chimie CH4 -parallel true  -m $(FCM_ARCH) -g reg gcm ; cp bin/gcm_96x72x19_t45_phylmd_para.e ../../bin/gcm.e ; )
+
+
+inca3_lmdz9672_nmhcaer :
+	(cd ../../modeles/INCA3; ./inca_fcm -chimie NMHC_AER -parallel true -m $(FCM_ARCH); cp SIMULATIONS/NMHC_AER/inca.dat ../../bin/inca.dat ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 119 -v false -chimie NMHC_AER -parallel false  -m $(FCM_ARCH) -g reg create_etat0_limit ; cp bin/create_etat0_limit_96x72x19_t119_phylmd_seq.e ../../bin/create_etat0_limit.e ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 119 -v false -chimie NMHC_AER -parallel true  -m $(FCM_ARCH) -g reg gcm ; cp bin/gcm_96x72x19_t119_phylmd_para.e ../../bin/gcm.e ; )
+
+inca3_lmdz9672_nmhc :
+	(cd ../../modeles/INCA3; ./inca_fcm -chimie NMHC -parallel true -m $(FCM_ARCH); cp SIMULATIONS/NMHC/inca.dat ../../bin/inca.dat ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 89 -v false -chimie NMHC -parallel false  -m $(FCM_ARCH) -g reg create_etat0_limit ; cp bin/create_etat0_limit_96x72x19_t89_phylmd_seq.e ../../bin/create_etat0_limit.e ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 89 -v false -chimie NMHC -parallel true  -m $(FCM_ARCH) -g reg gcm ; cp bin/gcm_96x72x19_t89_phylmd_para.e ../../bin/gcm.e ; )
+
+
+inca3_lmdz9672_ges :
+	(cd ../../modeles/INCA3; ./inca_fcm -chimie GES -parallel true -m $(FCM_ARCH); cp SIMULATIONS/GES/inca.dat ../../bin/inca.dat ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 13 -v false -chimie GES -parallel false  -m $(FCM_ARCH) -g reg create_etat0_limit ; cp bin/create_etat0_limit_96x72x19_t13_phylmd_seq.e ../../bin/create_etat0_limit.e ; )
+	(  cd ../../modeles/LMDZ4; ./makegcm_fcm -d 96x72x19 -t 13 -v false -chimie GES -parallel true  -m $(FCM_ARCH) -g reg gcm ; cp bin/gcm_96x72x19_t13_phylmd_para.e ../../bin/gcm.e ; )
+
+
+
+libioipsl :
+	(cd ../../modeles/IOIPSL/src ; $(M_K) -f Makefile)
+
+inca3 :
+	(cd ../../modeles/INCA3; ./inca_fcm -chimie $(MAKECMDGOALS) -parallel true -m $(FCM_ARCH); ) 
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/AA_make.ldef
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/AA_make.ldef	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/AA_make.ldef	(revision 349)
@@ -0,0 +1,14 @@
+#- $Id$
+#---------------------------------------------------------------------
+#- Creation des elements relatifs a LMDZ4INCA :
+#-      LMDZ4 (lib, executable : gcm.e)
+#-      INCA.2 (lib)
+#-      IOIPSL (lib + modules F90)
+#---------------------------------------------------------------------
+SHELL = /bin/sh
+#---------------------------------------------------------------------
+LIBDIR = ../../../../lib
+BINDIR = ../../../../bin
+MODDIR = $(LIBDIR)
+#---------------------------------------------------------------------
+#-
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/COMP/lmdz.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/COMP/lmdz.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/COMP/lmdz.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,37 @@
+#========================================================================
+#D-- Compatibility -
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+List=	()
+
+[BoundaryFiles]
+List=   (${R_INIT}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/Amip6/amipbc_sst_360x180_${year}.nc, amipbc_sst_1x1.nc), \
+	(${R_INIT}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/Amip6/amipbc_sic_360x180_${year}.nc, amipbc_sic_1x1.nc)
+ListNonDel= (${R_INIT}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/Albedo.nc, .), \
+	(${R_INIT}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/ECDYN.nc, .), \
+	(${R_INIT}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/ECPHY.nc, .), \
+	(${R_INIT}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/Relief.nc, .), \
+	(${R_INIT}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/Rugos.nc, .), \
+	(${R_INIT}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/landiceref.nc, .)
+
+[ParametersFiles]
+List=	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def, gcm.def), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/run.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/traceur.def, .) 
+
+[RestartFiles]
+List=	(start.nc, start.nc, start.nc), \
+	(startphy.nc, startphy.nc,  startphy.nc), \
+	(limit.nc, limit.nc,  limit.nc)
+
+[OutputText]
+List=   (ftrace.out.1.0)
+
+[OutputFiles]
+List=	()
+
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/COMP/lmdz.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,96 @@
+#!/bin/ksh
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Initialize"
+
+    RESOL_ATM=${RESOL}
+
+    ##--Frequency purpose ....
+    ##--  Initialisation  ....
+    OK_instan=n
+    ##-- 
+    OK_journe=n
+    OK_mensuel=n
+
+    case ${config_UserChoices_PeriodLength} in
+	1Y|1y|1M|1m) OK_mensuel=y ;;
+	5D|5d|1D|1d) OK_journe=y ;;
+    esac
+
+    for frequency in ${config_ATM_WriteFrequency} ; do
+	case ${frequency} in
+	    5D|5d|1D|1d) OK_journe=y ;;
+	esac
+    done
+
+    ##--Variables used by LMDZ --
+    PAT_INST=$(     grep 'OK_instan'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_JOUR=$(     grep 'OK_journe'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_MOIS=$(     grep 'OK_mensuel'  ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+
+    PAT_iphysiq=$(  grep 'iphysiq'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_iperiod=$(  grep 'iperiod'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | tail -1)
+    PAT_day_step=$( grep 'day_step'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_ecritphy=$( grep 'ecritphy'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+
+    ##-- This could be define in lmdz.card, inside section [UserChoices]
+    ##-- Otherwise we get the value in *.def
+    iperiod=$(grep iperiod ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}' | tail -1)
+    iphysiq=$(grep iphysiq ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}')
+    # day_step : number of steps per day (multiple of iperiod)
+    (( day_step = 48 * iphysiq ))
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Update"
+
+    ecritphy=${PeriodLengthInDays}
+
+    ##-- Remise ou non a zero de la date initiale de LMDZ pour le fichier run.def
+    if [ ${CumulPeriod} -eq 1 ] ; then
+	RAZ_DATE=1
+    else
+	RAZ_DATE=0
+    fi
+
+    ## Mise en forme du fichier physiq.def
+    sed -e "s/OK_instan=.*/OK_instan=${OK_instan}/"   \
+	-e "s/OK_journe=.*/OK_journe=${OK_journe}/"   \
+	-e "s/OK_mensuel=.*/OK_mensuel=${OK_mensuel}/" \
+	physiq.def > physiq.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv physiq.def.tmp physiq.def
+
+    ## Mise en forme du fichier gcm.def
+    sed  -e "s/${PAT_ecritphy}/ecritphy=${ecritphy}/" \
+	-e "s/${PAT_day_step}/day_step=${day_step}/" \
+	-e "s/${PAT_iperiod}/iperiod=${iperiod}/" \
+	-e "s/${PAT_iphysiq}/iphysiq=${iphysiq}/" \
+	gcm.def > gcm.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv gcm.def.tmp gcm.def
+
+    ## Mise en forme du fichier run.def
+    sed -e "s/_dayref_/${InitDay}/" \
+	-e "s/_anneeref_/${InitYear}/" \
+	-e "s/_nday_/${PeriodLengthInDays}/" \
+	-e "s/_raz_date_/${RAZ_DATE}/" \
+	run.def > run.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv run.def.tmp run.def
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------
+function ATM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE ATM !
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/gcm.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/gcm.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/gcm.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,72 @@
+## $Id: gcm.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+## nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )
+day_step=480
+## periode pour le pas Matsuno (en pas)
+iperiod=5
+## periode de la dissipation (en pas)
+idissip=10
+## choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )
+lstardis=y
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv
+nitergdiv=1
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot
+nitergrot=2
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+niterh=2
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+tetagdiv=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+tetagrot=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad)
+tetatemp=3600.
+## coefficient pour gamdissip                                            
+coefdis=0.
+## choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog)
+purmats=n
+## guide ou pas
+ok_guide=.false.
+## utilisation de restart de la version LMDZ3
+old_restart=
+## avec ou sans physique
+##physic=n
+iflag_phys=1
+## periode de la physique (en pas)
+iphysiq=10
+## frequence (en  jours ) de l'ecriture du fichier histphy               
+ecritphy=1
+##  Cycle diurne  ou non                 
+cycle_diurne=y
+##  Soil Model  ou non               
+soil_model=y
+##  Choix ou non  de  New oliq               
+new_oliq=y
+##  Orodr  ou  non   pour l orographie              
+ok_orodr=y
+##  Orolf  ou  non   pour l orographie              
+ok_orolf=y
+##   Si = .T. ,  lecture du fichier limit avec la bonne annee             
+ok_limitvrai=n
+## Nombre  d'appels des routines de rayonnements ( par jour)
+nbapp_rad=12
+##  Flag  pour la convection (1 pour LMD, 2 pour Tiedtke, 3 KE, 4 KE vect)
+iflag_con=2
+## longitude en degres du centre du zoom
+clon=0.
+## latitude en degres du centre du zoom
+clat=0.
+## facteur de grossissement du zoom,selon longitude
+grossismx=1.0
+## facteur de grossissement du zoom ,selon latitude
+grossismy=1.0
+##  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale
+fxyhypb=y
+## extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomx=0.0
+## extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomy=0.0
+##raideur du zoom en  X
+taux=3.
+##raideur du zoom en  Y
+tauy=3.
+##  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .true. , sinon y = latit.
+ysinus=y  
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/physiq.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/physiq.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/physiq.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,80 @@
+##- $Id: physiq.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+OCEAN=force 
+VEGET=n
+OK_journe=n
+OK_mensuel=y
+OK_instan=n
+if_ebil=0
+#
+# parametres KE
+#
+epmax = .99
+ok_adj_ema = n
+iflag_clw = 1
+# 
+# parametres nuages
+#
+cld_lc_lsc = 0.00026
+cld_lc_con = 0.00026
+cld_tau_lsc = 3600.
+cld_tau_con = 3600.
+ffallv_lsc = 1.
+ffallv_con = 1.
+coef_eva = 0.00002
+reevap_ice = y
+iflag_cldcon = 3
+iflag_pdf = 1
+fact_cldcon = 1.
+#facttemps = 1.e-4
+facttemps = 0.0001
+ok_newmicro = y
+ratqsbas = 0.005
+ratqshaut = 0.33
+rad_froid = 35
+rad_chau1=12
+rad_chau2=11
+#ksta_ter=1.e-7
+ksta_ter=0.0000001
+#
+# parametres outputs
+#
+#niveau de sortie "hf" lev_histhf avec
+# - lev_histhf=3 => defaut
+# - lev_histhf=4 => histhf3d.nc champs 3d niveaux modele
+lev_histhf=3
+#niveau de sortie "day" lev_histday
+# - lev_histday=2 => defaut
+# - lev_histday=3 => + champs 3D => F. Lott
+# - lev_histday=4 => + champs sous-surfaces
+lev_histday=2
+#niveau de sortie "mth" lev_histmth avec
+# - lev_histmth=2 => defaut
+# - lev_histmth=3 => albedo, rugosite sous-surfaces
+# - lev_histmth=4 => champs tendances 3d
+lev_histmth=4
+#
+# parametres climatique
+#
+R_ecc = 0.016715
+R_peri = 102.7
+R_incl = 23.441
+solaire = 1365.
+co2_ppm = 348.
+CH4_ppb = 1650.
+N2O_ppb = 306.
+CFC11_ppt = 280.
+CFC12_ppt = 484.
+#
+# parametres simulateur ISCCP
+#
+top_height = 3
+#overlap = 1, 2 ou 3
+overlap = 3
+#cdmmax
+#cdmmax = 2.5E-3
+cdmmax = 0.0025
+#cdhmax
+#cdhmax = 2.0E-3
+cdhmax = 0.002
+iflag_pbl = 1
+iflag_thermals = 0
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/run.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/run.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/run.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,20 @@
+#
+# $Header: /home/ioipsl/CVSROOT/LMDZ4OR/CLIM_CREATE/PARAM/run.def,v 1.1 2006/12/21 10:17:35 adm Exp $
+#
+INCLUDEDEF=physiq.def
+INCLUDEDEF=gcm.def
+#INCLUDEDEF=orchidee.def
+## Jour de l'etat initial ( = 350  si 20 Decembre ,par expl. ,comme ici )
+dayref=_dayref_
+##  Annee de l'etat  initial (   avec  4  chiffres   )
+anneeref=_anneeref_
+## Nombre de jours d'integration
+nday=_nday_
+## Remise a zero de la date initiale
+raz_date=_raz_date_
+## periode de sortie des variables de controle (en pas)
+iconser=240
+## periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)
+iecri=1
+## periode de stockage fichier histmoy (en jour)
+periodav=1.
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/traceur.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/traceur.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/PARAM/traceur.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,5 @@
+4
+14 14 H2Ov
+10 10 H2Ol
+10 10 RN
+10 10 PB
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/config.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/config.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/CREATE/config.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,76 @@
+#========================================================================
+#D-- Compatibility -
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+#========================================================================
+#D-- UserChoices -
+[UserChoices]
+#============================
+#D-- (<8 chars MAX for JobName)
+JobName=CREATE_L
+LongName='Call for create_etat0_limit for AMIP run.'
+TagName=LMDZINCA
+#============================
+#D-- leap, noleap, 360d
+CalendarType=360d
+#D-- Début et fin de Job
+#D-- "YYYY-MM-DD"
+DateBegin=2000-01-01
+DateEnd=2005-12-30
+#============================
+#D-- 1Y, 1M, 5D, 1D
+PeriodLength=1Y
+#============================
+PeriodNb=50
+
+#========================================================================
+#D-- ListOfComponents -
+[ListOfComponents]
+#D- For each component, Name of component, Tag of component
+ATM= (lmdz, LMDZ4_V3_1)
+
+#========================================================================
+#D-- Executable -
+[Executable]
+Name=create_etat0_limit.e
+#D- For each component, Real name of executable, Name of executable for oasis
+ATM= (create_etat0_limit.e, create_etat0_limit.e)
+
+#========================================================================
+#D-- Restarts -
+[Restarts]
+#D- If you want a GENERAL RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y'
+OverRule=n
+#D- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=
+#D- Define restart simulation name (=> JOB_OS)
+RestartJobName=
+#D- Path Server Group Login (=> PSGL)
+RestartPath=
+# Attention login depend de la machine
+
+#========================================================================
+#D-- ATM -
+[ATM]
+#
+WriteFrequency="1Y"
+# If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read
+Restart= n
+# Last day of the experience used as restart
+RestartDate=
+# Define restart simulation name
+RestartJobName=
+RestartPath=
+# Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=
+
+
+#========================================================================
+#D-- NO Post -
+[Post]
+RebuildFrequency=
+MonitoringFrequency=
+TimeSeriesFrequency=
+SeasonalFrequency=
+#========================================================================
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/inca.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/inca.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/inca.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,54 @@
+#- $Id$
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+List= ()
+	
+	
+
+[BoundaryFiles]
+List=	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF320x160/AN${year}/165_${year}${month}.nc      , u10mec.nc)\
+	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF320x160/AN${year}/166_${year}${month}.nc      , v10mec.nc)\
+	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/u10m_ecmwf_${year}${month}.nc , u10m.nc  )\
+	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/v10m_ecmwf_${year}${month}.nc , v10m.nc  )
+
+ListNonDel= (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/o3clim.nc               ,   o3clim.nc      )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/mozart.nc               ,   mozart.nc      )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/oxydants.nc             ,   oxydants.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/npp.nc                  ,   npp.nc         )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/aircraft.nc             ,   aircraft.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/so4.nc                  ,   so4.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/obs_input.dat		                 ,   obs_input.dat  )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/sflx_lmdz_phy.present.nc,   sflx.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/phototable.dat_V4.2	                 ,   phototable.dat )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/landuse.nc              ,   landuse.nc     )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/rhvlmdz.txt             ,   rhv.dat        )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/wthlmdz.txt             ,   wth.dat	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/clylmdz.txt             ,   cly.dat	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/rhvEC11.09092002.txt	                 ,   rhvEC.txt	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/wthEC11.09092002.txt	                 ,   wthEC.txt	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/clyEC11.09092002.txt	                 ,   clyEC.txt	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/obs_aerinput.prn                         ,   .		    )
+
+[ParametersFiles]
+List=	
+
+[RestartFiles]
+# List restart that have to be saved/restored each loop (file out, saved, and in) :
+List= (precipinsoil.dat, precipinsoil.dat, precipinsoil.dat)
+
+
+
+[OutputText]
+List=  
+# avec la // : out_orchidee_*
+
+[OutputFiles]
+List=	(inca_avgr.nc,      ${R_OUT_CHM_O_M}/${PREFIX}_1M_inca_avgr.nc,      NONE),\
+	(forcage.nc,      ${R_OUT_CHM_O_M}/${PREFIX}_1M_forcage.nc,      NONE)
+#List= ()
+
+
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/inca.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/inca.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/inca.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,40 @@
+#- $Id$
+#!/bin/ksh
+
+#D- Driver du script pour INCA
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Initialize"
+
+    RESOL_CHM=$( echo $RESOL_ATM | awk "-FD" '{print $2}' )
+    echo 'resol chimie', $RESOL_CHM
+    echo "INCA Tag : LMDZ-INCA" ${config_UserChoices_TagName}
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Update"
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE CHM !!!
+#
+#    IGCM_sys_Mkdir ${R_OUT_EXE}
+#    cd ${MODIPSL}
+#    tar cf src_${config_UserChoices_JobName}.tar  modeles
+#    IGCM_sys_Mv src_${config_UserChoices_JobName}.tar ${R_OUT_EXE}/.
+#    cd -
+#
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/lmdz.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/lmdz.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/lmdz.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,41 @@
+#- $Id$
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+# start and startphy are the clim files computed with CLIM_CREATE (create_etat0_limit) job
+List= 	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/start.nc, start.nc) \
+	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/startphy.nc, startphy.nc) \
+	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/precipinsoil.dat, precipinsoil.dat) 
+
+
+[BoundaryFiles]
+List=   () 
+# The first one is the clim limit.nc computed with CLIM_CREATE job
+ListNonDel= (${R_BC}/CHM/LMDZINCA/${RESOL_ATM}/limit.nc, limit.nc)
+
+[ParametersFiles]
+List=	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def, gcm.def), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/run.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/traceur.def, .) 
+
+[RestartFiles]
+List=	(restart.nc, restart.nc, start.nc), \
+	(restartphy.nc, restartphy.nc,  startphy.nc) 
+
+[OutputText]
+List=   ()
+
+
+[OutputFiles]
+#List=	(histmth_0000.nc,      ${R_OUT_ATM_O_M}/${PREFIX}_1M_histmth.nc,      Post_1M_histmth), \
+List=	(histmth_0000.nc,      ${R_OUT_ATM_O_M}/${PREFIX}_1M_histmth.nc,      NONE)	
+
+[Post_1M_histmth]
+Patches = (Patch_20060710_ModifyUnits, Patch_20060710_AddModulo)
+GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, t_ave_02592000)
+MonitoringVars= (bils, nettop, precip, tsol)
+TimeSeriesVars= (bils, cldh, cldl, cldm, cldq, cldt, evap, iwp, lwp, LWdnSFC, LWdnSFCclr, LWupSFCclr, LWdn200, LWdn200clr, LWup200, LWup200clr, nettop, nettop0, precip, prw, pluc, psol, q2m, sens, slp, snow, snow_mass, soll0, soll, sols0, sols, SWdnSFC, SWupSFC, SWup200, SWup200clr, SWdnTOA, SWupTOA, SWdn200, SWdn200clr, SWdnSFCclr, SWupSFCclr, SWupTOAclr, t2m, taux_ter, taux_sic, taux_lic, taux_oce, tauy_ter, tauy_sic, tauy_lic, tauy_oce, lat_ter, lat_sic, lat_lic, lat_oce, topl0, topl, tops0, tops, topsad, topsai, tsol, u10m, u500, uv10m_m, v10m, v500, w500)
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/lmdz.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,104 @@
+#- $Id$
+#!/bin/ksh
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Initialize"
+
+    RESOL_ATM=$( echo $RESOL | awk "-Fx" '{print $2}' )
+
+
+    ##--Frequency purpose ....
+    ##--  Initialisation  ....
+    OK_instan=n
+    ##-- 
+    OK_journe=n
+    OK_mensuel=n
+
+    case ${config_UserChoices_PeriodLength} in
+	1Y|1y|1M|1m) OK_mensuel=y ;;
+	5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+    esac
+
+    for frequency in ${config_ATM_WriteFrequency} ; do
+	case ${frequency} in
+	    5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+	esac
+    done
+
+    ##--Variables used by LMDZ --
+    PAT_INST=$(     grep 'OK_instan'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_JOUR=$(     grep 'OK_journe'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_MOIS=$(     grep 'OK_mensuel'  ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+
+    PAT_iphysiq=$(  grep 'iphysiq'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_iperiod=$(  grep 'iperiod'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | tail -1)
+    PAT_day_step=$( grep 'day_step'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_ecritphy=$( grep 'ecritphy'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+
+    ##-- This could be define in lmdz.card, inside section [UserChoices]
+    ##-- Otherwise we get the value in *.def
+    iperiod=$(grep iperiod ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}' | tail -1)
+    iphysiq=$(grep iphysiq ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}')
+    # day_step : number of steps per day (multiple of iperiod)
+    (( day_step = 48 * iphysiq ))
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Update"
+
+    ecritphy=${PeriodLengthInDays}
+
+    ##-- Remise ou non a zero de la date initiale de LMDZ pour le fichier run.def
+    if [ ${CumulPeriod} -eq 1 ] ; then
+	RAZ_DATE=1
+    else
+	RAZ_DATE=0
+    fi
+
+    ## Mise en forme du fichier physiq.def
+    sed -e "s/OK_instan=.*/OK_instan=${OK_instan}/"   \
+	-e "s/OK_journe=.*/OK_journe=${OK_journe}/"   \
+	-e "s/OK_mensuel=.*/OK_mensuel=${OK_mensuel}/" \
+	physiq.def > physiq.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv physiq.def.tmp physiq.def
+
+    ## Mise en forme du fichier gcm.def
+    sed  -e "s/${PAT_ecritphy}/ecritphy=${ecritphy}/" \
+	-e "s/${PAT_day_step}/day_step=${day_step}/" \
+	-e "s/${PAT_iperiod}/iperiod=${iperiod}/" \
+	-e "s/${PAT_iphysiq}/iphysiq=${iphysiq}/" \
+	gcm.def > gcm.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv gcm.def.tmp gcm.def
+
+    greg_dat=$( IGCM_date_ConvertFormatToGregorian $PeriodDateBegin ) 
+    jul_dat=$( IGCM_date_ConvertGregorianDateToJulian $greg_dat )
+    nbjour=$( expr \( $jul_dat \% 1000 \) ) 
+    yractu=$( expr $greg_dat / 10000  )
+    echo  "dayref = " $nbjour  "year actu = " $yractu
+
+    ## Mise en forme du fichier run.def
+    sed -e "s/_dayref_/${nbjour}/" \
+	-e "s/_anneeref_/${yractu}/" \
+	-e "s/_nday_/${PeriodLengthInDays}/" \
+	-e "s/_raz_date_/${RAZ_DATE}/" \
+	run.def > run.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv run.def.tmp run.def
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------
+function ATM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE ATM !
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/gcm.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/gcm.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/gcm.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,72 @@
+## $Id$
+## nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )
+day_step=480
+## periode pour le pas Matsuno (en pas)
+iperiod=5
+## periode de la dissipation (en pas)
+idissip=10
+## choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )
+lstardis=y
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv
+nitergdiv=1
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot
+nitergrot=2
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+niterh=2
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+tetagdiv=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+tetagrot=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad)
+tetatemp=3600.
+## coefficient pour gamdissip                                            
+coefdis=0.
+## choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog)
+purmats=n
+## guide ou pas
+ok_guide=.false.
+## utilisation de restart de la version LMDZ3
+old_restart=
+## avec ou sans physique
+##physic=n
+iflag_phys=1
+## periode de la physique (en pas)
+iphysiq=10
+## frequence (en  jours ) de l'ecriture du fichier histphy               
+ecritphy=1
+##  Cycle diurne  ou non                 
+cycle_diurne=y
+##  Soil Model  ou non               
+soil_model=y
+##  Choix ou non  de  New oliq               
+new_oliq=y
+##  Orodr  ou  non   pour l orographie              
+ok_orodr=y
+##  Orolf  ou  non   pour l orographie              
+ok_orolf=y
+##   Si = .T. ,  lecture du fichier limit avec la bonne annee             
+ok_limitvrai=n
+## Nombre  d'appels des routines de rayonnements ( par jour)
+nbapp_rad=12
+##  Flag  pour la convection (1 pour LMD, 2 pour Tiedtke, 3 KE, 4 KE vect)
+iflag_con=2
+## longitude en degres du centre du zoom
+clon=0.
+## latitude en degres du centre du zoom
+clat=0.
+## facteur de grossissement du zoom,selon longitude
+grossismx=1.0
+## facteur de grossissement du zoom ,selon latitude
+grossismy=1.0
+##  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale
+fxyhypb=y
+## extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomx=0.0
+## extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomy=0.0
+##raideur du zoom en  X
+taux=3.
+##raideur du zoom en  Y
+tauy=3.
+##  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .true. , sinon y = latit.
+ysinus=y  
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/offline.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/offline.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/offline.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,10 @@
+## $Id$
+T
+4
+T
+-2.
+48.1
+1
+T
+6
+2
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/orchidee.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,44 @@
+## $Id$
+#
+# SECHIBA
+#
+STOMATE_OK_CO2=FALSE
+# STOMATE_OK_STOMATE is not set
+# STOMATE_OK_DGVM is not set
+# STOMATE_WATCHOUT is not set
+#SECHIBA_restart_in=default
+SECHIBA_restart_in=start_sech.nc
+SECHIBA_rest_out=sechiba_rest.nc
+SECHIBA_reset_time=y
+SECHIBA_reset_time is not set
+OUTPUT_FILE=sechiba_out.nc
+WRITE_STEP=2592000
+SECHIBA_HISTLEVEL=10
+STOMATE_OUTPUT_FILE=stomate_history.nc
+STOMATE_HIST_DT=10.
+STOMATE_HISTLEVEL=0
+SECHIBA_DAY=0.0
+SECHIBA_ZCANOP=0.5
+DT_SLOW=86400.
+# IMPOSE_VEG is not set
+VEGETATION_FILE=carteveg5km.nc
+DIFFUCO_LEAFCI=233.
+CONDVEG_SNOWA=default
+# IMPOSE_AZE is not set
+SOILALB_FILE=soils_param.nc
+SOILTYPE_FILE=soils_param.nc 
+ENERBIL_TSURF=280.
+HYDROL_SNOW=0.0
+HYDROL_SNOWAGE=0.0
+HYDROL_SNOWICE=0.0
+HYDROL_SNOWICEAGE=0.0
+HYDROL_HDRY=1.0
+HYDROL_HUMR=1.0
+HYDROL_BQSB=default
+HYDROL_GQSB=0.0
+HYDROL_DSG=0.0
+HYDROL_DSP=default
+HYDROL_QSV=0.0
+THERMOSOIL_TPRO=280.
+RIVER_ROUTING=y
+ROUTING_FILE=routing.nc
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/physiq.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/physiq.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/physiq.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,80 @@
+##- $Id$
+OCEAN=force 
+VEGET=n
+OK_journe=n
+OK_mensuel=y
+OK_instan=n
+if_ebil=0
+#
+# parametres KE
+#
+epmax = .99
+ok_adj_ema = n
+iflag_clw = 1
+# 
+# parametres nuages
+#
+cld_lc_lsc = 0.00026
+cld_lc_con = 0.00026
+cld_tau_lsc = 3600.
+cld_tau_con = 3600.
+ffallv_lsc = 1.
+ffallv_con = 1.
+coef_eva = 0.00002
+reevap_ice = y
+iflag_cldcon = 3
+iflag_pdf = 1
+fact_cldcon = 1.
+#facttemps = 1.e-4
+facttemps = 0.0001
+ok_newmicro = y
+ratqsbas = 0.005
+ratqshaut = 0.33
+rad_froid = 35
+rad_chau1=12
+rad_chau2=11
+#ksta_ter=1.e-7
+ksta_ter=0.0000001
+#
+# parametres outputs
+#
+#niveau de sortie "hf" lev_histhf avec
+# - lev_histhf=3 => defaut
+# - lev_histhf=4 => histhf3d.nc champs 3d niveaux modele
+lev_histhf=3
+#niveau de sortie "day" lev_histday
+# - lev_histday=2 => defaut
+# - lev_histday=3 => + champs 3D => F. Lott
+# - lev_histday=4 => + champs sous-surfaces
+lev_histday=2
+#niveau de sortie "mth" lev_histmth avec
+# - lev_histmth=2 => defaut
+# - lev_histmth=3 => albedo, rugosite sous-surfaces
+# - lev_histmth=4 => champs tendances 3d
+lev_histmth=4
+#
+# parametres climatique
+#
+R_ecc = 0.016715
+R_peri = 102.7
+R_incl = 23.441
+solaire = 1365.
+co2_ppm = 348.
+CH4_ppb = 1650.
+N2O_ppb = 306.
+CFC11_ppt = 280.
+CFC12_ppt = 484.
+#
+# parametres simulateur ISCCP
+#
+top_height = 3
+#overlap = 1, 2 ou 3
+overlap = 3
+#cdmmax
+#cdmmax = 2.5E-3
+cdmmax = 0.0025
+#cdhmax
+#cdhmax = 2.0E-3
+cdhmax = 0.002
+iflag_pbl = 1
+iflag_thermals = 0
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/run.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/run.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/run.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,20 @@
+## $Id$
+INCLUDEDEF=physiq.def
+INCLUDEDEF=gcm.def
+INCLUDEDEF=orchidee.def
+## Jour de l'etat initial ( = 350  si 20 Decembre ,par expl. ,comme ici )
+dayref=_dayref_
+##  Annee de l'etat  initial (   avec  4  chiffres   )
+anneeref=_anneeref_
+## raz_date
+raz_date=_raz_date_
+## Nombre de jours d'integration
+nday=_nday_
+## periode de sortie des variables de controle (en pas)
+iconser= 480
+## periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)
+iecri=10
+## periode de stockage fichier histmoy (en jour)
+periodav=1.
+## unite de sortie des impressions
+lunout=6
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/traceur.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/traceur.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/PARAM/traceur.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,5 @@
+4
+14 14 H2Ov
+10 10 H2Ol
+10 10 RN
+10 10 PB
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/config.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/config.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_AER/config.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,107 @@
+#- $Id$
+#========================================================================
+#D-- Compatibility -
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+#========================================================================
+#D-- UserChoices -
+[UserChoices]
+#============================
+#D-- (<8 chars MAX for JobName)
+JobName=AER_AC00
+LongName='LMDz4INCA with New scripts'
+TagName=LMDZINCA/AER
+#============================
+#D-- leap, noleap, 360d
+CalendarType=360d
+#D-- Début et fin de Job
+#D-- "YYYY-MM-DD"
+DateBegin=2000-01-01
+DateEnd=2000-12-30
+#============================
+#D-- 1Y, 1M, 5D, 1D
+PeriodLength=1M
+#============================
+#-- PBS Class (required on brodie mono/multi)
+#JobClass=mono
+JobClass=multi
+#============================
+#-- Total Number of Processors (minimum is 2 for a coupled configuration)
+#JobNumProcTot=2
+JobNumProcTot=4
+#============================
+#-- Run Options : here for oasis coupling
+JobRunOptions='"-np "${config_UserChoices_JobNumProcTot}'
+#========================================================================
+#D-- ListOfComponents -
+[ListOfComponents]
+#D- For each component, Name of component, Tag of component
+ATM= (lmdz, LMDZ4)
+CHM= (inca, INCA3) 
+
+#========================================================================
+#D-- Executable -
+[Executable]
+Name=gcm.e
+#D- For each component, Real name of executable, Name of executable for oasis
+ATM= (gcm.e, gcm.e)
+CHM= (inca.dat, inca.dat)
+
+#========================================================================
+#D-- Restarts -
+[Restarts]
+#D- If you want a GENERAL RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y'
+OverRule=n
+#D- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=1869-12-30
+#D- Define restart simulation name (=> JOB_OS)
+RestartJobName=CD1
+#D- Path Server Group Login (=> PSGL)
+RestartPath=/dmnfs/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL/
+# Attention login depend de la machine
+
+#========================================================================
+#D-- Post -
+[Post]
+#D- Do we rebuild parallel output, this flag determines
+#D- frequency of rebuild submission
+RebuildFrequency=NONE
+#D- If you want to monitor variables, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+MonitoringFrequency=NONE
+#D- If you want to produce time series, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+TimeSeriesFrequency=1M
+#D- If you want to produce seasonal average, this flag determines
+#D- the period of this average
+SeasonalFrequency=5Y
+
+#========================================================================
+#D-- ATM -
+[ATM]
+#
+WriteFrequency="1M 1D HF"
+# If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read
+Restart=n
+# Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+# Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+# Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
+#D-- CHM -
+[CHM]
+WriteFrequency="1M"
+Restart=n
+#D-- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+#D-- Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+#D-- Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/inca.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/inca.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/inca.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,41 @@
+# $Id: inca.card 73 2007-06-21 14:42:36Z acosce $
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+List= ()
+
+[BoundaryFiles]
+List=	() 
+
+ListNonDel= (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/o3clim.nc               ,   o3clim.nc      )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/mozart.nc               ,   mozart.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/oxydants.nc             ,   oxydants.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/npp.nc	                 ,   npp.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/aircraft.nc             ,   aircraft.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/so4.nc	                 ,   so4.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/obs_input.dat		                 ,   obs_input.dat  )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/phototable.dat_V4.2	                 ,   phototable.dat )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/landuse.nc              ,   landuse.nc     )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/sflx_Present.nc         ,   sflx.nc        ) 
+
+[ParametersFiles]
+List=	
+
+[RestartFiles]
+# List restart that have to be saved/restored each loop (file out, saved, and in) :
+List= (NONE)
+
+
+
+[OutputText]
+List=  
+# avec la // : out_orchidee_*
+
+[OutputFiles]
+List=	(inca_avgr.nc,      ${R_OUT_CHM_O_M}/${PREFIX}_1M_inca_avgr.nc,      NONE)
+#List= ()
+
+
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/inca.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/inca.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/inca.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,40 @@
+#- $Id: inca.driver 119 2007-07-31 13:56:33Z acosce $
+#!/bin/ksh
+
+#D- Driver du script pour INCA
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Initialize"
+
+    RESOL_CHM=$( echo $RESOL_ATM | awk "-FD" '{print $2}' )
+    echo 'resol chimie', $RESOL_CHM
+    echo "INCA Tag : LMDZ-INCA" ${config_UserChoices_TagName}
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Update"
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE CHM !!!
+#
+#    IGCM_sys_Mkdir ${R_OUT_EXE}
+#    cd ${MODIPSL}
+#    tar cf src_${config_UserChoices_JobName}.tar  modeles
+#    IGCM_sys_Mv src_${config_UserChoices_JobName}.tar ${R_OUT_EXE}/.
+#    cd -
+#
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/lmdz.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/lmdz.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/lmdz.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,38 @@
+# $Id: lmdz.card 73 2007-06-21 14:42:36Z acosce $
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+# start and startphy are the clim files computed with CLIM_CREATE (create_etat0_limit) job
+List= 	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/start.nc, start.nc) \
+	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/startphy.nc, startphy.nc)
+
+[BoundaryFiles]
+List=   () 
+# The first one is the clim limit.nc computed with CLIM_CREATE job
+ListNonDel= (${R_BC}/CHM/LMDZINCA/${RESOL_ATM}/limit.nc, limit.nc)
+
+[ParametersFiles]
+List=	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def, gcm.def), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/run.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/traceur.def, .) 
+
+[RestartFiles]
+List=	(restart.nc, restart.nc, start.nc), \
+	(restartphy.nc, restartphy.nc,  startphy.nc)
+
+[OutputText]
+List=   ()
+
+
+[OutputFiles]
+List=	(histmth.nc,      ${R_OUT_ATM_O_M}/${PREFIX}_1M_histmth.nc,      NONE)	
+
+[Post_1M_histmth]
+Patches = (Patch_20060710_ModifyUnits, Patch_20060710_AddModulo)
+GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, t_ave_02592000)
+MonitoringVars= (bils, nettop, precip, tsol)
+TimeSeriesVars= (bils, cldh, cldl, cldm, cldq, cldt, evap, iwp, lwp, LWdnSFC, LWdnSFCclr, LWupSFCclr, LWdn200, LWdn200clr, LWup200, LWup200clr, nettop, nettop0, precip, prw, pluc, psol, q2m, sens, slp, snow, snow_mass, soll0, soll, sols0, sols, SWdnSFC, SWupSFC, SWup200, SWup200clr, SWdnTOA, SWupTOA, SWdn200, SWdn200clr, SWdnSFCclr, SWupSFCclr, SWupTOAclr, t2m, taux_ter, taux_sic, taux_lic, taux_oce, tauy_ter, tauy_sic, tauy_lic, tauy_oce, lat_ter, lat_sic, lat_lic, lat_oce, topl0, topl, tops0, tops, topsad, topsai, tsol, u10m, u500, uv10m_m, v10m, v500, w500)
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/lmdz.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,104 @@
+#- $Id: lmdz.driver 119 2007-07-31 13:56:33Z acosce $
+#!/bin/ksh
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Initialize"
+
+    RESOL_ATM=$( echo $RESOL | awk "-Fx" '{print $2}' )
+
+
+    ##--Frequency purpose ....
+    ##--  Initialisation  ....
+    OK_instan=n
+    ##-- 
+    OK_journe=n
+    OK_mensuel=n
+
+    case ${config_UserChoices_PeriodLength} in
+	1Y|1y|1M|1m) OK_mensuel=y ;;
+	5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+    esac
+
+    for frequency in ${config_ATM_WriteFrequency} ; do
+	case ${frequency} in
+	    5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+	esac
+    done
+
+    ##--Variables used by LMDZ --
+    PAT_INST=$(     grep 'OK_instan'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_JOUR=$(     grep 'OK_journe'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_MOIS=$(     grep 'OK_mensuel'  ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+
+    PAT_iphysiq=$(  grep 'iphysiq'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_iperiod=$(  grep 'iperiod'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | tail -1)
+    PAT_day_step=$( grep 'day_step'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_ecritphy=$( grep 'ecritphy'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+
+    ##-- This could be define in lmdz.card, inside section [UserChoices]
+    ##-- Otherwise we get the value in *.def
+    iperiod=$(grep iperiod ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}' | tail -1)
+    iphysiq=$(grep iphysiq ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}')
+    # day_step : number of steps per day (multiple of iperiod)
+    (( day_step = 48 * iphysiq ))
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Update"
+
+    ecritphy=${PeriodLengthInDays}
+
+    ##-- Remise ou non a zero de la date initiale de LMDZ pour le fichier run.def
+    if [ ${CumulPeriod} -eq 1 ] ; then
+	RAZ_DATE=1
+    else
+	RAZ_DATE=0
+    fi
+
+    ## Mise en forme du fichier physiq.def
+    sed -e "s/OK_instan=.*/OK_instan=${OK_instan}/"   \
+	-e "s/OK_journe=.*/OK_journe=${OK_journe}/"   \
+	-e "s/OK_mensuel=.*/OK_mensuel=${OK_mensuel}/" \
+	physiq.def > physiq.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv physiq.def.tmp physiq.def
+
+    ## Mise en forme du fichier gcm.def
+    sed  -e "s/${PAT_ecritphy}/ecritphy=${ecritphy}/" \
+	-e "s/${PAT_day_step}/day_step=${day_step}/" \
+	-e "s/${PAT_iperiod}/iperiod=${iperiod}/" \
+	-e "s/${PAT_iphysiq}/iphysiq=${iphysiq}/" \
+	gcm.def > gcm.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv gcm.def.tmp gcm.def
+
+    greg_dat=$( IGCM_date_ConvertFormatToGregorian $PeriodDateBegin ) 
+    jul_dat=$( IGCM_date_ConvertGregorianDateToJulian $greg_dat )
+    nbjour=$( expr \( $jul_dat \% 1000 \) ) 
+    yractu=$( expr $greg_dat / 10000  )
+    echo  "dayref = " $nbjour  "year actu = " $yractu
+
+    ## Mise en forme du fichier run.def
+    sed -e "s/_dayref_/${nbjour}/" \
+	-e "s/_anneeref_/${yractu}/" \
+	-e "s/_nday_/${PeriodLengthInDays}/" \
+	-e "s/_raz_date_/${RAZ_DATE}/" \
+	run.def > run.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv run.def.tmp run.def
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------
+function ATM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE ATM !
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/gcm.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/gcm.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/gcm.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,74 @@
+## $Id: gcm.def 74 2007-06-21 14:46:35Z acosce $
+## nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )
+day_step=480
+## periode pour le pas Matsuno (en pas)
+iperiod=5
+## periode de la dissipation (en pas)
+idissip=10
+## choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )
+lstardis=y
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv
+nitergdiv=1
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot
+nitergrot=2
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+niterh=2
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+tetagdiv=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+tetagrot=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad)
+tetatemp=3600.
+## coefficient pour gamdissip                                            
+coefdis=0.
+## choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog)
+purmats=n
+## guide ou pas
+ok_guide=.false.
+## utilisation de restart de la version LMDZ3
+old_restart=
+## avec ou sans physique
+##physic=n
+iflag_phys=1
+## periode de la physique (en pas)
+iphysiq=10
+## frequence (en  jours ) de l'ecriture du fichier histphy               
+ecritphy=1
+## frequence (en jours) de l'ecriture du fichier histmth
+ecrit_mth=1
+##  Cycle diurne  ou non                 
+cycle_diurne=y
+##  Soil Model  ou non               
+soil_model=y
+##  Choix ou non  de  New oliq               
+new_oliq=y
+##  Orodr  ou  non   pour l orographie              
+ok_orodr=y
+##  Orolf  ou  non   pour l orographie              
+ok_orolf=y
+##   Si = .T. ,  lecture du fichier limit avec la bonne annee             
+ok_limitvrai=n
+## Nombre  d'appels des routines de rayonnements ( par jour)
+nbapp_rad=12
+##  Flag  pour la convection (1 pour LMD, 2 pour Tiedtke, 3 KE, 4 KE vect)
+iflag_con=2
+## longitude en degres du centre du zoom
+clon=0.
+## latitude en degres du centre du zoom
+clat=0.
+## facteur de grossissement du zoom,selon longitude
+grossismx=1.0
+## facteur de grossissement du zoom ,selon latitude
+grossismy=1.0
+##  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale
+fxyhypb=y
+## extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomx=0.0
+## extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomy=0.0
+##raideur du zoom en  X
+taux=3.
+##raideur du zoom en  Y
+tauy=3.
+##  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .true. , sinon y = latit.
+ysinus=y  
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/offline.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/offline.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/offline.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,10 @@
+## $Id: offline.def 74 2007-06-21 14:46:35Z acosce $
+T
+4
+T
+-2.
+48.1
+1
+T
+6
+2
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/orchidee.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,44 @@
+## $Id: orchidee.def 74 2007-06-21 14:46:35Z acosce $
+#
+# SECHIBA
+#
+STOMATE_OK_CO2=FALSE
+# STOMATE_OK_STOMATE is not set
+# STOMATE_OK_DGVM is not set
+# STOMATE_WATCHOUT is not set
+#SECHIBA_restart_in=default
+SECHIBA_restart_in=start_sech.nc
+SECHIBA_rest_out=sechiba_rest.nc
+SECHIBA_reset_time=y
+SECHIBA_reset_time is not set
+OUTPUT_FILE=sechiba_out.nc
+WRITE_STEP=2592000
+SECHIBA_HISTLEVEL=10
+STOMATE_OUTPUT_FILE=stomate_history.nc
+STOMATE_HIST_DT=10.
+STOMATE_HISTLEVEL=0
+SECHIBA_DAY=0.0
+SECHIBA_ZCANOP=0.5
+DT_SLOW=86400.
+# IMPOSE_VEG is not set
+VEGETATION_FILE=carteveg5km.nc
+DIFFUCO_LEAFCI=233.
+CONDVEG_SNOWA=default
+# IMPOSE_AZE is not set
+SOILALB_FILE=soils_param.nc
+SOILTYPE_FILE=soils_param.nc 
+ENERBIL_TSURF=280.
+HYDROL_SNOW=0.0
+HYDROL_SNOWAGE=0.0
+HYDROL_SNOWICE=0.0
+HYDROL_SNOWICEAGE=0.0
+HYDROL_HDRY=1.0
+HYDROL_HUMR=1.0
+HYDROL_BQSB=default
+HYDROL_GQSB=0.0
+HYDROL_DSG=0.0
+HYDROL_DSP=default
+HYDROL_QSV=0.0
+THERMOSOIL_TPRO=280.
+RIVER_ROUTING=y
+ROUTING_FILE=routing.nc
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/physiq.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/physiq.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/physiq.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,80 @@
+## $Id: physiq.def 74 2007-06-21 14:46:35Z acosce $
+OCEAN=force 
+VEGET=n
+OK_journe=n
+OK_mensuel=y
+OK_instan=n
+if_ebil=0
+#
+# parametres KE
+#
+epmax = .99
+ok_adj_ema = n
+iflag_clw = 1
+# 
+# parametres nuages
+#
+cld_lc_lsc = 0.00026
+cld_lc_con = 0.00026
+cld_tau_lsc = 3600.
+cld_tau_con = 3600.
+ffallv_lsc = 1.
+ffallv_con = 1.
+coef_eva = 0.00002
+reevap_ice = y
+iflag_cldcon = -1
+iflag_pdf = 1
+fact_cldcon = 1.
+#facttemps = 1.e-4
+facttemps = 0.0001
+ok_newmicro = y
+ratqsbas = 0.005
+ratqshaut = 0.33
+rad_froid = 35
+rad_chau1=12
+rad_chau2=11
+#ksta_ter=1.e-7
+ksta_ter=0.0000001
+#
+# parametres outputs
+#
+#niveau de sortie "hf" lev_histhf avec
+# - lev_histhf=3 => defaut
+# - lev_histhf=4 => histhf3d.nc champs 3d niveaux modele
+lev_histhf=3
+#niveau de sortie "day" lev_histday
+# - lev_histday=2 => defaut
+# - lev_histday=3 => + champs 3D => F. Lott
+# - lev_histday=4 => + champs sous-surfaces
+lev_histday=2
+#niveau de sortie "mth" lev_histmth avec
+# - lev_histmth=2 => defaut
+# - lev_histmth=3 => albedo, rugosite sous-surfaces
+# - lev_histmth=4 => champs tendances 3d
+lev_histmth=4
+#
+# parametres climatique
+#
+R_ecc = 0.016715
+R_peri = 102.7
+R_incl = 23.441
+solaire = 1365.
+co2_ppm = 348.
+CH4_ppb = 1650.
+N2O_ppb = 306.
+CFC11_ppt = 280.
+CFC12_ppt = 484.
+#
+# parametres simulateur ISCCP
+#
+top_height = 3
+#overlap = 1, 2 ou 3
+overlap = 3
+#cdmmax
+#cdmmax = 2.5E-3
+cdmmax = 0.0025
+#cdhmax
+#cdhmax = 2.0E-3
+cdhmax = 0.002
+iflag_pbl = 1
+iflag_thermals = 0
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/run.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/run.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/run.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,20 @@
+## $Id: run.def 74 2007-06-21 14:46:35Z acosce $
+INCLUDEDEF=physiq.def
+INCLUDEDEF=gcm.def
+INCLUDEDEF=orchidee.def
+## Jour de l'etat initial ( = 350  si 20 Decembre ,par expl. ,comme ici )
+dayref=_dayref_
+##  Annee de l'etat  initial (   avec  4  chiffres   )
+anneeref=_anneeref_
+## raz_date
+raz_date=_raz_date_
+## Nombre de jours d'integration
+nday=_nday_
+## periode de sortie des variables de controle (en pas)
+iconser= 480
+## periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)
+iecri=10
+## periode de stockage fichier histmoy (en jour)
+periodav=1.
+## unite de sortie des impressions
+lunout=6
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/traceur.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/traceur.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/PARAM/traceur.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,5 @@
+4
+14 14 H2Ov
+10 10 H2Ol
+10 10 RN
+10 10 PB
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/config.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/config.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4/config.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,107 @@
+# $Id: config.card 72 2007-06-21 14:40:18Z acosce $
+#========================================================================
+#D-- Compatibility -
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+#========================================================================
+#D-- UserChoices -
+[UserChoices]
+#============================
+#D-- (<8 chars MAX for JobName)
+JobName=CH4_AC00
+LongName='LMDz4INCA with New scripts'
+TagName=LMDZINCA/CH4
+#============================
+#D-- leap, noleap, 360d
+CalendarType=360d
+#D-- Début et fin de Job
+#D-- "YYYY-MM-DD"
+DateBegin=2000-01-01
+DateEnd=2000-12-30
+#============================
+#D-- 1Y, 1M, 5D, 1D
+PeriodLength=1M
+#============================
+#-- PBS Class (required on brodie mono/multi)
+#JobClass=mono
+JobClass=multi
+#============================
+#-- Total Number of Processors (minimum is 2 for a coupled configuration)
+#JobNumProcTot=2
+JobNumProcTot=4
+#============================
+#-- Run Options : here for oasis coupling
+JobRunOptions='"-np "${config_UserChoices_JobNumProcTot}'
+#========================================================================
+#D-- ListOfComponents -
+[ListOfComponents]
+#D- For each component, Name of component, Tag of component
+ATM= (lmdz, LMDZ4)
+CHM= (inca, INCA3) 
+
+#========================================================================
+#D-- Executable -
+[Executable]
+Name=gcm.e
+#D- For each component, Real name of executable, Name of executable for oasis
+ATM= (gcm.e, gcm.e)
+CHM= (inca.dat, inca.dat)
+
+#========================================================================
+#D-- Restarts -
+[Restarts]
+#D- If you want a GENERAL RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y'
+OverRule=n
+#D- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=1869-12-30
+#D- Define restart simulation name (=> JOB_OS)
+RestartJobName=CD1
+#D- Path Server Group Login (=> PSGL)
+RestartPath=/dmnfs/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL/
+# Attention login depend de la machine
+
+#========================================================================
+#D-- Post -
+[Post]
+#D- Do we rebuild parallel output, this flag determines
+#D- frequency of rebuild submission
+RebuildFrequency=NONE
+#D- If you want to monitor variables, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+MonitoringFrequency=NONE
+#D- If you want to produce time series, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+TimeSeriesFrequency=1M
+#D- If you want to produce seasonal average, this flag determines
+#D- the period of this average
+SeasonalFrequency=5Y
+
+#========================================================================
+#D-- ATM -
+[ATM]
+#
+WriteFrequency="1M 1D HF"
+# If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read
+Restart= n
+# Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+# Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+# Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
+#D-- CHM -
+[CHM]
+WriteFrequency="1M"
+Restart=n
+#D-- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+#D-- Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+#D-- Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/inca.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/inca.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/inca.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,54 @@
+# $Id$
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+ 
+[InitialStateFiles]
+List= ()
+	
+	
+
+[BoundaryFiles]
+List=	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF320x160/AN${year}/165_${year}${month}.nc      , u10mec.nc)\
+	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF320x160/AN${year}/166_${year}${month}.nc      , v10mec.nc)\
+	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/u10m_ecmwf_${year}${month}.nc , u10m.nc  )\
+	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/v10m_ecmwf_${year}${month}.nc , v10m.nc  )
+
+ListNonDel= (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/o3clim.nc           ,   o3clim.nc      )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/mozart.nc           ,   mozart.nc	)\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/oxydants.nc         ,   oxydants.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/npp.nc	             ,   npp.nc	        )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/aircraft.nc         ,   aircraft.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/so4.nc	             ,   so4.nc	        )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/obs_input.dat		             ,   obs_input.dat  )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/sflx_lmdz_phy.present.nc,   sflx.nc	)\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/phototable.dat_V4.2	             ,   phototable.dat )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/landuse.nc          ,   landuse.nc     )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/rhvlmdz.txt         ,	 rhv.dat        )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/wthlmdz.txt         ,   wth.dat	)\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/clylmdz.txt         ,	 cly.dat	)\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/rhvEC11.09092002.txt	             ,   rhvEC.txt	)\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/wthEC11.09092002.txt	             ,   wthEC.txt	)\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/clyEC11.09092002.txt	             ,   clyEC.txt	)\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/obs_aerinput.prn                     ,   .		)
+
+[ParametersFiles]
+List=	
+
+[RestartFiles]
+# List restart that have to be saved/restored each loop (file out, saved, and in) :
+List= (precipinsoil.dat, precipinsoil.dat, precipinsoil.dat)
+
+
+
+[OutputText]
+List=  
+# avec la // : out_orchidee_*
+
+[OutputFiles]
+List=	(inca_avgr.nc,      ${R_OUT_CHM_O_M}/${PREFIX}_1M_inca_avgr.nc,      NONE),\
+	(forcage.nc,      ${R_OUT_CHM_O_M}/${PREFIX}_1M_forcage.nc,      NONE)
+#List= ()
+
+
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/inca.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/inca.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/inca.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,40 @@
+#- $Id$
+#!/bin/ksh
+
+#D- Driver du script pour INCA
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Initialize"
+
+    RESOL_CHM=$( echo $RESOL_ATM | awk "-FD" '{print $2}' )
+    echo 'resol chimie', $RESOL_CHM
+    echo "INCA Tag : LMDZ-INCA" ${config_UserChoices_TagName}
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Update"
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE CHM !!!
+#
+#    IGCM_sys_Mkdir ${R_OUT_EXE}
+#    cd ${MODIPSL}
+#    tar cf src_${config_UserChoices_JobName}.tar  modeles
+#    IGCM_sys_Mv src_${config_UserChoices_JobName}.tar ${R_OUT_EXE}/.
+#    cd -
+#
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/lmdz.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/lmdz.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/lmdz.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,39 @@
+# $Id$
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+# start and startphy are the clim files computed with CLIM_CREATE (create_etat0_limit) job
+List= 	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/start.nc, start.nc) \
+	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/startphy.nc, startphy.nc)\
+	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/precipinsoil.dat, precipinsoil.dat)
+
+[BoundaryFiles]
+List=   () 
+# The first one is the clim limit.nc computed with CLIM_CREATE job
+ListNonDel= (${R_BC}/CHM/LMDZINCA/${RESOL_ATM}/limit.nc, limit.nc)
+
+[ParametersFiles]
+List=	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def, gcm.def), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/run.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/traceur.def, .) 
+
+[RestartFiles]
+List=	(restart.nc, restart.nc, start.nc), \
+	(restartphy.nc, restartphy.nc,  startphy.nc)
+
+[OutputText]
+List=   ()
+
+
+[OutputFiles]
+List=	(histmth.nc,      ${R_OUT_ATM_O_M}/${PREFIX}_1M_histmth.nc,      NONE)	
+
+[Post_1M_histmth]
+Patches = (Patch_20060710_ModifyUnits, Patch_20060710_AddModulo)
+GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, t_ave_02592000)
+MonitoringVars= (bils, nettop, precip, tsol)
+TimeSeriesVars= (bils, cldh, cldl, cldm, cldq, cldt, evap, iwp, lwp, LWdnSFC, LWdnSFCclr, LWupSFCclr, LWdn200, LWdn200clr, LWup200, LWup200clr, nettop, nettop0, precip, prw, pluc, psol, q2m, sens, slp, snow, snow_mass, soll0, soll, sols0, sols, SWdnSFC, SWupSFC, SWup200, SWup200clr, SWdnTOA, SWupTOA, SWdn200, SWdn200clr, SWdnSFCclr, SWupSFCclr, SWupTOAclr, t2m, taux_ter, taux_sic, taux_lic, taux_oce, tauy_ter, tauy_sic, tauy_lic, tauy_oce, lat_ter, lat_sic, lat_lic, lat_oce, topl0, topl, tops0, tops, topsad, topsai, tsol, u10m, u500, uv10m_m, v10m, v500, w500)
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/lmdz.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,103 @@
+#- $Id$
+#!/bin/ksh
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Initialize"
+
+    RESOL_ATM=$( echo $RESOL | awk "-Fx" '{print $2}' )
+
+
+    ##--Frequency purpose ....
+    ##--  Initialisation  ....
+    OK_instan=n
+    ##-- 
+    OK_journe=n
+    OK_mensuel=n
+
+    case ${config_UserChoices_PeriodLength} in
+	1Y|1y|1M|1m) OK_mensuel=y ;;
+	5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+    esac
+
+    for frequency in ${config_ATM_WriteFrequency} ; do
+	case ${frequency} in
+	    5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+	esac
+    done
+
+    ##--Variables used by LMDZ --
+    PAT_INST=$(     grep 'OK_instan'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_JOUR=$(     grep 'OK_journe'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_MOIS=$(     grep 'OK_mensuel'  ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+
+    PAT_iphysiq=$(  grep 'iphysiq'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_iperiod=$(  grep 'iperiod'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | tail -1)
+    PAT_day_step=$( grep 'day_step'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_ecritphy=$( grep 'ecritphy'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+
+    ##-- This could be define in lmdz.card, inside section [UserChoices]
+    ##-- Otherwise we get the value in *.def
+    iperiod=$(grep iperiod ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}' | tail -1)
+    iphysiq=$(grep iphysiq ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}')
+    # day_step : number of steps per day (multiple of iperiod)
+    (( day_step = 48 * iphysiq ))
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Update"
+
+    ecritphy=${PeriodLengthInDays}
+
+    ##-- Remise ou non a zero de la date initiale de LMDZ pour le fichier run.def
+    if [ ${CumulPeriod} -eq 1 ] ; then
+	RAZ_DATE=1
+    else
+	RAZ_DATE=0
+    fi
+
+    ## Mise en forme du fichier physiq.def
+    sed -e "s/OK_instan=.*/OK_instan=${OK_instan}/"   \
+	-e "s/OK_journe=.*/OK_journe=${OK_journe}/"   \
+	-e "s/OK_mensuel=.*/OK_mensuel=${OK_mensuel}/" \
+	physiq.def > physiq.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv physiq.def.tmp physiq.def
+
+    ## Mise en forme du fichier gcm.def
+    sed  -e "s/${PAT_ecritphy}/ecritphy=${ecritphy}/" \
+	-e "s/${PAT_day_step}/day_step=${day_step}/" \
+	-e "s/${PAT_iperiod}/iperiod=${iperiod}/" \
+	-e "s/${PAT_iphysiq}/iphysiq=${iphysiq}/" \
+	gcm.def > gcm.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv gcm.def.tmp gcm.def
+
+    greg_dat=$( IGCM_date_ConvertFormatToGregorian $PeriodDateBegin ) 
+    jul_dat=$( IGCM_date_ConvertGregorianDateToJulian $greg_dat )
+    nbjour=$( expr \( $jul_dat \% 1000 \) ) 
+    yractu=$( expr $greg_dat / 10000  )
+    echo  "dayref = " $nbjour  "year actu = " $yractu
+
+    ## Mise en forme du fichier run.def
+    sed -e "s/_dayref_/${nbjour}/" \
+	-e "s/_anneeref_/${yractu}/" \
+	-e "s/_nday_/${PeriodLengthInDays}/" \
+	-e "s/_raz_date_/${RAZ_DATE}/" \
+	run.def > run.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv run.def.tmp run.def
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------
+function ATM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE ATM !
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/gcm.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/gcm.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/gcm.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,74 @@
+## $Id$
+## nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )
+day_step=480
+## periode pour le pas Matsuno (en pas)
+iperiod=5
+## periode de la dissipation (en pas)
+idissip=10
+## choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )
+lstardis=y
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv
+nitergdiv=1
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot
+nitergrot=2
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+niterh=2
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+tetagdiv=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+tetagrot=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad)
+tetatemp=3600.
+## coefficient pour gamdissip                                            
+coefdis=0.
+## choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog)
+purmats=n
+## guide ou pas
+ok_guide=.false.
+## utilisation de restart de la version LMDZ3
+old_restart=
+## avec ou sans physique
+##physic=n
+iflag_phys=1
+## periode de la physique (en pas)
+iphysiq=10
+## frequence (en  jours ) de l'ecriture du fichier histphy               
+ecritphy=1
+## frequence (en jours) de l'ecriture du fichier histmth
+ecrit_mth=1
+##  Cycle diurne  ou non                 
+cycle_diurne=y
+##  Soil Model  ou non               
+soil_model=y
+##  Choix ou non  de  New oliq               
+new_oliq=y
+##  Orodr  ou  non   pour l orographie              
+ok_orodr=y
+##  Orolf  ou  non   pour l orographie              
+ok_orolf=y
+##   Si = .T. ,  lecture du fichier limit avec la bonne annee             
+ok_limitvrai=n
+## Nombre  d'appels des routines de rayonnements ( par jour)
+nbapp_rad=12
+##  Flag  pour la convection (1 pour LMD, 2 pour Tiedtke, 3 KE, 4 KE vect)
+iflag_con=2
+## longitude en degres du centre du zoom
+clon=0.
+## latitude en degres du centre du zoom
+clat=0.
+## facteur de grossissement du zoom,selon longitude
+grossismx=1.0
+## facteur de grossissement du zoom ,selon latitude
+grossismy=1.0
+##  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale
+fxyhypb=y
+## extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomx=0.0
+## extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomy=0.0
+##raideur du zoom en  X
+taux=3.
+##raideur du zoom en  Y
+tauy=3.
+##  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .true. , sinon y = latit.
+ysinus=y  
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/offline.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/offline.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/offline.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,10 @@
+## $Id$
+T
+4
+T
+-2.
+48.1
+1
+T
+6
+2
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/orchidee.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,44 @@
+## $Id$
+#
+# SECHIBA
+#
+STOMATE_OK_CO2=FALSE
+# STOMATE_OK_STOMATE is not set
+# STOMATE_OK_DGVM is not set
+# STOMATE_WATCHOUT is not set
+#SECHIBA_restart_in=default
+SECHIBA_restart_in=start_sech.nc
+SECHIBA_rest_out=sechiba_rest.nc
+SECHIBA_reset_time=y
+SECHIBA_reset_time is not set
+OUTPUT_FILE=sechiba_out.nc
+WRITE_STEP=2592000
+SECHIBA_HISTLEVEL=10
+STOMATE_OUTPUT_FILE=stomate_history.nc
+STOMATE_HIST_DT=10.
+STOMATE_HISTLEVEL=0
+SECHIBA_DAY=0.0
+SECHIBA_ZCANOP=0.5
+DT_SLOW=86400.
+# IMPOSE_VEG is not set
+VEGETATION_FILE=carteveg5km.nc
+DIFFUCO_LEAFCI=233.
+CONDVEG_SNOWA=default
+# IMPOSE_AZE is not set
+SOILALB_FILE=soils_param.nc
+SOILTYPE_FILE=soils_param.nc 
+ENERBIL_TSURF=280.
+HYDROL_SNOW=0.0
+HYDROL_SNOWAGE=0.0
+HYDROL_SNOWICE=0.0
+HYDROL_SNOWICEAGE=0.0
+HYDROL_HDRY=1.0
+HYDROL_HUMR=1.0
+HYDROL_BQSB=default
+HYDROL_GQSB=0.0
+HYDROL_DSG=0.0
+HYDROL_DSP=default
+HYDROL_QSV=0.0
+THERMOSOIL_TPRO=280.
+RIVER_ROUTING=y
+ROUTING_FILE=routing.nc
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/physiq.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/physiq.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/physiq.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,80 @@
+## $Id$
+OCEAN=force 
+VEGET=n
+OK_journe=n
+OK_mensuel=y
+OK_instan=n
+if_ebil=0
+#
+# parametres KE
+#
+epmax = .99
+ok_adj_ema = n
+iflag_clw = 1
+# 
+# parametres nuages
+#
+cld_lc_lsc = 0.00026
+cld_lc_con = 0.00026
+cld_tau_lsc = 3600.
+cld_tau_con = 3600.
+ffallv_lsc = 1.
+ffallv_con = 1.
+coef_eva = 0.00002
+reevap_ice = y
+iflag_cldcon = -1
+iflag_pdf = 1
+fact_cldcon = 1.
+#facttemps = 1.e-4
+facttemps = 0.0001
+ok_newmicro = y
+ratqsbas = 0.005
+ratqshaut = 0.33
+rad_froid = 35
+rad_chau1=12
+rad_chau2=11
+#ksta_ter=1.e-7
+ksta_ter=0.0000001
+#
+# parametres outputs
+#
+#niveau de sortie "hf" lev_histhf avec
+# - lev_histhf=3 => defaut
+# - lev_histhf=4 => histhf3d.nc champs 3d niveaux modele
+lev_histhf=3
+#niveau de sortie "day" lev_histday
+# - lev_histday=2 => defaut
+# - lev_histday=3 => + champs 3D => F. Lott
+# - lev_histday=4 => + champs sous-surfaces
+lev_histday=2
+#niveau de sortie "mth" lev_histmth avec
+# - lev_histmth=2 => defaut
+# - lev_histmth=3 => albedo, rugosite sous-surfaces
+# - lev_histmth=4 => champs tendances 3d
+lev_histmth=4
+#
+# parametres climatique
+#
+R_ecc = 0.016715
+R_peri = 102.7
+R_incl = 23.441
+solaire = 1365.
+co2_ppm = 348.
+CH4_ppb = 1650.
+N2O_ppb = 306.
+CFC11_ppt = 280.
+CFC12_ppt = 484.
+#
+# parametres simulateur ISCCP
+#
+top_height = 3
+#overlap = 1, 2 ou 3
+overlap = 3
+#cdmmax
+#cdmmax = 2.5E-3
+cdmmax = 0.0025
+#cdhmax
+#cdhmax = 2.0E-3
+cdhmax = 0.002
+iflag_pbl = 1
+iflag_thermals = 0
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/run.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/run.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/run.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,20 @@
+## $Id$
+INCLUDEDEF=physiq.def
+INCLUDEDEF=gcm.def
+INCLUDEDEF=orchidee.def
+## Jour de l'etat initial ( = 350  si 20 Decembre ,par expl. ,comme ici )
+dayref=_dayref_
+##  Annee de l'etat  initial (   avec  4  chiffres   )
+anneeref=_anneeref_
+## raz_date
+raz_date=_raz_date_
+## Nombre de jours d'integration
+nday=_nday_
+## periode de sortie des variables de controle (en pas)
+iconser= 480
+## periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)
+iecri=10
+## periode de stockage fichier histmoy (en jour)
+periodav=1.
+## unite de sortie des impressions
+lunout=6
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/traceur.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/traceur.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/PARAM/traceur.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,5 @@
+4
+14 14 H2Ov
+10 10 H2Ol
+10 10 RN
+10 10 PB
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/config.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/config.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_CH4_AER/config.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,108 @@
+# $Id$
+#========================================================================
+#D-- Compatibility -
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+#========================================================================
+#D-- UserChoices -
+[UserChoices]
+#============================
+#D-- (<8 chars MAX for JobName)
+JobName=CH4_AER_AC00
+LongName='LMDz4INCA with New scripts'
+TagName=LMDZINCA/CH4_AER
+#============================
+#D-- leap, noleap, 360d
+CalendarType=360d
+#D-- Début et fin de Job
+#D-- "YYYY-MM-DD"
+DateBegin=2000-01-01
+DateEnd=2000-12-30
+#============================
+#D-- 1Y, 1M, 5D, 1D
+PeriodLength=1M
+#============================
+#-- PBS Class (required on brodie mono/multi)
+#JobClass=mono
+JobClass=multi
+#============================
+#-- Total Number of Processors (minimum is 2 for a coupled configuration)
+#JobNumProcTot=2
+JobNumProcTot=4
+#============================
+#-- Run Options : here for oasis coupling
+JobRunOptions='"-np "${config_UserChoices_JobNumProcTot}'
+#========================================================================
+#D-- ListOfComponents -
+[ListOfComponents]
+#D- For each component, Name of component, Tag of component
+ATM= (lmdz, LMDZ4)
+CHM= (inca, INCA3) 
+
+#========================================================================
+#D-- Executable -
+[Executable]
+Name=gcm.e
+#D- For each component, Real name of executable, Name of executable for oasis
+#ATM= (gcm_${config_UserChoices_TagName}.e, gcm.e)
+ATM= (gcm.e, gcm.e)
+CHM= (inca.dat, inca.dat)
+
+#========================================================================
+#D-- Restarts -
+[Restarts]
+#D- If you want a GENERAL RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y'
+OverRule=n
+#D- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=1869-12-30
+#D- Define restart simulation name (=> JOB_OS)
+RestartJobName=CD1
+#D- Path Server Group Login (=> PSGL)
+RestartPath=/dmnfs/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL/
+# Attention login depend de la machine
+
+#========================================================================
+#D-- Post -
+[Post]
+#D- Do we rebuild parallel output, this flag determines
+#D- frequency of rebuild submission
+RebuildFrequency=NONE
+#D- If you want to monitor variables, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+MonitoringFrequency=NONE
+#D- If you want to produce time series, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+TimeSeriesFrequency=1M
+#D- If you want to produce seasonal average, this flag determines
+#D- the period of this average
+SeasonalFrequency=5Y
+
+#========================================================================
+#D-- ATM -
+[ATM]
+#
+WriteFrequency="1M 1D HF"
+# If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read
+Restart= n
+# Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+# Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+# Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
+#D-- CHM -
+[CHM]
+WriteFrequency="1M"
+Restart=n
+#D-- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+#D-- Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+#D-- Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/inca.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/inca.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/inca.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,45 @@
+#- $Id: inca.card 70 2007-06-21 14:20:42Z acosce $
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+List= ()
+	
+[BoundaryFiles]
+List=
+
+ListNonDel= (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/o3clim.nc               ,   o3clim.nc      )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/oxydants.nc             ,   oxydants.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/npp.nc	                 ,   npp.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/aircraft.nc             ,   aircraft.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/so4.nc	                 ,   so4.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/obs_input.dat		                 ,   obs_input.dat  )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/NMHC/INCA${RESOL_CHM}/sflx_Present.nc        ,   sflx.nc        )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/phototable.dat_V4.2                      ,   phototable.dat )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/NMHC/INCA${RESOL_CHM}/landuse.nc             ,   landuse.nc     )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/GES/INCA${RESOL_CHM}/fco2.andres.fos.glo.fy95.m.lmdz96.nc            ,andres.nc        )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/GES/INCA${RESOL_CHM}/fco2.casa.nep.glo.fy90.m.lmdz96.nc              ,casa_m.nc        )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/GES/INCA${RESOL_CHM}/fco2.taka.oce.glo.fy95.m.lmdz96.nc              ,taka.nc          )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/GES/INCA${RESOL_CHM}/fco2.casa.nep.glo.fy90.3hr.lmdz96.${month}.nc   ,casa_h.nc        )
+
+
+[ParametersFiles]
+List=	
+
+[RestartFiles]
+# List restart that have to be saved/restored each loop (file out, saved, and in) :
+List= (NONE) 
+
+
+
+[OutputText]
+List=  
+# avec la // : out_orchidee_*
+
+[OutputFiles]
+List=	(inca_avgr.nc,      ${R_OUT_CHM_O_M}/${PREFIX}_1M_inca_avgr.nc,      NONE)
+#List= ()
+
+
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/inca.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/inca.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/inca.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,40 @@
+#- $Id: inca.driver 119 2007-07-31 13:56:33Z acosce $
+#!/bin/ksh
+
+#D- Driver du script pour INCA
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Initialize"
+
+    RESOL_CHM=$( echo $RESOL_ATM | awk "-FD" '{print $2}' )
+    echo 'resol chimie', $RESOL_CHM
+    echo "INCA Tag : LMDZ-INCA" ${config_UserChoices_TagName}
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Update"
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE CHM !!!
+#
+#    IGCM_sys_Mkdir ${R_OUT_EXE}
+#    cd ${MODIPSL}
+#    tar cf src_${config_UserChoices_JobName}.tar  modeles
+#    IGCM_sys_Mv src_${config_UserChoices_JobName}.tar ${R_OUT_EXE}/.
+#    cd -
+#
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/lmdz.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/lmdz.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/lmdz.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,39 @@
+#- $Id: lmdz.card 70 2007-06-21 14:20:42Z acosce $
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+# start and startphy are the clim files computed with CLIM_CREATE (create_etat0_limit) job
+List= 	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/start.nc, start.nc) \
+	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/startphy.nc, startphy.nc)
+
+
+[BoundaryFiles]
+List=   () 
+# The first one is the clim limit.nc computed with CLIM_CREATE job
+ListNonDel= (${R_BC}/CHM/LMDZINCA/${RESOL_ATM}/limit.nc, limit.nc)
+
+[ParametersFiles]
+List=	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def, gcm.def), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/run.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/traceur.def, .) 
+
+[RestartFiles]
+List=	(restart.nc, restart.nc, start.nc), \
+	(restartphy.nc, restartphy.nc,  startphy.nc) 
+
+[OutputText]
+List=   ()
+
+
+[OutputFiles]
+List=	(histmth.nc,      ${R_OUT_ATM_O_M}/${PREFIX}_1M_histmth.nc,      NONE)	
+
+[Post_1M_histmth]
+Patches = (Patch_20060710_ModifyUnits, Patch_20060710_AddModulo)
+GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, t_ave_02592000)
+MonitoringVars= (bils, nettop, precip, tsol)
+TimeSeriesVars= (bils, cldh, cldl, cldm, cldq, cldt, evap, iwp, lwp, LWdnSFC, LWdnSFCclr, LWupSFCclr, LWdn200, LWdn200clr, LWup200, LWup200clr, nettop, nettop0, precip, prw, pluc, psol, q2m, sens, slp, snow, snow_mass, soll0, soll, sols0, sols, SWdnSFC, SWupSFC, SWup200, SWup200clr, SWdnTOA, SWupTOA, SWdn200, SWdn200clr, SWdnSFCclr, SWupSFCclr, SWupTOAclr, t2m, taux_ter, taux_sic, taux_lic, taux_oce, tauy_ter, tauy_sic, tauy_lic, tauy_oce, lat_ter, lat_sic, lat_lic, lat_oce, topl0, topl, tops0, tops, topsad, topsai, tsol, u10m, u500, uv10m_m, v10m, v500, w500)
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/lmdz.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,103 @@
+#- $Id: lmdz.driver 119 2007-07-31 13:56:33Z acosce $
+#!/bin/ksh
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Initialize"
+
+    RESOL_ATM=$( echo $RESOL | awk "-Fx" '{print $2}' )
+
+
+    ##--Frequency purpose ....
+    ##--  Initialisation  ....
+    OK_instan=n
+    ##-- 
+    OK_journe=n
+    OK_mensuel=n
+
+    case ${config_UserChoices_PeriodLength} in
+	1Y|1y|1M|1m) OK_mensuel=y ;;
+	5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+    esac
+
+    for frequency in ${config_ATM_WriteFrequency} ; do
+	case ${frequency} in
+	    5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+	esac
+    done
+
+    ##--Variables used by LMDZ --
+    PAT_INST=$(     grep 'OK_instan'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_JOUR=$(     grep 'OK_journe'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_MOIS=$(     grep 'OK_mensuel'  ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+
+    PAT_iphysiq=$(  grep 'iphysiq'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_iperiod=$(  grep 'iperiod'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | tail -1)
+    PAT_day_step=$( grep 'day_step'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_ecritphy=$( grep 'ecritphy'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+
+    ##-- This could be define in lmdz.card, inside section [UserChoices]
+    ##-- Otherwise we get the value in *.def
+    iperiod=$(grep iperiod ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}' | tail -1)
+    iphysiq=$(grep iphysiq ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}')
+    # day_step : number of steps per day (multiple of iperiod)
+    (( day_step = 48 * iphysiq ))
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Update"
+
+    ecritphy=${PeriodLengthInDays}
+
+    ##-- Remise ou non a zero de la date initiale de LMDZ pour le fichier run.def
+    if [ ${CumulPeriod} -eq 1 ] ; then
+	RAZ_DATE=1
+    else
+	RAZ_DATE=0
+    fi
+
+    ## Mise en forme du fichier physiq.def
+    sed -e "s/OK_instan=.*/OK_instan=${OK_instan}/"   \
+	-e "s/OK_journe=.*/OK_journe=${OK_journe}/"   \
+	-e "s/OK_mensuel=.*/OK_mensuel=${OK_mensuel}/" \
+	physiq.def > physiq.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv physiq.def.tmp physiq.def
+
+    ## Mise en forme du fichier gcm.def
+    sed  -e "s/${PAT_ecritphy}/ecritphy=${ecritphy}/" \
+	-e "s/${PAT_day_step}/day_step=${day_step}/" \
+	-e "s/${PAT_iperiod}/iperiod=${iperiod}/" \
+	-e "s/${PAT_iphysiq}/iphysiq=${iphysiq}/" \
+	gcm.def > gcm.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv gcm.def.tmp gcm.def
+
+    greg_dat=$( IGCM_date_ConvertFormatToGregorian $PeriodDateBegin ) 
+    jul_dat=$( IGCM_date_ConvertGregorianDateToJulian $greg_dat )
+    nbjour=$( expr \( $jul_dat \% 1000 \) ) 
+    yractu=$( expr $greg_dat / 10000  )
+    echo  "dayref = " $nbjour  "year actu = " $yractu
+
+    ## Mise en forme du fichier run.def
+    sed -e "s/_dayref_/${nbjour}/" \
+	-e "s/_anneeref_/${yractu}/" \
+	-e "s/_nday_/${PeriodLengthInDays}/" \
+	-e "s/_raz_date_/${RAZ_DATE}/" \
+	run.def > run.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv run.def.tmp run.def
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------
+function ATM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE ATM !
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/gcm.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/gcm.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/gcm.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,72 @@
+## $Id: gcm.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+## nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )
+day_step=480
+## periode pour le pas Matsuno (en pas)
+iperiod=5
+## periode de la dissipation (en pas)
+idissip=10
+## choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )
+lstardis=y
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv
+nitergdiv=1
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot
+nitergrot=2
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+niterh=2
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+tetagdiv=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+tetagrot=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad)
+tetatemp=3600.
+## coefficient pour gamdissip                                            
+coefdis=0.
+## choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog)
+purmats=n
+## guide ou pas
+ok_guide=.false.
+## utilisation de restart de la version LMDZ3
+old_restart=
+## avec ou sans physique
+##physic=n
+iflag_phys=1
+## periode de la physique (en pas)
+iphysiq=10
+## frequence (en  jours ) de l'ecriture du fichier histphy               
+ecritphy=1
+##  Cycle diurne  ou non                 
+cycle_diurne=y
+##  Soil Model  ou non               
+soil_model=y
+##  Choix ou non  de  New oliq               
+new_oliq=y
+##  Orodr  ou  non   pour l orographie              
+ok_orodr=y
+##  Orolf  ou  non   pour l orographie              
+ok_orolf=y
+##   Si = .T. ,  lecture du fichier limit avec la bonne annee             
+ok_limitvrai=n
+## Nombre  d'appels des routines de rayonnements ( par jour)
+nbapp_rad=12
+##  Flag  pour la convection (1 pour LMD, 2 pour Tiedtke, 3 KE, 4 KE vect)
+iflag_con=2
+## longitude en degres du centre du zoom
+clon=0.
+## latitude en degres du centre du zoom
+clat=0.
+## facteur de grossissement du zoom,selon longitude
+grossismx=1.0
+## facteur de grossissement du zoom ,selon latitude
+grossismy=1.0
+##  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale
+fxyhypb=y
+## extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomx=0.0
+## extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomy=0.0
+##raideur du zoom en  X
+taux=3.
+##raideur du zoom en  Y
+tauy=3.
+##  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .true. , sinon y = latit.
+ysinus=y  
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/offline.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/offline.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/offline.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,10 @@
+## $Id: offline.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+T
+4
+T
+-2.
+48.1
+1
+T
+6
+2
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/orchidee.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,44 @@
+## $Id: orchidee.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+#
+# SECHIBA
+#
+STOMATE_OK_CO2=FALSE
+# STOMATE_OK_STOMATE is not set
+# STOMATE_OK_DGVM is not set
+# STOMATE_WATCHOUT is not set
+#SECHIBA_restart_in=default
+SECHIBA_restart_in=start_sech.nc
+SECHIBA_rest_out=sechiba_rest.nc
+SECHIBA_reset_time=y
+SECHIBA_reset_time is not set
+OUTPUT_FILE=sechiba_out.nc
+WRITE_STEP=2592000
+SECHIBA_HISTLEVEL=10
+STOMATE_OUTPUT_FILE=stomate_history.nc
+STOMATE_HIST_DT=10.
+STOMATE_HISTLEVEL=0
+SECHIBA_DAY=0.0
+SECHIBA_ZCANOP=0.5
+DT_SLOW=86400.
+# IMPOSE_VEG is not set
+VEGETATION_FILE=carteveg5km.nc
+DIFFUCO_LEAFCI=233.
+CONDVEG_SNOWA=default
+# IMPOSE_AZE is not set
+SOILALB_FILE=soils_param.nc
+SOILTYPE_FILE=soils_param.nc 
+ENERBIL_TSURF=280.
+HYDROL_SNOW=0.0
+HYDROL_SNOWAGE=0.0
+HYDROL_SNOWICE=0.0
+HYDROL_SNOWICEAGE=0.0
+HYDROL_HDRY=1.0
+HYDROL_HUMR=1.0
+HYDROL_BQSB=default
+HYDROL_GQSB=0.0
+HYDROL_DSG=0.0
+HYDROL_DSP=default
+HYDROL_QSV=0.0
+THERMOSOIL_TPRO=280.
+RIVER_ROUTING=y
+ROUTING_FILE=routing.nc
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/physiq.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/physiq.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/physiq.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,80 @@
+##- $Id: physiq.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+OCEAN=force 
+VEGET=n
+OK_journe=n
+OK_mensuel=y
+OK_instan=n
+if_ebil=0
+#
+# parametres KE
+#
+epmax = .99
+ok_adj_ema = n
+iflag_clw = 1
+# 
+# parametres nuages
+#
+cld_lc_lsc = 0.00026
+cld_lc_con = 0.00026
+cld_tau_lsc = 3600.
+cld_tau_con = 3600.
+ffallv_lsc = 1.
+ffallv_con = 1.
+coef_eva = 0.00002
+reevap_ice = y
+iflag_cldcon = 3
+iflag_pdf = 1
+fact_cldcon = 1.
+#facttemps = 1.e-4
+facttemps = 0.0001
+ok_newmicro = y
+ratqsbas = 0.005
+ratqshaut = 0.33
+rad_froid = 35
+rad_chau1=12
+rad_chau2=11
+#ksta_ter=1.e-7
+ksta_ter=0.0000001
+#
+# parametres outputs
+#
+#niveau de sortie "hf" lev_histhf avec
+# - lev_histhf=3 => defaut
+# - lev_histhf=4 => histhf3d.nc champs 3d niveaux modele
+lev_histhf=3
+#niveau de sortie "day" lev_histday
+# - lev_histday=2 => defaut
+# - lev_histday=3 => + champs 3D => F. Lott
+# - lev_histday=4 => + champs sous-surfaces
+lev_histday=2
+#niveau de sortie "mth" lev_histmth avec
+# - lev_histmth=2 => defaut
+# - lev_histmth=3 => albedo, rugosite sous-surfaces
+# - lev_histmth=4 => champs tendances 3d
+lev_histmth=4
+#
+# parametres climatique
+#
+R_ecc = 0.016715
+R_peri = 102.7
+R_incl = 23.441
+solaire = 1365.
+co2_ppm = 348.
+CH4_ppb = 1650.
+N2O_ppb = 306.
+CFC11_ppt = 280.
+CFC12_ppt = 484.
+#
+# parametres simulateur ISCCP
+#
+top_height = 3
+#overlap = 1, 2 ou 3
+overlap = 3
+#cdmmax
+#cdmmax = 2.5E-3
+cdmmax = 0.0025
+#cdhmax
+#cdhmax = 2.0E-3
+cdhmax = 0.002
+iflag_pbl = 1
+iflag_thermals = 0
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/run.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/run.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/run.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,20 @@
+## $Id: run.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+INCLUDEDEF=physiq.def
+INCLUDEDEF=gcm.def
+INCLUDEDEF=orchidee.def
+## Jour de l'etat initial ( = 350  si 20 Decembre ,par expl. ,comme ici )
+dayref=_dayref_
+##  Annee de l'etat  initial (   avec  4  chiffres   )
+anneeref=_anneeref_
+## raz_date
+raz_date=_raz_date_
+## Nombre de jours d'integration
+nday=_nday_
+## periode de sortie des variables de controle (en pas)
+iconser= 480
+## periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)
+iecri=10
+## periode de stockage fichier histmoy (en jour)
+periodav=1.
+## unite de sortie des impressions
+lunout=6
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/traceur.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/traceur.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/PARAM/traceur.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,5 @@
+4
+14 14 H2Ov
+10 10 H2Ol
+10 10 RN
+10 10 PB
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/config.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/config.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_GES/config.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,107 @@
+#- $Id: config.card 69 2007-06-21 14:08:22Z acosce $
+#========================================================================
+#D-- Compatibility -
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+#========================================================================
+#D-- UserChoices -
+[UserChoices]
+#============================
+#D-- (<8 chars MAX for JobName)
+JobName=GES_AC00
+LongName='LMDz4INCA with New scripts'
+TagName=LMDZINCA/GES
+#============================
+#D-- leap, noleap, 360d
+CalendarType=360d
+#D-- Début et fin de Job
+#D-- "YYYY-MM-DD"
+DateBegin=2000-01-01
+DateEnd=2000-12-30
+#============================
+#D-- 1Y, 1M, 5D, 1D
+PeriodLength=1M
+#============================
+#-- PBS Class (required on brodie mono/multi)
+#JobClass=mono
+JobClass=multi
+#============================
+#-- Total Number of Processors (minimum is 2 for a coupled configuration)
+#JobNumProcTot=2
+JobNumProcTot=4
+#============================
+#-- Run Options : here for oasis coupling
+JobRunOptions='"-np "${config_UserChoices_JobNumProcTot}'
+#========================================================================
+#D-- ListOfComponents -
+[ListOfComponents]
+#D- For each component, Name of component, Tag of component
+ATM= (lmdz, LMDZ4)
+CHM= (inca, INCA3) 
+
+#========================================================================
+#D-- Executable -
+[Executable]
+Name=gcm.e
+#D- For each component, Real name of executable, Name of executable for oasis
+ATM= (gcm.e, gcm.e)
+CHM= (inca.dat, inca.dat)
+
+#========================================================================
+#D-- Restarts -
+[Restarts]
+#D- If you want a GENERAL RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y'
+OverRule=n
+#D- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=1869-12-30
+#D- Define restart simulation name (=> JOB_OS)
+RestartJobName=CD1
+#D- Path Server Group Login (=> PSGL)
+RestartPath=/dmnfs/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL/
+# Attention login depend de la machine
+
+#========================================================================
+#D-- Post -
+[Post]
+#D- Do we rebuild parallel output, this flag determines
+#D- frequency of rebuild submission
+RebuildFrequency=NONE
+#D- If you want to monitor variables, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+MonitoringFrequency=NONE
+#D- If you want to produce time series, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+TimeSeriesFrequency=1M
+#D- If you want to produce seasonal average, this flag determines
+#D- the period of this average
+SeasonalFrequency=5Y
+
+#========================================================================
+#D-- ATM -
+[ATM]
+#
+WriteFrequency="1M 1D HF"
+# If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read
+Restart= n
+# Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+# Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+# Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
+#D-- CHM -
+[CHM]
+WriteFrequency="1M"
+Restart=n
+#D-- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+#D-- Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+#D-- Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/inca.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/inca.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/inca.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,40 @@
+#- $Id: inca.card 70 2007-06-21 14:20:42Z acosce $
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+List= ()
+	
+[BoundaryFiles]
+List=
+
+ListNonDel= (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/o3clim.nc               ,   o3clim.nc      )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/oxydants.nc             ,   oxydants.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/npp.nc	                 ,   npp.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/aircraft.nc             ,   aircraft.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/so4.nc	                 ,   so4.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/obs_input.dat		                 ,   obs_input.dat  )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/NMHC/INCA${RESOL_CHM}/sflx_Present.nc        ,   sflx.nc        )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/NMHC/phototable.dat_V4.1	                 ,   phototable.dat )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/NMHC/INCA${RESOL_CHM}/landuse.nc             ,   landuse.nc     )
+
+[ParametersFiles]
+List=	
+
+[RestartFiles]
+# List restart that have to be saved/restored each loop (file out, saved, and in) :
+List= (NONE) 
+
+
+
+[OutputText]
+List=  
+# avec la // : out_orchidee_*
+
+[OutputFiles]
+List=	(inca_avgr.nc,      ${R_OUT_CHM_O_M}/${PREFIX}_1M_inca_avgr.nc,      NONE)
+#List= ()
+
+
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/inca.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/inca.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/inca.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,40 @@
+#- $Id: inca.driver 119 2007-07-31 13:56:33Z acosce $
+#!/bin/ksh
+
+#D- Driver du script pour INCA
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Initialize"
+
+    RESOL_CHM=$( echo $RESOL_ATM | awk "-FD" '{print $2}' )
+    echo 'resol chimie', $RESOL_CHM
+    echo "INCA Tag : LMDZ-INCA" ${config_UserChoices_TagName}
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Update"
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE CHM !!!
+#
+#    IGCM_sys_Mkdir ${R_OUT_EXE}
+#    cd ${MODIPSL}
+#    tar cf src_${config_UserChoices_JobName}.tar  modeles
+#    IGCM_sys_Mv src_${config_UserChoices_JobName}.tar ${R_OUT_EXE}/.
+#    cd -
+#
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/lmdz.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/lmdz.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/lmdz.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,39 @@
+#- $Id: lmdz.card 70 2007-06-21 14:20:42Z acosce $
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+# start and startphy are the clim files computed with CLIM_CREATE (create_etat0_limit) job
+List= 	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/start.nc, start.nc) \
+	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/startphy.nc, startphy.nc)
+
+
+[BoundaryFiles]
+List=   () 
+# The first one is the clim limit.nc computed with CLIM_CREATE job
+ListNonDel= (${R_BC}/CHM/LMDZINCA/${RESOL_ATM}/limit.nc, limit.nc)
+
+[ParametersFiles]
+List=	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def, gcm.def), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/run.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/traceur.def, .) 
+
+[RestartFiles]
+List=	(restart.nc, restart.nc, start.nc), \
+	(restartphy.nc, restartphy.nc,  startphy.nc) 
+
+[OutputText]
+List=   ()
+
+
+[OutputFiles]
+List=	(histmth.nc,      ${R_OUT_ATM_O_M}/${PREFIX}_1M_histmth.nc,      NONE)	
+
+[Post_1M_histmth]
+Patches = (Patch_20060710_ModifyUnits, Patch_20060710_AddModulo)
+GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, t_ave_02592000)
+MonitoringVars= (bils, nettop, precip, tsol)
+TimeSeriesVars= (bils, cldh, cldl, cldm, cldq, cldt, evap, iwp, lwp, LWdnSFC, LWdnSFCclr, LWupSFCclr, LWdn200, LWdn200clr, LWup200, LWup200clr, nettop, nettop0, precip, prw, pluc, psol, q2m, sens, slp, snow, snow_mass, soll0, soll, sols0, sols, SWdnSFC, SWupSFC, SWup200, SWup200clr, SWdnTOA, SWupTOA, SWdn200, SWdn200clr, SWdnSFCclr, SWupSFCclr, SWupTOAclr, t2m, taux_ter, taux_sic, taux_lic, taux_oce, tauy_ter, tauy_sic, tauy_lic, tauy_oce, lat_ter, lat_sic, lat_lic, lat_oce, topl0, topl, tops0, tops, topsad, topsai, tsol, u10m, u500, uv10m_m, v10m, v500, w500)
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/lmdz.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,104 @@
+#- $Id: lmdz.driver 119 2007-07-31 13:56:33Z acosce $
+#!/bin/ksh
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Initialize"
+
+    RESOL_ATM=$( echo $RESOL | awk "-Fx" '{print $2}' )
+
+
+    ##--Frequency purpose ....
+    ##--  Initialisation  ....
+    OK_instan=n
+    ##-- 
+    OK_journe=n
+    OK_mensuel=n
+
+    case ${config_UserChoices_PeriodLength} in
+	1Y|1y|1M|1m) OK_mensuel=y ;;
+	5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+    esac
+
+    for frequency in ${config_ATM_WriteFrequency} ; do
+	case ${frequency} in
+	    5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+	esac
+    done
+
+    ##--Variables used by LMDZ --
+    PAT_INST=$(     grep 'OK_instan'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_JOUR=$(     grep 'OK_journe'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_MOIS=$(     grep 'OK_mensuel'  ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+
+    PAT_iphysiq=$(  grep 'iphysiq'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_iperiod=$(  grep 'iperiod'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | tail -1)
+    PAT_day_step=$( grep 'day_step'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_ecritphy=$( grep 'ecritphy'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+
+    ##-- This could be define in lmdz.card, inside section [UserChoices]
+    ##-- Otherwise we get the value in *.def
+    iperiod=$(grep iperiod ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}' | tail -1)
+    iphysiq=$(grep iphysiq ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}')
+    # day_step : number of steps per day (multiple of iperiod)
+    (( day_step = 48 * iphysiq ))
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Update"
+
+    ecritphy=${PeriodLengthInDays}
+
+    ##-- Remise ou non a zero de la date initiale de LMDZ pour le fichier run.def
+    if [ ${CumulPeriod} -eq 1 ] ; then
+	RAZ_DATE=1
+    else
+	RAZ_DATE=0
+    fi
+
+    ## Mise en forme du fichier physiq.def
+    sed -e "s/OK_instan=.*/OK_instan=${OK_instan}/"   \
+	-e "s/OK_journe=.*/OK_journe=${OK_journe}/"   \
+	-e "s/OK_mensuel=.*/OK_mensuel=${OK_mensuel}/" \
+	physiq.def > physiq.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv physiq.def.tmp physiq.def
+
+    ## Mise en forme du fichier gcm.def
+    sed  -e "s/${PAT_ecritphy}/ecritphy=${ecritphy}/" \
+	-e "s/${PAT_day_step}/day_step=${day_step}/" \
+	-e "s/${PAT_iperiod}/iperiod=${iperiod}/" \
+	-e "s/${PAT_iphysiq}/iphysiq=${iphysiq}/" \
+	gcm.def > gcm.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv gcm.def.tmp gcm.def
+
+    greg_dat=$( IGCM_date_ConvertFormatToGregorian $PeriodDateBegin ) 
+    jul_dat=$( IGCM_date_ConvertGregorianDateToJulian $greg_dat )
+    nbjour=$( expr \( $jul_dat \% 1000 \) ) 
+    yractu=$( expr $greg_dat / 10000  )
+    echo  "dayref = " $nbjour  "year actu = " $yractu
+
+    ## Mise en forme du fichier run.def
+    sed -e "s/_dayref_/${nbjour}/" \
+	-e "s/_anneeref_/${yractu}/" \
+	-e "s/_nday_/${PeriodLengthInDays}/" \
+	-e "s/_raz_date_/${RAZ_DATE}/" \
+	run.def > run.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv run.def.tmp run.def
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------
+function ATM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE ATM !
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/gcm.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/gcm.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/gcm.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,72 @@
+## $Id: gcm.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+## nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )
+day_step=480
+## periode pour le pas Matsuno (en pas)
+iperiod=5
+## periode de la dissipation (en pas)
+idissip=10
+## choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )
+lstardis=y
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv
+nitergdiv=1
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot
+nitergrot=2
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+niterh=2
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+tetagdiv=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+tetagrot=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad)
+tetatemp=3600.
+## coefficient pour gamdissip                                            
+coefdis=0.
+## choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog)
+purmats=n
+## guide ou pas
+ok_guide=.false.
+## utilisation de restart de la version LMDZ3
+old_restart=
+## avec ou sans physique
+##physic=n
+iflag_phys=1
+## periode de la physique (en pas)
+iphysiq=10
+## frequence (en  jours ) de l'ecriture du fichier histphy               
+ecritphy=1
+##  Cycle diurne  ou non                 
+cycle_diurne=y
+##  Soil Model  ou non               
+soil_model=y
+##  Choix ou non  de  New oliq               
+new_oliq=y
+##  Orodr  ou  non   pour l orographie              
+ok_orodr=y
+##  Orolf  ou  non   pour l orographie              
+ok_orolf=y
+##   Si = .T. ,  lecture du fichier limit avec la bonne annee             
+ok_limitvrai=n
+## Nombre  d'appels des routines de rayonnements ( par jour)
+nbapp_rad=12
+##  Flag  pour la convection (1 pour LMD, 2 pour Tiedtke, 3 KE, 4 KE vect)
+iflag_con=2
+## longitude en degres du centre du zoom
+clon=0.
+## latitude en degres du centre du zoom
+clat=0.
+## facteur de grossissement du zoom,selon longitude
+grossismx=1.0
+## facteur de grossissement du zoom ,selon latitude
+grossismy=1.0
+##  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale
+fxyhypb=y
+## extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomx=0.0
+## extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomy=0.0
+##raideur du zoom en  X
+taux=3.
+##raideur du zoom en  Y
+tauy=3.
+##  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .true. , sinon y = latit.
+ysinus=y  
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/offline.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/offline.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/offline.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,10 @@
+## $Id: offline.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+T
+4
+T
+-2.
+48.1
+1
+T
+6
+2
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/orchidee.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,44 @@
+## $Id: orchidee.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+#
+# SECHIBA
+#
+STOMATE_OK_CO2=FALSE
+# STOMATE_OK_STOMATE is not set
+# STOMATE_OK_DGVM is not set
+# STOMATE_WATCHOUT is not set
+#SECHIBA_restart_in=default
+SECHIBA_restart_in=start_sech.nc
+SECHIBA_rest_out=sechiba_rest.nc
+SECHIBA_reset_time=y
+SECHIBA_reset_time is not set
+OUTPUT_FILE=sechiba_out.nc
+WRITE_STEP=2592000
+SECHIBA_HISTLEVEL=10
+STOMATE_OUTPUT_FILE=stomate_history.nc
+STOMATE_HIST_DT=10.
+STOMATE_HISTLEVEL=0
+SECHIBA_DAY=0.0
+SECHIBA_ZCANOP=0.5
+DT_SLOW=86400.
+# IMPOSE_VEG is not set
+VEGETATION_FILE=carteveg5km.nc
+DIFFUCO_LEAFCI=233.
+CONDVEG_SNOWA=default
+# IMPOSE_AZE is not set
+SOILALB_FILE=soils_param.nc
+SOILTYPE_FILE=soils_param.nc 
+ENERBIL_TSURF=280.
+HYDROL_SNOW=0.0
+HYDROL_SNOWAGE=0.0
+HYDROL_SNOWICE=0.0
+HYDROL_SNOWICEAGE=0.0
+HYDROL_HDRY=1.0
+HYDROL_HUMR=1.0
+HYDROL_BQSB=default
+HYDROL_GQSB=0.0
+HYDROL_DSG=0.0
+HYDROL_DSP=default
+HYDROL_QSV=0.0
+THERMOSOIL_TPRO=280.
+RIVER_ROUTING=y
+ROUTING_FILE=routing.nc
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/physiq.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/physiq.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/physiq.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,80 @@
+##- $Id: physiq.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+OCEAN=force 
+VEGET=n
+OK_journe=n
+OK_mensuel=y
+OK_instan=n
+if_ebil=0
+#
+# parametres KE
+#
+epmax = .99
+ok_adj_ema = n
+iflag_clw = 1
+# 
+# parametres nuages
+#
+cld_lc_lsc = 0.00026
+cld_lc_con = 0.00026
+cld_tau_lsc = 3600.
+cld_tau_con = 3600.
+ffallv_lsc = 1.
+ffallv_con = 1.
+coef_eva = 0.00002
+reevap_ice = y
+iflag_cldcon = 3
+iflag_pdf = 1
+fact_cldcon = 1.
+#facttemps = 1.e-4
+facttemps = 0.0001
+ok_newmicro = y
+ratqsbas = 0.005
+ratqshaut = 0.33
+rad_froid = 35
+rad_chau1=12
+rad_chau2=11
+#ksta_ter=1.e-7
+ksta_ter=0.0000001
+#
+# parametres outputs
+#
+#niveau de sortie "hf" lev_histhf avec
+# - lev_histhf=3 => defaut
+# - lev_histhf=4 => histhf3d.nc champs 3d niveaux modele
+lev_histhf=3
+#niveau de sortie "day" lev_histday
+# - lev_histday=2 => defaut
+# - lev_histday=3 => + champs 3D => F. Lott
+# - lev_histday=4 => + champs sous-surfaces
+lev_histday=2
+#niveau de sortie "mth" lev_histmth avec
+# - lev_histmth=2 => defaut
+# - lev_histmth=3 => albedo, rugosite sous-surfaces
+# - lev_histmth=4 => champs tendances 3d
+lev_histmth=4
+#
+# parametres climatique
+#
+R_ecc = 0.016715
+R_peri = 102.7
+R_incl = 23.441
+solaire = 1365.
+co2_ppm = 348.
+CH4_ppb = 1650.
+N2O_ppb = 306.
+CFC11_ppt = 280.
+CFC12_ppt = 484.
+#
+# parametres simulateur ISCCP
+#
+top_height = 3
+#overlap = 1, 2 ou 3
+overlap = 3
+#cdmmax
+#cdmmax = 2.5E-3
+cdmmax = 0.0025
+#cdhmax
+#cdhmax = 2.0E-3
+cdhmax = 0.002
+iflag_pbl = 1
+iflag_thermals = 0
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/run.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/run.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/run.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,20 @@
+## $Id: run.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+INCLUDEDEF=physiq.def
+INCLUDEDEF=gcm.def
+INCLUDEDEF=orchidee.def
+## Jour de l'etat initial ( = 350  si 20 Decembre ,par expl. ,comme ici )
+dayref=_dayref_
+##  Annee de l'etat  initial (   avec  4  chiffres   )
+anneeref=_anneeref_
+## raz_date
+raz_date=_raz_date_
+## Nombre de jours d'integration
+nday=_nday_
+## periode de sortie des variables de controle (en pas)
+iconser= 480
+## periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)
+iecri=10
+## periode de stockage fichier histmoy (en jour)
+periodav=1.
+## unite de sortie des impressions
+lunout=6
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/traceur.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/traceur.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/PARAM/traceur.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,5 @@
+4
+14 14 H2Ov
+10 10 H2Ol
+10 10 RN
+10 10 PB
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/config.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/config.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC/config.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,107 @@
+#- $Id: config.card 69 2007-06-21 14:08:22Z acosce $
+#========================================================================
+#D-- Compatibility -
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+#========================================================================
+#D-- UserChoices -
+[UserChoices]
+#============================
+#D-- (<8 chars MAX for JobName)
+JobName=NMHC_AC00
+LongName='LMDz4INCA with New scripts'
+TagName=LMDZINCA/NMHC
+#============================
+#D-- leap, noleap, 360d
+CalendarType=360d
+#D-- Début et fin de Job
+#D-- "YYYY-MM-DD"
+DateBegin=2000-01-01
+DateEnd=2000-12-30
+#============================
+#D-- 1Y, 1M, 5D, 1D
+PeriodLength=1M
+#============================
+#-- PBS Class (required on brodie mono/multi)
+#JobClass=mono
+JobClass=multi
+#============================
+#-- Total Number of Processors (minimum is 2 for a coupled configuration)
+#JobNumProcTot=2
+JobNumProcTot=4
+#============================
+#-- Run Options : here for oasis coupling
+JobRunOptions='"-np "${config_UserChoices_JobNumProcTot}'
+#========================================================================
+#D-- ListOfComponents -
+[ListOfComponents]
+#D- For each component, Name of component, Tag of component
+ATM= (lmdz, LMDZ4)
+CHM= (inca, INCA3) 
+
+#========================================================================
+#D-- Executable -
+[Executable]
+Name=gcm.e
+#D- For each component, Real name of executable, Name of executable for oasis
+ATM= (gcm.e, gcm.e)
+CHM= (inca.dat, inca.dat)
+
+#========================================================================
+#D-- Restarts -
+[Restarts]
+#D- If you want a GENERAL RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y'
+OverRule=n
+#D- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=1869-12-30
+#D- Define restart simulation name (=> JOB_OS)
+RestartJobName=CD1
+#D- Path Server Group Login (=> PSGL)
+RestartPath=/dmnfs/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL/
+# Attention login depend de la machine
+
+#========================================================================
+#D-- Post -
+[Post]
+#D- Do we rebuild parallel output, this flag determines
+#D- frequency of rebuild submission
+RebuildFrequency=NONE
+#D- If you want to monitor variables, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+MonitoringFrequency=NONE
+#D- If you want to produce time series, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+TimeSeriesFrequency=1M
+#D- If you want to produce seasonal average, this flag determines
+#D- the period of this average
+SeasonalFrequency=5Y
+
+#========================================================================
+#D-- ATM -
+[ATM]
+#
+WriteFrequency="1M 1D HF"
+# If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read
+Restart= n
+# Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+# Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+# Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
+#D-- CHM -
+[CHM]
+WriteFrequency="1M"
+Restart=n
+#D-- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+#D-- Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+#D-- Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/inca.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/inca.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/inca.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,51 @@
+#- $Id: inca.card 70 2007-06-21 14:20:42Z acosce $
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+List= ()
+	
+[BoundaryFiles]
+List=	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF320x160/AN${year}/165_${year}${month}.nc      , u10mec.nc)\
+	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF320x160/AN${year}/166_${year}${month}.nc      , v10mec.nc)\
+	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/u10m_ecmwf_${year}${month}.nc , u10m.nc  )\
+	    (/dmnfs/cont003/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/v10m_ecmwf_${year}${month}.nc , v10m.nc  )
+
+ListNonDel= (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/o3clim.nc               ,   o3clim.nc      )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/oxydants.nc             ,   oxydants.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/npp.nc	                 ,   npp.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/aircraft.nc             ,   aircraft.nc    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/INCA${RESOL_CHM}/so4.nc	                 ,   so4.nc	    )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/CH4/obs_input.dat		                 ,   obs_input.dat  )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/NMHC_AER/INCA${RESOL_CHM}/sflx_lmdz_phy.present.nc,   sflx.nc        )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/NMHC/phototable.dat_V4.1	                 ,   phototable.dat )\
+	    (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/NMHC/INCA${RESOL_CHM}/landuse.nc             ,   landuse.nc     )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/rhvlmdz.txt             ,   rhv.dat        )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/wthlmdz.txt             ,   wth.dat	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/INCA${RESOL_CHM}/clylmdz.txt             ,   cly.dat	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/rhvEC11.09092002.txt	                 ,   rhvEC.txt	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/wthEC11.09092002.txt	                 ,   wthEC.txt	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/clyEC11.09092002.txt	                 ,   clyEC.txt	    )\
+            (${R_INIT}/CHM/LMDZINCA/AER/obs_aerinput.prn                         ,   .		    )
+
+[ParametersFiles]
+List=	
+
+[RestartFiles]
+# List restart that have to be saved/restored each loop (file out, saved, and in) :
+List= (precipinsoil.dat, precipinsoil.dat, precipinsoil.dat) 
+
+
+
+[OutputText]
+List=  
+# avec la // : out_orchidee_*
+
+[OutputFiles]
+List=	(inca_avgr.nc,      ${R_OUT_CHM_O_M}/${PREFIX}_1M_inca_avgr.nc,      NONE),\
+	(forcage.nc,      ${R_OUT_CHM_O_M}/${PREFIX}_1M_forcage.nc,      NONE)
+#List= ()
+
+
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/inca.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/inca.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/inca.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,40 @@
+#- $Id: inca.driver 119 2007-07-31 13:56:33Z acosce $
+#!/bin/ksh
+
+#D- Driver du script pour INCA
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Initialize"
+
+    RESOL_CHM=$( echo $RESOL_ATM | awk "-FD" '{print $2}' )
+    echo 'resol chimie', $RESOL_CHM
+    echo "INCA Tag : LMDZ-INCA" ${config_UserChoices_TagName}
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Update"
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function CHM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "CHM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE CHM !!!
+#
+#    IGCM_sys_Mkdir ${R_OUT_EXE}
+#    cd ${MODIPSL}
+#    tar cf src_${config_UserChoices_JobName}.tar  modeles
+#    IGCM_sys_Mv src_${config_UserChoices_JobName}.tar ${R_OUT_EXE}/.
+#    cd -
+#
+
+    IGCM_debug_PopStack "CHM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/lmdz.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/lmdz.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/lmdz.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,39 @@
+#- $Id: lmdz.card 70 2007-06-21 14:20:42Z acosce $
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+
+[UserChoices]
+
+[InitialStateFiles]
+# start and startphy are the clim files computed with CLIM_CREATE (create_etat0_limit) job
+List= 	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/start.nc, start.nc) \
+	(${R_INIT}/CHM/${config_UserChoices_TagName}/INCA${RESOL_CHM}/startphy.nc, startphy.nc)
+
+
+[BoundaryFiles]
+List=   () 
+# The first one is the clim limit.nc computed with CLIM_CREATE job
+ListNonDel= (${R_BC}/CHM/LMDZINCA/${RESOL_ATM}/limit.nc, limit.nc)
+
+[ParametersFiles]
+List=	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def, gcm.def), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/run.def, .), \
+	(${SUBMIT_DIR}/PARAM/traceur.def, .) 
+
+[RestartFiles]
+List=	(restart.nc, restart.nc, start.nc), \
+	(restartphy.nc, restartphy.nc,  startphy.nc) 
+
+[OutputText]
+List=   ()
+
+
+[OutputFiles]
+List=	(histmth.nc,      ${R_OUT_ATM_O_M}/${PREFIX}_1M_histmth.nc,      NONE)	
+
+[Post_1M_histmth]
+Patches = (Patch_20060710_ModifyUnits, Patch_20060710_AddModulo)
+GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, t_ave_02592000)
+MonitoringVars= (bils, nettop, precip, tsol)
+TimeSeriesVars= (bils, cldh, cldl, cldm, cldq, cldt, evap, iwp, lwp, LWdnSFC, LWdnSFCclr, LWupSFCclr, LWdn200, LWdn200clr, LWup200, LWup200clr, nettop, nettop0, precip, prw, pluc, psol, q2m, sens, slp, snow, snow_mass, soll0, soll, sols0, sols, SWdnSFC, SWupSFC, SWup200, SWup200clr, SWdnTOA, SWupTOA, SWdn200, SWdn200clr, SWdnSFCclr, SWupSFCclr, SWupTOAclr, t2m, taux_ter, taux_sic, taux_lic, taux_oce, tauy_ter, tauy_sic, tauy_lic, tauy_oce, lat_ter, lat_sic, lat_lic, lat_oce, topl0, topl, tops0, tops, topsad, topsai, tsol, u10m, u500, uv10m_m, v10m, v500, w500)
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/lmdz.driver
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/COMP/lmdz.driver	(revision 349)
@@ -0,0 +1,103 @@
+#- $Id: lmdz.driver 119 2007-07-31 13:56:33Z acosce $
+#!/bin/ksh
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Initialize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Initialize"
+
+    RESOL_ATM=$( echo $RESOL | awk "-Fx" '{print $2}' )
+
+
+    ##--Frequency purpose ....
+    ##--  Initialisation  ....
+    OK_instan=n
+    ##-- 
+    OK_journe=n
+    OK_mensuel=n
+
+    case ${config_UserChoices_PeriodLength} in
+	1Y|1y|1M|1m) OK_mensuel=y ;;
+	5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+    esac
+
+    for frequency in ${config_ATM_WriteFrequency} ; do
+	case ${frequency} in
+	    5D|5d|1D|1d) OK_journe=n ;;
+	esac
+    done
+
+    ##--Variables used by LMDZ --
+    PAT_INST=$(     grep 'OK_instan'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_JOUR=$(     grep 'OK_journe'   ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+    PAT_MOIS=$(     grep 'OK_mensuel'  ${SUBMIT_DIR}/PARAM/physiq.def )
+
+    PAT_iphysiq=$(  grep 'iphysiq'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_iperiod=$(  grep 'iperiod'     ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | tail -1)
+    PAT_day_step=$( grep 'day_step'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+    PAT_ecritphy=$( grep 'ecritphy'    ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def )
+
+    ##-- This could be define in lmdz.card, inside section [UserChoices]
+    ##-- Otherwise we get the value in *.def
+    iperiod=$(grep iperiod ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}' | tail -1)
+    iphysiq=$(grep iphysiq ${SUBMIT_DIR}/PARAM/gcm.def | awk -F= '{print $2}')
+    # day_step : number of steps per day (multiple of iperiod)
+    (( day_step = 48 * iphysiq ))
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Initialize"
+}
+
+#-----------------------------------------------------------------
+function ATM_Update
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Update"
+
+    ecritphy=${PeriodLengthInDays}
+
+    ##-- Remise ou non a zero de la date initiale de LMDZ pour le fichier run.def
+    if [ ${CumulPeriod} -eq 1 ] ; then
+	RAZ_DATE=1
+    else
+	RAZ_DATE=0
+    fi
+
+    ## Mise en forme du fichier physiq.def
+    sed -e "s/OK_instan=.*/OK_instan=${OK_instan}/"   \
+	-e "s/OK_journe=.*/OK_journe=${OK_journe}/"   \
+	-e "s/OK_mensuel=.*/OK_mensuel=${OK_mensuel}/" \
+	physiq.def > physiq.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv physiq.def.tmp physiq.def
+
+    ## Mise en forme du fichier gcm.def
+    sed  -e "s/${PAT_ecritphy}/ecritphy=${ecritphy}/" \
+	-e "s/${PAT_day_step}/day_step=${day_step}/" \
+	-e "s/${PAT_iperiod}/iperiod=${iperiod}/" \
+	-e "s/${PAT_iphysiq}/iphysiq=${iphysiq}/" \
+	gcm.def > gcm.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv gcm.def.tmp gcm.def
+
+    greg_dat=$( IGCM_date_ConvertFormatToGregorian $PeriodDateBegin ) 
+    jul_dat=$( IGCM_date_ConvertGregorianDateToJulian $greg_dat )
+    nbjour=$( expr \( $jul_dat \% 1000 \) ) 
+    yractu=$( expr $greg_dat / 10000  )
+    echo  "dayref = " $nbjour  "year actu = " $yractu
+
+    ## Mise en forme du fichier run.def
+    sed -e "s/_dayref_/${nbjour}/" \
+	-e "s/_anneeref_/${yractu}/" \
+	-e "s/_nday_/${PeriodLengthInDays}/" \
+	-e "s/_raz_date_/${RAZ_DATE}/" \
+	run.def > run.def.tmp
+    IGCM_sys_Mv run.def.tmp run.def
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Update"
+}
+
+#-----------------------------------
+function ATM_Finalize
+{
+    IGCM_debug_PushStack "ATM_Finalize"
+
+    echo FINALIZE ATM !
+
+    IGCM_debug_PopStack "ATM_Finalize"
+}
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/gcm.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/gcm.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/gcm.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,72 @@
+## $Id: gcm.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+## nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )
+day_step=480
+## periode pour le pas Matsuno (en pas)
+iperiod=5
+## periode de la dissipation (en pas)
+idissip=10
+## choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )
+lstardis=y
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv
+nitergdiv=1
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot
+nitergrot=2
+## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+niterh=2
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+tetagdiv=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+tetagrot=3600.
+## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad)
+tetatemp=3600.
+## coefficient pour gamdissip                                            
+coefdis=0.
+## choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog)
+purmats=n
+## guide ou pas
+ok_guide=.false.
+## utilisation de restart de la version LMDZ3
+old_restart=
+## avec ou sans physique
+##physic=n
+iflag_phys=1
+## periode de la physique (en pas)
+iphysiq=10
+## frequence (en  jours ) de l'ecriture du fichier histphy               
+ecritphy=1
+##  Cycle diurne  ou non                 
+cycle_diurne=y
+##  Soil Model  ou non               
+soil_model=y
+##  Choix ou non  de  New oliq               
+new_oliq=y
+##  Orodr  ou  non   pour l orographie              
+ok_orodr=y
+##  Orolf  ou  non   pour l orographie              
+ok_orolf=y
+##   Si = .T. ,  lecture du fichier limit avec la bonne annee             
+ok_limitvrai=n
+## Nombre  d'appels des routines de rayonnements ( par jour)
+nbapp_rad=12
+##  Flag  pour la convection (1 pour LMD, 2 pour Tiedtke, 3 KE, 4 KE vect)
+iflag_con=2
+## longitude en degres du centre du zoom
+clon=0.
+## latitude en degres du centre du zoom
+clat=0.
+## facteur de grossissement du zoom,selon longitude
+grossismx=1.0
+## facteur de grossissement du zoom ,selon latitude
+grossismy=1.0
+##  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale
+fxyhypb=y
+## extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomx=0.0
+## extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+dzoomy=0.0
+##raideur du zoom en  X
+taux=3.
+##raideur du zoom en  Y
+tauy=3.
+##  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .true. , sinon y = latit.
+ysinus=y  
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/offline.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/offline.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/offline.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,10 @@
+## $Id: offline.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+T
+4
+T
+-2.
+48.1
+1
+T
+6
+2
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/orchidee.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/orchidee.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,44 @@
+## $Id: orchidee.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+#
+# SECHIBA
+#
+STOMATE_OK_CO2=FALSE
+# STOMATE_OK_STOMATE is not set
+# STOMATE_OK_DGVM is not set
+# STOMATE_WATCHOUT is not set
+#SECHIBA_restart_in=default
+SECHIBA_restart_in=start_sech.nc
+SECHIBA_rest_out=sechiba_rest.nc
+SECHIBA_reset_time=y
+SECHIBA_reset_time is not set
+OUTPUT_FILE=sechiba_out.nc
+WRITE_STEP=2592000
+SECHIBA_HISTLEVEL=10
+STOMATE_OUTPUT_FILE=stomate_history.nc
+STOMATE_HIST_DT=10.
+STOMATE_HISTLEVEL=0
+SECHIBA_DAY=0.0
+SECHIBA_ZCANOP=0.5
+DT_SLOW=86400.
+# IMPOSE_VEG is not set
+VEGETATION_FILE=carteveg5km.nc
+DIFFUCO_LEAFCI=233.
+CONDVEG_SNOWA=default
+# IMPOSE_AZE is not set
+SOILALB_FILE=soils_param.nc
+SOILTYPE_FILE=soils_param.nc 
+ENERBIL_TSURF=280.
+HYDROL_SNOW=0.0
+HYDROL_SNOWAGE=0.0
+HYDROL_SNOWICE=0.0
+HYDROL_SNOWICEAGE=0.0
+HYDROL_HDRY=1.0
+HYDROL_HUMR=1.0
+HYDROL_BQSB=default
+HYDROL_GQSB=0.0
+HYDROL_DSG=0.0
+HYDROL_DSP=default
+HYDROL_QSV=0.0
+THERMOSOIL_TPRO=280.
+RIVER_ROUTING=y
+ROUTING_FILE=routing.nc
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/physiq.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/physiq.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/physiq.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,80 @@
+##- $Id: physiq.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+OCEAN=force 
+VEGET=n
+OK_journe=n
+OK_mensuel=y
+OK_instan=n
+if_ebil=0
+#
+# parametres KE
+#
+epmax = .99
+ok_adj_ema = n
+iflag_clw = 1
+# 
+# parametres nuages
+#
+cld_lc_lsc = 0.00026
+cld_lc_con = 0.00026
+cld_tau_lsc = 3600.
+cld_tau_con = 3600.
+ffallv_lsc = 1.
+ffallv_con = 1.
+coef_eva = 0.00002
+reevap_ice = y
+iflag_cldcon = 3
+iflag_pdf = 1
+fact_cldcon = 1.
+#facttemps = 1.e-4
+facttemps = 0.0001
+ok_newmicro = y
+ratqsbas = 0.005
+ratqshaut = 0.33
+rad_froid = 35
+rad_chau1=12
+rad_chau2=11
+#ksta_ter=1.e-7
+ksta_ter=0.0000001
+#
+# parametres outputs
+#
+#niveau de sortie "hf" lev_histhf avec
+# - lev_histhf=3 => defaut
+# - lev_histhf=4 => histhf3d.nc champs 3d niveaux modele
+lev_histhf=3
+#niveau de sortie "day" lev_histday
+# - lev_histday=2 => defaut
+# - lev_histday=3 => + champs 3D => F. Lott
+# - lev_histday=4 => + champs sous-surfaces
+lev_histday=2
+#niveau de sortie "mth" lev_histmth avec
+# - lev_histmth=2 => defaut
+# - lev_histmth=3 => albedo, rugosite sous-surfaces
+# - lev_histmth=4 => champs tendances 3d
+lev_histmth=4
+#
+# parametres climatique
+#
+R_ecc = 0.016715
+R_peri = 102.7
+R_incl = 23.441
+solaire = 1365.
+co2_ppm = 348.
+CH4_ppb = 1650.
+N2O_ppb = 306.
+CFC11_ppt = 280.
+CFC12_ppt = 484.
+#
+# parametres simulateur ISCCP
+#
+top_height = 3
+#overlap = 1, 2 ou 3
+overlap = 3
+#cdmmax
+#cdmmax = 2.5E-3
+cdmmax = 0.0025
+#cdhmax
+#cdhmax = 2.0E-3
+cdhmax = 0.002
+iflag_pbl = 1
+iflag_thermals = 0
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/run.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/run.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/run.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,20 @@
+## $Id: run.def 71 2007-06-21 14:26:03Z acosce $
+INCLUDEDEF=physiq.def
+INCLUDEDEF=gcm.def
+INCLUDEDEF=orchidee.def
+## Jour de l'etat initial ( = 350  si 20 Decembre ,par expl. ,comme ici )
+dayref=_dayref_
+##  Annee de l'etat  initial (   avec  4  chiffres   )
+anneeref=_anneeref_
+## raz_date
+raz_date=_raz_date_
+## Nombre de jours d'integration
+nday=_nday_
+## periode de sortie des variables de controle (en pas)
+iconser= 480
+## periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)
+iecri=10
+## periode de stockage fichier histmoy (en jour)
+periodav=1.
+## unite de sortie des impressions
+lunout=6
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/traceur.def
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/traceur.def	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/PARAM/traceur.def	(revision 349)
@@ -0,0 +1,5 @@
+4
+14 14 H2Ov
+10 10 H2Ol
+10 10 RN
+10 10 PB
Index: /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/config.card
===================================================================
--- /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/config.card	(revision 349)
+++ /CONFIG/tags/LMDZINCA_v2/LMDZINCA_v2_2/EXP_NMHC_AER/config.card	(revision 349)
@@ -0,0 +1,107 @@
+#- $Id: config.card 69 2007-06-21 14:08:22Z acosce $
+#========================================================================
+#D-- Compatibility -
+[Compatibility]
+libIGCM=1.0
+#========================================================================
+#D-- UserChoices -
+[UserChoices]
+#============================
+#D-- (<8 chars MAX for JobName)
+JobName=NMHC_AER_AC00
+LongName='LMDz4INCA with New scripts'
+TagName=LMDZINCA/NMHC_AER
+#============================
+#D-- leap, noleap, 360d
+CalendarType=360d
+#D-- Début et fin de Job
+#D-- "YYYY-MM-DD"
+DateBegin=2000-01-01
+DateEnd=2000-12-30
+#============================
+#D-- 1Y, 1M, 5D, 1D
+PeriodLength=1M
+#============================
+#-- PBS Class (required on brodie mono/multi)
+#JobClass=mono
+JobClass=multi
+#============================
+#-- Total Number of Processors (minimum is 2 for a coupled configuration)
+#JobNumProcTot=2
+JobNumProcTot=4
+#============================
+#-- Run Options : here for oasis coupling
+JobRunOptions='"-np "${config_UserChoices_JobNumProcTot}'
+#========================================================================
+#D-- ListOfComponents -
+[ListOfComponents]
+#D- For each component, Name of component, Tag of component
+ATM= (lmdz, LMDZ4)
+CHM= (inca, INCA3) 
+
+#========================================================================
+#D-- Executable -
+[Executable]
+Name=gcm.e
+#D- For each component, Real name of executable, Name of executable for oasis
+ATM= (gcm.e, gcm.e)
+CHM= (inca.dat, inca.dat)
+
+#========================================================================
+#D-- Restarts -
+[Restarts]
+#D- If you want a GENERAL RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y'
+OverRule=n
+#D- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=1869-12-30
+#D- Define restart simulation name (=> JOB_OS)
+RestartJobName=CD1
+#D- Path Server Group Login (=> PSGL)
+RestartPath=/dmnfs/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL/
+# Attention login depend de la machine
+
+#========================================================================
+#D-- Post -
+[Post]
+#D- Do we rebuild parallel output, this flag determines
+#D- frequency of rebuild submission
+RebuildFrequency=NONE
+#D- If you want to monitor variables, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+MonitoringFrequency=NONE
+#D- If you want to produce time series, this flag determines
+#D- frequency of post-processing submission
+TimeSeriesFrequency=1M
+#D- If you want to produce seasonal average, this flag determines
+#D- the period of this average
+SeasonalFrequency=5Y
+
+#========================================================================
+#D-- ATM -
+[ATM]
+#
+WriteFrequency="1M 1D HF"
+# If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read
+Restart= n
+# Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+# Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+# Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
+#D-- CHM -
+[CHM]
+WriteFrequency="1M"
+Restart=n
+#D-- Last day of the experience used as restart
+RestartDate=2000-01-01
+#D-- Define restart simulation name
+RestartJobName=Test_nvSc_AER
+RestartPath=/dmnfs11/p86cozic/IGCM_OUT/AER
+#D-- Old component name for restart (if empty, use new name)
+OldName=""
+
+#========================================================================
