= Configuration IPSLCM5 =

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IPSLCM5 is the IPSL coupled configuration based on NEMO as oceanic component.

== 24 novembre 2008 ==

Une première version de la configuration IPSLCM5 a tourné sur mercure.
Cette version comprend : 
 * LMDZ4_V3_4 pour LMDZ (avec l'interface de couplage modifiée à la main)
 * Trunk NEMO (avec des modifications à la main pour compilation et exécution)

Cette version a tourné en configuration Orca2xLMD9671.
La physique utilisée dans NEMO est la meme que celle utilisée dans OPA8.
Les résultats de la config IPSLCM5 (avec NEMO) sont disponibles la :
http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5/WEND5
à comparer avec une version de référence IPSLCM4_v2 (avec OPA8) :
http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM4_v2/PRMLSUR

Il reste à faire pour avoir une configuration IPSLCM5 de référence (IPSLCM4_v2 avec NEMO à la place d'OPA8) :

NEMO :

 * Committer les modifications nécessaires sur le trunk
 * Resoudre le problème de nom de restart (voir ticket NEMO http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/ticket/258)
 * Taguer une version validée de NEMO
 * Modifier le fait_config pour l'utiliser en configuration couplée

LMDZ :

 * Committer les modifications nécessaires sur la branche LMDZ4_v3_patches pour le couplage avec NEMO

LibIGCM :

 * Committer les modifications nécessaires pour l'utilisation de NEMO (merge avec la config ORCA2_LIM).

Config IPSLCM5 :

 * Committer les modifications nécessaires : namcouple, namelist

Attention : sur mercure l'utilisation de la librairie MPI 7.2.4 est indispensable.
Pour l'utiliser : export SX_BASE_MPI=/SX/opt/mpisx/new avant de faire le gmake

== Premiers Tests (suite) - Aout 2008 ==

To acess and compile IPSLCM5 coupled configuration, differents steps are needed :
{{{
mkdir TEST ; cd TEST
svn_ano # alias described here http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/ModipslBeginner#Lectureseule
cd modipsl/util
./model IPSLCM5
vi ../modeles/UTIL/fait_config # add line 41 : set -A DIR_IPSLCM5 OPA_SRC LIM_SRC_2 C1D_SRC NST_SRC
                               # complete line 35 with : ... \nIPSLCM5"
../modeles/UTIL/fait_config IPSLCM5
./ins_make 
cd ../config/IPSLCM5
sxgmake

vi EXP00/config.card # change JobName, ...
../../util/ins_job
vi EXP00/Job_... # change batch memory request (replace 6gb by 7gb)

}}}

Execution :
 * La configuration IPSLCM5 a été ajoutée là : source:CONFIG/trunk/IPSLCM5
 * Les fichiers d'entrée ont été ajoutés au CCRT et à l'IDRIS sous le login commun
 * Seule la résolution 96x71-ORCA2 a été prévue pour le moment
 * L'exécution se passe bien (2 mois), plantage à 2 ans.
 
Prochaines étapes :
 * check que les fichiers de sortie de IPSLCM5 sont biens rebuildés, sauvés, post-traités,...
 * ORCA2_LIM avec libIGCM, paramétrisation nb procs, y compris monitoring et atlas, restart n fichiers/n procs, ...
 * reflechir sur le couplé avec 2 modèles parallèles : choix du nbre de procs ocean, atm pour la compilation, l'execution (lien entre compil et execution pour NEMO)),...
 * portage sur platine Bull CCRT et Power6 IDRIS
 * point phasage avec seb masson sur la head. On doit passer du temps sur le reglage de la version actuelle que l'on a ou bien on attend le merge avec la head ?
 * Taggage de la Head de LMDZ puis ajout dans IPSLCM5, avec physique backup
 * Paramétrage et choix de la nouvelle physique LMDZ 

Remarques concernant la compilation : 
 * Inclure dans fait_AA_make :
   * $(USER_INC) ajouté à la fin des options de compilation sur toutes les machines
   * OASIS_LIB au lieu de OASISMPI2_LIB
 * Trouver le meilleur moyen de parametrer la résolution orca (ORCA2 ou ORCA05). A ce propos, voir NVTK (use_cfg et cfg.txt) qui utilise des fichiers du genre : BB_make.ldef_GYRE, des sources supplémentaires dans un répertoire de type MY_SRC, et range les bibliothèques dans des répertoires différents.
 * Répondre à 'comment donne-t-on le mot de passe NEMO?' Quel lien organiser avec la NEMO user database?


== First tests - April 2008 ==

Performances of 1 month simulation of IPSLCM5 configuration (NEMO_ORCA2xLMDZOR_144x142)

|| '''Machine''' || Type || Nb CPUs || Configuration || '''Real Time''' ||
|| Mercure || Nec-SX8R ||  8    || 7 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA-OASIS3 || 15 minutes ||
|| Platine || Bull-Itanium2 ||  10   || 8 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 || 73 minutes ||
|| Platine || Bull-Itanium2 ||  20   || 18 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 || 34 minutes ||
|| Platine || Bull-Itanium2 ||  30   || 28 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 || 25 minutes ||
|| Platine || Bull-Itanium2 ||  40   || 38 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 || 22 minutes ||

== Steps ==

Obsolète (août 2008)

 * mod.def update : to include IPSLCM5 configuration
   * mod.def : IPSLCM5 added
   * model (WORK stuff suppressed for IPSLCM5)
   * fait_config : IPSLCM5 config added
   * KEY2 adapted in IPSLCM5/AA_make
     * Pb: P_P filled in IPSLCM5/AA_make not known in Makefile. 
       * Q: How to parametrize ORCA resolution and ORCA keys in IPSLCM5/AA_make? 
       * A: use '''P_NEMO''' in IPSLCM5/AA_make and use P_P := $('''P_NEMO''':%=$(prefix)%) in scripts/BB_make
     * How to add 2 parameters in ORCA compilation : PSMILE Include and PSMILE library 
   * Prefix for preprocessing added in IPSLCM5/scripts/BB_make.ldef (-D). 
 * CONFIG/IPSLCM5 : to prepare files used for IPSLCM5 
   * components compilation :
     * fait_config update for IPSLCM5 configuration
     * AA_make for compilation
   * files required for an execution
     * logical links to similar files handled through IPSLCM4_v2
       * COMP : lmdz.card, lmdz.driver, orchidee.card, orchidee.driver 
       * PARAM : Bands*, cf_name.txt, *.def
     * physical files for files used by NEMO
       * AA_make, AA_make.ldef
       * COMP: lim.card, lim.driver, opa.card, opa.driver, oasis.card, oasis.driver
       * PARAM : *param (namelist pour LIM aussi), nacouple*, namelist* 
 * NEMO sources modified to compile. copied from Arnaud's directory : /work/cont003/p86caub/IPSLCM4_v2_NEMO/modipsl/modeles/NEMO
  * cpl_oasis3.F90
  * restart.F90 (eviter d'appeler le fichier de restart : restart)
  * cpl.F90
  * cpl_oasis3.F90
  * tau_oasis_ice.h90
  * taumod.F90
  * flx_oasis_ice.h90
  * flxmod.F90
  * flx_oce.F90 (use mod_diurnalcycle suppressed)
  * traqsr.F90
  * trasbc.F90
  * step.F90 (use diawript suppressed)
  * opa.F90

== Open questions ==
 
 * Cecill licences
 * User recording in NEMO and other components databases
 * Minimize the number of password required


Arnaud Caubel et Marie-Alice Foujols

February 2008