= IPSLCM5A : reference version of IPSL CMIP5 coupled model =

This technical note describes IPSLCM5A : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/attachment/wiki/igcmg/Documentation/IPSL%20Earth%20System%20Model%202010-05.pdf IPSL Earth System Model 2010-05]

Sorry, this page is in French. 

[[PageOutline]]

= Description rapide de IPSLCM5A =

IPSLCM5A correspond à la version de production du modèle climat de l'IPSL à la date du 17 juin 2010. Il inclut :
 * les composantes du modèle :
  * le modèle d'atmosphère LMDZ ; 
  * le modèle d'océan NEMO incluant la glace de mer LIM2 et la biogéochimie marine PISCES; 
  * le modèle de surfaces continentales ORCHIDEE ;  
  * le coupleur OASIS .
 * les outils :
  * l'interface utilisateurs d'accès aux modèles de l'IPSL modipsl ; 
  * l'interface utilisateurs pour les entrées/sorties du modèle de l'IPSL IOIPSL et le serveur d'IO ; 
  * les scripts de lancement du modèle libIGCM

= Modifications apportées à la configuration figée =

 * Voir là : [wiki:ModifIPSLCM5A]
 * IPSLCM5A et CO2 interactif là [wiki:IPSLCM5ACo2]

= Le cours =

Le cours donné en octobre 2012 est disponible depuis cette page-là : wiki:platform/documentation [[BR]]

= Comment accéder à IPSLCM5A, compiler et lancer une première expérience? =

== Résumé des commandes ==

{{{
mkdir MONREPERTOIRE ; cd MONREPERTOIRE
svn_ano
cd modipsl/util
./model IPSLCM5A
./ins_make
cd ../config/IPSLCM5A
gmake
cd EXP00
vi config.card
../../../util/ins_job
vi Job_EXP00
qsub Job_EXP00
}}}

== Résolution conseillée ==

A retenir : seule la résolution utilisée par défaut : ORCA2xLMD9695-L39 pour LMDZ 96x95x39 et ORCA2 a été réglée. Les autres résolutions ne sont pas garanties. Il s'agit de : 
 * ORCA2xLMD4443 
 * ORCA2xLMD5655 
 * ORCA2xLMD9671
 * ORCA2xLMD9695 
 * '''ORCA2xLMD9695-L39 '''
 * ORCA2xLMD144142 
 * ORCA2xLMD144142-L39

== Informations, Astuces et Vérifications ==

 * Plus d'informations sont disponibles [wiki:platform/documentation_2012/indexback dans la page accessible là]. (Ancienne page !ModipsBeginner) . En particulier les informations sur les environnements sur les différentes machines. Lisez au moins la table des matières, svp!
 * Pratique : {{{ alias svn_ano='svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl' }}}
 * Vous devez avoir accès à subversion ou svn. Nécessite {{{ module load svn }}} sur certaines machines.
 * Vous devez avoir accès à fcm. Nécessite d'ajouter le chemin d'accès à votre PATH. 

== Mots de passe ==

Les mots de passe demandés sont au nombre de 2 : 
 * Le premier est celui pour Orchidee. 
 * Le deuxième est celui de NEMO. Attention! Il faut répondre (RETURN) pour pouvoir préciser le login NEMO. Enregistrez-vous comme utilisateur [http://www.nemo-ocean.eu NEMO] pour l'obtenir :  http://www.nemo-ocean.eu/user/register. 
Vous pouvez aussi les demander gentiment à votre collègue préféré. Ils ne sont à renseigner qu'une seule fois (par machine et par login).

 * Détails des requêtes demandant des mots de passe :
 {{{
> ./model IPSLCM5A
...
Logging in to :pserver:sechiba@cvs.ipsl.jussieu.fr:2401/home/ssipsl/CVSREP
CVS password:             # donner le mot de passe Orchidee
...
Authentication realm: <http://forge.ipsl.jussieu.fr:80> SVN login
Password for 'login_sur_machine_de_calcul':   # taper RETURN pour avoir la possibilité de donner votre propre username
Authentication realm: <http://forge.ipsl.jussieu.fr:80> SVN login
Username:                 # donner le Username que vous avez demandé au site NEMO (patienter 30 mn) ou nemo_user
Password for 'xxxxxx':    # donner le mot de passe enregistré sur le site NEMO ou celui de nemo_user reçu par mail 
}}}
 * Ces informations sont enregistrées dans le répertoire {{{~/.subversion}}} pour ce qui concerne subversion, et dans le fichier {{{~/.cvspass}}} pour ce qui concerne CVS. 

= Quelles sont les 4 expériences de base? =

== EXP00 ==

'''EXP00''' contient une expérience de type contrôle actuel (pdControl). Les sorties sont modérées.
 * Voir le fichier config.card là : [browser:CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/config.card]
 * Voir les fichiers de paramètres PARAM là : [browser:CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/PARAM]
   * Les paramètres retenus ont été validés pour la résolution 96x95x39
 * Voir les fichiers de pilotage de la simulation COMP là : [browser:CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/COMP]

'''A retenir''' : la nomenclature des fichiers de sortie a changé. Vous retrouverez les sorties des simulations dans votre répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl. Voir  !SpaceName et !ExperimentName dans config.card.

=== Les variables sorties par une simulation EXP00 ===

Voir [wiki:IPSLCM5A/Sorties/EXP00] la liste détaillées (ncdump) des variables sorties par la simulation EXP00.

== piControl ==
 
'''piControl''' contient une expérience de type contrôle préindustriel (piControl). Les sorties correspondent aux sorties demandées par CMIP5.

 * Voir le fichier config.card là : [browser:CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/piControl/config.card]
 * Voir les fichiers de paramètres PARAM là : [browser:CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/piControl/PARAM]
 * Voir les fichiers de pilotage de la simulation COMP là : [browser:CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/piControl/COMP]

=== Principales différences entre piControl et EXP00 ===

|| Fichier || EXP00 || piControl || Commentaires ||
|| COMP/lmdz.card || aerosols_11YearsClim_1995.nc || - || ||
|| COMP/orchidee.card || PFTmap_IPCC_2000.nc || PFTmap_IPCC_1850.nc || ||
|| PARAM/physiq.def_L39 || 0.008 || 0.0 || pmagic ||
|| || 367. || 0.28472500E+03  || co2_ppm ||
|| || 1760. || 0.79097924E+03 || CH4_ppb||
|| || 316. || 0.27542506E+03 || N2O_ppb ||
|| || 741.2 || 0. || CFC11_ppt ||
|| || 535. || 0. || CFC12_ppt ||
|| || actuel || preind || aer_type ||


=== Les variables sorties par une simulation piControl ===

Voir [wiki:IPSLCM5A/Sorties/piControl2] la liste détaillées (ncdump) des variables sorties par la simulation piControl2.

== historical ==

'''historical''' contient une expérience de type simulation historique (1850-2005) avec tous les forcages nécessaires.

 * Voir le fichier config.card là : [browser:CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/historical/config.card]
 * Voir les fichiers de paramètres PARAM là : [browser:CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/historical/PARAM]
 * Voir les fichiers de pilotage de la simulation COMP là : [browser:CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/historical/COMP]
 * Attention à demander 20 Gb de mémoire sur NEC SX-9

=== Principales différences entre historical et EXP00 ===

|| Fichier || EXP00 || historical || Commentaires ||
|| COMP/lmdz.card || aerosols_11YearsClim_1995.nc || aerosols_11YearsClim_${year}.nc, aerosols${year}.nc, 1:12: || à partir de la 1ère toutes les 12 périodes (mois) [min]:[modulo:][max] ||
|| || || climoz_LMDZ_${year}.nc,          climoz_LMDZ.nc,     1:12: || ||
|| || || CO2_1765_2005.txt || ||
|| || || CH4_1765_2005.txt || ||
|| || || N2O_1765_2005.txt || ||
|| || || CFC11_1765_2005.txt || ||
|| || || CFC12_1765_2005.txt || ||
|| COMP/lmdz.driver || || IPCC_CO2= ... ; LMDZ_sed physiq.def co2_ppm ${IPCC_CO2} || CO2 update ||
|| COMP/orchidee.card || PFTmap_IPCC_2000.nc || PFTmap_1850to2005_AR5_LUHa.rc2.nc || ||
|| PARAM/orchidee.def || 0Y || 1Y || VEGET_UPDATE ||
|| || n || y || LAND_COVER_CHANGE = n ||

=== Les variables sorties par une simulation historical  ===

Voir [wiki:IPSLCM5A/Sorties/v2.historical1] la liste détaillées (ncdump) des variables sorties par la simulation v2.historical1.

= Quelles sont les quantités de sortie des 3 expériences? =

== Paramétrages des sorties ==
|| || '''EXP00''' || '''piControl''' || '''historica'''l ||
|| '''ATM physiq_L39''' || || || ||
|| lev_histmth || 5 ||5 ||5 ||
|| lev_histday || 2 || 2 || 5 ||
|| lev_histhf || 2 || 2 || 5 ||
|| vitw || 2 3 10 6 10 || 2 3 10 6 10 || 2 3 7 6 6 ||
|| pres || 2 3 10 10 10 || 2 3 10 10 10 || 2 3 7 6 6 ||
|| '''ATM lmdz.card''' || || || ||
|| LMDZ_NMC_daily || n || y || y ||
|| LMDZ_NMC_hf || n || y || y ||
|| LMDZ_COSP_OK || n || [y/n] || y ||
|| LMDZ_COSP_monthly || - || [y/n] || y ||
|| LMDZ_COSP_daily || - || [y/n] || [y/n] ||
|| '''SRF config.card''' || || || ||
|| !WriteFrequency || 1M || 1M HF || 1M HF ||
|| '''OCE opa9.card''' || || || ||
|| OUTPUT_LEVEL || 2 || 2 || 3 ||
|| iodef.xml || - || dbio_T || dbio_T ||


== Tableau des quantités de sorties pour 10 ans, en Go ==

Revu le 2/8/2010 cad après le régime minceur ATM (DA et HF).

|| || '''pdControl''' || || || || '''piControl''' || || || ||'''historical''' |||||||| Restart ||
|| || MO || DA || HF || TS || MO || DA || HF || TS ||MO || DA || HF || TS || ||
|| ATM || 15 || 11 || || 13 || 10 || 20 || 38 || 50 ||23 || 108 (+210 COSP) || 150 (+840 COSP) || 213 || 6 ||
|| CPL || 1 || 27 || || || 1 || 26 || ||  || 1 || 26 || ||  || 0,4 ||
|| OCE || 8 || 1 || || || 9 || 1 || || 10 || 9 || 51 || || 61 || 16 ||
|| ICE || 0,4 || || || || 0,4 || || || 0,4 || 0,4 ||2 || ||2 || 1 ||
|| MBG || 15 || || || || 20 || || || 0,7 ||20 || || || 24 || 40 ||
|| SRF || 1 || || || || 2  || || 10  || 4 || 2 || || || 0,6 || 5 ||
|| SBG || 5 || || || || 5 || || || 1,2 ||5 || || || 2 || 15 ||
|| '''Total''' || || || || || 47,4 || 47 || 48 || 66,2 || 61,4 || 187 || 150 || 302 || 84 ||
|| '''Grand Total''' || || || || ||  ||  ||  || '''210''' ||  ||  ||  || '''400''' (610 avec COSP DA, 1450 avec COSP HF) || ||

[[BR]]

== Tableau du nombre de fichiers pour une simulations de type historique : 1850-2005 ==

'''Nombre de fichiers'''

|| '''COMP'''    || MO     || DA  ||    HF    ||  TS_MO ||  TS_DA ||  TS_HF  || SE  ||    Restart    ||     Debug   || '''Tot'''||
|| ATM|| 5616|| 4068|| 7488|| 250|| 571|| 338|| 32 ||      3744 ||      5619    ||  27726 ||
|| CPL|| 3744|| 3744|| 0|| 27|| 0|| 0|| 32 ||      3744 ||      3744    ||  15035 ||
|| OCE|| 11234|| 5616|| 0|| 166|| 71|| 0|| 77 ||      1872 ||      5616 ||  24652 ||
|| ICE|| 1872|| 1872|| 0|| 26|| 6|| 0|| 17 ||      1872 ||      0       ||  5665 ||
|| MBG|| 5616|| 0|| 0|| 125|| 0|| 0|| 47 ||      1872 ||      0 ||  7660 ||
|| SRF|| 1872|| 0|| 1872|| 42|| 0|| 26|| 17 ||      1872 ||      5616   ||  11317 ||
|| SBG|| 3744|| 0|| 0|| 60|| 0|| 0|| 32 ||      1872 ||      0  ||  5708 ||
|| '''TOTAL1''' ||            ||||||||||||||||||                                                                   97763 ||
|| Exe    ||        |||||||||||||||||| 3||
|| Out    ||        ||||||||||||||||||1947||
|| MONITORING   ||     ||||||||||||||||||399||
|| ATLAS   ||     ||||||||||||||||||19395||
|| '''TOTAL'''     ||      ||||||||||||||||||                                                                         '''119507''' ||


= Quelles sont les équivalences entre les variables IPSL et les variables CMIP5 ? =

Ces tableaux permettent de retrouver les équivalences entre les variables IPSL et les noms officiels CMIP5 : wiki:IPSLCM5A/Sorties/EquivalenceIPSLCMIP5
[[BR]]
= Sur quelles machines IPSLCM5A a-t-il tourné? =

== CCRT ==

=== NEC SX9 : mercure ===

'''Recommandations''' : 
 * N'oubliez pas de basculer dans l'environnement SX9. Voir [wiki:Modipsl_mercure#CompilationsurlaSX9 Spécificités SX9].
 * Pour éviter des transferts DMNFS SX9 en trop grand nombre, sur la SX9, il faut utiliser la fonctionnalité 'Rebuild from Workdir' à la place du fonctionnement par défaut : 'Rebuild from Archive'. Pour cela mettre dans {{{config.card}}} : {{{RebuildFromArchive=NONE}}}
 * Dans ce cas, les fichiers de sorties sont stockés temporairement dans le répertoire : $SCRATCHDIR/REBUILD/IPSLCM5A/JobName
 * Attention aux quotas de l'espace $SCRATCHDIR qui doit pouvoir stocker toutes les simulations en route à un moment donné.  Estimation : 1500GB pour ceux qui lanceront des simus CMIP5. Par défaut 250 GB qui ne permettent qu'une seule simulation à la fois. Mettre dans config.card {{{RebuildFrequency=1Y}}}

 * EXP00 a tourné.
   * Monitoring disponible là : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/EXP00/MONITORING
   * Atlas (1 an) disponible là : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/EXP00/ATLAS
   * Ressources :
     * 780 s de temps réel par mois 
     * 4 processeurs
     * 2300s s de temps CPU par mois

 * piControl a tourné.
   * Monitoring disponible là : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/DEVT/piControl/EXP00/MONITORING
   * Atlas (1 an) disponible là : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/DEVT/piControl/EXP00/ATLAS
   * Ressources :
     * 720 s de temps réel par mois 
     * 4 processeurs
     * 2200s s de temps CPU par mois

 * historical a tourné.
   * Monitoring disponible là : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/DEVT/historical/EXP00/MONITORING
   * Atlas (1 an) disponible là : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/DEVT/historical/EXP00/ATLAS
   * Ressources :
     * 780 s de temps réel par mois 
     * 4 processeurs
     * 2390s s de temps CPU par mois

  * Voir aussi piControl2 : 100 ans sur mercure (2500-2599) http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/PROD/piControl/piControl2
    * à comparer avec piControl2V (vargas) et piControl2T (titane)

=== Bull titane ===

 * Sur cette machine, il y a quelques modifications à faire à la main en plus. Voir [wiki:Modipsl_envCalc spécificités titane] et [wiki:Modipsl_titane Lancer IPSLCM5A sur la machine Titane machine Xeon du CCRT]
 * EXP00 a tourné.
   * Monitoring disponible là : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/EXP01/MONITORING
   * Atlas (1 an) disponible là : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/EXP01/ATLAS
   * Ressources :
     * 1130 s de temps réel par mois 
     * 32 processeurs au total
     * 5 processeurs pour NEMO pour équilibrer les temps atmosphère/océan.
 * Voir piControl2T : 100 ans sur titane (2500-2599) http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/TEST/piControl/piControl2T

== IDRIS ==

=== IBM : vargas ===

 * Sur cette machine, il y a quelques modifications à faire à la main en plus. Voir [wiki:Modipsl_envCalc Lancer IPSLCM5A sur la machine Vargas machine IBM de l'IDRIS]. 
 * 6/12/2010 : EXP00 a tourné, NEMO sur 5 procs
   * Monitoring disponible là : http://dodsp.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/MONITORING/
   * Atlas (10 ans) disponible là : http://dodsp.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/ATLAS
   * Ressources :
    * 1200 s de temps réel par mois 
    * 32 processeurs en tout
    * 5 processeurs pour NEMO pour équilibrer les temps atmosphère/océan.
 * Voir piControl2V : 100 ans sur vargas (2500-2599) : http://dodsp.idris.fr/rtgw001/IPSLCM5A/TEST/piControl/piControl2V

= Quelles sont les simulations dont je peux partir ? =

Sur le CCRT et  l'IDRIS ont été recopiés quelques fichiers permettant les démarrages de vos propres simulations :
 * ils sont rangs dans les répertoires communs : IGCM_RESTART avec les mêmes noms que dans les répertoires de chacun IGCM_OUT
 * ils sont synchronisés entre le CCRT et l'IDRIS. Voir commande : /dmnfs11/cont003/p86ipsl/synchro_restart_mercure_to_gaya
 * Une date c'est 9 fichiers et  700 MO.

Tableau des simulations et des dates stockes :
|| Simus || date || machine originale ||
|| piControl2 || 1849-12-31 || SX9 ||
|| piControl2 || 1859-12-31 || SX9 ||
|| piControl2 || 1869-12-31 || SX9 ||
|| piControl2 || 1985-12-31 || SX9 ||
|| !CpiControl01 || 1849-12-31 || SX9 ||
|| v3.historical1 || 2005-12-31 || SX9 ||
|| v3.historical2 || 2005-12-31 || SX9 ||
|| v3.historical3 || 2005-12-31 || SX9 ||
|| v3.historical4 || 2005-12-31 || SX9 ||

= Quelles sont les configurations forcées en phase avec IPSLCM5A ? =

== LMDZOR ==

 * LMDZ4OR_v3 
 * LMDOR_v4 : 
  * A retenir : on peut utiliser les exécutables générés pour IPSLCM5A. Voir : [wiki:Modipsl_execFAQ#Passagedunesimulationcoupléeàunesimulationforcée Passage d'une simulation couplée IPSLCM5A à une simulation forcée LMDZOR_v4 ]
  * Les  [wiki:LMDZOR_v4 informations détaillées sont là ]

== NEMO : ORCA2_LIM_PISCES ==
  
 * Run a NEMO standard configuration ORCA2_LIM ( coupled or not with PISCES ) on Titane : [wiki:NEMO_ORCA2]

== ORCHIDEE_OL ==

 * ORCHIDEE_AR5:
 * ORCHIDEE_SVN_AR5 : 

= Quels sont les outils utilisés par IPSLCM5A ? =
 
 * modipsl est détaillé là : [wiki:platform/documentation_2012/indexback là]
 * libIGCM est décrit là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm]
 * IOIPSL est décrit là : [http://www.ipsl.jussieu.fr/~ioipsl/WWW2/index.html IOIPSL web page] et [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/wiki_ipsl/IoIpsl Wiki page - Intranet]
 * l'IO server est accessible là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver/browser ioserver source]
 * les sources de FCM sont : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/fcm/browser là]
 * Oasis est décrit [http://www.cerfacs.fr/globc/software/oasis/index.html au CERFACS]

= Historique =
Les versions IPSLCM5_v2 et IPSLCM5_v3 ont servi à la mise au point de IPSLCM5A. Elles ne seront pas entretenues à partir de mai 2010 et leur utilisation déconseillée.