wiki:IPSLCM5_v5

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New configuration family v5

New set up of the coupled models of IPSL. The main difference is that each configuration now comes with the possibility to run all experiements defined for all sub-configurations that can be formed using the compiled sources. Extraction of a configuration defines the number of components to download and to compile.

Available configurations are :

  • IPSLCM5_v5 contains possibility to run IPSLCM5A, IPSLCM5B and IPSLCM5_C and all the smaller configurations LMDZOR and LMDZ.
  • LMDZORINCA_v5 contains possibility to run LMDZORINCA, LMDZOR and LMDZ (and maybe LMDZINCA later)
  • LMDZOR_v5 contains possibility to run LMDZOR and LMDZ
  • LMDZREPR_v5 contains possibility to run LMDZREPR and LMDZ
  • IPSLCM5CHS_v5 containts possibility to run all experiements in IPSLCM5_v5 and IPSLCM5CHS (IPSLCM5+REPROBUS)

Working branch of modipsl

A new branch of modipsl is created to test new configurations. Extract as follow :

svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/branches/newconfig modipsl

New fonctionalities in this branch :

  • mod.def : contains the configurations IPSLCM5_v5, LMDZOR_v5, LMDZREPR_v5, LMDZORINCA_v5 in v5 family.
  • model
    • possibility to change a model component version. See revision 1733.
    • add creation of Makefiles by the ins_make commande. See revision 1748.
  • ins_make : create specific experiement directory combining GENERAL and EXPERIMENTS/xxx/yyy directory. See further below. (Also in modipsl/trunk)

Extract IPSLCM5_v5 configuration

Everything has been done to extract this configuration. Use branches/newconfig of modipsl, revison 1749 or later.

./model IPSLCM5_v5

Contents of the configuration directory (for exemple IPSLCM5_v5 or LMDZREPR_v5)

> ls
AA_make
AA_make.ldef
scripts             - this directory exists only for configuration IPSLCM5_v5 containg NEMO
GENERAL
EXPERIMENTS

The AA_make* files and the directory scripts are used for the compiling. These are the same as in the old configuration (for exemple IPSLCM5A). There are no differences in compiling compared to the old configurations.

For the running part, there are 2 directories :

  • GENERAL
    contains the sub-directories POST, PARAM and DRIVERS. The files in GENERAL are used for all types of experiments using this configuration.
  • EXPERIMENTS
    contains different sub-directories with all cards needed for all proposed experiments with the configuration. The possible experiments are divided into sub-configurations which contains different experiments. A configuration may contain several sub-configurations. Only sub-configurations and experiements that are possible with the extracted configuration are present in EXPERIMENTS.

For exemple for IPSLCM5_v5 :

! Available sub-configurations
> ls EXPERIMENTS
IPSLCM5
LMDZ
LMDZOR

! Available experiments
> ls EXPERIMENTS/*
EXPERIMENTS/IPSLCM5:
Chistorical
CpiControl
EXP00
historical
piControl

EXPERIMENTS/LMDZ:
CREATE_amip
CREATE_clim
clim

EXPERIMENTS/LMDZOR:
amip
clim

For one experiment, a config.card and a directory COMP exist. The COMP directory contains all components card for the experiment. For example the experiment historical :

> ls EXPERIMENTS/IPSLCM5/historical
config.card
COMP

> ls EXPERIMENTS/IPSLCM5/historical/COMP
lim2.card
lmdz.card
oasis.card
opa9.card
orchidee.card
pisces.card
stomate.card


How to create a job and run directory

Combining the GENERAL directory with one of the sub-directories in EXPERIMENTS makes a complete run directory. The ins_job contains the creation of such a run directory.

Choose in EXPERIMENTS the experiment to be done and copy the corresponding config.card to modipsl/config/IPSLCM5_v5/. Modify the config.card as usual, for at least the JobName. Apply ins_job and the creation of a new run directory will be done :

  • the run directory will be created with the same name as JobName in config.card. If a directory with the same name already exists, nothing will be done.
  • the directory GENERAL will be copied into the new run directory
  • one of the COMP directories in EXPERIMENTS will be copied into the new run directory, according to the variable ExpType in config.card
  • the config.card will be copied into the run directory
  • a job will be created in the run directory

Once the run directory has been created with ins_job, this directory is used as a normal run directory. For example it is possible to remove the job, change the config.card inside the directory and re-create the job with ins_job. To create a second run directory, modify the upper config.card, in IPSLCM5_v5 directory, with at least the JobName, and re-run ins_job. If a directory with the JobName already exist, nothing will be done using this config.card.

DRIVER directory

Another difference with origin configuration structure (such as IPSLCM5A) is the separation between cards and drivers. All cards (expect config.card) are kept in COMP directory and all drivers are in a new DRIVER directory. To use this structure the tag libIGCM_v1_12 or later is needed.

PARAM directory

How to make clear that a variable in a parameter file might be edited by the drivers ?
A new syntax in parameter .def files are used (only for LMDZ and ORCHIDEE for the moment). In .def parameter file set :

  • varX = _AUTO_

if the variable always is edited

  • varX = _AUTO_ : DEFAULT=toto

if the variable is modified only in some cases, add the a default value

The drivers must be consistent with the parameter files. The driver must not modify a parameter which is not set as _AUTO_.

New functionnality

Ensemble functionnality : ensemble section into config.card and ensemble.card and ensemble driver. More information : wiki:Ensembles


To do list

Obligatoire avant ouverture et cours

  • 1 Vérifier les configurations existant dans mod.def
    • IPSLCM5A inchangé mais en obsolete
    • IPSLCM5_v5 : avec LMDZ5 revXXX(a determiné), ORCHIDEE AR5 SVN, OASIS SVN
    • LMDZOR_v5 : avec DEFAULT=LMDZ5 revXXX
    • LMDZORINCA_v5 : avec DEFAULT=LMDZ4
    • LMDZORINCA_WORK : un autre version INCA ??? (J'ai pas tout suivi, Anne voit ce qu'il faut pour INCA)
    • NEMO offline comme avant mais apres menage (Christian)
    • ORCHIDEE offline comme avant mais pas tous non plus.
  • 2 Petit ménage
    • Option obsolète dans config.card : JobRunOptions, Multi : Arnaud
    • Changer NPv3.0 en NPv3.1 pour LMDZ (erreur dans le nom) => Fait 4juin.
  • 3 fait_config : ajouter IPSLCM5_v5, IPSLCM5CHS : Christian => Fait 4 juin.
  • 4 Resoudre le probleme avec differents reglage de LMDZ necessaire avec couplage avec INCA. Peut-etre ajouter un paragraphe dans lmdz.card pour modifier les valeurs dans .def... (Anne, JG)
  • 5 DOCUMENTATION dans modispslforBeginners1 (JG)

--> On se tient au courant quand 1-3 soient fait pour commencer la validation

  • 6 VALIDATION entre nouveau et anciens config, avec les memes sources
    • IPSLCM5A et IPSLCM5_v5 : Arnaud, MAF
    • IPSLCM5B versions chez Laurent et IPSLCM5_v5 nouvelle physique : Arnaud, MAF
    • LMDZOR : JG
    • LMDZORINCA : Anne
  • 7 VALIDATION nouveau sources
    • LMDZ4_AR5 et LMDZ5 revXXX
    • ORCHIDEE AR5 CVS et SVN

Souhaitable avant le cours

  • Améliorer ins_job (Sébastien D.)
    • pour prendre en compte le choix de config.card (pas de copie necessaire)
    • pour laisser l'utilisateur modifier le JobName et d'autre parametre cle
    • Ajouter dans ins_job option pour MPI/OpenMP (Arnaud)
  • MPI/OpenMP : enlever les parametres obsolètes de config.card liés à l'execution. (Arnaud)
  • Mettre le fichier bands sur CCCWORKDIR au lieu de CCCSTOREDIR
  • Moyenne résolution :
    • vérification de pmagic et le retirer de lmdz.card : MAF+JG+JL
    • ajouter nouveau expérience EXPERIMENTS/IPSLCM5/hisoricalMR et EXPERIMENTS/IPSLCM5/piControlMR. Ce sont des copies des experience de base mais en changeant TagName=IPSLCM5-MR dans config.card et chunk dans lmdz.card. Éventuellement faire des liens pour les autres card vers historical/COMP et piControl/COMP.
  • Revoir les variables "auto" dans les namelist NEMO. Dans le driver, éventuellement utiliser le même type de _sed que dans orchidee.driver et lmdz.driver.
  • Nouveau expérience Newtonien et Aqua dans LMDZ. MAF
    • Ajouter le répertoire EXPERIMENTS/LMDZ/Newton et EXPERIMENTS/LMDZ/Aqua
    • Ajouter un nouveau target pour compiler ces 2 exécutable : dans AA_make de tout les configs contenant LMDZ
    • Modification dans lmdz.driver pour mettre iflag_phys=101 (ou se qu'il faut) (MAF + JG)

Plus tard

  • Re-lancer utilisation des tickets
  • Avoir un fichier de sortie texte par processeur par défaut
  • Séparer les environnements par défaut : calcul et post-traitement
  • passage à netcdf4?
  • Changer environnement de compilation pour NEMO : utiliser NEMO v3_4 avec fcm et allocation dynamique pour le nombre de processus
  • Amélioration dans la gestion des diagnostiques: choix des fichiers, fréquences, time-series,..., simplification et documentation
  • Déterminer si souhaitable d'ajouter NEMO et PISCES offline (Chrisitan)
  • Mettre au propre le gestion de la paramètre iphysiq actuellement dans lmdz.driver. Ce paramètre dépend de la résolution mais aussi de quelle type de physique ancienne ou nouvelle. Mais ce paramètre n'est pas déterminé pour la nouvelle physique autre que pour basse résolution 96x95x39.

Validation LMDZORINCA

Quelle version de LMDZORINCA ?

  • D'ici la fin de l'année la version de référence sera le LMDZ5 INCA4 réglé pour le 39 niveaux. C'est donc cette version uniquement qui sera porté dans la nouvelle norme
    • la configuration avec cette version mais dans l'ancien format est nommée LMDZORINCA_v4_2 (utilisé par la suite sous ce nom)
  • Cette version sera également celle utilisée pour un couplé avec INCA. Il sera directement intégré dans ce nouveau format

Comparaison avec exécutable identique

En utilisant le même exécutable nous obtenons les mêmes résultats entre LMDZORINCA_v4_2 et LMDZORINCA_v5 pour la configuration AER_39 moyennant quelques modifications de paramètres.
--> en attendant de trouver mieux ou de changer définitivement ces paramètres par ceux utilisés par les configurations couplées et LMDZOR : j'ai créé un fichier config.def_Anne qui permet de retrouver les résultats.

A faire

  • comparaison en prenant le ORCHIDEE sous SVN
  • ajout des configurations NMHC_AER_39 et GES_39
  • ajout des configurations AER, NMHC_AER et GES_19
  • discussion avec INCA pour savoir si l'on ajoute les configurations CH4, CH4_AER, NMHC_19
  • créer la configuration couplée

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