Changes between Version 136 and Version 137 of IPSLCM6/IPSL-CM6A-LR


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06/05/18 18:14:45 (3 years ago)
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glipsl
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    v136 v137  
    148148   * Exemple des simulations DECK : browser:CMIP6/DECK 
    149149 * Pendant une simulation, il faut la suivre : 
    150    * faire systématiquement un intermonitoring à 10 ans avec au moins le piControl CM61-LR-pi-03 (dsm) pour documenter/vérifier l'expérience lancée 
    151    * vérifier les monitoring et lancer qq intermonitoring pour vérifier que la simu est bien celle voulue 
    152    * lancer les atlas CLIMAF 
    153    * lancer en cours de simulations les vérifications de fichiers CMIP6 
    154     * XIOFileChecker (est ce que XIOS a bien produit ce que les xml indiquent): 
    155      * Last release : 0.2.1 
    156      * !GitHub        : https://github.com/Prodiguer/xiofilechecker 
    157      * Docs           : https://prodiguer.github.io/xiofilechecker/ 
    158      * !HowTo         : https://github.com/Prodiguer/xiofilechecker/blob/master/notebooks/xiofilechecker-howto-ipsl.ipynb 
    159      * Issues         : Aucune connue à ce jour. 
    160     * nctime (est ce que des overlaps de période sont présents? est ce que les axes des temps sont bons?) 
    161      * Last release : 4.1.3 
    162      * !GitHub        : https://github.com/Prodiguer/nctime 
    163      * Docs           : http://prodiguer.github.io/nctime 
    164      * !HowTo         : https://github.com/Prodiguer/nctime/blob/master/notebooks/nctime-howto-ipsl.ipynb 
    165  
     150   * Faire systématiquement un intermonitoring à 10 ans avec au moins le piControl CM61-LR-pi-03 (dsm) pour documenter/vérifier l'expérience lancée 
     151   * Vérifier les monitoring et lancer qq intermonitoring pour vérifier que la simu est bien celle voulue 
     152   * Lancer les atlas CLIMAF 
     153   * En cours de simulation lancer régulièrement les vérifications des fichiers au format CMIP6 avec la séquence suivante: 
     154    * Charger l'environment virtuel python donnant accès aux outils et aux variables d'environnement nécessaires: 
     155{{{ 
     156module load datadir/gencmip6 
     157export PATH=$GENCMIP6_ALL_CCCWORKDIR/miniconda/bin:$PATH 
     158source activate cmip6 
     159}}} 
     160    * Définir le chemin de la simulation à tester (voir exemple ci-dessous) 
     161{{{ 
     162SIMULATION=$GENCMIP6_CCCWORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM6/PROD/1pctCO2/CM61-LR-1pctCO2-01/CMIP6/ 
     163}}} 
     164    * Définir le répertoire à utiliser pour conserver les logs si des erreurs sont rencontrées. Conserver les logs de préférence à la base des fichiers netCDF CMIP6 (voir exemple ci-dessous): 
     165{{{ 
     166LOGDIR=$GENCMIP6_CCCWORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM6/PROD/1pctCO2/CM61-LR-1pctCO2-01/ 
     167}}} 
     168    * Si vous rencontrer des erreurs sur les fichiers netCDF, communiquer les logs à Guillaume Levavasseur (glipsl@ipsl.fr) et/ou Sébastien Denvil (sdipsl@ipsl.fr) 
     169    * Appliquer {{{XIOFileChecker}}} pour vérifier que XIOS a bien produit ce que les XML indiquent: 
     170     * Veillez à définir le chemin de tous les fichiers DR2XML utilisés pour la simulation, en fonction de l'année en cours de calcul (exemple ci-dessous avec un simulation en 1937) 
     171{{{ 
     172XIOFileChecker $SIMULATION -l $LOGDIR --xml $FILEDEF_DIR/IPSLCM6.1.2-LR/1pctCO2/{18*,19[0-2]*,193[0-7]} 
     173}}} 
     174     * Erreurs connues que vous rencontrerez peut-être: 
     175      * Pour la version IPSLCM6.1.3 et antérieures, la variable intpcalcite (Omon) n'est pas sortie par XIOS mais se trouve par erreur dans les XML  
     176      * Pour la version IPSLCM6.1.3 et antérieures, les variables Odec sont manquantes en sorties XIOS, c'est une erreur définitive. 
     177    * Appliquer {{{nctime overlap}}} pour vérifier qu'il n'y a pas de recouvrement entre les dates des noms de fichiers: 
     178{{{ 
     179nctime overlap $SIMULATION -l $LOGDIR 
     180}}} 
     181    *  Erreurs connues que vous rencontrerez peut-être: 
     182     * Les variables *calipso peuvent présenter des overlaps complets. C'est une erreur XIOS en cours de résolution. Ignorer l'erreur pour le moment. 
     183    * Appliquer {{{nctime axis}}} pour vérifier les axes des temps des fichiers netCDF: 
     184{{{ 
     185nctime axis $SIMULATION --on-fly --set-inc dec=1 --ignore-errors 004 --exclude-file ".*subhr.*" -l $LOGDIR 
     186}}} 
     187     * Erreurs connues que vous rencontrerez peut-être: 
     188      * Erreur 003 sur tous les fichiers et votre simulation est en cours. Vous avez probablement oublié l'option --on-fly qui permet de vérifier des fichiers dont l'axe des temps est encore incomplet. 
     189      * Les fichiers décennaux (fréquence = "dec") ne comportent pas le bon incrément temporel en sortie d'XIOS (1ans au lieu de 10), pour vérifier les fichiers ajouter --set-inc dec=1 
     190      * Pour la version IPSLCM6.1.3 et antérieures, plusieurs fichiers instantanés présentent par erreur des "time_bounds", les fichiers seront post-processés plus tard. Pour ignorer l'erreur ajouter --ignore-errors 004 
     191      * Pour la version IPSLCM6.1.3 et antérieures, les fichiers *subhr* non-splités sont très lourd. Ils peuvent générer une erreur mémoire de Python car l'axe des temps est très gros. Si c'est le cas, pour ignorer ces fichiers ajouter --exclude-file ".*subhr.*" 
     192   * En fin de simulation, relancer la séquence précédente ({{{XIOFileCheker}}} + {{{nctime overlap}}} + {{{nctime axis}}}) avec les changements suivants: 
     193    * Considérer tous les XML de l'expérience pour {{{XIOFileChecker}}} 
     194{{{ 
     195XIOFileChecker $SIMULATION -l $LOGDIR --xml $FILEDEF_DIR/IPSLCM6.1.2-LR/1pctCO2/ 
     196}}} 
     197    * NE PAS mettre l'option {{{--on-fly}}} pour {{{nctime axis}}} 
     198{{{ 
     199nctime axis $SIMULATION --set-inc dec=1 --ignore-errors 004 --exclude-file ".*subhr.*" -l $LOGDIR 
     200}}} 
     201    * Appliquer {{{PrePARE}}} pour vérifier la conformité des métadonnées avec les spécification CMIP6: 
     202{{{ 
     203PrePARE $SIMULATION 1>$LOGDIR/PrePARE-$(date +'%Y%m%d-%H%M%S').log 2>&1 
     204}}} 
     205    * Tous les outils précédents (nctime et PrePARE) dispose d'un multiprocessing intégré. 4 processes en parallèles sont définis par défaut. Ne pas hésiter à définir un plus grand nombre de processes avec l'option --max-processes NB_PROCESS disponible pour chaque outil.  
    166206 * Réunions type bocal régulières pour lancer ensemble les nouvelles simulations. 
    167207  * 16/03/2018 : création de cette page et liste des dernières actions