Changes between Version 226 and Version 227 of IPSLCM6/IPSL-CM6A-LR


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01/19/19 14:25:11 (5 years ago)
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glipsl
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  • IPSLCM6/IPSL-CM6A-LR

    v226 v227  
    220220      * Pour la version IPSLCM6.1.3 et antérieures, la variable intpcalcite (Omon) n'est pas sortie par XIOS mais se trouve par erreur dans les XML  
    221221      * Pour la version IPSLCM6.1.3 et antérieures, les variables Odec sont manquantes en sorties XIOS, c'est une erreur définitive. 
    222     * Appliquer {{{nctime axis}}} pour vérifier les axes des temps des fichiers netCDF. {{{nctime axis}}} peut être long si vous avez beaucoup de fichiers haute fréquence (sub-daily), il est recommandé de lancer la commande en batch avec un minimum de 10 processes en parallèles. Un exemple de script batch est disponible ici : [[attachment:batch_nctime_axis.sh]].  
    223 {{{ 
    224 nctime axis $SIMULATION --card $CARD_FILES --set-inc Esubhr:subhrPt=15m --exclude-file ".*_Odec_.*" --exclude-file ".*-clim\.nc" --ignore-errors 004 -l $LOGDIR 
    225 }}} 
    226      * Regarder les dernières lignes du log de sortie {{{nctime-axis-YYYYMMDD-HHmmss.log}}} qui vous informe sur le nombre de fichiers scannés, ignorés et le nombre d'erreurs. Si ce dernier apparaît en rouge, CONTACTER Guillaume L. avec le chemin du log pour vérifier et établir la procédure de correction à suivre. Certaines erreurs critiques peuvent avoir pour conséquence d'avoir à reprendre votre simulation depuis un état antérieur. 
     222    * Appliquer {{{nctxck}}} (netCDF Time Axis Checker) pour vérifier les axes des temps des fichiers netCDF. {{{nctxck}}} peut être long si vous avez beaucoup de fichiers haute fréquence (sub-daily), il est recommandé de lancer la commande en batch avec un minimum de 10 processes en parallèles. Un exemple de script batch est disponible ici : [[attachment:batch_nctime_axis.sh]].  
     223{{{ 
     224nctxck $SIMULATION --card $CARD_FILES --set-inc Esubhr:subhrPt=15m --exclude-file ".*_Odec_.*" --exclude-file ".*-clim\.nc" --ignore-errors 004 -l $LOGDIR 
     225}}} 
     226     * Regarder les dernières lignes du log de sortie {{{nctxck-YYYYMMDD-HHmmss.log}}} qui vous informe sur le nombre de fichiers scannés, ignorés et le nombre d'erreurs. Si ce dernier apparaît en rouge, CONTACTER Guillaume L. avec le chemin du log pour vérifier et établir la procédure de correction à suivre. Certaines erreurs critiques peuvent avoir pour conséquence d'avoir à reprendre votre simulation depuis un état antérieur. 
    227227     * Erreurs connues que nous ignorons sciemment avec les options utilisées : 
    228228      * Les fichiers décennaux (fréquence = "dec") ne comportent pas le bon incrément temporel en sortie d'XIOS (1 an au lieu de 10), ces fichiers doivent être post-processés, pour les ignorer nous utilisons {{{--exclude-file ".*_Odec_.*"}}} 
    229229      * Les fichiers de climatologie (avec suffix "-clim.nc") ne comportent pas le bon nombre de pas de temps en sortie d'XIOS (sorties mensuelles au lieu de 12 pas de temps), ces fichiers doivent être post-processés, pour les ignorer nous utilisons {{{--exclude-file ".*-clim\.nc"}}} 
    230230      * Plusieurs fichiers instantanés sub-daily présentent des "time_bounds". Après vérification, les time bounds sont identiques aux valeurs de l'axe des temps ce qui n'a pas de conséquences sur les moyennes temporelles via cdo/nco. Pour ignorer cette erreur nous utilisons {{{--ignore-errors 004}}} 
    231       * Les fichiers sous-horaires (fréquence = "subhrPt") de la table CMIP "Esubhr" comporte l'incrément temporel natif de IPSL-CM6, c'est-à-dire 15min. Par défaut, {{{nctime}}} considère les fréquences "subhr" avec un incrément de 30min. Pour changer ce comportement et vérifier les fichiers "Esubhr" avec un incrément de 15min, nous ajoutons {{{--set-inc Esubhr:subhrPt=15m}}}. 
     231      * Les fichiers sous-horaires (fréquence = "subhrPt") de la table CMIP "Esubhr" comporte l'incrément temporel natif de IPSL-CM6, c'est-à-dire 15min. Par défaut, {{{nctxck}}} considère les fréquences "subhr" avec un incrément de 30min. Pour changer ce comportement et vérifier les fichiers "Esubhr" avec un incrément de 15min, nous ajoutons {{{--set-inc Esubhr:subhrPt=15m}}}. 
    232232     * Erreurs connues que vous pourriez rencontrer 
    233233      * Pour la version IPSLCM6.1.2 et antérieures, les fichiers *subhr* non-splités sont très lourds. Ils peuvent générer une erreur mémoire de Python car l'axe des temps est très gros. Si c'est le cas, pour ignorer ces fichiers ajouter {{{--exclude-file ".*subhr.*"}}} 
    234     * Appliquer {{{nctime overlap}}} pour vérifier qu'il n'y a pas de recouvrement entre les dates des noms de fichiers: 
    235 {{{ 
    236 nctime overlap $SIMULATION --card $CARD_FILES -l $LOGDIR 
    237 }}} 
    238      * Regarder les dernières lignes du log de sortie {{{nctime-overlap-YYYYMMDD-HHmmss.log}}} qui vous informe sur le nombre de fichiers scannés, ignorés et le nombre d'erreurs. Si ce dernier apparaît en rouge, contacter Guillaume L. avec le chemin du log. 
     234    * Appliquer {{{nctcck}}} (netCDF Time Coverage Checker) pour vérifier qu'il n'y a pas de recouvrement entre les dates des noms de fichiers: 
     235{{{ 
     236nctcck $SIMULATION --card $CARD_FILES -l $LOGDIR 
     237}}} 
     238     * Regarder les dernières lignes du log de sortie {{{nctcck-YYYYMMDD-HHmmss.log}}} qui vous informe sur le nombre de fichiers scannés, ignorés et le nombre d'erreurs. Si ce dernier apparaît en rouge, contacter Guillaume L. avec le chemin du log. 
    239239     *  Erreurs connues que vous rencontrerez peut-être: 
    240240      * Les variables *calipso peuvent présenter des overlaps complets. C'est une erreur LMDZ résolue en IPSLCM6.1.5-LR. Laurent Fairhead a préparé un README sur la procédure pour boucher les trous [http://lmdz.lmd.jussieu.fr/utilisateurs/faq/execution/comment-boucher-des-trous-dans-le-workflow-cmip6 ici] .      
    241241   * En fin de simulation, il faut: 
    242     * Relancer la séquence précédente ({{{XIOFileCheker}}} + {{{nctime overlap}}} + {{{nctime axis}}}) 
     242    * Relancer la séquence précédente ({{{XIOFileCheker}}} + {{{nctxck}}} + {{{nctcck}}}) 
    243243    * Appliquer {{{PrePARE}}} pour vérifier la conformité des métadonnées avec les spécification CMIP6. {{{PrePARE}}} peut être long si vous avez beaucoup de fichiers, il est recommandé de lancer la commande en batch avec un minimum de 4 processes en parallèle. Un exemple de script batch est disponible ici : [[attachment:batch_PrePARE.sh]].: 
    244244{{{ 
    … …  
    249249     * Certains fichiers comporte la table {{{_Nonemon_}}} inconnu de la DR et donc de PrePARE. C'est une erreur de XML en cours de résolution. 
    250250   *  Erreurs connues que vous rencontrerez peut-être: 
    251      * Les erreurs dates dans le filename relevées par PrePARE vont souvent de paire avec les fichiers dont l'axe des temps a une erreur (cf. résultat de {{{nctime axis}}}). La résolution de l'axe des temps solutionne PrePARE dans la majorité des cas. 
     251     * Les erreurs dates dans le filename relevées par PrePARE vont souvent de paire avec les fichiers dont l'axe des temps a une erreur (cf. résultat de {{{nctxck}}}). La résolution de l'axe des temps solutionne PrePARE dans la majorité des cas. 
    252252   * Tous les outils précédents disposent d'un multiprocessing intégré. 4 processes en parallèles sont définis par défaut. Ne pas hésiter à définir un plus grand nombre de processes en ajoutant l'option {{{--max-processes NB_PROCESS}}} disponible pour chaque outil. 
    253253   * Pour retrouver votre environnement, désactivez l'environnement Python: