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Modifications apportées à IPSLCM5A

  1. Modifications apportées à IPSLCM5A
    1. LMDZ
      1. Modification dans la branche LMDZ4_AR5
        1. 5 janvier 2011
        2. 3 janvier 2011
        3. 7 décembre 2010
        4. 10 novembre 2010
        5. 26 juillet 2010
        6. 16 juillet 2010
        7. 15 juillet 2010
        8. 12 juillet 2010
        9. 9 juillet 2010
        10. 22 juin 2010
    2. ORCHIDEE
        1. 5 août 2010
        2. 29 juillet 2010
        3. 16 juin 2010
        4. 16 juin 2010
        5. 09 juin 2010
    3. NEMO
        1. 3 novembre 2010
    4. Diagnostics
        1. 20 décembre 2010
        2. 1-29 septembre 2010
        3. 6 septembre 2010
        4. 3 septembre 2010
        5. 4 aout 2010
        6. 29 juillet 2010
        7. 24 juin 2010
    5. Outils
        1. 9 décembre 2010
        2. 25 octobre 2010
        3. 13 juillet 2010
        4. 12 juillet 2010
        5. 8 juillet 2010
        6. 30 juin 2010
        7. 28 juin 2010
        8. 25 juin 2010
    6. Forcages
      1. Forcage solaire et volcans
        1. 23 juillet 2010
        2. 12 juillet 2010
      2. Fichiers ozone
        1. 25 octobre 2010
        2. 30 septembre 2010
      3. Fichiers de concentrations d aerosols
        1. 22 Décembre 2010
        2. 21 décembre 2010
        3. 16 décembre 2010
        4. 9 décembre 2010
        5. 30 novembre 2010
        6. 30 septembre 2010
        7. 22 septembre 2010
        8. 30 juin 2010

Voici la liste des modifications apportées à IPSLCM5A. Chaque modification est datée, documentée et argumentée.

LMDZ

Modification dans la branche LMDZ4_AR5

5 janvier 2011

Finalement le bug signalé au 3 janvier n'impactait pas sur les épaisseur optiques et les diagnostiques des espèces insolubles. Ces dernières sont non nulles même dans les simulations antérieure à la correction du bug. Il ne modifie que le diagnostique ec550aer ().
Attention : cette correction de bug entraine une modification de la valeur de la variable s_therm. Nous sommes en train de chercher pourquoi.

3 janvier 2011

Nouvelle revision 1471 dans dans mod.def. Voir [1238]

Correction : ​1471 dans aeropt_5wv pour corriger un diagnostic. Avant cette modif, les épaisseur optiques et les diagnostiques des espèces insolubles restent à zéro, On ne peut donc diagnostiquer CIDUSTM (les dust) AIBCM (la partie insoluble des BC) et AIPOMM ( la partie insoluble des POM).

7 décembre 2010

Nouvelle revision 1459 dans mod.def [1209] : nécessaire pour tourner sur vargas.

10 novembre 2010

Nouvelle revision 1450 dans mod.def [1188] : pas de changement de résultats en mode couplé. Par contre en mode forcé avec l'atmosphère seul les résultats sont différentes. Sans cette correction de bug des petits fractions de sous surfaces réapparaissent au deuxième pas de temps dans la physique au moment de lecture des fraction du fichier limit.nc (uniquement en mode force), voir : ​http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1450

26 juillet 2010

Nouvelle revision 1420 dans mod.def [1096] :

16 juillet 2010

Nouvelle révision 1417 dans mod.def [1090] : Correction de bug dans le calcul de la variable diagnostique ec550aer "Extinction at 550nm", dans LMDZ, voir ​http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1417 .

15 juillet 2010

Nouvelle revision 1415 dans mod.def : [1088] Passage a la version cosp.v1.3 pour le Lidar et ISCCP Corrections de bugs pour ISCCP et optimisation pour le Lidar Modification de cosp_input_nl.txt : ISCCP_TOPHEIGHT_DIRECTION=2 : [1089]

12 juillet 2010

Dans piControl/PARAM/physiq.def_L39 : ajout de la paramétrisation de la sortie de Aga. Sortie au niveau 2 (au lieu de 4).

9 juillet 2010

22 juin 2010

Correction de bug dans le fichier limit_netcdf.F90, appelé par le programme create_etat0_limit. Ce bug faisait planter le programme sur vargas et en local avec g95 mais ca tournait sur brodie. Nouveau révision 1402, voir : ​http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1402 . Le programme create_etat0_limit (synonyme à ce0l) est incontournable pour les configurations de LMDZ forcé.

ORCHIDEE

Nous avons deux problèmes :

  1. Il y a une incohérence des TS des variables par m² entre SECHIBA et STOMATE. Effectivement, j'ai rajouté inutilement cette multiplication par CONTFRAC (peut-être bêtement pour simplifier les MONITORINGs des variables IPCC)... Ce n'est pas ce que l'on avait travaillé avec Patricia qui est dans le code. Je vous prie donc de m'excuser pour ce désagrément. Deux décisions ont été prises :
    • On ne modifie pas le code des sorties IPCC durant la durée de l'exercice. On communiquera la correction après pour les TAGs suivant l'IPCC.
    • On modifie simplement le traitement CMOR que fait Sébastien des données STOMATE. Tu trouveras ci-joint la liste des variables IPCC STOMATE variables_stomate​ et la liste des variables à diviser par CONTFRAC variables_stomate_a_corriger_CONTFRAC​ (qui est toujours présent dans chaque fichier de TS).
  2. Le problème des simulations effectuées par le code avant la correction du mois d'août sur les variables LAND USE.
    • Le run historical3 est bon (liste ci-dessous).
    • La correction des sorties de ces simulations implique la démigration de toutes les fichiers histoire de stomate et la reconstruction des TS associées en Stand`Alone. Je travaille le script qui automatisera cette correction, mais je ne pourrais que vous le proposer (après des tests évidemment), n'aillant pas de mon côté de simulation erronées.

Passage [1044] de la branche orchidee_1_9_4_AR5 au tag orchidee_1_9_5 le 01 juin 2010. Modifications dans le tag orchidee_1_9_5 depuis le 01/06/2010 :

5 août 2010

src_stomate/stomate_lpj.f90 : passage version 1.26

  • But : l'initialisation de 3 variables du LAND COVER CHANGE de sortie CMIP5 ne se faisaient qu'à la fin de l'année. C'est un bogue qui plantait certains runs couplés et rendait incorrecte ces sorties CMIP5. Elle a donc été déplacée dans ce module d'appel des sorties.
  • Message : 
    MM: move for correct initialization of LAND COVER CHANGE total variables
This is a strong bug. Tag orchidee_1_9_5 will be pushed. Please update your code
(using "cvs update" command).
  • liens : ​view, ​diff

src_stomate/stomate_lcchange.f90 : passage version 1.6

  • But : remonter les calculs des flux totaux dans stomate_lpj.f90
  • Message : le même que pour stomate_lpj.f90
  • liens : ​view, ​diff

29 juillet 2010

src_sechiba/intersurf.f90 : passage version 1.85

  • But : corriger des unités sur les flux de carbone associés au LAND USE.
  • Message : 
    PC : correct units for CONVFLUX, CFLUX_PROD10, CFLUX_PROD100, HARVEST_ABOVE.
  • liens : ​view, ​diff

16 juin 2010

src_sechiba/intersurf.f90 : passage version 1.84

  • But : diminution de sorties non désirées dans la sortie HF sechiba
  • Message : 
    MaFo, MM: correct a mistake in fluxop_scinsec2 definition.
This give a lot of unwanted variables in HF SECHIBA history file and
again this is assimilated as a bug. The tag orchidee_1_9_5 will be pushed on
this new version.
  • liens : ​view, ​diff

16 juin 2010

src_sechiba/intersurf.f90 : passage version 1.83

  • But : supprimer la variable dss de la sortie HF SECHIBA
  • Message : 
    MM: correct the operation name of the histdef of dss variable in HF of sechiba history.
This is assimilated as a bug then the TAG orchidee_1_9_5 will be pushed on this new version.
  • liens : ​view, ​diff

09 juin 2010

src_sechiba/intersurf.f90 : passage version 1.82

  • But : diminution de sorties non désirées dans la sortie HF sechiba
  • Message : 
    MaFo, MM : STOMATE variables were still in level 1 for high frequency history output for SECHIBA.
  • liens : ​view, ​diff

NEMO

3 novembre 2010

  • Nouvelle revision 136 de l'IOSERVER utilisée. Voir commit [1185]

Diagnostics

20 décembre 2010

  • Bug introduit dans la routine aeropt_5wv.F90 lors d'optimisation pour la machine SX9. Ce bug a pour conséquence que les épaisseur optiques et les diagnostiques des espèces insolubles restent à zéro. On ne peut donc diagnostiquer CIDUSTM (les dust) AIBCM (la partie insoluble des BC) et AIPOMM ( la partie insoluble des POM).

La correction du bug est trouvée (voir avec Yves Balkanski ou Anne Cozic)

1-29 septembre 2010

  • Mise en conformité des variables produites en TS dans les différentes configuration : piControl [1147], historical [1148] et EXP00 [1149]

6 septembre 2010

  • lmdz.card : Ajout des variables COSP dans les TS des simulations historical et piControl. Voir [1130].

3 septembre 2010

  • lmdz.card : Mise en conformité des variables TS de lmdz avec les options du code. Voir [1122], [1126], [1128] et [1129]

4 aout 2010

Bug non-corrigé dans LMDZ4 : Un bug a été trouvé dans dans libf/phylmd/newmicro.F. Cette bug n'a pas était corrigé et les diagnostiques suivant sont erronées : reffclwc, reffclws, lcc3dcon, lcc3dstra. Le bug existe dans le code depuis que ces diagnostiques ont été ajouté dans le code, voir ​http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1337 . Une correction n'existe pas encore.

29 juillet 2010

Modification diagnostics et monitoring stomate :

  • le monitoring stomate a été revu
  • les unités de ces 4 variables ont été modifiées (gC/m2/yr) : harvest_above, convflux, cflux_prod10, cflux_prod100 . Voir : ​modif intersurf (Password required)
  • la commande à passer pour modifier l'attribut des anciens fichiers est : ncatted. A passer sur les variables rangées en série temporelle ainsi :
    • CONVFLUX : ncatted -O -a units,CONVFLUX,m,c,"gC/m2/yr" OOL_AR5_REF_10000101_12501231_1M_CONVFLUX.nc
    • CFLUX_PROD10 : ncatted -O -a units,CFLUX_PROD10,m,c,"gC/m2/yr" OOL_AR5_REF_10000101_12501231_1M_CFLUX_PROD10.nc
    • CFLUX_PROD100 : ncatted -O -a units,CFLUX_PROD100,m,c,"gC/m2/yr" OOL_AR5_REF_10000101_12501231_1M_CFLUX_PROD100.nc
    • HARVEST_ABOVE : ncatted -O -a units,HARVEST_ABOVE,m,c,"gC/m2/yr" OOL_AR5_REF_10000101_12501231_1M_HARVEST_ABOVE.nc
  • Modification prise en compte dans IPSLCM5A. Voir [1117]

24 juin 2010

Outils

9 décembre 2010

25 octobre 2010

13 juillet 2010

  • rebuild associé IOIPSL à v2_2_1 sur cesium

12 juillet 2010

  • libIGCM_v_1_8 : post-traitements sur cesium pour les simus SX9.

8 juillet 2010

  • nco/4.0.1 sur la frontale mercure :
    • la librairie nco/3.9.4 sur la frontale mercure est buggée. Voir mail à ce sujet.
    • utilisation de la librairie nco/4.0.1 et netcdf/4.1.1 dans les 2 fichiers d'initialisation : ~p86ipsl/.atlas_env_mercure01_ksh et ~p86ipsl /.atlas_env_mercure01_csh

30 juin 2010

  • libIGCM v1_7 :
    • ​312 : ncwa se bloque sur la frontale de mercure. Travailler sur 2 fichiers évite cela. Non. nco/3.9.4 est buggué.

28 juin 2010

  • libIGCM v1_7 :
    • ​310 :
      • retour à TMPDIR sur mercure. Attention à avoir suffisamment de quota en SCRATCHDIR.
      • Initialisation de CompletedFlag
    • ​308 : mise à jour cesium pour les post-traitements issus de titane.

25 juin 2010

  • nco/3.9.4 :
    • amélioration des performances. Voir : ​Intranet IPSL
    • utilisation de module load nco/3.9.4 dans les 2 fichiers d'initialisation : ~/.atlas_env_mercure01_ksh ~/.atlas_env_mercure01_csh

Forcages

Forcage solaire et volcans

23 juillet 2010

  • historical : Mise à jour du fichier SOLARANDVOLCANOES_1610_2008.txt. Vous le trouverez disponible dans le répertoire qui suit (sur mercure): /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/BC/ATM/IPSLCM5A/IPCC_AR5/HISTORIQUE/. La version précédente de ce fichier est nommée SOLARANDVOLCANOES_1610_2008_V0.txt. Plus d'infos là : ​historical2

12 juillet 2010

  • historical. Voir COMP/lmdz.card et lmdz.driver : Utilisation du fichier : SOLARANDVOLCANOES_1610_2008.txt

Fichiers ozone

25 octobre 2010

30 septembre 2010

  • Passage à la version 2 des fichiers climoz. Voir : [1150] [1151]

Attention, piControl2 a tourné avec la version initiale de climoz. Pour reproduire piControl2 exactement il faut utiliser cette ancienne version. Voir; ​change 1150

Fichiers de concentrations d aerosols

22 Décembre 2010

Nouveau jeu de fichiers _v3 pour l'interpolation 144x142 HISTORIQUE. Un bug touche certaines années (1877, 1878 etc...) dans la version _v2. Cependant comme les fichiers _v2 ont été utilisé pour les contrôles (1855 et 1995 entre autre) mais ne seront plus utilisé nous les laissons inchangés et ne modifions que les fichiers _v3.
Le bug était du à un problème d'accès des fichiers en lecture seule.
De plus pour reproduire les fichiers _v2 créés début juin 2010 il faut utiliser la queue scal-old de mercure.

Remarque : les fichiers pour le zoom afrique ont également été refait pour palier au même problème du à l'accès en lecture seule des fichiers.

21 décembre 2010

Utilisation des fichiers Aerosols _v3 par défaut. Seules les périodes 1996-2005 ont changé par rapport à _v2. Voir [1223].

16 décembre 2010

Zoom Afrique : les fichiers ont été mis aux normes _v2 et _v3
Grilles régulières : les fichiers ont été interpolés en 144x142 pour l'historique et les 4 RCP en _v2 et _V3

9 décembre 2010

Les concentrations de POM ne sont pas les même entre les forçages pour l'historiques et les forçages pour les RCP (du à une erreur lors de la préparation des fichiers d'émission). Donc nous avons corrigés les POM sur les fichiers de forçages pour les RCP (facteur 0.8) pour qu'ils correspondent à ceux de l'historique.
Fichiers initiaux RCP.../..._v2.nc
Fichiers corrigés RCP.../..._v3.nc

Les fichiers de 1995 à 2005 ont également été refait à partir des fichiers corrigés en POM du RCP85 et de l'historique.
Fichiers initiaux HISTORIQUES/...._v2.nc
Fichiers corrigés HISTORIQUES/...._v3.nc

Pour l'instant la seule résolution faite est celle de 96x95

30 novembre 2010

Nouvelle résolution : ZOOM AFRIQUE 280x280
Création des fichiers aerosols_11YearsClim_${year}.nc pour les années 1979 à 2005. Jusqu'en 1995 en utilisant le run LOI_IPCC_3 et à partir de 1996 en utilisant le run LOI_IPCC_RCP85sstA2. Ces fichiers sont créés pour CORDEX sur une grille 280x280 avec un zoom sur l'Afrique.
Ils sont stockés dans ${R_BC}/ATM/LMD280280-ZAf/AR5/HISTORIQUE/

30 septembre 2010

  • Passage à la version 2 des fichiers aerosols. Modifs sur le traitement des 5 premières années. duplication 1855 au lieu de moyenne glissante 5 4 3 2 1.

22 septembre 2010

HISTORIQUE (/dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/BC/ATM/IPCLM5A/LMD9695/AR5/HISTORIQUE/): les fichiers de concentrations d'aérosols pour les années 1996 à 2005 ont été refait à partir de LOI_IPCC_3 et LOI_IPCC_RCP85sstA2. Les précédents fichiers ont été sauvegardé en _v0, pour rappel ils avaient été créé avec LOI_IPCC_3 et LOI_IPCC_RCP85 qui contenait des erreurs dans ses sst et dans les émissions de POM

RCP8.5 (/dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/BC/ATM/IPCLM5A/LMD9695/AR5/RCP85/): les fichiers de concentrations d'aérosols pour les années 2006 à 2095 ont été réalisé à partir de la simulation LOI_IPCC_RCP85sstA2

RCP4.5 (/dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/BC/ATM/IPCLM5A/LMD9695/AR5/RCP45/): les fichiers de concentrations d'aérosols pour les années 2006 à 2095 ont été réalisé à partir de la simulation LOI_IPCC_RCP45

Pour plus d'informations sur les simulations LOI_IPCC_xxx voir ​ici

30 juin 2010

Il y avait un soucis numérique dans les fichiers de concentrations d'aérosols pour l'année 1905. Après correction ça touche les fichiers aerosols_11YearsClim_${period}.nc de 1900 à 1910 (dus aux moyennes glissantes sur 11 ans) dans $DMFDIR/IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD9695/AR5/HISTORIQUE et $DMFDIR/IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD144142/AR5/HISTORIQUE

Les fichiers buggués ont été conservés avec le nom aerosols_11YearsClim_${period}_bug.nc

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