Changes between Version 42 and Version 43 of ModipslBeginner
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ModipslBeginner
v42 v43 44 44 * Questions/Réponses : 45 45 * Extraction : 46 * Mots de passe46 * [wiki:ModipslBeginner#Motsdepasse Mots de passe] 47 47 * Compilation : 48 48 * A qui signaler quand cela ne marche pas? … … 67 67 == Environnements de calculs == 68 68 * IDRIS : http://www.idris.fr/ 69 * Mémo des choses à faire sur un nouveau login à l'IDRIS pour lancer une simulation : 70 * $HOME_BIS sur rhodes est très vaste mais non sauvegardé. Faire les post-traitements là après avoir vérifié que ce répertoire existe ou demander sa création à l'assistance IDRIS. Pour cela créer un répertoire sur $HOME_BIS et son homonyme sur le $HOME en lien. Ce répertoire doit avoir le même nom que sur brodie. {{{ cd ; mkdir $HOME_BIS/MONEXPAMOI ; ln -s $HOME_BIS/MONEXPAMOI MONEXPAMOI ; }}} si l'expérience a été préparée sur brodie ainsi {{{ cd $WORKDIR ; mkdir MONEXPAMOI ; cd MONEXPAMOI ; svn_ano ; ... }}} 71 * $WORKDIR sur brodie peut être étendu largement (50 Go pour le groupe par exemple). Le demander à l'assistance. Pour vérifier l'occupation et la taille : {{{ quota_u -w }}} 72 * sur brodie, remplir le fichier .rhosts avec rhodes. 73 * Faire marcher les transferts brodie/gaya par mfget/mfput. Ftuas sur rhodes pour faire connaitre le mot de passe gaya à brodie et à toutes les machines. 69 74 * CCRT : 70 75 * accès ouvert : http://www-ccrt.cea.fr/ … … 209 214 }}} 210 215 Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demandés. Pour les 211 récupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus ) [[BR]]216 récupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus model manager email address) [[BR]] 212 217 Cette commande récupère sur CVS et/ou SVN les différents modèles composant la configuration demandée. 213 218 Les sources de ces modèles sont installées dans le répertoire '''modipsl/modeles/'''. Pour notre exemple … … 236 241 {{{ 237 242 cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/ 238 gmake243 sxgmake 239 244 }}} 240 245 … … 253 258 {{{ 254 259 cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/ 255 gmake resolution_desirée260 sxgmake resolution_desirée 256 261 }}} 257 262 par exemple 258 263 {{{ 259 gmake ORCA2xLMD144142264 sxgmake ORCA2xLMD144142 260 265 }}} 261 266 262 267 Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution 263 268 de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations 264 juste avec la commande ''' gmake''' vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution.269 juste avec la commande '''sxgmake''' vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution. 265 270 [[BR]] 266 271 … … 357 362 358 363 N'oubliez pas de modifier les variables '''elapstim_req''' et '''memsz_job''' en entête de job si nécessaire (voir documentation 359 sur les machines de calculs d e l'IDRIS ou du CCRT).364 sur les machines de calculs du CCRT ou les variables '''cputim_job''' et '''memsz_job''' sur les machines de l'IDRIS). 360 365 {{{ 361 366 #PBS -l memsz_job=6.0gb # limite memoire … … 377 382 {{{ 378 383 PeriodLength=1M 379 elapstim_req=20 .00.00384 elapstim_req=20:00:00 380 385 PeriodNb=12 >>>> cela signifie que vous pouvez faire passer 12 mois de simulations durant 20h de temps CPU 381 386 }}} … … 385 390 ===== Lancement de la simulation ===== 386 391 387 '''Avant''' : Vérifier les dates et les options de démarrage du f ochier config.card.392 '''Avant''' : Vérifier les dates et les options de démarrage du fichier config.card. 388 393 389 394 ====== Au CCRT ====== … … 414 419 || ORCA2xLMD144142 || '''8''' || 7 || 1 || Bands_144x142x19_7prc.dat || 415 420 416 Pour changer le nombre de processeurs utilisés et prendre une des valeurs du tableau précédent (4, 6, 6 ou 8), il faut modifier le parametre !JobNumProcTot dans le fichier config.card, juste avant de lancer la commande ins_job. On peut également le changer ultérieurement en modif ainat dans le fichier Job_nom_simul le parametre BATCH_NUM_PROC_TOT=421 Pour changer le nombre de processeurs utilisés et prendre une des valeurs du tableau précédent (4, 6, 6 ou 8), il faut modifier le parametre !JobNumProcTot dans le fichier config.card, juste avant de lancer la commande ins_job. On peut également le changer ultérieurement en modifiant dans le fichier Job_nom_simul le parametre BATCH_NUM_PROC_TOT= 417 422 418 423 Pour le changer pour mettre un nombre non dans cette liste, le fichier Bands n'existe pas. Il faut donc en plus modifier les cards pour ne pas aller le chercher et modifier LMDZ pour qu'il crée le fichier. Voir : [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Bands] … … 589 594 ======================================================================== 590 595 }}} 591 Si au contraire vous avez le message suivant, c'est que le problème c'est produit lors de la copie des outputs.596 Si au contraire vous avez le message suivant, c'est que le problème s'est produit lors de la copie des outputs. 592 597 {{{ 593 598 ======================================================================== … … 598 603 [[BR]] 599 604 605 === Mots de passe === 606 607 Pour connaitre les mots de passe d'extraction s'adresser au ''model manager email address''. Voir résultat commande {{{ ./model -h IPSLCM4_v2 }}} 608 600 609 === Execution === 601 610 ==== Relancer une simulation ==== 602 1. Vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers statck_error (si existant) et run.card.611 1. Pour repartir du début, vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers stack_error (si existant) et run.card. 603 612 2. Vous devez effacer le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/_nom_simul_ 604 3. Si vous aviez chang erla variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant à votre simulation sur votre scratchdir.613 3. Si vous aviez changé la variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant à votre simulation sur votre scratchdir. 605 614 4. Relancer le job 606 615 [[BR]] … … 611 620 * vérifier que les variables !PeriodDateBegin et !PeriodDateEnd correspondent bien à votre prochaine période de simulation 612 621 * indiquer !PeriodState = !OnQueue 613 Dans le Job vous pouvez modifier le numéro du fichier de sortie pour qu'il n'écrase pas les fichiersScript_Ouptut existant. Par défaut c'est Script_Output_NomJob.1, vous pouvez le changer par Script_Output_NomJob.!CumulPeriod (vous trouverez !CumulPeriod dans run.card)614 [[BR]] 615 [[BR]] 622 Dans le Job vous devez modifier le numéro du fichier de sortie pour qu'il ne se plante pas en cherchant à remplacer un fichier Script_Ouptut existant. Par défaut c'est Script_Output_NomJob.1, vous pouvez le changer par Script_Output_NomJob.!CumulPeriod (vous trouverez !CumulPeriod dans run.card) 623 [[BR]] 624 [[BR]]