Changes between Version 84 and Version 85 of ModipslBeginner


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12/09/09 10:34:06 (14 years ago)
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mafoipsl
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  • ModipslBeginner

    v84 v85  
    171171Tous ces répertoires sont vides excepté le répertoire '''doc/''' contenant le texte de la licence CECILL (license 
    172172sous laquelle sont placés les modèles de l'IPSL) et le répertoire '''util/''' qui contient les scripts  
    173 nécessaire à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL. [[BR]] 
     173nécessaires à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL. [[BR]] 
    174174{{{ 
    175175mod.def         >>>>>> Définition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags 
    … …  
    178178ins_job         >>>>>> Installation et configuration des scripts de lancement 
    179179}}} 
    180 Voir le transparent 26 de la présentation suivante [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Cours/Cours-modipsl-2007.ppt ppt] 
     180Voir le transparent 26 de la présentation suivante : [http://dods.ipsl.jussieu.fr/igcmg/COURS/Cours-modipsl-novembre2008.ppt ppt] 
    181181 
    182182[[BR]] 
    … …  
    253253 
    254254== Travailler avec une configuration choisie == 
    255 Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le modèle couplé '''IPSLCM4_v2'''. Les autres configurations 
     255Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le modèle couplé '''IPSLCM5_v2'''. Les autres configurations 
    256256utilisant le nouveau modipsl ('''IPSL_ESM_V1''', '''LMDZ4OR_v2''', '''LMDZINCA_v2''', '''LMDZORINCA''') 
    257257suivent le même principe. Quand des cas particuliers existent nous vous les indiquerons.  
    … …  
    262262cd modipsl/util 
    263263./model -h               >>>> indique toutes les configurations dispo 
    264 ./model IPSLCM4_v2       >>>> on choisi d'extraire la configuration IPSLCM4_v2 
     264./model IPSLCM5_v2       >>>> on choisit d'extraire la configuration IPSLCM5_v2 
    265265}}} 
    266266Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demandés. Pour les  
    … …  
    271271 * modipsl/modeles/IOIPSL/ 
    272272 * modipsl/modeles/LMDZ4/ 
    273  * modipsl/modeles/OPA/ 
     273 * modipsl/modeles/NEMO/ 
     274 * modipsl/modeles/UTIL/ 
    274275 * modipsl/modeles/ORCHIDEE/ 
    275  * modipsl/modeles/UTIL/ 
     276 * modipsl/modeles/XMLF90 
     277 * modipsl/modeles/XMLIO_SERVER 
    276278Modipsl installe également ce que l'on appelle une '''configuration'''. Elle est dans le répertoire  
    277 '''modipsl/config/''' (ici modipsl/config/IPSLCM4_v2/). [[BR]] 
     279'''modipsl/config/''' (ici modipsl/config/IPSLCM5_v2/). [[BR]] 
    278280Cette configuration vous permettra de [wiki:ModipslBeginner#Compilation compiler] l'ensemble des modèles, puis de [wiki:ModipslBeginner#Lancerunesimulation lancer une simulation]. [[BR]] 
    279281 [[BR]] 
    … …  
    282284Pour connaitre les mots de passe d'extraction s'adresser au ''model manager email address''. Il est indiqué lors de la commande  
    283285{{{ 
    284  ./model -h IPSLCM4_v2  
     286 ./model -h IPSLCM5_v2  
    285287}}} 
    286288 [[BR]] 
    … …  
    300302 
    301303=== Compilation === 
     304 
     305==== Spécificité SX9 ==== 
     306Pour compiler pour la SX9, il faut vous placer dans l'environnement SX9. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple SX9 : 
     307{{{ 
     308SX9 : type sx9 
     309sx9 is a function 
     310sx9 ()  
     311{  
     312    module load SX9; 
     313    module load netcdf_sx9; 
     314    export PS1="SX9"' - $PWD : ' 
     315} 
     316}}} 
     317 
     318A noter : si vous recompilez en restant en SX8 alors que tout a été fait en SX9 jusque là, vous aurez le message suivant d'erreur et aucune recompilation ne se fera. 
     319{{{ 
     320**************************************************************** 
     321INFO -  This Makefile is for host type : sx9mercure 
     322INFO -  Host used has type :             sx8mercure 
     323**************************************************************** 
     324ERROR - This Makefile is not compatible whith the host ! 
     325**************************************************************** 
     326Makefile:22: *** .  Stop. 
     327}}} 
     328 
     329==== Toutes machines ==== 
     330 
    302331Avant la première compilation des différents modèles de votre configuration 
    303332vous devez créer les makefiles adaptés à la machine sur laquelle vous travaillez.  
    … …  
    306335./ins_make 
    307336}}} 
    308 La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple '''modipsl/config/IPSLCM4_v2/Makefile'''.  
    309 Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés.Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regéner (sauf  
     337La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple '''modipsl/config/IPSLCM5_v2/Makefile'''.  
     338Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés. Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regénérer (sauf  
    310339changement de machine ou d'emplacement de modipsl dans votre architecture). [[BR]] 
    311340Vous pouvez ensuite lancer la compilation (résolution par défaut soit ORCA2 et LMDZ 96x95x19) :  
    312341{{{ 
    313 cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/ 
    314 sxgmake 
     342cd modipsl/config/IPSLCM5_v2/ 
     343gmake 
    315344}}} 
    316345 
    317346Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer différentes résolutions. Pour les connaître vous devez  
    318 regarder les différentes target dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM4_v2 ce sont les suivantes :  
     347regarder les différentes target dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM5_v2 ce sont les suivantes :  
    319348 * ORCA2xLMD4443  
    320349 * ORCA2xLMD444315  
    … …  
    324353 * ORCA2xLMD9671 
    325354 * '''ORCA2xLMD9695''' 
     355 * ORCA2xLMD9695-L39 
    326356 * ORCA2lgmxLMD9671  
    327357 * ORCA2xLMD14496  
    328358 * ORCA2xLMD144142 
     359 ORCA2xLMD144142-L39 
    329360Lorsque vous savez quelle résolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation :  
    330361{{{ 
    331 cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/ 
    332 sxgmake resolution_desirée 
     362cd modipsl/config/IPSLCM5_v2/ 
     363gmake resolution_desirée 
    333364}}} 
    334365par exemple  
    335366{{{ 
    336 sxgmake ORCA2xLMD144142  
     367gmake ORCA2xLMD9695-L39  
    337368}}} 
    338369 
    339370Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution  
    340371de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations  
    341 juste avec la commande '''sxgmake''' vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution.  
     372juste avec la commande '''gmake''' vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution.  
    342373 [[BR]] 
    343374==== A qui signaler quand cela ne marche pas? ==== 
    344375Si il y a un problème de compilation vous pouvez vous adresser au ''model manager''. Il est indiqué lors de la commande  
    345376{{{ 
    346  ./model -h IPSLCM4_v2  
     377 ./model -h IPSLCM5_v2  
    347378}}} 
    348379[[BR]] 
    … …  
    375406 
    376407=== Lancer une simulation === 
    377 ==== Cas general ==== 
     408==== Cas général ==== 
    378409===== Présentation du répertoire d'expérience ===== 
    379 Dans le répertoire '''modipsl/config/IPSLCM4_v2/''' vous trouverez 1 sous répertoires EXP00 [[BR]] 
     410Dans le répertoire '''modipsl/config/IPSLCM5_v2/''' vous trouverez 1 sous répertoire EXP00 [[BR]] 
    380411Ce répertoire contient les fichiers nécessaires pour lancer une simulation :  
    381412 - un fichier config.card 
    382413 - un répertoire COMP/ 
    383414 - un répertoire PARAM/ 
    384  
    385 Le fichier config.card contient la fiche d'identité de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...). Il contient également les options de démarrage : démarrage depuis les états initiaux (par défaut) ou redémarrage depuis une simulation (à soi ou non). Voir plus d'informations sur les redémarrages [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/IPSLCM4_v2_PAR#RestartIPSLCM4_v1 pour le couplé IPSLCM4_v2] [[BR]] 
     415 - un répertoire POST/ 
     416 
     417Le fichier config.card contient la fiche d'identité de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...). Il contient également les options de démarrage : démarrage depuis les états initiaux (par défaut) ou redémarrage depuis une simulation (à soi ou non). 
    386418Le répertoire PARAM/ contient les fichiers de paramètres nécessaires aux modèles[[BR]] 
    387419Le répertoire COMP/ contient deux sortes de fichiers : des cartes (.card) et des drivers (.driver). Les drivers ne sont pas à changer,  
    … …  
    389421contiennent les informations nécessaires pour chaque composantes (les fichiers d'états initiaux, les fichiers de conditions aux limites, les  
    390422fichiers d'émissions ...) ainsi que comment gérer les fichiers sorties des composantes (noms des fichiers que l'on veut conserver, et post-traitement  
    391 qu'on leur associe) [[BR]] 
     423qu'on leur associe.) [[BR]] 
     424Le répertoire POST/ contient 2 fichiers de configuration des monitoring, spécifiques pour la glace lim2 et stomate. [[BR]] 
    392425Vous trouverez plus d'informations sur les cartes là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur Doc Utilisateur libIGCM] 
    393426 
    … …  
    464497Vous devez l'effacer au préalable pour pouvoir le recréer. [[BR]] 
    465498 
     499Cette commande crée également run.card.init, squelette du fichier run.card qui contiendra l'état d'avancement de la simulation. 
     500 
     501Il crée également les jobs de post-traitement, spécifiques à la machine de post-traitement dans le répertoire : modipsl/libIGCM . Ils s'appellent xxxx.job. 
     502 
    466503'''Après''' : vérifier le fichier Job_nom_simul 
    467504 
    … …  
    500537__Au CCRT__ 
    501538{{{ 
    502 cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/EXP00/ 
     539cd modipsl/config/IPSLCM5_v2/EXP00/ 
    503540ccc_msub Job_nom_simul 
    504541}}} 
    505542__A l'IDRIS__ 
    506543{{{ 
    507 cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/EXP00/ 
     544cd modipsl/config/IPSLCM5_v2/EXP00/ 
    508545qsub Job_nom_simul 
    509546}}} 
    510547[[BR]] 
    511548 
    512 '''ATTENTION''': par défaut des job d'atlas seront lancés à la fin de votre simulation. Ces jobs s'intitulent REBUILDA, TS et SE. Pour en savoir plus voir [wiki:PostTraitementLibIGCM] 
    513  
    514 ===== Le parallelisme et les fichiers Bands ===== 
    515  
    516 Par défaut, le couplé IPSLCM5_v2, peut tourner sur un nombre quelconqiue de processeurs. Il crée lui-même le fichier Bands lors des 3 premiers mois de la simulation puis utilise celui du dernier mois. Il est possible d'utiliser le fichier Bands d'une autre simulation, voir paramétrage dans COMP/lmdz.card. 
    517  
    518 Par défaut, pour le couplé IPSLCM4_v2 le nombre de processeurs demandé est le suivant : 
     549'''ATTENTION''': par défaut des job d'atlas seront lancés à la fin de votre simulation. Ces jobs s'intitulent REBUILDA, TS et SE. Pour en savoir plus voir [wiki:ModipslBeginner#Lespost-traitementsaveclibIGCM] 
     550 
     551==== Le parallelisme et les fichiers Bands ==== 
     552 
     553===== A retenir ===== 
     554 
     555Nouveau : Par défaut, le couplé IPSLCM5_v2, peut tourner sur un nombre quelconqiue de processeurs. Il crée lui-même le fichier Bands lors des 3 premiers mois de la simulation puis utilise celui du dernier mois. Il est possible d'utiliser le fichier Bands d'une autre simulation, voir paramétrage dans COMP/lmdz.card. 
     556 
     557===== IPSLCM4_v2 ===== 
     558 
     559Ancienne méthode : Par défaut, pour le couplé IPSLCM4_v2 le nombre de processeurs demandé est le suivant : 
    519560 
    520561|| IPSLCM4_v2 || Nb de processeurs total || Nb de processeurs pour LMDZ/ORCHIDEE || Nb de processeurs pour OPA et OASIS || Fichier utilisé par LMDZ || 
    … …  
    639680 - Script_Output_JobName 
    640681Si la simulation s'est mal déroulée vous aurez un troisième fichier :  
    641  - !JobName_date_out_gcm.e_error qui contient le journal de sortie de votre simulation 
     682 - !JobName_date_out_run_file_error qui contient le journal de sortie de votre simulation 
    642683Le fichier run.card indique l'état de votre run à la fin de la simulation. Il contient une variable !PeriodState  
    643684qui vous renseigne  
    644685{{{ 
    645 PeriodState= completed ( = simulation bien finie)  
     686PeriodState= Completed ( = simulation bien finie)  
    646687PeriodState= Fatal (= problème durant la simulation)  
    647688}}} 
    648689Lorsque votre simulation est bien finie les fichiers de sorties sont stockés au path suivant :  
    649690{{{ 
    650 $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/_nom_simul_  
     691$DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5/_nom_simul_  
    651692Avec les sous répertoires suivant :  
    652 ATM CPL ICE OCE SRF Out Exe  
    653 MOD = Restart et Output de la composante (ATM,ICE...)  
     693ATM CPL ICE OCE SRF SBG Out Exe  
     694MOD = Restart et Output de la composante (ATM, ICE...)  
    654695Out = journaux de sorties du run  
    655696Exe = exécutables utilisés pour le run 
    656697}}} 
    657 Lorsque votre simulation est bien finie, les post-traitements sont lancés et exécutés. En savoir plus sur les post-traitements : [wiki:PostTraitementLibIGCM] 
     698Lorsque votre simulation est bien finie, les post-traitements sont lancés et exécutés sur les frontales. En savoir plus sur les post-traitements : [wiki:PostTraitementLibIGCM] 
    658699[[BR]] 
    659700[[BR]] 
    … …  
    676717####################################### 
    677718 
    678  2ième partie 
     719 2ème partie 
    679720 
    680721####################################### 
    … …  
    682723####################################### 
    683724 
    684  3ième partie 
     725 3ème partie 
    685726 
    686727}}} 
    687728Si à la fin de votre simulation le fichier [wiki:ModipslBeginner#Findesimulation run.card] indique qu'il y a eu un problème vous devez lire votre fichier Script_Output.  
    688729Il y a plusieurs solutions :  
    689  * si le fichier s'arrête avant le début de la deuxième partie c'est que soit vous n'avez pas effacer un fichier run.card existant, soit l'un des fichiers d'input que vous demandez n'existe pas.  
     730 * si le fichier s'arrête avant le début de la deuxième partie c'est que soit vous n'avez pas effacé un fichier run.card existant, soit l'un des fichiers d'input que vous demandez n'existe pas.  
    690731 * si le fichier s'arrête durant la deuxième partie c'est certainement que vous n'avez pas demandé assez de mémoire ou de temps CPU 
    691732 * si le fichier est entier c'est soit qu'il y a une erreur lors de l'exécution, soit qu'il y a un problème lors de la copie des outputs.  
    … …  
    693734{{{ 
    694735======================================================================== 
    695 EXECUTION of : mpirun -np 4 -max_np 4 ./lmdz.x > out_lmdz.x 2>&1 
     736EXECUTION of : mpirun -f ./run_file > out_run_file 2>&1 
    696737Return code of executable : 1 
    697738IGCM_debug_Exit :  EXECUTABLE 
    … …  
    702743 
    703744!------------------------! 
    704 IGCM_sys_Cp : out_lmdz.x /workdir2/rech/psl/rpsl592/PRINCE/modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR/LMDZOR01_19800201_19800230_out_lmdz.x_error 
     745IGCM_sys_Cp : out_run_file xxxxxxxxxxxx_out_run_file_error 
    705746======================================================================== 
    706747}}} 
    … …  
    708749{{{ 
    709750======================================================================== 
    710 EXECUTION of : mpirun -np 4 -max_np 4 ./lmdz.x > out_lmdz.x 2>&1 
     751EXECUTION of : mpirun -f ./run_file > out_run_file 2>&1 
    711752======================================================================== 
    712753}}} 
    … …  
    715756 * dans les 10% restant c'est que vous êtes passé par un garde fou du modèle et que celui-ci s'est fini proprement mais avant  
    716757la fin de la simulation. Dans ce cas là si votre modèle propose un journal de sortie autre que celui de la simulation il faut le consulter.  
     758Il faut vérifier le fichier de sortie de l'océan stocké sur le serveur de fichiers sous ce nom là : 
     759{{{ 
     760IGCM_sys_Put_Out : ocean.output xxxxxxxx/OCE/Debug/xxxxxxxx_ocean.output 
     761}}} 
    717762Sinon (par exemple pour LMDZ ou INCA) votre journal de sortie est confondu avec celui de la simulation et celui-ci n'a pas eu le temps d'être 
    718763copié sur l'espace de stockage (explication [wiki:ModipslBeginner#Commentsontstockéslesfichiersdesortiesdumodèle ICI]). Si votre simulation a tourné  
    … …  
    728773IGCM_OUT/nom_config/nom_experience/repertoires_composantes/ 
    729774 
    730 Exemple pour le modèle couplé IPSLCM4_v2 : 
    731 IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/MonExp/ 
     775Exemple pour le modèle couplé IPSLCM5 : 
     776IGCM_OUT/IPSLCM5/MonExp/ 
    732777       - ATM/ 
    733        - SURF/ 
     778       - SRF/ 
    734779       - ICE/ 
    735780       - OCE/ 
     781       - SBG/ 
     782       - CPL/ 
    736783}}}  
    737784Chaque répertoire de composante contient lui-même deux sous-répertoires : Restart/ et Output/ qui comme leurs noms l'indiquent contiennent pour l'un les fichiers