= MODIPSL for beginner =
(Auteurs : Anne Cozic, Marie-Alice Foujols)
----
'''MODIPSL pour les débutants'''

MODIPSL est l'interface d'accès aux modèles de l'IPSL. 
Cette page résume ce qu'un nouvel utilisateur de MODIPSL doit connaître.
[[BR]]
Cette page veut rassembler les informations pour les nouveaux utilisateurs et pointer 
vers les pages plus complètes de chaque configuration ou de chaque outil quand nécessaire. [[BR]]
N'hésitez pas à consulter la présentation du cours "modipsl"
[http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Cours/Cours-modipsl-2007.ppt ppt] (ou  
[http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Cours/Cours-modipsl-2007.pdf pdf]). 
Les transparents 24 à 48 reprennent avec des schémas une grande partie des 
informations qui vous seront données ci-dessous. [[BR]]
----
'''Table des matières'''
 * [wiki:ModipslBeginner#Environnementsdecalculs Environnements de Calculs]
 * [wiki:ModipslBeginner#Extrairemodipsl Accès à modipsl]
  * [wiki:ModipslBeginner#Lectureseule Lecture seule (accès anonyme)]
  * [wiki:ModipslBeginner#Modeadministrateur Mode administrateur ]
  * [wiki:ModipslBeginner#PourensavoirplussurSVN Pour en savoir plus sur SVN ]
 * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdesrepertoires Présentation des répertoires de Modipsl]
 * [wiki:ModipslBeginner#Listedesconfigurations Liste des configurations]
 * [wiki:ModipslBeginner#Travailleravecuneconfiguration Travailler avec une configuration]
  * [wiki:ModipslBeginner#Extraction Extraction]
  * [wiki:ModipslBeginner#Compilation Compilation]
  * [wiki:ModipslBeginner#Lancerunesimulation Lancement d'une simulation]
   * [wiki:ModipslBeginner#Casgeneral Cas général ]
     * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdurepertoireexperience Présentation du répertoire d'expérience]
     * [wiki:ModipslBeginner#Creationdujob Creation du job ]
     * [wiki:ModipslBeginner#Lancementdelasimulation Lancement de la simulation ]
     * [wiki:ModipslBeginner#Leparallelisme Le parallelisme ]
   * [wiki:ModipslBeginner#CasparticuliersLMDZ4OR_v2etLMDZINCA_v2 Cas particuliers LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2] 
  * Suivi de la simulation (Monitoring)
  * Post-traitements systématiques (atlas)
 * Plus d'informations :
  * [wiki:ModipslBeginner#Etatdelasimulationencours Etat de la simulation en cours ]
  * [wiki:ModipslBeginner#Findesimulation Fin de simulation ]
   * Comment sont rangés les fichiers de sortie?
   * Où est le script de sortie dans tous les cas (normal ou anormal)?
   * Où trouver le journal de sortie?
 * Questions/Réponses :
  * Extraction :
    * Mots de passe
  * Compilation :
    * A qui signaler quand cela ne marche pas?
  * [wiki:ModipslBeginner#Execution Execution :]
    * [wiki:ModipslBeginner#Relancerunesimulation Comment relancer? ]
    * [wiki:ModipslBeginner#Poursuivreunesimulation Comment poursuivre?]
  * Post-traitements :
    * Comment vérifier les post-traitements?
    * Comment relancer les post-traitements seulement?
 * Questions/Réponses des autres documentations : 
  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#RestartIPSLCM4_v1 Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1]
  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#RestartIPSLCM4_v1_OASIS3 Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1_OASIS3]
  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CompilationFcm Comment remettre en route une compilation de LMDZ après recopie d'un répertoire complet sur un autre]
  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CommentavoirautantdesortiestexteLMDZquedetaches Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lancées en parallèle]
  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Commentdebogueravectotalview Comment déboguer le couplé avec totalview sur mercure]
  * [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/wiki_ipsl/IGCMG/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ Questions/Réponses libIGCM ] ACCES RESTREINT
  * [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/wiki_ipsl/IGCMG/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ?action=show#head-bde4d4d6061b87087577df81926c1980e761f8a7 Messages erreurs dans Script_output] ACCES RESTREINT
----

[[BR]]
[[BR]]
== Environnements de calculs ==
 * IDRIS : http://www.idris.fr/
 * CCRT : 
  * accès ouvert : http://www-ccrt.cea.fr/
  * accès protégé : 
   * [http://www-ccrt.ccc.cea.fr:8000/index.php?id=13 Systèmes de fichiers]
   * [http://www-ccrt.ccc.cea.fr:8000/index.php?id=3 Environnement des codes]
[[BR]]
[[BR]]

== Extraire modipsl ==

=== Lecture seule ===
{{{
svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
}}}
Pour vous simplifiez la vie et éviter de retaper cette ligne de commande à chaque nouvelle extraction de modipsl, nous 
vous conseillons de vous créer un alias : 
{{{
alias svn_ano='svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl'
}}}
La commande d'extraction devient alors juste
{{{
svn_ano
}}}

=== Mode administrateur ===
{{{
svn co svn+ssh://yourlogin@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
}}}
D'autres commandes en bas de cette page : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/WikiStart

=== Pour en savoir plus sur SVN ===
 * Le site officiel de subversion : http://subversion.tigris.org/
 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svn_p.html Présentation de SVN (Jacques Bellier)]
 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svn_swt.html SVN commandes]
 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svnqref.html SVN quick reference guide]
 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/key_ssh.html Mémo sur la gestion des clés ssh] 
 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/inca/wiki/InstSvnInca Quelques commandes de base pour SVN (Anne Cozic)] 

[[BR]]
[[BR]]
== Presentation des repertoires ==
Après avoir extrait Modipsl vous avez un répertoire contenant 7 sous-répertoires : 
 * bin/
 * config/
 * doc/
 * lib/
 * modeles/
 * tmp/
 * util/
Tous ces répertoires sont vides excepté le répertoire '''doc/''' contenant le texte de la licence CECILL (license
sous laquelle sont placés les modèles de l'IPSL) et le répertoire '''util/''' qui contient les scripts 
nécessaire à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL. [[BR]]
{{{
mod.def         >>>>>> Définition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags
model           >>>>>> Extraction des modèles validés disponibles
ins_make        >>>>>> Installation et configuration des Makefiles 
ins_job         >>>>>> Installation et configuration des scripts de lancement
}}}
Voir le transparent 26 de la présentation suivante [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Cours/Cours-modipsl-2007.ppt ppt]

[[BR]]
[[BR]]
== Liste des configurations ==
Via modipsl vous pouvez avoir accès à un grand nombre de configurations regroupant différents modèles de l'IPSL. 
Pour connaître cette liste il vous suffit dans le répertoire '''util/''' de passer la commande suivante : 
{{{
cd modipsl/util
./model -h 
}}}

Pour avoir plus d'informations sur une configuration en particulier (modèles utilisés, versions CVS ou SVN utilisées ...) 
il faut passer la commande
{{{
./model -h nom_de_la_config
}}}
Exemple avec LMDZ4OR_v2 : 
{{{
>> ./model -h LMDZ4OR_v2

>> model : LMDZ4OR_v2
 
LMDZ4OR_v2 configuration with parallel LMDZ4 and ORCHIDEE
working configuration
Official beta release
IOIPSL/src svn tags/v2_1_1
LMDZ4 tag LMDZ4_V3_1
ORCHIDEE tag orchidee_1_9_1
LMDZ4OR_v2 svn trunk
libIGCM HEAD
 
model manager email address : Abderrahmane.Idelkadi@lmd.jussieu.fr
 
Component 1 : IOIPSL/tags/v2_1_1/src
Tag       1 : HEAD
System    1 : svn
Server    1 : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn
Directory 1 : IOIPSL/src
Local Dir 1 : modeles
Component 2 : ORCHIDEE
Tag       2 : orchidee_1_9_1
System    2 : cvs
Server    2 : sechiba@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ssipsl/CVSREP
Directory 2 : .
Local Dir 2 : modeles
Component 3 : LMDZ4
Tag       3 : LMDZ4_V3_1
System    3 : cvs
Server    3 : lmdzbrowse@cvs.lmd.jussieu.fr:/home/cvsroot
Directory 3 : .
Local Dir 3 : modeles
Component 4 : CONFIG/trunk/LMDZ4OR_v2
Tag       4 : HEAD
System    4 : svn
Server    4 : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn
Directory 4 : LMDZ4OR_v2
Local Dir 4 : config
Component 5 : libIGCM
Tag       5 : ?
System    5 : cvs
Server    5 : anonymous@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ioipsl/CVSROOT
Directory 5 : .
Local Dir 5 : .
}}}
La première partie les modèles utilisés dans la configuration ainsi que leurs numéros de version sur CVS ou SVN. 
Ensuite est donnée l'adresse e-mail du responsable de cette configuration, puis tous les paths des composantes. 

[[BR]]
[[BR]]
== Travailler avec une configuration ==
Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le modèle couplé '''IPSLCM4_v2'''. Les autres configurations
utilisant le nouveau modipsl ('''IPSL_ESM_V1''', '''LMDZ4OR_v2''', '''LMDZINCA_v2''', '''LMDZORINCA''')
suivent le même principe. Quand des cas particuliers existent nous vous les indiquerons. 
 [[BR]]

=== Extraction ===
{{{
cd modipsl/util
./model -h               >>>> indique toutes les configurations dispo
./model IPSLCM4_v2       >>>> on choisi d'extraire la configuration IPSLCM4_v2
}}}
Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demandés. Pour les 
récupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus) [[BR]]
Cette commande récupère sur CVS et/ou SVN les différents modèles composant la configuration demandée. 
Les sources de ces modèles sont installées dans le répertoire '''modipsl/modeles/'''. Pour notre exemple
vous obtenez les répertoires suivants : 
 * modipsl/modeles/IOIPSL/
 * modipsl/modeles/LMDZ4/
 * modipsl/modeles/OPA/
 * modipsl/modeles/ORCHIDEE/
 * modipsl/modeles/UTIL/
Modipsl installe également ce que l'on appelle une '''configuration'''. Elle est dans le répertoire 
'''modipsl/config/''' (ici modipsl/config/IPSLCM4_v2/). [[BR]]
Cette configuration vous permettra de [wiki:ModipslBeginner#Compilation compiler] l'ensemble des modèles, puis de [wiki:ModipslBeginner#Lancerunesimulation lancer une simulation]. [[BR]]
 [[BR]]

=== Compilation ===
Avant la première compilation des différents modèles de votre configuration
vous devez créer les makefiles adaptés à la machine sur laquelle vous travaillez. 
{{{
cd modipsl/util
./ins_make
}}}
La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple '''modipsl/config/IPSLCM4_v2/Makefile'''. 
Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés.Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regéner (sauf 
changement de machine ou d'emplacement de modipsl dans votre architecture). [[BR]]
Vous pouvez ensuite lancer la compilation (résolution par défaut soit ORCA2 et LMDZ 96x71x19) : 
{{{
cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/
gmake
}}}

Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer différentes résolutions. Pour les connaître vous devez 
regarder les différentes target dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM4_v2 ce sont les suivantes : 
 * ORCA2xLMD4443 
 * ORCA2xLMD444315 
 * ORCA2xLMD444311 
 * ORCA2xLMD7245 
 * ORCA2lgmxLMD7245 
 * '''ORCA2xLMD9671'''
 * ORCA2lgmxLMD9671 
 * ORCA2xLMD14496 
 * ORCA2xLMD144142
Lorsque vous savez quelle résolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation : 
{{{
cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/
gmake resolution_desirée
}}}
par exemple 
{{{
gmake ORCA2xLMD144142 
}}}

Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution 
de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations 
juste avec la commande '''gmake''' vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution. 
 [[BR]]

=== Lancer une simulation ===
==== Cas general ====
===== Presentation du repertoire experience =====
Dans le répertoire '''modipsl/config/IPSLCM4_v2/''' vous trouverez 1 sous répertoires EXP00 [[BR]]
Ce répertoire contient les fichiers nécessaires pour lancer une simulation : 
 - un fichier config.card
 - un répertoire COMP/
 - un répertoire PARAM/

Le fichier config.card contient la fiche d'identité de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...). Il contient également les options de démarrage : démarrage depuis les états initiaux (par défaut) ou redémarrage depuis une simulation (à soi ou non). Voir plus d'informations sur les redémarrages [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/IPSLCM4_v2_PAR#RestartIPSLCM4_v1 pour le couplé IPSLCM4_v2] [[BR]]
Le répertoire PARAM/ contient les fichiers de paramètres nécessaires aux modèles[[BR]]
Le répertoire COMP/ contient deux sortes de fichiers : des cartes (.card) et des drivers (.driver). Les drivers ne sont pas à changer, 
ils indiquent les opérations à faire pour chaque composantes (modèles) de votre configuration. Les cartes elles 
contiennent les informations nécessaires pour chaque composantes (les fichiers d'états initiaux, les fichiers de conditions aux limites, les 
fichiers d'émissions ...) ainsi que comment gérer les fichiers sorties des composantes (noms des fichiers que l'on veut conserver, et post-traitement 
qu'on leur associe) [[BR]]
Vous trouverez plus d'informations sur les cartes là : http://wiki.ipsl.jussieu.fr/wiki_ipsl/IGCMG/libIGCM/DocUtilisateur

[[BR]]
===== Etapes avant la creation du job de simulation =====
__'''config.card'''__ [[BR]]
Avant de créer un job pour votre simulation vous devez indiquer tous les paramètres nécessaires à cette dernière dans le fichier config.card [[BR]]
Voici les rubriques à modifier : 
{{{
JobName=_nom_simul_
DateBegin=_date_debut_simul_
DateEnd=_date_fin_simul_
PeriodLength= indiquez ici la fréquence de lancement de l'exécutable >>> voir ci-dessous après l'exemple 
JobNumProcTot=_nombre_processeurs
}}}
Exemple : 
{{{
JobName=RUN1
DateBegin=1950-01-01
DateEnd=2000-12-30
PeriodLength=1M
JobNumProcTot=4
}}}

__!PeriodLength__ : [[BR]]
!PeriodLength correspond à la fréquence des fichiers de sorties de votre modèle. Vous avez le choix entre
1 jour, 5 jours, 1 mois ou 1 an (1D, 5D, 1M ou 1Y). Si vous choisissez 1D cela signifie que au bout d'une année
de simulation vous aurez 360 fichiers de sorties. Si vous choisissez 1M vous aurez 12 fichiers de sorties, et si 
vous choisissez 1Y vous aurez 1 fichier de sortie. [[BR]]
'''Attention''' il faut impérativement que !PeriodLength ne soit 
pas plus supérieur à la durée de votre simulation : c'est à dire pour une simulation de 1 mois ne demandez pas une
!PeriodLength de 1 an. [[BR]]

'''__répertoire COMP__'''[[BR]]
Comme indiqué ci-dessus le répertoire COMP contient une carte par composante (modèle) de votre configuration. Chacune
de ces cartes est divisée en différentes parties : 
 * `[InitialStateFiles]        >>>> indique les fichiers d'état initiaux utilisés pour votre simulation (ex start.nc et startphy.nc pour le modèle lmdz)`
 * `[BoundaryFiles]            >>>> indique les fichiers de conditions aux limites (deux parties List pour les fichiers variant avec le temps, `
 `                                 et ListNonDel pour ceux qui ne varient pas)`
 * `[ParametersFiles]          >>>> liste des fichiers de paramètres pour le modèle (stockés dans EXP00/PARAM/) `
 * `[RestartFiles]             >>>> liste des fichiers de restart pour le redémarrage du modèle : cette liste ne doit pas être modifiée`
 * `[OutputText]               >>>> liste des fichiers texte en sortie du modèle`
 * `[OutputFiles]              >>>> liste des fichiers netcdf en sortie du modèle avec le post-traitement éventuel`
 * `[Post_...]                 >>>> description des différentes post-traitements. `
 
A chaque fois la syntaxe utilisée est la suivante : 
{{{
exemple :
ListNonDel= (${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run1850.cdf, .),\
}}}
''(path_fichier, fichier)'' [[BR]]
Elle est équivalente à : [[BR]]
''cp path_fichier fichier'' [[BR]]

__'''répertoire PARAM'''__[[BR]]
Ce répertoire contient les fichiers de paramètres des différents modèles. Reportez vous aux documentations scientifiques de chacun de ces modèles
pour en connaître les différentes utilisations. 
[[BR]]

===== Creation du job =====

'''Avant''' : vérifier le fichier config.card. 

{{{
cd modipsl/util
./ins_job 
}}}
Cette commande recherche tous les fichiers config.card existant dans des sous-répertoires de modipsl et crée 
les job associés (en reprenant la rubrique !JobName du fichier config.card). 
Si jamais un fichier du même nom (Job_nom_simul) existe déjà alors 
un message d'avertissement apparait et le job n'est pas écrasé. 
Vous devez l'effacer au préalable pour pouvoir le recréer. [[BR]]

'''Après''' : vérifier le fichier Job_nom_simul


N'oubliez pas de modifier les variables '''elapstim_req''' et '''memsz_job''' en entête de job si nécessaire (voir documentation
sur les machines de calculs de l'IDRIS ou du CCRT).
{{{
#PBS -l memsz_job=6.0gb       # limite memoire
#PBS -l elapstim_req=00:30:00 # limite en temps elapsed
}}}
Remarque : Pour connaître les temps autorisés sur les différentes queues de la machine vous pouvez utiliser la commande
'''class''' au CCRT ou '''news class''' à l'IDRIS.
[[BR]]
Par défaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine. 
Si vous voulez qu'elle ait lieu sur le scratchir, vous devez
modifier la variable RUN_DIR_PATH dans le fichier Job_nom_simul 
{{{
RUN_DIR_PATH=$SCRATCHDIR
}}}
Avant de lancer votre simulation il vous reste une dernière étape : vous devez définir la variable '''!PeriodNb''' dans 
votre Job. '''!PeriodNb''' peut être définie comme le nombre maximal de '''!PeriodLength''' (dans config.card) pouvant être
simulée sur le '''elapstim_req''' demandé ! [[BR]]
exemple : 
{{{
PeriodLength=1M
elapstim_req=20.00.00
PeriodNb=12             >>>> cela signifie que vous pouvez faire passer 12 mois de simulations durant 20h de temps CPU
}}}
[[BR]]
[[BR]]

===== Lancement de la simulation =====

'''Avant''' : Vérifier les dates et les options de démarrage du fochier config.card.

====== Au CCRT ======
{{{
cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/EXP00/
ccc_msub Job_nom_simul
}}}
====== A l'IDRIS ======
{{{
cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/EXP00/
qsub Job_nom_simul
}}}
[[BR]]


===== Le parallelisme =====

Par défaut, pour le couplé IPSLCM4_v2 le nombre de processeurs demandé est le suivant :

|| IPSLCM4_v2 || Nb de processeurs total || Nb de processeurs pour LMDZ/ORCHIDEE || Nb de processeurs pour OPA et OASIS || Fichier utilisé par LMDZ ||
|| '''ORCA2xLMD9671''' || '''4''' || 3 || 1 || Bands_96x71x19_3prc.dat ||

Il est possible de demander le nombre de processeurs suivants pour les résolutions citées.

|| IPSLCM4_v2 || Nb de processeurs total || Nb de processeurs pour LMDZ/ORCHIDEE || Nb de processeurs pour OPA et OASIS || Fichier utilisé par LMDZ ||
|| ORCA2xLMD14496 || '''6''' || 5 || 1 || Bands_144x96x19_5prc.dat || 
|| ORCA2xLMD144142 || '''6''' || 5 || 1 || Bands_144x142x19_5prc.dat ||
|| ORCA2xLMD144142 || '''8''' || 7 || 1 || Bands_144x142x19_7prc.dat ||

Pour changer le nombre de processeurs utilisés et prendre une des valeurs du tableau précédent (4, 6, 6 ou 8), il faut modifier le parametre !JobNumProcTot dans le fichier config.card, juste avant de lancer la commande ins_job. On peut également le changer ultérieurement en modifainat dans le fichier Job_nom_simul le parametre BATCH_NUM_PROC_TOT=

Pour le changer pour mettre un nombre non dans cette liste, le fichier Bands n'existe pas. Il faut donc en plus modifier les cards pour ne pas aller le chercher et modifier LMDZ pour qu'il crée le fichier. Voir : [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Bands]
 
[[BR]]
[[BR]]
==== Cas particuliers LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2 ====
===== Répertoires d'experience =====
 * Pour LMDZ4OR_v2 le répertoire d'expérience se nomme LMDZOR
 * Pour LMDZINCA_v2 il y a un répertoire d'expérience par configuration de INCA : EXP_AER, EXP_CH4, EXP_NMHC .... 
Plus d'information sur la config LMDZINCA_v2 ici : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/LMDZINCA_v2

===== Création de l'état initial ===== 
Si vous n'avez pas de fichier d'états initiaux pour le modèle couplé celui-ci les crée automatiquement. Ce qui n'est pas le 
cas pour les configurations LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2. Dans ces deux cas vous trouverez un répertoire CREATE/ en plus de votre 
répertoire d'expérience. Nous allons prendre pour exemple la config LMDZ-ORCHIDEE. [[BR]]
Le répertoire '''CREATE/''' est composé de : 
 * un fichier config.card
 * un fichier config.card_Interannuel
 * un sous répertoire COMP/
 * un sous répertoire PARAM/
 
L'utilisateur peut décider soit de créer un état initial pour un '''run climato''' c'est à dire qu'il utilisera pour chaque 
année de simulation le même fichier de conditions aux limites. Soit de créer un état initial pour un '''run nudgé''' c'est à dire
qu'à chaque année de simulation correspondra un fichier de conditions aux limites différents prenant en compte les données de sst et de
glaces de mer (sic). Nous allons voir maintenant comment procéder dans ces deux cas : 
[[BR]][[BR]]

 * __RUN CLIMATO__ 
Dans ce cas vous laissez les fichiers tels que vous les avez extraits. 
{{{
cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/
ls                                >>>> verification des fichiers dans le répertoire CREATE/ (cf ci-dessus) 
cd ../../../util
./ins_job                         >>>> creation du job Job_ELC-$RESOL ($RESOL = la resolution de votre simulation, ex LMD9671) dans le répertoire CREATE/
cd ../config/LMDZ4OR_v2/CREATE
ccc_msub Job_ELC-$RESOL              >>>> soumission du job tel quel 
}}}
L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-$RESOL/'''
{{{
ls $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-LMD9671/ATM/Restart/
ELC-LMD9671_19791230_limit.nc   ELC-LMD9671_19791230_start.nc ELC-LMD9671_19791230_startphy.nc
}}}

Ensuite avant de lancer votre simulation vous devez vérifier que le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR/COMP/lmdz.card
renvoie bien vers ces fichiers 
{{{
[InitialStateFiles]
List=   (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_19791230_start.nc, start.nc) \
        (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_19791230_startphy.nc, startphy.nc)
[...]
[BoundaryFiles]
ListNonDel= (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_19791230_limit.nc, limit.nc) \
[...]
}}}
[[BR]]

 * __RUN NUDGE__ 
Dans ce cas là vous devez utiliser les fichiers suffixés AMIP. Ils permettent de créer les fichiers aux limites pour 
les années 1956 à 2005 en utilisant les données AMIP6. 
{{{
cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE
mv config.card_Interannuel config.card
mv COMP/lmdz.card_Interannuel COMP/lmdz.card
cd ../../../util
./ins_job                             >>>> creation du Job Job_ELI-$RESOL
cd ../config/LMDZ4OR_v2/CREATE
ccc_msub Job_ELI-$RESOL
}}}

L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-$RESOL/'''. Contrairement
au cas climato vous obtenez 50 trios "start.nc, startphy.nc et limit.nc"
{{{
ls $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-LMD9671/ATM/Restart/
ELI-LMD9671_19561230_limit.nc   ELI-LMD9671_19561230_start.nc   ELI-LMD9671_19561230_startphy.nc 
(...)
ELI-LMD9671_20051230_limit.nc   ELI-LMD9671_20051230_start.nc   ELI-LMD9671_20051230_startphy.nc 
}}}
Pour votre simulation vous devrez comme précédemment indiquer les path de start et startphy dans le fichier lmdz.card. Mais
attention cette fois ci pour le fichier de conditions aux limites il faudra l'indiquer dans la section '''List''' et non pas
'''!ListNonDel''' de !BoundaryFiles. 
{{{
[InitialStateFiles]
List=  (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_${year}1230_start.nc, start.nc) \
       (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_${year}1230_startphy.nc, startphy.nc)
[...]
[BoundaryFiles]
List=(${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_${year}1230_limit.nc, limit.nc) 
}}}
 
[[BR]]
__Remarque :__ Si vous souhaitez utiliser d'autres jeux de données que les données AMIP vous devez modifier
le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/lmdz.card
[[BR]]
[[BR]]
=== Etat de la simulation en cours ===
La variable !PeriodState du fichier run.card peut vous aider à connaître l'état de votre simulation : 
{{{
Start ou OnQueue : run en attente
Running : run en cours d'exécution
Completed : run fini correctement
Fatal : run fini avec un plantage
}}}

[[BR]]
[[BR]]
=== Fin de simulation ===
Lorsque votre simulation est finie deux fichiers sont créés dans votre répertoire d'expérience: 
 - run.card
 - Script_Output_JobName
Si la simulation s'est mal déroulée vous aurez un troisième fichier : 
 - !JobName_date_out_gcm.e_error qui contient le journal de sortie de votre simulation
Le fichier run.card indique l'état de votre run à la fin de la simulation. Il contient une variable !PeriodState 
qui vous renseigne 
{{{
PeriodState= completed ( = simulation bien finie) 
PeriodState= Fatal (= problème durant la simulation) 
}}}
Lorsque votre simulation est bien finie les fichiers de sorties sont stockés au path suivant : 
{{{
$DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/_nom_simul_ 
Avec les sous répertoires suivant : 
ATM CPL ICE OCE SRF Out Exe 
MOD = Restart et Output de la composante (ATM,ICE...) 
Out = journaux de sorties du run 
Exe = exécutables utilisés pour le run
}}}
[[BR]]
[[BR]]

=== Execution ===
==== Relancer une simulation ====
 1. Vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers statck_error (si existant) et run.card. 
 2. Vous devez effacer le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/_nom_simul_
 3. Si vous aviez changer la variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant à votre simulation sur votre scratchdir. 
 4. Relancer le job
[[BR]]
[[BR]]

==== Poursuivre une simulation ==== 
Vous devez indiquer dans le fichier run.card
{{{
PeriodState= OnQueue
}}}
[[BR]]
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