Changes between Initial Version and Version 1 of Modipsl_compil

Timestamp:

07/08/11 11:44:56 (13 years ago)

Author:

acosce

Comment:

--

Modipsl_compil

@@ +1 @@
+= Compilation = 
+[https://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/ModipslBeginner1 Retour au sommaire du mode d'emploi]
+[[BR]][[BR]]
+[[PageOutline]]
+
+
+== FCM ==
+Certains modèles de l'IPSL utilisent l'outil [http://www.metoffice.gov.uk/research/nwp/external/fcm/ FCM] pour gérer la création de leur makefile (modèle LMDZ, modèle INCA ...). 
+FCM n'est pas accessible par défaut sur les machines de calcul. Il est disponible sur les machines de l'IDRIS et du CCRT et vous devez l'ajouter à votre PATH :
+{{{
+# sur mercure, platine et titane
+PATH=~p86ipsl/fcm/bin:$PATH
+# sur brodie
+PATH=/home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin:$PATH
+# sur vargas
+PATH=/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin/fcm:$PATH
+}}}
+[[BR]]
+
+[[BR]] [[BR]]
+== Création du Makefile ==
+
+Avant la première compilation des différents modèles de votre configuration
+vous devez créer les makefiles adaptés à la machine sur laquelle vous travaillez. 
+{{{
+cd modipsl/util
+./ins_make
+}}}
+La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple '''modipsl/config/IPSLCM5A/Makefile'''. 
+Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés. Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regénérer (sauf 
+changement de machine ou d'emplacement de modipsl dans votre architecture). 
+
+
+[[BR]][[BR]]
+== Lancement de la compilation == 
+La commande gmake permet de lancer la compilation depuis le répertoire config/.../ [[BR]]
+Par exemple pour IPSLCM5A (résolution par défaut soit ORCA2 et LMDZ 96x95x39) : 
+{{{
+cd modipsl/config/IPSLCM5A/
+gmake
+}}}
+
+
+[[BR]][[BR]]
+== Choix de la résolution de compilation == 
+Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer différentes résolutions. Pour les connaître vous devez 
+regarder les différentes target (normalement en lettres majuscules) dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM5A ce sont les suivantes : 
+ * ORCA2xLMD4443 
+ * ORCA2xLMD5655  
+ * ORCA2xLMD9671
+ * ORCA2xLMD9695
+ * '''ORCA2xLMD9695-L39''' 
+ * ORCA2xLMD144142
+ * ORCA2xLMD144142-L39
+Lorsque vous savez quelle résolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation : 
+{{{
+cd modipsl/config/IPSLCM5A/
+gmake resolution_desirée
+}}}
+par exemple 
+{{{
+gmake ORCA2xLMD144142-L39 
+}}}
+
+Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution 
+de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations 
+juste avec la commande '''gmake''' vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution. 
+
+
+[[BR]][[BR]]
+== Options de compilations de LMDZ ==
+LMDZ propose les options de compilation suivantes : 
+{{{
+makelmdz_fcm [options] -m arch exec
+[-h]                       : manuel abrégé
+[-d [[IMx]JMx]LM]          : IM, JM, LM sont les dims en x, y, z (def: $dim)
+[-p PHYS]                  : compilation avec la physique libf/phyPHYS, (def: lmd)
+[-prod / -dev / -debug]    : compilation en mode production (default) / developpement / debug .
+[-c false/MPI1/MPI2]       : couplé océan : MPI1/MPI2/false (def: false)
+[-v false/true]            : avec ou sans végétation (def: false)
+[-chimie INCA/false]       : avec ou sans model de chimie INCA (def: false)
+[-parallel none/mpi/omp/mpi_omp] : parallelisation (default: none) : mpi, openmp ou mixte mpi_openmp
+[-g GRI]                   : conf. grille dans dyn3d/GRI_xy.h  (def: reg inclue un zoom)
+[-io IO]                   : choix d'une librairie I/O, experts (def: ioipsl)
+[-include INCLUDES]        : variables supplementaires pour include
+[-cpp CPP_KEY]             : cle cpp supplementaires
+[-adjnt]                   : adjoint, a remettre en route ...
+[-filtre NOMFILTRE]        : prend le filtre dans libf/NOMFILTRE (def: filtrez)
+[-link LINKS]              : liens optionels avec d'autres librairies
+[-fcm_path path]           : chemin pour fcm (def: le chemin est suppose deja exister dans le PATH)
+ -arch nom_arch            : nom de l'architecture cible
+ exec                      : exécutable généré
+}}}
+Ces options sont utilisées dans le fichier config/IPSLCM5A/Makefile. Notez que par défaut on demande la compilation en mode mpi. 
+
+
+[[BR]] [[BR]]
+== Spécificité titane ==
+Pour compiler sur titane, il faut charger explicitement la bonne bibliothèque NetCDF. Faire :
+{{{
+module load netcdf/3.6.3
+}}}
+
+Pour compiler le couplé, voir plus loin les détails :
+ * il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory"  dans config/IPSLCM5A/AA_make
+ * il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Sinon le message est :
+{{{
+xmlf90 ../../../lib/libioipsl.a -L/applications/netcdf-3.6.3/lib -lnetcdff -lnetcdf
+/applications/intel/cprof/11.1.056/lib/intel64/libimf.so: warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail
+../../../lib/libopa.a(opa.o): In function `opa_mp_opa_model_':
+opa.F90:(.text+0x2a5): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `dom_oce_mp_narea_' defined in COMMON section in ../../../lib/libopa.a(dom_oce.o)
+opa.F90:(.text+0x8bb): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `in_out_manager_mp_nprint_' defined in COMMON section in ../../../lib/libopa.a(in_out_manager.o)
+...
+opa.F90:(.text+0xa4d): additional relocation overflows omitted from the output
+gmake[2]: *** [../../../bin/opa] Error 1
+}}}
+La correction à faire est la suivante : 
+{{{
+dans modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90 (lignes 29-31)
+      jpni   = 1,                   &  !: number of processors following i
+      jpnj   = 5,                   &  !: number of processors following j
+      jpnij  = 5                       !: nb of local domain = nb of
+processors
+
+}}}
+
+
+[[BR]] [[BR]]
+== Spécificité SX8 ==
+Pour compiler pour la SX8, il faut explicitement charger netcdf pour SX8. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx8 :
+{{{
+sx8 () {  module load netcdf_sx8 ; export PS1="SX8"' - $PWD : ' ; }
+}}}
+
+
+[[BR]] [[BR]]
+== Spécificité SX9 ==
+Pour compiler pour la SX9, il faut vous placer dans l'environnement SX9. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx9 :
+{{{
+sx9 () { module switch SX8 SX9 ; module load netcdf_sx9 ; export PS1="SX9"' - $PWD : ' ; }
+}}}
+
+A noter : si vous recompilez en restant en SX8 alors que tout a été fait en SX9 jusque là, vous aurez le message suivant d'erreur et aucune recompilation ne se fera.
+{{{
+****************************************************************
+INFO -  This Makefile is for host type : sx9mercure
+INFO -  Host used has type :             sx8mercure
+****************************************************************
+ERROR - This Makefile is not compatible whith the host !
+****************************************************************
+Makefile:22: *** .  Stop.
+}}}
+
+Plus d'informations sur la compilation SX9/SX8 : [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/Couple/CCRT/SX9 là (Intranet)]
+
+
+[[BR]] [[BR]]
+== A qui signaler quand cela ne marche pas? ==
+Si il y a un problème de compilation vous pouvez vous adresser au ''model manager''. Il est indiqué lors de la commande 
+{{{
+ ./model -h IPSLCM5A 
+}}}