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Utiliser Modipsl sur les machines mercure
Index/Environnement de Calcul/Mercure
Compilation sur la SX8
Pour compiler pour la SX8, il faut explicitement charger netcdf pour SX8. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx8 :
sx8 () { module load netcdf_sx8 ; export PS1="SX8"' - $PWD : ' ; }
Ou en ligne de commande :
module load netcdf_sx8
Compilation sur la SX9
Pour compiler pour la SX9, il faut vous placer dans l'environnement SX9. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx9 :
sx9 () { module switch SX8 SX9 ; module load netcdf_sx9 ; export PS1="SX9"' - $PWD : ' ; }
Ou en ligne de commande :
module switch SX8 SX9 module load netcdf_sx9
A noter : si vous recompilez en restant en SX8 alors que tout a été fait en SX9 jusque là, vous aurez le message suivant d'erreur et aucune recompilation ne se fera.
**************************************************************** INFO - This Makefile is for host type : sx9mercure INFO - Host used has type : sx8mercure **************************************************************** ERROR - This Makefile is not compatible whith the host ! **************************************************************** Makefile:22: *** . Stop.
Plus d'informations sur la compilation SX9/SX8 : là (Intranet)
Modifications à apporter dans un Job
N'oubliez pas de modifier les variables elapstim_req et memsz_job en entête de job si nécessaire (voir documentation sur les machines de calculs du CCRT.
#PBS -l memsz_job=15.0gb # limite memoire #PBS -l elapstim_req=02:00:00 # limite en temps elapsed
Remarque : Pour connaître les temps autorisés sur les différentes queues de la machine vous pouvez utiliser la commande
class.
Par défaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine.
Si vous voulez qu'elle ait lieu sur le scratchir ou workdir, vous devez
modifier la variable RUN_DIR_PATH dans le fichier Job_nom_simul
RUN_DIR_PATH=$SCRATCHDIR
Soumission du job
qsub Job_nom_simul