Utiliser Modipsl sur les machines mercure

Index/Environnement de Calcul/Mercure

Compilation sur la SX8

Pour compiler pour la SX8, il faut explicitement charger netcdf pour SX8. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx8 :

sx8 () {  module load netcdf_sx8 ; export PS1="SX8"' - $PWD : ' ; }

Ou en ligne de commande :

module load netcdf_sx8

Compilation sur la SX9

Pour compiler pour la SX9, il faut vous placer dans l'environnement SX9. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx9 :

sx9 () { module switch SX8 SX9 ; module load netcdf_sx9 ; export PS1="SX9"' - $PWD : ' ; }

Ou en ligne de commande :

module switch SX8 SX9
module load netcdf_sx9

A noter : si vous recompilez en restant en SX8 alors que tout a été fait en SX9 jusque là, vous aurez le message suivant d'erreur et aucune recompilation ne se fera.

****************************************************************
INFO -  This Makefile is for host type : sx9mercure
INFO -  Host used has type :             sx8mercure
****************************************************************
ERROR - This Makefile is not compatible whith the host !
****************************************************************
Makefile:22: *** .  Stop.

Plus d'informations sur la compilation SX9/SX8 : ​là (Intranet)

Modifications à apporter dans un Job

N'oubliez pas de modifier les variables elapstim_req et memsz_job en entête de job si nécessaire (voir documentation sur les machines de calculs du CCRT.

#PBS -l memsz_job=15.0gb       # limite memoire
#PBS -l elapstim_req=02:00:00 # limite en temps elapsed

Remarque : Pour connaître les temps autorisés sur les différentes queues de la machine vous pouvez utiliser la commande class.
Par défaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine. Si vous voulez qu'elle ait lieu sur le scratchir ou workdir, vous devez modifier la variable RUN_DIR_PATH dans le fichier Job_nom_simul

RUN_DIR_PATH=$SCRATCHDIR

Soumission du job

qsub Job_nom_simul

Retour d'expérience

La simulation de 150 ans v5.rcp45MR1, juin 2012, 8 procs, post-traitements reduits à pack et rebuild :

• 1% des jobs de calcul ont du être resoumis à la main (1/100).
• 0,6 % de l'ensembles des jobs de calcul et de post-traitements ont du être resoumis à la main (19/700).