{{{
#!html
<h1>INCA Bciv</h1>
}}}
(Auteur : Anne Cozic)
----

[[PageOutline]]


= extraire le modèle et la configuration correspondante =
 * Extraire modipsl 
 * modifier le fichier ''modipsl/util/mod.def'' ainsi
{{{
 #-H- LMDZORINCA_v5  libIGCM tag libIGCM_v2.0 
 #-M- LMDZORINCA_v5  Anne.Cozic@lsce.ipsl.fr 
 #-C- LMDZORINCA_v5  IOIPSL/tags/v2_2_2/src				HEAD	8	IOIPSL/src	modeles 
-#-C- LMDZORINCA_v5  tags/ORCHIDEE_1_9_5/ORCHIDEE			HEAD	14	ORCHIDEE	modeles 
+#-C- LMDZORINCA_v5  branches/ORCHIDEE-BCOV/ORCHIDEE		HEAD	14	ORCHIDEE	modeles 
 #-C- LMDZORINCA_v5  LMDZ5/trunk					1729	11 	LMDZ		modeles 
-#-C- LMDZORINCA_v5  tags/INCA4.1.2					HEAD	9	INCA		modeles 
+#-C- LMDZORINCA_v5  branches/INCA4_BCOV				HEAD	9	INCA		modeles 
 #-C- LMDZORINCA_v5  tags/libIGCM_v2.0    				HEAD	10	libIGCM		. 
-#-C- LMDZORINCA_v5  CONFIG/UNIFORM/v5/LMDZORINCA_v5		HEAD	8	LMDZORINCA_v5	config 
+#-C- LMDZORINCA_v5  CONFIG/UNIFORM/v5_dev/LMDZORINCA_v5/BCOV	HEAD	8	LMDZORINCA_v5	config 
 
}}}


= compiler = 
Avant de compiler il faut également modifier l'appel à chemini depuis ''modipsl/modeles/LMDZ/libf/phylmd/physiq.F90''
{{{
-         CALL chemini( 
+         CALL chemini(  mth_len, 
}}}

Pour la compilation vous avez le choix entre deux résolutions : 
AERxLMD9695-L39 et NMHC_AERxLMD9695-L39
{{{
cd modipsl/config/LMDZORINCA_v5
gmake AERxLMD9695-L39
ou 
gmake  NMHC_AERxLMD9695-L39
}}}

= Préparation d'une expérience =
Toutes les étapes sont disponibles dans la [https://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg_doc/wiki documentation igcmg]

== créer un répertoire d'expérience ==
* Rappel : dans le répertoire ''modipsl/config/LMDZORINCA_v5/'' il y a un fichier ''README'' qui redonne les grandes lignes de la création d'un répertoire d'expérience. 

 {{{
cd modipsl/config/LMDZORINCA_v5
cp EXPERIMENTS/LMDZORINCA/AER/config.card .  
ou 
cp EXPERIMENTS/LMDZORINCA/NMHC_AER/config.card .
vi config.card >> modifier le JobName
../../util/ins_job   >> creation du répertoire d'expérience correspondant au config.card choisit
}}}

== Préparation de la simulation ==
Les paramètres de couplage entre inca et orchidee sont définis dans le fichier ''LMDZORINCA_v5/MyExp/PARAM/inca.def''
{{{
####################################################################### 
# Couplage avec Orchidee 
####################################################################### 
#nombre de pft 
nbveget=15 
#nombre de flux transferes depuis orchidee vers inca 
nbFlux_FromOrch=13 
##nbFlux_FromOrch=0 
#noms des flus a transferer 
# iso mono ORVOC MBO methanol 
# acetone acetal formal acetic formic 
# no_soil_YL no_YL fertil_no_YL 
emi_FromOrch=iso mono ORVOC MBO methanol acetone acetal formal acetic formic no_soil_YL nox_YL fertil_no_YL 
##emi_FromOrch= 
}}}

Dans ce fichier on peut également définir les fréquences de sorties pour les fichiers d'output de INCA. 
 * un fichier veget contenant les données issues du couplage sera créé et il est géré par les paramètres suivants : 
{{{
#frequence d'ecriture du fichier veget (1.mth, 1.day ou other, si other --> renseigner freq_write_veget_second) 
freq_write_veget=1.day 
#frequence d'ecriture en seconde du fichier veget (pris en compte uniquement si freq_write_veget = other 
freq_write_veget_second=1800 
}}}

 * pour le fichier classique inca_avgr il faut utiliser le paramètre, lu dans inca.def mais défini dans inca.card : 
{{{
Dans inca.def : 

#freq_write_chem --> write frequency for inca_inst and inca_avgr (86400 = 1/day) 
freq_write_chem=_AUTO_ 

Dans inca.card : 
# Set climatological to choose the write_frequency for inca output (inca_avgr, forcage, inca_inst)
# 86400 = daily output
freq_write_chem=86400

}}}

Les autres paramètres sont utilisés pour la lecture ou le calcul des vents à 10m

= Trucs et astuces = 
 * si la compilation plante les erreurs et les numéros de lignes font références aux fichiers pré-processé par le compilateur et stockés dans ''modipsl/modeles/INCA/config/ppsrc''. Attention : il faut bien modifier le fichier d'origine et non pas le fichier pré-processé avant de recompiler
 * la simulation tourne sur le scratchdir 
{{{
cd $SCRATCHDIR/RUN_DIR/n°IDJob_****/****/
}}}
 * Tous les prints sont stockés dans le fichier out_execution (Fichier stocké au final dans IGCM_OUT/.../JobName/DEBUG/)
 * Les write du modèle INCA sont stockés dans le fichier inca_out. (Fichier stocké au final dans IGCM_OUT/..../JobName/DEBUG/)
 * Pour savoir analyser un fichier Script_Output il faut se référer à la documentation [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/platform/en/documentation/G_suivi#AnalyzingtheJoboutput:Script_Output suivante]