source: XIOS/dev/XIOS_DEV_CMIP6/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1509

Last change on this file since 1509 was 1509, checked in by oabramkina, 6 years ago

Minor bugfix: in certain cases type of XIOS attributes wasn't recognized by the conditional operator ?:.
  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 134.7 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include "attribute_template.hpp"
4#include "group_template.hpp"
5
6#include "file.hpp"
7#include "calendar.hpp"
8#include "context.hpp"
9#include "context_server.hpp"
10#include "netCdfException.hpp"
11#include "exception.hpp"
12#include "timer.hpp"
13#include "uuid.hpp"
14namespace xios
15{
16      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
17      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
18         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist)
19            : SuperClass()
20            , SuperClassWriter(filename, exist)
21            , filename(filename)
22            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
23      {
24        SuperClass::type = MULTI_FILE;
25        compressionLevel= file->compression_level.isEmpty() ? 0 :file->compression_level ;
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
30          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
31            : SuperClass()
32            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
33            , comm_file(comm_file)
34            , filename(filename)
35            , isCollective(isCollective)
36            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
37      {
38        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39        if (file==NULL) compressionLevel = 0 ;
40        else compressionLevel= file->compression_level.isEmpty() ? 0 :file->compression_level ;
41      }
42
43      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
44    { /* Ne rien faire de plus */ }
45
46      ///--------------------------------------------------------------
47
48      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
49      {
50         return (this->filename);
51      }
52
53      //---------------------------------------------------------------
54
55      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
56      {
57        StdString lonName,latName ;
58         
59        domain->computeWrittenIndex();
60        domain->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
61
62        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
63        {
64          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
65            writeUnstructuredDomain(domain) ;
66          else
67            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
68          return ;
69        }
70
71         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
72         CContextServer* server=context->server ;
73
74         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
75         domain->checkAttributes();
76
77         if (domain->isEmpty())
78           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
79
80         std::vector<StdString> dim0, dim1;
81         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
82         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
83         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
84         else setWrittenDomain(domid);
85       
86         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
87
88
89        StdString dimXid, dimYid ;
90
91        nc_type typePrec ;
92        if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
93        else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
94        else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
95         
96         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
97         switch (domain->type)
98         {
99           case CDomain::type_attr::curvilinear :
100
101             if (domain->lon_name.isEmpty()) lonName = "nav_lon";
102             else lonName = domain->lon_name;
103
104             if (domain->lat_name.isEmpty()) latName = "nav_lat";
105             else latName = domain->lat_name;
106
107             if (domain->dim_i_name.isEmpty()) dimXid=StdString("x").append(appendDomid);
108             else dimXid=domain->dim_i_name.getValue() + appendDomid;
109
110             if (domain->dim_j_name.isEmpty()) dimYid=StdString("y").append(appendDomid);
111             else dimYid=domain->dim_j_name.getValue() + appendDomid;
112
113             break ;
114
115           case CDomain::type_attr::rectilinear :
116
117             if (domain->lon_name.isEmpty())
118             {
119               if (domain->dim_i_name.isEmpty())
120                   lonName = "lon";
121               else
122                 lonName = domain->dim_i_name.getValue();
123             }
124             else lonName = domain->lon_name;
125
126             if (domain->lat_name.isEmpty())
127             {
128               if (domain->dim_j_name.isEmpty())
129                 latName = "lat";
130               else
131                 latName = domain->dim_j_name.getValue();
132             }
133             else latName = domain->lat_name;
134             
135             if (domain->dim_i_name.isEmpty()) dimXid = lonName+appendDomid;
136             else dimXid = domain->dim_i_name.getValue()+appendDomid;
137
138             if (domain->dim_j_name.isEmpty()) dimYid = latName+appendDomid;
139             else dimYid = domain->dim_j_name.getValue()+appendDomid;
140             break;
141         }
142
143         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
144
145         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
146         string areaId = "area" + appendDomid;
147/*
148         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
149                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
150                             : lonid;
151         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
152                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
153                             : latid;
154*/
155
156         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
157         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
158         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
159         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
160         CArray<double,1> writtenArea;
161
162         if (domain->hasLonLat)
163         {
164           writtenLat.resize(nbWritten);
165           writtenLon.resize(nbWritten);
166           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
167           {
168                  if (idx < domain->latvalue.numElements())
169                  {
170                writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
171                writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
172                  }
173                  else
174                  {
175                writtenLat(idx) = 0.;
176                writtenLon(idx) = 0.;
177                  }
178           }
179         
180
181           if (domain->hasBounds)
182           {         
183             int nvertex = domain->nvertex, idx;
184             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
185             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
186             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
187             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
188             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
189               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
190               {
191                 if (idx < boundslat.columns())
192                 {
193                   writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
194                   writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
195                 }
196                 else
197                 {
198                   writtenBndsLat(nv, idx) = 0.;
199                   writtenBndsLon(nv, idx) = 0.;
200                 }
201               }
202           }
203         }
204
205         if (domain->hasArea)
206         {
207           writtenArea.resize(nbWritten);           
208           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
209           {
210                  if (idx < domain->areavalue.numElements())
211                writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));
212                  else
213                writtenArea(idx) = 0.;
214           }
215         }
216
217         try
218         {
219           switch (SuperClass::type)
220           {
221              case (MULTI_FILE) :
222              {
223  //               if (domain->isEmpty()) return;
224
225                 if (server->intraCommSize > 1)
226                 {
227  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
228  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
229                 }
230
231                 switch (domain->type)
232                 {
233                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
234                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
235                     lonid = lonName+appendDomid;
236                     latid = latName+appendDomid;
237                     break ;
238                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
239                     lonid = lonName+appendDomid;
240                     latid = latName+appendDomid;
241                     dim0.push_back(dimYid);
242                     dim1.push_back(dimXid);
243                     break;
244                 }
245                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
246                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
247                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
248                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
249
250                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
251                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj);
252
253                 if (domain->hasBounds)
254                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
255
256                 if (server->intraCommSize > 1)
257                 {
258                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin,
259                                              domain->zoom_ni,
260                                              domain->zoom_jbegin,
261                                              domain->zoom_nj,
262                                              appendDomid);
263
264                   if (singleDomain)
265                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
266                                                      domain->zoom_ibegin,
267                                                      domain->zoom_ni,
268                                                      domain->zoom_jbegin,
269                                                      domain->zoom_nj,
270                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
271                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
272                 }
273
274                 if (domain->hasLonLat)
275                 {
276                   switch (domain->type)
277                   {
278                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
279                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
280                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
281                       break ;
282                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
283                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
284                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1, compressionLevel);
285                        break ;
286                   }
287
288                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
289                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
290
291                   if (domain->hasBounds)
292                   {
293                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
294                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
295
296                     dim0.clear();
297                     dim0.push_back(dimYid);
298                     dim0.push_back(dimXid);
299                     dim0.push_back(dimVertId);
300                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
301                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
302                   }
303                 }
304
305                 dim0.clear();
306                 dim0.push_back(dimYid);
307                 dim0.push_back(dimXid);
308
309
310  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
311  // supress mask               {
312  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
313  // supress mask
314  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
315  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
316  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
317  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
318  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
319  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
320  // supress mask               }
321
322                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
323
324                 if (domain->hasArea)
325                 {
326                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
327                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
328                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
329                 }
330
331                 SuperClassWriter::definition_end();
332
333                 if (domain->hasLonLat)
334                 {
335                   switch (domain->type)
336                   {
337                     case CDomain::type_attr::curvilinear :                       
338                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
339                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
340                       break;
341                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
342                       CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni)) ;
343                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
344                       CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1)) ;
345                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
346                       break;
347                   }
348
349                   if (domain->hasBounds)
350                   {
351                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
352                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
353                   }
354                 }
355
356                 if (domain->hasArea)
357                 {
358                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);                   
359                 }
360
361                 SuperClassWriter::definition_start();
362
363                 break;
364              }
365              case (ONE_FILE) :
366              {
367                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
368                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
369
370                 if (domain->hasBounds)
371                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
372
373                 if (domain->hasLonLat)
374                 {
375                   switch (domain->type)
376                   {
377                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
378                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
379                       lonid = lonName+appendDomid;
380                       latid = latName+appendDomid;
381                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
382                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
383                       break;
384
385                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
386                       dim0.push_back(dimYid);
387                       dim1.push_back(dimXid);
388                       lonid = lonName+appendDomid;
389                       latid = latName+appendDomid;
390                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
391                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1, compressionLevel);
392                       break;
393                   }
394                   if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
395                   else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
396                   if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
397                   else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
398
399                   this->writeAxisAttributes
400                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
401                   this->writeAxisAttributes
402                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
403
404                   if (domain->hasBounds)
405                   {
406                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
407                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
408
409                     dim0.clear();
410                     dim0.push_back(dimYid);
411                     dim0.push_back(dimXid);
412                     dim0.push_back(dimVertId);
413                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
414                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
415                   }
416                 }
417
418                 if (domain->hasArea)
419                 {
420                   dim0.clear();
421                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
422                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
423                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
424                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
425                   dim0.clear();
426                 }
427
428                 SuperClassWriter::definition_end();
429
430                 switch (domain->type)
431                 {
432                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
433                   {
434                     std::vector<StdSize> start(2) ;
435                     std::vector<StdSize> count(2) ;
436                     if (domain->isEmpty())
437                     {
438                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
439                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
440                     }
441                     else
442                     {
443                       start[1]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
444                       start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
445                       count[1]=domain->zoom_ni ; count[0]=domain->zoom_nj ;
446                     }
447
448                     if (domain->hasLonLat)
449                     {
450                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
451                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
452                     }
453                     break;
454                   }
455                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
456                   {
457                     if (domain->hasLonLat)
458                     {
459                       std::vector<StdSize> start(1) ;
460                       std::vector<StdSize> count(1) ;
461                       if (domain->isEmpty())
462                       {
463                         start[0]=0 ;
464                         count[0]=0 ;
465                         SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
466                         SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
467                       }
468                       else
469                       { 
470                         start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
471                         count[0]=domain->zoom_nj;                         
472                         CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni));
473                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
474
475                         start[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
476                         count[0]=domain->zoom_ni;                         
477                         CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1));
478                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
479                       }
480                     }
481                     break;
482                   }
483                 }
484
485                 if (domain->hasBounds)
486                 {
487                   std::vector<StdSize> start(3);
488                   std::vector<StdSize> count(3);
489                   if (domain->isEmpty())
490                   {
491                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
492                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
493                   }
494                   else
495                   {
496                     start[2] = 0;
497                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
498                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
499                     count[2] = domain->nvertex;
500                     count[1] = domain->zoom_ni;
501                     count[0] = domain->zoom_nj;
502                   }
503                 
504                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
505                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
506                 }
507
508                 if (domain->hasArea)
509                 {
510                   std::vector<StdSize> start(2);
511                   std::vector<StdSize> count(2);
512
513                   if (domain->isEmpty())
514                   {
515                     start[0] = 0; start[1] = 0;
516                     count[0] = 0; count[1] = 0;
517                   }
518                   else
519                   {
520                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
521                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
522                     count[1] = domain->zoom_ni;
523                     count[0] = domain->zoom_nj;
524                   }
525                   
526                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
527                 }
528
529                 SuperClassWriter::definition_start();
530                 break;
531              }
532              default :
533                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
534                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
535                       << " not implemented yet !");
536           }
537         }
538         catch (CNetCdfException& e)
539         {
540           StdString msg("On writing the domain : ");
541           msg.append(domid); msg.append("\n");
542           msg.append("In the context : ");
543           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
544           msg.append(e.what());
545           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
546         }
547
548         domain->addRelFile(this->filename);
549      }
550
551    //--------------------------------------------------------------
552
553    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
554    {
555      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
556      CContextServer* server=context->server ;
557
558      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
559
560      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
561
562      // The first domain for the same mesh that will be written is that with the highest value of nvertex.
563      // Thus the entire mesh connectivity will be generated at once.
564      if (isWrittenDomain(domid)) return ;
565      else setWrittenDomain(domid);
566
567      domain->checkAttributes();
568      if (domain->isEmpty())
569        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
570
571     nc_type typePrec ;
572     if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
573     else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
574     else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
575
576      std::vector<StdString> dim0;
577      StdString domainName = domain->name;
578      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
579      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue, domain->latvalue, domain->bounds_lonvalue, domain->bounds_latvalue);
580
581      StdString node_x = domainName + "_node_x";
582      StdString node_y = domainName + "_node_y";
583
584      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
585      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
586      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
587
588      StdString face_x = domainName + "_face_x";
589      StdString face_y = domainName + "_face_y";
590      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
591      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
592      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
593      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
594
595      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
596      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
597      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
598      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
599      StdString dimTwo = "Two";
600
601      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
602      dim0.clear();
603      SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0, compressionLevel);
604      SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
605      SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
606      SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
607      SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
608
609      try
610      {
611        switch (SuperClass::type)
612        {
613          case (ONE_FILE) :
614          {
615            // Adding nodes
616            if (domain->nvertex == 1)
617            {
618              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
619              {
620                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
621                dim0.clear();
622                dim0.push_back(dimNode);
623                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
624                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
625                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
626                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
627                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
628                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
629                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
630                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
631              }
632            } // domain->nvertex == 1
633
634            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
635            if (domain->nvertex == 2)
636            {
637              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
638              {
639                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
640                dim0.clear();
641                dim0.push_back(dimNode);
642                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
643                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
644                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
645                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
646                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
647                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
648                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
649                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
650              }
651              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
652              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
653              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
654              dim0.clear();
655              dim0.push_back(dimEdge);
656              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
657              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
658              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
659              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
660              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
661              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
662              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
663              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
664              dim0.clear();
665              dim0.push_back(dimEdge);
666              dim0.push_back(dimTwo);
667              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0, compressionLevel);
668              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
669              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
670              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
671            } // domain->nvertex == 2
672
673            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
674            if (domain->nvertex > 2)
675            {
676              // Nodes
677              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
678              {
679                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
680                dim0.clear();
681                dim0.push_back(dimNode);
682                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
683                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
684                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
685                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
686                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
687                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
688                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
689                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
690              }
691              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
692              {
693                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
694                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
695                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
696                dim0.clear();
697                dim0.push_back(dimEdge);
698                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
699                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
700                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
701                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
702                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
703                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
704                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
705                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
706                dim0.clear();
707                dim0.push_back(dimEdge);
708                dim0.push_back(dimTwo);
709                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0, compressionLevel);
710                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
711                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
712                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
713              }
714              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
715              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
716              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
717              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
718              dim0.clear();
719              dim0.push_back(dimFace);
720              SuperClassWriter::addVariable(face_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
721              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
722              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
723              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
724              SuperClassWriter::addVariable(face_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
725              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
726              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
727              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
728              dim0.clear();
729              dim0.push_back(dimFace);
730              dim0.push_back(dimVertex);
731              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0, compressionLevel);
732              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
733              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
734              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
735              dim0.clear();
736              dim0.push_back(dimFace);
737              dim0.push_back(dimVertex);
738              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0, compressionLevel);
739              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
740              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
741              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
742              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
743              dim0.clear();
744              dim0.push_back(dimEdge);
745              dim0.push_back(dimTwo);
746              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0, compressionLevel);
747              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
748              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
749              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
750              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
751              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
752              dim0.clear();
753              dim0.push_back(dimFace);
754              dim0.push_back(dimVertex);
755              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0, compressionLevel);
756              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
757              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
758              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
759              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
760              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
761              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
762            } // domain->nvertex > 2
763
764            SuperClassWriter::definition_end();
765
766            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
767            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
768            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
769            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
770            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
771            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
772            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
773            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
774            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
775            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
776            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
777            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
778
779            if (domain->nvertex == 1)
780            {
781              if (domain->isEmpty())
782               {
783                 startNodes[0]=0 ;
784                 countNodes[0]=0 ;
785               }
786               else
787               {
788                 startNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
789                 countNodes[0] = domain->zoom_ni ;
790               }
791
792              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
793              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
794            }
795            else if (domain->nvertex == 2)
796            {
797              if (domain->isEmpty())
798               {
799                startEdges[0]=0 ;
800                countEdges[0]=0 ;
801                startNodes[0]=0 ;
802                countNodes[0]=0 ;
803                startEdgeNodes[0]=0;
804                startEdgeNodes[1]=0;
805                countEdgeNodes[0]=0;
806                countEdgeNodes[1]=0;
807
808               }
809               else
810               {
811                 startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
812                 countEdges[0] = domain->zoom_ni;
813                 startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
814                 countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
815                 startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
816                 startEdgeNodes[1] = 0;
817                 countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
818                 countEdgeNodes[1] = 2;
819               }
820              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
821              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
822              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
823              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
824              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
825            }
826            else
827            {
828              if (domain->isEmpty())
829               {
830                 startFaces[0] = 0 ;
831                 countFaces[0] = 0 ;
832                 startNodes[0] = 0;
833                 countNodes[0] = 0;
834                 startEdges[0] = 0;
835                 countEdges[0] = 0;
836                 startEdgeFaces[0] = 0;
837                 startEdgeFaces[1] = 0;
838                 countEdgeFaces[0] = 0;
839                 countEdgeFaces[1] = 0;
840                 startFaceConctv[0] = 0;
841                 startFaceConctv[1] = 0;
842                 countFaceConctv[0] = 0;
843                 countFaceConctv[1] = 0;
844               }
845               else
846               {
847                 startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
848                 countFaces[0] = domain->zoom_ni ;
849                 startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
850                 countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
851                 startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
852                 countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
853                 startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
854                 startEdgeNodes[1] = 0;
855                 countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
856                 countEdgeNodes[1]= 2;
857                 startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
858                 startEdgeFaces[1]= 0;
859                 countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
860                 countEdgeFaces[1]= 2;
861                 startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
862                 startFaceConctv[1] = 0;
863                 countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
864                 countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
865               }
866              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
867              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
868              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
869              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
870              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
871              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
872              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
873              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
874              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
875              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
876              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
877            }
878            SuperClassWriter::definition_start();
879
880            break;
881          } // ONE_FILE
882
883          case (MULTI_FILE) :
884          {
885            break;
886          }
887
888          default :
889          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
890          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
891          << " not implemented yet !");
892          } // switch
893        } // try
894
895        catch (CNetCdfException& e)
896        {
897          StdString msg("On writing the domain : ");
898          msg.append(domid); msg.append("\n");
899          msg.append("In the context : ");
900          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
901          msg.append(e.what());
902          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
903        }
904
905  domain->addRelFile(this->filename);
906  }
907
908    //--------------------------------------------------------------
909
910    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
911      {
912         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
913         CContextServer* server=context->server ;
914
915         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
916         domain->checkAttributes();
917
918         if (domain->isEmpty())
919           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
920
921         std::vector<StdString> dim0, dim1;
922         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
923         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
924         else setWrittenDomain(domid);
925
926         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
927
928         StdString lonName,latName, cellName ;
929         if (domain->lon_name.isEmpty()) lonName = "lon";
930         else lonName = domain->lon_name;
931
932         if (domain->lat_name.isEmpty()) latName = "lat";
933         else latName = domain->lat_name;
934
935         if (!domain->dim_i_name.isEmpty()) cellName=domain->dim_i_name;
936         else cellName="cell";
937         StdString dimXid = cellName+appendDomid;
938         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
939
940         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
941         string areaId = "area" + appendDomid;
942
943         nc_type typePrec ;
944         if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
945         else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
946         else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
947
948         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
949
950         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
951         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
952         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
953         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
954         CArray<double,1> writtenArea;
955
956         if (domain->hasLonLat)
957         {
958           writtenLat.resize(nbWritten);
959           writtenLon.resize(nbWritten);
960           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
961           {
962             if (idx < domain->latvalue.numElements())
963             {
964               writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
965               writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
966             }
967             else
968             {
969               writtenLat(idx) = 0.;
970               writtenLon(idx) = 0.;
971             }
972           }
973         }
974         
975         if (domain->hasBounds)
976         {
977           int nvertex = domain->nvertex, idx;
978           writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
979           writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
980           CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
981           CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;
982           for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
983           {
984             for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
985             {
986               if (idx < boundslat.columns())
987               {
988                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
989                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
990               }
991               else
992               {
993                 writtenBndsLat(nv, idx) = 0.;
994                 writtenBndsLon(nv, idx) = 0.;
995                }
996             }
997           }
998         }
999
1000         if (domain->hasArea)
1001         {
1002           writtenArea.resize(nbWritten);           
1003           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
1004           {
1005                  if (idx < domain->areavalue.numElements())
1006                writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));
1007                  else
1008                writtenArea(idx) = 0.;
1009           }
1010         }
1011
1012         try
1013         {
1014           switch (SuperClass::type)
1015           {
1016              case (MULTI_FILE) :
1017              {
1018                 dim0.push_back(dimXid);
1019                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
1020
1021                 lonid = lonName+appendDomid;
1022                 latid = latName+appendDomid;
1023                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
1024                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
1025                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
1026                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
1027
1028                 if (domain->hasLonLat)
1029                 {
1030                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1031                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1032                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1033                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1034                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1035                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1036                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
1037                 }
1038                 dim0.clear();
1039                 if (domain->hasBounds)
1040                 {
1041                   dim0.push_back(dimXid);
1042                   dim0.push_back(dimVertId);
1043                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1044                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1045                 }
1046
1047                 dim0.clear();
1048                 dim0.push_back(dimXid);
1049                 if (domain->hasArea)
1050                 {
1051                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
1052                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1053                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1054                 }
1055
1056                 SuperClassWriter::definition_end();
1057
1058                 if (domain->hasLonLat)
1059                 {
1060                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
1061                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
1062                   if (domain->hasBounds)
1063                   {
1064                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
1065                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
1066                   }
1067                 }
1068
1069                 if (domain->hasArea)
1070                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);
1071
1072                 SuperClassWriter::definition_start();
1073                 break ;
1074              }
1075
1076              case (ONE_FILE) :
1077              {
1078                 lonid = lonName+appendDomid;
1079                 latid = latName+appendDomid;
1080                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
1081                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
1082                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
1083                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
1084
1085                 dim0.push_back(dimXid);
1086                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
1087                 if (domain->hasLonLat)
1088                 {
1089                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1090                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1091
1092                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1093                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1094                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1095                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1096                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, nvertex);
1097                 }
1098                 dim0.clear();
1099
1100                 if (domain->hasBounds)
1101                 {
1102                   dim0.push_back(dimXid);
1103                   dim0.push_back(dimVertId);
1104                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1105                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1106                 }
1107
1108                 if (domain->hasArea)
1109                 {
1110                   dim0.clear();
1111                   dim0.push_back(dimXid);
1112                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
1113                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1114                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1115                 }
1116
1117                 SuperClassWriter::definition_end();
1118
1119                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1120                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1121                 if (domain->isEmpty())
1122                 {
1123                   start[0]=0 ;
1124                   count[0]=0 ;
1125                   startBounds[1]=0 ;
1126                   countBounds[1]=nvertex ;
1127                   startBounds[0]=0 ;
1128                   countBounds[0]=0 ;
1129                 }
1130                 else
1131                 {
1132                   start[0]=domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
1133                   count[0]=domain->zoom_ni;
1134                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
1135                   startBounds[1]=0 ;
1136                   countBounds[0]=domain->zoom_ni;
1137                   countBounds[1]=nvertex ;
1138                 }
1139
1140                 if (domain->hasLonLat)
1141                 {
1142                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1143                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1144                   if (domain->hasBounds)
1145                   {
1146                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1147                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1148                   }
1149                 }
1150
1151                 if (domain->hasArea)
1152                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1153
1154                 SuperClassWriter::definition_start();
1155
1156                 break;
1157              }
1158              default :
1159                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1160                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1161                       << " not implemented yet !");
1162           }
1163         }
1164         catch (CNetCdfException& e)
1165         {
1166           StdString msg("On writing the domain : ");
1167           msg.append(domid); msg.append("\n");
1168           msg.append("In the context : ");
1169           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1170           msg.append(e.what());
1171           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1172         }
1173         domain->addRelFile(this->filename);
1174      }
1175      //--------------------------------------------------------------
1176
1177      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1178      {
1179        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1180        axis->checkAttributes();
1181
1182        axis->computeWrittenIndex();
1183        axis->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
1184       
1185        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->zoom_n.getValue()
1186                                                          : axis->global_zoom_n.getValue();
1187
1188        int zoom_count = axis->zoom_n;                                                 
1189        int zoom_begin = axis->zoom_begin;
1190        // int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->global_zoom_begin
1191        //                                                   : axis->zoom_begin;
1192
1193        if ((0 == axis->zoom_n) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1194
1195        std::vector<StdString> dims;
1196        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1197        StdString axisDim, axisBoundsId;
1198        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1199        else setWrittenAxis(axisid);
1200
1201        nc_type typePrec ;
1202        if (axis->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1203        else if (axis->prec==4)   typePrec =  NC_FLOAT ;
1204        else if (axis->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1205         
1206        if (!axis->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1207        string strId="str_len" ;
1208        try
1209        {
1210          if (axis->dim_name.isEmpty()) axisDim = axisid;
1211          else axisDim=axis->dim_name.getValue();
1212          SuperClassWriter::addDimension(axisDim, zoom_size);
1213          dims.push_back(axisDim);
1214
1215          if (!axis->label.isEmpty() && !SuperClassWriter::dimExist(strId)) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1216
1217          if (axis->hasValue || !axis->label.isEmpty())
1218          {
1219            if (!axis->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1220
1221            SuperClassWriter::addVariable(axisid, typePrec, dims, compressionLevel);
1222
1223            if (!axis->name.isEmpty())
1224              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1225
1226            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1227              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1228
1229            if (!axis->long_name.isEmpty())
1230              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1231
1232            if (!axis->unit.isEmpty())
1233              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1234
1235            if (!axis->axis_type.isEmpty())
1236            {
1237              switch(axis->axis_type)
1238              {
1239              case CAxis::axis_type_attr::X :
1240                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("X"), &axisid);
1241                break;
1242              case CAxis::axis_type_attr::Y :
1243                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Y"), &axisid);
1244                break;
1245              case CAxis::axis_type_attr::Z :
1246                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1247                break;
1248              case CAxis::axis_type_attr::T :
1249                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
1250                break;
1251              }
1252            }
1253
1254            if (!axis->positive.isEmpty())
1255            {
1256              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1257                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1258                                             &axisid);
1259            }
1260
1261            if (!axis->formula.isEmpty())
1262              SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula.getValue(), &axisid);
1263
1264            if (!axis->formula_term.isEmpty())
1265              SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_term.getValue(), &axisid);
1266             
1267            axisBoundsId = (axis->bounds_name.isEmpty()) ? axisid + "_bounds" : axis->bounds_name;
1268            if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1269            {
1270              dims.push_back("axis_nbounds");
1271              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, typePrec, dims, compressionLevel);
1272              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1273
1274              if (!axis->standard_name.isEmpty())
1275                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisBoundsId);
1276
1277              if (!axis->unit.isEmpty())
1278                SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisBoundsId);
1279
1280              if (!axis->formula_bounds.isEmpty())
1281                SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula_bounds.getValue(), &axisBoundsId);
1282
1283              if (!axis->formula_term_bounds.isEmpty())
1284                SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_term_bounds.getValue(), &axisBoundsId);
1285            }
1286          }
1287
1288          SuperClassWriter::definition_end();
1289
1290          CArray<size_t, 1>& indexToWrite = axis->localIndexToWriteOnServer;
1291          int nbWritten = indexToWrite.numElements();
1292          CArray<double,1> axis_value(indexToWrite.numElements());
1293          if (!axis->value.isEmpty())
1294          {
1295            for (int i = 0; i < nbWritten; i++)
1296            {
1297              if (i < axis->value.numElements())
1298                axis_value(i) = axis->value(indexToWrite(i));
1299              else
1300                axis_value(i) = 0.;
1301            }
1302          }
1303          CArray<double,2> axis_bounds;
1304          CArray<string,1> axis_label;
1305          if (!axis->label.isEmpty())
1306          {
1307            axis_label.resize(indexToWrite.numElements());
1308            for (int i = 0; i < nbWritten; i++)
1309            {
1310              if (i < axis->label.numElements())
1311                axis_label(i) = axis->label(indexToWrite(i));
1312              else
1313                axis_label(i) = boost::lexical_cast<string>(0);  // Write 0 as a label
1314            }
1315          }
1316
1317          switch (SuperClass::type)
1318          {
1319            case MULTI_FILE:
1320            {
1321              if (axis->label.isEmpty())
1322              {
1323                if (!axis->value.isEmpty())
1324                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1325
1326                if (!axis->bounds.isEmpty())
1327                {
1328                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1329                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1330                  {
1331                    if (i < axis->bounds.columns())
1332                    {
1333                      axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1334                      axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1335                    }
1336                    else
1337                    {
1338                      axis_bounds(0, i) = 0.;
1339                      axis_bounds(1, i) = 0.;
1340
1341                    }
1342                  }
1343                  SuperClassWriter::writeData(axis_bounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
1344                }
1345              }
1346              else
1347                SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0);
1348
1349              SuperClassWriter::definition_start();
1350              break;
1351            }
1352            case ONE_FILE:
1353            {
1354              std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1355              std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1356              start[0] = startBounds[0] = zoom_begin - axis->global_zoom_begin;
1357              count[0] = countBounds[0] = zoom_count; // zoom_size
1358              startBounds[1] = 0;
1359              countBounds[1] = 2;
1360
1361              if (axis->label.isEmpty())
1362              {
1363                if (!axis->value.isEmpty())
1364                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1365
1366                if (!axis->bounds.isEmpty())
1367                {
1368                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1369                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1370                  {
1371                    if (i < axis->bounds.columns())
1372                    {
1373                      axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1374                      axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1375                    }
1376                    else
1377                    {
1378                      axis_bounds(0, i) = 0.;
1379                      axis_bounds(1, i) = 0.;
1380                    }
1381                  }
1382                  SuperClassWriter::writeData(axis_bounds, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1383                }
1384              }
1385              else
1386              {
1387                std::vector<StdSize> startLabel(2), countLabel(2);
1388                startLabel[0] = start[0]; startLabel[1] = 0;
1389                countLabel[0] = count[0]; countLabel[1] = stringArrayLen;
1390                SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0, &startLabel, &countLabel);
1391              }
1392
1393              SuperClassWriter::definition_start();
1394
1395              break;
1396            }
1397            default :
1398              ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1399                    << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1400                    << " not implemented yet !");
1401          }
1402        }
1403        catch (CNetCdfException& e)
1404        {
1405          StdString msg("On writing the axis : ");
1406          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1407          msg.append("In the context : ");
1408          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1409          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1410          msg.append(e.what());
1411          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1412        }
1413        axis->addRelFile(this->filename);
1414     }
1415
1416      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1417      {
1418        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1419        scalar->checkAttributes();
1420        int scalarSize = 1;
1421
1422        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1423        StdString boundsId;
1424        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1425        else setWrittenAxis(scalaId);
1426
1427        nc_type typePrec ;
1428        if (scalar->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1429        else if (scalar->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1430        else if (scalar->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1431
1432        if (!scalar->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1433        string strId="str_len" ;
1434
1435        try
1436        {
1437          if (!scalar->label.isEmpty() && !SuperClassWriter::dimExist(strId)) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1438
1439          if (!scalar->value.isEmpty() || !scalar->label.isEmpty())
1440          {
1441            std::vector<StdString> dims;
1442            StdString scalarDim = scalaId;
1443
1444            if (!scalar->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1445
1446            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, typePrec, dims);
1447
1448            if (!scalar->name.isEmpty())
1449              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1450
1451            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1452              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1453
1454            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1455              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1456
1457            if (!scalar->unit.isEmpty())
1458              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1459
1460            if (!scalar->axis_type.isEmpty())
1461            {
1462              switch(scalar->axis_type)
1463              {
1464              case CScalar::axis_type_attr::X :
1465                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("X"), &scalaId);
1466                break;
1467              case CScalar::axis_type_attr::Y :
1468                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Y"), &scalaId);
1469                break;
1470              case CScalar::axis_type_attr::Z :
1471                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &scalaId);
1472                break;
1473              case CScalar::axis_type_attr::T :
1474                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &scalaId);
1475                break;
1476              }
1477            }
1478
1479            if (!scalar->positive.isEmpty())
1480            {
1481              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1482                                             (scalar->positive == CScalar::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1483                                             &scalaId);
1484            }
1485
1486            if (!scalar->bounds.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1487            {
1488              dims.clear();
1489              dims.push_back("axis_nbounds");
1490              boundsId = (scalar->bounds_name.isEmpty()) ? (scalaId + "_bounds") : scalar->bounds_name.getValue();
1491              SuperClassWriter::addVariable(boundsId, typePrec, dims);
1492              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", boundsId, &scalaId);
1493            }
1494
1495            SuperClassWriter::definition_end();
1496
1497            switch (SuperClass::type)
1498            {
1499              case MULTI_FILE:
1500              {
1501                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1502                CArray<string,1> scalarLabel(scalarSize);
1503                CArray<double,1> scalarBounds(scalarSize*2);
1504
1505                if (!scalar->value.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1506                {
1507                  scalarValue(0) = scalar->value;
1508                  SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1509                }
1510
1511                if (!scalar->bounds.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1512                {
1513                  scalarBounds(0) = scalar->bounds(0);
1514                  scalarBounds(1) = scalar->bounds(1);
1515                  SuperClassWriter::writeData(scalarBounds, boundsId, isCollective, 0);
1516                }
1517
1518                if (!scalar->label.isEmpty())
1519                {
1520                  scalarLabel(0) = scalar->label;
1521                  SuperClassWriter::writeData(scalarLabel, scalaId, isCollective, 0);
1522                }
1523
1524                SuperClassWriter::definition_start();
1525
1526                break;
1527              }
1528              case ONE_FILE:
1529              {
1530                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1531                CArray<string,1> scalarLabel(scalarSize);
1532                CArray<double,1> scalarBounds(scalarSize*2);
1533
1534                std::vector<StdSize> start(1);
1535                std::vector<StdSize> count(1);
1536                start[0] = 0;
1537                count[0] = 1;
1538                if (!scalar->value.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1539                {
1540                  scalarValue(0) = scalar->value;
1541                  SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1542                }
1543                if (!scalar->bounds.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1544                {
1545                  scalarBounds(0) = scalar->bounds(0);
1546                  scalarBounds(1) = scalar->bounds(1);
1547                  count[0] = 2;
1548                  SuperClassWriter::writeData(scalarBounds, boundsId, isCollective, 0, &start, &count);
1549                }
1550                if (!scalar->label.isEmpty())
1551                {
1552                  scalarLabel(0) = scalar->label;
1553                  count[0] = stringArrayLen;
1554                  SuperClassWriter::writeData(scalarLabel, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1555                }
1556
1557                SuperClassWriter::definition_start();
1558
1559                break;
1560              }
1561              default :
1562                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1563                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1564                      << " not implemented yet !");
1565            }
1566          }
1567        }
1568        catch (CNetCdfException& e)
1569        {
1570          StdString msg("On writing the scalar : ");
1571          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1572          msg.append("In the context : ");
1573          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1574          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1575          msg.append(e.what());
1576          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1577        }
1578        scalar->addRelFile(this->filename);
1579     }
1580
1581     //--------------------------------------------------------------
1582
1583     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1584     {
1585       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1586
1587       try
1588       {
1589         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1590         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1591         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1592         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1593         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1594
1595         std::vector<StdString> dims;
1596
1597         if (grid->isCompressible())
1598         {
1599           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1600
1601           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1602           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1603
1604           dims.push_back(varId);
1605           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1606
1607           StdOStringStream compress;
1608           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1609           {
1610             if (2 == axisDomainOrder(i))
1611             {
1612               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1613               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1614               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1615
1616               switch (domain->type)
1617               {
1618                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1619                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1620                   break;
1621                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1622                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1623                   break;
1624                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1625                   StdString cellName = (!domain->dim_i_name.isEmpty()) ? cellName=domain->dim_i_name : "cell";
1626                   compress << cellName << appendDomId;
1627//                   compress << "cell" << appendDomId;
1628                   break;
1629               }
1630               ++idxDomain;
1631             }
1632             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1633             {
1634               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1635               compress << axis->getAxisOutputName();
1636               ++idxAxis;
1637             }
1638             else
1639             {
1640               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1641               compress << scalar->getScalarOutputName();
1642               ++idxScalar;
1643             }
1644
1645             if (i != 0) compress << ' ';
1646           }
1647           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);         
1648
1649           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1650           indexes = grid->localIndexToWriteOnServer;
1651
1652           switch (SuperClass::type)
1653           {
1654             case (MULTI_FILE):
1655             {
1656               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1657               break;
1658             }
1659             case (ONE_FILE):
1660             {
1661               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1662                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1663
1664               std::vector<StdSize> start, count;
1665               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1666               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1667
1668               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1669               break;
1670             }
1671           }
1672         }
1673         else
1674         {
1675           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1676           {
1677             StdString varId, compress;
1678             CArray<int, 1> indexes;
1679             bool isDistributed;
1680             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1681             int firstGlobalIndex;
1682
1683             if (2 == axisDomainOrder(i))
1684             {
1685               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1686               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1687
1688               if (!domain->isCompressible()
1689                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1690                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1691                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1692                 continue;
1693
1694               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1695
1696               varId = domId + "_points";
1697               switch (domain->type)
1698               {
1699                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1700                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1701                   break;
1702                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1703                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1704                   break;
1705               }
1706
1707               // indexes.resize(domain->compressedIndexToWriteOnServer[comm_file].numElements());
1708               // indexes = domain->compressedIndexToWriteOnServer[com_file];
1709               indexes.resize(domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1710               indexes = domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1711
1712               isDistributed = domain->isDistributed();
1713               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1714               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1715               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1716               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1717
1718               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1719               setWrittenCompressedDomain(domId);
1720               ++idxDomain;
1721             }
1722             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1723             {
1724               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1725               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1726
1727               if (!axis->isCompressible()
1728                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1729                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1730                 continue;
1731
1732               varId = axisId + "_points";
1733               compress = axisId;
1734
1735               // indexes.resize(axis->compressedIndexToWriteOnServer.numElements());
1736               // indexes = axis->compressedIndexToWriteOnServer;
1737
1738               indexes.resize(axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1739               indexes = axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1740
1741               isDistributed = axis->isDistributed();
1742               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1743               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1744               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1745               firstGlobalIndex = axis->begin;
1746
1747               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1748               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1749               ++idxAxis;
1750             }
1751             else
1752             {
1753             }
1754
1755             if (!varId.empty())
1756             {
1757               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1758
1759               dims.clear();
1760               dims.push_back(varId);
1761               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1762
1763               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1764
1765               switch (SuperClass::type)
1766               {
1767                 case (MULTI_FILE):
1768                 {
1769                   indexes -= firstGlobalIndex;
1770                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1771                   break;
1772                 }
1773                 case (ONE_FILE):
1774                 {
1775                   std::vector<StdSize> start, count;
1776                   start.push_back(offset);
1777                   count.push_back(nbIndexes);
1778
1779                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1780                   break;
1781                 }
1782               }
1783             }
1784            }
1785         }
1786
1787         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1788       }
1789       catch (CNetCdfException& e)
1790       {
1791         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1792         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1793         msg.append("In the context : ");
1794         CContext* context = CContext::getCurrent();
1795         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1796         msg.append(e.what());
1797         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1798       }
1799     }
1800
1801     //--------------------------------------------------------------
1802
1803     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1804     {
1805       try
1806       {
1807        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1808       }
1809       catch (CNetCdfException& e)
1810       {
1811         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1812         msg.append("In the context : ");
1813         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1814         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1815         msg.append(e.what());
1816         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1817       }
1818     }
1819
1820      //--------------------------------------------------------------
1821
1822      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1823      {
1824        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1825        CContextServer* server=context->server ;
1826
1827        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1828        CGrid* grid = field->grid;
1829        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1830          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1831
1832        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1833        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1834        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1835        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1836        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1837
1838        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1839        StdString dimXid,dimYid;
1840        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1841        bool hasArea = false;
1842        StdString cellMeasures = "area:";
1843        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1844
1845        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1846        {
1847          if (2 == axisDomainOrder(i))
1848          {
1849            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1850            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1851            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1852            StdString lonName,latName ;
1853            StdString dimIname,dimJname ;
1854
1855            if (domain->lon_name.isEmpty())
1856            { 
1857              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) lonName = "nav_lon";
1858              else lonName = "lon";
1859            }
1860            else lonName = domain->lon_name;
1861
1862            if (domain->lat_name.isEmpty())
1863            {
1864              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) latName = "nav_lat";
1865              else latName = "lat";
1866            }
1867            else latName = domain->lat_name;
1868
1869            if (domain->dim_i_name.isEmpty())
1870            {
1871              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) dimIname = "x";
1872              else if (domain->type==CDomain::type_attr::unstructured) dimIname = "cell";
1873              else dimIname = lonName;
1874            }
1875            else dimIname = domain->dim_i_name;
1876
1877            if (domain->dim_j_name.isEmpty())
1878            {
1879              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) dimJname = "y";
1880              else dimJname = latName;
1881            }
1882            else dimJname = domain->dim_j_name;
1883       
1884            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1885            {
1886              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1887              field->setUseCompressedOutput();
1888            }
1889
1890            switch (domain->type)
1891            {
1892              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1893                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1894                {
1895                  dimXid=dimIname+appendDomId;
1896                  dimYid=dimJname+appendDomId;
1897                  dimIdList.push_back(dimXid);
1898                  dimIdList.push_back(dimYid);
1899                }
1900                dimCoordList.push_back(lonName+appendDomId);
1901                dimCoordList.push_back(latName+appendDomId);
1902              break ;
1903              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1904                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1905                {
1906                  dimXid     = dimIname+appendDomId;
1907                  dimYid     = dimJname+appendDomId;
1908                  dimIdList.push_back(dimXid);
1909                  dimIdList.push_back(dimYid);
1910                }
1911                if (lonName != dimIname)  dimCoordList.push_back(lonName+appendDomId);
1912                if (latName != dimJname)  dimCoordList.push_back(latName+appendDomId);
1913
1914              break ;
1915              case CDomain::type_attr::unstructured:
1916              {
1917                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1918                {
1919                  dimXid     = dimIname + appendDomId;
1920                  dimIdList.push_back(dimXid);
1921                  dimCoordList.push_back(lonName+appendDomId);
1922                  dimCoordList.push_back(latName+appendDomId);
1923                }
1924                else
1925                {
1926                  StdString domainName = domain->name;
1927                  if (domain->nvertex == 1)
1928                  {
1929                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1930                    dimIdList.push_back(dimXid);
1931                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1932                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1933                  }
1934                  else if (domain->nvertex == 2)
1935                  {
1936                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1937                    dimIdList.push_back(dimXid);
1938                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1939                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1940                  }
1941                  else
1942                  {
1943                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1944                    dimIdList.push_back(dimXid);
1945                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1946                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1947                  }
1948                }  // ugrid convention
1949              }  // case unstructured domain
1950            }
1951
1952            if (domain->hasArea)
1953            {
1954              hasArea = true;
1955              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1956            }
1957            ++idxDomain;
1958          }
1959          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1960          {
1961            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1962            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1963            StdString axisDim;
1964
1965            if (axis->dim_name.isEmpty()) axisDim = axisId;
1966            else axisDim=axis->dim_name.getValue();
1967
1968            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1969            {
1970              dimIdList.push_back(axisDim + "_points");
1971              field->setUseCompressedOutput();
1972            }
1973            else
1974              dimIdList.push_back(axisDim);
1975
1976            if (axisDim != axisId) dimCoordList.push_back(axisId);
1977            ++idxAxis;
1978          }
1979          else
1980          {
1981            CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[idxScalar]);
1982            StdString scalarId = scalar->getScalarOutputName();
1983            if (!scalar->value.isEmpty() || !scalar->label.isEmpty())
1984              dimCoordList.push_back(scalarId);
1985            ++idxScalar;
1986          }
1987        }
1988
1989        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1990
1991        nc_type type ;
1992        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1993        else
1994        {
1995          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1996          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1997          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1998        }
1999
2000        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
2001
2002        if (wtime)
2003        {
2004          if (field->hasTimeInstant && hasTimeInstant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
2005          else if (field->hasTimeCentered && hasTimeCentered)  coodinates.push_back(string("time_centered"));
2006          dims.push_back(timeid);
2007        }
2008
2009        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
2010        {
2011          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
2012          field->setUseCompressedOutput();
2013        }
2014        else
2015        {
2016          while (!dimIdList.empty())
2017          {
2018            dims.push_back(dimIdList.back());
2019            dimIdList.pop_back();
2020          }
2021        }
2022
2023        while (!dimCoordList.empty())
2024        {
2025          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
2026          dimCoordList.pop_back();
2027        }
2028
2029        try
2030        {
2031           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
2032
2033           if (!field->standard_name.isEmpty())
2034              SuperClassWriter::addAttribute
2035                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
2036
2037           if (!field->long_name.isEmpty())
2038              SuperClassWriter::addAttribute
2039                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
2040
2041           if (!field->unit.isEmpty())
2042              SuperClassWriter::addAttribute
2043                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
2044
2045           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
2046           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
2047           {
2048            if (!domainList.empty())
2049            {
2050              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
2051              StdString mesh = domain->name;
2052              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
2053              StdString location;
2054              if (domain->nvertex == 1)
2055                location = "node";
2056              else if (domain->nvertex == 2)
2057                location = "edge";
2058              else if (domain->nvertex > 2)
2059                location = "face";
2060              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
2061            }
2062
2063           }
2064
2065           if (!field->valid_min.isEmpty())
2066              SuperClassWriter::addAttribute
2067                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
2068
2069           if (!field->valid_max.isEmpty())
2070              SuperClassWriter::addAttribute
2071                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
2072
2073            if (!field->scale_factor.isEmpty())
2074              SuperClassWriter::addAttribute
2075                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
2076
2077             if (!field->add_offset.isEmpty())
2078              SuperClassWriter::addAttribute
2079                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
2080
2081           SuperClassWriter::addAttribute
2082                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
2083
2084          // write child variables as attributes
2085
2086
2087           bool alreadyAddCellMethod = false;
2088           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
2089           if (!field->cell_methods.isEmpty())
2090           {
2091              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
2092              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
2093                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
2094              {
2095                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
2096                alreadyAddCellMethod = true;
2097              }
2098              else
2099              {
2100                switch (field->cell_methods_mode)
2101                {
2102                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
2103                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
2104                    cellMethodsPrefix += " ";
2105                    break;
2106                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
2107                    cellMethodsSuffix = " ";
2108                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
2109                    break;
2110                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
2111                    break;
2112                  default:
2113                    break;
2114                }
2115              }
2116           }
2117
2118
2119           if (wtime)
2120           {
2121              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
2122              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
2123              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
2124              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
2125
2126              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2127              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
2128              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
2129
2130              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
2131              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
2132              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
2133              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
2134              else cellMethods += field->operation;
2135              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
2136                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
2137              cellMethods += cellMethodsSuffix;
2138              if (!alreadyAddCellMethod)
2139                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
2140           }
2141
2142           if (hasArea)
2143             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
2144
2145           if (!field->default_value.isEmpty())
2146           {
2147             double default_value = field->default_value.getValue();
2148             if (type == NC_DOUBLE)
2149             {
2150               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
2151             }
2152             else if (type == NC_SHORT)
2153             {
2154               short sdefault_value = (short)default_value;
2155               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &sdefault_value);
2156             }
2157             else
2158             {
2159               float fdefault_value = (float)default_value;
2160               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
2161             }
2162           }
2163           else
2164              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
2165
2166            if (field->compression_level.isEmpty())
2167              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
2168            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
2169
2170           {  // Ecriture des coordonnes
2171
2172              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
2173              std::vector<StdString>::iterator
2174                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
2175
2176              for (; itc!= endc; itc++)
2177              {
2178                 StdString & coord = *itc;
2179                 if (itc+1 != endc)
2180                       coordstr.append(coord).append(" ");
2181                 else  coordstr.append(coord);
2182              }
2183
2184              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
2185
2186           }
2187
2188           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
2189           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
2190
2191         }
2192         catch (CNetCdfException& e)
2193         {
2194           StdString msg("On writing field : ");
2195           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2196           msg.append("In the context : ");
2197           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2198           msg.append(e.what());
2199           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
2200         }
2201      } // writeField_()
2202
2203      //--------------------------------------------------------------
2204
2205      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
2206      {
2207         StdString filename = file->getFileOutputName();
2208         StdString description = (!file->description.isEmpty())
2209                               ? file->description.getValue()
2210                               : StdString("Created by xios");
2211
2212         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
2213
2214         StdString conv_str ;
2215         if (file->convention_str.isEmpty())
2216         {
2217            if (SuperClassWriter::useCFConvention) conv_str="CF-1.6" ;
2218            else conv_str="UGRID" ;
2219         }
2220         else conv_str=file->convention_str ;
2221           
2222         try
2223         {
2224           if (!appendMode) this->writeFileAttributes(filename, description,
2225                                                      conv_str,
2226                                                      StdString("An IPSL model"),
2227                                                      this->getTimeStamp());
2228
2229           if (!appendMode)
2230             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
2231         }
2232         catch (CNetCdfException& e)
2233         {
2234           StdString msg("On writing file : ");
2235           msg.append(filename); msg.append("\n");
2236           msg.append("In the context : ");
2237           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2238           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2239           msg.append(e.what());
2240           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
2241         }
2242      }
2243
2244      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
2245      {
2246        StdString name = var->getVariableOutputName();
2247
2248        try
2249        {
2250          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2251            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
2252          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2253            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
2254          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2255            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
2256          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2257            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
2258          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2259            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
2260          else
2261            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
2262                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2263        }
2264       catch (CNetCdfException& e)
2265       {
2266         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2267         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
2268         msg.append("In the context : ");
2269         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2270         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2271         msg.append(e.what());
2272         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
2273       }
2274     }
2275
2276     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
2277     {
2278        StdString name = var->getVariableOutputName();
2279
2280        try
2281        {
2282          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2283            addAttribute(name, var->getData<int>());
2284          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2285            addAttribute(name, var->getData<short int>());
2286          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2287            addAttribute(name, var->getData<float>());
2288          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2289            addAttribute(name, var->getData<double>());
2290          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2291            addAttribute(name, var->getData<string>());
2292          else
2293            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
2294                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2295        }
2296       catch (CNetCdfException& e)
2297       {
2298         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2299         msg.append(name); msg.append("\n");
2300         msg.append("In the context : ");
2301         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2302         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2303         msg.append(e.what());
2304         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
2305       }
2306     }
2307
2308      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
2309      {
2310        try
2311        {
2312          SuperClassWriter::sync() ;
2313        }
2314        catch (CNetCdfException& e)
2315        {
2316         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
2317         msg.append("In the context : ");
2318         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2319         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2320         msg.append(e.what());
2321         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2322        }
2323      }
2324
2325      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
2326      {
2327        try
2328        {
2329          SuperClassWriter::close() ;
2330        }
2331        catch (CNetCdfException& e)
2332        {
2333         StdString msg("On closing file");
2334         msg.append("In the context : ");
2335         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2336         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2337         msg.append(e.what());
2338         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2339        }
2340
2341      }
2342
2343      //---------------------------------------------------------------
2344
2345      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
2346      {
2347         const int buffer_size = 100;
2348         time_t rawtime;
2349         struct tm * timeinfo = NULL;
2350         char buffer [buffer_size];
2351         StdString formatStr;
2352         if (file->time_stamp_format.isEmpty()) formatStr="%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z" ;
2353         else formatStr=file->time_stamp_format;
2354
2355//         time ( &rawtime );
2356//         timeinfo = localtime ( &rawtime );
2357         time ( &rawtime );
2358         timeinfo = gmtime ( &rawtime );
2359         strftime (buffer, buffer_size, formatStr.c_str(), timeinfo);
2360
2361         return (StdString(buffer));
2362      }
2363
2364      //---------------------------------------------------------------
2365
2366      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
2367      {
2368        CContext* context = CContext::getCurrent();
2369        CContextServer* server = context->server;
2370        CGrid* grid = field->grid;
2371
2372        if (field->getNStep()<1) 
2373        {
2374          return;
2375        }
2376       
2377        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
2378          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective)
2379          {
2380            return;
2381          }
2382
2383        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
2384
2385        StdOStringStream oss;
2386        string timeAxisId;
2387        if (field->hasTimeInstant) timeAxisId = "time_instant";
2388        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisId = "time_centered";
2389
2390        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2391
2392        StdString timeAxisBoundId;
2393        if (field->hasTimeInstant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2394        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2395
2396        if (!field->wasWritten())
2397        {
2398          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
2399              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2400          {
2401            double factorUnit;
2402            if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2403            factorUnit=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2404            else factorUnit=1 ;
2405            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv,factorUnit) + 1);
2406          }
2407
2408          field->setWritten();
2409        }
2410
2411
2412        CArray<double,1> time_data(1);
2413        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2414        CArray<double,1> time_counter(1);
2415        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2416
2417        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2418        bool wtimeCounter =false ;
2419        bool wtimeData =false ;
2420       
2421
2422        if (wtime)
2423        {
2424          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2425          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2426
2427         
2428          if (field->hasTimeInstant)
2429          {
2430            time_data(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2431            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2432            if (timeCounterType==instant)
2433            {
2434              time_counter(0) = time_data(0);
2435              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0);
2436              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1);
2437              wtimeCounter=true ;
2438            }
2439            if (hasTimeInstant) wtimeData=true ;
2440          }
2441          else if (field->hasTimeCentered)
2442          {
2443            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2444            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2445            time_data_bound(1) = lastWrite;
2446            if (timeCounterType==centered)
2447            {
2448              time_counter(0) = time_data(0) ;
2449              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0) ;
2450              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1) ;
2451              wtimeCounter=true ;
2452            }
2453            if (hasTimeCentered) wtimeData=true ;
2454          }
2455
2456          if (timeCounterType==record)
2457          {
2458            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2459            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2460            wtimeCounter=true ;
2461          }
2462
2463          if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2464          {
2465            double secByDay=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2466            time_data/=secByDay;
2467            time_data_bound/=secByDay;
2468            time_counter/=secByDay;
2469            time_counter_bound/=secByDay;
2470          }
2471        }
2472
2473         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2474
2475         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2476         {
2477           double scaleFactor = 1.0;
2478           double addOffset = 0.0;
2479           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2480           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2481           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2482         }
2483
2484         try
2485         {
2486           size_t writtenSize;
2487           if (field->getUseCompressedOutput())
2488             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2489           else
2490             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2491
2492           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2493           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2494
2495           if (field->getUseCompressedOutput())
2496             field->outputCompressedField(fieldData);
2497           else
2498             field->outputField(fieldData);
2499
2500           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2501
2502           switch (SuperClass::type)
2503           {
2504              case (MULTI_FILE) :
2505              {
2506                 CTimer::get("Files : writing data").resume();
2507                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2508                 CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2509                 if (wtime)
2510                 {
2511                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2512                   if ( wtimeData)
2513                   {
2514//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2515//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2516                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2517                       SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2518                  }
2519                   if (wtimeCounter)
2520                   {
2521//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2522//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2523                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2524                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2525                   }
2526                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend();
2527                 }
2528                 break;
2529              }
2530              case (ONE_FILE) :
2531              {
2532                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2533                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2534                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2535
2536                std::vector<StdSize> start, count;
2537
2538                if (field->getUseCompressedOutput())
2539                {
2540                  if (grid->isCompressible())
2541                  {
2542                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2543                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2544                  }
2545                  else
2546                  {
2547                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2548                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2549                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2550                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2551                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2552                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2553
2554                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2555                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2556
2557
2558                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2559                    {
2560                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2561                      {
2562                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2563
2564                        if (domain->isCompressible())
2565                        {
2566                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2567                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2568                          idx -= 2;
2569                        }
2570                        else
2571                        {
2572                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2573                          {
2574                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2575                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2576                          }
2577                          --idx;
2578                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2579                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2580                          --idx;
2581                        }
2582                        --idxDomain;
2583                      }
2584                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2585                      {
2586                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2587
2588                        if (axis->isCompressible())
2589                        {
2590                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2591                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2592                        }
2593                        else
2594                        {
2595                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2596                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2597                        }
2598
2599                        --idxAxis;
2600                        --idx;
2601                      }
2602                    }
2603                  }
2604                }
2605                else
2606                {
2607                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2608                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2609                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2610                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2611                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2612                  int idx = domainList.size() * 2 + axisList.size() - 1;// nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2613
2614                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2615                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2616
2617                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2618                  {
2619                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2620                    {
2621                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2622                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2623                      {
2624                        start.push_back(domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin);
2625                        count.push_back(domain->zoom_nj);
2626                      }
2627                      --idx ;
2628
2629                        start.push_back(domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin);
2630                        count.push_back(domain->zoom_ni);
2631                      --idx ;
2632                      --idxDomain;
2633                    }
2634                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2635                    {
2636                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2637                        start.push_back(axis->zoom_begin - axis->global_zoom_begin);
2638                        count.push_back(axis->zoom_n);
2639                      --idx;
2640                      --idxAxis;
2641                    }
2642                    else
2643                    {
2644                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2645                      {
2646                        start.push_back(0);
2647                        count.push_back(1);
2648                      }
2649                      --idx;
2650                    }
2651                  }
2652                }
2653
2654
2655                CTimer::get("Files : writing data").resume();
2656                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2657                CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2658
2659                 if (wtime)
2660                 {
2661                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2662                   if ( wtimeData)
2663                   {
2664//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2665//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2666                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2667                     SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2668                   }
2669                   if (wtimeCounter)
2670                   {
2671//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2672//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2673                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2674                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2675
2676                   }
2677                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend(); 
2678                 }
2679
2680                break;
2681              }
2682            }
2683         }
2684         catch (CNetCdfException& e)
2685         {
2686           StdString msg("On writing field data: ");
2687           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2688           msg.append("In the context : ");
2689           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2690           msg.append(e.what());
2691           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2692         }
2693      }
2694
2695      //---------------------------------------------------------------
2696
2697      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2698                  (CField*    field,
2699                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2700      {
2701         StdOStringStream oss;
2702         bool createInstantAxis=false ;
2703         bool createCenteredAxis=false ;
2704         bool createTimeCounterAxis=false ;
2705         
2706         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2707
2708
2709         StdString axisId ;
2710         StdString axisBoundId;
2711         StdString timeid(getTimeCounterName());
2712         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2713
2714         StdString strTimeUnits ;
2715         if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days) strTimeUnits="days since " ;
2716         else  strTimeUnits="seconds since " ;
2717 
2718         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) field->hasTimeInstant = true;
2719         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) field->hasTimeCentered = true;
2720
2721
2722         if (field->file->time_counter.isEmpty())
2723         {
2724           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2725           if (field->hasTimeCentered)
2726           {
2727             timeCounterType=centered ;
2728             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2729           }
2730           if (field->hasTimeInstant)
2731           {
2732             if (timeCounterType==none) timeCounterType=instant ;
2733             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2734           }
2735         }
2736         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant)
2737         {
2738           if (field->hasTimeCentered)
2739           {
2740             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2741           }
2742           if (field->hasTimeInstant)
2743           {
2744             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2745             timeCounterType=instant ;
2746             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2747           }
2748         }
2749         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered)
2750         {
2751           if (field->hasTimeCentered)
2752           {
2753             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2754             timeCounterType=centered ;
2755             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2756           }
2757           if (field->hasTimeInstant)
2758           {
2759             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2760           }
2761         }
2762         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant_exclusive)
2763         {
2764           if (field->hasTimeCentered)
2765           {
2766             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2767           }
2768           if (field->hasTimeInstant)
2769           {
2770             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2771             timeCounterType=instant ;
2772           }
2773         }
2774         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered_exclusive)
2775         {
2776           if (field->hasTimeCentered)
2777           {
2778             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2779             timeCounterType=centered ;
2780           }
2781           if (field->hasTimeInstant)
2782           {
2783             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2784           }
2785         }
2786         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::exclusive)
2787         {
2788           if (field->hasTimeCentered)
2789           {
2790             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2791             if (timeCounterType==instant) createInstantAxis=true ;
2792             timeCounterType=centered ;
2793           }
2794           if (field->hasTimeInstant)
2795           {
2796             if (timeCounterType==none)
2797             {
2798               createTimeCounterAxis=true ;
2799               timeCounterType=instant ;
2800             }
2801             if (timeCounterType==centered)
2802             {
2803               if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2804             }
2805           }
2806         }
2807         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::none)
2808         {
2809           if (field->hasTimeCentered)
2810           {
2811             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2812           }
2813           if (field->hasTimeInstant)
2814           {
2815             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2816           }
2817         }
2818         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::record)
2819         {
2820           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2821           timeCounterType=record ;
2822           if (field->hasTimeCentered)
2823           {
2824             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2825           }
2826           if (field->hasTimeInstant)
2827           {
2828             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2829           }
2830         }
2831         
2832         if (createInstantAxis)
2833         {
2834           axisId="time_instant" ;
2835           axisBoundId="time_instant_bounds";
2836           hasTimeInstant=true ;
2837         }
2838
2839         if (createCenteredAxis)
2840         {
2841           axisId="time_centered" ;
2842           axisBoundId="time_centered_bounds";
2843           hasTimeCentered=true ;
2844         }
2845
2846         
2847         try
2848         {
2849            std::vector<StdString> dims;
2850           
2851            if (createInstantAxis || createCenteredAxis)
2852            {
2853              // Adding time_instant or time_centered
2854              dims.push_back(timeid);
2855              if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2856              {
2857                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2858
2859                CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2860                StdOStringStream oss2;
2861                StdString strInitdate=oss2.str() ;
2862                StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2863                this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),strTimeUnits+strTimeOrigin,
2864                                              strTimeOrigin, axisBoundId);
2865             }
2866
2867             // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2868             if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2869             {
2870                dims.clear() ;
2871                dims.push_back(timeid);
2872                dims.push_back(timeBoundId);
2873                SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2874             }
2875           }
2876
2877           if (createTimeCounterAxis)
2878           {
2879             // Adding time_counter
2880             axisId = getTimeCounterName();
2881             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2882             dims.clear();
2883             dims.push_back(timeid);
2884             if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2885             {
2886                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2887                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisId);
2888
2889                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2890                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2891                {
2892                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2893                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2894
2895                  this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),
2896                                                strTimeUnits+strTimeOrigin,
2897                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2898                }
2899             }
2900
2901             // Adding time_counter_bound dimension
2902             if (field->file->time_counter.isEmpty() || (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2903             {
2904                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2905                {
2906                  dims.clear();
2907                  dims.push_back(timeid);
2908                  dims.push_back(timeBoundId);
2909                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2910                }
2911             }
2912           }
2913         }
2914         catch (CNetCdfException& e)
2915         {
2916           StdString msg("On writing time axis data: ");
2917           msg.append("In the context : ");
2918           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2919           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2920           msg.append(e.what());
2921           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2922                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2923         }
2924      }
2925
2926      //---------------------------------------------------------------
2927
2928      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2929                                                   const StdString & calendar,
2930                                                   const StdString & units,
2931                                                   const StdString & time_origin,
2932                                                   const StdString & time_bounds,
2933                                                   const StdString & standard_name,
2934                                                   const StdString & long_name)
2935      {
2936         try
2937         {
2938           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2939           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2940           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2941           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2942           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2943           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2944         }
2945         catch (CNetCdfException& e)
2946         {
2947           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2948           msg.append("In the context : ");
2949           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2950           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2951           msg.append(e.what());
2952           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2953                                                          const StdString & calendar,\
2954                                                          const StdString & units, \
2955                                                          const StdString & time_origin, \
2956                                                          const StdString & time_bounds, \
2957                                                          const StdString & standard_name, \
2958                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2959         }
2960      }
2961
2962      //---------------------------------------------------------------
2963
2964      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2965                                               const StdString & axis,
2966                                               const StdString & standard_name,
2967                                               const StdString & long_name,
2968                                               const StdString & units,
2969                                               const StdString & nav_model)
2970      {
2971         try
2972         {
2973          if (!axis.empty())
2974            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2975
2976          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2977          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2978          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2979//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2980         }
2981         catch (CNetCdfException& e)
2982         {
2983           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2984           msg.append("In the context : ");
2985           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2986           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2987           msg.append(e.what());
2988           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2989                                                      const StdString & axis, \
2990                                                      const StdString & standard_name, \
2991                                                      const StdString & long_name, \
2992                                                      const StdString & units, \
2993                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2994         }
2995      }
2996
2997      //---------------------------------------------------------------
2998
2999      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
3000         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
3001      {
3002        try
3003        {
3004         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
3005         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
3006         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
3007         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
3008        }
3009        catch (CNetCdfException& e)
3010        {
3011           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
3012           msg.append("In the context : ");
3013           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3014           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3015           msg.append(e.what());
3016           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
3017                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
3018        }
3019
3020      }
3021
3022      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
3023                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
3024      {
3025         CArray<int,1> array(2) ;
3026
3027         try
3028         {
3029           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
3030           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
3031           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
3032           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
3033           array=ni_glo,nj_glo ;
3034           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
3035           array=ni,nj ;
3036           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
3037           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
3038           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
3039           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
3040           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
3041           array=0,0 ;
3042           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
3043           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
3044           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
3045  /*
3046           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
3047           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
3048           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
3049           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
3050  */
3051         }
3052         catch (CNetCdfException& e)
3053         {
3054           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
3055           msg.append("In the context : ");
3056           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3057           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3058           msg.append(e.what());
3059           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
3060                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
3061         }
3062      }
3063      //---------------------------------------------------------------
3064
3065      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
3066                                                const StdString & description,
3067                                                const StdString & conventions,
3068                                                const StdString & production,
3069                                                const StdString & timeStamp)
3070      {
3071         try
3072         {
3073           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
3074           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
3075           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
3076           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
3077           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
3078
3079           StdString timeStampStr ;
3080           if (file->time_stamp_name.isEmpty()) timeStampStr="timeStamp" ;
3081           else timeStampStr=file->time_stamp_name ;
3082           SuperClassWriter::addAttribute(timeStampStr, timeStamp);
3083
3084           StdString uuidName ;
3085           if (file->uuid_name.isEmpty()) uuidName="uuid" ;
3086           else uuidName=file->uuid_name ;
3087
3088           if (file->uuid_format.isEmpty()) SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr());
3089           else SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr(file->uuid_format));
3090         
3091         }
3092         catch (CNetCdfException& e)
3093         {
3094           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
3095           msg.append("In the context : ");
3096           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3097           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3098           msg.append(e.what());
3099           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
3100                                                const StdString & description, \
3101                                                const StdString & conventions, \
3102                                                const StdString & production, \
3103                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
3104         }
3105      }
3106
3107      //---------------------------------------------------------------
3108
3109      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
3110                                               int data_dim,
3111                                               int data_ni,
3112                                               int data_nj,
3113                                               int data_ibegin,
3114                                               int data_jbegin)
3115      {
3116         try
3117         {
3118           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
3119           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
3120           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
3121           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
3122           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
3123         }
3124         catch (CNetCdfException& e)
3125         {
3126           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
3127           msg.append("In the context : ");
3128           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3129           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3130           msg.append(e.what());
3131           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
3132                                               int data_dim, \
3133                                               int data_ni, \
3134                                               int data_nj, \
3135                                               int data_ibegin, \
3136                                               int data_jbegin)", << msg);
3137         }
3138      }
3139
3140      ///--------------------------------------------------------------
3141
3142      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time, double factorUnit)
3143      {
3144        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
3145        if (it == timeToRecordCache.end())
3146        {
3147          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
3148          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_centered_bounds";
3149          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
3150
3151          CArray<double,2> timeAxisBounds;
3152          std::vector<StdSize> dimSize(SuperClassWriter::getDimensions(timeAxisBoundsId)) ;
3153         
3154          StdSize record = 0;
3155          double dtime(time);
3156          for (int n = dimSize[0] - 1; n >= 0; n--)
3157          {
3158            SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective, n);
3159            timeAxisBounds*=factorUnit ;
3160            if (timeAxisBounds(1, 0) < dtime)
3161            {
3162              record = n + 1;
3163              break;
3164            }
3165          }
3166          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
3167        }
3168        return it->second;
3169      }
3170
3171      ///--------------------------------------------------------------
3172
3173      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
3174      {
3175        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
3176      }
3177
3178      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
3179      {
3180        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
3181      }
3182
3183      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
3184      {
3185        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
3186      }
3187
3188      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
3189      {
3190        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
3191      }
3192
3193      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
3194      {
3195        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
3196      }
3197
3198      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
3199      {
3200        this->writtenDomains.insert(domainName);
3201      }
3202
3203      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
3204      {
3205        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
3206      }
3207
3208      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
3209      {
3210        this->writtenAxis.insert(axisName);
3211      }
3212
3213      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
3214      {
3215        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
3216      }
3217
3218      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
3219      {
3220        this->writtenScalar.insert(scalarName);
3221      }
3222} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.