source: XIOS/dev/branch_openmp/extern/ep_dev/ep_allgather.cpp @ 1527

Last change on this file since 1527 was 1527, checked in by yushan, 3 years ago

save dev

File size: 3.8 KB
Line 
1/*!
2   \file ep_gather.cpp
3   \since 2 may 2016
4
5   \brief Definitions of MPI collective function: MPI_Gather, MPI_Allgather
6 */
7
8#include "ep_lib.hpp"
9#include <mpi.h>
10#include "ep_declaration.hpp"
11#include <string.h>
12#include "ep_mpi.hpp"
13
14using namespace std;
15
16namespace ep_lib
17{
18
19  int MPI_Allgather_local(const void *sendbuf, int count, MPI_Datatype datatype, void *recvbuf, MPI_Comm comm)
20  {
21    assert(valid_type(datatype));
22
23    ::MPI_Aint datasize, lb;
24    ::MPI_Type_get_extent(to_mpi_type(datatype), &lb, &datasize);
25
26    int ep_rank_loc = comm->ep_comm_ptr->size_rank_info[1].first;
27    int num_ep = comm->ep_comm_ptr->size_rank_info[1].second;
28
29    #pragma omp critical (write_buffer)
30    comm->my_buffer->void_buffer[ep_rank_loc] = const_cast< void* >(sendbuf);
31
32    MPI_Barrier_local(comm);
33
34    #pragma omp critical (read_buffer)
35    {
36      for(int i=0; i<num_ep; i++)
37        memcpy(recvbuf + datasize * i * count, comm->my_buffer->void_buffer[i], datasize * count);
38    }
39    MPI_Barrier_local(comm);
40  }
41
42  int MPI_Allgather(const void *sendbuf, int sendcount, MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int recvcount, MPI_Datatype recvtype, MPI_Comm comm)
43  {
44
45    if(!comm->is_ep) return ::MPI_Allgather(const_cast<void*>(sendbuf), sendcount, to_mpi_type(sendtype), recvbuf, recvcount, to_mpi_type(recvtype), to_mpi_comm(comm->mpi_comm));
46    if(comm->is_intercomm) return MPI_Allgather_intercomm(sendbuf, sendcount, sendtype, recvbuf, recvcount, recvtype, comm);
47
48
49    assert(sendcount == recvcount);
50
51    assert(valid_type(sendtype) && valid_type(recvtype));
52
53    MPI_Datatype datatype = sendtype;
54    int count = sendcount;
55
56    ::MPI_Aint datasize, lb;
57
58    ::MPI_Type_get_extent(to_mpi_type(datatype), &lb, &datasize);
59
60
61    int ep_rank = comm->ep_comm_ptr->size_rank_info[0].first;
62    int ep_rank_loc = comm->ep_comm_ptr->size_rank_info[1].first;
63    int mpi_rank = comm->ep_comm_ptr->size_rank_info[2].first;
64    int ep_size = comm->ep_comm_ptr->size_rank_info[0].second;
65    int num_ep = comm->ep_comm_ptr->size_rank_info[1].second;
66    int mpi_size = comm->ep_comm_ptr->size_rank_info[2].second;
67
68    bool is_master = ep_rank_loc==0;
69
70    void* local_recvbuf;
71    void* tmp_recvbuf;
72
73
74    if(is_master)
75    {
76      local_recvbuf = new void*[datasize * num_ep * count];
77      tmp_recvbuf = new void*[datasize * count * ep_size];
78    }
79
80    MPI_Gather_local(sendbuf, count, datatype, local_recvbuf, 0, comm);
81
82
83    int* mpi_recvcounts;
84    int *mpi_displs;
85   
86    if(is_master)
87    {
88     
89      mpi_recvcounts = new int[mpi_size];
90      mpi_displs = new int[mpi_size];
91
92      int local_sendcount = num_ep * count;
93
94      ::MPI_Allgather(&local_sendcount, 1, to_mpi_type(MPI_INT), mpi_recvcounts, 1, to_mpi_type(MPI_INT), to_mpi_comm(comm->mpi_comm));
95
96      mpi_displs[0] = 0;
97      for(int i=1; i<mpi_size; i++)
98      {
99        mpi_displs[i] = mpi_displs[i-1] + mpi_recvcounts[i-1];
100      }
101
102   
103      ::MPI_Allgatherv(local_recvbuf, num_ep * count, to_mpi_type(datatype), tmp_recvbuf, mpi_recvcounts, mpi_displs, to_mpi_type(datatype), to_mpi_comm(comm->mpi_comm));
104
105
106      // reorder
107      int offset;
108      for(int i=0; i<ep_size; i++)
109      {
110        offset = mpi_displs[comm->ep_rank_map->at(i).second] + comm->ep_rank_map->at(i).first * sendcount; 
111        memcpy(recvbuf + i*sendcount*datasize, tmp_recvbuf+offset*datasize, sendcount*datasize);
112      }
113
114      delete[] mpi_recvcounts;
115      delete[] mpi_displs;
116    }
117
118    MPI_Bcast_local(recvbuf, count*ep_size, datatype, 0, comm);
119
120    if(is_master)
121    {
122      delete[] local_recvbuf;
123      delete[] tmp_recvbuf;
124
125    }
126
127  }
128
129  int MPI_Allgather_intercomm(const void *sendbuf, int sendcount, MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int recvcount, MPI_Datatype recvtype, MPI_Comm comm)
130  {
131    printf("MPI_Allgather_intercomm not yet implemented\n");
132    MPI_Abort(comm, 0);
133  }
134
135
136}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.