source: XIOS/dev/branch_openmp/src/io/nc4_data_input.hpp @ 1491

Last change on this file since 1491 was 1491, checked in by yushan, 6 years ago

Branch EP merged with Dev_cmip6 @r1490
  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
File size: 4.0 KB
Line 
1#ifndef __XIOS_NC4_DATA_INPUT__
2#define __XIOS_NC4_DATA_INPUT__
3
4/// XIOS headers ///
5#include "mpi_std.hpp"
6#include "xios_spl.hpp"
7#include "data_input.hpp"
8#include "inetcdf4.hpp"
9
10namespace xios
11{
12  class CDomain;
13  class CAxis;
14  class CScalar;
15
16  class CNc4DataInput
17    : protected CINetCDF4
18    , public virtual CDataInput
19  {
20  public:
21    /// Type definitions ///
22    typedef CINetCDF4  SuperClassWriter;
23    typedef CDataInput SuperClass;
24
25    /// Constructors ///
26    CNc4DataInput(const StdString& filename, ep_lib::MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective = true,
27                  bool readMetaDataPar = false, bool ugridConvention = false, const StdString& timeCounterName = "time_counter");
28                  //const StdString& timeCounterName = "time_counter");
29    CNc4DataInput(const CNc4DataInput& dataInput);       // Not implemented.
30    CNc4DataInput(const CNc4DataInput* const dataInput); // Not implemented.
31
32    /// Destructor ///
33    virtual ~CNc4DataInput(void);
34
35    /// Getters ///
36    const StdString& getFileName(void) const;
37
38  protected:
39    // Read methods
40    virtual StdSize getFieldNbRecords_(CField* field);
41    virtual void readFieldData_(CField* field);
42    virtual void readFieldAttributes_(CField* field, bool readAttributeValues);
43    virtual void closeFile_(void);
44
45  private:
46    void readDomainAttributesFromFile(CDomain* domain, std::list<std::pair<StdString, StdSize> >& dimSizeMap,
47                                      int elementPosition, const StdString& fieldId);
48    void readDomainAttributeValueFromFile(CDomain* domain, std::list<std::pair<StdString, StdSize> >& dimSizeMap,
49                                          int elementPosition, const StdString& fieldId);
50
51    void readAxisAttributesFromFile(CAxis* axis, std::list<std::pair<StdString, StdSize> >& dimSizeMap,
52                                    int elementPosition, const StdString& fieldId);
53    void readAxisAttributeValueFromFile(CAxis* axis, std::list<std::pair<StdString, StdSize> >& dimSizeMap,
54                                        int elementPosition, const StdString& fieldId);
55
56    void readScalarAttributesFromFile(CScalar* scalar, std::list<std::pair<StdString, StdSize> >& dimSizeMap,
57                                      int elementPosition, const StdString& fieldId);
58    void readScalarAttributeValueFromFile(CScalar* scalar, std::list<std::pair<StdString, StdSize> >& dimSizeMap,
59                                          int elementPosition, const StdString& fieldId);
60
61    template <typename T, int Ndim>
62    void readFieldVariableValue(CArray<T, Ndim>& var, const StdString& varId,
63                                const std::vector<StdSize>& nBegin,
64                                const std::vector<StdSize>& nSize,
65                                bool forceIndependent = false);
66
67  private:
68    std::set<StdString> readMetaDataDomains_, readValueDomains_;
69    std::set<StdString> readMetaDataAxis_, readValueAxis_;
70    std::set<StdString> readMetaDataScalar_, readValueScalar_;
71
72  private:
73    /// Private attributes ///
74    ep_lib::MPI_Comm comm_file;
75    const StdString filename;
76    bool isCollective;
77    bool ugridConvention;
78  }; // class CNc4DataInput
79
80template <typename T, int Ndim>
81void CNc4DataInput::readFieldVariableValue(CArray<T,Ndim>& var, const StdString& varId,
82                                           const std::vector<StdSize>& nBegin,
83                                           const std::vector<StdSize>& nSize,
84                                           bool forceIndependent)
85{
86  if (SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) return;
87
88  bool openCollective = isCollective;
89  if (forceIndependent) openCollective = !isCollective;
90  switch (SuperClass::type)
91  {
92    case MULTI_FILE:
93      ERROR("CINetCDF4::readFieldVariableValue(...)",
94            << "Only support attributes reading with one_file mode");
95      break;
96    case ONE_FILE:
97    {
98      SuperClassWriter::getData(var, varId, openCollective, 0, &nBegin, &nSize);
99      break;
100    }
101  }
102}
103} // namespace xios
104
105#endif //__XIOS_NC4_DATA_INPUT__
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.