source: XIOS/dev/branch_yushan_merged/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1205

Last change on this file since 1205 was 1205, checked in by yushan, 4 years ago

branch merged with trunk @1200

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 121.2 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13#include "timer.hpp"
14#include "uuid.hpp"
15// mpi.hpp
16
17namespace xios
18{
19      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
20      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
21         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist)
22            : SuperClass()
23            , SuperClassWriter(filename, exist)
24            , filename(filename)
25            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
26      {
27        SuperClass::type = MULTI_FILE;
28      }
29
30      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
31         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
32          ::MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
33            : SuperClass()
34            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
35            , comm_file(comm_file)
36            , filename(filename)
37            , isCollective(isCollective)
38            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
39      {
40        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
41      }
42
43      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
44    { /* Ne rien faire de plus */ }
45
46      ///--------------------------------------------------------------
47
48      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
49      {
50         return (this->filename);
51      }
52
53      //---------------------------------------------------------------
54
55      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
56      {
57        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
58        {
59          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
60            writeUnstructuredDomain(domain) ;
61          else
62            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
63          return ;
64        }
65
66         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
67         CContextServer* server=context->server ;
68
69         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
70         domain->checkAttributes();
71
72         if (domain->isEmpty())
73           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
74
75         std::vector<StdString> dim0, dim1;
76         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
77         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
78         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
79         else setWrittenDomain(domid);
80
81
82        StdString dimXid, dimYid ;
83
84        nc_type typePrec ;
85        if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
86        else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
87        else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
88         
89         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
90         switch (domain->type)
91         {
92           case CDomain::type_attr::curvilinear :
93             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
94             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
95             break ;
96           case CDomain::type_attr::rectilinear :
97             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
98             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
99             break;
100         }
101
102         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
103
104         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
105         string areaId = "area" + appendDomid;
106/*
107         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
108                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
109                             : lonid;
110         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
111                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
112                             : latid;
113*/
114
115         try
116         {
117           switch (SuperClass::type)
118           {
119              case (MULTI_FILE) :
120              {
121  //               if (domain->isEmpty()) return;
122
123                 if (server->intraCommSize > 1)
124                 {
125  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
126  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
127                 }
128
129                 switch (domain->type)
130                 {
131                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
132                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
133                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
134                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
135                     break ;
136                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
137                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
138                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
139                     dim0.push_back(dimYid);
140                     dim1.push_back(dimXid);
141                     break;
142                 }
143
144                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
145                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
146
147                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
148                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
149
150                 if (domain->hasBounds)
151                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
152
153                 if (server->intraCommSize > 1)
154                 {
155                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
156                                              domain->zoom_ni_srv,
157                                              domain->zoom_jbegin_srv,
158                                              domain->zoom_nj_srv,
159                                              appendDomid);
160
161                   if (singleDomain)
162                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
163                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
164                                                      domain->zoom_ni_srv,
165                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
166                                                      domain->zoom_nj_srv,
167                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
168                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
169                 }
170
171                 if (domain->hasLonLat)
172                 {
173                   switch (domain->type)
174                   {
175                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
176                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
177                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
178                       break ;
179                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
180                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
181                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
182                        break ;
183                   }
184
185                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
186                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
187
188                   if (domain->hasBounds)
189                   {
190                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
191                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
192
193                     dim0.clear();
194                     dim0.push_back(dimYid);
195                     dim0.push_back(dimXid);
196                     dim0.push_back(dimVertId);
197                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
198                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
199                   }
200                 }
201
202                 dim0.clear();
203                 dim0.push_back(dimYid);
204                 dim0.push_back(dimXid);
205
206
207  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
208  // supress mask               {
209  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
210  // supress mask
211  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
212  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
213  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
214  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
215  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
216  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
217  // supress mask               }
218
219                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
220
221                 if (domain->hasArea)
222                 {
223                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
224                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
225                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
226                 }
227
228                 SuperClassWriter::definition_end();
229
230                 if (domain->hasLonLat)
231                 {
232                   switch (domain->type)
233                   {
234                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
235                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
236                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
237                       break;
238                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
239                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
240                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
241                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
242                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
243                       break;
244                   }
245
246                   if (domain->hasBounds)
247                   {
248                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
249                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
250                   }
251                 }
252
253                 if (domain->hasArea)
254                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
255
256                 SuperClassWriter::definition_start();
257
258                 break;
259              }
260              case (ONE_FILE) :
261              {
262                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
263                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
264
265                 if (domain->hasBounds)
266                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
267
268                 if (domain->hasLonLat)
269                 {
270                   switch (domain->type)
271                   {
272                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
273                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
274                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
275                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
276                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
277                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
278                       break;
279
280                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
281                       dim0.push_back(dimYid);
282                       dim1.push_back(dimXid);
283                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
284                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
285                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
286                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
287                       break;
288                   }
289
290                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
291                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
292
293                   this->writeAxisAttributes
294                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
295                   this->writeAxisAttributes
296                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
297
298                   if (domain->hasBounds)
299                   {
300                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
301                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
302
303                     dim0.clear();
304                     dim0.push_back(dimYid);
305                     dim0.push_back(dimXid);
306                     dim0.push_back(dimVertId);
307                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
308                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
309                   }
310                 }
311
312                 if (domain->hasArea)
313                 {
314                   dim0.clear();
315                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
316                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
317                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
318                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
319                   dim0.clear();
320                 }
321
322                 SuperClassWriter::definition_end();
323
324                 switch (domain->type)
325                 {
326                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
327                   {
328                     std::vector<StdSize> start(2) ;
329                     std::vector<StdSize> count(2) ;
330                     if (domain->isEmpty())
331                     {
332                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
333                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
334                     }
335                     else
336                     {
337                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
338                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
339                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
340                     }
341
342                     if (domain->hasLonLat)
343                     {
344                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
345                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
346                     }
347                     break;
348                   }
349                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
350                   {
351                     if (domain->hasLonLat)
352                     {
353                       std::vector<StdSize> start(1) ;
354                       std::vector<StdSize> count(1) ;
355                       if (domain->isEmpty())
356                       {
357                         start[0]=0 ;
358                         count[0]=0 ;
359                         SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
360                         SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
361
362                       }
363                       else
364                       {
365                         start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
366                         count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
367                         CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
368                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
369
370                         start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
371                         count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
372                         CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
373                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
374                       }
375                     }
376                     break;
377                   }
378                 }
379
380                 if (domain->hasBounds)
381                 {
382                   std::vector<StdSize> start(3);
383                   std::vector<StdSize> count(3);
384                   if (domain->isEmpty())
385                   {
386                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
387                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
388                   }
389                   else
390                   {
391                     start[2] = 0;
392                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
393                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
394                     count[2] = domain->nvertex;
395                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
396                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
397                   }
398
399                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
400                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
401                 }
402
403                 if (domain->hasArea)
404                 {
405                   std::vector<StdSize> start(2);
406                   std::vector<StdSize> count(2);
407
408                   if (domain->isEmpty())
409                   {
410                     start[0] = 0; start[1] = 0;
411                     count[0] = 0; count[1] = 0;
412                   }
413                   else
414                   {
415                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
416                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
417                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
418                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
419                   }
420
421                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
422                 }
423
424                 SuperClassWriter::definition_start();
425                 break;
426              }
427              default :
428                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
429                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
430                       << " not implemented yet !");
431           }
432         }
433         catch (CNetCdfException& e)
434         {
435           StdString msg("On writing the domain : ");
436           msg.append(domid); msg.append("\n");
437           msg.append("In the context : ");
438           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
439           msg.append(e.what());
440           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
441         }
442
443         domain->addRelFile(this->filename);
444      }
445
446    //--------------------------------------------------------------
447
448    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
449    {
450      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
451      CContextServer* server=context->server ;
452
453      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
454      domain->checkAttributes();
455      if (domain->isEmpty())
456        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
457
458     nc_type typePrec ;
459     if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
460     else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
461     else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
462
463      std::vector<StdString> dim0;
464      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
465      StdString domainName = domain->name;
466      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
467      domain->mesh->createMeshEpsilon(static_cast< ::MPI_Comm >(server->intraComm.mpi_comm), domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
468
469      StdString node_x = domainName + "_node_x";
470      StdString node_y = domainName + "_node_y";
471
472      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
473      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
474      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
475
476      StdString face_x = domainName + "_face_x";
477      StdString face_y = domainName + "_face_y";
478      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
479      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
480      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
481      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
482
483      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
484      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
485      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
486      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
487      StdString dimTwo = "Two";
488
489      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
490      if (!isWrittenDomain(domid))
491      {
492        dim0.clear();
493        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
494        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
495        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
496        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
497        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
498      }
499
500      try
501      {
502        switch (SuperClass::type)
503        {
504          case (ONE_FILE) :
505          {
506            // Adding nodes
507            if (domain->nvertex == 1)
508            {
509              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
510              {
511                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
512                dim0.clear();
513                dim0.push_back(dimNode);
514                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
515                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
516                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
517                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
518                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
519                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
520                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
521                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
522              }
523            } // domain->nvertex == 1
524
525            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
526            if (domain->nvertex == 2)
527            {
528              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
529              {
530                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
531                dim0.clear();
532                dim0.push_back(dimNode);
533                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
534                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
535                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
536                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
537                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
538                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
539                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
540                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
541              }
542              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
543              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
544              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
545              dim0.clear();
546              dim0.push_back(dimEdge);
547              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
548              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
549              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
550              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
551              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
552              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
553              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
554              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
555              dim0.clear();
556              dim0.push_back(dimEdge);
557              dim0.push_back(dimTwo);
558              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
559              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
560              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
561              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
562            } // domain->nvertex == 2
563
564            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
565            if (domain->nvertex > 2)
566            {
567              // Nodes
568              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
569              {
570                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
571                dim0.clear();
572                dim0.push_back(dimNode);
573                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
574                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
575                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
576                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
577                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
578                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
579                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
580                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
581              }
582              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
583              {
584                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
585                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
586                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
587                dim0.clear();
588                dim0.push_back(dimEdge);
589                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
590                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
591                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
592                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
593                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
594                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
595                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
596                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
597                dim0.clear();
598                dim0.push_back(dimEdge);
599                dim0.push_back(dimTwo);
600                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
601                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
602                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
603                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
604              }
605              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
606              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
607              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
608              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
609              dim0.clear();
610              dim0.push_back(dimFace);
611              SuperClassWriter::addVariable(face_x, typePrec, dim0);
612              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
613              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
614              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
615              SuperClassWriter::addVariable(face_y, typePrec, dim0);
616              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
617              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
618              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
619              dim0.clear();
620              dim0.push_back(dimFace);
621              dim0.push_back(dimVertex);
622              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
623              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
624              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
625              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
626              dim0.clear();
627              dim0.push_back(dimFace);
628              dim0.push_back(dimVertex);
629              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
630              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
631              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
632              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
633              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
634              dim0.clear();
635              dim0.push_back(dimEdge);
636              dim0.push_back(dimTwo);
637              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
638              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
639              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
640              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
641              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
642              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
643              dim0.clear();
644              dim0.push_back(dimFace);
645              dim0.push_back(dimVertex);
646              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
647              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
648              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
649              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
650              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
651              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
652              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
653            } // domain->nvertex > 2
654
655            SuperClassWriter::definition_end();
656
657            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
658            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
659            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
660            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
661            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
662            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
663            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
664            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
665            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
666            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
667            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
668            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
669
670            if (!isWrittenDomain(domid))
671            {
672              if (domain->nvertex == 1)
673              {
674                if (domain->isEmpty())
675                 {
676                   startNodes[0]=0 ;
677                   countNodes[0]=0 ;
678                 }
679                 else
680                 {
681                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
682                   countNodes[0] = domain->zoom_ni_srv ;
683                 }
684
685                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
686                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
687              }
688              else if (domain->nvertex == 2)
689              {
690                if (domain->isEmpty())
691                 {
692                  startEdges[0]=0 ;
693                  countEdges[0]=0 ;
694                  startNodes[0]=0 ;
695                  countNodes[0]=0 ;
696                  startEdgeNodes[0]=0;
697                  startEdgeNodes[1]=0;
698                  countEdgeNodes[0]=0;
699                  countEdgeNodes[1]=0;
700
701                 }
702                 else
703                 {
704                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
705                   countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
706                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
707                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
708                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
709                   startEdgeNodes[1] = 0;
710                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
711                   countEdgeNodes[1]= 2;
712                 }
713                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
714                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
715                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
716                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
717                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
718              }
719              else
720              {
721                if (domain->isEmpty())
722                 {
723                   startFaces[0] = 0 ;
724                   countFaces[0] = 0 ;
725                   startNodes[0] = 0;
726                   countNodes[0] = 0;
727                   startEdges[0] = 0;
728                   countEdges[0] = 0;
729                   startEdgeFaces[0] = 0;
730                   startEdgeFaces[1] = 0;
731                   countEdgeFaces[0] = 0;
732                   countEdgeFaces[1] = 0;
733                   startFaceConctv[0] = 0;
734                   startFaceConctv[1] = 0;
735                   countFaceConctv[0] = 0;
736                   countFaceConctv[1] = 0;
737                 }
738                 else
739                 {
740                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
741                   countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv ;
742                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
743                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
744                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
745                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
746                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
747                   startEdgeNodes[1] = 0;
748                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
749                   countEdgeNodes[1]= 2;
750                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
751                   startEdgeFaces[1]= 0;
752                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
753                   countEdgeFaces[1]= 2;
754                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
755                   startFaceConctv[1] = 0;
756                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
757                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
758                 }
759                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
760                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
761                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
762                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
763                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
764                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
765                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
766                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
767                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
768                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
769                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
770              }
771              setWrittenDomain(domid);
772            } // !isWrittenDomain
773            else
774            {
775              if (domain->nvertex == 2)
776              {
777                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
778                countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
779                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
780                startEdgeNodes[1] = 0;
781                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
782                countEdgeNodes[1]= 2;
783                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
784                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
785                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
786              } 
787              if (domain->nvertex > 2)
788              {
789
790                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
791                {
792                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
793                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
794                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
795                  startEdgeNodes[1] = 0;
796                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
797                  countEdgeNodes[1]= 2;
798                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
799                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
800                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
801                }
802                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
803                countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv;
804                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
805                startEdgeFaces[1]= 0;
806                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
807                countEdgeFaces[1]= 2;
808                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
809                startFaceConctv[1] = 0;
810                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
811                countFaceConctv[1]= domain->nvertex;
812                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
813                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
814                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
815                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
816                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
817                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
818              }
819            }// isWrittenDomain
820
821            SuperClassWriter::definition_start();
822
823            break;
824          } // ONE_FILE
825
826          case (MULTI_FILE) :
827          {
828            break;
829          }
830
831          default :
832          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
833          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
834          << " not implemented yet !");
835          } // switch
836        } // try
837
838        catch (CNetCdfException& e)
839        {
840          StdString msg("On writing the domain : ");
841          msg.append(domid); msg.append("\n");
842          msg.append("In the context : ");
843          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
844          msg.append(e.what());
845          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
846        }
847
848  domain->addRelFile(this->filename);
849  }
850
851    //--------------------------------------------------------------
852
853    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
854      {
855         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
856         CContextServer* server=context->server ;
857
858         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
859         domain->checkAttributes();
860
861         if (domain->isEmpty())
862           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
863
864         std::vector<StdString> dim0, dim1;
865         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
866         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
867         else setWrittenDomain(domid);
868
869         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
870
871         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
872         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
873
874         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
875         string areaId = "area" + appendDomid;
876
877         nc_type typePrec ;
878         if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
879         else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
880         else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
881
882         try
883         {
884           switch (SuperClass::type)
885           {
886              case (MULTI_FILE) :
887              {
888                 dim0.push_back(dimXid);
889                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
890
891                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
892                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
893                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
894                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
895                 if (domain->hasLonLat)
896                 {
897                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
898                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
899                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
900                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
901                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
902                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
903                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
904                 }
905                 dim0.clear();
906                 if (domain->hasBounds)
907                 {
908                   dim0.push_back(dimXid);
909                   dim0.push_back(dimVertId);
910                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
911                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
912                 }
913
914                 dim0.clear();
915                 dim0.push_back(dimXid);
916                 if (domain->hasArea)
917                 {
918                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
919                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
920                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
921                 }
922
923                 SuperClassWriter::definition_end();
924
925                 if (domain->hasLonLat)
926                 {
927                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
928                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
929                   if (domain->hasBounds)
930                   {
931                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
932                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
933                   }
934                 }
935
936                 if (domain->hasArea)
937                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
938
939                 SuperClassWriter::definition_start();
940                 break ;
941              }
942
943              case (ONE_FILE) :
944              {
945                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
946                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
947                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
948                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
949                 dim0.push_back(dimXid);
950                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
951                 if (domain->hasLonLat)
952                 {
953                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
954                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
955
956                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
957                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
958                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
959                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
960                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
961                 }
962                 dim0.clear();
963
964                 if (domain->hasBounds)
965                 {
966                   dim0.push_back(dimXid);
967                   dim0.push_back(dimVertId);
968                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
969                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
970                 }
971
972                 if (domain->hasArea)
973                 {
974                   dim0.clear();
975                   dim0.push_back(dimXid);
976                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
977                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
978                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
979                 }
980
981                 SuperClassWriter::definition_end();
982
983                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
984                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
985                 if (domain->isEmpty())
986                 {
987                   start[0]=0 ;
988                   count[0]=0 ;
989                   startBounds[1]=0 ;
990                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
991                   startBounds[0]=0 ;
992                   countBounds[0]=0 ;
993                 }
994                 else
995                 {
996                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
997                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
998                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
999                   startBounds[1]=0 ;
1000                   countBounds[0]=domain->zoom_ni_srv ;
1001                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
1002                 }
1003
1004                 if (domain->hasLonLat)
1005                 {
1006                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1007                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1008                   if (domain->hasBounds)
1009                   {
1010                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1011                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1012                   }
1013                 }
1014
1015                 if (domain->hasArea)
1016                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1017
1018                 SuperClassWriter::definition_start();
1019
1020                 break;
1021              }
1022              default :
1023                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1024                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1025                       << " not implemented yet !");
1026           }
1027         }
1028         catch (CNetCdfException& e)
1029         {
1030           StdString msg("On writing the domain : ");
1031           msg.append(domid); msg.append("\n");
1032           msg.append("In the context : ");
1033           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1034           msg.append(e.what());
1035           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1036         }
1037         domain->addRelFile(this->filename);
1038      }
1039      //--------------------------------------------------------------
1040
1041      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1042      {
1043        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1044        axis->checkAttributes();
1045        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
1046        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
1047        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
1048                                                          : axis->global_zoom_size_srv;
1049
1050        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1051
1052        std::vector<StdString> dims;
1053        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1054        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1055        else setWrittenAxis(axisid);
1056
1057        nc_type typePrec ;
1058        if (axis->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1059        else if (axis->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1060        else if (axis->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1061         
1062        if (!axis->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1063        string strId="str_len" ;
1064        try
1065        {
1066          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1067          if (!axis->label.isEmpty()) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1068          if (axis->hasValue)
1069          {
1070            dims.push_back(axisid);
1071            if (!axis->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1072            SuperClassWriter::addVariable(axisid, typePrec, dims);
1073
1074            if (!axis->name.isEmpty())
1075              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1076
1077            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1078              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1079
1080            if (!axis->long_name.isEmpty())
1081              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1082
1083            if (!axis->unit.isEmpty())
1084              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1085
1086            if (!axis->positive.isEmpty())
1087            {
1088              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1089              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1090                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1091                                             &axisid);
1092            }
1093
1094            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1095            if (!axis->bounds.isEmpty())
1096            {
1097              dims.push_back("axis_nbounds");
1098              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, typePrec, dims);
1099              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1100            }
1101
1102            SuperClassWriter::definition_end();
1103
1104            switch (SuperClass::type)
1105            {
1106              case MULTI_FILE:
1107              {
1108                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1109                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
1110                if (axis->label.isEmpty())  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1111
1112                if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1113                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0);
1114
1115                if (! axis->label.isEmpty())  SuperClassWriter::writeData(axis->label_srv, axisid, isCollective, 0);
1116 
1117                SuperClassWriter::definition_start();
1118                break;
1119              }
1120              case ONE_FILE:
1121              {
1122                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1123                axis_value = axis->value_srv;
1124
1125                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1126                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1127                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin_srv;
1128                count[0] = countBounds[0] = zoom_size_srv;
1129                startBounds[1] = 0;
1130                countBounds[1] = 2;
1131                if (axis->label.isEmpty()) SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1132
1133                if (!axis->bounds.isEmpty()&& axis->label.isEmpty())
1134                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1135
1136                if (! axis->label.isEmpty())  SuperClassWriter::writeData(axis->label_srv, axisid, isCollective, 0);
1137
1138                SuperClassWriter::definition_start();
1139
1140                break;
1141              }
1142              default :
1143                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1144                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1145                      << " not implemented yet !");
1146            }
1147          }
1148        }
1149        catch (CNetCdfException& e)
1150        {
1151          StdString msg("On writing the axis : ");
1152          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1153          msg.append("In the context : ");
1154          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1155          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1156          msg.append(e.what());
1157          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1158        }
1159        axis->addRelFile(this->filename);
1160     }
1161
1162      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1163      {
1164        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1165        scalar->checkAttributes();
1166        int scalarSize = 1;
1167
1168        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1169        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1170        else setWrittenAxis(scalaId);
1171
1172        nc_type typePrec ;
1173        if (scalar->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1174        else if (scalar->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1175        else if (scalar->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1176
1177       
1178        try
1179        {
1180          if (!scalar->value.isEmpty())
1181          {
1182//            dims.push_back(scalaId);
1183            std::vector<StdString> dims;
1184            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, typePrec, dims);
1185
1186            if (!scalar->name.isEmpty())
1187              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1188
1189            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1190              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1191
1192            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1193              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1194
1195            if (!scalar->unit.isEmpty())
1196              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1197
1198            SuperClassWriter::definition_end();
1199
1200            switch (SuperClass::type)
1201            {
1202              case MULTI_FILE:
1203              {
1204                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1205                scalarValue(0) = scalar->value;
1206                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1207                SuperClassWriter::definition_start();
1208
1209                break;
1210              }
1211              case ONE_FILE:
1212              {
1213                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1214                scalarValue(0) = scalar->value;
1215
1216                std::vector<StdSize> start(1);
1217                std::vector<StdSize> count(1);
1218                start[0] = 0;
1219                count[0] = 1;
1220                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1221                SuperClassWriter::definition_start();
1222
1223                break;
1224              }
1225              default :
1226                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1227                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1228                      << " not implemented yet !");
1229            }
1230          }
1231        }
1232        catch (CNetCdfException& e)
1233        {
1234          StdString msg("On writing the scalar : ");
1235          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1236          msg.append("In the context : ");
1237          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1238          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1239          msg.append(e.what());
1240          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1241        }
1242        scalar->addRelFile(this->filename);
1243     }
1244
1245     //--------------------------------------------------------------
1246
1247     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1248     {
1249       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1250
1251       try
1252       {
1253         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1254         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1255         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1256         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1257         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1258
1259         std::vector<StdString> dims;
1260
1261         if (grid->isCompressible())
1262         {
1263           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1264
1265           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1266           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1267
1268           dims.push_back(varId);
1269           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1270
1271           StdOStringStream compress;
1272           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1273           {
1274             if (2 == axisDomainOrder(i))
1275             {
1276               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1277               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1278               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1279
1280               switch (domain->type)
1281               {
1282                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1283                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1284                   break;
1285                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1286                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1287                   break;
1288                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1289                   compress << "cell" << appendDomId;
1290                   break;
1291               }
1292               ++idxDomain;
1293             }
1294             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1295             {
1296               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1297               compress << axis->getAxisOutputName();
1298               ++idxAxis;
1299             }
1300             else
1301             {
1302               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1303               compress << scalar->getScalarOutputName();
1304               ++idxScalar;
1305             }
1306
1307             if (i != 0) compress << ' ';
1308           }
1309           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
1310
1311           grid->computeCompressedIndex();
1312
1313           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1314           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
1315           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
1316           {
1317             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
1318             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
1319               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
1320           }
1321
1322           switch (SuperClass::type)
1323           {
1324             case (MULTI_FILE):
1325             {
1326               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1327               break;
1328             }
1329             case (ONE_FILE):
1330             {
1331               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1332                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1333
1334               std::vector<StdSize> start, count;
1335               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1336               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1337
1338               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1339               break;
1340             }
1341           }
1342         }
1343         else
1344         {
1345           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1346           {
1347             StdString varId, compress;
1348             CArray<int, 1> indexes;
1349             bool isDistributed;
1350             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1351             int firstGlobalIndex;
1352
1353             if (2 == axisDomainOrder(i))
1354             {
1355               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1356               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1357
1358               if (!domain->isCompressible()
1359                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1360                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1361                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1362                 continue;
1363
1364               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1365
1366               varId = domId + "_points";
1367               switch (domain->type)
1368               {
1369                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1370                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1371                   break;
1372                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1373                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1374                   break;
1375               }
1376
1377               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
1378               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1379               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1380                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1381
1382               isDistributed = domain->isDistributed();
1383               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
1384               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
1385               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
1386               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1387
1388               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1389               setWrittenCompressedDomain(domId);
1390               ++idxDomain;
1391             }
1392             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1393             {
1394               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1395               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1396
1397               if (!axis->isCompressible()
1398                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1399                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1400                 continue;
1401
1402               varId = axisId + "_points";
1403               compress = axisId;
1404
1405               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
1406               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1407               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1408                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1409
1410               isDistributed = axis->isDistributed();
1411               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
1412               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
1413               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
1414               firstGlobalIndex = axis->begin;
1415
1416               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1417               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1418               ++idxAxis;
1419             }
1420             else
1421             {
1422             }
1423
1424             if (!varId.empty())
1425             {
1426               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1427
1428               dims.clear();
1429               dims.push_back(varId);
1430               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1431
1432               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1433
1434               switch (SuperClass::type)
1435               {
1436                 case (MULTI_FILE):
1437                 {
1438                   indexes -= firstGlobalIndex;
1439                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1440                   break;
1441                 }
1442                 case (ONE_FILE):
1443                 {
1444                   std::vector<StdSize> start, count;
1445                   start.push_back(offset);
1446                   count.push_back(nbIndexes);
1447
1448                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1449                   break;
1450                 }
1451               }
1452             }
1453           }
1454
1455           if (!dims.empty())
1456             grid->computeCompressedIndex();
1457         }
1458
1459         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1460       }
1461       catch (CNetCdfException& e)
1462       {
1463         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1464         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1465         msg.append("In the context : ");
1466         CContext* context = CContext::getCurrent();
1467         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1468         msg.append(e.what());
1469         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1470       }
1471     }
1472
1473     //--------------------------------------------------------------
1474
1475     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1476     {
1477       try
1478       {
1479        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1480       }
1481       catch (CNetCdfException& e)
1482       {
1483         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1484         msg.append("In the context : ");
1485         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1486         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1487         msg.append(e.what());
1488         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1489       }
1490     }
1491
1492      //--------------------------------------------------------------
1493
1494      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1495      {
1496        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1497        CContextServer* server=context->server ;
1498
1499        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1500        CGrid* grid = field->grid;
1501        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1502          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1503
1504        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1505        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1506        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1507        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1508        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1509
1510        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1511        StdString dimXid,dimYid;
1512        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1513        bool hasArea = false;
1514        StdString cellMeasures = "area:";
1515        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1516
1517        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1518        {
1519          if (2 == axisDomainOrder(i))
1520          {
1521            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1522            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1523            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1524
1525            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1526            {
1527              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1528              field->setUseCompressedOutput();
1529            }
1530
1531            switch (domain->type)
1532            {
1533              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1534                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1535                {
1536                  dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1537                  dimIdList.push_back(dimXid);
1538                  dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1539                  dimIdList.push_back(dimYid);
1540                }
1541                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1542                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1543              break ;
1544              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1545                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1546                {
1547                  dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1548                  dimIdList.push_back(dimXid);
1549                  dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1550                  dimIdList.push_back(dimYid);
1551                }
1552              break ;
1553              case CDomain::type_attr::unstructured:
1554              {
1555                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1556                {
1557                  dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1558                  dimIdList.push_back(dimXid);
1559                  dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1560                  dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1561                }
1562                else
1563                {
1564                  StdString domainName = domain->name;
1565                  if (domain->nvertex == 1)
1566                  {
1567                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1568                    dimIdList.push_back(dimXid);
1569                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1570                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1571                  }
1572                  else if (domain->nvertex == 2)
1573                  {
1574                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1575                    dimIdList.push_back(dimXid);
1576                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1577                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1578                  }
1579                  else
1580                  {
1581                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1582                    dimIdList.push_back(dimXid);
1583                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1584                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1585                  }
1586                }  // ugrid convention
1587              }  // case unstructured domain
1588            }
1589
1590            if (domain->hasArea)
1591            {
1592              hasArea = true;
1593              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1594            }
1595            ++idxDomain;
1596          }
1597          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1598          {
1599            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1600            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1601
1602            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1603            {
1604              dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1605              field->setUseCompressedOutput();
1606            }
1607            else
1608              dimIdList.push_back(axisId);
1609
1610            dimCoordList.push_back(axisId);
1611            ++idxAxis;
1612          }
1613          else // scalar
1614          {
1615             /* Do nothing here */
1616          }
1617        }
1618
1619        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1620
1621        nc_type type ;
1622        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1623        else
1624        {
1625          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1626          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1627          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1628        }
1629
1630        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1631
1632        if (wtime)
1633        {
1634          if (field->hasTimeInstant && hasTimeInstant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1635          else if (field->hasTimeCentered && hasTimeCentered)  coodinates.push_back(string("time_centered"));
1636          dims.push_back(timeid);
1637        }
1638
1639        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1640        {
1641          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1642          field->setUseCompressedOutput();
1643        }
1644        else
1645        {
1646          while (!dimIdList.empty())
1647          {
1648            dims.push_back(dimIdList.back());
1649            dimIdList.pop_back();
1650          }
1651        }
1652
1653        while (!dimCoordList.empty())
1654        {
1655          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1656          dimCoordList.pop_back();
1657        }
1658
1659        try
1660        {
1661           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1662
1663           if (!field->standard_name.isEmpty())
1664              SuperClassWriter::addAttribute
1665                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1666
1667           if (!field->long_name.isEmpty())
1668              SuperClassWriter::addAttribute
1669                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1670
1671           if (!field->unit.isEmpty())
1672              SuperClassWriter::addAttribute
1673                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1674
1675           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
1676           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
1677           {
1678            if (!domainList.empty())
1679            {
1680              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
1681              StdString mesh = domain->name;
1682              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
1683              StdString location;
1684              if (domain->nvertex == 1)
1685                location = "node";
1686              else if (domain->nvertex == 2)
1687                location = "edge";
1688              else if (domain->nvertex > 2)
1689                location = "face";
1690              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
1691            }
1692
1693           }
1694
1695           if (!field->valid_min.isEmpty())
1696              SuperClassWriter::addAttribute
1697                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1698
1699           if (!field->valid_max.isEmpty())
1700              SuperClassWriter::addAttribute
1701                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1702
1703            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1704              SuperClassWriter::addAttribute
1705                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1706
1707             if (!field->add_offset.isEmpty())
1708              SuperClassWriter::addAttribute
1709                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1710
1711           SuperClassWriter::addAttribute
1712                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1713
1714          // write child variables as attributes
1715
1716
1717           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1718           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1719
1720           bool alreadyAddCellMethod = false;
1721           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
1722           if (!field->cell_methods.isEmpty())
1723           {
1724              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
1725              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
1726                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
1727              {
1728                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
1729                alreadyAddCellMethod = true;
1730              }
1731              else
1732              {
1733                switch (field->cell_methods_mode)
1734                {
1735                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
1736                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
1737                    cellMethodsPrefix += " ";
1738                    break;
1739                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
1740                    cellMethodsSuffix = " ";
1741                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
1742                    break;
1743                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
1744                    break;
1745                  default:
1746                    break;
1747                }
1748              }
1749           }
1750
1751
1752           if (wtime)
1753           {
1754              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1755              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1756              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1757              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1758
1759              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1760              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1761              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1762
1763              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
1764              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1765              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1766              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1767              else cellMethods += field->operation;
1768              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1769                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1770              cellMethods += cellMethodsSuffix;
1771              if (!alreadyAddCellMethod)
1772                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1773           }
1774
1775           if (hasArea)
1776             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1777
1778           if (!field->default_value.isEmpty())
1779           {
1780              double default_value = field->default_value.getValue();
1781              float fdefault_value = (float)default_value;
1782              if (type == NC_DOUBLE)
1783                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1784              else
1785                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1786           }
1787           else
1788              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1789
1790            if (field->compression_level.isEmpty())
1791              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1792            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1793
1794           {  // Ecriture des coordonnes
1795
1796              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1797              std::vector<StdString>::iterator
1798                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1799
1800              for (; itc!= endc; itc++)
1801              {
1802                 StdString & coord = *itc;
1803                 if (itc+1 != endc)
1804                       coordstr.append(coord).append(" ");
1805                 else  coordstr.append(coord);
1806              }
1807
1808              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1809
1810           }
1811         }
1812         catch (CNetCdfException& e)
1813         {
1814           StdString msg("On writing field : ");
1815           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1816           msg.append("In the context : ");
1817           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1818           msg.append(e.what());
1819           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1820         }
1821      } // writeField_()
1822
1823      //--------------------------------------------------------------
1824
1825      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1826      {
1827         StdString filename = file->getFileOutputName();
1828         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1829                               ? file->description.getValue()
1830                               : StdString("Created by xios");
1831
1832         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1833
1834         StdString conv_str ;
1835         if (file->convention_str.isEmpty())
1836         {
1837            if (SuperClassWriter::useCFConvention) conv_str="CF-1.6" ;
1838            else conv_str="UGRID" ;
1839         }
1840         else conv_str=file->convention_str ;
1841           
1842         try
1843         {
1844           this->writeFileAttributes(filename, description,
1845                                      conv_str,
1846                                      StdString("An IPSL model"),
1847                                      this->getTimeStamp());
1848
1849           if (!appendMode)
1850             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1851         }
1852         catch (CNetCdfException& e)
1853         {
1854           StdString msg("On writing file : ");
1855           msg.append(filename); msg.append("\n");
1856           msg.append("In the context : ");
1857           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1858           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1859           msg.append(e.what());
1860           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1861         }
1862      }
1863
1864      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1865      {
1866        StdString name = var->getVariableOutputName();
1867
1868        try
1869        {
1870          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1871            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1872          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1873            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1874          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1875            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1876          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1877            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1878          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1879            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1880          else
1881            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1882                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1883        }
1884       catch (CNetCdfException& e)
1885       {
1886         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1887         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1888         msg.append("In the context : ");
1889         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1890         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1891         msg.append(e.what());
1892         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1893       }
1894     }
1895
1896     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1897     {
1898        StdString name = var->getVariableOutputName();
1899
1900        try
1901        {
1902          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1903            addAttribute(name, var->getData<int>());
1904          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1905            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1906          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1907            addAttribute(name, var->getData<float>());
1908          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1909            addAttribute(name, var->getData<double>());
1910          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1911            addAttribute(name, var->getData<string>());
1912          else
1913            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1914                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1915        }
1916       catch (CNetCdfException& e)
1917       {
1918         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1919         msg.append(name); msg.append("\n");
1920         msg.append("In the context : ");
1921         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1922         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1923         msg.append(e.what());
1924         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1925       }
1926     }
1927
1928      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1929      {
1930        try
1931        {
1932          SuperClassWriter::sync() ;
1933        }
1934        catch (CNetCdfException& e)
1935        {
1936         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1937         msg.append("In the context : ");
1938         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1939         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1940         msg.append(e.what());
1941         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1942        }
1943      }
1944
1945      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1946      {
1947        try
1948        {
1949          SuperClassWriter::close() ;
1950        }
1951        catch (CNetCdfException& e)
1952        {
1953         StdString msg("On closing file");
1954         msg.append("In the context : ");
1955         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1956         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1957         msg.append(e.what());
1958         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1959        }
1960
1961      }
1962
1963      //---------------------------------------------------------------
1964
1965      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1966      {
1967         const int buffer_size = 100;
1968         time_t rawtime;
1969         struct tm * timeinfo = NULL;
1970         char buffer [buffer_size];
1971         StdString formatStr;
1972         if (file->time_stamp_format.isEmpty()) formatStr="%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z" ;
1973         else formatStr=file->time_stamp_format;
1974
1975//         time ( &rawtime );
1976//         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1977         time ( &rawtime );
1978         timeinfo = gmtime ( &rawtime );
1979         strftime (buffer, buffer_size, formatStr.c_str(), timeinfo);
1980
1981         return (StdString(buffer));
1982      }
1983
1984      //---------------------------------------------------------------
1985
1986      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1987      {
1988        CContext* context = CContext::getCurrent();
1989        CContextServer* server = context->server;
1990        CGrid* grid = field->grid;
1991
1992        if (field->getNStep()<1) 
1993        {
1994          return;
1995        }
1996       
1997        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1998          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective)
1999          {
2000            return;
2001          }
2002
2003         
2004        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
2005
2006        StdOStringStream oss;
2007        string timeAxisId;
2008        if (field->hasTimeInstant) timeAxisId = "time_instant";
2009        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisId = "time_centered";
2010
2011        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2012
2013        StdString timeAxisBoundId;
2014        if (field->hasTimeInstant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2015        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2016
2017        if (!field->wasWritten())
2018        {
2019          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
2020              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2021          {
2022            double factorUnit;
2023            if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2024            factorUnit=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2025            else factorUnit=1 ;
2026            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv,factorUnit) + 1);
2027          }
2028
2029          field->setWritten();
2030        }
2031
2032
2033        CArray<double,1> time_data(1);
2034        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2035        CArray<double,1> time_counter(1);
2036        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2037
2038        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2039        bool wtimeCounter =false ;
2040        bool wtimeData =false ;
2041       
2042
2043        if (wtime)
2044        {
2045
2046          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2047          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2048
2049         
2050          if (field->hasTimeInstant)
2051          {
2052            time_data(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2053            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2054            if (timeCounterType==instant)
2055            {
2056              time_counter(0) = time_data(0);
2057              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0);
2058              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1);
2059              wtimeCounter=true ;
2060            }
2061            if (hasTimeInstant) wtimeData=true ;
2062          }
2063          else if (field->hasTimeCentered)
2064          {
2065            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2066            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2067            time_data_bound(1) = lastWrite;
2068            if (timeCounterType==centered)
2069            {
2070              time_counter(0) = time_data(0) ;
2071              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0) ;
2072              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1) ;
2073              wtimeCounter=true ;
2074            }
2075            if (hasTimeCentered) wtimeData=true ;
2076          }
2077
2078          if (timeCounterType==record)
2079          {
2080            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2081            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2082            wtimeCounter=true ;
2083          }
2084
2085          if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2086          {
2087            double secByDay=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2088            time_data/=secByDay;
2089            time_data_bound/=secByDay;
2090            time_counter/=secByDay;
2091            time_counter_bound/=secByDay;
2092          }
2093        }
2094
2095         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2096
2097         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2098         {
2099           double scaleFactor = 1.0;
2100           double addOffset = 0.0;
2101           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2102           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2103           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2104         }
2105
2106         try
2107         {
2108           size_t writtenSize;
2109           if (field->getUseCompressedOutput())
2110             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2111           else
2112             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2113
2114           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2115           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2116
2117           if (field->getUseCompressedOutput())
2118             field->outputCompressedField(fieldData);
2119           else
2120             field->outputField(fieldData);
2121
2122           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2123
2124           switch (SuperClass::type)
2125           {
2126              case (MULTI_FILE) :
2127              {
2128                 CTimer::get("Files : writing data").resume();
2129                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2130                 CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2131                 if (wtime)
2132                 {
2133                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2134                   if ( wtimeData)
2135                   {
2136//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2137//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2138                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2139                       SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2140                  }
2141                   if (wtimeCounter)
2142                   {
2143//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2144//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2145                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2146                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2147                   }
2148                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend();
2149                 }
2150                 break;
2151              }
2152              case (ONE_FILE) :
2153              {
2154                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2155                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2156                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2157
2158                std::vector<StdSize> start, count;
2159
2160                if (field->getUseCompressedOutput())
2161                {
2162                  if (grid->isCompressible())
2163                  {
2164                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2165                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2166                  }
2167                  else
2168                  {
2169                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2170                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2171                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2172                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2173                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2174                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2175
2176                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2177                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2178
2179
2180                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2181                    {
2182                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2183                      {
2184                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2185
2186                        if (domain->isCompressible())
2187                        {
2188                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
2189                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
2190                          idx -= 2;
2191                        }
2192                        else
2193                        {
2194                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2195                          {
2196                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2197                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2198                          }
2199                          --idx;
2200                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2201                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2202                          --idx;
2203                        }
2204                        --idxDomain;
2205                      }
2206                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2207                      {
2208                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2209
2210                        if (axis->isCompressible())
2211                        {
2212                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
2213                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
2214                        }
2215                        else
2216                        {
2217                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2218                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2219                        }
2220
2221                        --idxAxis;
2222                        --idx;
2223                      }
2224                    }
2225                  }
2226                }
2227                else
2228                {
2229
2230                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2231                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2232                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2233                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2234                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2235                  int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2236
2237                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2238                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2239
2240                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2241                  {
2242                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2243                    {
2244                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2245                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2246                      {
2247                        start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2248                        count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2249                      }
2250                      --idx ;
2251                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2252                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2253                      --idx ;
2254                      --idxDomain;
2255                    }
2256                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2257                    {
2258                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2259                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2260                      --idx;
2261                    }
2262                    else
2263                    {
2264                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2265                      {
2266                        start.push_back(0);
2267                        count.push_back(1);
2268                      }
2269                      --idx;
2270                    }
2271                  }
2272                }
2273
2274
2275                CTimer::get("Files : writing data").resume();
2276                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2277                CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2278
2279                 if (wtime)
2280                 {
2281                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2282                   if ( wtimeData)
2283                   {
2284//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2285//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2286                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2287                     SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2288                   }
2289                   if (wtimeCounter)
2290                   {
2291//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2292//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2293                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2294                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2295
2296                   }
2297                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend(); 
2298                 }
2299
2300                break;
2301              }
2302            }
2303         }
2304         catch (CNetCdfException& e)
2305         {
2306           StdString msg("On writing field data: ");
2307           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2308           msg.append("In the context : ");
2309           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2310           msg.append(e.what());
2311           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2312         }
2313      }
2314
2315      //---------------------------------------------------------------
2316
2317      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2318                  (CField*    field,
2319                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2320      {
2321         StdOStringStream oss;
2322         bool createInstantAxis=false ;
2323         bool createCenteredAxis=false ;
2324         bool createTimeCounterAxis=false ;
2325         
2326         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2327
2328
2329         StdString axisId ;
2330         StdString axisBoundId;
2331         StdString timeid(getTimeCounterName());
2332         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2333
2334         StdString strTimeUnits ;
2335         if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days) strTimeUnits="days since " ;
2336         else  strTimeUnits="seconds since " ;
2337 
2338         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) field->hasTimeInstant = true;
2339         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) field->hasTimeCentered = true;
2340
2341
2342         if (field->file->time_counter.isEmpty())
2343         {
2344           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2345           if (field->hasTimeCentered)
2346           {
2347             timeCounterType=centered ;
2348             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2349           }
2350           if (field->hasTimeInstant)
2351           {
2352             if (timeCounterType==none) timeCounterType=instant ;
2353             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2354           }
2355         }
2356         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant)
2357         {
2358           if (field->hasTimeCentered)
2359           {
2360             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2361           }
2362           if (field->hasTimeInstant)
2363           {
2364             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2365             timeCounterType=instant ;
2366             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2367           }
2368         }
2369         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered)
2370         {
2371           if (field->hasTimeCentered)
2372           {
2373             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2374             timeCounterType=centered ;
2375             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2376           }
2377           if (field->hasTimeInstant)
2378           {
2379             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2380           }
2381         }
2382         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant_exclusive)
2383         {
2384           if (field->hasTimeCentered)
2385           {
2386             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2387           }
2388           if (field->hasTimeInstant)
2389           {
2390             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2391             timeCounterType=instant ;
2392           }
2393         }
2394         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered_exclusive)
2395         {
2396           if (field->hasTimeCentered)
2397           {
2398             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2399             timeCounterType=centered ;
2400           }
2401           if (field->hasTimeInstant)
2402           {
2403             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2404           }
2405         }
2406         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::exclusive)
2407         {
2408           if (field->hasTimeCentered)
2409           {
2410             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2411             if (timeCounterType==instant) createInstantAxis=true ;
2412             timeCounterType=centered ;
2413           }
2414           if (field->hasTimeInstant)
2415           {
2416             if (timeCounterType==none)
2417             {
2418               createTimeCounterAxis=true ;
2419               timeCounterType=instant ;
2420             }
2421             if (timeCounterType==centered)
2422             {
2423               if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2424             }
2425           }
2426         }
2427         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::none)
2428         {
2429           if (field->hasTimeCentered)
2430           {
2431             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2432           }
2433           if (field->hasTimeInstant)
2434           {
2435             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2436           }
2437         }
2438         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::record)
2439         {
2440           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2441           timeCounterType=record ;
2442           if (field->hasTimeCentered)
2443           {
2444             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2445           }
2446           if (field->hasTimeInstant)
2447           {
2448             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2449           }
2450         }
2451         
2452         if (createInstantAxis)
2453         {
2454           axisId="time_instant" ;
2455           axisBoundId="time_instant_bounds";
2456           hasTimeInstant=true ;
2457         }
2458
2459         if (createCenteredAxis)
2460         {
2461           axisId="time_centered" ;
2462           axisBoundId="time_centered_bounds";
2463           hasTimeCentered=true ;
2464         }
2465
2466         
2467         try
2468         {
2469            std::vector<StdString> dims;
2470           
2471            if (createInstantAxis || createCenteredAxis)
2472            {
2473              // Adding time_instant or time_centered
2474              dims.push_back(timeid);
2475              if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2476              {
2477                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2478
2479                CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2480                StdOStringStream oss2;
2481                StdString strInitdate=oss2.str() ;
2482                StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2483                this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),strTimeUnits+strTimeOrigin,
2484                                              strTimeOrigin, axisBoundId);
2485             }
2486
2487             // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2488             if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2489             {
2490                dims.clear() ;
2491                dims.push_back(timeid);
2492                dims.push_back(timeBoundId);
2493                SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2494             }
2495           }
2496
2497           if (createTimeCounterAxis)
2498           {
2499             // Adding time_counter
2500             axisId = getTimeCounterName();
2501             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2502             dims.clear();
2503             dims.push_back(timeid);
2504             if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2505             {
2506                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2507                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisId);
2508
2509                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2510                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2511                {
2512                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2513                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2514
2515                  this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),
2516                                                strTimeUnits+strTimeOrigin,
2517                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2518                }
2519             }
2520
2521             // Adding time_counter_bound dimension
2522             if (field->file->time_counter.isEmpty() || (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2523             {
2524                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2525                {
2526                  dims.clear();
2527                  dims.push_back(timeid);
2528                  dims.push_back(timeBoundId);
2529                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2530                }
2531             }
2532           }
2533         }
2534         catch (CNetCdfException& e)
2535         {
2536           StdString msg("On writing time axis data: ");
2537           msg.append("In the context : ");
2538           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2539           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2540           msg.append(e.what());
2541           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2542                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2543         }
2544      }
2545
2546      //---------------------------------------------------------------
2547
2548      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2549                                                   const StdString & calendar,
2550                                                   const StdString & units,
2551                                                   const StdString & time_origin,
2552                                                   const StdString & time_bounds,
2553                                                   const StdString & standard_name,
2554                                                   const StdString & long_name)
2555      {
2556         try
2557         {
2558           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2559           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2560           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2561           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2562           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2563           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2564         }
2565         catch (CNetCdfException& e)
2566         {
2567           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2568           msg.append("In the context : ");
2569           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2570           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2571           msg.append(e.what());
2572           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2573                                                          const StdString & calendar,\
2574                                                          const StdString & units, \
2575                                                          const StdString & time_origin, \
2576                                                          const StdString & time_bounds, \
2577                                                          const StdString & standard_name, \
2578                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2579         }
2580      }
2581
2582      //---------------------------------------------------------------
2583
2584      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2585                                               const StdString & axis,
2586                                               const StdString & standard_name,
2587                                               const StdString & long_name,
2588                                               const StdString & units,
2589                                               const StdString & nav_model)
2590      {
2591         try
2592         {
2593          if (!axis.empty())
2594            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2595
2596          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2597          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2598          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2599//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2600         }
2601         catch (CNetCdfException& e)
2602         {
2603           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2604           msg.append("In the context : ");
2605           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2606           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2607           msg.append(e.what());
2608           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2609                                                      const StdString & axis, \
2610                                                      const StdString & standard_name, \
2611                                                      const StdString & long_name, \
2612                                                      const StdString & units, \
2613                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2614         }
2615      }
2616
2617      //---------------------------------------------------------------
2618
2619      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2620         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2621      {
2622        try
2623        {
2624         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2625         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2626         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2627         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2628        }
2629        catch (CNetCdfException& e)
2630        {
2631           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2632           msg.append("In the context : ");
2633           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2634           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2635           msg.append(e.what());
2636           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2637                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2638        }
2639
2640      }
2641
2642      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2643                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2644      {
2645         CArray<int,1> array(2) ;
2646
2647         try
2648         {
2649           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2650           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2651           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2652           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2653           array=ni_glo,nj_glo ;
2654           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2655           array=ni,nj ;
2656           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2657           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2658           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2659           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2660           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2661           array=0,0 ;
2662           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2663           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2664           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2665  /*
2666           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2667           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2668           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2669           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2670  */
2671         }
2672         catch (CNetCdfException& e)
2673         {
2674           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2675           msg.append("In the context : ");
2676           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2677           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2678           msg.append(e.what());
2679           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2680                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2681         }
2682      }
2683      //---------------------------------------------------------------
2684
2685      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2686                                                const StdString & description,
2687                                                const StdString & conventions,
2688                                                const StdString & production,
2689                                                const StdString & timeStamp)
2690      {
2691         try
2692         {
2693           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2694           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2695           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2696           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2697           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2698
2699           StdString timeStampStr ;
2700           if (file->time_stamp_name.isEmpty()) timeStampStr="timeStamp" ;
2701           else timeStampStr=file->time_stamp_name ;
2702           SuperClassWriter::addAttribute(timeStampStr, timeStamp);
2703
2704           StdString uuidName ;
2705           if (file->uuid_name.isEmpty()) uuidName="uuid" ;
2706           else uuidName=file->uuid_name ;
2707
2708           if (file->uuid_format.isEmpty()) SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr());
2709           else SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr(file->uuid_format));
2710         
2711         }
2712         catch (CNetCdfException& e)
2713         {
2714           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2715           msg.append("In the context : ");
2716           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2717           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2718           msg.append(e.what());
2719           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2720                                                const StdString & description, \
2721                                                const StdString & conventions, \
2722                                                const StdString & production, \
2723                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2724         }
2725      }
2726
2727      //---------------------------------------------------------------
2728
2729      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2730                                               int data_dim,
2731                                               int data_ni,
2732                                               int data_nj,
2733                                               int data_ibegin,
2734                                               int data_jbegin)
2735      {
2736         try
2737         {
2738           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2739           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2740           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2741           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2742           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2743         }
2744         catch (CNetCdfException& e)
2745         {
2746           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2747           msg.append("In the context : ");
2748           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2749           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2750           msg.append(e.what());
2751           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2752                                               int data_dim, \
2753                                               int data_ni, \
2754                                               int data_nj, \
2755                                               int data_ibegin, \
2756                                               int data_jbegin)", << msg);
2757         }
2758      }
2759
2760      ///--------------------------------------------------------------
2761
2762      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time, double factorUnit)
2763      {
2764        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2765        if (it == timeToRecordCache.end())
2766        {
2767          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2768          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_centered_bounds";
2769          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2770
2771          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2772          std::vector<StdSize> dimSize(SuperClassWriter::getDimensions(timeAxisBoundsId)) ;
2773         
2774          StdSize record = 0;
2775          double dtime(time);
2776          for (int n = dimSize[0] - 1; n >= 0; n--)
2777          {
2778            SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective, n);
2779            timeAxisBounds*=factorUnit ;
2780            if (timeAxisBounds(1, 0) < dtime)
2781            {
2782              record = n + 1;
2783             break;
2784            }
2785          }
2786          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2787        }
2788         return it->second;
2789      }
2790
2791      ///--------------------------------------------------------------
2792
2793      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2794      {
2795        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2796      }
2797
2798      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2799      {
2800        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2801      }
2802
2803      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2804      {
2805        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2806      }
2807
2808      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2809      {
2810        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2811      }
2812
2813      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2814      {
2815        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2816      }
2817
2818      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2819      {
2820        this->writtenDomains.insert(domainName);
2821      }
2822
2823      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2824      {
2825        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2826      }
2827
2828      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2829      {
2830        this->writtenAxis.insert(axisName);
2831      }
2832
2833      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2834      {
2835        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2836      }
2837
2838      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2839      {
2840        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2841      }
2842} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.