source: XIOS/dev/dev_ym/XIOS_COUPLING/xios_test_suite/TEST_SUITE/step1.py @ 2171

Last change on this file since 2171 was 1944, checked in by yushan, 4 years ago

trunk : modify Jean-Zay job submission account to wuu
File size: 12.8 KB
Line 
1import glob
2import sys
3import subprocess
4import os
5import json
6import itertools
7import copy
8
9param_list =       ["DomMask",    "AxisMask", "Domain", "UseServer2", "NumberClients", "NumberServers", "PctServer2", "Duration", "OneSided", "NonDistTran"]
10param_short_list = ["DomMask",    "AxisMask", "Dom",    "Srv2",       "NbClnt",        "NbSrv",         "PctSrv2",    "Duration", "OneSided", "NDtTr"]
11
12mode=os.getenv("mode")
13arch=os.getenv("arch")
14machine=os.getenv("xios_machine_name")
15svnR=os.getenv("svnR")
16user_acct=os.getenv("user_account")
17
18nb_proc_irene=40 # this must be >= NumberClients+NumberServers for all configs for all test folders
19nb_proc_jz=40 # to run completly in parallel, this must be set to 40 for the moment
20              # otherwise, jobs should be regrouped by test folder. jobs in folder are parallel, folders are sequential
21              # in this case,nb_proc_jz >= sum(NumberClients+NumberServers) for each test folder
22
23def OSinfo(runthis):
24    red = lambda text: '\033[0;31m' + text + '\033[0m'
25    osstdout = subprocess.Popen(runthis, shell=True, stdin=subprocess.PIPE, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT, close_fds=True)
26    theInfo = osstdout.communicate()[0].strip()
27    if osstdout.returncode!=0:
28        print(red(runthis+" FAILED"))
29        print(theInfo)
30        sys.exit()
31
32def product_dict(**kwargs):
33    keys = kwargs.keys()
34    vals = kwargs.values()
35    for instance in itertools.product(*vals):
36        yield dict(zip(keys, instance))
37
38def get_default_param():
39    f=open("default_param.json", 'r')
40    default_param = json.load(f)
41    f.close()
42    l = list(default_param[0].items())
43    l.sort()
44    def_param=dict(l)
45    return def_param
46
47def generate_job(fn, n):
48    if machine=="irene":
49        with open(fn, "w") as fh:
50            fh.write("#!/bin/bash\n")
51            fh.write("#====================================================\n")
52            fh.write("# Generated by step1.py\n")
53            fh.write("# Called by my_run.sh -> run_test -> run_test_irene\n")
54            fh.write("# For Irene\n")
55            fh.write("#====================================================\n")
56            fh.write("#MSUB -r XIOS\n")
57            fh.write("#MSUB -eo\n")
58            fh.write("#MSUB -o client_output.out\n")
59            fh.write("#MSUB -e client_error.out\n")
60            fh.write("#MSUB -c 1\n")
61            fh.write("#MSUB -n "+str(n)+"\n")
62            fh.write("#MSUB -X\n")
63            fh.write("#MSUB -x\n")
64            fh.write("#MSUB -T 1800\n")
65            fh.write("#MSUB -q skylake\n")     
66            fh.write("#MSUB -A "+user_acct+"\n")
67            fh.write("#MSUB -Q test\n")
68            fh.write("#MSUB -m work,scratch\n")
69            fh.write("cp ../../build_"+arch+"_"+mode+"/bin/generic_testcase.exe ./\n")
70            fh.write("source ../../build_"+arch+"_"+mode+"/arch.env\n")
71            fh.write("ccc_mprun -n "+str(n)+" generic_testcase.exe\n")
72
73    if machine=="jeanzay":
74        with open(fn, "w") as fh:
75            fh.write("#!/bin/bash\n")
76            fh.write("#====================================================\n")
77            fh.write("# Generated by step1.py\n")
78            fh.write("# Called by my_run.sh -> run_test -> run_test_jeanzay\n")
79            fh.write("# For Jean-Zay\n")
80            fh.write("#====================================================\n")
81            fh.write("#SBATCH --ntasks="+str(n)+"\n")
82            fh.write("#SBATCH --hint=nomultithread\n")
83            fh.write("#SBATCH -o output.out\n")
84            fh.write("#SBATCH -e error.out\n")
85            fh.write("#SBATCH -t 00:10:00\n")
86            fh.write("#SBATCH --account="+user_acct+"\n")
87            fh.write("ulimit -c 0\n")
88            fh.write("cd ${SLURM_SUBMIT_DIR}\n")
89            fh.write("cp ../../build_"+arch+"_"+mode+"/bin/generic_testcase.exe ./\n")
90            fh.write("source ../../build_"+arch+"_"+mode+"/arch.env\n")
91            fh.write("source $I_MPI_ROOT/intel64/bin/mpivars.sh release_mt\n")
92            fh.write("srun generic_testcase.exe")
93
94
95def update_full_job(location, n):
96    global my_counter
97    if machine=="irene":
98        with open("full_job_"+arch+"_"+mode+".sh", "a") as fh:
99            fh.write("\ncd ${location}/"+location+"; ccc_mprun -E \'--exclusive\' -n "+str(n)+" generic_testcase.exe > output_"+arch+"_"+mode+".out 2> error_"+arch+"_"+mode+".out &\n")
100            fh.write("PIDS+=($!)\n")
101            fh.write("CONFIGS+=("+location+")\n")
102    if machine=="jeanzay":
103        with open("full_job_"+arch+"_"+mode+".sh", "a") as fh:
104            fh.write("\ncd ${location}/"+location+"; srun --exclusive -n "+str(n)+" generic_testcase.exe > output_"+arch+"_"+mode+".out 2> error_"+arch+"_"+mode+".out &\n")
105
106def main():
107
108    if machine=="irene":
109        with open("full_job_"+arch+"_"+mode+".sh", "w") as fh:
110            fh.write("#!/bin/bash\n")
111            fh.write("#====================================================\n")
112            fh.write("# Generated by step1.py\n")
113            fh.write("# Called by my_run.sh -> run_test -> run_test_irene\n")
114            fh.write("#====================================================\n")
115            fh.write("#MSUB -r XIOS_rev"+svnR+"\n")
116            fh.write("#MSUB -eo\n")
117            fh.write("#MSUB -o output_"+arch+"_"+mode+".out\n")
118            fh.write("#MSUB -e error_"+arch+"_"+mode+".err\n")
119            fh.write("#MSUB -c 1\n")
120            fh.write("#MSUB -n "+str(nb_proc_irene)+"\n")
121            fh.write("#MSUB -X\n")
122            fh.write("#MSUB -x\n")
123            fh.write("#MSUB -T 1800\n")
124            fh.write("#MSUB -q skylake\n")     
125            fh.write("#MSUB -A "+user_acct+"\n")
126            fh.write("#MSUB -Q test\n")
127            fh.write("#MSUB -m work,scratch\n")
128            fh.write("export location="+os.getcwd()+"\n")
129            fh.write("export log_location="+os.getcwd()+"\n")
130            fh.write("source build_"+arch+"_"+mode+"/arch.env\n")
131            fh.write("echo \"parallel launch arch="+arch+" mode="+mode+"\" >> ${log_location}/Log.txt\n")
132            fh.write("date >> ${log_location}/Log.txt\n")
133     
134    if machine=="jeanzay":
135        with open("full_job_"+arch+"_"+mode+".sh", "w") as fh:
136            fh.write("#!/bin/bash\n")
137            fh.write("#====================================================\n")
138            fh.write("# Generated by step1.py\n")
139            fh.write("# Called by my_run.sh -> run_test -> run_test_jeanzay\n")
140            fh.write("#====================================================\n")
141            fh.write("#SBATCH --ntasks="+str(nb_proc_jz)+"\n")
142            fh.write("#SBATCH -o output_"+arch+"_"+mode+".out\n")
143            fh.write("#SBATCH -e error_"+arch+"_"+mode+".out\n")
144            fh.write("#SBATCH --hint=nomultithread\n")
145            fh.write("#SBATCH -t 00:10:00\n")
146            fh.write("#SBATCH --account="+user_acct+"\n")
147            fh.write("#SBATCH --job-name=XIOS_rev"+svnR+"\n")
148            fh.write("ulimit -c 0\n")
149            fh.write("cd ${SLURM_SUBMIT_DIR}\n")
150            fh.write("source build_"+arch+"_"+mode+"/arch.env\n")
151            fh.write("source $I_MPI_ROOT/intel64/bin/mpivars.sh release_mt\n")
152            fh.write("export location="+os.getcwd()+"\n")
153            fh.write("export log_location="+os.getcwd()+"\n")
154            fh.write("echo \"parallel launch arch="+arch+" mode="+mode+"\" >> ${log_location}/Log.txt\n")
155            fh.write("date >> ${log_location}/Log.txt\n")
156
157
158
159    test_folder_list = glob.glob('test_*')
160    #all_config=dict()
161
162    default_param = get_default_param()
163    #print(default_param)
164
165    for test_folder in test_folder_list:
166        config_list=[]
167        config_name=[]
168        with open(test_folder+"/user_param.json", "r") as f:
169            config_dict = json.load(f)
170
171        for i in range(len(config_dict)):
172            config_list.extend(list(product_dict(**config_dict[i])))
173            #print(config_list)
174        for i in range(len(config_list)):
175            # print(config_list[i])
176            keylist = list(config_list[i].keys())
177            # print(keylist)
178            full_config = copy.deepcopy(default_param)
179            for j in range(len(keylist)):
180                full_config[ keylist[j] ] = config_list[i][keylist[j]]
181
182            #print(full_config)
183            mystr = str(full_config)
184            mystr = mystr.replace("{", "")
185            mystr = mystr.replace("}", "")
186            mystr = mystr.replace("[", "")
187            mystr = mystr.replace("]", "")
188            mystr = mystr.replace(",", "")
189            mystr = mystr.replace(":", "")
190            mystr = mystr.replace("u'", "")
191            mystr = mystr.replace("b'", "")
192            mystr = mystr.replace("'", "")
193            mystr = mystr.replace(" ", "_")
194            for j in range(len(param_list)):
195                mystr = mystr.replace(param_list[j], param_short_list[j])
196            if not mystr in config_name:
197                config_name.append(mystr)
198            #print(mystr)
199            OSinfo("mkdir -p "+test_folder+"/CONFIG_"+mystr)
200            OSinfo("cp build_"+arch+"_"+mode+"/bin/generic_testcase.exe "+test_folder+"/CONFIG_"+mystr)
201            OSinfo("cp iodef.xml "+test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/iodef.xml.tmp")
202            OSinfo("cp "+test_folder+"/context_atm.xml "+test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/context_atm.xml.tmp")
203
204            with open(test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/iodef.xml.tmp", "r") as f:
205                lines = f.readlines()
206                for i in range(len(lines)):
207                    if "XIOS::" in lines[i]:
208                        config_keys = list(full_config.keys())
209                        for idx in range(len(config_keys)):
210                            lines[i] = lines[i].replace("XIOS::"+config_keys[idx], str(full_config[config_keys[idx]]))
211                with open(test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/iodef.xml", "w") as g:
212                    for line in lines:
213                        g.write(line)
214
215            with open(test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/context_atm.xml.tmp", "r") as f:
216                lines = f.readlines()
217                for i in range(len(lines)):
218                    if "XIOS::" in lines[i]:
219                        config_keys = list(full_config.keys())
220                        for idx in range(len(config_keys)):
221                            lines[i] = lines[i].replace("XIOS::"+config_keys[idx], str(full_config[config_keys[idx]]))
222                with open(test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/context_atm.xml", "w") as g:
223                    for line in lines:
224                        g.write(line)
225
226
227            OSinfo("rm -f "+test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/iodef.xml.tmp")
228            OSinfo("rm -f "+test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/context_atm.xml.tmp")
229            OSinfo("cp context_grid_dynamico.xml "+test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/")
230            OSinfo("cp dynamico_grid.nc "+test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/")
231            OSinfo("cp "+test_folder+"/checkfile.def "+test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/")
232            with open(test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/param.def", "w") as fh:
233                fh.write("&params_run\n")
234                fh.write("duration=\'"+full_config["Duration"]+"\'\n")
235                fh.write("nb_proc_atm="+str(full_config["NumberClients"])+"\n")
236                fh.write("/\n")
237            with open(test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/all_param.def", "w") as fh:
238                fh.write("&params_run\n")
239                for param in param_list:
240                    fh.write(param+"="+str(full_config[param])+"\n")
241                fh.write("/\n")
242
243            generate_job(test_folder+"/CONFIG_"+mystr+"/job_"+arch+"_"+mode+".sh", full_config['NumberClients']+full_config['NumberServers'])
244            update_full_job(test_folder+"/CONFIG_"+mystr, full_config['NumberClients']+full_config['NumberServers'])
245
246        #if machine=="jeanzay":
247        #    with open("full_job_"+arch+"_"+mode+".sh", "a") as fh:
248        #        fh.write("wait\nwait\n")
249        #        fh.write("echo \"tests in "+test_folder+" finished\"\n")
250        #all_config[test_folder] = config_name
251 
252
253    if machine=="irene":
254        with open("full_job_"+arch+"_"+mode+".sh", "a") as fh:
255            #fh.write("\nfor pid in ${PIDS[@]}; do\n")
256            #fh.write("wait ${pid}\n")
257            #fh.write("STATUS+=($?)\ndone\n")
258            #fh.write("\ni=0\n")
259            #fh.write("#for st in ${STATUS[@]}; do\n")
260            #fh.write("#if [[ ${st} -ne 0 ]]; then\n")
261            #fh.write("#echo \"${CONFIGS[${i}]} -1\" >> ${location}/plain_report.txt\n")
262            #fh.write("#else\n")
263            #fh.write("#echo \"${CONFIGS[${i}]} 1\" >> ${location}/plain_report.txt\n")
264            #fh.write("#fi\n")
265            #fh.write("#((i+=1))\n")
266            #fh.write("#done\n\n")
267            fh.write("wait\nwait\n")
268            fh.write("date >> ${log_location}/Log.txt\n")
269    if machine=="jeanzay":
270        with open("full_job_"+arch+"_"+mode+".sh", "a") as fh:
271            fh.write("wait\nwait\n")
272            fh.write("date >> ${log_location}/Log.txt\n")
273
274
275if __name__== "__main__":
276  main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.