source: XIOS/trunk/src/node/field.cpp @ 742

Last change on this file since 742 was 742, checked in by mhnguyen, 9 years ago

Implement direct transformation with domain_ref and axis_ref

+) Add a new case in which transformations among fields can be done via domain_ref and axis_ref (not only grid_ref)
+) Fix a minor bug relating to baseFieldReference

Test
+) On Curie
+) all standard tests (client, complete) pass
+) test_remap pass and the results are correct

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 34.2 KB
Line 
1#include "field.hpp"
2
3#include "attribute_template.hpp"
4#include "object_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "node_type.hpp"
8#include "calendar_util.hpp"
9#include "message.hpp"
10#include "xios_spl.hpp"
11#include "type.hpp"
12#include "timer.hpp"
13#include "context_client.hpp"
14#include "context_server.hpp"
15#include <set>
16#include "garbage_collector.hpp"
17#include "source_filter.hpp"
18#include "store_filter.hpp"
19#include "file_writer_filter.hpp"
20#include "pass_through_filter.hpp"
21#include "filter_expr_node.hpp"
22#include "lex_parser.hpp"
23#include "temporal_filter.hpp"
24#include "spatial_transform_filter.hpp"
25
26namespace xios{
27
28   /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
29
30   CField::CField(void)
31      : CObjectTemplate<CField>(), CFieldAttributes()
32      , refObject(), baseRefObject()
33      , grid(), file()
34      , written(false)
35      , nstep(0), nstepMax(0)
36      , hasOutputFile(false)
37      , domAxisIds_("", ""), areAllReferenceSolved(false)
38      , useCompressedOutput(false)
39      , isReadDataRequestPending(false)
40   { setVirtualVariableGroup(); }
41
42   CField::CField(const StdString& id)
43      : CObjectTemplate<CField>(id), CFieldAttributes()
44      , refObject(), baseRefObject()
45      , grid(), file()
46      , written(false)
47      , nstep(0), nstepMax(0)
48      , hasOutputFile(false)
49      , domAxisIds_("", ""), areAllReferenceSolved(false)
50      , useCompressedOutput(false)
51      , isReadDataRequestPending(false)
52   { setVirtualVariableGroup(); }
53
54   CField::~CField(void)
55   {}
56
57  //----------------------------------------------------------------
58
59   void CField::setVirtualVariableGroup(CVariableGroup* newVVariableGroup)
60   {
61      this->vVariableGroup = newVVariableGroup;
62   }
63
64   void CField::setVirtualVariableGroup(void)
65   {
66      this->setVirtualVariableGroup(CVariableGroup::create());
67   }
68
69   CVariableGroup* CField::getVirtualVariableGroup(void) const
70   {
71      return this->vVariableGroup;
72   }
73
74
75   std::vector<CVariable*> CField::getAllVariables(void) const
76   {
77      return this->vVariableGroup->getAllChildren();
78   }
79
80   void CField::solveDescInheritance(bool apply, const CAttributeMap* const parent)
81   {
82      SuperClassAttribute::setAttributes(parent, apply);
83      this->getVirtualVariableGroup()->solveDescInheritance(apply, NULL);
84   }
85
86  //----------------------------------------------------------------
87
88  bool CField::dispatchEvent(CEventServer& event)
89  {
90    if (SuperClass::dispatchEvent(event)) return true;
91    else
92    {
93      switch(event.type)
94      {
95        case EVENT_ID_UPDATE_DATA :
96          recvUpdateData(event);
97          return true;
98          break;
99
100        case EVENT_ID_READ_DATA :
101          recvReadDataRequest(event);
102          return true;
103          break;
104
105        case EVENT_ID_READ_DATA_READY :
106          recvReadDataReady(event);
107          return true;
108          break;
109
110        case EVENT_ID_ADD_VARIABLE :
111          recvAddVariable(event);
112          return true;
113          break;
114
115        case EVENT_ID_ADD_VARIABLE_GROUP :
116          recvAddVariableGroup(event);
117          return true;
118          break;
119
120        default :
121          ERROR("bool CField::dispatchEvent(CEventServer& event)", << "Unknown Event");
122          return false;
123      }
124    }
125  }
126
127  void CField::sendUpdateData(const CArray<double,1>& data)
128  {
129    CTimer::get("XIOS Send Data").resume();
130
131    CContext* context = CContext::getCurrent();
132    CContextClient* client = context->client;
133
134    CEventClient event(getType(), EVENT_ID_UPDATE_DATA);
135
136    map<int, CArray<int,1> >::iterator it;
137    list<CMessage> list_msg;
138    list<CArray<double,1> > list_data;
139
140    if (!grid->doGridHaveDataDistributed())
141    {
142       if (0 == client->clientRank)
143       {
144          for (it = grid->storeIndex_toSrv.begin(); it != grid->storeIndex_toSrv.end(); it++)
145          {
146            int rank = it->first;
147            CArray<int,1>& index = it->second;
148
149            list_msg.push_back(CMessage());
150            list_data.push_back(CArray<double,1>(index.numElements()));
151
152            CArray<double,1>& data_tmp = list_data.back();
153            for (int n = 0; n < data_tmp.numElements(); n++) data_tmp(n) = data(index(n));
154
155            list_msg.back() << getId() << data_tmp;
156            event.push(rank, 1, list_msg.back());
157          }
158          client->sendEvent(event);
159       } else client->sendEvent(event);
160    }
161    else
162    {
163      for (it = grid->storeIndex_toSrv.begin(); it != grid->storeIndex_toSrv.end(); it++)
164      {
165        int rank = it->first;
166        CArray<int,1>& index = it->second;
167
168        list_msg.push_back(CMessage());
169        list_data.push_back(CArray<double,1>(index.numElements()));
170
171        CArray<double,1>& data_tmp = list_data.back();
172        for (int n = 0; n < data_tmp.numElements(); n++) data_tmp(n) = data(index(n));
173
174        list_msg.back() << getId() << data_tmp;
175        event.push(rank, grid->nbSenders[rank], list_msg.back());
176      }
177      client->sendEvent(event);
178    }
179
180    CTimer::get("XIOS Send Data").suspend();
181  }
182
183  void CField::recvUpdateData(CEventServer& event)
184  {
185    vector<int> ranks;
186    vector<CBufferIn*> buffers;
187
188    list<CEventServer::SSubEvent>::iterator it;
189    string fieldId;
190
191    for (it = event.subEvents.begin(); it != event.subEvents.end(); ++it)
192    {
193      int rank = it->rank;
194      CBufferIn* buffer = it->buffer;
195      *buffer >> fieldId;
196      ranks.push_back(rank);
197      buffers.push_back(buffer);
198    }
199    get(fieldId)->recvUpdateData(ranks,buffers);
200  }
201
202  void  CField::recvUpdateData(vector<int>& ranks, vector<CBufferIn*>& buffers)
203  {
204    if (data_srv.empty())
205    {
206      for (map<int, CArray<size_t, 1> >::iterator it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
207      {
208        int rank = it->first;
209        data_srv.insert(std::make_pair(rank, CArray<double,1>(it->second.numElements())));
210        foperation_srv.insert(pair<int,boost::shared_ptr<func::CFunctor> >(rank,boost::shared_ptr<func::CFunctor>(new func::CInstant(data_srv[rank]))));
211      }
212    }
213
214    CContext* context = CContext::getCurrent();
215    const CDate& currDate = context->getCalendar()->getCurrentDate();
216    const CDate opeDate      = last_operation_srv + freq_operation_srv;
217    const CDate writeDate    = last_Write_srv     + freq_write_srv;
218
219    if (opeDate <= currDate)
220    {
221      for (int n = 0; n < ranks.size(); n++)
222      {
223        CArray<double,1> data_tmp;
224        *buffers[n] >> data_tmp;
225        (*foperation_srv[ranks[n]])(data_tmp);
226      }
227      last_operation_srv = currDate;
228    }
229
230    if (writeDate < (currDate + freq_operation_srv))
231    {
232      for (int n = 0; n < ranks.size(); n++)
233      {
234        this->foperation_srv[ranks[n]]->final();
235      }
236
237      last_Write_srv = writeDate;
238      writeField();
239      lastlast_Write_srv = last_Write_srv;
240    }
241  }
242
243  void CField::writeField(void)
244  {
245    if (!getRelFile()->allDomainEmpty)
246    {
247      if (grid->doGridHaveDataToWrite() || getRelFile()->type == CFile::type_attr::one_file)
248      {
249        getRelFile()->checkFile();
250        this->incrementNStep();
251        getRelFile()->getDataOutput()->writeFieldData(CField::get(this));
252      }
253    }
254  }
255
256  void CField::sendReadDataRequest(void)
257  {
258    CContext* context = CContext::getCurrent();
259    CContextClient* client = context->client;
260
261    lastDataRequestedFromServer = context->getCalendar()->getCurrentDate();
262    isReadDataRequestPending = true;
263
264    CEventClient event(getType(), EVENT_ID_READ_DATA);
265    if (client->isServerLeader())
266    {
267      CMessage msg;
268      msg << getId();
269      const std::list<int>& ranks = client->getRanksServerLeader();
270      for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank)
271        event.push(*itRank, 1, msg);
272      client->sendEvent(event);
273    }
274    else client->sendEvent(event);
275  }
276
277  /*!
278  Send request new data read from file if need be, that is the current data is out-of-date.
279  \return true if and only if some data was requested
280  */
281  bool CField::sendReadDataRequestIfNeeded(void)
282  {
283    const CDate& currentDate = CContext::getCurrent()->getCalendar()->getCurrentDate();
284
285    bool requestData = (currentDate >= lastDataRequestedFromServer + file->output_freq.getValue());
286
287    if (requestData)
288      sendReadDataRequest();
289
290    return requestData;
291  }
292
293  void CField::recvReadDataRequest(CEventServer& event)
294  {
295    CBufferIn* buffer = event.subEvents.begin()->buffer;
296    StdString fieldId;
297    *buffer >> fieldId;
298    get(fieldId)->recvReadDataRequest();
299  }
300
301  void CField::recvReadDataRequest(void)
302  {
303    CContext* context = CContext::getCurrent();
304    CContextClient* client = context->client;
305
306    CEventClient event(getType(), EVENT_ID_READ_DATA_READY);
307    std::list<CMessage> msgs;
308
309    bool hasData = readField();
310
311    map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
312    for (it = data_srv.begin(); it != data_srv.end(); it++)
313    {
314      msgs.push_back(CMessage());
315      CMessage& msg = msgs.back();
316      msg << getId();
317      if (hasData)
318        msg << getNStep() - 1 << it->second;
319      else
320        msg << size_t(-1);
321      event.push(it->first, grid->nbSenders[it->first], msg);
322    }
323    client->sendEvent(event);
324  }
325
326  bool CField::readField(void)
327  {
328    if (!getRelFile()->allDomainEmpty)
329    {
330      if (grid->doGridHaveDataToWrite() || getRelFile()->type == CFile::type_attr::one_file)
331      {
332        if (data_srv.empty())
333        {
334          for (map<int, CArray<size_t, 1> >::iterator it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
335            data_srv.insert(std::make_pair(it->first, CArray<double,1>(it->second.numElements())));
336        }
337
338        getRelFile()->checkFile();
339        this->incrementNStep();
340
341        if (!nstepMax)
342        {
343          nstepMax = getRelFile()->getDataInput()->getFieldNbRecords(CField::get(this));
344        }
345
346        if (getNStep() > nstepMax)
347          return false;
348
349        getRelFile()->getDataInput()->readFieldData(CField::get(this));
350      }
351    }
352
353    return true;
354  }
355
356  void CField::recvReadDataReady(CEventServer& event)
357  {
358    string fieldId;
359    vector<int> ranks;
360    vector<CBufferIn*> buffers;
361
362    list<CEventServer::SSubEvent>::iterator it;
363    for (it = event.subEvents.begin(); it != event.subEvents.end(); ++it)
364    {
365      ranks.push_back(it->rank);
366      CBufferIn* buffer = it->buffer;
367      *buffer >> fieldId;
368      buffers.push_back(buffer);
369    }
370    get(fieldId)->recvReadDataReady(ranks, buffers);
371  }
372
373  void CField::recvReadDataReady(vector<int> ranks, vector<CBufferIn*> buffers)
374  {
375    CContext* context = CContext::getCurrent();
376    StdSize record;
377    std::map<int, CArray<double,1> > data;
378
379    bool isEOF = false;
380
381    for (int i = 0; i < ranks.size(); i++)
382    {
383      int rank = ranks[i];
384      *buffers[i] >> record;
385      isEOF = (record == size_t(-1));
386
387      if (!isEOF)
388        *buffers[i] >> data[rank];
389      else
390        break;
391    }
392
393    if (isEOF)
394      serverSourceFilter->signalEndOfStream(lastDataRequestedFromServer);
395    else
396      serverSourceFilter->streamDataFromServer(lastDataRequestedFromServer, data);
397
398    isReadDataRequestPending = false;
399  }
400
401   //----------------------------------------------------------------
402
403   void CField::setRelFile(CFile* _file)
404   {
405      this->file = _file;
406      hasOutputFile = true;
407   }
408
409   //----------------------------------------------------------------
410
411   StdString CField::GetName(void)    { return StdString("field"); }
412   StdString CField::GetDefName(void) { return CField::GetName(); }
413   ENodeType CField::GetType(void)    { return eField; }
414
415   //----------------------------------------------------------------
416
417   CGrid* CField::getRelGrid(void) const
418   {
419      return this->grid;
420   }
421
422   //----------------------------------------------------------------
423
424   CFile* CField::getRelFile(void) const
425   {
426      return this->file;
427   }
428
429   StdSize CField::getNStep(void) const
430   {
431      return this->nstep;
432   }
433
434   func::CFunctor::ETimeType CField::getOperationTimeType() const
435   {
436     return operationTimeType;
437   }
438
439   //----------------------------------------------------------------
440
441   void CField::incrementNStep(void)
442   {
443      this->nstep++;
444   }
445
446   void CField::resetNStep(StdSize nstep /*= 0*/)
447   {
448      this->nstep = nstep;
449   }
450
451   void CField::resetNStepMax(void)
452   {
453      this->nstepMax = 0;
454   }
455
456   //----------------------------------------------------------------
457
458   bool CField::isActive(void) const
459   {
460      return !this->refObject.empty();
461   }
462
463   //----------------------------------------------------------------
464
465   bool CField::wasWritten() const
466   {
467     return written;
468   }
469
470   void CField::setWritten()
471   {
472     written = true;
473   }
474
475   //----------------------------------------------------------------
476
477   bool CField::getUseCompressedOutput() const
478   {
479     return useCompressedOutput;
480   }
481
482   void CField::setUseCompressedOutput()
483   {
484     useCompressedOutput = true;
485   }
486
487   //----------------------------------------------------------------
488
489   boost::shared_ptr<COutputPin> CField::getInstantDataFilter()
490   {
491     return instantDataFilter;
492   }
493
494   //----------------------------------------------------------------
495
496   void CField::solveAllReferenceEnabledField(bool doSending2Sever)
497   {
498     CContext* context = CContext::getCurrent();
499     if (!areAllReferenceSolved)
500     {
501        areAllReferenceSolved = true;
502
503        if (context->hasClient)
504        {
505          solveRefInheritance(true);
506          solveBaseReference();
507          if (hasDirectFieldReference()) getDirectFieldReference()->solveAllReferenceEnabledField(false);
508        }
509        else if (context->hasServer)
510          solveServerOperation();
511
512        solveGridReference();
513     }
514     if (context->hasClient)
515     {
516       solveGenerateGrid();
517     }
518
519     solveGridDomainAxisRef(doSending2Sever);
520
521     if (context->hasClient)
522     {
523       solveTransformedGrid();
524     }
525
526     solveCheckMaskIndex(doSending2Sever);
527   }
528
529   std::map<int, StdSize> CField::getGridAttributesBufferSize()
530   {
531     return grid->getAttributesBufferSize();
532   }
533
534   std::map<int, StdSize> CField::getGridDataBufferSize()
535   {
536     return grid->getDataBufferSize(getId());
537   }
538
539   //----------------------------------------------------------------
540
541   void CField::solveServerOperation(void)
542   {
543      CContext* context = CContext::getCurrent();
544
545      if (!context->hasServer || !hasOutputFile) return;
546
547      if (freq_op.isEmpty())
548        freq_op.setValue(TimeStep);
549
550      if (freq_offset.isEmpty())
551        freq_offset.setValue(NoneDu);
552
553      freq_operation_srv = file->output_freq.getValue();
554      freq_write_srv     = file->output_freq.getValue();
555
556      lastlast_Write_srv = context->getCalendar()->getInitDate();
557      last_Write_srv     = context->getCalendar()->getInitDate();
558      last_operation_srv = context->getCalendar()->getInitDate();
559
560      const CDuration toffset = freq_operation_srv - freq_offset.getValue() - context->getCalendar()->getTimeStep();
561      last_operation_srv     = last_operation_srv - toffset;
562
563      if (operation.isEmpty())
564        ERROR("void CField::solveServerOperation(void)",
565              << "An operation must be defined for field \"" << getId() << "\".");
566
567      boost::shared_ptr<func::CFunctor> functor;
568      CArray<double, 1> dummyData;
569
570#define DECLARE_FUNCTOR(MType, mtype) \
571      if (operation.getValue().compare(#mtype) == 0) \
572      { \
573        functor.reset(new func::C##MType(dummyData)); \
574      }
575
576#include "functor_type.conf"
577
578      if (!functor)
579        ERROR("void CField::solveServerOperation(void)",
580              << "\"" << operation << "\" is not a valid operation.");
581
582      operationTimeType = functor->timeType();
583   }
584
585   //----------------------------------------------------------------
586
587   /*!
588    * Constructs the graph filter for the field, enabling or not the data output.
589    * This method should not be called more than once with enableOutput equal to true.
590    *
591    * \param gc the garbage collector to use when building the filter graph
592    * \param enableOutput must be true when the field data is to be
593    *                     read by the client or/and written to a file
594    */
595   void CField::buildFilterGraph(CGarbageCollector& gc, bool enableOutput)
596   {
597     if (!areAllReferenceSolved) solveAllReferenceEnabledField(false);
598
599     // Start by building a filter which can provide the field's instant data
600     if (!instantDataFilter)
601     {
602       // Check if we have an expression to parse
603       if (!content.empty())
604       {
605         boost::scoped_ptr<IFilterExprNode> expr(parseExpr(content + '\0'));
606         instantDataFilter = expr->reduce(gc, *this);
607       }
608       // Check if we have a reference on another field
609       else if (!field_ref.isEmpty())
610         instantDataFilter = getFieldReference(gc);
611       // Check if the data is to be read from a file
612       else if (file && !file->mode.isEmpty() && file->mode == CFile::mode_attr::read)
613         instantDataFilter = serverSourceFilter = boost::shared_ptr<CSourceFilter>(new CSourceFilter(grid));
614       else // The data might be passed from the model
615         instantDataFilter = clientSourceFilter = boost::shared_ptr<CSourceFilter>(new CSourceFilter(grid));
616     }
617
618     // If the field data is to be read by the client or/and written to a file
619     if (enableOutput && !storeFilter && !fileWriterFilter)
620     {
621       if (!read_access.isEmpty() && read_access)
622       {
623         storeFilter = boost::shared_ptr<CStoreFilter>(new CStoreFilter(gc, CContext::getCurrent(), grid));
624         instantDataFilter->connectOutput(storeFilter, 0);
625       }
626
627       if (file && (file->mode.isEmpty() || file->mode == CFile::mode_attr::write))
628       {
629         fileWriterFilter = boost::shared_ptr<CFileWriterFilter>(new CFileWriterFilter(gc, this));
630         getTemporalDataFilter(gc, file->output_freq)->connectOutput(fileWriterFilter, 0);
631       }
632     }
633   }
634
635   /*!
636    * Returns the filter needed to handle the field reference.
637    * This method should only be called when building the filter graph corresponding to the field.
638    *
639    * \param gc the garbage collector to use
640    * \return the output pin corresponding to the field reference
641    */
642   boost::shared_ptr<COutputPin> CField::getFieldReference(CGarbageCollector& gc)
643   {
644     if (instantDataFilter || field_ref.isEmpty())
645       ERROR("COutputPin* CField::getFieldReference(CGarbageCollector& gc)",
646             "Impossible to get the field reference for a field which has already been parsed or which does not have a field_ref.");
647
648     CField* fieldRef = CField::get(field_ref);
649     fieldRef->buildFilterGraph(gc, false);
650
651     std::pair<boost::shared_ptr<CFilter>, boost::shared_ptr<CFilter> > filters;
652     // Check if a spatial transformation is needed
653     if (!grid_ref.isEmpty() && !fieldRef->grid_ref.isEmpty() && grid_ref.getValue() != fieldRef->grid_ref.getValue())
654       filters = CSpatialTransformFilter::buildFilterGraph(gc, fieldRef->grid, grid);
655     else
656       filters.first = filters.second = boost::shared_ptr<CFilter>(new CPassThroughFilter(gc));
657
658     fieldRef->getInstantDataFilter()->connectOutput(filters.first, 0);
659
660     return filters.second;
661   }
662
663   /*!
664    * Returns the filter needed to handle a self reference in the field's expression.
665    * If the needed filter does not exist, it is created, otherwise it is reused.
666    * This method should only be called when building the filter graph corresponding
667    * to the field's expression.
668    *
669    * \param gc the garbage collector to use
670    * \return the output pin corresponding to a self reference
671    */
672   boost::shared_ptr<COutputPin> CField::getSelfReference(CGarbageCollector& gc)
673   {
674     if (instantDataFilter || content.empty())
675       ERROR("COutputPin* CField::getSelfReference(CGarbageCollector& gc)",
676             "Impossible to add a self reference to a field which has already been parsed or which does not have an expression.");
677
678     if (!selfReferenceFilter)
679     {
680       if (file && !file->mode.isEmpty() && file->mode == CFile::mode_attr::read)
681       {
682         if (!serverSourceFilter)
683           serverSourceFilter = boost::shared_ptr<CSourceFilter>(new CSourceFilter(grid));
684
685         selfReferenceFilter = serverSourceFilter;
686       }
687       else if (!field_ref.isEmpty())
688         selfReferenceFilter = getFieldReference(gc);
689       else
690       {
691         if (!clientSourceFilter)
692           clientSourceFilter = boost::shared_ptr<CSourceFilter>(new CSourceFilter(grid));
693
694         selfReferenceFilter = clientSourceFilter;
695       }
696     }
697
698     return selfReferenceFilter;
699   }
700
701   /*!
702    * Returns the temporal filter corresponding to the field's temporal operation
703    * for the specified operation frequency. The filter is created if it does not
704    * exist, otherwise it is reused.
705    *
706    * \param gc the garbage collector to use
707    * \param outFreq the operation frequency, i.e. the frequency at which the output data will be computed
708    * \return the output pin corresponding to the requested temporal filter
709    */
710   boost::shared_ptr<COutputPin> CField::getTemporalDataFilter(CGarbageCollector& gc, CDuration outFreq)
711   {
712     std::map<CDuration, boost::shared_ptr<COutputPin> >::iterator it = temporalDataFilters.find(outFreq);
713
714     if (it == temporalDataFilters.end())
715     {
716       if (operation.isEmpty())
717         ERROR("void CField::getTemporalDataFilter(CGarbageCollector& gc, CDuration outFreq)",
718               << "An operation must be defined for field \"" << getId() << "\".");
719
720       if (freq_op.isEmpty())
721         freq_op.setValue(TimeStep);
722       if (freq_offset.isEmpty())
723         freq_offset.setValue(NoneDu);
724
725       const bool ignoreMissingValue = (!detect_missing_value.isEmpty() && !default_value.isEmpty() && detect_missing_value == true);
726
727       boost::shared_ptr<CTemporalFilter> temporalFilter(new CTemporalFilter(gc, operation,
728                                                                             CContext::getCurrent()->getCalendar()->getInitDate(),
729                                                                             freq_op, freq_offset, outFreq,
730                                                                             ignoreMissingValue, ignoreMissingValue ? default_value : 0.0));
731       instantDataFilter->connectOutput(temporalFilter, 0);
732
733       it = temporalDataFilters.insert(std::make_pair(outFreq, temporalFilter)).first;
734     }
735
736     return it->second;
737   }
738
739   //----------------------------------------------------------------
740/*
741   void CField::fromBinary(StdIStream& is)
742   {
743      SuperClass::fromBinary(is);
744#define CLEAR_ATT(name_)\
745      SuperClassAttribute::operator[](#name_)->reset()
746
747         CLEAR_ATT(domain_ref);
748         CLEAR_ATT(axis_ref);
749#undef CLEAR_ATT
750
751   }
752*/
753   //----------------------------------------------------------------
754
755   void CField::solveGridReference(void)
756   {
757      if (grid_ref.isEmpty() && domain_ref.isEmpty() && axis_ref.isEmpty())
758      {
759        ERROR("CField::solveGridReference(void)",
760              << "At least one dimension must be defined for this field.");
761      }
762
763      CDomain* domain;
764      CAxis* axis;
765      std::vector<CDomain*> vecDom;
766      std::vector<CAxis*> vecAxis;
767      std::vector<std::string> domList, axisList;
768
769      // In some cases, domain_ref, axis_ref and grid_ref don't come from the current field but from his direct field_ref
770      // To make sure to use the correct *_ref, we need to compare these values to direct field_ref's
771      CField* baseFieldRef = this->getBaseFieldReference();
772      bool hasDomainFromFieldRef = false;
773      bool hasAxisFromFieldRef = false;
774      bool hasGridFromFieldRef = false;
775
776      if (!domain_ref.isEmpty())
777      {
778         if (0 != baseFieldRef)
779         {
780           if ((!baseFieldRef->domain_ref.isEmpty()) && (baseFieldRef->domain_ref.getValue() == domain_ref.getValue()))
781            hasDomainFromFieldRef = true;
782         }
783
784         if (CDomain::has(domain_ref.getValue()))
785         {
786           domain = CDomain::get(domain_ref.getValue());
787           // It's a direct reference, so we use this ref as its name
788           domain->name.setValue(domain_ref.getValue());
789
790           vecDom.push_back(domain);
791         }
792         else
793            ERROR("CField::solveGridReference(void)",
794                  << "Reference to the domain \'"
795                  << domain_ref.getValue() << "\' is wrong");
796      }
797
798      if (!axis_ref.isEmpty())
799      {
800         if (0 != baseFieldRef)
801         {
802           if ((!baseFieldRef->axis_ref.isEmpty()) && (baseFieldRef->axis_ref.getValue() == axis_ref.getValue()))
803            hasAxisFromFieldRef = true;
804         }
805         if (CAxis::has(axis_ref.getValue()))
806         {
807           axis = CAxis::get(axis_ref.getValue());
808                      // It's a direct reference, so we use this ref as its name
809           axis->name.setValue(axis_ref.getValue());
810
811           vecAxis.push_back(axis);
812         }
813         else
814            ERROR("CField::solveGridReference(void)",
815                  << "Reference to the axis \'"
816                  << axis_ref.getValue() <<"\' is wrong");
817      }
818
819      if (!grid_ref.isEmpty())
820      {
821         if (0 != baseFieldRef)
822         {
823           if ((!baseFieldRef->grid_ref.isEmpty()) && (baseFieldRef->grid_ref.getValue() == grid_ref.getValue()))
824            hasGridFromFieldRef = true;
825         }
826
827        if ((domain_ref.isEmpty() && axis_ref.isEmpty()) || (!hasGridFromFieldRef))
828        {
829           if (CGrid::has(grid_ref.getValue()))
830           {
831             this->grid = CGrid::get(grid_ref.getValue());
832           }
833           else
834              ERROR("CField::solveGridReference(void)",
835                    << "Reference to the grid \'"
836                    << grid_ref.getValue() << "\' is wrong");
837        }
838        else
839        {
840          this->grid = CGrid::createGrid(vecDom, vecAxis);
841          this->grid_ref.setValue(this->grid->getId());
842        }
843      }
844      else
845      {
846         this->grid = CGrid::createGrid(vecDom, vecAxis);
847         this->grid_ref.setValue(this->grid->getId());
848      }
849   }
850
851   void CField::solveGridDomainAxisRef(bool checkAtt)
852   {
853     grid->solveDomainAxisRef(checkAtt);
854   }
855
856   void CField::solveCheckMaskIndex(bool doSendingIndex)
857   {
858     grid->checkMaskIndex(doSendingIndex);
859   }
860
861   void CField::solveTransformedGrid()
862   {
863     if (!grid_ref.isEmpty() && hasDirectFieldReference() && !getDirectFieldReference()->grid_ref.isEmpty()
864         && grid_ref.getValue() != getDirectFieldReference()->grid_ref.getValue() && !grid->isTransformed())
865       grid->transformGrid(getDirectFieldReference()->grid);
866   }
867
868   void CField::solveGenerateGrid()
869   {
870     if (!grid_ref.isEmpty() && hasDirectFieldReference() && !getDirectFieldReference()->grid_ref.isEmpty()
871         && grid_ref.getValue() != getDirectFieldReference()->grid_ref.getValue() && !grid->isTransformed())
872       grid->completeGrid(getDirectFieldReference()->grid);
873   }
874
875   ///-------------------------------------------------------------------
876
877   template <>
878   void CGroupTemplate<CField, CFieldGroup, CFieldAttributes>::solveRefInheritance(void)
879   {
880      if (this->group_ref.isEmpty()) return;
881      StdString gref = this->group_ref.getValue();
882
883      if (!CFieldGroup::has(gref))
884         ERROR("CGroupTemplate<CField, CFieldGroup, CFieldAttributes>::solveRefInheritance(void)",
885               << "[ gref = " << gref << "]"
886               << " invalid group name !");
887
888      CFieldGroup* group = CFieldGroup::get(gref);
889      CFieldGroup* owner = CFieldGroup::get(boost::polymorphic_downcast<CFieldGroup*>(this));
890
891      std::vector<CField*> allChildren  = group->getAllChildren();
892      std::vector<CField*>::iterator it = allChildren.begin(), end = allChildren.end();
893
894      for (; it != end; it++)
895      {
896         CField* child = *it;
897         if (child->hasId()) owner->createChild()->field_ref.setValue(child->getId());
898
899      }
900   }
901
902   void CField::scaleFactorAddOffset(double scaleFactor, double addOffset)
903   {
904     map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
905     for (it = data_srv.begin(); it != data_srv.end(); it++) it->second = (it->second - addOffset) / scaleFactor;
906   }
907
908   void CField::invertScaleFactorAddOffset(double scaleFactor, double addOffset)
909   {
910     map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
911     for (it = data_srv.begin(); it != data_srv.end(); it++) it->second = it->second * scaleFactor + addOffset;
912   }
913
914   void CField::outputField(CArray<double,3>& fieldOut)
915   {
916      map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
917      for (it = data_srv.begin(); it != data_srv.end(); it++)
918      {
919        grid->outputField(it->first, it->second, fieldOut.dataFirst());
920      }
921   }
922
923   void CField::outputField(CArray<double,2>& fieldOut)
924   {
925      map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
926      for(it=data_srv.begin();it!=data_srv.end();it++)
927      {
928         grid->outputField(it->first, it->second, fieldOut.dataFirst());
929      }
930   }
931
932   void CField::outputField(CArray<double,1>& fieldOut)
933   {
934      map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
935
936      for (it = data_srv.begin(); it != data_srv.end(); it++)
937      {
938         grid->outputField(it->first, it->second, fieldOut.dataFirst());
939      }
940   }
941
942   void CField::inputField(CArray<double,3>& fieldOut)
943   {
944      map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
945      for (it = data_srv.begin(); it != data_srv.end(); it++)
946      {
947        grid->inputField(it->first, fieldOut.dataFirst(), it->second);
948      }
949   }
950
951   void CField::inputField(CArray<double,2>& fieldOut)
952   {
953      map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
954      for(it = data_srv.begin(); it != data_srv.end(); it++)
955      {
956         grid->inputField(it->first, fieldOut.dataFirst(), it->second);
957      }
958   }
959
960   void CField::inputField(CArray<double,1>& fieldOut)
961   {
962      map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
963      for (it = data_srv.begin(); it != data_srv.end(); it++)
964      {
965         grid->inputField(it->first, fieldOut.dataFirst(), it->second);
966      }
967   }
968
969   void CField::outputCompressedField(CArray<double,1>& fieldOut)
970   {
971      map<int, CArray<double,1> >::iterator it;
972
973      for (it = data_srv.begin(); it != data_srv.end(); it++)
974      {
975         grid->outputCompressedField(it->first, it->second, fieldOut.dataFirst());
976      }
977   }
978
979   ///-------------------------------------------------------------------
980
981   void CField::parse(xml::CXMLNode& node)
982   {
983      SuperClass::parse(node);
984      if (!node.getContent(this->content))
985      {
986        if (node.goToChildElement())
987        {
988          do
989          {
990            if (node.getElementName() == "variable" || node.getElementName() == "variable_group") this->getVirtualVariableGroup()->parseChild(node);
991          } while (node.goToNextElement());
992          node.goToParentElement();
993        }
994      }
995    }
996
997   /*!
998     This function retrieves Id of corresponding domain_ref and axis_ref (if any)
999   of a field. In some cases, only domain exists but axis doesn't
1000   \return pair of Domain and Axis id
1001   */
1002   const std::pair<StdString,StdString>& CField::getRefDomainAxisIds()
1003   {
1004     CGrid* cgPtr = getRelGrid();
1005     if (NULL != cgPtr)
1006     {
1007       std::vector<StdString>::iterator it;
1008       if (!domain_ref.isEmpty())
1009       {
1010         std::vector<StdString> domainList = cgPtr->getDomainList();
1011         it = std::find(domainList.begin(), domainList.end(), domain_ref.getValue());
1012         if (domainList.end() != it) domAxisIds_.first = *it;
1013       }
1014
1015       if (!axis_ref.isEmpty())
1016       {
1017         std::vector<StdString> axisList = cgPtr->getAxisList();
1018         it = std::find(axisList.begin(), axisList.end(), axis_ref.getValue());
1019         if (axisList.end() != it) domAxisIds_.second = *it;
1020       }
1021     }
1022     return (domAxisIds_);
1023   }
1024
1025   CVariable* CField::addVariable(const string& id)
1026   {
1027     return vVariableGroup->createChild(id);
1028   }
1029
1030   CVariableGroup* CField::addVariableGroup(const string& id)
1031   {
1032     return vVariableGroup->createChildGroup(id);
1033   }
1034
1035   void CField::sendAddAllVariables()
1036   {
1037     if (!getAllVariables().empty())
1038     {
1039       // Firstly, it's necessary to add virtual variable group
1040       sendAddVariableGroup(getVirtualVariableGroup()->getId());
1041
1042       // Okie, now we can add to this variable group
1043       std::vector<CVariable*> allVar = getAllVariables();
1044       std::vector<CVariable*>::const_iterator it = allVar.begin();
1045       std::vector<CVariable*>::const_iterator itE = allVar.end();
1046
1047       for (; it != itE; ++it)
1048       {
1049         this->sendAddVariable((*it)->getId());
1050         (*it)->sendAllAttributesToServer();
1051         (*it)->sendValue();
1052       }
1053     }
1054   }
1055
1056   void CField::sendAddVariable(const string& id)
1057   {
1058    CContext* context = CContext::getCurrent();
1059
1060    if (!context->hasServer)
1061    {
1062       CContextClient* client = context->client;
1063
1064       CEventClient event(this->getType(),EVENT_ID_ADD_VARIABLE);
1065       if (client->isServerLeader())
1066       {
1067         CMessage msg;
1068         msg << this->getId();
1069         msg << id;
1070         const std::list<int>& ranks = client->getRanksServerLeader();
1071         for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank)
1072           event.push(*itRank,1,msg);
1073         client->sendEvent(event);
1074       }
1075       else client->sendEvent(event);
1076    }
1077   }
1078
1079   void CField::sendAddVariableGroup(const string& id)
1080   {
1081    CContext* context = CContext::getCurrent();
1082    if (!context->hasServer)
1083    {
1084       CContextClient* client = context->client;
1085
1086       CEventClient event(this->getType(),EVENT_ID_ADD_VARIABLE_GROUP);
1087       if (client->isServerLeader())
1088       {
1089         CMessage msg;
1090         msg << this->getId();
1091         msg << id;
1092         const std::list<int>& ranks = client->getRanksServerLeader();
1093         for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank)
1094           event.push(*itRank,1,msg);
1095         client->sendEvent(event);
1096       }
1097       else client->sendEvent(event);
1098    }
1099   }
1100
1101   void CField::recvAddVariable(CEventServer& event)
1102   {
1103
1104      CBufferIn* buffer = event.subEvents.begin()->buffer;
1105      string id;
1106      *buffer >> id;
1107      get(id)->recvAddVariable(*buffer);
1108   }
1109
1110   void CField::recvAddVariable(CBufferIn& buffer)
1111   {
1112      string id;
1113      buffer >> id;
1114      addVariable(id);
1115   }
1116
1117   void CField::recvAddVariableGroup(CEventServer& event)
1118   {
1119
1120      CBufferIn* buffer = event.subEvents.begin()->buffer;
1121      string id;
1122      *buffer >> id;
1123      get(id)->recvAddVariableGroup(*buffer);
1124   }
1125
1126   void CField::recvAddVariableGroup(CBufferIn& buffer)
1127   {
1128      string id;
1129      buffer >> id;
1130      addVariableGroup(id);
1131   }
1132
1133   DEFINE_REF_FUNC(Field,field)
1134} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.