source: XIOS/trunk/src/output/nc4_data_output.cpp @ 433

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bug fix : correct the name axis to be conform of CF convention when using a regular lon lat grid :
Axis must have the same name that dimension.

Done for horizontal axis

YM
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Line 
1
2#include "nc4_data_output.hpp"
3
4#include <boost/lexical_cast.hpp>
5#include "attribute_template.hpp"
6#include "group_template.hpp"
7
8#include "file.hpp"
9#include "calendar.hpp"
10#include "context.hpp"
11#include "context_server.hpp"
12
13namespace xios
14{
15      /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
16      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
17         (const StdString & filename, bool exist)
18            : SuperClass()
19            , SuperClassWriter(filename, exist)
20            , filename(filename)
21      {
22         StdString timeid = StdString("time_counter");
23         SuperClass::type = MULTI_FILE;
24//         if (!exist)
25//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (const StdString & filename, bool exist, MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective)
30            : SuperClass()
31            , SuperClassWriter(filename, exist, &comm_file,multifile)
32            , comm_file(comm_file)
33            , filename(filename)
34            , isCollective(isCollective)
35      {
36         StdString timeid = StdString("time_counter");
37
38         SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39         
40 //        if (!exist)
41//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
42      }
43
44
45      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
46      { /* Ne rien faire de plus */ }
47
48      ///--------------------------------------------------------------
49
50      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
51      {
52         return (this->filename);
53      }
54
55      //---------------------------------------------------------------
56
57      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
58      {
59         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
60         CContextServer* server=context->server ;
61         
62         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
63         domain->checkAttributes();
64         
65         if (domain->isEmpty()) 
66           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
67
68         std::vector<StdString> dim0, dim1;
69         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
70                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
71         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
72         
73         bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
74         StdString dimXid, dimYid ;
75         if (isCurvilinear)
76         {
77           dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
78           dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
79         }
80         else
81         {
82           dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
83           dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
84         }           
85         
86         string lonid,latid ;
87/*
88         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
89                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
90                             : lonid;
91         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
92                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
93                             : latid;
94*/
95
96         switch (SuperClass::type)
97         {
98            case (MULTI_FILE) :
99            {
100//               if (domain->isEmpty()) return;
101               
102               if (server->intraCommSize > 1)
103               {
104//                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
105//                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
106               }
107
108               if (isCurvilinear)
109               {
110                 dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
111                 lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
112                 latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
113               }
114               else
115               {
116                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
117                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
118                 dim0.push_back(dimYid);
119                 dim1.push_back(dimXid);
120               }
121
122               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
123               SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
124               if (server->intraCommSize > 1)
125               {
126                  this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
127                                             domain->zoom_ni_srv,
128                                             domain->zoom_jbegin_srv,
129                                             domain->zoom_nj_srv,
130                                             appendDomid);
131                 
132                  if (singleDomain) this->writeLocalAttributes_IOIPSL(domain->zoom_ibegin_srv,
133                                             domain->zoom_ni_srv,
134                                             domain->zoom_jbegin_srv,
135                                             domain->zoom_nj_srv,
136                                             domain->ni_glo,domain->nj_glo,
137                                             server->intraCommRank,server->intraCommSize);
138               }
139               
140               if (isCurvilinear)
141               {
142                  SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
143                  SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
144               }
145               else
146               {
147                  SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
148                  SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
149               }
150               this->writeAxisAttributes
151                  (lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
152               this->writeAxisAttributes
153                  (latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
154
155               dim0.clear();
156               dim0.push_back(dimYid);
157               dim0.push_back(dimXid);
158
159
160// supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
161// supress mask               {
162// supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
163// supress mask
164// supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
165// supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
166// supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
167// supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
168// supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
169// supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
170// supress mask               }
171                 
172               //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
173
174               SuperClassWriter::definition_end();
175               if (isCurvilinear)
176               {
177 
178                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
179                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
180// supress mask               if (server->intraCommSize > 1) SuperClassWriter::writeData(mask, maskid);
181               }
182               else
183               {
184                  CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
185                  SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
186                  CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
187                  SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
188               }
189               SuperClassWriter::definition_start();
190
191               break;
192            }
193            case (ONE_FILE) :
194            {
195               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni.getValue());
196               SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj.getValue());
197
198               
199               if (isCurvilinear)
200               {
201                  dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
202                  lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
203                  latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
204                  SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
205                  SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
206               }
207               else
208               {
209                  dim0.push_back(dimYid);
210                  dim1.push_back(dimXid);
211                  lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
212                  latid = StdString("lat").append(appendDomid);
213                  SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
214                  SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
215               }
216               this->writeAxisAttributes
217                  (latid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
218               this->writeAxisAttributes
219                  (lonid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
220
221
222               SuperClassWriter::definition_end();
223               if (isCurvilinear)
224               {
225                 std::vector<StdSize> start(2) ; 
226                 std::vector<StdSize> count(2) ;
227                 if (domain->isEmpty())
228                 {
229                   start[0]=0 ; start [1]=0 ; 
230                   count[0]=0 ; count[1]=0 ; 
231                 }
232                 else
233                 {
234                   start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
235                   count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
236                 }
237                 
238                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
239                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
240               }
241               else
242               {
243                 std::vector<StdSize> start(1) ; 
244                 std::vector<StdSize> count(1) ;
245                 if (domain->isEmpty())
246                 {
247                   start[0]=0 ; 
248                   count[0]=0 ; 
249                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
250                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);                 }
251                 else
252                 {
253                   start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
254                   count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
255                   CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
256                   SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
257
258                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; 
259                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ; 
260                   CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
261                   SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
262                 }
263               }
264               SuperClassWriter::definition_start();
265               break;
266            }           
267            default :
268               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
269                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
270                     << " not implemented yet !");
271         }
272         domain->addRelFile(this->filename);
273      }
274
275      //--------------------------------------------------------------
276
277      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
278      {
279         if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
280         axis->checkAttributes();
281         StdSize zoom_size=axis->zoom_size.getValue() ;
282         StdSize zoom_begin=axis->zoom_begin.getValue()-1 ;
283         
284         std::vector<StdString> dims;
285         StdString axisid = (!axis->name.isEmpty())
286                           ? axis->name.getValue() : axis->getId();
287         SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
288         dims.push_back(axisid);
289         
290         switch (SuperClass::type)
291         {
292            case (MULTI_FILE ) :
293            {}
294            case (ONE_FILE) :
295            {
296               SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
297
298               SuperClassWriter::addAttribute("axis", StdString("Z"), &axisid);
299
300               if (!axis->standard_name.isEmpty())
301                  SuperClassWriter::addAttribute
302                     ("standard_name",  axis->standard_name.getValue(), &axisid);
303
304               if (!axis->long_name.isEmpty())
305                  SuperClassWriter::addAttribute
306                     ("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
307
308               if (!axis->unit.isEmpty())
309                  SuperClassWriter::addAttribute
310                     ("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
311
312              if (!axis->positive.isEmpty())
313                if (axis->positive==CAxis::positive_attr::up) SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("up"), &axisid);
314                else   SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("down"), &axisid);
315
316               SuperClassWriter::definition_end();
317               
318               CArray<double,1> axis_value(zoom_size) ;
319               for(StdSize i = 0 ; i < zoom_size ; i++) axis_value(i)=axis->value(i+zoom_begin) ;
320               SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
321               
322               SuperClassWriter::definition_start();
323
324               break;
325            }
326            default :
327               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
328                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
329                     << " not implemented yet !");
330         }
331         axis->addRelFile(this->filename);
332     }
333     
334     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
335     {
336       SuperClassWriter::addDimension(string("time_counter"));
337     }
338      //--------------------------------------------------------------
339
340      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
341      {
342         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
343         CContextServer* server=context->server ;
344
345         std::vector<StdString> dims, coodinates;
346         CGrid* grid = field->grid;
347         CDomain* domain = grid->domain;
348           
349         if (domain->isEmpty()) 
350           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
351
352         StdString timeid    = StdString("time_counter");
353         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
354                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
355         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
356
357         StdString dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
358         StdString dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
359/*
360         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
361                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
362                             : lonid;
363         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
364                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
365                             : latid;
366*/
367         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
368                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
369
370//         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
371//         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
372          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ; 
373         
374         nc_type type = (!field->prec.isEmpty() &&
375                        ( field->prec.getValue() == 4))
376                        ? NC_FLOAT : NC_DOUBLE;
377         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() &&
378                         ( field->operation.getValue().compare("once") == 0));
379                         
380         if (wtime)
381         {
382            StdOStringStream oss;
383            oss << "time_" << field->operation.getValue()
384                << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
385
386            coodinates.push_back(oss.str());
387            dims.push_back(timeid);
388         }
389
390         if (!grid->axis_ref.isEmpty())
391         {
392            CAxis* axis = grid->axis ;
393            StdString axisid = (!axis->name.isEmpty()) ? axis->name.getValue() : axis->getId();
394            dims.push_back(axisid);
395            coodinates.push_back(axisid);
396         }
397
398         if (isCurvilinear)
399         {
400            coodinates.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomid));
401            coodinates.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomid));
402         }
403         else
404         {
405            coodinates.push_back(StdString("lat").append(appendDomid));
406            coodinates.push_back(StdString("lon").append(appendDomid));
407         }
408
409         switch (SuperClass::type)
410         {
411            case (MULTI_FILE) :
412            {
413               dims.push_back(dimYid);
414               dims.push_back(dimXid);
415               break ;
416            }
417            case (ONE_FILE) :
418            {
419               dims.push_back(dimYid);
420               dims.push_back(dimXid);
421               break;
422            }
423            default :
424               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
425                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
426                     << " not implemented yet !");
427         }
428         
429         SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
430         
431         if (!field->standard_name.isEmpty())
432            SuperClassWriter::addAttribute
433               ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
434
435         if (!field->long_name.isEmpty())
436            SuperClassWriter::addAttribute
437               ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
438
439         if (!field->unit.isEmpty())
440            SuperClassWriter::addAttribute
441               ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
442               
443         SuperClassWriter::addAttribute
444               ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
445               
446         if (wtime)
447         {
448            SuperClassWriter::addAttribute
449                  ("interval_operation", field->freq_op.getValue(), &fieldid);
450            SuperClassWriter::addAttribute
451                  ("interval_write", field->getRelFile()->output_freq.getValue(), &fieldid);
452         }
453         
454         if (!field->default_value.isEmpty())
455         {
456            double default_value = field->default_value.getValue();
457            float fdefault_value = (float)default_value;
458            if (type == NC_DOUBLE)
459               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
460            else
461               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
462         }
463         else
464         {
465            double * default_value = NULL;
466            SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, default_value);
467         }             
468
469         {  // Ecriture des coordonnées
470         
471            StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
472            std::vector<StdString>::iterator
473               itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
474           
475            for (; itc!= endc; itc++)
476            {
477               StdString & coord = *itc;
478               if (itc+1 != endc)
479                     coordstr.append(coord).append(" ");
480               else  coordstr.append(coord);
481            }
482
483            SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
484
485         }
486
487      }
488
489      //--------------------------------------------------------------
490
491      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
492      {
493         StdString filename = (!file->name.isEmpty())
494                            ? file->name.getValue() : file->getId();
495         StdString description = (!file->description.isEmpty())
496                               ? file->description.getValue()
497                               : StdString("Created by xios");
498         this->writeFileAttributes(filename, description,
499                                   StdString ("CF-1.1"),
500                                   StdString("An IPSL model"),
501                                   this->getTimeStamp());
502         if (file->nbDomain==1) singleDomain=true ;
503         else singleDomain=false ;
504      }
505 
506      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
507      {
508         SuperClassWriter::sync() ;
509      }
510
511      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
512      {
513         SuperClassWriter::close() ;
514      }
515
516      //---------------------------------------------------------------
517
518      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
519      {
520         const int buffer_size = 100;
521         time_t rawtime;
522         struct tm * timeinfo = NULL;
523         char buffer [buffer_size];
524
525         time ( &rawtime );
526         timeinfo = localtime ( &rawtime );
527         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
528
529         return (StdString(buffer));
530      }
531     
532      //---------------------------------------------------------------
533     
534      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
535      {
536         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
537//          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
538         CContextServer* server=context->server ;
539
540         CGrid* grid = field->grid ;
541         CDomain* domain = grid->domain ;
542         
543         if(SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) if (domain->isEmpty()) return;
544
545
546         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty()) 
547                             ? field->name.getValue() 
548                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
549                             
550         StdOStringStream oss;
551         oss << "time_" << field->operation.getValue()
552             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
553             
554         CArray<double,1> time_data(1) ;
555         
556         if (field->operation.getValue()=="instant") time_data(0) = Time(*field->last_Write_srv)
557                                                                      -Time(context->calendar->getTimeOrigin());
558         else time_data(0) = (Time(*field->last_Write_srv)+Time(*field->lastlast_Write_srv))/2
559                               -Time(context->calendar->getTimeOrigin());
560         
561         
562         bool isRoot ;
563         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
564         else isRoot=false ;
565           
566         if (grid->hasAxis()) // 3D
567         {
568            CAxis* axis = grid->axis ;
569            CArray<double,3> field_data3D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv,axis->zoom_size) ;
570            if (!field->default_value.isEmpty()) field_data3D = field->default_value ;
571            field->outputField(field_data3D);
572            switch (SuperClass::type)
573           {
574              case (MULTI_FILE) :
575              {
576                 SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
577                 SuperClassWriter::writeData(time_data, oss.str(), isCollective, field->getNStep()-1);
578                 break ;
579              }
580              case (ONE_FILE) :
581              {
582                 std::vector<StdSize> start(3) ; 
583                 std::vector<StdSize> count(3) ;
584                 if (domain->isEmpty())
585                 {
586                   start[0]=0 ; start[1]=0 ; start[2]=0 ;
587                   count[0]=0 ; count[1]=0 ; start[2]=0 ;
588                 }
589                 else
590                 {
591//                 start[2]=domain->zoom_ibegin_loc.getValue()-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_loc.getValue()-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
592                   start[2]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
593                   count[2]=domain->zoom_ni_srv ; count[1]=domain->zoom_nj_srv ; count[0] = axis->zoom_size.getValue();
594                 }
595                 SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count );
596                 SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, oss.str(), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
597                 break;
598              }
599            }
600           
601         }
602         else // 2D
603         {
604            CArray<double,2> field_data2D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv) ;
605            if (!field->default_value.isEmpty()) field_data2D = field->default_value ;
606            field->outputField(field_data2D);
607            switch (SuperClass::type)
608            {
609              case (MULTI_FILE) :
610              {
611                SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
612                SuperClassWriter::writeData(time_data, oss.str(), isCollective, field->getNStep()-1);
613                break;
614              }
615              case (ONE_FILE) :
616              {
617                 std::vector<StdSize> start(2) ; 
618                 std::vector<StdSize> count(2) ;
619                 if (domain->isEmpty())
620                 {
621                   start[0]=0 ; start[1]=0 ;
622                   count[0]=0 ; count[1]=0 ;
623                 }
624                 else
625                 {
626                   start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
627                   count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
628                 }
629
630                 SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count);
631                 SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, oss.str(), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
632                 break; 
633             
634              }
635            }
636         }
637      }
638
639      //---------------------------------------------------------------
640
641      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
642                  (CField*    field,
643                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
644      {
645         StdOStringStream oss;
646         oss << "time_" << field->operation.getValue()
647             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
648
649         std::vector<StdString> dims;
650         StdString axisid = oss.str();
651         StdString timeid = StdString("time_counter");
652
653         dims.push_back(timeid);
654         if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
655         {
656            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
657            CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
658//            StdOStringStream oss2;
659//            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
660//                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
661//            StdString strInitdate=oss2.str() ;
662            StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
663            this->writeTimeAxisAttributes
664               (axisid, cal->getType(),
665                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
666                strTimeOrigin);
667         }
668
669      }
670
671      //---------------------------------------------------------------
672     
673      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
674                                                   const StdString & calendar,
675                                                   const StdString & units,
676                                                   const StdString & time_origin,
677                                                   const StdString & standard_name,
678                                                   const StdString & long_name,
679                                                   const StdString & title)
680      {
681         SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
682         SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
683         SuperClassWriter::addAttribute("title",         title        , &axis_name);
684         SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
685         SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
686         SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
687      }
688     
689      //---------------------------------------------------------------
690
691      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
692                                               const StdString & axis,
693                                               const StdString & standard_name,
694                                               const StdString & long_name,
695                                               const StdString & units,
696                                               const StdString & nav_model)
697      {
698         SuperClassWriter::addAttribute("axis"         , axis         , &axis_name);
699         SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
700         SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
701         SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
702         SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
703      }
704
705      //---------------------------------------------------------------
706     
707      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
708         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
709      {
710         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
711         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
712         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
713         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
714      }
715
716     void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL
717         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
718      {
719         CArray<int,1> array(2) ;
720
721         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
722         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
723         array=1,2 ;
724         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
725         array=ni_glo,nj_glo ;
726         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
727         array=ni,nj ;
728         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
729         array=ibegin,jbegin ;
730         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
731         array=ibegin+ni-1,jbegin+nj-1 ;
732         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
733         array=0,0 ;
734         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
735         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
736         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
737/*
738         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
739         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
740         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
741         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
742*/
743
744      }
745      //---------------------------------------------------------------
746
747      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
748                                                const StdString & description,
749                                                const StdString & conventions,
750                                                const StdString & production,
751                                                const StdString & timeStamp)
752      {
753         SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
754         SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
755         SuperClassWriter::addAttribute("conventions", conventions);
756         SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
757         SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
758      }
759
760      //---------------------------------------------------------------
761
762      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
763                                               int data_dim,
764                                               int data_ni,
765                                               int data_nj,
766                                               int data_ibegin,
767                                               int data_jbegin)
768      {
769         SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
770         SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
771         SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
772         SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
773         SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
774      }
775
776      ///--------------------------------------------------------------
777
778} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.