source: XIOS/trunk/src/output/nc4_data_output.cpp @ 462

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Fixed a small bug : problem encountered with ORCHIDEE regular grid.
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1
2#include "nc4_data_output.hpp"
3
4#include <boost/lexical_cast.hpp>
5#include "attribute_template.hpp"
6#include "group_template.hpp"
7
8#include "file.hpp"
9#include "calendar.hpp"
10#include "context.hpp"
11#include "context_server.hpp"
12
13namespace xios
14{
15      /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
16      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
17         (const StdString & filename, bool exist)
18            : SuperClass()
19            , SuperClassWriter(filename, exist)
20            , filename(filename)
21      {
22         StdString timeid = StdString("time_counter");
23         SuperClass::type = MULTI_FILE;
24//         if (!exist)
25//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (const StdString & filename, bool exist, MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective)
30            : SuperClass()
31            , SuperClassWriter(filename, exist, &comm_file,multifile)
32            , comm_file(comm_file)
33            , filename(filename)
34            , isCollective(isCollective)
35      {
36         StdString timeid = StdString("time_counter");
37
38         SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39         
40 //        if (!exist)
41//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
42      }
43
44
45      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
46      { /* Ne rien faire de plus */ }
47
48      ///--------------------------------------------------------------
49
50      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
51      {
52         return (this->filename);
53      }
54
55      //---------------------------------------------------------------
56
57      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
58      {
59         if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
60         {
61           writeUnstructuredDomain(domain) ;
62           return ;
63         }
64         
65         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
66         CContextServer* server=context->server ;
67         
68         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
69         domain->checkAttributes();
70         
71         if (domain->isEmpty()) 
72           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
73
74         std::vector<StdString> dim0, dim1;
75         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
76                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
77         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
78
79
80         StdString dimXid, dimYid ;
81         
82         switch (domain->type)
83         {
84           case CDomain::type_attr::curvilinear :
85             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
86             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
87             break ;
88           case CDomain::type_attr::regular :
89             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
90             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
91             break;
92           case CDomain::type_attr::unstructured :
93             dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
94             break;
95         }           
96         
97         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
98/*
99         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
100                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
101                             : lonid;
102         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
103                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
104                             : latid;
105*/
106
107         switch (SuperClass::type)
108         {
109            case (MULTI_FILE) :
110            {
111//               if (domain->isEmpty()) return;
112               
113               if (server->intraCommSize > 1)
114               {
115//                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
116//                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
117               }
118
119               switch (domain->type)
120               {
121                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
122                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
123                   lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
124                   latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
125                   break ;
126                 case CDomain::type_attr::regular :
127                   lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
128                   latid = StdString("lat").append(appendDomid);
129                   dim0.push_back(dimYid);
130                   dim1.push_back(dimXid);
131                   break;
132                 case CDomain::type_attr::unstructured :
133                   lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
134                   latid = StdString("lat").append(appendDomid);
135                   bounds_lonid=string("bounds_lon").append(appendDomid);
136                   bounds_latid=string("bounds_lat").append(appendDomid);
137                   dim0.push_back(dimXid);
138                   break;
139               }
140               
141               if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
142               {
143                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
144               }
145               else
146               {
147                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
148                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
149               }
150               
151               if (server->intraCommSize > 1)
152               {
153                  if (domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
154                  {
155                    this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
156                                               domain->zoom_ni_srv,
157                                               domain->zoom_jbegin_srv,
158                                               domain->zoom_nj_srv,
159                                               appendDomid);
160                 
161                    if (singleDomain) this->writeLocalAttributes_IOIPSL(domain->zoom_ibegin_srv,
162                                               domain->zoom_ni_srv,
163                                               domain->zoom_jbegin_srv,
164                                               domain->zoom_nj_srv,
165                                               domain->ni_glo,domain->nj_glo,
166                                               server->intraCommRank,server->intraCommSize);
167                 }
168               }
169               
170               switch (domain->type)
171               {
172                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
173                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
174                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
175                   break ;
176                  case CDomain::type_attr::regular :
177                    SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
178                    SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
179                    break ;
180                  case CDomain::type_attr::unstructured :
181                    SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
182                    SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
183               }
184               
185               this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
186               this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
187
188               dim0.clear();
189               if (domain->type != CDomain::type_attr::unstructured) dim0.push_back(dimYid);
190               dim0.push_back(dimXid);
191
192
193// supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
194// supress mask               {
195// supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
196// supress mask
197// supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
198// supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
199// supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
200// supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
201// supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
202// supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
203// supress mask               }
204                 
205               //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
206
207               SuperClassWriter::definition_end();
208
209               switch (domain->type)
210               {
211                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
212                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
213                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
214                   break; 
215                 case CDomain::type_attr::regular :
216                   CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
217                   SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
218                   CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
219                   SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
220                   break;
221               }
222               SuperClassWriter::definition_start();
223
224               break;
225            }
226            case (ONE_FILE) :
227            {
228               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni.getValue());
229               SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj.getValue());
230
231               
232               switch (domain->type)
233               {
234                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
235                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
236                   lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
237                   latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
238                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
239                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
240                   break;
241
242                 case CDomain::type_attr::regular :
243                   dim0.push_back(dimYid);
244                   dim1.push_back(dimXid);
245                   lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
246                   latid = StdString("lat").append(appendDomid);
247                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
248                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
249                   break;
250               }
251               this->writeAxisAttributes
252                  (lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
253               this->writeAxisAttributes
254                  (latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
255
256
257               SuperClassWriter::definition_end();
258               switch (domain->type)
259               {
260                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
261                 {
262                   std::vector<StdSize> start(2) ; 
263                   std::vector<StdSize> count(2) ;
264                   if (domain->isEmpty())
265                   {
266                     start[0]=0 ; start [1]=0 ; 
267                     count[0]=0 ; count[1]=0 ; 
268                   }
269                   else
270                   {
271                     start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
272                     count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
273                   }
274                 
275                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
276                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
277                   break;
278                 }
279                 case CDomain::type_attr::regular :
280                 {
281                   std::vector<StdSize> start(1) ; 
282                   std::vector<StdSize> count(1) ;
283                   if (domain->isEmpty())
284                   {
285                     start[0]=0 ; 
286                     count[0]=0 ; 
287                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
288                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);                 }
289                   else
290                   {
291                     start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
292                     count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
293                     CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
294                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
295
296                     start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; 
297                     count[0]=domain->zoom_ni_srv ; 
298                     CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
299                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
300                   }
301                   break;
302                 }
303               }
304               SuperClassWriter::definition_start();
305               break;
306            }           
307            default :
308               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
309                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
310                     << " not implemented yet !");
311         }
312         domain->addRelFile(this->filename);
313      }
314
315      void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
316      {
317         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
318         CContextServer* server=context->server ;
319         
320         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
321         domain->checkAttributes();
322         
323         if (domain->isEmpty()) 
324           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
325
326         std::vector<StdString> dim0, dim1;
327         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
328                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
329         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
330
331
332         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
333         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
334       
335         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
336
337         switch (SuperClass::type)
338         {
339            case (MULTI_FILE) :
340            {
341               lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
342               latid = StdString("lat").append(appendDomid);
343               dim0.push_back(dimXid);
344
345               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_nj_srv);
346               SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
347               SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
348               
349               bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
350               bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
351             
352               
353               this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
354               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
355               this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
356               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
357               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
358               dim0.clear();
359               if (domain->hasBounds)
360               { 
361                 dim0.push_back(dimXid);
362                 dim0.push_back(dimVertId);
363                 SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
364                 SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
365               }
366               
367               dim0.clear();
368               dim0.push_back(dimXid);
369
370               SuperClassWriter::definition_end();
371
372               SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
373               SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
374               
375               if (domain->hasBounds)
376               { 
377                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
378                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
379               }
380               SuperClassWriter::definition_start();
381               break ;
382            }
383
384            case (ONE_FILE) :
385            {
386               lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
387               latid = StdString("lat").append(appendDomid);
388               bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
389               bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
390               dim0.push_back(dimXid);
391               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
392               SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
393               SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
394               this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
395               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
396               this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);                                           
397               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
398               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
399               dim0.clear();
400               
401               if (domain->hasBounds) 
402               {
403                 dim0.push_back(dimXid);
404                 dim0.push_back(dimVertId);
405                 SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
406                 SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
407               }
408               
409               SuperClassWriter::definition_end();
410               
411               std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ; 
412               std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
413               if (domain->isEmpty())
414               {
415                 start[0]=0 ; 
416                 count[0]=0 ; 
417                 startBounds[1]=0 ; 
418                 countBounds[1]=domain->nvertex ;
419                 startBounds[0]=0 ; 
420                 countBounds[0]=0 ; 
421               }
422               else
423               {
424                 start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin ; 
425                 count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
426                 startBounds[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin ; 
427                 startBounds[1]=0 ; 
428                 countBounds[0]=domain->zoom_nj_srv ;   
429                 countBounds[1]=domain->nvertex ;
430               }
431               SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
432               SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
433               if (domain->hasBounds) 
434               {
435                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
436                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
437               }
438 
439               
440               SuperClassWriter::definition_start();
441
442               break;
443            }           
444            default :
445               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
446                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
447                     << " not implemented yet !");
448         }
449         domain->addRelFile(this->filename);
450      }
451      //--------------------------------------------------------------
452
453      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
454      {
455         if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
456         axis->checkAttributes();
457         StdSize zoom_size=axis->zoom_size.getValue() ;
458         StdSize zoom_begin=axis->zoom_begin.getValue()-1 ;
459         
460         std::vector<StdString> dims;
461         StdString axisid = (!axis->name.isEmpty())
462                           ? axis->name.getValue() : axis->getId();
463         SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
464         dims.push_back(axisid);
465         
466         switch (SuperClass::type)
467         {
468            case (MULTI_FILE ) :
469            {}
470            case (ONE_FILE) :
471            {
472               SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
473
474               SuperClassWriter::addAttribute("axis", StdString("Z"), &axisid);
475
476               if (!axis->standard_name.isEmpty())
477                  SuperClassWriter::addAttribute
478                     ("standard_name",  axis->standard_name.getValue(), &axisid);
479
480               if (!axis->long_name.isEmpty())
481                  SuperClassWriter::addAttribute
482                     ("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
483
484               if (!axis->unit.isEmpty())
485                  SuperClassWriter::addAttribute
486                     ("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
487
488              if (!axis->positive.isEmpty())
489                if (axis->positive==CAxis::positive_attr::up) SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("up"), &axisid);
490                else   SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("down"), &axisid);
491
492               SuperClassWriter::definition_end();
493               
494               CArray<double,1> axis_value(zoom_size) ;
495               for(StdSize i = 0 ; i < zoom_size ; i++) axis_value(i)=axis->value(i+zoom_begin) ;
496               SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
497               
498               SuperClassWriter::definition_start();
499
500               break;
501            }
502            default :
503               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
504                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
505                     << " not implemented yet !");
506         }
507         axis->addRelFile(this->filename);
508     }
509     
510     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
511     {
512       SuperClassWriter::addDimension("time_counter");
513     }
514      //--------------------------------------------------------------
515
516      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
517      {
518         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
519         CContextServer* server=context->server ;
520
521         std::vector<StdString> dims, coodinates;
522         CGrid* grid = field->grid;
523         CDomain* domain = grid->domain;
524           
525         if (domain->isEmpty()) 
526           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
527
528         StdString timeid    = StdString("time_counter");
529         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
530                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
531         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
532 
533//         bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
534//         bool isCurvilinear = (domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear) ;
535         
536         StdString dimXid,dimYid ;
537       
538         switch (domain->type)
539         {
540           case CDomain::type_attr::curvilinear :
541             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
542             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
543             break ;
544           case CDomain::type_attr::regular :
545             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
546             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
547             break ;
548           case CDomain::type_attr::unstructured :
549             dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
550             break ;
551        }
552         
553/*
554         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
555                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
556                             : lonid;
557         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
558                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
559                             : latid;
560*/
561         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
562                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
563
564//         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
565//         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
566//          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
567         
568         nc_type type = (!field->prec.isEmpty() &&
569                        ( field->prec.getValue() == 4))
570                        ? NC_FLOAT : NC_DOUBLE;
571         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once);
572                         
573         if (wtime)
574         {
575           
576            //StdOStringStream oss;
577           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
578           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
579          //oss
580            if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
581            else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
582            dims.push_back(timeid);
583         }
584
585         if (!grid->axis_ref.isEmpty())
586         {
587            CAxis* axis = grid->axis ;
588            StdString axisid = (!axis->name.isEmpty()) ? axis->name.getValue() : axis->getId();
589            dims.push_back(axisid);
590            coodinates.push_back(axisid);
591         }
592
593         switch (domain->type)
594         {
595           case CDomain::type_attr::curvilinear :
596             coodinates.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomid));
597             coodinates.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomid));
598             break;
599           case CDomain::type_attr::regular :             
600           case CDomain::type_attr::unstructured :   
601            coodinates.push_back(StdString("lon").append(appendDomid));
602            coodinates.push_back(StdString("lat").append(appendDomid));
603             break;
604         }
605
606         if ( domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear || domain->type == CDomain::type_attr::regular)dims.push_back(dimYid);
607         dims.push_back(dimXid);
608         
609         SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
610         
611         if (!field->standard_name.isEmpty())
612            SuperClassWriter::addAttribute
613               ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
614
615         if (!field->long_name.isEmpty())
616            SuperClassWriter::addAttribute
617               ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
618
619         if (!field->unit.isEmpty())
620            SuperClassWriter::addAttribute
621               ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
622               
623         SuperClassWriter::addAttribute
624               ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
625               
626         if (wtime)
627         {
628            CDuration duration ;
629
630            duration=CDuration::FromString(field->freq_op) ;
631            duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
632            SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", duration.toString(), &fieldid);
633
634            duration=CDuration::FromString(field->getRelFile()->output_freq) ;
635            duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
636            SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", duration.toString(), &fieldid);
637         }
638         
639         if (!field->default_value.isEmpty())
640         {
641            double default_value = field->default_value.getValue();
642            float fdefault_value = (float)default_value;
643            if (type == NC_DOUBLE)
644               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
645            else
646               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
647         }
648         else
649         {
650            double * default_value = NULL;
651            SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, default_value);
652         }             
653
654         {  // Ecriture des coordonnées
655         
656            StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
657            std::vector<StdString>::iterator
658               itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
659           
660            for (; itc!= endc; itc++)
661            {
662               StdString & coord = *itc;
663               if (itc+1 != endc)
664                     coordstr.append(coord).append(" ");
665               else  coordstr.append(coord);
666            }
667
668            SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
669
670         }
671
672      }
673
674      //--------------------------------------------------------------
675
676      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
677      {
678         StdString filename = (!file->name.isEmpty())
679                            ? file->name.getValue() : file->getId();
680         StdString description = (!file->description.isEmpty())
681                               ? file->description.getValue()
682                               : StdString("Created by xios");
683         this->writeFileAttributes(filename, description,
684                                   StdString ("CF-1.1"),
685                                   StdString("An IPSL model"),
686                                   this->getTimeStamp());
687         if (file->nbDomain==1) singleDomain=true ;
688         else singleDomain=false ;
689      }
690 
691      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
692      {
693         SuperClassWriter::sync() ;
694      }
695
696      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
697      {
698         SuperClassWriter::close() ;
699      }
700
701      //---------------------------------------------------------------
702
703      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
704      {
705         const int buffer_size = 100;
706         time_t rawtime;
707         struct tm * timeinfo = NULL;
708         char buffer [buffer_size];
709
710         time ( &rawtime );
711         timeinfo = localtime ( &rawtime );
712         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
713
714         return (StdString(buffer));
715      }
716     
717      //---------------------------------------------------------------
718     
719      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
720      {
721         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
722//          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
723         CContextServer* server=context->server ;
724
725         CGrid* grid = field->grid ;
726         CDomain* domain = grid->domain ;
727         
728         if(SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) if (domain->isEmpty()) return;
729
730
731         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty()) 
732                             ? field->name.getValue() 
733                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
734                             
735         StdOStringStream oss;
736         string timeAxisId ;
737         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisId="time_instant" ;
738         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisId="time_centered" ;
739
740             
741         CArray<double,1> time_data(1) ;
742         CArray<double,1> time_counter(1) ;
743               
744        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once));
745                                 
746        if (wtime)
747        {
748          time_counter(0)= (Time(*field->last_Write_srv)+Time(*field->lastlast_Write_srv))/2 -Time(context->calendar->getTimeOrigin());
749          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) 
750            time_data(0) = Time(*field->last_Write_srv)-Time(context->calendar->getTimeOrigin());
751          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) time_data(0) = time_counter(0);
752         
753         }
754         
755         
756         bool isRoot ;
757         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
758         else isRoot=false ;
759           
760         if (grid->hasAxis()) // 3D
761         {
762            CAxis* axis = grid->axis ;
763            CArray<double,3> field_data3D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv,axis->zoom_size) ;
764            if (!field->default_value.isEmpty()) field_data3D = field->default_value ;
765            field->outputField(field_data3D);
766            switch (SuperClass::type)
767           {
768              case (MULTI_FILE) :
769              {
770                 SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
771                 if (wtime) 
772                 {
773                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
774                   SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
775                 }
776                 break ;
777              }
778              case (ONE_FILE) :
779              {
780                 std::vector<StdSize> start(3) ; 
781                 std::vector<StdSize> count(3) ;
782                 if (domain->isEmpty())
783                 {
784                   start[0]=0 ; start[1]=0 ; start[2]=0 ;
785                   count[0]=0 ; count[1]=0 ; start[2]=0 ;
786                 }
787                 else
788                 {
789//                 start[2]=domain->zoom_ibegin_loc.getValue()-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_loc.getValue()-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
790                   start[2]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
791                   count[2]=domain->zoom_ni_srv ; count[1]=domain->zoom_nj_srv ; count[0] = axis->zoom_size.getValue();
792                 }
793                 SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count );
794                 if (wtime) 
795                 {
796                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
797                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
798                 }
799                 break;
800              }
801            }
802           
803         }
804         else // 2D
805         {
806            CArray<double,2> field_data2D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv) ;
807            if (!field->default_value.isEmpty()) field_data2D = field->default_value ;
808            field->outputField(field_data2D);
809            switch (SuperClass::type)
810            {
811              case (MULTI_FILE) :
812              {
813                SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
814                if (wtime) 
815                {
816                  SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
817                  SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
818                }
819                break;
820              }
821              case (ONE_FILE) :
822              {
823                 std::vector<StdSize> start(2) ; 
824                 std::vector<StdSize> count(2) ;
825                 if (domain->isEmpty())
826                 {
827                   start[0]=0 ; start[1]=0 ;
828                   count[0]=0 ; count[1]=0 ;
829                 }
830                 else
831                 {
832                   start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
833                   count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
834                 }
835
836                 SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count);
837                 if (wtime) 
838                 {
839                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
840                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
841                 }                   
842                 break; 
843             
844              }
845            }
846         }
847      }
848
849      //---------------------------------------------------------------
850
851      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
852                  (CField*    field,
853                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
854      {
855         StdOStringStream oss;
856         
857//         if (field->operation.getValue().compare("once") == 0) return ;
858         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once) return ;
859                               
860//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
861//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
862         
863         string  axisid ;   
864         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
865         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
866         
867         std::vector<StdString> dims;
868//         StdString axisid = oss.str();
869         StdString timeid = StdString("time_counter");
870
871         dims.push_back(timeid);
872         if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
873         {
874            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
875           
876            CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
877//            StdOStringStream oss2;
878//            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
879//                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
880//            StdString strInitdate=oss2.str() ;
881            StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
882            this->writeTimeAxisAttributes
883               (axisid, cal->getType(),
884                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
885                strTimeOrigin);
886         }
887
888         dims.clear() ;
889         axisid = "time_counter" ;
890         timeid = "time_counter" ;
891
892         dims.push_back(timeid);
893         if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
894         {
895            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
896            SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
897            CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
898            StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
899            this->writeTimeAxisAttributes
900               (axisid, cal->getType(),
901                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
902                strTimeOrigin);
903         }         
904         
905
906      }
907
908      //---------------------------------------------------------------
909     
910      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
911                                                   const StdString & calendar,
912                                                   const StdString & units,
913                                                   const StdString & time_origin,
914                                                   const StdString & standard_name,
915                                                   const StdString & long_name,
916                                                   const StdString & title)
917      {
918         SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
919         SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
920         SuperClassWriter::addAttribute("title",         title        , &axis_name);
921         SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
922         SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
923         SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
924      }
925     
926      //---------------------------------------------------------------
927
928      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
929                                               const StdString & axis,
930                                               const StdString & standard_name,
931                                               const StdString & long_name,
932                                               const StdString & units,
933                                               const StdString & nav_model)
934      {
935         SuperClassWriter::addAttribute("axis"         , axis         , &axis_name);
936         SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
937         SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
938         SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
939         SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
940      }
941
942      //---------------------------------------------------------------
943     
944      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
945         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
946      {
947         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
948         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
949         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
950         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
951      }
952
953     void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL
954         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
955      {
956         CArray<int,1> array(2) ;
957
958         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
959         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
960         array=1,2 ;
961         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
962         array=ni_glo,nj_glo ;
963         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
964         array=ni,nj ;
965         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
966         array=ibegin,jbegin ;
967         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
968         array=ibegin+ni-1,jbegin+nj-1 ;
969         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
970         array=0,0 ;
971         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
972         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
973         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
974/*
975         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
976         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
977         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
978         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
979*/
980
981      }
982      //---------------------------------------------------------------
983
984      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
985                                                const StdString & description,
986                                                const StdString & conventions,
987                                                const StdString & production,
988                                                const StdString & timeStamp)
989      {
990         SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
991         SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
992         SuperClassWriter::addAttribute("conventions", conventions);
993         SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
994         SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
995      }
996
997      //---------------------------------------------------------------
998
999      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
1000                                               int data_dim,
1001                                               int data_ni,
1002                                               int data_nj,
1003                                               int data_ibegin,
1004                                               int data_jbegin)
1005      {
1006         SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
1007         SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
1008         SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
1009         SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
1010         SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
1011      }
1012
1013      ///--------------------------------------------------------------
1014
1015} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.