source: XIOS/trunk/src/output/nc4_data_output.cpp @ 477

Last change on this file since 477 was 472, checked in by ymipsl, 10 years ago

Enhancement : user defined global and field attribute can be output in the netcdfcf file.
A variable child element inclosed into a file element will be output as a global file attribute.
A variable child element inclosed into a field element will be output as a field attribute.

+ variable fortran interface added

YM
File size: 46.7 KB
Line 
1
2#include "nc4_data_output.hpp"
3
4#include <boost/lexical_cast.hpp>
5#include "attribute_template.hpp"
6#include "group_template.hpp"
7
8#include "file.hpp"
9#include "calendar.hpp"
10#include "context.hpp"
11#include "context_server.hpp"
12
13namespace xios
14{
15      /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
16      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
17         (const StdString & filename, bool exist)
18            : SuperClass()
19            , SuperClassWriter(filename, exist)
20            , filename(filename)
21      {
22         StdString timeid = StdString("time_counter");
23         SuperClass::type = MULTI_FILE;
24//         if (!exist)
25//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (const StdString & filename, bool exist, MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective)
30            : SuperClass()
31            , SuperClassWriter(filename, exist, &comm_file,multifile)
32            , comm_file(comm_file)
33            , filename(filename)
34            , isCollective(isCollective)
35      {
36         StdString timeid = StdString("time_counter");
37
38         SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39         
40 //        if (!exist)
41//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
42      }
43
44
45      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
46      { /* Ne rien faire de plus */ }
47
48      ///--------------------------------------------------------------
49
50      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
51      {
52         return (this->filename);
53      }
54
55      //---------------------------------------------------------------
56
57      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
58      {
59         if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
60         {
61           writeUnstructuredDomain(domain) ;
62           return ;
63         }
64         
65         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
66         CContextServer* server=context->server ;
67         
68         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
69         domain->checkAttributes();
70         
71         if (domain->isEmpty()) 
72           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
73
74         std::vector<StdString> dim0, dim1;
75         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
76                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
77         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
78
79
80         StdString dimXid, dimYid ;
81         
82         switch (domain->type)
83         {
84           case CDomain::type_attr::curvilinear :
85             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
86             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
87             break ;
88           case CDomain::type_attr::regular :
89             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
90             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
91             break;
92           case CDomain::type_attr::unstructured :
93             dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
94             break;
95         }           
96         
97         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
98/*
99         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
100                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
101                             : lonid;
102         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
103                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
104                             : latid;
105*/
106
107         switch (SuperClass::type)
108         {
109            case (MULTI_FILE) :
110            {
111//               if (domain->isEmpty()) return;
112               
113               if (server->intraCommSize > 1)
114               {
115//                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
116//                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
117               }
118
119               switch (domain->type)
120               {
121                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
122                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
123                   lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
124                   latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
125                   break ;
126                 case CDomain::type_attr::regular :
127                   lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
128                   latid = StdString("lat").append(appendDomid);
129                   dim0.push_back(dimYid);
130                   dim1.push_back(dimXid);
131                   break;
132                 case CDomain::type_attr::unstructured :
133                   lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
134                   latid = StdString("lat").append(appendDomid);
135                   bounds_lonid=string("bounds_lon").append(appendDomid);
136                   bounds_latid=string("bounds_lat").append(appendDomid);
137                   dim0.push_back(dimXid);
138                   break;
139               }
140               
141               if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
142               {
143                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
144               }
145               else
146               {
147                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
148                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
149               }
150               
151               if (server->intraCommSize > 1)
152               {
153                  if (domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
154                  {
155                    this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
156                                               domain->zoom_ni_srv,
157                                               domain->zoom_jbegin_srv,
158                                               domain->zoom_nj_srv,
159                                               appendDomid);
160                 
161                    if (singleDomain) this->writeLocalAttributes_IOIPSL(domain->zoom_ibegin_srv,
162                                               domain->zoom_ni_srv,
163                                               domain->zoom_jbegin_srv,
164                                               domain->zoom_nj_srv,
165                                               domain->ni_glo,domain->nj_glo,
166                                               server->intraCommRank,server->intraCommSize);
167                 }
168               }
169               
170               switch (domain->type)
171               {
172                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
173                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
174                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
175                   break ;
176                  case CDomain::type_attr::regular :
177                    SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
178                    SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
179                    break ;
180                  case CDomain::type_attr::unstructured :
181                    SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
182                    SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
183               }
184               
185               this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
186               this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
187
188               dim0.clear();
189               if (domain->type != CDomain::type_attr::unstructured) dim0.push_back(dimYid);
190               dim0.push_back(dimXid);
191
192
193// supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
194// supress mask               {
195// supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
196// supress mask
197// supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
198// supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
199// supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
200// supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
201// supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
202// supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
203// supress mask               }
204                 
205               //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
206
207               SuperClassWriter::definition_end();
208
209               switch (domain->type)
210               {
211                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
212                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
213                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
214                   break; 
215                 case CDomain::type_attr::regular :
216                   CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
217                   SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
218                   CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
219                   SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
220                   break;
221               }
222               SuperClassWriter::definition_start();
223
224               break;
225            }
226            case (ONE_FILE) :
227            {
228               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni.getValue());
229               SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj.getValue());
230
231               
232               switch (domain->type)
233               {
234                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
235                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
236                   lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
237                   latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
238                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
239                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
240                   break;
241
242                 case CDomain::type_attr::regular :
243                   dim0.push_back(dimYid);
244                   dim1.push_back(dimXid);
245                   lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
246                   latid = StdString("lat").append(appendDomid);
247                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
248                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
249                   break;
250               }
251               this->writeAxisAttributes
252                  (lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
253               this->writeAxisAttributes
254                  (latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
255
256
257               SuperClassWriter::definition_end();
258               switch (domain->type)
259               {
260                 case CDomain::type_attr::curvilinear :
261                 {
262                   std::vector<StdSize> start(2) ; 
263                   std::vector<StdSize> count(2) ;
264                   if (domain->isEmpty())
265                   {
266                     start[0]=0 ; start [1]=0 ; 
267                     count[0]=0 ; count[1]=0 ; 
268                   }
269                   else
270                   {
271                     start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
272                     count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
273                   }
274                 
275                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
276                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
277                   break;
278                 }
279                 case CDomain::type_attr::regular :
280                 {
281                   std::vector<StdSize> start(1) ; 
282                   std::vector<StdSize> count(1) ;
283                   if (domain->isEmpty())
284                   {
285                     start[0]=0 ; 
286                     count[0]=0 ; 
287                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
288                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);                 }
289                   else
290                   {
291                     start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
292                     count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
293                     CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
294                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
295
296                     start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; 
297                     count[0]=domain->zoom_ni_srv ; 
298                     CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
299                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
300                   }
301                   break;
302                 }
303               }
304               SuperClassWriter::definition_start();
305               break;
306            }           
307            default :
308               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
309                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
310                     << " not implemented yet !");
311         }
312         domain->addRelFile(this->filename);
313      }
314
315      void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
316      {
317         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
318         CContextServer* server=context->server ;
319         
320         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
321         domain->checkAttributes();
322         
323         if (domain->isEmpty()) 
324           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
325
326         std::vector<StdString> dim0, dim1;
327         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
328                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
329         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
330
331
332         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
333         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
334       
335         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
336
337         switch (SuperClass::type)
338         {
339            case (MULTI_FILE) :
340            {
341               lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
342               latid = StdString("lat").append(appendDomid);
343               dim0.push_back(dimXid);
344
345               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_nj_srv);
346               SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
347               SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
348               
349               bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
350               bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
351             
352               
353               this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
354               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
355               this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
356               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
357               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
358               dim0.clear();
359               if (domain->hasBounds)
360               { 
361                 dim0.push_back(dimXid);
362                 dim0.push_back(dimVertId);
363                 SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
364                 SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
365               }
366               
367               dim0.clear();
368               dim0.push_back(dimXid);
369
370               SuperClassWriter::definition_end();
371
372               SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
373               SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
374               
375               if (domain->hasBounds)
376               { 
377                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
378                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
379               }
380               SuperClassWriter::definition_start();
381               break ;
382            }
383
384            case (ONE_FILE) :
385            {
386               lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
387               latid = StdString("lat").append(appendDomid);
388               bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
389               bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
390               dim0.push_back(dimXid);
391               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
392               SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
393               SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
394               this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
395               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
396               this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);                                           
397               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
398               if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
399               dim0.clear();
400               
401               if (domain->hasBounds) 
402               {
403                 dim0.push_back(dimXid);
404                 dim0.push_back(dimVertId);
405                 SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
406                 SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
407               }
408               
409               SuperClassWriter::definition_end();
410               
411               std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ; 
412               std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
413               if (domain->isEmpty())
414               {
415                 start[0]=0 ; 
416                 count[0]=0 ; 
417                 startBounds[1]=0 ; 
418                 countBounds[1]=domain->nvertex ;
419                 startBounds[0]=0 ; 
420                 countBounds[0]=0 ; 
421               }
422               else
423               {
424                 start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin ; 
425                 count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
426                 startBounds[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin ; 
427                 startBounds[1]=0 ; 
428                 countBounds[0]=domain->zoom_nj_srv ;   
429                 countBounds[1]=domain->nvertex ;
430               }
431               SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
432               SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
433               if (domain->hasBounds) 
434               {
435                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
436                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
437               }
438 
439               
440               SuperClassWriter::definition_start();
441
442               break;
443            }           
444            default :
445               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
446                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
447                     << " not implemented yet !");
448         }
449         domain->addRelFile(this->filename);
450      }
451      //--------------------------------------------------------------
452
453      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
454      {
455         if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
456         axis->checkAttributes();
457         StdSize zoom_size=axis->zoom_size.getValue() ;
458         StdSize zoom_begin=axis->zoom_begin.getValue()-1 ;
459         
460         std::vector<StdString> dims;
461         StdString axisid = (!axis->name.isEmpty())
462                           ? axis->name.getValue() : axis->getId();
463         SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
464         dims.push_back(axisid);
465         
466         switch (SuperClass::type)
467         {
468            case (MULTI_FILE ) :
469            {}
470            case (ONE_FILE) :
471            {
472               SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
473
474               SuperClassWriter::addAttribute("axis", StdString("Z"), &axisid);
475
476               if (!axis->standard_name.isEmpty())
477                  SuperClassWriter::addAttribute
478                     ("standard_name",  axis->standard_name.getValue(), &axisid);
479
480               if (!axis->long_name.isEmpty())
481                  SuperClassWriter::addAttribute
482                     ("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
483
484               if (!axis->unit.isEmpty())
485                  SuperClassWriter::addAttribute
486                     ("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
487
488              if (!axis->positive.isEmpty())
489                if (axis->positive==CAxis::positive_attr::up) SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("up"), &axisid);
490                else   SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("down"), &axisid);
491
492               SuperClassWriter::definition_end();
493               
494               CArray<double,1> axis_value(zoom_size) ;
495               for(StdSize i = 0 ; i < zoom_size ; i++) axis_value(i)=axis->value(i+zoom_begin) ;
496               SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
497               
498               SuperClassWriter::definition_start();
499
500               break;
501            }
502            default :
503               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
504                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
505                     << " not implemented yet !");
506         }
507         axis->addRelFile(this->filename);
508     }
509     
510     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
511     {
512       SuperClassWriter::addDimension("time_counter");
513     }
514      //--------------------------------------------------------------
515
516      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
517      {
518         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
519         CContextServer* server=context->server ;
520
521         std::vector<StdString> dims, coodinates;
522         CGrid* grid = field->grid;
523         CDomain* domain = grid->domain;
524           
525         if (domain->isEmpty()) 
526           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
527
528         StdString timeid    = StdString("time_counter");
529         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
530                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
531         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
532 
533//         bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
534//         bool isCurvilinear = (domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear) ;
535         
536         StdString dimXid,dimYid ;
537       
538         switch (domain->type)
539         {
540           case CDomain::type_attr::curvilinear :
541             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
542             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
543             break ;
544           case CDomain::type_attr::regular :
545             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
546             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
547             break ;
548           case CDomain::type_attr::unstructured :
549             dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
550             break ;
551        }
552         
553/*
554         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
555                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
556                             : lonid;
557         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
558                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
559                             : latid;
560*/
561         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
562                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
563
564//         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
565//         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
566//          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
567         
568         nc_type type ;
569         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
570         else
571         {
572           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
573           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
574           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ; 
575         }
576                     
577         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once);
578                         
579         if (wtime)
580         {
581           
582            //StdOStringStream oss;
583           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
584           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
585          //oss
586            if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
587            else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
588            dims.push_back(timeid);
589         }
590
591         if (!grid->axis_ref.isEmpty())
592         {
593            CAxis* axis = grid->axis ;
594            StdString axisid = (!axis->name.isEmpty()) ? axis->name.getValue() : axis->getId();
595            dims.push_back(axisid);
596            coodinates.push_back(axisid);
597         }
598
599         switch (domain->type)
600         {
601           case CDomain::type_attr::curvilinear :
602             coodinates.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomid));
603             coodinates.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomid));
604             break;
605           case CDomain::type_attr::regular :             
606           case CDomain::type_attr::unstructured :   
607            coodinates.push_back(StdString("lon").append(appendDomid));
608            coodinates.push_back(StdString("lat").append(appendDomid));
609             break;
610         }
611
612         if ( domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear || domain->type == CDomain::type_attr::regular)dims.push_back(dimYid);
613         dims.push_back(dimXid);
614         
615         SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
616         
617         if (!field->standard_name.isEmpty())
618            SuperClassWriter::addAttribute
619               ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
620
621         if (!field->long_name.isEmpty())
622            SuperClassWriter::addAttribute
623               ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
624
625         if (!field->unit.isEmpty())
626            SuperClassWriter::addAttribute
627               ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
628
629          if (!field->valid_min.isEmpty())
630            SuperClassWriter::addAttribute
631               ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
632
633         if (!field->valid_max.isEmpty())
634            SuperClassWriter::addAttribute
635               ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
636
637          if (!field->scale_factor.isEmpty())
638            SuperClassWriter::addAttribute
639               ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
640
641           if (!field->add_offset.isEmpty())
642            SuperClassWriter::addAttribute
643               ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
644                                           
645         SuperClassWriter::addAttribute
646               ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
647
648        // write child variables as attributes
649       
650       
651         vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
652         for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
653
654               
655         if (wtime)
656         {
657            CDuration duration ;
658
659            duration=CDuration::FromString(field->freq_op) ;
660            duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
661            SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", duration.toString(), &fieldid);
662
663            duration=CDuration::FromString(field->getRelFile()->output_freq) ;
664            duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
665            SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", duration.toString(), &fieldid);
666         }
667         
668         if (!field->default_value.isEmpty())
669         {
670            double default_value = field->default_value.getValue();
671            float fdefault_value = (float)default_value;
672            if (type == NC_DOUBLE)
673               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
674            else
675               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
676         }
677         else
678         {
679            double * default_value = NULL;
680            SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, default_value);
681         }             
682
683         {  // Ecriture des coordonnées
684         
685            StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
686            std::vector<StdString>::iterator
687               itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
688           
689            for (; itc!= endc; itc++)
690            {
691               StdString & coord = *itc;
692               if (itc+1 != endc)
693                     coordstr.append(coord).append(" ");
694               else  coordstr.append(coord);
695            }
696
697            SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
698
699         }
700
701      }
702
703      //--------------------------------------------------------------
704
705      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
706      {
707         StdString filename = (!file->name.isEmpty())
708                            ? file->name.getValue() : file->getId();
709         StdString description = (!file->description.isEmpty())
710                               ? file->description.getValue()
711                               : StdString("Created by xios");
712         this->writeFileAttributes(filename, description,
713                                   StdString ("CF-1.1"),
714                                   StdString("An IPSL model"),
715                                   this->getTimeStamp());
716         if (file->nbDomain==1) singleDomain=true ;
717         else singleDomain=false ;
718      }
719 
720      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
721      {
722        string name ;
723        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
724        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
725        else return ;
726       
727        if (var->getVarType()==CVariable::t_int) addAttribute(name,var->getData<int>(),&fieldId) ; 
728        else if (var->getVarType()==CVariable::t_short_int) addAttribute(name,var->getData<short int>(),&fieldId) ; 
729        else if (var->getVarType()==CVariable::t_long_int) addAttribute(name,var->getData<long int>(),&fieldId) ; 
730        else if (var->getVarType()==CVariable::t_float) addAttribute(name,var->getData<float>(),&fieldId) ; 
731        else if (var->getVarType()==CVariable::t_double) addAttribute(name,var->getData<double>(),&fieldId) ; 
732        else addAttribute(name,var->getData<string>(),&fieldId) ; 
733     }
734 
735     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
736     {
737        string name ;
738        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
739        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
740        else return ;
741       
742        if (var->getVarType()==CVariable::t_int) addAttribute(name,var->getData<int>()) ; 
743        else if (var->getVarType()==CVariable::t_short_int) addAttribute(name,var->getData<short int>()) ; 
744        else if (var->getVarType()==CVariable::t_long_int) addAttribute(name,var->getData<long int>()) ; 
745        else if (var->getVarType()==CVariable::t_float) addAttribute(name,var->getData<float>()) ; 
746        else if (var->getVarType()==CVariable::t_double) addAttribute(name,var->getData<double>()) ; 
747        else addAttribute(name,var->getData<string>()) ; 
748     }     
749 
750      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
751      {
752         SuperClassWriter::sync() ;
753      }
754
755      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
756      {
757         SuperClassWriter::close() ;
758      }
759
760      //---------------------------------------------------------------
761
762      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
763      {
764         const int buffer_size = 100;
765         time_t rawtime;
766         struct tm * timeinfo = NULL;
767         char buffer [buffer_size];
768
769         time ( &rawtime );
770         timeinfo = localtime ( &rawtime );
771         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
772
773         return (StdString(buffer));
774      }
775     
776      //---------------------------------------------------------------
777     
778      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
779      {
780         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
781//          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
782         CContextServer* server=context->server ;
783
784         CGrid* grid = field->grid ;
785         CDomain* domain = grid->domain ;
786         
787         if(SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) if (domain->isEmpty()) return;
788
789
790         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty()) 
791                             ? field->name.getValue() 
792                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
793                             
794         StdOStringStream oss;
795         string timeAxisId ;
796         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisId="time_instant" ;
797         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisId="time_centered" ;
798
799             
800         CArray<double,1> time_data(1) ;
801         CArray<double,1> time_counter(1) ;
802               
803        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once));
804                                 
805        if (wtime)
806        {
807          time_counter(0)= (Time(*field->last_Write_srv)+Time(*field->lastlast_Write_srv))/2 -Time(context->calendar->getTimeOrigin());
808          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) 
809            time_data(0) = Time(*field->last_Write_srv)-Time(context->calendar->getTimeOrigin());
810          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) time_data(0) = time_counter(0);
811         
812         }
813         
814         
815         bool isRoot ;
816         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
817         else isRoot=false ;
818         
819         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
820         {
821           double scaleFactor=1. ;
822           double addOffset=0. ;
823           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor=field->scale_factor ;
824           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset=field->add_offset ;
825           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor,addOffset) ;
826         }
827           
828         if (grid->hasAxis()) // 3D
829         {
830            CAxis* axis = grid->axis ;
831            CArray<double,3> field_data3D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv,axis->zoom_size) ;
832            if (!field->default_value.isEmpty()) field_data3D = field->default_value ;
833
834            field->outputField(field_data3D);
835
836            if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) field_data3D=round(field_data3D) ;
837
838            switch (SuperClass::type)
839           {
840              case (MULTI_FILE) :
841              {
842                 SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
843                 if (wtime) 
844                 {
845                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
846                   SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
847                 }
848                 break ;
849              }
850              case (ONE_FILE) :
851              {
852                 std::vector<StdSize> start(3) ; 
853                 std::vector<StdSize> count(3) ;
854                 if (domain->isEmpty())
855                 {
856                   start[0]=0 ; start[1]=0 ; start[2]=0 ;
857                   count[0]=0 ; count[1]=0 ; start[2]=0 ;
858                 }
859                 else
860                 {
861//                 start[2]=domain->zoom_ibegin_loc.getValue()-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_loc.getValue()-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
862                   start[2]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
863                   count[2]=domain->zoom_ni_srv ; count[1]=domain->zoom_nj_srv ; count[0] = axis->zoom_size.getValue();
864                 }
865                 SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count );
866                 if (wtime) 
867                 {
868                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
869                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
870                 }
871                 break;
872              }
873            }
874           
875         }
876         else // 2D
877         {
878            CArray<double,2> field_data2D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv) ;
879            if (!field->default_value.isEmpty()) field_data2D = field->default_value ;
880            field->outputField(field_data2D);
881            if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) field_data2D=round(field_data2D) ;
882            switch (SuperClass::type)
883            {
884              case (MULTI_FILE) :
885              {
886                SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
887                if (wtime) 
888                {
889                  SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
890                  SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
891                }
892                break;
893              }
894              case (ONE_FILE) :
895              {
896                 std::vector<StdSize> start(2) ; 
897                 std::vector<StdSize> count(2) ;
898                 if (domain->isEmpty())
899                 {
900                   start[0]=0 ; start[1]=0 ;
901                   count[0]=0 ; count[1]=0 ;
902                 }
903                 else
904                 {
905                   start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
906                   count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
907                 }
908
909                 SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count);
910                 if (wtime) 
911                 {
912                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
913                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
914                 }                   
915                 break; 
916             
917              }
918            }
919         }
920      }
921
922      //---------------------------------------------------------------
923
924      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
925                  (CField*    field,
926                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
927      {
928         StdOStringStream oss;
929         
930//         if (field->operation.getValue().compare("once") == 0) return ;
931         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once) return ;
932                               
933//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
934//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
935         
936         string  axisid ;   
937         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
938         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
939         
940         std::vector<StdString> dims;
941//         StdString axisid = oss.str();
942         StdString timeid = StdString("time_counter");
943
944         dims.push_back(timeid);
945         if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
946         {
947            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
948           
949            CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
950//            StdOStringStream oss2;
951//            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
952//                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
953//            StdString strInitdate=oss2.str() ;
954            StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
955            this->writeTimeAxisAttributes
956               (axisid, cal->getType(),
957                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
958                strTimeOrigin);
959         }
960
961         dims.clear() ;
962         axisid = "time_counter" ;
963         timeid = "time_counter" ;
964
965         dims.push_back(timeid);
966         if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
967         {
968            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
969            SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
970            CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
971            StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
972            this->writeTimeAxisAttributes
973               (axisid, cal->getType(),
974                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
975                strTimeOrigin);
976         }         
977         
978
979      }
980
981      //---------------------------------------------------------------
982     
983      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
984                                                   const StdString & calendar,
985                                                   const StdString & units,
986                                                   const StdString & time_origin,
987                                                   const StdString & standard_name,
988                                                   const StdString & long_name,
989                                                   const StdString & title)
990      {
991         SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
992         SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
993         SuperClassWriter::addAttribute("title",         title        , &axis_name);
994         SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
995         SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
996         SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
997      }
998     
999      //---------------------------------------------------------------
1000
1001      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1002                                               const StdString & axis,
1003                                               const StdString & standard_name,
1004                                               const StdString & long_name,
1005                                               const StdString & units,
1006                                               const StdString & nav_model)
1007      {
1008         SuperClassWriter::addAttribute("axis"         , axis         , &axis_name);
1009         SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1010         SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
1011         SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
1012         SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
1013      }
1014
1015      //---------------------------------------------------------------
1016     
1017      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
1018         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
1019      {
1020         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
1021         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
1022         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
1023         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
1024      }
1025
1026     void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL
1027         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
1028      {
1029         CArray<int,1> array(2) ;
1030
1031         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
1032         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
1033         array=1,2 ;
1034         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
1035         array=ni_glo,nj_glo ;
1036         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
1037         array=ni,nj ;
1038         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
1039         array=ibegin,jbegin ;
1040         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
1041         array=ibegin+ni-1,jbegin+nj-1 ;
1042         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
1043         array=0,0 ;
1044         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
1045         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
1046         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
1047/*
1048         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
1049         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
1050         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
1051         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
1052*/
1053
1054      }
1055      //---------------------------------------------------------------
1056
1057      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
1058                                                const StdString & description,
1059                                                const StdString & conventions,
1060                                                const StdString & production,
1061                                                const StdString & timeStamp)
1062      {
1063         SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
1064         SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
1065         SuperClassWriter::addAttribute("conventions", conventions);
1066         SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
1067         SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
1068      }
1069
1070      //---------------------------------------------------------------
1071
1072      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
1073                                               int data_dim,
1074                                               int data_ni,
1075                                               int data_nj,
1076                                               int data_ibegin,
1077                                               int data_jbegin)
1078      {
1079         SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
1080         SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
1081         SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
1082         SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
1083         SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
1084      }
1085
1086      ///--------------------------------------------------------------
1087
1088} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.