Ignore:
Timestamp:
01/22/19 16:15:03 (5 years ago)
Author:
yushan
Message:

dev on ADA

Location:
XIOS/dev/branch_openmp
Files:
15 added
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • XIOS/dev/branch_openmp/arch/arch-X64_ADA.env

    r986 r1638  
    1 module unload compilerwrappers 
     1module load gcc/6.4.0 
     2module load  intel/2018.2 
    23module unload netcdf 
    34module unload hdf5 
    4  
    5 module load netcdf/mpi/4.1.3 
     5#module load netcdf/mpi/4.1.3 
    66#module load hdf5/mpi/1.8.9 
    7  
    8 export NETCDF_INC_DIR=/smplocal/pub/NetCDF/4.1.3/mpi/include 
    9 export NETCDF_LIB_DIR=/smplocal/pub/NetCDF/4.1.3/mpi/lib 
    10 export HDF5_INC_DIR=/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/par/include 
    11 export HDF5_LIB_DIR=/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/par/lib 

  • XIOS/dev/branch_openmp/arch/arch-X64_ADA.fcm

    r1545 r1638  
    33################################################################################ 
    44 
    5 %CCOMPILER      mpiicc -qopenmp -D_usingEP -D_intelmpi  
    6 %FCOMPILER      mpiifort -qopenmp -D_usingEP -D_intelmpi 
    7 %LINKER         mpiifort  -nofor-main -qopenmp -D_usingEP -D_intelmpi 
     5%CCOMPILER      mpiicc -std=c++11  
     6%FCOMPILER      mpiifort  
     7%LINKER         mpiifort  -nofor-main 
    88 
    9  
    10 %BASE_CFLAGS    -std=c++11 -diag-disable 1125 -diag-disable 279 
     9%BASE_CFLAGS    -diag-disable 1125 -diag-disable 279  
    1110%PROD_CFLAGS    -O3 -D BOOST_DISABLE_ASSERTS 
    1211%DEV_CFLAGS     -g -traceback 
    13 %DEBUG_CFLAGS   -DBZ_DEBUG -g  -fno-inline  
    14  
     12%DEBUG_CFLAGS   -DBZ_DEBUG -g -traceback -fno-inline 
    1513 
    1614%BASE_FFLAGS    -D__NONE__  
    1715%PROD_FFLAGS    -O3 
    1816%DEV_FFLAGS     -g -O2 -traceback 
    19 %DEBUG_FFLAGS   -g  
     17%DEBUG_FFLAGS   -g -traceback 
    2018 
    2119%BASE_INC       -D__NONE__ 
    22 %BASE_LD        -lstdc++  
     20%BASE_LD        -lstdc++ -Wl,-rpath=/smplocal/pub/NetCDF/4.1.3/mpi/lib:/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/par/lib 
    2321 
    2422%CPP            mpiicc -EP 

  • XIOS/dev/branch_openmp/arch/arch-X64_ADA.path

    r986 r1638  
    1 NETCDF_INCDIR="-I $NETCDF_INC_DIR" 
    2 #NETCDF_LIBDIR="-L $NETCDF_LIB_DIR" 
    3 #NETCDF_LIB="-lnetcdff -lnetcdf" 
     1NETCDF_INCDIR="-I/smplocal/pub/NetCDF/4.1.3/mpi/include" 
     2NETCDF_LIBDIR="-L/smplocal/pub/NetCDF/4.1.3/mpi/lib" 
     3NETCDF_LIB="-lnetcdff -lnetcdf" 
    44 
    55MPI_INCDIR="" 
    … …  
    77MPI_LIB="" 
    88 
    9 #HDF5_INCDIR="-I $HDF5_INC_DIR" 
    10 #HDF5_LIBDIR="-L $HDF5_LIB_DIR" 
    11 #HDF5_LIB="-lhdf5_hl -lhdf5 -lhdf5 -lz" 
     9HDF5_INCDIR="-I/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/par/include" 
     10HDF5_LIBDIR="-L/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/par/lib" 
     11HDF5_LIB="-lhdf5_hl -lhdf5 -lhdf5 -lz" 
    1212 
    1313OASIS_INCDIR="-I$PWD/../../oasis3-mct/BLD/build/lib/psmile.MPI1" 

  • XIOS/dev/branch_openmp/bld.cfg

    r1556 r1638  
    88# ------------------------------------------------------------------------------ 
    99 
    10 inc arch.fcm 
    11 inc config.fcm 
     10# Specifying the build directory and src::blitz if necessary. 
     11inc bld_dir.cfg 
    1212 
    1313%CFLAGS           %BASE_CFLAGS %COMPIL_CFLAGS 
    … …  
    1515%LD_FLAGS         %ARCH_LD %BASE_LD 
    1616 
    17  
    18 dest::root   $PWD 
    19  
    2017bld::infile_ext::cpp   C::SOURCE 
    2118bld::infile_ext::conf  CPP::INCLUDE 
    2219bld::infile_ext::hpp   CPP::INCLUDE 
    2320 
     21# IMPORTANT: as the build directory may not necessarily coincide with the source directory,  
     22# each source subfolder should be declared individually 
     23search_src           false 
     24src::xios                               $PWD/src 
     25src::xios::config                       $PWD/src/config 
     26src::xios::date                         $PWD/src/date 
     27src::xios::filter                       $PWD/src/filter 
     28src::xios::functor                      $PWD/src/functor 
     29src::xios::interface::c                 $PWD/src/interface/c 
     30src::xios::interface::c_attr            $PWD/src/interface/c_attr 
     31src::xios::interface::fortran           $PWD/src/interface/fortran 
     32src::xios::interface::fortran_attr      $PWD/src/interface/fortran_attr 
     33src::xios::io                           $PWD/src/io 
     34src::xios::node                         $PWD/src/node 
     35src::xios::parse_expr                   $PWD/src/parse_expr 
     36src::xios::test                         $PWD/src/test 
     37src::xios::transformation               $PWD/src/transformation 
     38src::xios::transformation::Functions    $PWD/src/transformation/Functions 
     39src::xios::type                         $PWD/src/type 
    2440 
    25 search_src           true 
    26 src::zzz . 
    27 src::date $PWD/extern/boost/src/date_time 
    28 src::blitz $PWD/extern/blitz/src 
    2941src::netcdf $PWD/extern/netcdf4 
    3042src::remap $PWD/extern/remap/src 
    31 src::src_ep_dev $PWD/extern/src_ep_dev 
    32 #src::src_ep_dev $PWD/extern/ep_dev 
     43src::ep $PWD/extern/src_ep_dev 
     44#src::ep $PWD/extern/src_ep_dev2 
     45 
    3346bld::lib xios 
    34 bld::target libxios.a  
     47#bld::target libxios.a  
    3548#bld::target generate_fortran_interface.exe  
    36 bld::target xios_server.exe  
     49#bld::target test_remap.exe 
     50#bld::target xios_server.exe  
    3751#bld::target test_regular.exe 
    38 #bld::target test_expand_domain.exe 
    39 #bld::target test_new_features.exe  
    40 #bld::target test_unstruct_complete.exe  
    41 #bld::target test_omp.exe  
    42 #bld::target test_complete_omp.exe  
    43 #bld::target test_remap.exe  
    44 #bld::target test_remap_ref.exe  
    45 #bld::target test_remap_omp.exe  
    46 #bld::target test_unstruct_omp.exe 
    47 #bld::target test_netcdf_omp.exe 
    48 #bld::target test_client.exe  
     52#bld::target test_xios2_cmip6.exe 
     53#bld::target test_new_features.exe test_unstruct_complete.exe  
     54#bld::target test_remap.exe#bld::target test_complete.exe 
    4955#bld::target test_complete.exe 
    50 #bld::target test_remap.exe 
    51 #bld::target test_xios2_cmip6.exe 
    52 #bld::target test_connectivity_expand.exe 
    53 #bld::target toy_cmip6.exe 
    54 #bld::target toy_cmip6_omp.exe 
     56#bld::target test_client.exe 
     57bld::target test_omp.exe 
     58#bld::target test_unstruct_complete.exe 
     59#bld::target test_unstructured.exe 
    5560bld::exe_dep 
    5661 
    … …  
    6368bld::tool::ld        %LINKER 
    6469bld::tool::ldflags   %LD_FLAGS  
    65 bld::tool::cflags    %CFLAGS %CBASE_INC -I${PWD}/extern/src_netcdf -I${PWD}/extern/boost/include -I${PWD}/extern/rapidxml/include -I${PWD}/extern/blitz/include  
     70bld::tool::cflags    %CFLAGS %CBASE_INC -I${PWD}/extern/src_netcdf -I${PWD}/extern/boost/include -I${PWD}/extern/rapidxml/include -I${PWD}/extern/blitz/include -I${PWD}/extern/src_ep_dev  
     71#bld::tool::cflags    %CFLAGS %CBASE_INC -I${PWD}/extern/src_netcdf -I${PWD}/extern/boost/include -I${PWD}/extern/rapidxml/include -I${PWD}/extern/blitz/include -I${PWD}/extern/src_ep_dev2  
    6672bld::tool::fflags    %FFLAGS %FBASE_INC  
    6773bld::tool::cppkeys   %CPP_KEY 
    … …  
    7177# Pre-process code before analysing dependencies 
    7278bld::pp    false           
    73 bld::pp::interface/fortran              true 
    74 bld::pp::interface/fortran_attr         true 
     79bld::pp::xios::interface::fortran              true 
     80bld::pp::xios::interface::fortran_attr         true 
    7581bld::excl_dep        use::mod_prism_get_comm 
    7682bld::excl_dep        use::mod_prism_get_localcomm_proto 

  • XIOS/dev/branch_openmp/inputs/iodef.xml

    r1544 r1638  
    1111     <field id="field_Domain"  operation="average" freq_op="3600s" domain_ref="domain_A"/> 
    1212     <field id="field_A_zoom"  operation="average" freq_op="3600s" field_ref="field_A" grid_ref="grid_A_zoom"/> 
    13      <field id="field_Scalar"  operation="average" freq_op="3600s" grid_ref="grid_Scalar"/> 
     13     <field id="field_Scalar"  operation="instant" freq_op="3600s" grid_ref="grid_Scalar"/> 
    1414   </field_definition> 
    1515 
    1616 
    1717   <file_definition type="one_file" par_access="collective" output_freq="1h" output_level="10" enabled=".TRUE."> 
    18      <file id="output" name="output" enabled=".TRUE."> 
     18     <file id="output" name="output" > 
    1919        <field field_ref="field_A" name="field_A" /> 
    2020        <field field_ref="field_A_zoom" name="field_B" /> 
    2121     </file> 
    22      <file id="output1" name="output1" enabled=".TRUE."> 
     22     <file id="output1" name="output1"> 
    2323        <field field_ref="field_A" name="field_A" /> 
    2424     </file> 
    25      <file id="output2" name="output2" enabled=".TRUE."> 
     25     <file id="output2" name="output2" > 
    2626        <field field_ref="field_Scalar" name="field_A" /> 
    2727     </file> 
    … …  
    7171        <variable_group id="parameters" > 
    7272          <variable id="using_server" type="bool">false</variable> 
    73           <variable id="info_level" type="int">50</variable> 
     73          <variable id="info_level" type="int">100</variable> 
    7474          <variable id="print_file" type="bool">true</variable> 
    7575        </variable_group> 

  • XIOS/dev/branch_openmp/make_xios

    r1157 r1638  
    55use_oasis="false" 
    66oasis="oasis3_mct" 
     7build_path="./" 
     8build_dir="./" 
     9build_suffixed="false" 
     10use_extern_boost="false" 
     11use_extern_blitz="false" 
    712use_memtrack="false" 
    813job="1" 
    914netcdf_lib="netcdf4_par" 
    1015compil_mode="prod" 
    11 arch_path="arch" 
    12 arch_default_path="arch" 
     16arch_path=$PWD/"arch" 
     17arch_default_path=$PWD/"arch" 
    1318arch_defined="FALSE" 
    1419arch_path_defined="FALSE" 
    … …  
    2934            echo "       [--full] : to generate dependencies and recompile from scratch" 
    3035            echo "       [--use_oasis 'oasis3' 'oasis3_mct' : default oasis3_mct] : to use Oasis coupler" 
     36        echo "       [--build_path : absolute path to the build directory" 
     37        echo "       [--build_dir : name of the build directory" 
     38        echo "       [--build_suffixed : generate automatically suffixed name of the build directory (e.g. config_X64_CURIE_prod)" 
     39        echo "       [--use_extern_boost : to use external boost library" 
     40        echo "       [--use_extern_blitz : to use external blitz library" 
    3141            echo "       [--doc] : to generate Doxygen documentation (not available yet)" 
    3242            echo "       [--job ntasks] : to use parallel compilation with ntasks" 
    … …  
    4454         "--full")  compil_full="true"  ; shift ;; 
    4555         "--use_oasis")  use_oasis="true" oasis=$2 ; shift ; shift  ;; 
     56         "--build_path")  build_path=$2     ; shift ; shift ;; 
     57         "--build_dir")  build_dir=$2     ; shift ; shift ;; 
     58         "--build_suffixed")  build_suffixed="true" ; shift  ;; 
     59         "--use_extern_boost")  use_extern_boost="true" ; shift  ;; 
     60         "--use_extern_blitz")  use_extern_blitz="true" ; shift  ;; 
    4661         "--doc")   doc="true"          ; shift ;; 
    4762         "--job")   job=$2              ; shift ; shift ;; 
    4863         "--netcdf_lib")   netcdf_lib=$2 ; shift ; shift ;; 
    4964         "--memtrack")  use_memtrack="true" memtrack=$2  ; shift ; shift ;; 
    50           *)         code="$1"           ; shift ;; 
    51        esac 
    52     done 
     65         *)         code="$1"           ; shift ;; 
     66      esac 
     67   done 
    5368 
    5469# Installation des sources 
    … …  
    5873    echo -e "- uncompress archives ..."          
    5974    for tarname in `ls $install_dir/tools/archive/*.tar.gz` ; do 
     75        if  ( [[ ${tarname} == "${install_dir}/tools/archive/boost.tar.gz" ]] && [[ "$use_extern_boost" == "true" ]] ) || ( [[ ${tarname} == "${install_dir}/tools/archive/blitz.tar.gz" ]] && [[ "$use_extern_blitz" == "true" ]] ) 
     76        then 
     77                continue 
     78        fi 
    6079        gunzip -f "$tarname" 
    6180        tar -xf ${tarname%.gz} 
    6281    done 
    6382fi 
     83 
     84# Definition of the root directory of the build 
     85 
     86if [[ "$build_path" == "./" ]]; then 
     87  install_dir=$PWD 
     88else 
     89  install_dir=${build_path} 
     90fi 
     91 
     92if [[ "$build_suffixed" == "true" ]]; then 
     93    install_dir="${install_dir}/config_${arch}_${compil_mode}" 
     94else 
     95    install_dir="${install_dir}/${build_dir}" 
     96fi 
     97 
     98mkdir -p $install_dir 
     99 
     100rm -f ${PWD}/bld_dir.cfg 
     101echo "inc    ${install_dir}/arch.fcm" >> ${PWD}/bld_dir.cfg  
     102echo "inc    ${install_dir}/config.fcm" >> ${PWD}/bld_dir.cfg 
     103echo "dir::root  ${install_dir}"   >> ${PWD}/bld_dir.cfg 
    64104 
    65105# Vérification de la présence d'un identifiant d'architecture. 
    … …  
    77117if [[ "$arch_defined" == "TRUE" ]] 
    78118then 
    79   rm -f arch.path 
    80   rm -f arch.fcm 
    81   rm -f arch.env 
     119  rm -f ${install_dir}/arch.path 
     120  rm -f ${install_dir}/arch.fcm 
     121  rm -f ${install_dir}/arch.env 
    82122 
    83123  if test -f $arch_path/arch-${arch}.path 
    84124  then 
    85     ln -s $arch_path/arch-${arch}.path arch.path 
     125    ln -s $arch_path/arch-${arch}.path ${install_dir}/arch.path 
    86126  elif test -f $arch_default_path/arch-${arch}.path 
    87127  then 
    88     ln -s $arch_default_path/arch-${arch}.path arch.path 
     128    ln -s $arch_default_path/arch-${arch}.path ${install_dir}/arch.path 
    89129  fi 
    90130         
    91131  if test -f $arch_path/arch-${arch}.fcm 
    92132  then 
    93     ln -s $arch_path/arch-${arch}.fcm arch.fcm 
     133    ln -s $arch_path/arch-${arch}.fcm ${install_dir}/arch.fcm 
    94134  elif test -f $arch_default_path/arch-${arch}.fcm 
    95135  then 
    96     ln -s $arch_default_path/arch-${arch}.fcm arch.fcm 
     136    ln -s $arch_default_path/arch-${arch}.fcm ${install_dir}/arch.fcm 
    97137  fi 
    98138 
    99139  if test -f $arch_path/arch-${arch}.env 
    100140  then 
    101     ln -s $arch_path/arch-${arch}.env arch.env 
     141    ln -s $arch_path/arch-${arch}.env ${install_dir}/arch.env 
    102142  elif test -f $arch_default_path/arch-${arch}.env 
    103143  then 
    104     ln -s $arch_default_path/arch-${arch}.env arch.env 
     144    ln -s $arch_default_path/arch-${arch}.env ${install_dir}/arch.env 
    105145  else 
    106     ln -s .void_file arch.env 
     146    ln -s .void_file ${install_dir}/arch.env 
    107147  fi 
    108   source arch.env 
    109   source arch.path 
     148  source ${install_dir}/arch.env 
     149  source ${install_dir}/arch.path 
    110150else 
    111151      echo "Please choose a target achitecture --> list all available architecture using make_xios --avail!" 
    … …  
    170210fi  
    171211 
     212# Setting path for boost 
     213if [[ "$use_extern_boost" == "true" ]] 
     214then 
     215   rm -r $PWD/extern/boost 
     216   ln -s $PWD/.void_dir $PWD/extern/boost 
     217else 
     218   export BOOST_INCDIR="-I${PWD}/extern/boost" 
     219   export BOOST_LIBDIR="" 
     220   export BOOST_LIB="" 
     221fi 
     222 
     223# Setting path for blitz 
     224if [[ "$use_extern_blitz" == "true" ]] 
     225then 
     226   rm -r $PWD/extern/blitz 
     227   ln -s $PWD/.void_dir $PWD/extern/blitz 
     228else 
     229   echo "src::blitz $PWD/extern/blitz/src" >> ${PWD}/bld_dir.cfg 
     230   export BLITZ_INCDIR="-I${PWD}/extern/blitz" 
     231   export BLITZ_LIBDIR="" 
     232   export BLITZ_LIB="" 
     233fi 
     234 
     235 
    172236if [[ "$use_memtrack" == "true" ]] 
    173237   then 
    174238   XIOS_CPPKEY="$XIOS_CPPKEY XIOS_MEMTRACK" 
    175    if [[ "$memtrack" == "light" ]] 
    176     then 
    177         XIOS_CPPKEY="$XIOS_CPPKEY XIOS_MEMTRACK_LIGHT" 
     239 
     240    if [[ "$memtrack" == "light" ]] 
     241    then 
     242        XIOS_CPPKEY="$XIOS_CPPKEY XIOS_MEMTRACK_LIGHT" 
    178243    elif [[ "$memtrack" == "FULL"  ]] 
    179244    then 
    … …  
    186251fi  
    187252 
    188 XIOS_CINCDIR="$NETCDF_INCDIR $HDF5_INCDIR $MPI_INCDIR" 
    189 XIOS_FINCDIR="$NETCDF_INCDIR $XIOS_FINCDIR $MPI_INCDIR" 
     253XIOS_CINCDIR="$NETCDF_INCDIR $HDF5_INCDIR $MPI_INCDIR $BOOST_INCDIR $BLITZ_INCDIR" 
     254XIOS_FINCDIR="$NETCDF_INCDIR $XIOS_FINCDIR $MPI_INCDIR $BOOST_INCDIR $BLITZ_INCDIR" 
    190255 
    191256XIOS_LIB="$XIOS_LIB $NETCDF_LIBDIR $HDF5_LIBDIR $MPI_LIBDIR $NETCDF_LIB $HDF5_LIB $MPI_LIB" 
    192257 
    193 rm -f config.fcm 
    194 echo "%COMPIL_CFLAGS $COMPIL_CFLAGS" >> config.fcm 
    195 echo "%COMPIL_FFLAGS $COMPIL_FFLAGS" >> config.fcm 
    196 echo "%CPP_KEY       $XIOS_CPPKEY"   >> config.fcm 
    197  
    198 echo "%CBASE_INC     $XIOS_CINCDIR" >> config.fcm      
    199 echo "%FBASE_INC     $XIOS_FINCDIR" >> config.fcm 
    200 echo "%ARCH_LD       $XIOS_LIB"     >> config.fcm  
     258rm -f ${install_dir}/config.fcm 
     259echo "%COMPIL_CFLAGS $COMPIL_CFLAGS" >> ${install_dir}/config.fcm 
     260echo "%COMPIL_FFLAGS $COMPIL_FFLAGS" >> ${install_dir}/config.fcm 
     261echo "%CPP_KEY       $XIOS_CPPKEY"   >> ${install_dir}/config.fcm 
     262 
     263echo "%CBASE_INC     $XIOS_CINCDIR" >> ${install_dir}/config.fcm      
     264echo "%FBASE_INC     $XIOS_FINCDIR" >> ${install_dir}/config.fcm 
     265echo "%ARCH_LD       $XIOS_LIB"     >> ${install_dir}/config.fcm  
    201266 
    202267echo "=> Using "$compil_mode" mode for compiling under architecture \""$arch"\" !" 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.