source: tags/libIGCM_v1_5/AA_atlas_PISCES @ 858

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Add PISCES atlas and commands to submit it. Update mask patch for PISCES output files. Thanks to Christian.
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Line 
1#-Q- platine #!/usr/bin/ksh
2#-Q- platine ##################
3#-Q- platine ## PLATINE   CEA ##
4#-Q- platine ##################
5#-Q- platine #BSUB -J ATL_PIS           # Nom du job
6#-Q- platine #BSUB -N                   # message a la fin du job
7#-Q- platine #BSUB -n 1                 # reservation des processeurs pour le job
8#-Q- platine #BSUB -W 1:00              # Limite temps
9#-Q- platine #BSUB -q post              # Passage en queue post
10#-Q- sx8brodie #!/bin/ksh
11#-Q- sx8brodie #######################
12#-Q- sx8brodie ## SX8BRODIE   IDRIS ##
13#-Q- sx8brodie #######################
14#-Q- sx8brodie # Temps Elapsed max. d'une requete hh:mm:ss
15#-Q- sx8brodie # @ wall_clock_limit = 10:00:00
16#-Q- sx8brodie # Nom du travail LoadLeveler
17#-Q- sx8brodie # @ job_name   = ATL_PIS
18#-Q- sx8brodie # Fichier de sortie standard du travail       
19#-Q- sx8brodie # @ output     = $(job_name).$(jobid)
20#-Q- sx8brodie # Fichier de sortie d'erreur du travail
21#-Q- sx8brodie # @ error      =  $(job_name).$(jobid)
22#-Q- sx8brodie # pour recevoir un mail en cas de depassement du temps Elapsed (ou autre pb.)
23#-Q- sx8brodie # @ notification = error
24#-Q- sx8brodie # @ environment  = $POST_DIR ; $SUBMIT_DIR ; $libIGCM ; $R_INIT ; $R_BC ; $StandAlone ; $RESOL_ATM ; $RESOL_OCE ; $RESOL_ICE ; $RESOL_MBG ; $RESOL_SRF ; $R_SAVE ; $config_UserChoices_JobName ; $config_UserChoices_TagName ; $YEARS ; $MASTER
25#-Q- sx8brodie # @ queue
26#-Q- aix6 #!/bin/ksh
27#-Q- aix6 #######################
28#-Q- aix6 ##   VARGAS   IDRIS  ##
29#-Q- aix6 #######################
30#-Q- aix6 # Temps Elapsed max. d'une requete hh:mm:ss
31#-Q- aix6 # @ wall_clock_limit = 10:00:00
32#-Q- aix6 # Nom du travail LoadLeveler
33#-Q- aix6 # @ job_name   = ATL_PIS
34#-Q- aix6 # Fichier de sortie standard du travail       
35#-Q- aix6 # @ output     = $(job_name).$(jobid)
36#-Q- aix6 # Fichier de sortie d'erreur du travail
37#-Q- aix6 # @ error      =  $(job_name).$(jobid)
38#-Q- aix6 # pour recevoir un mail en cas de depassement du temps Elapsed (ou autre pb.)
39#-Q- aix6 # @ notification = error
40#-Q- aix6 # @ environment  = $POST_DIR ; $SUBMIT_DIR ; $libIGCM ; $R_INIT ; $R_BC ; $StandAlone ; $RESOL_ATM ; $RESOL_OCE ; $RESOL_ICE ; $RESOL_MBG ; $RESOL_SRF ; $R_SAVE ; $config_UserChoices_JobName ; $config_UserChoices_TagName ; $YEARS ; $MASTER
41#-Q- aix6 # @ queue
42#-Q- sx8mercure #!/bin/ksh
43#-Q- sx8mercure ######################
44#-Q- sx8mercure ## SX8MERCURE   CEA ##
45#-Q- sx8mercure ######################
46#-Q- sx8mercure #PBS -N  ATL_PIS             # Nom du job
47#-Q- sx8mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr
48#-Q- sx8mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission
49#-Q- sx8mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go
50#-Q- sx8mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00   # Limite temps a 2 heures
51#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire
52#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh
53#-Q- sx9mercure ######################
54#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ##
55#-Q- sx9mercure ######################
56#-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_PIS        # Nom du job               
57#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud
58#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus
59#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job
60#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o"
61#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh"
62#-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard
63#-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard
64#-Q- default #!/bin/ksh
65#-Q- default ##################
66#-Q- default ## DEFAULT HOST ##
67#-Q- default ##################
68
69# $Date: 2010-01-22 12:24:21 +0100 (Fri, 22 Jan 2010) $
70# $Author: aclsce $
71# $Revision: 215 $
72# IPSL (2006)
73#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC
74
75#set -eu
76#set -vx
77
78date
79
80#-Q- sx8brodie export OMP_NUM_THREADS=1
81#-Q- aix6 export OMP_NUM_THREADS=1
82
83########################################################################
84
85. ${libIGCM}/libIGCM_debug/libIGCM_debug.ksh
86      ( ${DEBUG_debug} ) && IGCM_debug_Check
87. ${libIGCM}/libIGCM_card/libIGCM_card.ksh
88     ( ${DEBUG_debug} ) && IGCM_card_Check
89. ${libIGCM}/libIGCM_date/libIGCM_date.ksh
90     ( ${DEBUG_debug} ) && IGCM_date_Check
91#-------
92. ${libIGCM}/libIGCM_sys/libIGCM_sys.ksh
93
94########################################################################
95
96#set -vx
97
98R_ATLAS=ATLAS/SE_${YEARS}
99R_OUT_MBG=${R_SAVE}/MBG
100
101RUN_DIR=${RUN_DIR_PATH}/ATLAS_PISCES_${YEARS}
102IGCM_sys_MkdirWork ${RUN_DIR}
103IGCM_sys_Cd ${RUN_DIR}
104
105# --------------------------------------------
106# Insert your commands between III...III lines
107# and precise produced directories to save
108# IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
109
110IGCM_sys_Get ${R_OUT_MBG}/Analyse/SE/${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_ptrc_T.nc  ${RUN_DIR}
111IGCM_sys_Get ${R_OUT_MBG}/Analyse/SE/${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_diad_T.nc  ${RUN_DIR}
112
113atlas -o ${RUN_DIR}/${R_ATLAS}/MBG_T -l ${FER_ATLAS}/atlas_p_PISCES_diag1_*.cfg  \
114                                        ${FER_ATLAS}/atlas_p_PISCES_diag0_a.cfg  ${RUN_DIR}/${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_ptrc_T.nc
115atlas -o ${RUN_DIR}/${R_ATLAS}/MBG_F -l ${FER_ATLAS}/atlas_p_PISCES_diag2_a.cfg  \
116                                        ${FER_ATLAS}/atlas_p_PISCES_diag0_b.cfg  ${RUN_DIR}/${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_diad_T.nc
117
118# IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
119
120# Put ferret journal files together
121for file in $( ls ${R_ATLAS}/MBG_T/*/*jnl ) ; do
122    echo -e "\n\n################################" ;
123    echo -e "$file\n" ; cat $file ;
124done  > ${R_ATLAS}/MBG_T/allferretscript.txt
125
126for file in $( ls ${R_ATLAS}/MBG_F/*/*jnl ) ; do
127    echo -e "\n\n################################" ;
128    echo -e "$file\n" ; cat $file ;
129done  > ${R_ATLAS}/MBG_F/allferretscript.txt
130# Clear some files
131find . \( -name "*.stdout" -o -name "*.jnl" \) -print -exec rm -f {} \;
132
133# Save files
134IGCM_sys_Put_Dir ATLAS ${R_SAVE}
135
136IGCM_sys_Rm -Rf ATLAS
137IGCM_sys_Rm ${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_ptrc_T.nc
138IGCM_sys_Rm ${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_diad_T.nc
139
140# DODS copy
141IGCM_sys_TestDirArchive ${R_SAVE}/${R_ATLAS}
142[ $? = 0 ] && IGCM_sys_Put_Dods ${R_ATLAS}
143
144# Clean RUN_DIR_PATH (necessary for cesium)
145IGCM_sys_RmRunDir -Rf ${RUN_DIR_PATH}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.