source: tags/libIGCM_v1_7/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercurex9.ksh @ 1137

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Add SUBLIT_DIR in messgae snt at the end of each simulation. Complete messages in clean_month.
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision
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Line 
1#!/bin/ksh
2
3#**************************************************************
4# Author: Sebastien Denvil, Martial Mancip
5# Contact: Martial.Mancip_ipsl.jussieu.fr
6# $Date$
7# $Author$
8# $Revision$
9# IPSL (2006)
10#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC
11# History:
12# Modification:
13#
14#**************************************************************
15
16#=========================================================
17# The documentation of this file can be automatically generated
18# if you use the prefix #D- for comments to be extracted.
19# Extract with command: cat lib* | grep "^#D-" | cut -c "4-"
20#=========================================================
21
22#D-#==================================================
23#D-LibIGCM_sys for Mercure SX9
24#D-#==================================================
25#D-
26#D- This ksh library if a layer under some usefull
27#D-environment variables and shell commands.
28#D-All those definitions depend on host particularities.
29#D-It manages a stack mechanism and test validity of operations.
30#D-All function described bellow must be prefixed by IGCM_sys.
31
32#====================================================
33# libIGCM_sys PARAMETERS
34#====================================================
35
36# gawk specific location on SX9
37export PATH=/applications/gawk-3.0.4/bin:${PATH}
38
39#====================================================
40# set DEBUG_sys to true to output calls of function
41typeset -r DEBUG_sys=${DEBUG_sys:=true}
42
43#====================================================
44# Turn in dry run mode ? (sys_Put_Rest, sys_Put_Out, sys_Get)
45typeset -r DRYRUN=${DRYRUN:=0}
46
47# YOU MUST COMPILE YOUR EXE FILES FOR DRYRUN MODE !
48# -------------------------------------------------------------------------------------
49# | DRYRUN=  |  Date computations, | sys_Get    |  Exe    | sys_Put_Out; sys_Put_Rest |
50# |          |  Cp/Exe param files |            |  Chmod  |                           |
51# |          |      Qsub           |            |         |                           |
52# -------------------------------------------------------------------------------------
53# |    0     |       yes           |    yes     |  yes    |      yes                  |
54# -------------------------------------------------------------------------------------
55# |    1     |       yes           |    yes     |  yes    |      no                   |
56# -------------------------------------------------------------------------------------
57# |    2     |       yes           |    yes     |  no     |      no                   |
58# -------------------------------------------------------------------------------------
59# |    3     |       yes           |    no      |  no     |      no                   |
60# -------------------------------------------------------------------------------------
61
62#=====================================================
63# Global Variables :
64#=====================================================
65# Language : "fr" or "en"
66typeset -r MYLANG="fr"
67
68#=====================================================
69# Host and user names
70# $hostname ou hostname
71typeset  HOST=${HOST:=$( hostname )}
72# $username ou whoami
73typeset  LOGIN=${LOGIN:=$( whoami )}
74# $hostname of the MASTER job
75typeset -r MASTER=mercure
76
77#D-
78#D-#==================================================
79#D-Program used in libIGCM
80#D-#==================================================
81
82# rsync with path
83typeset -r RSYNC=/home/cont003/p86denv/SX_RSYNC/bin/rsync
84# RSYNC_opt args to rsync
85typeset -r RSYNC_opt="-va"
86# ie storage filesystem
87typeset -r RHOST=mercure
88
89#====================================================
90# Host specific DIRECTORIES
91#====================================================
92
93#====================================================
94#- R_EXE   (==> BIN_DIR = ${MODIPSL}/bin )
95typeset -r R_EXE="${MODIPSL}/bin"
96
97#====================================================
98#- SUBMIT_DIR : submission dir
99typeset SUBMIT_DIR=${SUBMIT_DIR:=${PBS_O_WORKDIR}}
100
101#====================================================
102#- ARCHIVE
103typeset -r ARCHIVE=${DMFDIR}
104
105# ============ CESIUM START ============ #
106
107#====================================================
108#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed
109#ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' )
110#if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then
111#    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true}
112#else
113#    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false}
114#fi
115
116#====================================================
117#- libIGCM_POST
118#if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then
119#    PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" )
120#    typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM
121#else
122#    typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM}
123#fi
124
125# ============ CESIUM  END  ============ #
126
127#====================================================
128#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed
129typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false}
130
131#====================================================
132#- libIGCM_POST
133typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM}
134
135#====================================================
136#- IN
137typeset -r R_IN=${R_IN:=/dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM}
138
139#====================================================
140#- OUT
141typeset -r R_OUT=${ARCHIVE}/IGCM_OUT
142
143#====================================================
144#- OUT_POST
145typeset -r R_OUT_POST=${SCRATCHDIR}/IGCM_OUT
146
147#====================================================
148#- RUN_DIR_PATH : Temporary working directory (=> TMP)
149typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=${LOCALTMPDIR}}
150
151#====================================================
152#- BIG_DIR : BIG_DIR to store files waiting for rebuild
153typeset -r BIG_DIR=${BIG_DIR:=${SCRATCHDIR}/REBUILD}
154
155#====================================================
156#- HOST_MPIRUN_COMMAND
157typeset -r HOST_MPIRUN_COMMAND=${HOST_MPIRUN_COMMAND:="mpirun"}
158
159#====================================================
160#- Max number of arguments passed to nco operator or demigration command
161UNIX_MAX_LIMIT=360
162
163#D-#==================================================
164#D-function IGCM_sys_RshArchive
165#D-* Purpose: Archive rsh command
166#D-* Examples:
167#D-
168function IGCM_sys_RshArchive {
169    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshArchive" $@
170    /bin/ksh <<-EOF
171${@}
172EOF
173    if [ $? -gt 0 ] ; then
174        echo "IGCM_sys_RshArchive : erreur."
175        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshArchive"
176    fi
177    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshArchive"
178}
179
180#D-#==================================================
181#D-function IGCM_sys_RshPost
182#D-* Purpose: Post-process rsh command
183#D-* Examples:
184#D-
185function IGCM_sys_RshPost {
186    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshPost" $@
187    if ( $DEBUG_sys ) ; then
188        echo "IGCM_sys_RshPost :" $@
189    fi
190
191# ============ CESIUM START ============ #
192#    typeset NB_ESSAI DELAI status
193#    #nombre d'essai avant abandon
194#    NB_ESSAI=5
195#    #temps entre chaque essai
196#    DELAI=10
197#    i=0
198#    while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do
199#        ssh -t mercure ssh cesium /bin/ksh ${@} 2>/dev/null
200#        status=$?
201#        if [ ${status} -ne 0 ];
202#        then
203#            sleep $DELAI
204#        else
205#            break
206#        fi
207#        let i=$i+1
208#    done
209# ============ CESIUM  END  ============ #
210
211
212    /bin/ksh ${@}
213    if [ $? -gt 0 ] ; then
214        echo "IGCM_sys_RshPost : erreur."
215        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost"
216    fi
217    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshPost"
218}
219
220#D-#==================================================
221#D-function IGCM_sys_SendMail
222#D-* Purpose: Send mail when simulation is over
223#D-* Examples:
224#D-
225function IGCM_sys_SendMail {
226    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_SendMailPost" $@
227    if ( $DEBUG_sys ) ; then
228        echo "IGCM_sys_SendMail :" $@
229    fi
230
231    ssh mercure /bin/ksh <<-EOF
232    export LOGIN=${LOGIN}
233    export config_UserChoices_JobName=${config_UserChoices_JobName}
234    export config_UserChoices_MailName=${config_UserChoices_MailName}
235    export DateBegin=${DateBegin}
236    export DateEnd=${DateEnd}
237    export R_SAVE=${R_SAVE}
238    export SUMBIT_DIR=${SUMBIT_DIR}
239
240    cat  << END_MAIL > job_end.mail
241Dear ${LOGIN},
242
243  Simulation ${config_UserChoices_JobName} is finished on supercomputer `hostname`.
244  Job started : ${DateBegin}
245  Job ended   : ${DateEnd}
246  Ouput files are available in ${R_SAVE}
247  Script files and Script Outputs are available in ${SUBMIT_DIR}
248END_MAIL
249
250    if [ ! -z ${config_UserChoices_MailName} ] ; then
251       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" ${config_UserChoices_MailName} <  job_end.mail
252    elif [ -f ~/.forward ] ; then
253       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" $( cat ~/.forward ) < job_end.mail
254    fi
255
256    sleep 10
257    rm -f job_end.mail
258EOF
259
260    if [ $? -gt 0 ] ; then
261        echo "IGCM_sys_SendMail : erreur."
262        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_SendMail"
263    fi
264    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_SendMail"
265}
266
267#D-#==================================================
268#D-function IGCM_sys_Mkdir
269#D-* Purpose: Master locale mkdir command
270#D-* Examples:
271#D-
272function IGCM_sys_Mkdir {
273    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mkdir" $@
274    if ( $DEBUG_sys ) ; then
275        echo "IGCM_sys_Mkdir :" $@
276    fi
277    if [ ! -d ${1} ]; then
278        \mkdir -p $1
279        if [ $? -gt 0 ] ; then
280            echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
281            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
282        fi
283    fi
284    # vérification :
285    if [ ! -d ${1} ] ; then
286        echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
287        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
288    fi
289    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mkdir"
290}
291
292#D-#==================================================
293#D-function IGCM_sys_MkdirArchive
294#D-* Purpose: Mkdir on Archive
295#D-* Examples:
296#D-
297function IGCM_sys_MkdirArchive {
298    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirArchive" $@
299    if ( $DEBUG_sys ) ; then
300        echo "IGCM_sys_MkdirArchive :" $@
301    fi
302    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
303    if [ ! -d ${1} ]; then 
304        \mkdir -p $1
305        if [ $? -gt 0 ] ; then
306            echo "IGCM_sys_MkdirArchive : erreur."
307            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirArchive"
308        fi
309    fi
310    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirArchive"
311}
312
313#D-#==================================================
314#D-function IGCM_sys_MkdirWork
315#D-* Purpose: Mkdir on Work
316#D-* Examples:
317#D-
318function IGCM_sys_MkdirWork {
319    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirWork" $@
320    if ( $DEBUG_sys ) ; then
321        echo "IGCM_sys_MkdirWork :" $@
322    fi
323    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
324    if [ ! -d ${1} ]; then 
325        \mkdir -p $1
326        if [ $? -gt 0 ] ; then
327            echo "IGCM_sys_MkdirWork : erreur."
328            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirWork"
329        fi
330    fi
331    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirWork"
332}
333
334#D-#==================================================
335#D-function IGCM_sys_Cd
336#D-* Purpose: master cd command
337#D-* Examples:
338#D-
339function IGCM_sys_Cd {
340    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cd" $@
341    if ( $DEBUG_sys ) ; then
342        echo "IGCM_sys_Cd :" $@
343    fi
344    \cd $1
345    if [ $? -gt 0 ] ; then
346        echo "IGCM_sys_Cd : erreur."
347        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cd"
348    fi
349    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cd"
350}
351
352#D-#==================================================
353#D-function IGCM_sys_Chmod
354#D-* Purpose: Chmod
355#D-* Examples:
356#D-
357function IGCM_sys_Chmod {
358    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Chmod" -- $@
359    if ( $DEBUG_sys ) ; then
360        echo "IGCM_sys_Chmod :" $@
361    fi
362    if [ $DRYRUN -le 1 ]; then
363        \chmod $@
364        if [ $? -gt 0 ] ; then
365            echo "IGCM_sys_Chmod : erreur."
366            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Chmod"
367        fi
368    else
369        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
370    fi
371    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Chmod"
372}
373
374#D-#==================================================
375#D-function IGCM_sys_FileSize
376#D-* Purpose: Filesize
377#D-* Examples:
378#D-
379function IGCM_sys_FileSize {
380    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FileSize" $@
381
382    typeset sizeF
383    set +A sizeF -- $( ls -la ${1} )
384    if [ $? -gt 0 ] ; then
385        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_FileSize"
386    fi
387    eval ${2}=${sizeF[4]}
388
389    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FileSize"
390}
391
392#D-#==================================================
393#D-function IGCM_sys_TestDir
394#D-* Purpose: Test Directory that must exists
395#D-* Examples:
396#D-
397function IGCM_sys_TestDir {
398    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDir" $@
399    if ( $DEBUG_sys ) ; then
400        echo "IGCM_sys_TestDir :" $@
401    fi
402    typeset ExistFlag
403    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
404    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDir"
405
406    return ${ExistFlag}
407}
408
409#D-#==================================================
410#D-function IGCM_sys_TestDirArchive
411#D-* Purpose: Test Directory that must exists on Archive
412#D-* Examples:
413#D-
414function IGCM_sys_TestDirArchive {
415    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDirArchive" $@
416    if ( $DEBUG_sys ) ; then
417        echo "IGCM_sys_TestDirArchive :" $@
418    fi
419    typeset ExistFlag
420    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
421    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDirArchive"
422
423    return ${ExistFlag}
424}
425
426#D-#==================================================
427#D-function IGCM_sys_TestFileArchive
428#D-* Purpose: Test file that must NOT EXISTS on Archive
429#D-* Examples:
430#D-
431function IGCM_sys_TestFileArchive {
432    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestFileArchive" $@
433    typeset ExistFlag
434    ExistFlag=$( [ -f $1 ] && echo 0 || echo 1 )
435    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestFileArchive"
436
437    return ${ExistFlag}
438}
439
440#D-#==================================================
441#D-function IGCM_sys_CountFileArchive
442#D-* Purpose: Count files on Archive filesystem
443#D-* Examples:
444#D-
445function IGCM_sys_CountFileArchive {
446    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_CountFileArchive" $@
447    ls ${@} 2>/dev/null | wc -l
448    if [ $? -gt 0 ] ; then
449        echo "IGCM_sys_CountFileArchive : erreur."
450    fi
451    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_CountFileArchive"
452}
453
454#D-#==================================================
455#D-function IGCM_sys_Tree
456#D-* Purpose: Tree directories with files on ${ARCHIVE}
457#D-* Examples: IGCM_sys_Tree ${R_IN} ${R_OUT}
458#D-
459function IGCM_sys_Tree {
460    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tree" $@
461    if ( $DEBUG_sys ) ; then
462        echo "IGCM_sys_Tree :" $@
463    fi
464
465    \ls -lR ${@}
466
467    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tree"
468}
469
470#D-#==================================================
471#D-function IGCM_sys_Tar
472#D-* Purpose: master un-tar command
473#D-* Examples:
474#D-
475function IGCM_sys_Tar {
476    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tar" $@
477    if ( $DEBUG_sys ) ; then
478        echo "IGCM_sys_Tar :" $@
479    fi
480    \tar xvf $1
481    if [ $? -gt 0 ] ; then
482        echo "IGCM_sys_Tar : erreur."
483        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Tar"
484    fi
485    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tar"
486}
487
488#D-#==================================================
489#D-function IGCM_sys_UnTar
490#D-* Purpose: master un-tar command
491#D-* Examples:
492#D-
493function IGCM_sys_UnTar {
494    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_UnTar" $@
495    if ( $DEBUG_sys ) ; then
496        echo "IGCM_sys_UnTar :" $@
497    fi
498    \tar xvf $1
499    if [ $? -gt 0 ] ; then
500        echo "IGCM_sys_UnTar : erreur."
501        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_UnTar"
502    fi
503    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_UnTar"
504}
505
506#D-#==================================================
507#D-function IGCM_sys_Qsub
508#D-* Purpose: Qsub new job
509#D-* Examples:
510#D-
511function IGCM_sys_Qsub {
512    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Qsub" $@
513    if ( $DEBUG_sys ) ; then
514        echo "IGCM_sys_Qsub :" $@
515    fi
516    /usr/bin/nqsII/qsub -o ${Script_Output} -N ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} < $1
517    if [ $? -gt 0 ] ; then
518        echo "IGCM_sys_Qsub : erreur -o ${Script_Output} -N ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} $@."
519        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Qsub"
520    fi
521    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Qsub"
522}
523
524#D-#==================================================
525#D-function IGCM_sys_QsubPost
526#D-* Purpose: Qsub new job on scalaire
527#D-* Examples:
528#D-
529function IGCM_sys_QsubPost {
530    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_QsubPost" $@
531    if ( $DEBUG_sys ) ; then
532        echo "IGCM_sys_QsubPost :" $@
533    fi
534    # ============ CESIUM START ============ #
535    #/usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out -e ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job
536    # ============ CESIUM  END  ============ #
537    /usr/bin/nqsII/qsub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out ${libIGCM}/$1.job -v ${listVarEnv}
538    if [ $? -gt 0 ] ; then
539        echo "IGCM_sys_QsubPost : erreur " $@
540        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_QsubPost"
541    fi
542    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_QsubPost"
543}
544
545#D-*************************
546#D- File transfer functions
547#D-*************************
548#D-
549
550#D-#==================================================
551#D-function IGCM_sys_Rsync_out
552#D-* Purpose: treat return val of rsync
553#D-* Examples: IGCM_sys_Rsync_out out_RET_rsync
554#D-  Error values and explanations can depend on your system version.
555function IGCM_sys_Rsync_out {
556    RET=$1
557    if [ ! $RET ] ; then
558        echo "rsync error !"
559    fi
560
561    if [ $MYLANG = "fr" ]; then
562        case $RET in
563            0)  return ;;
564            1)  echo "Erreur de rsync ; RERR_SYNTAX : "
565                echo "Erreur de syntaxe ou d'utilisation."
566                return;;
567            2)  echo "Erreur de rsync ; RERR_PROTOCOL : "
568                echo "Incompatibilité de protocole."
569                return;;
570            3)  echo "Erreur de rsync ; RERR_FILESELECT 3"
571                echo "Erreurs  lors  de  la  sélection des fichiers d'entrée sortie et"
572                echo "répertoires"
573                return;;
574            4)  echo "Erreur de rsync ; RERR_UNSUPPORTED"
575                echo "Action demandée non supportée : une tentative de manipulation de"
576                echo "fichiers  64-bits  sur une plate-forme qui ne les supporte pas a"
577                echo "été faite ; ou une option qui est supportée par le  client  mais"
578                echo "pas par le serveur a été spécifiée."
579                return;;
580            10) echo "Erreur de rsync ; RERR_SOCKETIO"
581                echo "Erreur dans le socket d'entrée sortie"
582                return;;
583            11) echo "Erreur de rsync ; RERR_FILEIO"
584                echo "Erreur d'entrée sortie fichier"
585                return;;
586            12) echo "Erreur de rsync ; RERR_STREAMIO"
587                echo "Erreur dans flux de donnée du protocole rsync"
588                return;;
589            13) echo "Erreur de rsync ; RERR_MESSAGEIO"
590                echo "Erreur avec les diagnostics du programme"
591                return;;
592            14) echo "Erreur de rsync ; RERR_IPC"
593                echo "Erreur dans le code IPC"
594                return;;
595            20) echo "Erreur de rsync ; RERR_SIGNAL"
596                echo "SIGUSR1 ou SIGINT reçu"
597                return;;
598            21) echo "Erreur de rsync ; RERR_WAITCHILD"
599                echo "Une erreur retournée par waitpid()"
600                return;;
601            22) echo "Erreur de rsync ; RERR_MALLOC"
602                echo "Erreur lors de l'allocation des tampons de mémoire de coeur"
603                return;;
604            23) echo ""
605                echo "Erreur fichier inexistant"
606                return;;
607            30) echo "Erreur de rsync ; RERR_TIMEOUT"
608                echo "Temps d'attente écoulé dans l'envoi/réception de données"
609                return;;
610            *)  echo "Erreur de rsync : code de retour de rsync inconnu :" $RET
611                return;;
612        esac
613    elif [ $MYLANG = "en" ] ; then
614        case $RET in
615            0)  return;;               
616            1)  echo "rsync error : Syntax or usage error "
617                return;;
618            2)  echo "rsync error : Protocol incompatibility "
619                return;;
620            3)  echo "rsync error : Errors selecting input/output files, dirs"
621                return;;
622            4)  echo "rsync error : Requested action not supported: an attempt"
623                echo "was made to manipulate 64-bit files on a platform that cannot support"
624                echo "them; or an option was specified that is supported by the client and"
625                echo "not by the server."
626                return;;
627            5)  echo "rsync error : Error starting client-server protocol"
628                return;;
629            10) echo "rsync error : Error in socket I/O "
630                return;;
631            11) echo "rsync error : Error in file I/O "
632                return;;
633            12) echo "rsync error : Error in rsync protocol data stream "
634                return;;
635            13) echo "rsync error : Errors with program diagnostics "
636                return;;
637            14) echo "rsync error : Error in IPC code "
638                return;;
639            20) echo "rsync error : Received SIGUSR1 or SIGINT "
640                return;;
641            21) echo "rsync error : Some error returned by waitpid() "
642                return;;
643            22) echo "rsync error : Error allocating core memory buffers "
644                return;;
645            23) echo "rsync error : Partial transfer due to error"
646                return;;
647            24) echo "rsync error : Partial transfer due to vanished source files"
648                return;;
649            30) echo "rsync error : Timeout in data send/receive "
650                return;;
651            *)  echo "rsync error : return code of rsync unknown :" $RET
652                return;;
653        esac
654    else
655        echo "unknown language $MYLANG."
656        return
657    fi
658}
659   
660
661#D-#==================================================
662#D-function IGCM_sys_Miror_libIGCM
663#D-* Purpose: Mirror libIGCM PATH and lib to cesium
664#D-* Examples:
665#D-
666function IGCM_sys_Mirror_libIGCM {
667    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
668    if ( $DEBUG_sys ) ; then
669        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
670    fi
671
672    typeset RET DEST
673
674    mkdir -p ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}
675
676    echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} > out_rsync 2>&1
677    ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} >> out_rsync 2>&1
678    RET=$?
679
680    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
681        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM Warning : no libIGCM on cesium."
682        cat out_rsync
683    fi
684    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
685}
686
687#====================================================
688#- Call IGCM_sys_Mirror_libIGCM now !
689if ( $MirrorlibIGCM ) ; then
690    IGCM_sys_Mirror_libIGCM
691fi
692
693#D-#==================================================
694#D-function IGCM_sys_Cp
695#D-* Purpose: generic cp
696#D-* Examples:
697#D-
698function IGCM_sys_Cp {
699    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cp" $@
700    if ( $DEBUG_sys ) ; then
701        echo "IGCM_sys_Cp :" $@
702    fi
703
704    typeset RET
705
706    echo cp $@ > out_rsync 2>&1
707    \cp $@ >> out_rsync 2>&1
708    RET=$?
709
710    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
711        echo "IGCM_sys_Cp : error."
712        cat out_rsync
713        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cp"
714    fi
715    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cp"
716}
717
718#D-#==================================================
719#D-function IGCM_sys_Rm
720#D-* Purpose: generic rm
721#D-* Examples:
722#D-
723function IGCM_sys_Rm {
724    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Rm" -- $@
725    if ( $DEBUG_sys ) ; then
726        echo "IGCM_sys_Rm :" $@
727    fi
728
729    typeset RET
730
731    echo rm $@ > out_rsync 2>&1
732    \rm $@ >> out_rsync 2>&1
733    RET=$?
734
735    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
736        echo "IGCM_sys_Rm : error."
737        cat out_rsync
738        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Rm"
739    fi
740    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Rm"
741}
742
743#D-#==================================================
744#D-function IGCM_sys_Mv
745#D-* Purpose: generic move
746#D-* Examples:
747#D-
748function IGCM_sys_Mv {
749    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mv" $@
750    if ( $DEBUG_sys ) ; then
751        echo "IGCM_sys_Mv :" $@
752    fi
753
754    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
755
756        typeset RET
757           
758        echo mv $@ > out_rsync 2>&1
759        \mv $@ >> out_rsync 2>&1
760        RET=$?
761   
762        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
763            echo "IGCM_sys_Mv : error in mv."
764            cat out_rsync
765            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mv"
766        fi
767    else
768        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
769    fi
770
771    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mv"
772}
773
774#D-#==================================================
775#D-function IGCM_sys_Put_Dir
776#D-* Purpose: Copy a complete directory on $(ARCHIVE)
777#D-* Examples:
778#D-
779function IGCM_sys_Put_Dir {
780    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Dir" $@
781    if ( $DEBUG_sys ) ; then
782        echo "IGCM_sys_Put_Dir :" $@
783    fi
784    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
785        if [ ! -d ${1} ] ; then
786            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
787            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
788            return
789        fi
790
791        typeset RET
792
793        # Only if we use rsync
794        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
795        #
796        #USUAL WAY
797        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
798        RET=$?
799
800        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
801            echo "IGCM_sys_Put_Dir : error."
802            cat out_rsync
803            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Dir"
804        fi
805    else
806        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
807    fi
808    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
809}
810
811#D-#==================================================
812#D-function IGCM_sys_Get_Dir
813#D-* Purpose: Copy a complete directory from $(ARCHIVE)
814#D-* Examples:
815#D-
816function IGCM_sys_Get_Dir {
817    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get_Dir" $@
818    if ( $DEBUG_sys ) ; then
819        echo "IGCM_sys_Get_Dir :" $@
820    fi
821    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
822        if [ ! -d ${1} ] ; then
823            echo "WARNING : IGCM_sys_Get_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
824            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
825            return
826        fi
827
828        typeset RET
829
830        # Only if we use rsync
831        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
832        #
833        #USUAL WAY
834        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
835        RET=$?
836
837        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
838            echo "IGCM_sys_Get_Dir : error."
839            cat out_rsync
840            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get_Dir"
841        fi
842    else
843        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
844    fi
845    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
846}
847
848#D-#==================================================
849#D-function IGCM_sys_Put_Rest
850#D-* Purpose: Put computied restarts on $(ARCHIVE).
851#D-           File and target directory must exist.
852#D-* Examples:
853#D-
854function IGCM_sys_Put_Rest {
855    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Rest" $@
856    if ( $DEBUG_sys ) ; then
857        echo "IGCM_sys_Put_Rest :" $@
858    fi
859    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
860        if [ ! -f ${1} ] ; then
861            echo "ERROR : IGCM_sys_Put_Rest ${1} DOES NOT EXIST ."
862            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
863        fi
864
865        typeset RET
866        #
867        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
868            IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
869        fi
870        #
871        IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
872        #
873        # USUAL WAY
874        putfer $1 $2 > out_rsync 2>&1
875        RET=$?
876
877#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
878#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
879#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
880
881#       #RSYNC WITH NFS USE
882#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
883#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
884
885#       RET=$?
886#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
887
888#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
889#       (( RET=RET+$? ))
890
891        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
892            echo "IGCM_sys_Put_Rest : error."
893            cat out_rsync
894            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
895        fi
896    else
897        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
898    fi
899    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Rest"
900}
901
902#D-#==================================================
903#D-function IGCM_sys_Put_Out
904#D-* Purpose: Copy a file on $(ARCHIVE) after have chmod it in readonly
905#D-* Examples:
906#D-
907function IGCM_sys_Put_Out {
908    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Out" $@
909    if ( $DEBUG_sys ) ; then
910        echo "IGCM_sys_Put_Out :" $@
911    fi
912    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
913        if [ ! -f ${1} ] ; then
914            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Out ${1} DOES NOT EXIST ."
915            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
916            return 1
917        fi
918        #
919        IGCM_sys_MkdirArchive $( dirname $2 )
920        #
921        typeset RET
922
923        #=====================================================
924        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
925        #=====================================================
926
927        #echo ${2} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
928        #if [ $? -eq 0 ] ; then
929        #    typeset WORKPATH FILEPATH
930        #    WORKPATH=$( dirname $2 | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|" )
931        #    IGCM_sys_MkdirWork ${WORKPATH}
932        #    FILEPATH=${WORKPATH}/$( basename $2 )
933        #    #
934        #    IGCM_sys_Cp ${1} ${FILEPATH}
935        #fi
936
937        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
938            if [ X${3} = X ] ; then
939                IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
940            fi
941        fi
942        #
943        # USUAL WAY
944        putfer $1 $2 > out_rsync 2>&1
945        RET=$?
946
947#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
948#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
949#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
950
951#       #RSYNC WITH NFS USE
952#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
953#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
954
955#       RET=$?
956#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
957
958#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
959#       (( RET=RET+$? ))
960
961        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
962            echo "IGCM_sys_Put_Out : error."
963            cat out_rsync
964            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Out"
965        fi
966    else
967        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
968    fi
969    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
970    return 0
971}
972
973#D-#==================================================
974#D-function IGCM_sys_Get
975#D-* Purpose: Get a file from ${ARCHIVE}
976#D-* Examples: IGCM_sys_Get myfile /destpath/myfile_with_PREFIX
977#D-            IGCM_sys_Get /l Array_contain_myfiles /destpath/
978function IGCM_sys_Get {
979    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get" $@
980
981    typeset DEST RET dm_liste ifile target file_work
982
983    if ( $DEBUG_sys ) ; then
984        echo "IGCM_sys_Get :" $@
985    fi
986    if [ $DRYRUN -le 2 ]; then
987        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
988            # test if the first file is present in the old computation :
989            eval set +A dm_liste \${${2}}
990        else
991            eval set +A dm_liste ${1}
992        fi
993        eval DEST=\${${#}}
994
995        #=====================================================
996        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
997        #=====================================================
998
999        # Is it an R_OUT file (not R_IN) ?
1000        #echo ${dm_liste[0]} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
1001        #if [ $? -eq 0 ] ; then
1002        #    # Yes  ? then we try to get it in SCRATCHDIR
1003        #    set +A file_work $( echo ${dm_liste[*]} | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|" )
1004        #    if [ -f ${file_work[0]} ] ; then
1005        #       IGCM_sys_Cp ${file_work[*]} ${DEST}
1006        #       IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1007        #       return
1008        #    fi
1009        #fi
1010
1011        # test if the (first) file is present in the old computation :
1012        IGCM_sys_TestFileArchive ${dm_liste[0]}
1013        RET=$?
1014        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1015            echo "IGCM_sys_Get, ERROR : regular file ${dm_liste[0]} DOES NOT EXIST ."
1016            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1017            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1018            return
1019        fi
1020
1021        dmget ${dm_liste[*]} > out_rsync 2>&1
1022        RET=$?
1023        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1024            echo "IGCM_sys_Get : demigration error."
1025            cat out_rsync
1026            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1027        fi
1028
1029        #USUAL WAY
1030        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
1031            (( RET=0 ))
1032            for target in ${dm_liste[*]} ; do
1033                local_file=$( basename ${target} )
1034                \cp ${target} ${DEST}/${local_file} >> out_rsync 2>&1
1035                (( RET = RET + $? ))
1036            done
1037        else
1038            \cp ${dm_liste} ${DEST} >> out_rsync 2>&1
1039            RET=$?
1040        fi
1041
1042#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
1043#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1044#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1045
1046#       #RSYNC WITH NFS USE
1047#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1048#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1049
1050#       RET=$?
1051#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
1052
1053#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
1054#       (( RET=RET+$? ))
1055
1056        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1057            echo "IGCM_sys_Get : copy error."
1058            cat out_rsync
1059            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1060        fi
1061    else
1062        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
1063    fi
1064    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1065}
1066
1067############################################################## A FINIR !!
1068
1069#D-#==================================================
1070#D-function IGCM_sys_GetDate_FichWork
1071#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem WORK
1072#D-* Examples:
1073#D-
1074function IGCM_sys_GetDate_FichWork {
1075    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichWork" $@
1076    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1077        echo "IGCM_sys_GetDate_FichWork :" $@
1078    fi
1079    # donne la date filesys d'un fichier sur la machine work
1080    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichWork"
1081}
1082
1083#D-#==================================================
1084#D-function IGCM_sys_GetDate_FichArchive
1085#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem ARCHIVE
1086#D-* Examples:
1087#D-
1088function IGCM_sys_GetDate_FichArchive {
1089    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichArchive" $@
1090    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1091        echo "IGCM_sys_GetDate_FichArchive :" $@
1092    fi
1093    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichArchive"
1094}
1095
1096##############################################################
1097# REBUILD OPERATOR
1098
1099function IGCM_sys_rebuild {
1100    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_rebuild" -- $@
1101    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1102        echo "IGCM_sys_rebuild :" $@
1103    fi
1104    /home/cont003/p86ipsl/SX8/bin/rebuild -f -o $@
1105    if [ $? -gt 0 ] ; then
1106       echo "IGCM_sys_rebuild : erreur ${@}."
1107       IGCM_debug_Exit "rebuild"
1108    fi
1109
1110    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_rebuild"
1111}
1112
1113############################################################
1114# Activate Running Environnment Variables
1115
1116function IGCM_sys_activ_variables {
1117    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_activ_variables"
1118    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1119        echo "IGCM_sys_activ_variables"
1120    fi
1121
1122# --------------------------------------------------------------------
1123#D- MPI specifications
1124# --------------------------------------------------------------------
1125
1126#D-- MPISUSPEND
1127    export MPISUSPEND=${MPISUSPEND:=OFF}
1128
1129#D-- MPIPROGINF #other choices : ALL_DETAIL2
1130    export MPIPROGINF=ALL
1131#D- activate ftrace (with -ftrace)
1132    export F_FTRACE=YES
1133#D- communication information (with -ftrace)
1134    export MPICOMMINF=DETAIL
1135
1136# --------------------------------------------------------------------
1137#D- Other specifications
1138# --------------------------------------------------------------------
1139
1140#D- max number of character/line in output job
1141    export F_SYSLEN=5000
1142#D- number of error that can be admitted on the NEC
1143    export F_ERRCNT=0
1144#D- global performance
1145    export F_PROGINF=DETAIL
1146
1147#D- I/O performance (FORTRAN I/O only not netCDF)
1148    export F_FILEINF=${F_FILEINF:=NO}
1149#D- netCDF I/O performance
1150    export NC_FILEINF=${NC_FILEINF:=NO}
1151
1152    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_activ_variables"
1153}
1154
1155############################################################
1156# Desactivate Running Environnment Variables
1157
1158function IGCM_sys_desactiv_variables {
1159    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1160    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1161        echo "IGCM_sys_desactiv_variables"
1162    fi
1163# --------------------------------------------------------------------
1164#D- MPI specifications
1165# --------------------------------------------------------------------
1166
1167#D-- MPIPROGINF
1168    export MPIPROGINF=NO
1169
1170# --------------------------------------------------------------------
1171#D- Other specifications
1172# --------------------------------------------------------------------
1173
1174#D- global performance
1175    export F_PROGINF=NO 
1176
1177    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1178}
1179
1180############################################################
1181# Build run file
1182
1183function IGCM_sys_build_run_file {
1184    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_build_run_file" $@
1185    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1186        echo "IGCM_sys_build_run_file " $@
1187    fi
1188    (( NUM_PROC_ATM = BATCH_NUM_PROC_TOT - 1 ))
1189    (( NUM_PROC_OASIS = BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_ATM ))
1190    (( NUM_PROC_OCE = BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_ATM ))
1191   
1192    if [ $1 = MPI2 ]; then
1193        cat <<EOF > run_file
1194-p 1 -np 1 -e ./oasis
1195EOF
1196        (( NUM_PROCESS = BATCH_NUM_PROC_TOT + 1 ))
1197        config_UserChoices_JobRunOptions='"-max_np ${NUM_PROCESS} -f"'
1198
1199    elif [ $1 = MPI1 ]; then
1200        cat <<EOF > run_file
1201-p $NUM_PROC_OASIS -e ./oasis
1202-p $NUM_PROC_ATM -e ./lmdz.x
1203-p $NUM_PROC_OCE -e ./opa.xx
1204EOF
1205 
1206    fi
1207
1208    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_build_run_file"
1209 
1210}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.