source: tags/libIGCM_v2.0_rc2/AA_atlas_PISCES @ 764

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On curie, delete #MSUB -E '--no-requeue' option. The system will requeue jobs automatically.
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Line 
1#-Q- cesium #!/bin/ksh
2#-Q- cesium ######################
3#-Q- cesium ## CESIUM   CEA ##
4#-Q- cesium ######################
5#-Q- cesium #MSUB -r ATL_PIS        # Nom du job               
6#-Q- cesium #MSUB -N 1              # Reservation du noeud
7#-Q- cesium #MSUB -n 1              # Reservation du processus
8#-Q- cesium #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job
9#-Q- cesium #MSUB -E "-j o"
10#-Q- cesium #MSUB -E "-S /bin/ksh"
11#-Q- curie ######################
12#-Q- curie ## CURIE   TGCC/CEA ##
13#-Q- curie ######################
14#-Q- curie #MSUB -r ATL_PIS        # Nom du job               
15#-Q- curie #MSUB -eo
16#-Q- curie #MSUB -n 1              # Reservation du processus
17#-Q- curie #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job
18#-Q- curie #MSUB -q xlarge
19#-Q- curie #MSUB -Q normal
20#-Q- curie set +x
21#-Q- platine #!/usr/bin/ksh
22#-Q- platine ##################
23#-Q- platine ## PLATINE   CEA ##
24#-Q- platine ##################
25#-Q- platine #BSUB -J ATL_PIS           # Nom du job
26#-Q- platine #BSUB -N                   # message a la fin du job
27#-Q- platine #BSUB -n 1                 # reservation des processeurs pour le job
28#-Q- platine #BSUB -W 1:00              # Limite temps
29#-Q- platine #BSUB -q post              # Passage en queue post
30#-Q- platine #BSUB -L /bin/ksh
31#-Q- sx8brodie #!/bin/ksh
32#-Q- sx8brodie #######################
33#-Q- sx8brodie ## SX8BRODIE   IDRIS ##
34#-Q- sx8brodie #######################
35#-Q- sx8brodie # Temps Elapsed max. d'une requete hh:mm:ss
36#-Q- sx8brodie # @ wall_clock_limit = 1:00:00
37#-Q- sx8brodie # Nom du travail LoadLeveler
38#-Q- sx8brodie # @ job_name   = ATL_PIS
39#-Q- sx8brodie # Fichier de sortie standard du travail       
40#-Q- sx8brodie # @ output     = $(job_name).$(jobid)
41#-Q- sx8brodie # Fichier de sortie d'erreur du travail
42#-Q- sx8brodie # @ error      =  $(job_name).$(jobid)
43#-Q- sx8brodie # pour recevoir un mail en cas de depassement du temps Elapsed (ou autre pb.)
44#-Q- sx8brodie # @ notification = error
45#-Q- sx8brodie # @ environment  = $POST_DIR ; $SUBMIT_DIR ; $libIGCM ; $R_INIT ; $R_BC ; $StandAlone ; $RESOL_ATM ; $RESOL_OCE ; $RESOL_ICE ; $RESOL_MBG ; $RESOL_SRF ; $R_SAVE ; $config_UserChoices_JobName ; $config_UserChoices_TagName ; $YEARS ; $DIR_OUT ; $MASTER ; $libIGCM_SX
46#-Q- sx8brodie # @ queue
47#-Q- aix6 #!/bin/ksh
48#-Q- aix6 #######################
49#-Q- aix6 ##   VARGAS   IDRIS  ##
50#-Q- aix6 #######################
51#-Q- aix6 # Temps Elapsed max. d'une requete hh:mm:ss
52#-Q- aix6 # @ wall_clock_limit = 1:00:00
53#-Q- aix6 # Nom du travail LoadLeveler
54#-Q- aix6 # @ job_name   = ATL_PIS
55#-Q- aix6 # Fichier de sortie standard du travail       
56#-Q- aix6 # @ output     = $(job_name).$(jobid)
57#-Q- aix6 # Fichier de sortie d'erreur du travail
58#-Q- aix6 # @ error      =  $(job_name).$(jobid)
59#-Q- aix6 # pour recevoir un mail en cas de depassement du temps Elapsed (ou autre pb.)
60#-Q- aix6 # @ notification = error
61#-Q- aix6 # @ environment  = $POST_DIR ; $SUBMIT_DIR ; $libIGCM ; $R_INIT ; $R_BC ; $StandAlone ; $RESOL_ATM ; $RESOL_OCE ; $RESOL_ICE ; $RESOL_MBG ; $RESOL_SRF ; $R_SAVE ; $config_UserChoices_JobName ; $config_UserChoices_TagName ; $YEARS ; $DIR_OUT ; $MASTER ; $libIGCM_SX
62#-Q- aix6 # @ queue
63#-Q- ulam #!/bin/ksh
64#-Q- ulam #######################
65#-Q- ulam ##   ULAM   IDRIS  ##
66#-Q- ulam #######################
67#-Q- ulam # Temps Elapsed max. d'une requete hh:mm:ss
68#-Q- ulam # @ wall_clock_limit = 1:00:00
69#-Q- ulam # Nom du travail LoadLeveler
70#-Q- ulam # @ job_name   = ATL_PIS
71#-Q- ulam # Fichier de sortie standard du travail       
72#-Q- ulam # @ output     = $(job_name).$(jobid)
73#-Q- ulam # Fichier de sortie d'erreur du travail
74#-Q- ulam # @ error      =  $(job_name).$(jobid)
75#-Q- ulam # pour recevoir un mail en cas de depassement du temps Elapsed (ou autre pb.)
76#-Q- ulam # @ notification = error
77#-Q- ulam # @ environment  = $POST_DIR ; $SUBMIT_DIR ; $libIGCM ; $R_INIT ; $R_BC ; $StandAlone ; $RESOL_ATM ; $RESOL_OCE ; $RESOL_ICE ; $RESOL_MBG ; $RESOL_SRF ; $R_SAVE ; $config_UserChoices_JobName ; $config_UserChoices_TagName ; $YEARS ; $DIR_OUT ; $MASTER ; $libIGCM_SX
78#-Q- ulam # @ queue
79#-Q- sx8mercure #!/bin/ksh
80#-Q- sx8mercure ######################
81#-Q- sx8mercure ## SX8MERCURE   CEA ##
82#-Q- sx8mercure ######################
83#-Q- sx8mercure #PBS -N  ATL_PIS             # Nom du job
84#-Q- sx8mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr
85#-Q- sx8mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission
86#-Q- sx8mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go
87#-Q- sx8mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00   # Limite temps a 2 heures
88#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire
89#-Q- sx8mercure #PBS -r n
90#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh
91#-Q- sx9mercure ######################
92#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE  CCRT ##
93#-Q- sx9mercure ######################
94#-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_PIS             # Nom du job
95#-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr
96#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission
97#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go
98#-Q- sx9mercure #PBS -l elapstim_req=2:00:00   # Limite temps a 2 heures
99#-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire
100#-Q- sx9mercure #PBS -r n
101#-Q- titane #!/bin/ksh
102#-Q- titane ######################
103#-Q- titane ## TITANE   CEA ##
104#-Q- titane ######################
105#-Q- titane #MSUB -r ATL_PIS        # Nom du job
106#-Q- titane #MSUB -eo
107#-Q- titane #MSUB -n 1              # Reservation du processus
108#-Q- titane #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job
109#-Q- titane #MSUB -q mono
110#-Q- titane #MSUB -E '-rn'
111#-Q- default #!/bin/ksh
112#-Q- default ##################
113#-Q- default ## DEFAULT HOST ##
114#-Q- default ##################
115
116#**************************************************************
117# Author: Christian Ethe
118# Contact: Christian.Ethe__at__ipsl.jussieu.fr
119# $Revision::                                          $ Revision of last commit
120# $Author::                                            $ Author of last commit
121# $Date::                                              $ Date of last commit
122# IPSL (2006)
123#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC
124#
125#**************************************************************
126
127#set -eu
128#set -vx
129
130date
131
132#-Q- sx8brodie export OMP_NUM_THREADS=1
133#-Q- aix6 export OMP_NUM_THREADS=1
134#-Q- ulam export OMP_NUM_THREADS=1
135
136#D- Task type (computing or post-processing)
137TaskType=post-processing
138
139########################################################################
140
141. ${libIGCM}/libIGCM_debug/libIGCM_debug.ksh
142      ( ${DEBUG_debug} ) && IGCM_debug_Check
143. ${libIGCM}/libIGCM_card/libIGCM_card.ksh
144     ( ${DEBUG_debug} ) && IGCM_card_Check
145. ${libIGCM}/libIGCM_date/libIGCM_date.ksh
146     ( ${DEBUG_debug} ) && IGCM_date_Check
147#-------
148. ${libIGCM}/libIGCM_sys/libIGCM_sys.ksh
149. ${libIGCM}/libIGCM_config/libIGCM_config.ksh
150
151########################################################################
152
153#set -vx
154
155IGCM_sys_MkdirWork ${RUN_DIR_PATH}
156IGCM_sys_Cd ${RUN_DIR_PATH}
157
158# ------------------------------------------------------------------
159# Test if all was right before proceeding further
160# ------------------------------------------------------------------
161IGCM_debug_Verif_Exit_Post
162
163if [ ${StandAlone} = true ] ; then
164    CARD_DIR=${SUBMIT_DIR}
165else
166    CARD_DIR=${RUN_DIR_PATH}
167    IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/config.card ${RUN_DIR_PATH}
168    IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/run.card    ${RUN_DIR_PATH}
169    IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/COMP        ${RUN_DIR_PATH}
170    IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/POST        ${RUN_DIR_PATH}
171fi
172
173#==================================
174# First of all
175#
176# Read libIGCM compatibility version in config.card
177# Read UserChoices section
178# Read Ensemble section
179# Read Post section
180# Define all netcdf output directories
181#==================================
182IGCM_config_CommonConfiguration ${CARD_DIR}/config.card
183
184IGCM_sys_MkdirArchive ${R_FIGR}
185
186R_ATLAS=ATLAS/SE_${YEARS}
187R_OUT_MBG=${R_SAVE}/MBG
188DIR_OUT=${DIR_OUT:=SE}
189
190RUN_DIR=${RUN_DIR_PATH}/ATLAS_PISCES_${YEARS}
191IGCM_sys_MkdirWork ${RUN_DIR}
192IGCM_sys_Cd ${RUN_DIR}
193
194# --------------------------------------------
195# Insert your commands between III...III lines
196# and precise produced directories to save
197# IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
198
199IGCM_sys_Get ${R_OUT_MBG}/Analyse/${DIR_OUT}/${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_ptrc_T.nc  ${RUN_DIR}
200IGCM_sys_Get ${R_OUT_MBG}/Analyse/${DIR_OUT}/${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_diad_T.nc  ${RUN_DIR}
201
202atlas -o ${RUN_DIR}/${R_ATLAS}/MBG_T -l ${FER_ATLAS}/atlas_p_PISCES_diag1_*.cfg  \
203                                        ${FER_ATLAS}/atlas_p_PISCES_diag0_a.cfg  ${RUN_DIR}/${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_ptrc_T.nc
204atlas -o ${RUN_DIR}/${R_ATLAS}/MBG_F -l ${FER_ATLAS}/atlas_p_PISCES_diag2_a.cfg  \
205                                        ${FER_ATLAS}/atlas_p_PISCES_diag0_b.cfg  ${RUN_DIR}/${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_diad_T.nc
206
207# IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
208
209# Put ferret journal files together
210for file in $( ls ${R_ATLAS}/MBG_T/*/*jnl ) ; do
211    echo -e "\n\n################################" ;
212    echo -e "$file\n" ; cat $file ;
213done  > ${R_ATLAS}/MBG_T/allferretscript.txt
214
215for file in $( ls ${R_ATLAS}/MBG_F/*/*jnl ) ; do
216    echo -e "\n\n################################" ;
217    echo -e "$file\n" ; cat $file ;
218done  > ${R_ATLAS}/MBG_F/allferretscript.txt
219# Clear some files
220find . \( -name "*.stdout" -o -name "*.jnl" \) -print -exec rm -f {} \;
221
222# Save files
223IGCM_sys_Put_Dir ATLAS ${R_FIGR}
224
225IGCM_sys_Rm -Rf ATLAS
226IGCM_sys_Rm ${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_ptrc_T.nc
227IGCM_sys_Rm ${config_UserChoices_JobName}_SE_${YEARS}_1M_diad_T.nc
228
229# DODS copy
230IGCM_sys_TestDirArchive ${R_FIGR}/${R_ATLAS}
231[ $? = 0 ] && IGCM_sys_Put_Dods ${R_ATLAS}
232
233# Clean RUN_DIR_PATH (necessary for cesium and titane only)
234IGCM_sys_RmRunDir -Rf ${RUN_DIR_PATH}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.