source: trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercurex9.ksh @ 317

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Correct SendMail? on SX9.
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision
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Line 
1#!/bin/ksh
2
3#**************************************************************
4# Author: Sebastien Denvil, Martial Mancip
5# Contact: Martial.Mancip_ipsl.jussieu.fr
6# $Date$
7# $Author$
8# $Revision$
9# IPSL (2006)
10#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC
11# History:
12# Modification:
13#
14#**************************************************************
15
16#=========================================================
17# The documentation of this file can be automatically generated
18# if you use the prefix #D- for comments to be extracted.
19# Extract with command: cat lib* | grep "^#D-" | cut -c "4-"
20#=========================================================
21
22#D-#==================================================
23#D-LibIGCM_sys for Mercure SX9
24#D-#==================================================
25#D-
26#D- This ksh library if a layer under some usefull
27#D-environment variables and shell commands.
28#D-All those definitions depend on host particularities.
29#D-It manages a stack mechanism and test validity of operations.
30#D-All function described bellow must be prefixed by IGCM_sys.
31
32#====================================================
33# libIGCM_sys PARAMETERS
34#====================================================
35
36# gawk specific location on SX9
37export PATH=/applications/gawk-3.0.4/bin:${PATH}
38
39#====================================================
40# set DEBUG_sys to true to output calls of function
41typeset -r DEBUG_sys=${DEBUG_sys:=true}
42
43#====================================================
44# Turn in dry run mode ? (sys_Put_Rest, sys_Put_Out, sys_Get)
45typeset -r DRYRUN=${DRYRUN:=0}
46
47# YOU MUST COMPILE YOUR EXE FILES FOR DRYRUN MODE !
48# -------------------------------------------------------------------------------------
49# | DRYRUN=  |  Date computations, | sys_Get    |  Exe    | sys_Put_Out; sys_Put_Rest |
50# |          |  Cp/Exe param files |            |  Chmod  |                           |
51# |          |      Qsub           |            |         |                           |
52# -------------------------------------------------------------------------------------
53# |    0     |       yes           |    yes     |  yes    |      yes                  |
54# -------------------------------------------------------------------------------------
55# |    1     |       yes           |    yes     |  yes    |      no                   |
56# -------------------------------------------------------------------------------------
57# |    2     |       yes           |    yes     |  no     |      no                   |
58# -------------------------------------------------------------------------------------
59# |    3     |       yes           |    no      |  no     |      no                   |
60# -------------------------------------------------------------------------------------
61
62#=====================================================
63# Global Variables :
64#=====================================================
65# Language : "fr" or "en"
66typeset -r MYLANG="fr"
67
68#=====================================================
69# Host and user names
70# $hostname ou hostname
71typeset  HOST=${HOST:=$( hostname )}
72# $username ou whoami
73typeset  LOGIN=${LOGIN:=$( whoami )}
74# $hostname of the MASTER job
75typeset -r MASTER=mercure
76
77#D-
78#D-#==================================================
79#D-Program used in libIGCM
80#D-#==================================================
81
82# rsync with path
83typeset -r RSYNC=/home/cont003/p86denv/SX_RSYNC/bin/rsync
84# RSYNC_opt args to rsync
85typeset -r RSYNC_opt="-va"
86# ie storage filesystem
87typeset -r RHOST=mercure
88
89#====================================================
90# Host specific DIRECTORIES
91#====================================================
92
93#====================================================
94#- R_EXE   (==> BIN_DIR = ${MODIPSL}/bin )
95typeset -r R_EXE="${MODIPSL}/bin"
96
97#====================================================
98#- SUBMIT_DIR : submission dir
99typeset SUBMIT_DIR=${SUBMIT_DIR:=${PBS_O_WORKDIR}}
100
101#====================================================
102#- ARCHIVE
103typeset -r ARCHIVE=${DMFDIR}
104
105# ============ CESIUM START ============ #
106
107#====================================================
108#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed
109ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' )
110if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then
111    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true}
112else
113    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false}
114fi
115
116#====================================================
117#- libIGCM_POST
118if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then
119    PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" )
120    typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM
121else
122    typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM}
123fi
124
125# ============ CESIUM  END  ============ #
126
127#====================================================
128#- MirrorlibIGCM uncomment for frontend
129#typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false}
130
131#====================================================
132#- libIGCM_POST uncomment for frontend
133#typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM}
134
135#====================================================
136#- IN
137typeset -r R_IN=${R_IN:=/dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM}
138
139#====================================================
140#- OUT
141typeset -r R_OUT=${ARCHIVE}/IGCM_OUT
142
143#====================================================
144#- OUT_POST
145typeset -r R_OUT_POST=${SCRATCHDIR}/IGCM_OUT
146
147#====================================================
148#- RUN_DIR_PATH : Temporary working directory (=> TMP)
149typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=${LOCALTMPDIR}}
150
151#====================================================
152#- BIG_DIR : BIG_DIR to store files waiting for rebuild
153typeset -r BIG_DIR=${BIG_DIR:=${SCRATCHDIR}/REBUILD}
154
155#====================================================
156#- HOST_MPIRUN_COMMAND
157typeset -r HOST_MPIRUN_COMMAND=${HOST_MPIRUN_COMMAND:="mpirun"}
158
159#====================================================
160#- Max number of arguments passed to nco operator or demigration command
161UNIX_MAX_LIMIT=360
162
163#D-#==================================================
164#D-function IGCM_sys_RshArchive
165#D-* Purpose: Archive rsh command
166#D-* Examples:
167#D-
168function IGCM_sys_RshArchive {
169    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshArchive" $@
170    /bin/ksh <<-EOF
171${@}
172EOF
173    if [ $? -gt 0 ] ; then
174        echo "IGCM_sys_RshArchive : erreur."
175        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshArchive"
176    fi
177    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshArchive"
178}
179
180#D-#==================================================
181#D-function IGCM_sys_RshPost
182#D-* Purpose: Post-process rsh command
183#D-* Examples:
184#D-
185function IGCM_sys_RshPost {
186    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshPost" $@
187    if ( $DEBUG_sys ) ; then
188        echo "IGCM_sys_RshPost :" $@
189    fi
190
191# ============ CESIUM START ============ #
192#    typeset NB_ESSAI DELAI status
193    #nombre d'essai avant abandon
194    NB_ESSAI=5
195    #temps entre chaque essai
196    DELAI=10
197    i=0
198    while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do
199        ssh -t mercure01 ssh cesium /bin/ksh ${@} 
200        status=$?
201        if [ ${status} -ne 0 ];
202        then
203            sleep $DELAI
204        else
205            break
206        fi
207        let i=$i+1
208    done 
209# ============ CESIUM  END  ============ #
210
211# Uncomment for frontend
212#    /bin/ksh ${@}
213#    if [ $? -gt 0 ] ; then
214#       echo "IGCM_sys_RshPost : erreur."
215#       IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost"
216#    fi
217
218    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshPost"
219}
220
221#D-#==================================================
222#D-function IGCM_sys_SendMail
223#D-* Purpose: Send mail when simulation is over
224#D-* Examples:
225#D-
226function IGCM_sys_SendMail {
227    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_SendMailPost" $@
228    if ( $DEBUG_sys ) ; then
229        echo "IGCM_sys_SendMail :" $@
230    fi
231
232    cat  << END_MAIL > job_end.mail
233Dear ${LOGIN},
234
235  Simulation ${config_UserChoices_JobName} is finished on supercomputer `hostname`.
236  Job started : ${DateBegin}
237  Job ended   : ${DateEnd}
238  Ouput files are available in ${R_SAVE}
239  Script file and Script Outputs are available in ${SUBMIT_DIR}
240END_MAIL
241
242    if  [ X"${config_UserChoices_MailName}" != X ] ; then
243       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" ${config_UserChoices_MailName} <  job_end.mail
244    elif [ -f ~/.forward ] ; then
245       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" $( cat ~/.forward ) < job_end.mail
246    else
247       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" ${LOGIN} < job_end.mail
248    fi
249
250    if [ $? -gt 0 ] ; then
251        echo "IGCM_sys_SendMail : erreur."
252        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_SendMail"
253    fi
254    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_SendMail"
255}
256
257#D-#==================================================
258#D-function IGCM_sys_Mkdir
259#D-* Purpose: Master locale mkdir command
260#D-* Examples:
261#D-
262function IGCM_sys_Mkdir {
263    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mkdir" $@
264    if ( $DEBUG_sys ) ; then
265        echo "IGCM_sys_Mkdir :" $@
266    fi
267    if [ ! -d ${1} ]; then
268        \mkdir -p $1
269        if [ $? -gt 0 ] ; then
270            echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
271            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
272        fi
273    fi
274    # vérification :
275    if [ ! -d ${1} ] ; then
276        echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
277        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
278    fi
279    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mkdir"
280}
281
282#D-#==================================================
283#D-function IGCM_sys_MkdirArchive
284#D-* Purpose: Mkdir on Archive
285#D-* Examples:
286#D-
287function IGCM_sys_MkdirArchive {
288    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirArchive" $@
289    if ( $DEBUG_sys ) ; then
290        echo "IGCM_sys_MkdirArchive :" $@
291    fi
292    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
293    if [ ! -d ${1} ]; then 
294        \mkdir -p $1
295        if [ $? -gt 0 ] ; then
296            echo "IGCM_sys_MkdirArchive : erreur."
297            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirArchive"
298        fi
299    fi
300    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirArchive"
301}
302
303#D-#==================================================
304#D-function IGCM_sys_MkdirWork
305#D-* Purpose: Mkdir on Work
306#D-* Examples:
307#D-
308function IGCM_sys_MkdirWork {
309    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirWork" $@
310    if ( $DEBUG_sys ) ; then
311        echo "IGCM_sys_MkdirWork :" $@
312    fi
313    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
314    if [ ! -d ${1} ]; then 
315        \mkdir -p $1
316        if [ $? -gt 0 ] ; then
317            echo "IGCM_sys_MkdirWork : erreur."
318            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirWork"
319        fi
320    fi
321    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirWork"
322}
323
324#D-#==================================================
325#D-function IGCM_sys_Cd
326#D-* Purpose: master cd command
327#D-* Examples:
328#D-
329function IGCM_sys_Cd {
330    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cd" $@
331    if ( $DEBUG_sys ) ; then
332        echo "IGCM_sys_Cd :" $@
333    fi
334    \cd $1
335    if [ $? -gt 0 ] ; then
336        echo "IGCM_sys_Cd : erreur."
337        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cd"
338    fi
339    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cd"
340}
341
342#D-#==================================================
343#D-function IGCM_sys_Chmod
344#D-* Purpose: Chmod
345#D-* Examples:
346#D-
347function IGCM_sys_Chmod {
348    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Chmod" -- $@
349    if ( $DEBUG_sys ) ; then
350        echo "IGCM_sys_Chmod :" $@
351    fi
352    if [ $DRYRUN -le 1 ]; then
353        \chmod $@
354        if [ $? -gt 0 ] ; then
355            echo "IGCM_sys_Chmod : erreur."
356            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Chmod"
357        fi
358    else
359        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
360    fi
361    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Chmod"
362}
363
364#D-#==================================================
365#D-function IGCM_sys_FileSize
366#D-* Purpose: Filesize
367#D-* Examples:
368#D-
369function IGCM_sys_FileSize {
370    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FileSize" $@
371
372    typeset sizeF
373    set +A sizeF -- $( ls -la ${1} )
374    if [ $? -gt 0 ] ; then
375        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_FileSize"
376    fi
377    eval ${2}=${sizeF[4]}
378
379    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FileSize"
380}
381
382#D-#==================================================
383#D-function IGCM_sys_TestDir
384#D-* Purpose: Test Directory that must exists
385#D-* Examples:
386#D-
387function IGCM_sys_TestDir {
388    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDir" $@
389    if ( $DEBUG_sys ) ; then
390        echo "IGCM_sys_TestDir :" $@
391    fi
392    typeset ExistFlag
393    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
394    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDir"
395
396    return ${ExistFlag}
397}
398
399#D-#==================================================
400#D-function IGCM_sys_TestDirArchive
401#D-* Purpose: Test Directory that must exists on Archive
402#D-* Examples:
403#D-
404function IGCM_sys_TestDirArchive {
405    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDirArchive" $@
406    if ( $DEBUG_sys ) ; then
407        echo "IGCM_sys_TestDirArchive :" $@
408    fi
409    typeset ExistFlag
410    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
411    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDirArchive"
412
413    return ${ExistFlag}
414}
415
416#D-#==================================================
417#D-function IGCM_sys_TestFileArchive
418#D-* Purpose: Test file that must NOT EXISTS on Archive
419#D-* Examples:
420#D-
421function IGCM_sys_TestFileArchive {
422    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestFileArchive" $@
423    typeset ExistFlag
424    ExistFlag=$( [ -f $1 ] && echo 0 || echo 1 )
425    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestFileArchive"
426
427    return ${ExistFlag}
428}
429
430#D-#==================================================
431#D-function IGCM_sys_CountFileArchive
432#D-* Purpose: Count files on Archive filesystem
433#D-* Examples:
434#D-
435function IGCM_sys_CountFileArchive {
436    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_CountFileArchive" $@
437    ls ${@} 2>/dev/null | wc -l
438    if [ $? -gt 0 ] ; then
439        echo "IGCM_sys_CountFileArchive : erreur."
440    fi
441    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_CountFileArchive"
442}
443
444#D-#==================================================
445#D-function IGCM_sys_Tree
446#D-* Purpose: Tree directories with files on ${ARCHIVE}
447#D-* Examples: IGCM_sys_Tree ${R_IN} ${R_OUT}
448#D-
449function IGCM_sys_Tree {
450    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tree" $@
451    if ( $DEBUG_sys ) ; then
452        echo "IGCM_sys_Tree :" $@
453    fi
454
455    \ls -lR ${@}
456
457    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tree"
458}
459
460#D-#==================================================
461#D-function IGCM_sys_Tar
462#D-* Purpose: master un-tar command
463#D-* Examples:
464#D-
465function IGCM_sys_Tar {
466    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tar" $@
467    if ( $DEBUG_sys ) ; then
468        echo "IGCM_sys_Tar :" $@
469    fi
470    \tar xvf $1
471    if [ $? -gt 0 ] ; then
472        echo "IGCM_sys_Tar : erreur."
473        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Tar"
474    fi
475    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tar"
476}
477
478#D-#==================================================
479#D-function IGCM_sys_UnTar
480#D-* Purpose: master un-tar command
481#D-* Examples:
482#D-
483function IGCM_sys_UnTar {
484    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_UnTar" $@
485    if ( $DEBUG_sys ) ; then
486        echo "IGCM_sys_UnTar :" $@
487    fi
488    \tar xvf $1
489    if [ $? -gt 0 ] ; then
490        echo "IGCM_sys_UnTar : erreur."
491        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_UnTar"
492    fi
493    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_UnTar"
494}
495
496#D-#==================================================
497#D-function IGCM_sys_Qsub
498#D-* Purpose: Qsub new job
499#D-* Examples:
500#D-
501function IGCM_sys_Qsub {
502    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Qsub" $@
503    if ( $DEBUG_sys ) ; then
504        echo "IGCM_sys_Qsub :" $@
505    fi
506    /usr/bin/nqsII/qsub -o ${Script_Output} -N ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} < $1
507    if [ $? -gt 0 ] ; then
508        echo "IGCM_sys_Qsub : erreur -o ${Script_Output} -N ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} $@."
509        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Qsub"
510    fi
511    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Qsub"
512}
513
514#D-#==================================================
515#D-function IGCM_sys_QsubPost
516#D-* Purpose: Qsub new job on scalaire
517#D-* Examples:
518#D-
519function IGCM_sys_QsubPost {
520    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_QsubPost" $@
521    if ( $DEBUG_sys ) ; then
522        echo "IGCM_sys_QsubPost :" $@
523    fi
524    # ============ CESIUM START ============ #
525    /usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out -e ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job
526    # ============ CESIUM  END  ============ #
527    #/usr/bin/nqsII/qsub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out ${libIGCM}/$1.job -v ${listVarEnv}
528    if [ $? -gt 0 ] ; then
529        echo "IGCM_sys_QsubPost : erreur " $@
530        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_QsubPost"
531    fi
532    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_QsubPost"
533}
534
535#D-*************************
536#D- File transfer functions
537#D-*************************
538#D-
539
540#D-#==================================================
541#D-function IGCM_sys_Rsync_out
542#D-* Purpose: treat return val of rsync
543#D-* Examples: IGCM_sys_Rsync_out out_RET_rsync
544#D-  Error values and explanations can depend on your system version.
545function IGCM_sys_Rsync_out {
546    RET=$1
547    if [ ! $RET ] ; then
548        echo "rsync error !"
549    fi
550
551    if [ $MYLANG = "fr" ]; then
552        case $RET in
553            0)  return ;;
554            1)  echo "Erreur de rsync ; RERR_SYNTAX : "
555                echo "Erreur de syntaxe ou d'utilisation."
556                return;;
557            2)  echo "Erreur de rsync ; RERR_PROTOCOL : "
558                echo "Incompatibilité de protocole."
559                return;;
560            3)  echo "Erreur de rsync ; RERR_FILESELECT 3"
561                echo "Erreurs  lors  de  la  sélection des fichiers d'entrée sortie et"
562                echo "répertoires"
563                return;;
564            4)  echo "Erreur de rsync ; RERR_UNSUPPORTED"
565                echo "Action demandée non supportée : une tentative de manipulation de"
566                echo "fichiers  64-bits  sur une plate-forme qui ne les supporte pas a"
567                echo "été faite ; ou une option qui est supportée par le  client  mais"
568                echo "pas par le serveur a été spécifiée."
569                return;;
570            10) echo "Erreur de rsync ; RERR_SOCKETIO"
571                echo "Erreur dans le socket d'entrée sortie"
572                return;;
573            11) echo "Erreur de rsync ; RERR_FILEIO"
574                echo "Erreur d'entrée sortie fichier"
575                return;;
576            12) echo "Erreur de rsync ; RERR_STREAMIO"
577                echo "Erreur dans flux de donnée du protocole rsync"
578                return;;
579            13) echo "Erreur de rsync ; RERR_MESSAGEIO"
580                echo "Erreur avec les diagnostics du programme"
581                return;;
582            14) echo "Erreur de rsync ; RERR_IPC"
583                echo "Erreur dans le code IPC"
584                return;;
585            20) echo "Erreur de rsync ; RERR_SIGNAL"
586                echo "SIGUSR1 ou SIGINT reçu"
587                return;;
588            21) echo "Erreur de rsync ; RERR_WAITCHILD"
589                echo "Une erreur retournée par waitpid()"
590                return;;
591            22) echo "Erreur de rsync ; RERR_MALLOC"
592                echo "Erreur lors de l'allocation des tampons de mémoire de coeur"
593                return;;
594            23) echo ""
595                echo "Erreur fichier inexistant"
596                return;;
597            30) echo "Erreur de rsync ; RERR_TIMEOUT"
598                echo "Temps d'attente écoulé dans l'envoi/réception de données"
599                return;;
600            *)  echo "Erreur de rsync : code de retour de rsync inconnu :" $RET
601                return;;
602        esac
603    elif [ $MYLANG = "en" ] ; then
604        case $RET in
605            0)  return;;               
606            1)  echo "rsync error : Syntax or usage error "
607                return;;
608            2)  echo "rsync error : Protocol incompatibility "
609                return;;
610            3)  echo "rsync error : Errors selecting input/output files, dirs"
611                return;;
612            4)  echo "rsync error : Requested action not supported: an attempt"
613                echo "was made to manipulate 64-bit files on a platform that cannot support"
614                echo "them; or an option was specified that is supported by the client and"
615                echo "not by the server."
616                return;;
617            5)  echo "rsync error : Error starting client-server protocol"
618                return;;
619            10) echo "rsync error : Error in socket I/O "
620                return;;
621            11) echo "rsync error : Error in file I/O "
622                return;;
623            12) echo "rsync error : Error in rsync protocol data stream "
624                return;;
625            13) echo "rsync error : Errors with program diagnostics "
626                return;;
627            14) echo "rsync error : Error in IPC code "
628                return;;
629            20) echo "rsync error : Received SIGUSR1 or SIGINT "
630                return;;
631            21) echo "rsync error : Some error returned by waitpid() "
632                return;;
633            22) echo "rsync error : Error allocating core memory buffers "
634                return;;
635            23) echo "rsync error : Partial transfer due to error"
636                return;;
637            24) echo "rsync error : Partial transfer due to vanished source files"
638                return;;
639            30) echo "rsync error : Timeout in data send/receive "
640                return;;
641            *)  echo "rsync error : return code of rsync unknown :" $RET
642                return;;
643        esac
644    else
645        echo "unknown language $MYLANG."
646        return
647    fi
648}
649   
650
651#D-#==================================================
652#D-function IGCM_sys_Miror_libIGCM
653#D-* Purpose: Mirror libIGCM PATH and lib to cesium
654#D-* Examples:
655#D-
656function IGCM_sys_Mirror_libIGCM {
657    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
658    if ( $DEBUG_sys ) ; then
659        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
660    fi
661
662    typeset RET DEST
663
664    mkdir -p ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}
665
666    echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} > out_rsync 2>&1
667    ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} >> out_rsync 2>&1
668    RET=$?
669
670    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
671        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM Warning : no libIGCM on cesium."
672        cat out_rsync
673    fi
674    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
675}
676
677#====================================================
678#- Call IGCM_sys_Mirror_libIGCM now !
679if ( $MirrorlibIGCM ) ; then
680    IGCM_sys_Mirror_libIGCM
681fi
682
683#D-#==================================================
684#D-function IGCM_sys_Cp
685#D-* Purpose: generic cp
686#D-* Examples:
687#D-
688function IGCM_sys_Cp {
689    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cp" $@
690    if ( $DEBUG_sys ) ; then
691        echo "IGCM_sys_Cp :" $@
692    fi
693
694    typeset RET
695
696    echo cp $@ > out_rsync 2>&1
697    \cp $@ >> out_rsync 2>&1
698    RET=$?
699
700    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
701        echo "IGCM_sys_Cp : error."
702        cat out_rsync
703        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cp"
704    fi
705    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cp"
706}
707
708#D-#==================================================
709#D-function IGCM_sys_Rm
710#D-* Purpose: generic rm
711#D-* Examples:
712#D-
713function IGCM_sys_Rm {
714    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Rm" -- $@
715    if ( $DEBUG_sys ) ; then
716        echo "IGCM_sys_Rm :" $@
717    fi
718
719    typeset RET
720
721    echo rm $@ > out_rsync 2>&1
722    \rm $@ >> out_rsync 2>&1
723    RET=$?
724
725    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
726        echo "IGCM_sys_Rm : error."
727        cat out_rsync
728        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Rm"
729    fi
730    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Rm"
731}
732
733#D-#==================================================
734#D-function IGCM_sys_Mv
735#D-* Purpose: generic move
736#D-* Examples:
737#D-
738function IGCM_sys_Mv {
739    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mv" $@
740    if ( $DEBUG_sys ) ; then
741        echo "IGCM_sys_Mv :" $@
742    fi
743
744    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
745
746        typeset RET
747           
748        echo mv $@ > out_rsync 2>&1
749        \mv $@ >> out_rsync 2>&1
750        RET=$?
751   
752        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
753            echo "IGCM_sys_Mv : error in mv."
754            cat out_rsync
755            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mv"
756        fi
757    else
758        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
759    fi
760
761    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mv"
762}
763
764#D-#==================================================
765#D-function IGCM_sys_Put_Dir
766#D-* Purpose: Copy a complete directory on $(ARCHIVE)
767#D-* Examples:
768#D-
769function IGCM_sys_Put_Dir {
770    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Dir" $@
771    if ( $DEBUG_sys ) ; then
772        echo "IGCM_sys_Put_Dir :" $@
773    fi
774    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
775        if [ ! -d ${1} ] ; then
776            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
777            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
778            return
779        fi
780
781        typeset RET
782
783        # Only if we use rsync
784        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
785        #
786        #USUAL WAY
787        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
788        RET=$?
789
790        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
791            echo "IGCM_sys_Put_Dir : error."
792            cat out_rsync
793            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Dir"
794        fi
795    else
796        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
797    fi
798    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
799}
800
801#D-#==================================================
802#D-function IGCM_sys_Get_Dir
803#D-* Purpose: Copy a complete directory from $(ARCHIVE)
804#D-* Examples:
805#D-
806function IGCM_sys_Get_Dir {
807    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get_Dir" $@
808    if ( $DEBUG_sys ) ; then
809        echo "IGCM_sys_Get_Dir :" $@
810    fi
811    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
812        if [ ! -d ${1} ] ; then
813            echo "WARNING : IGCM_sys_Get_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
814            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
815            return
816        fi
817
818        typeset RET
819
820        # Only if we use rsync
821        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
822        #
823        #USUAL WAY
824        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
825        RET=$?
826
827        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
828            echo "IGCM_sys_Get_Dir : error."
829            cat out_rsync
830            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get_Dir"
831        fi
832    else
833        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
834    fi
835    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
836}
837
838#D-#==================================================
839#D-function IGCM_sys_Put_Rest
840#D-* Purpose: Put computied restarts on $(ARCHIVE).
841#D-           File and target directory must exist.
842#D-* Examples:
843#D-
844function IGCM_sys_Put_Rest {
845    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Rest" $@
846    if ( $DEBUG_sys ) ; then
847        echo "IGCM_sys_Put_Rest :" $@
848    fi
849    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
850        if [ ! -f ${1} ] ; then
851            echo "ERROR : IGCM_sys_Put_Rest ${1} DOES NOT EXIST ."
852            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
853        fi
854
855        typeset RET
856        #
857        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
858            IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
859        fi
860        #
861        IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
862        #
863        # USUAL WAY
864        putfer $1 $2 > out_rsync 2>&1
865        RET=$?
866
867#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
868#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
869#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
870
871#       #RSYNC WITH NFS USE
872#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
873#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
874
875#       RET=$?
876#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
877
878#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
879#       (( RET=RET+$? ))
880
881        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
882            echo "IGCM_sys_Put_Rest : error."
883            cat out_rsync
884            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
885        fi
886    else
887        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
888    fi
889    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Rest"
890}
891
892#D-#==================================================
893#D-function IGCM_sys_Put_Out
894#D-* Purpose: Copy a file on $(ARCHIVE) after have chmod it in readonly
895#D-* Examples:
896#D-
897function IGCM_sys_Put_Out {
898    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Out" $@
899    if ( $DEBUG_sys ) ; then
900        echo "IGCM_sys_Put_Out :" $@
901    fi
902    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
903        if [ ! -f ${1} ] ; then
904            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Out ${1} DOES NOT EXIST ."
905            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
906            return 1
907        fi
908        #
909        IGCM_sys_MkdirArchive $( dirname $2 )
910        #
911        typeset RET
912
913        #=====================================================
914        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
915        #=====================================================
916
917        #echo ${2} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
918        #if [ $? -eq 0 ] ; then
919        #    typeset WORKPATH FILEPATH
920        #    WORKPATH=$( dirname $2 | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|" )
921        #    IGCM_sys_MkdirWork ${WORKPATH}
922        #    FILEPATH=${WORKPATH}/$( basename $2 )
923        #    #
924        #    IGCM_sys_Cp ${1} ${FILEPATH}
925        #fi
926
927        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
928            if [ X${3} = X ] ; then
929                IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
930            fi
931        fi
932        #
933        # USUAL WAY
934        putfer $1 $2 > out_rsync 2>&1
935        RET=$?
936
937#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
938#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
939#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
940
941#       #RSYNC WITH NFS USE
942#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
943#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
944
945#       RET=$?
946#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
947
948#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
949#       (( RET=RET+$? ))
950
951        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
952            echo "IGCM_sys_Put_Out : error."
953            cat out_rsync
954            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Out"
955        fi
956    else
957        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
958    fi
959    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
960    return 0
961}
962
963#D-#==================================================
964#D-function IGCM_sys_Get
965#D-* Purpose: Get a file from ${ARCHIVE}
966#D-* Examples: IGCM_sys_Get myfile /destpath/myfile_with_PREFIX
967#D-            IGCM_sys_Get /l Array_contain_myfiles /destpath/
968function IGCM_sys_Get {
969    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get" $@
970
971    typeset DEST RET dm_liste ifile target file_work
972
973    if ( $DEBUG_sys ) ; then
974        echo "IGCM_sys_Get :" $@
975    fi
976    if [ $DRYRUN -le 2 ]; then
977        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
978            # test if the first file is present in the old computation :
979            eval set +A dm_liste \${${2}}
980        else
981            eval set +A dm_liste ${1}
982        fi
983        eval DEST=\${${#}}
984
985        #=====================================================
986        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
987        #=====================================================
988
989        # Is it an R_OUT file (not R_IN) ?
990        #echo ${dm_liste[0]} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
991        #if [ $? -eq 0 ] ; then
992        #    # Yes  ? then we try to get it in SCRATCHDIR
993        #    set +A file_work $( echo ${dm_liste[*]} | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|" )
994        #    if [ -f ${file_work[0]} ] ; then
995        #       IGCM_sys_Cp ${file_work[*]} ${DEST}
996        #       IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
997        #       return
998        #    fi
999        #fi
1000
1001        # test if the (first) file is present in the old computation :
1002        IGCM_sys_TestFileArchive ${dm_liste[0]}
1003        RET=$?
1004        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1005            echo "IGCM_sys_Get, ERROR : regular file ${dm_liste[0]} DOES NOT EXIST ."
1006            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1007            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1008            return
1009        fi
1010
1011        dmget ${dm_liste[*]} > out_rsync 2>&1
1012        RET=$?
1013        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1014            echo "IGCM_sys_Get : demigration error."
1015            cat out_rsync
1016            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1017        fi
1018
1019        #USUAL WAY
1020        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
1021            (( RET=0 ))
1022            for target in ${dm_liste[*]} ; do
1023                local_file=$( basename ${target} )
1024                \cp ${target} ${DEST}/${local_file} >> out_rsync 2>&1
1025                (( RET = RET + $? ))
1026            done
1027        else
1028            \cp ${dm_liste} ${DEST} >> out_rsync 2>&1
1029            RET=$?
1030        fi
1031
1032#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
1033#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1034#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1035
1036#       #RSYNC WITH NFS USE
1037#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1038#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1039
1040#       RET=$?
1041#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
1042
1043#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
1044#       (( RET=RET+$? ))
1045
1046        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1047            echo "IGCM_sys_Get : copy error."
1048            cat out_rsync
1049            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1050        fi
1051    else
1052        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
1053    fi
1054    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1055}
1056
1057############################################################## A FINIR !!
1058
1059#D-#==================================================
1060#D-function IGCM_sys_GetDate_FichWork
1061#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem WORK
1062#D-* Examples:
1063#D-
1064function IGCM_sys_GetDate_FichWork {
1065    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichWork" $@
1066    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1067        echo "IGCM_sys_GetDate_FichWork :" $@
1068    fi
1069    # donne la date filesys d'un fichier sur la machine work
1070    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichWork"
1071}
1072
1073#D-#==================================================
1074#D-function IGCM_sys_GetDate_FichArchive
1075#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem ARCHIVE
1076#D-* Examples:
1077#D-
1078function IGCM_sys_GetDate_FichArchive {
1079    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichArchive" $@
1080    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1081        echo "IGCM_sys_GetDate_FichArchive :" $@
1082    fi
1083    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichArchive"
1084}
1085
1086##############################################################
1087# REBUILD OPERATOR
1088
1089function IGCM_sys_rebuild {
1090    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_rebuild" -- $@
1091    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1092        echo "IGCM_sys_rebuild :" $@
1093    fi
1094    /home/cont003/p86ipsl/SX8/bin/rebuild -f -o $@
1095    if [ $? -gt 0 ] ; then
1096       echo "IGCM_sys_rebuild : erreur ${@}."
1097       IGCM_debug_Exit "rebuild"
1098    fi
1099
1100    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_rebuild"
1101}
1102
1103############################################################
1104# Activate Running Environnment Variables
1105
1106function IGCM_sys_activ_variables {
1107    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_activ_variables"
1108    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1109        echo "IGCM_sys_activ_variables"
1110    fi
1111
1112# --------------------------------------------------------------------
1113#D- MPI specifications
1114# --------------------------------------------------------------------
1115
1116#D-- MPISUSPEND
1117    export MPISUSPEND=${MPISUSPEND:=OFF}
1118
1119#D-- MPIPROGINF #other choices : ALL_DETAIL2
1120    export MPIPROGINF=ALL
1121#D- activate ftrace (with -ftrace)
1122    export F_FTRACE=YES
1123#D- communication information (with -ftrace)
1124    export MPICOMMINF=DETAIL
1125
1126# --------------------------------------------------------------------
1127#D- Other specifications
1128# --------------------------------------------------------------------
1129
1130#D- max number of character/line in output job
1131    export F_SYSLEN=5000
1132#D- number of error that can be admitted on the NEC
1133    export F_ERRCNT=0
1134#D- global performance
1135    export F_PROGINF=DETAIL
1136
1137#D- I/O performance (FORTRAN I/O only not netCDF)
1138    export F_FILEINF=${F_FILEINF:=NO}
1139#D- netCDF I/O performance
1140    export NC_FILEINF=${NC_FILEINF:=NO}
1141
1142    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_activ_variables"
1143}
1144
1145############################################################
1146# Desactivate Running Environnment Variables
1147
1148function IGCM_sys_desactiv_variables {
1149    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1150    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1151        echo "IGCM_sys_desactiv_variables"
1152    fi
1153# --------------------------------------------------------------------
1154#D- MPI specifications
1155# --------------------------------------------------------------------
1156
1157#D-- MPIPROGINF
1158    export MPIPROGINF=NO
1159
1160# --------------------------------------------------------------------
1161#D- Other specifications
1162# --------------------------------------------------------------------
1163
1164#D- global performance
1165    export F_PROGINF=NO 
1166
1167    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1168}
1169
1170############################################################
1171# Build run file
1172
1173function IGCM_sys_build_run_file {
1174    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_build_run_file" $@
1175    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1176        echo "IGCM_sys_build_run_file " $@
1177    fi
1178    (( NUM_PROC_ATM = BATCH_NUM_PROC_TOT - 1 ))
1179    (( NUM_PROC_OASIS = BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_ATM ))
1180    (( NUM_PROC_OCE = BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_ATM ))
1181   
1182    if [ $1 = MPI2 ]; then
1183        cat <<EOF > run_file
1184-p 1 -np 1 -e ./oasis
1185EOF
1186        (( NUM_PROCESS = BATCH_NUM_PROC_TOT + 1 ))
1187        config_UserChoices_JobRunOptions='"-max_np ${NUM_PROCESS} -f"'
1188
1189    elif [ $1 = MPI1 ]; then
1190        cat <<EOF > run_file
1191-p $NUM_PROC_OASIS -e ./oasis
1192-p $NUM_PROC_ATM -e ./lmdz.x
1193-p $NUM_PROC_OCE -e ./opa.xx
1194EOF
1195 
1196    fi
1197
1198    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_build_run_file"
1199 
1200}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.