source: trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercurex9.ksh @ 434

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Line 
1#!/bin/ksh
2
3#**************************************************************
4# Author: Sebastien Denvil, Martial Mancip
5# Contact: Sebastien.Denvil__at__ipsl.jussieu.fr
6# $Revision::                                          $ Revision of last commit
7# $Author::                                            $ Author of last commit
8# $Date::                                              $ Date of last commit
9# IPSL (2006)
10#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC
11# History:
12# Modification:
13#
14#**************************************************************
15
16#=========================================================
17# The documentation of this file can be automatically generated
18# if you use the prefix #D- for comments to be extracted.
19# Extract with command: cat lib* | grep "^#D-" | cut -c "4-"
20#=========================================================
21
22#D-#==================================================
23#D-LibIGCM_sys for Mercure SX9
24#D-#==================================================
25#D-
26#D- This ksh library if a layer under some usefull
27#D-environment variables and shell commands.
28#D-All those definitions depend on host particularities.
29#D-It manages a stack mechanism and test validity of operations.
30#D-All function described bellow must be prefixed by IGCM_sys.
31
32#====================================================
33# libIGCM_sys PARAMETERS
34#====================================================
35
36# gawk specific location on SX9
37export PATH=/applications/gawk-3.0.4/bin:${PATH}
38
39#====================================================
40# set DEBUG_sys to true to output calls of function
41typeset -r DEBUG_sys=${DEBUG_sys:=true}
42
43#====================================================
44# Turn in dry run mode ? (sys_Put_Rest, sys_Put_Out, sys_Get)
45typeset -r DRYRUN=${DRYRUN:=0}
46
47# YOU MUST COMPILE YOUR EXE FILES FOR DRYRUN MODE !
48# -------------------------------------------------------------------------------------
49# | DRYRUN=  |  Date computations, | sys_Get    |  Exe    | sys_Put_Out; sys_Put_Rest |
50# |          |  Cp/Exe param files |            |  Chmod  |                           |
51# |          |      Qsub           |            |         |                           |
52# -------------------------------------------------------------------------------------
53# |    0     |       yes           |    yes     |  yes    |      yes                  |
54# -------------------------------------------------------------------------------------
55# |    1     |       yes           |    yes     |  yes    |      no                   |
56# -------------------------------------------------------------------------------------
57# |    2     |       yes           |    yes     |  no     |      no                   |
58# -------------------------------------------------------------------------------------
59# |    3     |       yes           |    no      |  no     |      no                   |
60# -------------------------------------------------------------------------------------
61
62#=====================================================
63# Global Variables :
64#=====================================================
65# Language : "fr" or "en"
66typeset -r MYLANG="fr"
67
68#=====================================================
69# Host and user names
70# $hostname ou hostname
71typeset  HOST=${HOST:=$( hostname )}
72# $username ou whoami
73typeset  LOGIN=${LOGIN:=$( whoami )}
74# $hostname of the MASTER job
75typeset -r MASTER=mercure
76
77#D-
78#D-#==================================================
79#D-Program used in libIGCM
80#D-#==================================================
81
82# rsync with path
83typeset -r RSYNC=/home/cont003/p86denv/SX_RSYNC/bin/rsync
84# RSYNC_opt args to rsync
85typeset -r RSYNC_opt="-va"
86# ie storage filesystem
87typeset -r RHOST=mercure
88
89#====================================================
90# Host specific DIRECTORIES
91#====================================================
92
93#====================================================
94#- R_EXE   (==> BIN_DIR = ${MODIPSL}/bin )
95typeset -r R_EXE="${MODIPSL}/bin"
96
97#====================================================
98#- SUBMIT_DIR : submission dir
99typeset SUBMIT_DIR=${SUBMIT_DIR:=${PBS_O_WORKDIR}}
100
101#====================================================
102#- ARCHIVE
103typeset -r ARCHIVE=${DMFDIR}
104
105# ============ CESIUM START ============ #
106
107#====================================================
108#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed
109ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' )
110if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then
111    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true}
112else
113    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false}
114fi
115
116#====================================================
117#- libIGCM_POST
118if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then
119    PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" )
120    typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM
121else
122    typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM}
123fi
124
125# ============ CESIUM  END  ============ #
126
127#====================================================
128#- MirrorlibIGCM uncomment for frontend
129#typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false}
130
131#====================================================
132#- libIGCM_POST uncomment for frontend
133#typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM}
134
135#====================================================
136#- IN
137typeset -r R_IN=${R_IN:=/dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM}
138typeset -r R_IN_ECMWF=${R_IN:=/dmnfs/cont003/p24data}
139
140#====================================================
141#- OUT
142typeset -r R_OUT=${ARCHIVE}/IGCM_OUT
143
144#====================================================
145#- OUT_POST
146typeset -r R_OUT_POST=${SCRATCHDIR}/IGCM_OUT
147
148#====================================================
149#- RUN_DIR_PATH : Temporary working directory (=> TMP)
150typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=${LOCALTMPDIR}}
151
152#====================================================
153#- BIG_DIR : BIG_DIR to store files waiting for rebuild
154typeset -r BIG_DIR=${BIG_DIR:=${SCRATCHDIR}/REBUILD}
155
156#====================================================
157#- HOST_MPIRUN_COMMAND
158typeset -r HOST_MPIRUN_COMMAND=${HOST_MPIRUN_COMMAND:="mpirun"}
159
160#====================================================
161#- Max number of arguments passed to nco operator or demigration command
162UNIX_MAX_LIMIT=360
163
164#D-#==================================================
165#D-function IGCM_sys_RshArchive
166#D-* Purpose: Archive rsh command
167#D-* Examples:
168#D-
169function IGCM_sys_RshArchive {
170    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshArchive" $@
171    /bin/ksh <<-EOF
172${@}
173EOF
174    if [ $? -gt 0 ] ; then
175        echo "IGCM_sys_RshArchive : erreur."
176        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshArchive"
177    fi
178    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshArchive"
179}
180
181#D-#==================================================
182#D-function IGCM_sys_RshPost
183#D-* Purpose: Post-process rsh command
184#D-* Examples:
185#D-
186function IGCM_sys_RshPost {
187    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshPost" $@
188    if ( $DEBUG_sys ) ; then
189        echo "IGCM_sys_RshPost :" $@
190    fi
191
192# ============ CESIUM START ============ #
193    typeset NB_ESSAI DELAI status i
194    # keep standard input for the loop onto temporary file
195    cat >tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
196    # number of tentative
197    NB_ESSAI=10
198    # time delay between tentative
199    DELAI=10
200    (( i = 0 ))
201    while [ $i -lt $NB_ESSAI ] ; do
202        ssh -t mercure01 ssh cesium /bin/ksh <tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
203        status=$?
204        if [ ${status} -gt 0 ]; then
205            IGCM_debug_Print 2 "IGCM_sys_RshPost : ssh failed ${i}/${NB_ESSAI}"
206            IGCM_debug_Print 2 "IGCM_sys_RshPost : sleep ${DELAI} seconds and try again."
207            sleep $DELAI
208        else
209            break
210        fi
211        (( i = i + 1 ))
212    done 
213    # delete temporary file
214    /bin/rm tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
215# ============ CESIUM  END  ============ #
216
217# Uncomment for frontend
218#    /bin/ksh ${@}
219#    if [ $? -gt 0 ] ; then
220#       echo "IGCM_sys_RshPost : erreur."
221#       IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost"
222#    fi
223
224    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshPost"
225}
226
227#D-#==================================================
228#D-function IGCM_sys_SendMail
229#D-* Purpose: Send mail when simulation is over
230#D-* Examples:
231#D-
232function IGCM_sys_SendMail {
233    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_SendMail" $@
234    if ( $DEBUG_sys ) ; then
235        echo "IGCM_sys_SendMail :" $@
236    fi
237
238    cat  << END_MAIL > job_end.mail
239Dear ${LOGIN},
240
241  Simulation ${config_UserChoices_JobName} is finished on supercomputer `hostname`.
242  Job started : ${DateBegin}
243  Job ended   : ${DateEnd}
244  Output files are available in ${R_SAVE}
245  Script files and Script Outputs are available in ${SUBMIT_DIR}
246END_MAIL
247
248    if  [ X"${config_UserChoices_MailName}" != X ] ; then
249       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" ${config_UserChoices_MailName} <  job_end.mail
250    elif [ -f ~/.forward ] ; then
251       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" $( cat ~/.forward ) < job_end.mail
252    else
253       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" ${LOGIN} < job_end.mail
254    fi
255
256    if [ $? -gt 0 ] ; then
257        echo "IGCM_sys_SendMail : erreur."
258        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_SendMail"
259    fi
260    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_SendMail"
261}
262
263#D-#==================================================
264#D-function IGCM_sys_Mkdir
265#D-* Purpose: Master locale mkdir command
266#D-* Examples:
267#D-
268function IGCM_sys_Mkdir {
269    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mkdir" $@
270    if ( $DEBUG_sys ) ; then
271        echo "IGCM_sys_Mkdir :" $@
272    fi
273    if [ ! -d ${1} ]; then
274        \mkdir -p $1
275        if [ $? -gt 0 ] ; then
276            echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
277            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
278        fi
279    fi
280    # vérification :
281    if [ ! -d ${1} ] ; then
282        echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
283        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
284    fi
285    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mkdir"
286}
287
288#D-#==================================================
289#D-function IGCM_sys_MkdirArchive
290#D-* Purpose: Mkdir on Archive
291#D-* Examples:
292#D-
293function IGCM_sys_MkdirArchive {
294    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirArchive" $@
295    if ( $DEBUG_sys ) ; then
296        echo "IGCM_sys_MkdirArchive :" $@
297    fi
298    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
299    if [ ! -d ${1} ]; then 
300        \mkdir -p $1
301        if [ $? -gt 0 ] ; then
302            echo "IGCM_sys_MkdirArchive : erreur."
303            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirArchive"
304        fi
305    fi
306    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirArchive"
307}
308
309#D-#==================================================
310#D-function IGCM_sys_MkdirWork
311#D-* Purpose: Mkdir on Work
312#D-* Examples:
313#D-
314function IGCM_sys_MkdirWork {
315    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirWork" $@
316    if ( $DEBUG_sys ) ; then
317        echo "IGCM_sys_MkdirWork :" $@
318    fi
319    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
320    if [ ! -d ${1} ]; then 
321        \mkdir -p $1
322        if [ $? -gt 0 ] ; then
323            echo "IGCM_sys_MkdirWork : erreur."
324            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirWork"
325        fi
326    fi
327    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirWork"
328}
329
330#D-#==================================================
331#D-function IGCM_sys_Cd
332#D-* Purpose: master cd command
333#D-* Examples:
334#D-
335function IGCM_sys_Cd {
336    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cd" $@
337    if ( $DEBUG_sys ) ; then
338        echo "IGCM_sys_Cd :" $@
339    fi
340    \cd $1
341    if [ $? -gt 0 ] ; then
342        echo "IGCM_sys_Cd : erreur."
343        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cd"
344    fi
345    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cd"
346}
347
348#D-#==================================================
349#D-function IGCM_sys_Chmod
350#D-* Purpose: Chmod
351#D-* Examples:
352#D-
353function IGCM_sys_Chmod {
354    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Chmod" -- $@
355    if ( $DEBUG_sys ) ; then
356        echo "IGCM_sys_Chmod :" $@
357    fi
358    if [ $DRYRUN -le 1 ]; then
359        \chmod $@
360        if [ $? -gt 0 ] ; then
361            echo "IGCM_sys_Chmod : erreur."
362            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Chmod"
363        fi
364    else
365        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
366    fi
367    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Chmod"
368}
369
370#D-#==================================================
371#D-function IGCM_sys_FileSize
372#D-* Purpose: Filesize
373#D-* Examples:
374#D-
375function IGCM_sys_FileSize {
376    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FileSize" $@
377
378    typeset sizeF
379    set +A sizeF -- $( ls -la ${1} )
380    if [ $? -gt 0 ] ; then
381        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_FileSize"
382    fi
383    eval ${2}=${sizeF[4]}
384
385    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FileSize"
386}
387
388#D-#==================================================
389#D-function IGCM_sys_TestDir
390#D-* Purpose: Test Directory that must exists
391#D-* Examples:
392#D-
393function IGCM_sys_TestDir {
394    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDir" $@
395    if ( $DEBUG_sys ) ; then
396        echo "IGCM_sys_TestDir :" $@
397    fi
398    typeset ExistFlag
399    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
400    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDir"
401
402    return ${ExistFlag}
403}
404
405#D-#==================================================
406#D-function IGCM_sys_TestDirArchive
407#D-* Purpose: Test Directory that must exists on Archive
408#D-* Examples:
409#D-
410function IGCM_sys_TestDirArchive {
411    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDirArchive" $@
412    if ( $DEBUG_sys ) ; then
413        echo "IGCM_sys_TestDirArchive :" $@
414    fi
415    typeset ExistFlag
416    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
417    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDirArchive"
418
419    return ${ExistFlag}
420}
421
422#D-#==================================================
423#D-function IGCM_sys_TestFileArchive
424#D-* Purpose: Test file that must NOT EXISTS on Archive
425#D-* Examples:
426#D-
427function IGCM_sys_TestFileArchive {
428    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestFileArchive" $@
429    typeset ExistFlag
430    ExistFlag=$( [ -f $1 ] && echo 0 || echo 1 )
431    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestFileArchive"
432
433    return ${ExistFlag}
434}
435
436#D-#==================================================
437#D-function IGCM_sys_CountFileArchive
438#D-* Purpose: Count files on Archive filesystem
439#D-* Examples:
440#D-
441function IGCM_sys_CountFileArchive {
442    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_CountFileArchive" $@
443    ls ${@} 2>/dev/null | wc -l
444    if [ $? -gt 0 ] ; then
445        echo "IGCM_sys_CountFileArchive : erreur."
446    fi
447    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_CountFileArchive"
448}
449
450#D-#==================================================
451#D-function IGCM_sys_Tree
452#D-* Purpose: Tree directories with files on ${ARCHIVE}
453#D-* Examples: IGCM_sys_Tree ${R_IN} ${R_OUT}
454#D-
455function IGCM_sys_Tree {
456    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tree" $@
457    if ( $DEBUG_sys ) ; then
458        echo "IGCM_sys_Tree :" $@
459    fi
460
461    \ls -lR ${@}
462
463    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tree"
464}
465
466#D-#==================================================
467#D-function IGCM_sys_Tar
468#D-* Purpose: master un-tar command
469#D-* Examples:
470#D-
471function IGCM_sys_Tar {
472    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tar" $@
473    if ( $DEBUG_sys ) ; then
474        echo "IGCM_sys_Tar :" $@
475    fi
476    \tar xvf $1
477    if [ $? -gt 0 ] ; then
478        echo "IGCM_sys_Tar : erreur."
479        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Tar"
480    fi
481    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tar"
482}
483
484#D-#==================================================
485#D-function IGCM_sys_UnTar
486#D-* Purpose: master un-tar command
487#D-* Examples:
488#D-
489function IGCM_sys_UnTar {
490    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_UnTar" $@
491    if ( $DEBUG_sys ) ; then
492        echo "IGCM_sys_UnTar :" $@
493    fi
494    \tar xvf $1
495    if [ $? -gt 0 ] ; then
496        echo "IGCM_sys_UnTar : erreur."
497        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_UnTar"
498    fi
499    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_UnTar"
500}
501
502#D-#==================================================
503#D-function IGCM_sys_Qsub
504#D-* Purpose: Qsub new job
505#D-* Examples:
506#D-
507function IGCM_sys_Qsub {
508    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Qsub" $@
509    if ( $DEBUG_sys ) ; then
510        echo "IGCM_sys_Qsub :" $@
511    fi
512    /usr/bin/nqsII/qsub -o ${Script_Output} -N ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} < $1
513    if [ $? -gt 0 ] ; then
514        echo "IGCM_sys_Qsub : erreur -o ${Script_Output} -N ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} $@."
515        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Qsub"
516    fi
517    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Qsub"
518}
519
520#D-#==================================================
521#D-function IGCM_sys_QsubPost
522#D-* Purpose: Qsub new job on scalaire
523#D-* Examples:
524#D-
525function IGCM_sys_QsubPost {
526    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_QsubPost" $@
527    if ( $DEBUG_sys ) ; then
528        echo "IGCM_sys_QsubPost :" $@
529    fi
530    # ============ CESIUM START ============ #
531    typeset NB_ESSAI DELAI status i
532    # number of tentative
533    NB_ESSAI=10
534    # time delay between tentative
535    DELAI=10
536    (( i = 0 ))
537    while [ $i -lt $NB_ESSAI ] ; do
538        /usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/${Script_Post_Output}.out -e ${POST_DIR}/${Script_Post_Output}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job
539        status=$?
540        if [ ${status} -gt 0 ];
541        then
542            sleep $DELAI
543        else
544            break
545        fi
546        (( i = i + 1 ))
547    done 
548    # ============ CESIUM  END  ============ #
549    #/usr/bin/nqsII/qsub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out ${libIGCM}/$1.job -v ${listVarEnv}
550    if [ $? -gt 0 ] ; then
551        echo "IGCM_sys_QsubPost : erreur " $@
552        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_QsubPost"
553    fi
554    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_QsubPost"
555}
556
557#D-*************************
558#D- File transfer functions
559#D-*************************
560#D-
561
562#D-#==================================================
563#D-function IGCM_sys_Rsync_out
564#D-* Purpose: treat return val of rsync
565#D-* Examples: IGCM_sys_Rsync_out out_RET_rsync
566#D-  Error values and explanations can depend on your system version.
567function IGCM_sys_Rsync_out {
568    RET=$1
569    if [ ! $RET ] ; then
570        echo "rsync error !"
571    fi
572
573    if [ $MYLANG = "fr" ]; then
574        case $RET in
575            0)  return ;;
576            1)  echo "Erreur de rsync ; RERR_SYNTAX : "
577                echo "Erreur de syntaxe ou d'utilisation."
578                return;;
579            2)  echo "Erreur de rsync ; RERR_PROTOCOL : "
580                echo "Incompatibilité de protocole."
581                return;;
582            3)  echo "Erreur de rsync ; RERR_FILESELECT 3"
583                echo "Erreurs  lors  de  la  sélection des fichiers d'entrée sortie et"
584                echo "répertoires"
585                return;;
586            4)  echo "Erreur de rsync ; RERR_UNSUPPORTED"
587                echo "Action demandée non supportée : une tentative de manipulation de"
588                echo "fichiers  64-bits  sur une plate-forme qui ne les supporte pas a"
589                echo "été faite ; ou une option qui est supportée par le  client  mais"
590                echo "pas par le serveur a été spécifiée."
591                return;;
592            10) echo "Erreur de rsync ; RERR_SOCKETIO"
593                echo "Erreur dans le socket d'entrée sortie"
594                return;;
595            11) echo "Erreur de rsync ; RERR_FILEIO"
596                echo "Erreur d'entrée sortie fichier"
597                return;;
598            12) echo "Erreur de rsync ; RERR_STREAMIO"
599                echo "Erreur dans flux de donnée du protocole rsync"
600                return;;
601            13) echo "Erreur de rsync ; RERR_MESSAGEIO"
602                echo "Erreur avec les diagnostics du programme"
603                return;;
604            14) echo "Erreur de rsync ; RERR_IPC"
605                echo "Erreur dans le code IPC"
606                return;;
607            20) echo "Erreur de rsync ; RERR_SIGNAL"
608                echo "SIGUSR1 ou SIGINT reçu"
609                return;;
610            21) echo "Erreur de rsync ; RERR_WAITCHILD"
611                echo "Une erreur retournée par waitpid()"
612                return;;
613            22) echo "Erreur de rsync ; RERR_MALLOC"
614                echo "Erreur lors de l'allocation des tampons de mémoire de coeur"
615                return;;
616            23) echo ""
617                echo "Erreur fichier inexistant"
618                return;;
619            30) echo "Erreur de rsync ; RERR_TIMEOUT"
620                echo "Temps d'attente écoulé dans l'envoi/réception de données"
621                return;;
622            *)  echo "Erreur de rsync : code de retour de rsync inconnu :" $RET
623                return;;
624        esac
625    elif [ $MYLANG = "en" ] ; then
626        case $RET in
627            0)  return;;               
628            1)  echo "rsync error : Syntax or usage error "
629                return;;
630            2)  echo "rsync error : Protocol incompatibility "
631                return;;
632            3)  echo "rsync error : Errors selecting input/output files, dirs"
633                return;;
634            4)  echo "rsync error : Requested action not supported: an attempt"
635                echo "was made to manipulate 64-bit files on a platform that cannot support"
636                echo "them; or an option was specified that is supported by the client and"
637                echo "not by the server."
638                return;;
639            5)  echo "rsync error : Error starting client-server protocol"
640                return;;
641            10) echo "rsync error : Error in socket I/O "
642                return;;
643            11) echo "rsync error : Error in file I/O "
644                return;;
645            12) echo "rsync error : Error in rsync protocol data stream "
646                return;;
647            13) echo "rsync error : Errors with program diagnostics "
648                return;;
649            14) echo "rsync error : Error in IPC code "
650                return;;
651            20) echo "rsync error : Received SIGUSR1 or SIGINT "
652                return;;
653            21) echo "rsync error : Some error returned by waitpid() "
654                return;;
655            22) echo "rsync error : Error allocating core memory buffers "
656                return;;
657            23) echo "rsync error : Partial transfer due to error"
658                return;;
659            24) echo "rsync error : Partial transfer due to vanished source files"
660                return;;
661            30) echo "rsync error : Timeout in data send/receive "
662                return;;
663            *)  echo "rsync error : return code of rsync unknown :" $RET
664                return;;
665        esac
666    else
667        echo "unknown language $MYLANG."
668        return
669    fi
670}
671   
672
673#D-#==================================================
674#D-function IGCM_sys_Miror_libIGCM
675#D-* Purpose: Mirror libIGCM PATH and lib to cesium
676#D-* Examples:
677#D-
678function IGCM_sys_Mirror_libIGCM {
679    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
680    if ( $DEBUG_sys ) ; then
681        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
682    fi
683
684    typeset RET DEST
685
686    mkdir -p ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}
687
688    echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} > out_rsync 2>&1
689    ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} >> out_rsync 2>&1
690    RET=$?
691
692    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
693        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM Warning : no libIGCM on cesium."
694        cat out_rsync
695    fi
696    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
697}
698
699#====================================================
700#- Call IGCM_sys_Mirror_libIGCM now !
701if ( $MirrorlibIGCM ) ; then
702    IGCM_sys_Mirror_libIGCM
703fi
704
705#D-#==================================================
706#D-function IGCM_sys_Cp
707#D-* Purpose: generic cp
708#D-* Examples:
709#D-
710function IGCM_sys_Cp {
711    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cp" $@
712    if ( $DEBUG_sys ) ; then
713        echo "IGCM_sys_Cp :" $@
714    fi
715
716    typeset RET
717
718    echo cp $@ > out_rsync 2>&1
719    \cp $@ >> out_rsync 2>&1
720    RET=$?
721
722    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
723        echo "IGCM_sys_Cp : error."
724        cat out_rsync
725        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cp"
726     else
727         \rm out_rsync
728    fi
729    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cp"
730}
731
732#D-#==================================================
733#D-function IGCM_sys_Rm
734#D-* Purpose: generic rm
735#D-* Examples:
736#D-
737function IGCM_sys_Rm {
738    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Rm" -- $@
739    if ( $DEBUG_sys ) ; then
740        echo "IGCM_sys_Rm :" $@
741    fi
742
743    typeset RET
744
745    echo rm $@ > out_rsync 2>&1
746    \rm $@ >> out_rsync 2>&1
747    RET=$?
748
749    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
750        echo "IGCM_sys_Rm : error."
751        cat out_rsync
752        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Rm"
753    else
754        \rm out_rsync
755    fi
756    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Rm"
757}
758
759#D-#==================================================
760#D-function IGCM_sys_Mv
761#D-* Purpose: generic move
762#D-* Examples:
763#D-
764function IGCM_sys_Mv {
765    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mv" $@
766    if ( $DEBUG_sys ) ; then
767        echo "IGCM_sys_Mv :" $@
768    fi
769
770    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
771
772        typeset RET
773           
774        echo mv $@ > out_rsync 2>&1
775        \mv $@ >> out_rsync 2>&1
776        RET=$?
777   
778        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
779            echo "IGCM_sys_Mv : error in mv."
780            cat out_rsync
781            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mv"
782        else
783            \rm out_rsync
784        fi
785    else
786        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
787    fi
788
789    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mv"
790}
791
792#D-#==================================================
793#D-function IGCM_sys_Put_Dir
794#D-* Purpose: Copy a complete directory on $(ARCHIVE)
795#D-* Examples:
796#D-
797function IGCM_sys_Put_Dir {
798    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Dir" $@
799    if ( $DEBUG_sys ) ; then
800        echo "IGCM_sys_Put_Dir :" $@
801    fi
802    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
803        if [ ! -d ${1} ] ; then
804            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
805            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
806            return
807        fi
808
809        typeset RET
810
811        # Only if we use rsync
812        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
813        #
814        #USUAL WAY
815        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
816        RET=$?
817
818        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
819            echo "IGCM_sys_Put_Dir : error."
820            cat out_rsync
821            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Dir"
822        else
823            \rm out_rsync
824        fi
825    else
826        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
827    fi
828    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
829}
830
831#D-#==================================================
832#D-function IGCM_sys_Get_Dir
833#D-* Purpose: Copy a complete directory from $(ARCHIVE)
834#D-* Examples:
835#D-
836function IGCM_sys_Get_Dir {
837    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get_Dir" $@
838    if ( $DEBUG_sys ) ; then
839        echo "IGCM_sys_Get_Dir :" $@
840    fi
841    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
842        if [ ! -d ${1} ] ; then
843            echo "WARNING : IGCM_sys_Get_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
844            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
845            return
846        fi
847
848        typeset RET
849
850        # Only if we use rsync
851        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
852        #
853        #USUAL WAY
854        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
855        RET=$?
856
857        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
858            echo "IGCM_sys_Get_Dir : error."
859            cat out_rsync
860            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get_Dir"
861        else
862            \rm out_rsync
863        fi
864    else
865        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
866    fi
867    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
868}
869
870#D-#==================================================
871#D-function IGCM_sys_Put_Rest
872#D-* Purpose: Put computied restarts on $(ARCHIVE).
873#D-           File and target directory must exist.
874#D-* Examples:
875#D-
876function IGCM_sys_Put_Rest {
877    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Rest" $@
878    if ( $DEBUG_sys ) ; then
879        echo "IGCM_sys_Put_Rest :" $@
880    fi
881    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
882        if [ ! -f ${1} ] ; then
883            echo "ERROR : IGCM_sys_Put_Rest ${1} DOES NOT EXIST ."
884            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
885        fi
886
887        typeset RET
888        #
889        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
890            IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
891        fi
892        #
893        IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
894        #
895        # USUAL WAY
896        putfer $1 $2 > out_rsync 2>&1
897        RET=$?
898
899#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
900#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
901#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
902
903#       #RSYNC WITH NFS USE
904#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
905#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
906
907#       RET=$?
908#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
909
910#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
911#       (( RET=RET+$? ))
912
913        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
914            echo "IGCM_sys_Put_Rest : error."
915            cat out_rsync
916            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
917        else
918            \rm out_rsync
919        fi
920    else
921        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
922    fi
923    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Rest"
924}
925
926#D-#==================================================
927#D-function IGCM_sys_Put_Out
928#D-* Purpose: Copy a file on $(ARCHIVE) after have chmod it in readonly
929#D-* Examples:
930#D-
931function IGCM_sys_Put_Out {
932    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Out" $@
933    if ( $DEBUG_sys ) ; then
934        echo "IGCM_sys_Put_Out :" $@
935    fi
936    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
937        if [ ! -f ${1} ] ; then
938            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Out ${1} DOES NOT EXIST ."
939            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
940            return 1
941        fi
942        #
943        IGCM_sys_MkdirArchive $( dirname $2 )
944        #
945        typeset RET
946
947        #=====================================================
948        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
949        #=====================================================
950
951        #echo ${2} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
952        #if [ $? -eq 0 ] ; then
953        #    typeset WORKPATH FILEPATH
954        #    WORKPATH=$( dirname $2 | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|" )
955        #    IGCM_sys_MkdirWork ${WORKPATH}
956        #    FILEPATH=${WORKPATH}/$( basename $2 )
957        #    #
958        #    IGCM_sys_Cp ${1} ${FILEPATH}
959        #fi
960
961        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
962            if [ X${3} = X ] ; then
963                IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
964            fi
965        fi
966        #
967        # USUAL WAY
968        putfer $1 $2 > out_rsync 2>&1
969        RET=$?
970
971#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
972#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
973#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
974
975#       #RSYNC WITH NFS USE
976#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
977#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
978
979#       RET=$?
980#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
981
982#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
983#       (( RET=RET+$? ))
984
985        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
986            echo "IGCM_sys_Put_Out : error."
987            cat out_rsync
988            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Out"
989        else
990            \rm out_rsync
991        fi
992    else
993        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
994    fi
995    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
996    return 0
997}
998
999#D-#==================================================
1000#D-function IGCM_sys_Get
1001#D-* Purpose: Get a file from ${ARCHIVE}
1002#D-* Examples: IGCM_sys_Get myfile /destpath/myfile_with_PREFIX
1003#D-            IGCM_sys_Get /l Array_contain_myfiles /destpath/
1004function IGCM_sys_Get {
1005    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get" $@
1006
1007    typeset DEST RET dm_liste ifile target file_work
1008
1009    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1010        echo "IGCM_sys_Get :" $@
1011    fi
1012    if [ $DRYRUN -le 2 ]; then
1013        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
1014            # test if the first file is present in the old computation :
1015            eval set +A dm_liste \${${2}}
1016        else
1017            eval set +A dm_liste ${1}
1018        fi
1019        eval DEST=\${${#}}
1020
1021        #=====================================================
1022        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
1023        #=====================================================
1024
1025        # Is it an R_OUT file (not R_IN) ?
1026        #echo ${dm_liste[0]} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
1027        #if [ $? -eq 0 ] ; then
1028        #    # Yes  ? then we try to get it in SCRATCHDIR
1029        #    set +A file_work $( echo ${dm_liste[*]} | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|" )
1030        #    if [ -f ${file_work[0]} ] ; then
1031        #       IGCM_sys_Cp ${file_work[*]} ${DEST}
1032        #       IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1033        #       return
1034        #    fi
1035        #fi
1036
1037        # test if the (first) file is present in the old computation :
1038        IGCM_sys_TestFileArchive ${dm_liste[0]}
1039        RET=$?
1040        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1041            echo "IGCM_sys_Get, ERROR : regular file ${dm_liste[0]} DOES NOT EXIST ."
1042            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1043            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1044            return
1045        fi
1046
1047        dmget ${dm_liste[*]} > out_rsync 2>&1
1048        RET=$?
1049        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1050            echo "IGCM_sys_Get : demigration error."
1051            cat out_rsync
1052            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1053        fi
1054
1055        #USUAL WAY
1056        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
1057            (( RET=0 ))
1058            for target in ${dm_liste[*]} ; do
1059                local_file=$( basename ${target} )
1060                \cp ${target} ${DEST}/${local_file} >> out_rsync 2>&1
1061                (( RET = RET + $? ))
1062            done
1063        else
1064            \cp ${dm_liste} ${DEST} >> out_rsync 2>&1
1065            RET=$?
1066        fi
1067
1068#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
1069#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1070#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1071
1072#       #RSYNC WITH NFS USE
1073#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1074#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1075
1076#       RET=$?
1077#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
1078
1079#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
1080#       (( RET=RET+$? ))
1081
1082        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1083            echo "IGCM_sys_Get : copy error."
1084            cat out_rsync
1085            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1086        else
1087            \rm out_rsync
1088        fi
1089    else
1090        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
1091    fi
1092    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1093}
1094
1095############################################################## A FINIR !!
1096
1097#D-#==================================================
1098#D-function IGCM_sys_GetDate_FichWork
1099#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem WORK
1100#D-* Examples:
1101#D-
1102function IGCM_sys_GetDate_FichWork {
1103    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichWork" $@
1104    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1105        echo "IGCM_sys_GetDate_FichWork :" $@
1106    fi
1107    # donne la date filesys d'un fichier sur la machine work
1108    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichWork"
1109}
1110
1111#D-#==================================================
1112#D-function IGCM_sys_GetDate_FichArchive
1113#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem ARCHIVE
1114#D-* Examples:
1115#D-
1116function IGCM_sys_GetDate_FichArchive {
1117    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichArchive" $@
1118    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1119        echo "IGCM_sys_GetDate_FichArchive :" $@
1120    fi
1121    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichArchive"
1122}
1123
1124##############################################################
1125# REBUILD OPERATOR
1126
1127function IGCM_sys_rebuild {
1128    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_rebuild" -- $@
1129    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1130        echo "IGCM_sys_rebuild :" $@
1131    fi
1132    /home/cont003/p86ipsl/SX8/bin/rebuild -f -o $@
1133    if [ $? -gt 0 ] ; then
1134       echo "IGCM_sys_rebuild : erreur ${@}."
1135       IGCM_debug_Exit "rebuild"
1136    fi
1137
1138    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_rebuild"
1139}
1140
1141############################################################
1142# Activate Running Environnment Variables
1143
1144function IGCM_sys_activ_variables {
1145    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_activ_variables"
1146    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1147        echo "IGCM_sys_activ_variables"
1148    fi
1149
1150# --------------------------------------------------------------------
1151#D- MPI specifications
1152# --------------------------------------------------------------------
1153
1154#D-- MPISUSPEND
1155    export MPISUSPEND=${MPISUSPEND:=OFF}
1156
1157#D-- MPIPROGINF #other choices : ALL_DETAIL2
1158    export MPIPROGINF=ALL
1159#D- activate ftrace (with -ftrace)
1160    export F_FTRACE=YES
1161#D- communication information (with -ftrace)
1162    export MPICOMMINF=DETAIL
1163
1164# --------------------------------------------------------------------
1165#D- Other specifications
1166# --------------------------------------------------------------------
1167
1168#D- max number of character/line in output job
1169    export F_SYSLEN=5000
1170#D- number of error that can be admitted on the NEC
1171    export F_ERRCNT=0
1172#D- global performance
1173    export F_PROGINF=DETAIL
1174
1175#D- I/O performance (FORTRAN I/O only not netCDF)
1176    export F_FILEINF=${F_FILEINF:=NO}
1177#D- netCDF I/O performance
1178    export NC_FILEINF=${NC_FILEINF:=NO}
1179
1180    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_activ_variables"
1181}
1182
1183############################################################
1184# Desactivate Running Environnment Variables
1185
1186function IGCM_sys_desactiv_variables {
1187    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1188    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1189        echo "IGCM_sys_desactiv_variables"
1190    fi
1191# --------------------------------------------------------------------
1192#D- MPI specifications
1193# --------------------------------------------------------------------
1194
1195#D-- MPIPROGINF
1196    export MPIPROGINF=NO
1197
1198# --------------------------------------------------------------------
1199#D- Other specifications
1200# --------------------------------------------------------------------
1201
1202#D- global performance
1203    export F_PROGINF=NO 
1204
1205    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1206}
1207
1208############################################################
1209# Build run file
1210
1211function IGCM_sys_build_run_file {
1212    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_build_run_file" $@
1213    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1214        echo "IGCM_sys_build_run_file " $@
1215    fi
1216    (( NUM_PROC_ATM = BATCH_NUM_PROC_TOT - 1 ))
1217    (( NUM_PROC_OASIS = BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_ATM ))
1218    (( NUM_PROC_OCE = BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_ATM ))
1219   
1220    if [ $1 = MPI2 ]; then
1221        cat <<EOF > run_file
1222-p 1 -np 1 -e ./oasis
1223EOF
1224        (( NUM_PROCESS = BATCH_NUM_PROC_TOT + 1 ))
1225        config_UserChoices_JobRunOptions='"-max_np ${NUM_PROCESS} -f"'
1226
1227    elif [ $1 = MPI1 ]; then
1228        cat <<EOF > run_file
1229-p $NUM_PROC_OASIS -e ./oasis
1230-p $NUM_PROC_ATM -e ./lmdz.x
1231-p $NUM_PROC_OCE -e ./opa.xx
1232EOF
1233 
1234    fi
1235
1236    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_build_run_file"
1237 
1238}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.