source: trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_ulam.ksh @ 217

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Avoid side effect with user environment. Do not define read-only varible potentially defined by system environment.
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Line 
1#!/bin/ksh
2
3#**************************************************************
4# Author: Sebastien Denvil
5# Contact: sebastien.denvil.@ipsl.jussieu.fr
6# $Date: 2008-12-15 16:00:58 +0100 (Mon, 15 Dec 2008) $
7# $Author: sdipsl $
8# $Revision: 44 $
9# IPSL (2006)
10#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC
11# History:
12# Modification:
13#
14#**************************************************************
15
16#=========================================================
17# The documentation of this file can be automatically generated
18# if you use the prefix #D- for comments to be extracted.
19# Extract with command: cat lib* | grep "^#D-" | cut -c "4-"
20#=========================================================
21
22#D-#==================================================
23#D-LibIGCM_sys for Ulam
24#D-#==================================================
25#D-
26#D- This ksh library if a layer under some usefull
27#D-environment variables and shell commands.
28#D-All those definitions depend on host particularities.
29#D-It manages a stack mechanism and test validity of operations.
30#D-All function described bellow must be prefixed by IGCM_sys.
31
32#====================================================
33# libIGCM_sys PARAMETERS
34#====================================================
35
36#====================================================
37# set DEBUG_sys to true to output calls of function
38typeset -r DEBUG_sys=${DEBUG_sys:=true}
39
40#====================================================
41# Turn in dry run mode ? (sys_Put_Rest, sys_Put_Out, sys_Get)
42typeset -r DRYRUN=${DRYRUN:=0}
43
44# YOU MUST COMPILE YOUR EXE FILES FOR DRYRUN MODE !
45# -------------------------------------------------------------------------------------
46# | DRYRUN=  |  Date computations, | sys_Get    |  Exe    | sys_Put_Out; sys_Put_Rest |
47# |          |  Cp/Exe param files |            |  Chmod  |                           |
48# |          |      Qsub           |            |         |                           |
49# -------------------------------------------------------------------------------------
50# |    0     |       yes           |    yes     |  yes    |      yes                  |
51# -------------------------------------------------------------------------------------
52# |    1     |       yes           |    yes     |  yes    |      no                   |
53# -------------------------------------------------------------------------------------
54# |    2     |       yes           |    yes     |  no     |      no                   |
55# -------------------------------------------------------------------------------------
56# |    3     |       yes           |    no      |  no     |      no                   |
57# -------------------------------------------------------------------------------------
58
59#=====================================================
60# Global Variables :
61#=====================================================
62# Language : "fr" or "en"
63typeset -r MYLANG="fr"
64
65#=====================================================
66# Host and user names
67# $hostname ou hostname
68typeset  HOST=${HOST:=$( hostname ) }
69# $username ou whoami
70typeset  LOGIN=${LOGIN:=$( whoami ) }
71
72#D-
73#D-#==================================================
74#D-Program used in libIGCM
75#D-#==================================================
76
77# rsync with path
78typeset -r RSYNC=/usr/bin/rsync
79# RSYNC_opt args to rsync
80typeset -r RSYNC_opt="-Lt -v"
81# RSYNC_opt args to "remote rsync"
82# ie storage filesystem
83typeset -r RHOST=gaya.idris.fr
84typeset -r REMOTE_RSYNC=/u/rech/ces/rces452/RSYNC/bin/rsync
85
86#====================================================
87# Source Ferret
88source /home/rech/psl/rpsl035/.atlas_env_ulam_bash
89
90#====================================================
91# Source tools
92#module load netcdf
93#module load nco
94#module load cdo
95
96export PATH=/usr/local/pub/NetCDF/3.6.3/bin:/usr/local/pub/cdo/1.3.0/bin:/usr/local/pub/nco/3.9.6/bin:$PATH
97
98#====================================================
99# Specific for ocean additionnal diagnostic
100#export FER_GO="$FER_GO /home/rech/ces/rces599/Cpl/TKE /home/rech/ces/rces599/Cpl/TKE/GO /home/rech/ces/rces452/IGCM_POST_UTIL/JNL"
101#export FER_PALETTE="$FER_PALETTE /home/rech/ces/rces599/Cpl/TKE/PALET"
102#export DISPLAY=:1
103
104#====================================================
105# Host specific DIRECTORIES
106#====================================================
107
108#====================================================
109#- R_EXE   (==> BIN_DIR = ${MODIPSL}/bin )
110typeset -r R_EXE="${MODIPSL}/bin"
111
112#====================================================
113#- SUBMIT_DIR : submission dir
114typeset SUBMIT_DIR=${SUBMIT_DIR:=${LOADL_STEP_INITDIR}}
115
116#====================================================
117#- ARCHIVE
118typeset -r ARCHIVE=${HOMEGAYA}
119
120#====================================================
121#- IN
122typeset -r R_IN=${R_IN:=/u/rech/psl/rpsl035/IGCM}
123
124#====================================================
125#- OUT
126typeset -r R_OUT=${ARCHIVE}/IGCM_OUT
127
128#====================================================
129#- OUT_POST
130typeset -r R_OUT_POST=${WORKDIR}/IGCM_OUT
131
132#====================================================
133#- RUN_DIR_PATH : Temporary working directory (=> TMP)
134typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=${TMPDIR}}
135
136#====================================================
137#- Max number of arguments passed to nco operator or demigration command
138UNIX_MAX_LIMIT=12
139
140#D-#==================================================
141#D-function IGCM_sys_RshMaster
142#D-* Purpose: Master rsh command
143#D-* Examples:
144#D-
145function IGCM_sys_RshMaster {
146    #set -vx
147    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshMaster" $@
148    rsh ${MASTER} exec /bin/ksh <<-EOF
149    export libIGCM=${libIGCM_SX}
150    export DEBUG_debug=${DEBUG_debug}
151    . ${libIGCM_SX}/libIGCM_debug/libIGCM_debug.ksh
152    . ${libIGCM_SX}/libIGCM_card/libIGCM_card.ksh
153    ${@}
154EOF
155    if [ $? -gt 0 ] ; then
156        echo "IGCM_sys_RshMaster : erreur."
157        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshMaster"
158    fi
159    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshMaster"
160}
161
162#D-#==================================================
163#D-function IGCM_sys_RshArchive
164#D-* Purpose: Archive rsh command
165#D-* Examples:
166#D-
167function IGCM_sys_RshArchive {
168    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshArchive" $@
169    /bin/ksh <<-EOF
170    ${@}
171EOF
172    if [ $? -gt 0 ] ; then
173        echo "IGCM_sys_RshArchive : erreur."
174        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshArchive"
175    fi
176    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshArchive"
177}
178
179#D-#==================================================
180#D-function IGCM_sys_RshPost
181#D-* Purpose: Master rsh command
182#D-* Examples:
183#D-
184function IGCM_sys_RshPost {
185    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshPost" $@
186    if ( $DEBUG_sys ) ; then
187        echo "IGCM_sys_RshPost :" $@
188    fi
189    /bin/ksh ${@}
190    if [ $? -gt 0 ] ; then
191        echo "IGCM_sys_RshPost : erreur."
192        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost"
193    fi
194    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshPost"
195}
196
197#D-#==================================================
198#D-function IGCM_sys_Mkdir
199#D-* Purpose: Master locale mkdir command
200#D-* Examples:
201#D-
202function IGCM_sys_Mkdir {
203    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mkdir" $@
204    if ( $DEBUG_sys ) ; then
205        echo "IGCM_sys_Mkdir :" $@
206    fi
207    if [ ! -d ${1} ]; then
208        \mkdir -p $1
209        if [ $? -gt 0 ] ; then
210            echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
211            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
212        fi
213    fi
214    # vérification :
215    if [ ! -d ${1} ] ; then
216        echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
217        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
218    fi
219    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mkdir"
220}
221
222#D-#==================================================
223#D-function IGCM_sys_MkdirArchive
224#D-* Purpose: Mkdir on Archive
225#D-* Examples:
226#D-
227function IGCM_sys_MkdirArchive {
228    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirArchive" $@
229    if ( $DEBUG_sys ) ; then
230        echo "IGCM_sys_MkdirArchive :" $@
231    fi
232    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
233    if [ ! -d ${1} ]; then 
234        \mkdir -p $1
235        if [ $? -gt 0 ] ; then
236            echo "IGCM_sys_MkdirArchive : erreur."
237            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirArchive"
238        fi
239    fi
240    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirArchive"
241}
242
243#D-#==================================================
244#D-function IGCM_sys_MkdirWork
245#D-* Purpose: Mkdir on Work
246#D-* Examples:
247#D-
248function IGCM_sys_MkdirWork {
249    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirWork" $@
250    if ( $DEBUG_sys ) ; then
251        echo "IGCM_sys_MkdirWork :" $@
252    fi
253    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
254    if [ ! -d ${1} ]; then 
255        \mkdir -p $1
256        if [ $? -gt 0 ] ; then
257            echo "IGCM_sys_MkdirWork : erreur."
258            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirWork"
259        fi
260    fi
261    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirWork"
262}
263
264#D-#==================================================
265#D-function IGCM_sys_Cd
266#D-* Purpose: master cd command
267#D-* Examples:
268#D-
269function IGCM_sys_Cd {
270    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cd" $@
271    if ( $DEBUG_sys ) ; then
272        echo "IGCM_sys_Cd :" $@
273    fi
274    \cd $1
275    if [ $? -gt 0 ] ; then
276        echo "IGCM_sys_Cd : erreur."
277        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cd"
278    fi
279    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cd"
280}
281
282#D-#==================================================
283#D-function IGCM_sys_Chmod
284#D-* Purpose: Chmod
285#D-* Examples:
286#D-
287function IGCM_sys_Chmod {
288    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Chmod" $@
289    if ( $DEBUG_sys ) ; then
290        echo "IGCM_sys_Chmod :" $@
291    fi
292    if [ $DRYRUN -le 1 ]; then
293        \chmod $@
294        if [ $? -gt 0 ] ; then
295            echo "IGCM_sys_Chmod : erreur."
296            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Chmod"
297        fi
298    else
299        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
300    fi
301    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Chmod"
302}
303
304#D-#==================================================
305#D-function IGCM_sys_FileSize
306#D-* Purpose: Filesize
307#D-* Examples:
308#D-
309function IGCM_sys_FileSize {
310    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FileSize" $@
311
312    typeset sizeF
313    set +A sizeF -- $( ls -la ${1} )
314    if [ $? -gt 0 ] ; then
315        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_FileSize"
316    fi
317    eval ${2}=${sizeF[4]}
318
319    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FileSize"
320}
321
322#D-#==================================================
323#D-function IGCM_sys_TestDir
324#D-* Purpose: Test Directory that must exists
325#D-* Examples:
326#D-
327function IGCM_sys_TestDir {
328    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDir" $@
329    if ( $DEBUG_sys ) ; then
330        echo "IGCM_sys_TestDir :" $@
331    fi
332    typeset ExistFlag
333    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
334    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDir"
335
336    return ${ExistFlag}
337}
338
339#D-#==================================================
340#D-function IGCM_sys_TestDirArchive
341#D-* Purpose: Test Directory that must exists on Archive
342#D-* Examples:
343#D-
344function IGCM_sys_TestDirArchive {
345    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDirArchive" $@
346    if ( $DEBUG_sys ) ; then
347        echo "IGCM_sys_TestDirArchive :" $@
348    fi
349    typeset ExistFlag
350    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
351    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDirArchive"
352
353    return ${ExistFlag}
354}
355
356#D-#==================================================
357#D-function IGCM_sys_TestFileArchive
358#D-* Purpose: Test file that must NOT EXISTS on Archive
359#D-* Examples:
360#D-
361function IGCM_sys_TestFileArchive {
362    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestFileArchive" $@
363    if ( $DEBUG_sys ) ; then
364        echo "IGCM_sys_TestFileArchive :" $@
365    fi
366    typeset ExistFlag
367    ExistFlag=$( IGCM_sys_RshArchive "[ -f $1 ] && echo 0 || echo 1" )
368    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestFileArchive"
369
370    return ${ExistFlag}
371}
372
373#D-#==================================================
374#D-function IGCM_sys_CountFileArchive
375#D-* Purpose: Count files on Archive filesystem
376#D-* Examples:
377#D-
378function IGCM_sys_CountFileArchive {
379    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_CountFileArchive" $@
380    IGCM_sys_RshArchive "ls ${@} 2>/dev/null | wc -l"
381    if [ $? -gt 0 ] ; then
382        echo "IGCM_sys_CountFileArchive : erreur."
383    fi
384    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_CountFileArchive"
385}
386
387#D-#==================================================
388#D-function IGCM_sys_Tree
389#D-* Purpose: Tree directories with files on ${ARCHIVE}
390#D-* Examples: IGCM_sys_Tree ${R_IN} ${R_OUT}
391#D-
392function IGCM_sys_Tree {
393    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tree" $@
394    if ( $DEBUG_sys ) ; then
395        echo "IGCM_sys_Tree :" $@
396    fi
397
398    \mfls -r $@
399
400    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tree"
401}
402
403#D-#==================================================
404#D-function IGCM_sys_Tar
405#D-* Purpose: master un-tar command
406#D-* Examples:
407#D-
408function IGCM_sys_Tar {
409    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tar" $@
410    if ( $DEBUG_sys ) ; then
411        echo "IGCM_sys_Tar :" $@
412    fi
413    \tar cvf $@
414    if [ $? -gt 0 ] ; then
415        echo "IGCM_sys_Tar : erreur."
416        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Tar"
417    fi
418    \tar tvf $1
419
420    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tar"
421}
422
423#D-#==================================================
424#D-function IGCM_sys_UnTar
425#D-* Purpose: master un-tar command
426#D-* Examples:
427#D-
428function IGCM_sys_UnTar {
429    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_UnTar" $@
430    if ( $DEBUG_sys ) ; then
431        echo "IGCM_sys_UnTar :" $@
432    fi
433    \tar xvf $1
434    if [ $? -gt 0 ] ; then
435        echo "IGCM_sys_UnTar : erreur."
436        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_UnTar"
437    fi
438    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_UnTar"
439}
440
441#D-#==================================================
442#D-function IGCM_sys_QsubPost
443#D-* Purpose: Qsub new job on scalaire
444#D-* Examples:
445#D-
446function IGCM_sys_QsubPost {
447    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_QsubPost" $@
448    if ( $DEBUG_sys ) ; then
449        echo "IGCM_sys_QsubPost :" $@
450    fi
451    cd ${POST_DIR}
452    /opt/ibmll/LoadL/full/bin/llsubmit ${libIGCM}/$1.job
453    cd -
454    if [ $? -gt 0 ] ; then
455        echo "IGCM_sys_QsubPost : erreur " $@
456        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_QsubPost"
457    fi
458    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_QsubPost"
459}
460
461#D-*************************
462#D- File transfer functions
463#D-*************************
464#D-
465
466#D-#==================================================
467#D-function IGCM_sys_Rsync_out
468#D-* Purpose: treat return val of rsync
469#D-* Examples: IGCM_sys_Rsync_out out_RET_rsync
470#D-  Error values and explanations can depend on your system version.
471function IGCM_sys_Rsync_out {
472    RET=$1
473    if [ ! $RET ] ; then
474        echo "rsync error !"
475    fi
476
477    if [ $MYLANG = "fr" ]; then
478        case $RET in
479            0)  return ;;
480            1)  echo "Erreur de rsync ; RERR_SYNTAX : "
481                echo "Erreur de syntaxe ou d'utilisation."
482                return;;
483            2)  echo "Erreur de rsync ; RERR_PROTOCOL : "
484                echo "Incompatibilité de protocole."
485                return;;
486            3)  echo "Erreur de rsync ; RERR_FILESELECT 3"
487                echo "Erreurs  lors  de  la  sélection des fichiers d'entrée sortie et"
488                echo "répertoires"
489                return;;
490            4)  echo "Erreur de rsync ; RERR_UNSUPPORTED"
491                echo "Action demandée non supportée : une tentative de manipulation de"
492                echo "fichiers  64-bits  sur une plate-forme qui ne les supporte pas a"
493                echo "été faite ; ou une option qui est supportée par le  client  mais"
494                echo "pas par le serveur a été spécifiée."
495                return;;
496            10) echo "Erreur de rsync ; RERR_SOCKETIO"
497                echo "Erreur dans le socket d'entrée sortie"
498                return;;
499            11) echo "Erreur de rsync ; RERR_FILEIO"
500                echo "Erreur d'entrée sortie fichier"
501                return;;
502            12) echo "Erreur de rsync ; RERR_STREAMIO"
503                echo "Erreur dans flux de donnée du protocole rsync"
504                return;;
505            13) echo "Erreur de rsync ; RERR_MESSAGEIO"
506                echo "Erreur avec les diagnostics du programme"
507                return;;
508            14) echo "Erreur de rsync ; RERR_IPC"
509                echo "Erreur dans le code IPC"
510                return;;
511            20) echo "Erreur de rsync ; RERR_SIGNAL"
512                echo "SIGUSR1 ou SIGINT reçu"
513                return;;
514            21) echo "Erreur de rsync ; RERR_WAITCHILD"
515                echo "Une erreur retournée par waitpid()"
516                return;;
517            22) echo "Erreur de rsync ; RERR_MALLOC"
518                echo "Erreur lors de l'allocation des tampons de mémoire de coeur"
519                return;;
520            23) echo ""
521                echo "Erreur fichier inexistant"
522                return;;
523            30) echo "Erreur de rsync ; RERR_TIMEOUT"
524                echo "Temps d'attente écoulé dans l'envoi/réception de données"
525                return;;
526            *)  echo "Erreur de rsync : code de retour de rsync inconnu :" $RET
527                return;;
528        esac
529    elif [ $MYLANG = "en" ] ; then
530        case $RET in
531            0)  return;;               
532            1)  echo "rsync error : Syntax or usage error "
533                return;;
534            2)  echo "rsync error : Protocol incompatibility "
535                return;;
536            3)  echo "rsync error : Errors selecting input/output files, dirs"
537                return;;
538            4)  echo "rsync error : Requested action not supported: an attempt"
539                echo "was made to manipulate 64-bit files on a platform that cannot support"
540                echo "them; or an option was specified that is supported by the client and"
541                echo "not by the server."
542                return;;
543            5)  echo "rsync error : Error starting client-server protocol"
544                return;;
545            10) echo "rsync error : Error in socket I/O "
546                return;;
547            11) echo "rsync error : Error in file I/O "
548                return;;
549            12) echo "rsync error : Error in rsync protocol data stream "
550                return;;
551            13) echo "rsync error : Errors with program diagnostics "
552                return;;
553            14) echo "rsync error : Error in IPC code "
554                return;;
555            20) echo "rsync error : Received SIGUSR1 or SIGINT "
556                return;;
557            21) echo "rsync error : Some error returned by waitpid() "
558                return;;
559            22) echo "rsync error : Error allocating core memory buffers "
560                return;;
561            23) echo "rsync error : Partial transfer due to error"
562                return;;
563            24) echo "rsync error : Partial transfer due to vanished source files"
564                return;;
565            30) echo "rsync error : Timeout in data send/receive "
566                return;;
567            *)  echo "rsync error : return code of rsync unknown :" $RET
568                return;;
569        esac
570    else
571        echo "unknown language $MYLANG."
572        return
573    fi
574}
575   
576#D-#==================================================
577#D-function IGCM_sys_Cp
578#D-* Purpose: generic cp
579#D-* Examples:
580#D-
581function IGCM_sys_Cp {
582    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cp" $@
583    if ( $DEBUG_sys ) ; then
584        echo "IGCM_sys_Cp :" $@
585    fi
586
587    typeset RET
588
589    echo cp $@ > out_rsync 2>&1
590    \cp $@ >> out_rsync 2>&1
591    RET=$?
592
593    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
594        echo "IGCM_sys_Cp : error."
595        cat out_rsync
596        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cp"
597    fi
598    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cp"
599}
600
601#D-#==================================================
602#D-function IGCM_sys_Rm
603#D-* Purpose: generic rm
604#D-* Examples:
605#D-
606function IGCM_sys_Rm {
607    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Rm" -- $@
608    if ( $DEBUG_sys ) ; then
609        echo "IGCM_sys_Rm :" $@
610    fi
611
612    typeset RET
613
614    echo rm $@ > out_rsync 2>&1
615    \rm $@ >> out_rsync 2>&1
616    RET=$?
617
618    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
619        echo "IGCM_sys_Rm : error."
620        cat out_rsync
621        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Rm"
622    fi
623    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Rm"
624}
625
626#D-#==================================================
627#D-function IGCM_sys_RmRunDir
628#D-* Purpose: rm tmpdir (dummy function most of the time batch
629#D-                      scheduler will do the job)
630#D-* Examples:
631#D-
632function IGCM_sys_RmRunDir {
633    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RmRunDir" -- $@
634    if ( $DEBUG_sys ) ; then
635        echo "IGCM_sys_RmRunDir :" $@
636        echo "Dummy call, let the scheduler do that."
637    fi
638    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RmRunDir"
639}
640
641#D-#==================================================
642#D-function IGCM_sys_Mv
643#D-* Purpose: generic move
644#D-* Examples:
645#D-
646function IGCM_sys_Mv {
647    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mv" $@
648    if ( $DEBUG_sys ) ; then
649        echo "IGCM_sys_Mv :" $@
650    fi
651
652    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
653
654        typeset RET
655           
656        echo mv $@ > out_rsync 2>&1
657        \mv $@ >> out_rsync 2>&1
658        RET=$?
659   
660        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
661            echo "IGCM_sys_Mv : error in mv."
662            cat out_rsync
663            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mv"
664        fi
665    else
666        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
667    fi
668
669    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mv"
670}
671
672#D-#==================================================
673#D-function IGCM_sys_Put_Dir
674#D-* Purpose: Copy a complete directory on $(ARCHIVE)
675#D-* Examples:
676#D-
677function IGCM_sys_Put_Dir {
678    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Dir" $@
679    if ( $DEBUG_sys ) ; then
680        echo "IGCM_sys_Put_Dir :" $@
681    fi
682    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
683        if [ ! -d ${1} ] ; then
684            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
685            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
686            return
687        fi
688
689        typeset RET
690
691        # Only if we use rsync
692        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
693        #
694        #USUAL WAY
695        rcp -r $1 gaya:$2 > out_rsync 2>&1
696        RET=$?
697
698        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
699            echo "IGCM_sys_Put_Dir : error."
700            cat out_rsync
701            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Dir"
702        fi
703
704        # due to rcommand latency
705        sleep 30
706
707    else
708        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
709    fi
710    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
711}
712
713#D-#==================================================
714#D-function IGCM_sys_Get_Dir
715#D-* Purpose: Copy a complete directory from $(ARCHIVE)
716#D-* Examples:
717#D-
718function IGCM_sys_Get_Dir {
719    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get_Dir" $@
720    if ( $DEBUG_sys ) ; then
721        echo "IGCM_sys_Get_Dir :" $@
722    fi
723    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
724#       if [ ! -d ${1} ] ; then
725#           echo "WARNING : IGCM_sys_Get_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
726#           IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
727#           return
728#       fi
729
730        typeset RET
731
732        #USUAL WAY
733        rcp -rp gaya:$1 $2 > out_rsync 2>&1
734        RET=$?
735
736        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
737            echo "IGCM_sys_Get_Dir : error."
738            cat out_rsync
739            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get_Dir"
740        fi
741    else
742        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
743    fi
744    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
745}
746
747#D-#==================================================
748#D-function IGCM_sys_Get_Master
749#D-* Purpose: Copy a complete directory from MASTER filesystem
750#D-* Examples:
751#D-
752function IGCM_sys_Get_Master {
753    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get_Master" $@
754    if ( $DEBUG_sys ) ; then
755        echo "IGCM_sys_Get_Master :" $@
756    fi
757    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
758        TEST=$( IGCM_sys_RshMaster [ -d $1 ] && echo 1 || echo 0 )
759        if [ ${TEST} -ne 1 ] ; then
760            echo "WARNING : IGCM_sys_Get_Master ${1} DOES NOT EXIST ON ${MASTER}."
761            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Master"
762            return
763        fi
764
765        typeset RET
766        sleep 60
767
768        #USUAL WAY
769        rcp -r ${MASTER}:$1 $2 > out_rsync 2>&1
770        RET=$?
771
772        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
773            echo "IGCM_sys_Get_Master : error."
774            cat out_rsync
775            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get_Master"
776        fi
777    else
778        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
779    fi
780    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Master"
781}
782
783#D-#==================================================
784#D-function IGCM_sys_Put_Out
785#D-* Purpose: Copy a file on $(ARCHIVE) after have chmod it in readonly
786#D-* Examples:
787#D-
788function IGCM_sys_Put_Out {
789    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Out" $@
790    if ( $DEBUG_sys ) ; then
791        echo "IGCM_sys_Put_Out :" $@
792    fi
793    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
794        if [ ! -f ${1} ] ; then
795            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Out ${1} DOES NOT EXIST ."
796            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
797            return 1
798        fi
799
800        typeset RET
801        #
802        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
803            IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
804        fi
805        #
806        #
807        # USUAL WAY
808        mfput $1 $2 > out_rsync 2>&1
809        RET=$?
810
811#       #RSYNC WITH NETWORK RSH CALL
812#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} --rsync-path=${REMOTE_RSYNC} -e rsh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
813#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} --rsync-path=${REMOTE_RSYNC} -e rsh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
814
815#       #RSYNC WITH NFS USE
816#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
817#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
818
819#       RET=$?
820#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
821
822#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
823#       (( RET=RET+$? ))
824
825        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
826            echo "IGCM_sys_Put_Out : error."
827            cat out_rsync
828            IGCM_debug_Print 1 "mfput failed. Make a second try :"
829            #
830            mfput $1 $2 > out_rsync 2>&1
831            RET=$?
832            #
833            if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
834                echo "IGCM_sys_Put_Out : error."
835                IGCM_debug_Print 1 "mfput failed twice. You have a problem"
836                cat out_rsync
837                IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Out"
838            fi
839        fi
840    else
841        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
842    fi
843    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
844    return 0
845}
846
847#D-#==================================================
848#D-function IGCM_sys_Get
849#D-* Purpose: Get a file from ${ARCHIVE}
850#D-* Examples: IGCM_sys_Get myfile /destpath/myfile_with_PREFIX
851#D-            IGCM_sys_Get /l Array_contain_myfiles /destpath/
852function IGCM_sys_Get {
853    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get" $@
854
855    typeset DEST RET dm_liste ifile target
856
857    if ( $DEBUG_sys ) ; then
858        echo "IGCM_sys_Get :" $@
859    fi
860    if [ $DRYRUN -le 2 ]; then
861        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
862            # test if the first file is present in the old computation :
863            eval set +A dm_liste \${${2}}
864        else
865            dm_liste=${1}
866        fi
867        eval DEST=\${${#}}
868
869        # test if the (first) file is present in the old computation :
870        IGCM_sys_TestFileArchive ${dm_liste[0]}
871        RET=$?
872        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
873            echo "IGCM_sys_Get, ERROR : regular file ${dm_liste[0]} DOES NOT EXIST ."
874            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
875            #IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
876            #return
877        fi
878
879        # SD : dm_liste is not suited for computing job
880        #      because we change filename during transfert
881        #      dm_liste is better suited for post-treatment
882        # SD : dm_liste necessary only with RSYNC
883
884        #dm_liste=" "
885        #(( ifile=1 ))
886        #while [ $ifile -lt $# ] ; do
887        #    dm_liste=$( eval echo ${dm_liste[*]} " "\${${ifile}} )
888        #    (( ifile = ifile + 1 ))
889        #done
890        #DEST=$( eval echo \${${#}} )
891
892        #USUAL WAY
893        ##mfget ${dm_liste[*]} ${DEST} > out_rsync 2>&1
894        for BugFileIdris in ${dm_liste[*]} ; do
895            echo ${BugFileIdris}
896            mfget ${BugFileIdris} ${DEST} >>out_rsync 2>&1
897            RET=$?
898            if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
899                echo "IGCM_sys_Get : copy error."
900                cat out_rsync
901                #IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
902            fi
903        done
904
905#       #RSYNC WITH NETWORK RSH CALL
906#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} --rsync-path=${REMOTE_RSYNC} -e rsh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
907#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} --rsync-path=${REMOTE_RSYNC} -e rsh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
908
909#       #RSYNC WITH NFS USE
910#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
911#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
912
913#       RET=$?
914#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
915
916#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
917#       (( RET=RET+$? ))
918
919    else
920        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
921    fi
922    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
923}
924
925#D-#==================================================
926#D-function IGCM_sys_Put_Dods
927#D-* Purpose: Put $(ARCHIVE) files on DODS internet protocole.
928#D-* Examples:
929#D-
930function IGCM_sys_Put_Dods {
931    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Dods" $@
932    if ( $DEBUG_sys ) ; then
933        echo "IGCM_sys_Put_Dods :" $@
934    fi
935    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
936        # We take our time on that
937        sleep 15
938        IGCM_sys_TestDirArchive ${R_SAVE}/${1} 
939        if [ $? != 0 ] ; then
940            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Dods ${R_SAVE}/${1} DOES NOT EXIST ."
941            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dods"
942            return
943        fi
944
945        typeset RET
946        #
947        rsh gaya exec /bin/ksh <<EOF
948        cd ${R_SAVE}
949        /usr/local/bin/dods_rm DODS/pub/${LOGIN}/${config_UserChoices_TagName}/${config_UserChoices_JobName}/${1} > /dev/null 2>&1
950        /sbin/chmod -R u+w ${R_SAVE}/${1}
951        /usr/local/bin/dods_cp ${1} DODS/pub/${LOGIN}/${config_UserChoices_TagName}/${config_UserChoices_JobName} > /dev/null 2>&1
952        /sbin/chmod -R +rX ${R_SAVE}/${1}
953        /sbin/chmod -R u+w ${R_SAVE}/${1}
954EOF
955        RET=$?
956
957        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
958            echo "IGCM_sys_Put_Dods : error."
959            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Dods"
960        fi
961    else
962        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
963    fi
964    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dods"
965}
966
967############################################################## A FINIR !!
968
969#D-#==================================================
970#D-function IGCM_sys_GetDate_FichWork
971#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem WORK
972#D-* Examples:
973#D-
974function IGCM_sys_GetDate_FichWork {
975    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichWork" $@
976    if ( $DEBUG_sys ) ; then
977        echo "IGCM_sys_GetDate_FichWork :" $@
978    fi
979    # donne la date filesys d'un fichier sur la machine work
980    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichWork"
981}
982
983#D-#==================================================
984#D-function IGCM_sys_GetDate_FichArchive
985#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem ARCHIVE
986#D-* Examples:
987#D-
988function IGCM_sys_GetDate_FichArchive {
989    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichArchive" $@
990    if ( $DEBUG_sys ) ; then
991        echo "IGCM_sys_GetDate_FichArchive :" $@
992    fi
993    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichArchive"
994}
995
996##############################################################
997# REBUILD OPERATOR
998
999function IGCM_sys_rebuild {
1000    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_rebuild" -- $@
1001    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1002        echo "IGCM_sys_rebuild :" $@
1003    fi
1004    /home/rech/ces/rces452/REBUILD/bin/rebuild -f -o $@
1005    if [ $? -gt 0 ] ; then
1006       echo "IGCM_sys_rebuild : erreur ${@}."
1007       IGCM_debug_Exit "rebuild"
1008    fi
1009
1010    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_rebuild"
1011}
1012##############################################################
1013# NCO OPERATOR
1014
1015function IGCM_sys_ncap {
1016    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncap" -- $@
1017    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1018        echo "IGCM_sys_ncap :" $@
1019    fi
1020    ncap $@
1021    if [ $? -gt 0 ] ; then
1022       echo "IGCM_sys_ncap : erreur ${@}."
1023       IGCM_debug_Exit "ncap"
1024    fi
1025
1026    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncap"
1027}
1028
1029ncatted=ncatted
1030# Problem with ksh and string passed in this function to ncatted !
1031# function IGCM_sys_ncatted {
1032#     IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncatted" -- $@
1033#     if ( $DEBUG_sys ) ; then
1034#       echo "IGCM_sys_ncatted :" $@
1035#     fi
1036#     ncatted $@
1037#     if [ $? -gt 0 ] ; then
1038#        echo "IGCM_sys_ncatted : erreur ${@}."
1039#        IGCM_debug_Exit "ncatted"
1040#     fi
1041
1042#     IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncatted"
1043# }
1044
1045function IGCM_sys_ncbo {
1046    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncbo" -- $@
1047    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1048        echo "IGCM_sys_ncbo :" $@
1049    fi
1050    ncbo $@
1051    if [ $? -gt 0 ] ; then
1052       echo "IGCM_sys_ncbo : erreur ${@}."
1053       IGCM_debug_Exit "ncbo"
1054    fi
1055
1056    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncbo"
1057}
1058
1059function IGCM_sys_ncdiff {
1060    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncdiff" -- $@
1061    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1062        echo "IGCM_sys_ncdiff :" $@
1063    fi
1064    ncdiff $@
1065    if [ $? -gt 0 ] ; then
1066       echo "IGCM_sys_ncdiff : erreur ${@}."
1067       IGCM_debug_Exit "ncdiff"
1068    fi
1069
1070    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncdiff"
1071}
1072
1073function IGCM_sys_ncea {
1074    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncea" -- $@
1075    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1076        echo "IGCM_sys_ncea :" $@
1077    fi
1078    ncea $@
1079    if [ $? -gt 0 ] ; then
1080       echo "IGCM_sys_ncea : erreur ${@}."
1081       IGCM_debug_Exit "ncea"
1082    fi
1083
1084    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncea"
1085}
1086
1087function IGCM_sys_ncecat {
1088    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncecat" -- $@
1089    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1090        echo "IGCM_sys_ncecat :" $@
1091    fi
1092    ncecat $@
1093    if [ $? -gt 0 ] ; then
1094       echo "IGCM_sys_ncecat : erreur ${@}."
1095       IGCM_debug_Exit "ncecat"
1096    fi
1097
1098    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncecat"
1099}
1100
1101function IGCM_sys_ncflint {
1102    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncflint" -- $@
1103    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1104        echo "IGCM_sys_ncflint :" $@
1105    fi
1106    ncflint $@
1107    if [ $? -gt 0 ] ; then
1108       echo "IGCM_sys_ncflint : erreur ${@}."
1109       IGCM_debug_Exit "ncflint"
1110    fi
1111
1112    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncflint"
1113}
1114
1115function IGCM_sys_ncks {
1116    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncks" -- $@
1117    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1118        echo "IGCM_sys_ncks :" $@
1119    fi
1120    ncks $@
1121    if [ $? -gt 0 ] ; then
1122       echo "IGCM_sys_ncks : erreur ${@}."
1123       IGCM_debug_Exit "ncks"
1124    fi
1125
1126    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncks"
1127}
1128
1129function IGCM_sys_ncpdq {
1130    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncpdq" -- $@
1131    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1132        echo "IGCM_sys_ncpdq :" $@
1133    fi
1134    ncpdq $@
1135    if [ $? -gt 0 ] ; then
1136       echo "IGCM_sys_ncpdq : erreur ${@}."
1137       IGCM_debug_Exit "ncpdq"
1138    fi
1139
1140    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncpdq"
1141}
1142
1143function IGCM_sys_ncra {
1144    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncra" -- $@
1145    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1146        echo "IGCM_sys_ncra :" $@
1147    fi
1148    ncra $@
1149    if [ $? -gt 0 ] ; then
1150       echo "IGCM_sys_ncra : erreur ${@}."
1151       IGCM_debug_Exit "ncra"
1152    fi
1153
1154    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncra"
1155}
1156
1157function IGCM_sys_ncrcat {
1158    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncrcat" -- $@
1159    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1160        echo "IGCM_sys_ncrcat :" $@
1161    fi
1162    ncrcat $@
1163    if [ $? -gt 0 ] ; then
1164       echo "IGCM_sys_ncrcat : erreur ${@}."
1165       IGCM_debug_Exit "ncrcat"
1166    fi
1167
1168    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncrcat"
1169}
1170
1171function IGCM_sys_ncrename {
1172    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncrename" -- $@
1173    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1174        echo "IGCM_sys_ncrename :" $@
1175    fi
1176    ncrename $@
1177    if [ $? -gt 0 ] ; then
1178       echo "IGCM_sys_ncrename : erreur ${@}."
1179       IGCM_debug_Exit "ncrename"
1180    fi
1181
1182    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncrename"
1183}
1184
1185function IGCM_sys_ncwa {
1186    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncwa" -- $@
1187    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1188        echo "IGCM_sys_ncwa :" $@
1189    fi
1190    ncwa $@
1191    if [ $? -gt 0 ] ; then
1192       echo "IGCM_sys_ncwa : erreur ${@}."
1193       IGCM_debug_Exit "ncwa"
1194    fi
1195
1196    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncwa"
1197}
1198
1199############################################################
1200# Activate Running Environnment Variables
1201
1202function IGCM_sys_activ_variables {
1203    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_activ_variables"
1204    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1205        echo "IGCM_sys_activ_variables"
1206    fi
1207    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_activ_variables"
1208}
1209
1210############################################################
1211# Desactivate Running Environnment Variables
1212
1213function IGCM_sys_desactiv_variables {
1214    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1215    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1216        echo "IGCM_sys_desactiv_variables"
1217    fi
1218    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1219}
1220
1221############################################################
1222# Build run file
1223
1224function IGCM_sys_build_run_file {
1225    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_build_run_file"
1226    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1227        echo "IGCM_sys_build_run_file"
1228    fi
1229    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_build_run_file"
1230}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.