Changeset 257 for trunk/libIGCM


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Timestamp:
04/09/10 12:08:01 (14 years ago)
Author:
sdipsl
Message:
  • Add mercure-new : libIGCM_sys_mercure.ksh
  • SX9 use mercure-new for post-processing
  • Few feature missing on mercure-new dmget not yet install for example
  • Properly reset all svn:keywords feature
  • Bugfix in libIGCM_post.ksh when RebuildFromArchive? was false
  • Bugfix in IGCM_Patch_20090317_histcomFillvalue.ksh when renaming _Fillvalue we now just add missing_value to be retro-compatible
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Location:
trunk/libIGCM
Files:
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  • trunk/libIGCM/AA_additionnal

    r222 r257  
    5454#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5555#-Q- sx9mercure ###################### 
    56 #-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_ADD        # Nom du job                 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 2              # Reservation du processus 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -c 4              # Reservation du core 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    62 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    64 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     56#-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_ADD            # Nom du job 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -j o                   # regroupement des stdout et stderr 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh        # shell de soumission 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb       # Limite memoire a 1 Go 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00  # Limite temps a 2 heures 
     61#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6562#-Q- titane #!/bin/ksh 
    6663#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_atlas_LMDZ

    r222 r257  
    5454#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5555#-Q- sx9mercure ###################### 
    56 #-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_LMDZ       # Nom du job                 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    62 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     56#-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_LMDZ           # Nom du job 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -j o                   # regroupement des stdout et stderr 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh        # shell de soumission 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb       # Limite memoire a 1 Go 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00  # Limite temps a 2 heures 
     61#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6462#-Q- titane #!/bin/ksh 
    6563#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_atlas_ORCA_LIM

    r222 r257  
    5454#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5555#-Q- sx9mercure ###################### 
    56 #-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_OPA        # Nom du job                 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    62 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     56#-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_OPA             # Nom du job 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00   # Limite temps a 2 heures 
     61#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6462#-Q- titane #!/bin/ksh 
    6563#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_atlas_ORCHIDEE

    r222 r257  
    5454#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5555#-Q- sx9mercure ###################### 
    56 #-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_ORCH       # Nom du job                 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    62 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     56#-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_ORCH            # Nom du job 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=1:00:00   # Limite temps a 2 heures 
     61#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6462#-Q- titane #!/bin/ksh 
    6563#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_atlas_PISCES

    r242 r257  
    5454#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5555#-Q- sx9mercure ###################### 
    56 #-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_PIS        # Nom du job                 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    62 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     56#-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_PIS             # Nom du job 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00   # Limite temps a 2 heures 
     61#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6462#-Q- default #!/bin/ksh 
    6563#-Q- default ################## 

  • trunk/libIGCM/AA_create_se

    r243 r257  
    5050#-Q- sx8mercure #PBS -l cputim_job=1:00:00   # Limite temps a 1 heures 
    5151#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire 
    52 #-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    5352#-Q- sx9mercure ###################### 
    5453#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5554#-Q- sx9mercure ###################### 
    56 #-Q- sx9mercure #MSUB -r SE             # Nom du job                 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    62 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     55#-Q- sx9mercure #PBS -N SE                   # Nom du job 
     56#-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=1:00:00   # Limite temps a 1 heures 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6461#-Q- titane #!/bin/ksh 
    6562#-Q- titane ###################### 
    … …  
    130127RESOL_ATM=${RESOL_ATM:=ALL} 
    131128 
     129#D- Flag to determine surface resolution 
     130#D- Default : value from surface driver if any 
     131RESOL_SRF=ALL 
     132 
     133#D- Flag to determine surface resolution 
     134#D- Default : value from surface driver if any 
     135RESOL_SBG=ALL 
     136 
    132137#D- TEMPORARY Flag to determine ocean resolution 
    133138#D- Default : value from ocean driver if any 
    … …  
    141146#D- Default : value from ice driver if any 
    142147RESOL_MBG=${RESOL_MBG:=ORCA2} 
    143  
    144 #D- Flag to determine surface resolution 
    145 #D- Default : value from surface driver if any 
    146 RESOL_SRF=ALL 
    147  
    148 #D- Flag to determine surface resolution 
    149 #D- Default : value from surface driver if any 
    150 RESOL_SBG=ALL 
    151148 
    152149######################################################################## 

  • trunk/libIGCM/AA_create_ts

    r254 r257  
    5454#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5555#-Q- sx9mercure ###################### 
    56 #-Q- sx9mercure #MSUB -r TS             # Nom du job                 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    62 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     56#-Q- sx9mercure #PBS -N TS                   # Nom du job 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=24:00:00   # Limite temps a 2 heures 
     61#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6462#-Q- titane #!/bin/ksh 
    6563#-Q- titane ###################### 
    … …  
    114112#D- Possible Value : 2D, 3D, Chunck2D, Chunck3D 
    115113#D- Default : Value from AA_job if any. Usefull in StandAlone case. 
    116 TsTask=${TsTask:=} 
     114TsTask=${TsTask:=2D} 
    117115 
    118116#D- Flag to determine if rebuild process has been performed asynchronously 
    … …  
    139137RESOL_ATM=ALL 
    140138 
     139#D- Flag to determine surface resolution 
     140#D- Default : value from surface driver if any 
     141RESOL_SRF=ALL 
     142 
     143#D- Flag to determine surface resolution 
     144#D- Default : value from surface driver if any 
     145RESOL_SBG=ALL 
     146 
    141147#D- TEMPORARY Flag to determine ocean resolution 
    142148#D- Default : value from ocean driver if any 
    … …  
    150156#D- Default : value from ice driver if any 
    151157RESOL_MBG=${RESOL_MBG:=ORCA2} 
    152  
    153 #D- Flag to determine surface resolution 
    154 #D- Default : value from surface driver if any 
    155 RESOL_SRF=ALL 
    156  
    157 #D- Flag to determine surface resolution 
    158 #D- Default : value from surface driver if any 
    159 RESOL_SBG=ALL 
    160158 
    161159######################################################################## 

  • trunk/libIGCM/AA_monitoring

    r253 r257  
    5454#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5555#-Q- sx9mercure ###################### 
    56 #-Q- sx9mercure #MSUB -r MONITORING     # Nom du job                 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    62 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     56#-Q- sx9mercure #PBS -N  MONITORING          # Nom du job 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=1:00:00   # Limite temps a 2 heures 
     61#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6462#-Q- titane #!/bin/ksh 
    6563#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_rebuild_fromArchive

    r236 r257  
    5454#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5555#-Q- sx9mercure ###################### 
    56 #-Q- sx9mercure #MSUB -r REBUILDARCH    # Nom du job                 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    62 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     56#-Q- sx9mercure #PBS -N REBUILDARCH          # Nom du job 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=24:00:00  # Limite temps a 1 heures 
     61#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6462#-Q- titane #!/bin/ksh 
    6563#-Q- titane ###################### 
    … …  
    107105# of your running libIGCM directory. 
    108106 
    109 #D- Directory where files we need to rebuild are store 
    110 #D- Default : value from AA_job if any 
     107#D- Do we rebuild parallel output from archive or from ${BIGDIR} 
     108#D- Default : value from AA_job if any 
     109RebuildFromArchive=${RebuildFromArchive:=true} 
     110 
     111#D- Directory where files we need to rebuild are store  
     112#D- Default : value from AA_job if any 
     113#D- if RebuildFromArchive=true REBUILD_DIR=${DMFDIR}/IGCM_OUT/.../JobName/TMP 
     114#D- example : /dmnfs09/cont003/p86denv/IGCM_OUT/IPSLCM5/CM5PIRC7/TMP 
     115#D- if RebuildFromArchive=false REBUILD_DIR=${BIGDIR}/REBUILD/TagName/JobName/ 
     116#D- example : /scratch/cont003/p86denv/REBUILD/IPSLCM5/SCAL-NEW 
    111117REBUILD_DIR=${REBUILD_DIR:=/path/to/your/TMP/REBUILD/FILES} 
    112118 

  • trunk/libIGCM/AA_rebuild_fromWorkdir

    r236 r257  
    5555#-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    5656#-Q- sx9mercure ###################### 
    57 #-Q- sx9mercure #MSUB -r REBUILDWRK     # Nom du job                 
    58 #-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    59 #-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    60 #-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    61 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
    62 #-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    63 #-Q- sx9mercure ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    64 #-Q- sx9mercure ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     57#-Q- sx9mercure #PBS -N REBUILDWRK           # Nom du job 
     58#-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
     59#-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
     60#-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
     61#-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=24:00:00  # Limite temps a 1 heures 
     62#-Q- sx9mercure #PBS -q scal-new 
    6563#-Q- titane #!/bin/ksh 
    6664#-Q- titane ###################### 
    … …  
    108106# of your running libIGCM directory. 
    109107 
    110 #D- Directory where files we need to rebuild are store 
    111 #D- Default : value from AA_job if any 
     108#D- Do we rebuild parallel output from archive or from ${BIGDIR} 
     109#D- Default : value from AA_job if any 
     110RebuildFromArchive=${RebuildFromArchive:=true} 
     111 
     112#D- Directory where files we need to rebuild are store  
     113#D- Default : value from AA_job if any 
     114#D- if RebuildFromArchive=true REBUILD_DIR=${DMFDIR}/IGCM_OUT/.../JobName/TMP 
     115#D- example : /dmnfs09/cont003/p86denv/IGCM_OUT/IPSLCM5/CM5PIRC7/TMP 
     116#D- if RebuildFromArchive=false REBUILD_DIR=${BIGDIR}/REBUILD/TagName/JobName/ 
     117#D- example : /scratch/cont003/p86denv/REBUILD/IPSLCM5/SCAL-NEW 
    112118REBUILD_DIR=${REBUILD_DIR:=/path/to/your/TMP/REBUILD/FILES} 
    113119 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_post/IGCM_Patch_20090317_histcom__Fillvalue.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r79 r257  
    44# Author: Martial Mancip 
    55# Contact: Martial.Mancip_ipsl.jussieu.fr 
    6 # $Date: 2008-05-29 11:02:19 +0200 (Thu, 29 May 2008) $ 
    7 # $Author: mmaipsl $ 
    8 # $Revision: 5 $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2006) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 
    … …  
    2525    IGCM_sys_Chmod 644 ${file} 
    2626 
    27     IGCM_sys_ncrename -O --hst -a _Fillvalue,missing_value ${file} 
     27    #IGCM_sys_ncrename -O --hst -a _Fillvalue,missing_value ${file} 
     28 
     29    miss=$( ncdump -h ${file} | grep _Fillvalue | head -1 | awk "-F=" '{print $2}' |  awk "-Ff" '{print $1}' ) 
     30 
     31    [ ! X${miss} = X ] && IGCM_sys_ncatted -a missing_value,,c,f,${miss} ${file}  
    2832 
    2933    IGCM_sys_Mv ${file} ${1} 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_post/IGCM_Patch_20090407_histcom_time_axis.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r169 r257  
    44# Author: Martial Mancip 
    55# Contact: Martial.Mancip_ipsl.jussieu.fr 
    6 # $Date: $ 
    7 # $Author: mmaipsl $ 
    8 # $Revision: $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2006) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_post/IGCM_Patch_20091030_histcom_time_axis.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r195 r257  
    44# Author: Martial Mancip 
    55# Contact: Martial.Mancip_ipsl.jussieu.fr 
    6 # $Date: $ 
    7 # $Author: mmaipsl $ 
    8 # $Revision: $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2006) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_post/IGCM_Patch_20091116_ncks_ncra.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r206 r257  
    22 
    33#************************************************************** 
     4# Author: Marie-Alice Foujols 
    45# Contact: Foujols_ipsl.jussieu.fr 
    5 # Modified by Marie-Alice Foujols 
    6 # $Date: $ 
    7 # $Author: mafoipsl $ 
    8 # $Revision: $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2009) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_post/IGCM_Patch_20091118_mask.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r242 r257  
    11#!/bin/ksh 
     2 
     3#************************************************************** 
     4# Author: Arnaud Caubel 
     5# Contact: Arnaud.Caubel_lsce.ipsl.fr 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
     9# IPSL (2009) 
     10#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 
     11# 
     12#************************************************************** 
    213 
    314#------------------------------------------------------------ 
    … …  
    718function IGCM_Patch_20091118_mask { 
    819 
    9     set -vx 
    1020    IGCM_debug_PushStack "IGCM_Patch_mask" $@ 
    1121 
    … …  
    3848    fi 
    3949 
    40 #============================================ 
    41 # Remove nav_lon, nav_lat file 
     50    #============================================ 
     51    # Remove nav_lon, nav_lat file 
    4252    IGCM_sys_ncks -Oh -x -v nav_lon,nav_lat ${filename} file1.nc 
    4353 
    44 #============================================ 
    45 # Extract mask variable 
     54    #============================================ 
     55    # Extract mask variable 
    4656    IGCM_sys_ncks -Oh -v ${mask} ${config_UserChoices_JobName}_mesh_mask.nc mask3D.nc 
    4757 
    48 #============================================ 
    49 # Rename deptht dimension 
     58    #============================================ 
     59    # Rename deptht dimension 
    5060    IGCM_sys_ncrename -Oh -d z,${depth} mask3D.nc 
    5161 
    52 #============================================ 
    53 # Remove single dimension t 
     62    #============================================ 
     63    # Remove single dimension t 
    5464    IGCM_sys_ncwa -Oh -a t mask3D.nc mask3D.nc 
    5565 
    56 #============================================ 
    57 # Create mask2D  
     66    #============================================ 
     67    # Create mask2D  
    5868    IGCM_sys_ncks -Oh -d ${depth},0,0 mask3D.nc mask2D.nc 
    5969    IGCM_sys_ncwa -Oh -a ${depth} mask2D.nc mask2D.nc 
    6070    IGCM_sys_ncrename -h -v ${mask},mask2D mask2D.nc 
    6171 
    62 #============================================ 
    63 # Append mask (2D) to file1.nc 
     72    #============================================ 
     73    # Append mask (2D) to file1.nc 
    6474    IGCM_sys_ncks -Ah -c -v mask2D mask2D.nc file1.nc 
    6575 
    6676    if [ ${filename} = ${chaineIce} ]; then 
    6777 
    68 #============================================ 
    69 # Append mask (3D) only for oceanic files 
     78        #============================================ 
     79        # Append mask (3D) only for oceanic files 
    7080        IGCM_sys_ncks -Ah -v ${mask} mask3D.nc file1.nc 
    7181        IGCM_sys_ncrename -h -v ${mask},mask3D file1.nc 
    7282 
    73 #============================================ 
    74 # Add record dimension only for oceanic files 
     83        #============================================ 
     84        # Add record dimension only for oceanic files 
    7585        IGCM_sys_ncecat -Oh file1.nc file1.nc 
    7686 
    77 #============================================ 
    78 # Apply mask 3D only for oceanic files 
     87        #============================================ 
     88        # Apply mask 3D only for oceanic files 
    7989        IGCM_sys_ncwa -Oh -a record -B 'mask3D==1' file1.nc file1.nc 
    8090 
    8191    fi 
    8292 
    83 #============================================ 
    84 # Add record dimension 
     93    #============================================ 
     94    # Add record dimension 
    8595    IGCM_sys_ncecat -Oh file1.nc file1.nc 
    8696 
    87 #============================================ 
    88 # Apply mask 2D 
     97    #============================================ 
     98    # Apply mask 2D 
    8999    IGCM_sys_ncwa -Oh -b -a record -B 'mask2D==1' file1.nc file1.nc 
    90100 
    91 #============================================ 
    92 # Permute record dimension in time_counter dimension 
    93  
     101    #============================================ 
     102    # Permute record dimension in time_counter dimension 
    94103    IGCM_sys_ncpdq -Oh -a time_counter,record file1.nc file1.nc 
    95104    IGCM_sys_ncwa -Oh -a record file1.nc file1.nc 
    96105 
    97 #============================================ 
    98 # Remove mask 
     106    #============================================ 
     107    # Remove mask 
    99108    IGCM_sys_ncks -Oh -x -v mask2D,mask3D file1.nc file_mask.nc 
    100109 
    101 #============================================ 
    102 # Add nav_lon nav_lat 
     110    #============================================ 
     111    # Add nav_lon nav_lat 
    103112    IGCM_sys_ncks -Ah -v nav_lon,nav_lat ${filename} file_mask.nc 
    104113 
    105 #============================================ 
    106 # Cleaning 
     114    #============================================ 
     115    # Cleaning 
    107116    IGCM_debug_Verif_Exit_Post 
    108117    IGCM_sys_Mv file_mask.nc ${filename} 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_post/IGCM_Patch_20091119_put_out.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r199 r257  
    44# Contact: Foujols_ipsl.jussieu.fr 
    55# Modified by Marie-Alice Foujols 
    6 # $Date: $ 
    7 # $Author: mafoipsl $ 
    8 # $Revision: $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2009) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_post/libIGCM_post.ksh

    r246 r257  
    628628        if [ ${config_Post_RebuildFromArchive} = true ] ; then 
    629629            IGCM_sys_Put_Dir REBUILD_${PeriodDateBegin} ${REBUILD_DIR} 
    630         elif [ ${RebuildFrequency} = true ] ; then 
     630        else 
    631631            IGCM_sys_Mv      REBUILD_${PeriodDateBegin} ${REBUILD_DIR} 
    632632        fi 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys.ksh

    r222 r257  
    4848 
    4949    ulam) 
    50         echo "sys source ulam Intel Xeon lib." 
     50        echo "sys source ulam Intel X-64 lib." 
    5151        . ${libIGCM}/libIGCM_sys/libIGCM_sys_ulam.ksh;; 
     52 
     53    mercure) 
     54        echo "sys source mercure frontend TX7 IA-64 lib." 
     55        . ${libIGCM}/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercureTX.ksh;; 
     56 
     57    mercure0?) 
     58        echo "sys source mercure frontend X-64 lib." 
     59        . ${libIGCM}/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercure.ksh;; 
    5260 
    5361    mercure1?) 
    … …  
    6775        . ${libIGCM}/libIGCM_sys/libIGCM_sys_titane.ksh;; 
    6876 
    69     mercure) 
    70         echo "sys source mercure TX IA-64 lib." 
    71         . ${libIGCM}/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercureTX.ksh;; 
    72  
    7377    cesium*) 
    74         echo "sys source cesium Intel Xeon lib." 
     78        echo "sys source cesium Intel X-64 lib." 
    7579        . ${libIGCM}/libIGCM_sys/libIGCM_sys_cesium.ksh;; 
    7680 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercurex8.ksh

    r228 r257  
    103103typeset -r ARCHIVE=${DMFDIR} 
    104104 
     105# ============ CESIUM START ============ # 
     106 
     107#==================================================== 
     108#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed 
     109#ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' ) 
     110#if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then 
     111#    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true} 
     112#else 
     113#    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false} 
     114#fi 
     115 
     116#==================================================== 
     117#- libIGCM_POST 
     118#if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then 
     119#    PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" ) 
     120#    typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM 
     121#else 
     122#    typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM} 
     123#fi 
     124 
     125# ============ CESIUM  END  ============ # 
     126 
     127#==================================================== 
     128#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed 
     129typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false} 
     130 
    105131#==================================================== 
    106132#- libIGCM_POST 
    … …  
    162188        echo "IGCM_sys_RshPost :" $@ 
    163189    fi 
     190 
     191# ============ CESIUM START ============ # 
     192#    typeset NB_ESSAI DELAI status 
     193#    #nombre d'essai avant abandon 
     194#    NB_ESSAI=5 
     195#    #temps entre chaque essai 
     196#    DELAI=10 
     197#    i=0 
     198#    while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do 
     199#        ssh -t mercure ssh cesium /bin/ksh ${@} 2>/dev/null 
     200#        status=$? 
     201#        if [ ${status} -ne 0 ]; 
     202#        then 
     203#            sleep $DELAI 
     204#        else 
     205#            break 
     206#        fi 
     207#        let i=$i+1 
     208#    done  
     209# ============ CESIUM  END  ============ # 
     210 
     211 
    164212    /bin/ksh ${@} 
    165213    if [ $? -gt 0 ] ; then 
    … …  
    381429function IGCM_sys_TestFileArchive { 
    382430    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestFileArchive" $@ 
    383     if ( $DEBUG_sys ) ; then 
    384         echo "IGCM_sys_TestFileArchive :" $@ 
    385     fi 
    386431    typeset ExistFlag 
    387432    ExistFlag=$( [ -f $1 ] && echo 0 || echo 1 ) 
    … …  
    485530        echo "IGCM_sys_QsubPost :" $@ 
    486531    fi 
    487     /usr/bin/nqsII/qsub -q scalaire -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out ${libIGCM}/$1.job -v ${listVarEnv} 
     532    # ============ CESIUM START ============ # 
     533    #/usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out -e ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job 
     534    # ============ CESIUM  END  ============ # 
     535    /usr/bin/nqsII/qsub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out ${libIGCM}/$1.job -v ${listVarEnv} 
    488536    if [ $? -gt 0 ] ; then 
    489537        echo "IGCM_sys_QsubPost : erreur " $@ 
    … …  
    608656} 
    609657     
     658 
     659#D-#================================================== 
     660#D-function IGCM_sys_Miror_libIGCM 
     661#D-* Purpose: Mirror libIGCM PATH and lib to cesium 
     662#D-* Examples: 
     663#D- 
     664function IGCM_sys_Mirror_libIGCM { 
     665    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM" 
     666    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     667        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM" 
     668    fi 
     669 
     670    typeset RET DEST 
     671 
     672    mkdir -p ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} 
     673 
     674    echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} > out_rsync 2>&1 
     675    ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} >> out_rsync 2>&1 
     676    RET=$? 
     677 
     678    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then 
     679        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM Warning : no libIGCM on cesium." 
     680        cat out_rsync 
     681    fi 
     682    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM" 
     683} 
     684 
     685#==================================================== 
     686#- Call IGCM_sys_Mirror_libIGCM now ! 
     687if ( $MirrorlibIGCM ) ; then 
     688    IGCM_sys_Mirror_libIGCM 
     689fi 
     690 
    610691#D-#================================================== 
    611692#D-function IGCM_sys_Cp 
    … …  
    641722    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Rm" -- $@ 
    642723    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
    643         echo "IGCM_sys_Rm :" $@ 
     724        echo "IGCM_sys_Rm :" $@ 
    644725    fi 
    645726 
    … …  
    651732 
    652733    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then 
    653         echo "IGCM_sys_Rm : error." 
    654         cat out_rsync 
    655         IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Rm" 
     734        echo "IGCM_sys_Rm : error." 
     735        cat out_rsync 
     736        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Rm" 
    656737    fi 
    657738    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Rm" 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercurex9.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r228 r257  
    44# Author: Sebastien Denvil, Martial Mancip 
    55# Contact: Martial.Mancip_ipsl.jussieu.fr 
    6 # $Date: 2009-04-09 19:09:08 +0200 (Thu, 09 Apr 2009) $ 
    7 # $Author: sdipsl $ 
    8 # $Revision: 92 $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2006) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 
    … …  
    8585typeset -r RSYNC_opt="-va" 
    8686# ie storage filesystem 
    87 typeset -r RHOST=cesium 
     87typeset -r RHOST=mercure 
    8888 
    8989#==================================================== 
    … …  
    103103typeset -r ARCHIVE=${DMFDIR} 
    104104 
     105# ============ CESIUM START ============ # 
     106 
    105107#==================================================== 
    106108#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed 
    107 ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' ) 
    108 if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then 
    109     typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true} 
    110 else 
    111     typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false} 
    112 fi 
     109#ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' ) 
     110#if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then 
     111#    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true} 
     112#else 
     113#    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false} 
     114#fi 
    113115 
    114116#==================================================== 
    115117#- libIGCM_POST 
    116 if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then 
    117     PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" ) 
    118     typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM 
    119 else 
    120     typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM} 
    121 fi 
     118#if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then 
     119#    PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" ) 
     120#    typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM 
     121#else 
     122#    typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM} 
     123#fi 
     124 
     125# ============ CESIUM  END  ============ # 
     126 
     127#==================================================== 
     128#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed 
     129typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false} 
     130 
     131#==================================================== 
     132#- libIGCM_POST 
     133typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM} 
    122134 
    123135#==================================================== 
    … …  
    176188        echo "IGCM_sys_RshPost :" $@ 
    177189    fi 
    178     typeset NB_ESSAI DELAI status 
    179     #nombre d'essai avant abandon 
    180     NB_ESSAI=5 
    181     #temps entre chaque essai 
    182     DELAI=10 
    183  
    184     i=0 
    185     while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do 
    186         ssh -t mercure ssh cesium /bin/ksh ${@} 2>/dev/null 
    187         status=$? 
    188         if [ ${status} -ne 0 ]; 
    189         then 
    190             sleep $DELAI 
    191         else 
    192             break 
    193         fi 
    194         let i=$i+1 
    195     done  
    196  
    197     if [ ${status} -gt 0 ] ; then 
     190 
     191# ============ CESIUM START ============ # 
     192#    typeset NB_ESSAI DELAI status 
     193#    #nombre d'essai avant abandon 
     194#    NB_ESSAI=5 
     195#    #temps entre chaque essai 
     196#    DELAI=10 
     197#    i=0 
     198#    while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do 
     199#        ssh -t mercure ssh cesium /bin/ksh ${@} 2>/dev/null 
     200#        status=$? 
     201#        if [ ${status} -ne 0 ]; 
     202#        then 
     203#            sleep $DELAI 
     204#        else 
     205#            break 
     206#        fi 
     207#        let i=$i+1 
     208#    done  
     209# ============ CESIUM  END  ============ # 
     210 
     211 
     212    /bin/ksh ${@} 
     213    if [ $? -gt 0 ] ; then 
    198214        echo "IGCM_sys_RshPost : erreur." 
    199215        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost" 
    … …  
    213229    fi 
    214230 
    215     IGCM_sys_RshPost <<-EOF 
     231    ssh mercure /bin/ksh <<-EOF 
    216232    export LOGIN=${LOGIN} 
    217233    export config_UserChoices_JobName=${config_UserChoices_JobName} 
    … …  
    514530        echo "IGCM_sys_QsubPost :" $@ 
    515531    fi 
    516     /usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out -e ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job 
     532    # ============ CESIUM START ============ # 
     533    #/usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out -e ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job 
     534    # ============ CESIUM  END  ============ # 
     535    /usr/bin/nqsII/qsub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out ${libIGCM}/$1.job -v ${listVarEnv} 
    517536    if [ $? -gt 0 ] ; then 
    518537        echo "IGCM_sys_QsubPost : erreur " $@ 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_obelix.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r256 r257  
    44# Author: Sebastien Denvil, Martial Mancip, Christian Laguerre 
    55# Contact: Martial.Mancip_ipsl.jussieu.fr 
    6 # $Date: 2008-05-29 21:29:09 +0200 (Thu, 29 May 2008) $ 
    7 # $Author: laguerre $ 
    8 # $Revision: 7 $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2006) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_titane.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r245 r257  
    44# Author: Sebastien Denvil, Martial Mancip 
    55# Contact: Martial.Mancip_ipsl.jussieu.fr 
    6 # $Date: 2009-11-25 17:19:33 +0100 (Wed, 25 Nov 2009) $ 
    7 # $Author: sdipsl $ 
    8 # $Revision: 203 $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2006) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_ulam.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r228 r257  
    44# Author: Sebastien Denvil 
    55# Contact: sebastien.denvil.@ipsl.jussieu.fr 
    6 # $Date: 2008-12-15 16:00:58 +0100 (Mon, 15 Dec 2008) $ 
    7 # $Author: sdipsl $ 
    8 # $Revision: 44 $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2006) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_vargas.ksh

    • Property svn:keywords set to Date Author Revision
    r228 r257  
    44# Author: Sébastien Denvil 
    55# Contact: sebastien.denvil.@ipsl.jussieu.fr 
    6 # $Date: 2008-09-18 17:46:57 +0200 (Thu, 18 Sep 2008) $ 
    7 # $Author: mmaipsl $ 
    8 # $Revision: 17 $ 
     6# $Date$ 
     7# $Author$ 
     8# $Revision$ 
    99# IPSL (2006) 
    1010#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.