Changeset 316 for trunk


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Timestamp:
07/08/10 16:30:38 (14 years ago)
Author:
mafoipsl
Message:

Use cesium for SX9 post processing. Add hostname to know where we run.

Location:
trunk/libIGCM
Files:
12 edited

Legend:

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  • trunk/libIGCM/AA_additionnal

    r315 r316  
    6262#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire 
    6363#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    64 #-Q- sx9mercure ###################### 
    65 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    66 #-Q- sx9mercure ###################### 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_ADD            # Nom du job 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                   # message si abort 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                   # regroupement des stdout et stderr 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh        # shell de soumission 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb       # Limite memoire a 1 Go 
    72 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00  # Limite temps a 2 heures 
    73 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     64#-Q- sx9mercure ######################### 
     65#-Q- sx9mercure ## CESIUM FOR SX9  CEA ## 
     66#-Q- sx9mercure ######################### 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_ADD        # Nom du job                 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -n 2              # Reservation du processus 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -c 4              # Reservation du core 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     72#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     73#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7474#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7575#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_atlas_LMDZ

    r315 r316  
    6161#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire 
    6262#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    63 #-Q- sx9mercure ###################### 
    64 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    65 #-Q- sx9mercure ###################### 
    66 #-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_LMDZ           # Nom du job 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                   # message si abort 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                   # regroupement des stdout et stderr 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh        # shell de soumission 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb       # Limite memoire a 1 Go 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00  # Limite temps a 2 heures 
    72 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     63#-Q- sx9mercure ######################### 
     64#-Q- sx9mercure ## CESIUM FOR SX9  CEA ## 
     65#-Q- sx9mercure ######################### 
     66#-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_LMDZ       # Nom du job                 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7372#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7473#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_atlas_ORCA_LIM

    r315 r316  
    6161#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire 
    6262#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    63 #-Q- sx9mercure ###################### 
    64 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    65 #-Q- sx9mercure ###################### 
    66 #-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_OPA             # Nom du job 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                   # message si abort 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00   # Limite temps a 2 heures 
    72 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     63#-Q- sx9mercure ######################### 
     64#-Q- sx9mercure ## CESIUM FOR SX9  CEA ## 
     65#-Q- sx9mercure ######################### 
     66#-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_OPA        # Nom du job                 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7372#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7473#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_atlas_ORCHIDEE

    r315 r316  
    6161#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire 
    6262#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    63 #-Q- sx9mercure ###################### 
    64 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    65 #-Q- sx9mercure ###################### 
    66 #-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_ORCH            # Nom du job 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                   # message si abort 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=1:00:00   # Limite temps a 2 heures 
    72 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     63#-Q- sx9mercure ######################### 
     64#-Q- sx9mercure ## CESIUM FOR SX9  CEA ## 
     65#-Q- sx9mercure ######################### 
     66#-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_ORCH       # Nom du job                 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7372#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7473#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_atlas_PISCES

    r315 r316  
    6161#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire 
    6262#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    63 #-Q- sx9mercure ###################### 
    64 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    65 #-Q- sx9mercure ###################### 
    66 #-Q- sx9mercure #PBS -N  ATL_PIS             # Nom du job 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                   # message si abort 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=2:00:00   # Limite temps a 2 heures 
    72 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     63#-Q- sx9mercure ######################### 
     64#-Q- sx9mercure ## CESIUM FOR SX9  CEA ## 
     65#-Q- sx9mercure ######################### 
     66#-Q- sx9mercure #MSUB -r ATL_PIS        # Nom du job                 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7372#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7473#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_create_se

    r315 r316  
    6060#-Q- sx8mercure #PBS -l cputim_job=1:00:00   # Limite temps a 1 heures 
    6161#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire 
    62 #-Q- sx9mercure ###################### 
    63 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    64 #-Q- sx9mercure ###################### 
    65 #-Q- sx9mercure #PBS -N SE                   # Nom du job 
    66 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                    # message si abort 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=1:00:00   # Limite temps a 1 heures 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     62#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
     63#-Q- sx9mercure ######################### 
     64#-Q- sx9mercure ## CESIUM FOR SX9  CEA ## 
     65#-Q- sx9mercure ######################### 
     66#-Q- sx9mercure #MSUB -r SE             # Nom du job                 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7272#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7373#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_create_ts

    r315 r316  
    6161#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire 
    6262#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    63 #-Q- sx9mercure ###################### 
    64 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    65 #-Q- sx9mercure ###################### 
    66 #-Q- sx9mercure #PBS -N TS                   # Nom du job 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                    # message si abort 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=24:00:00   # Limite temps a 2 heures 
    72 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     63#-Q- sx9mercure ######################### 
     64#-Q- sx9mercure ## CESIUM FOR SX9  CEA ## 
     65#-Q- sx9mercure ######################### 
     66#-Q- sx9mercure #MSUB -r TS             # Nom du job                 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7372#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7473#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_monitoring

    r315 r316  
    6161#-Q- sx8mercure #PBS -q scalaire 
    6262#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    63 #-Q- sx9mercure ###################### 
    64 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
    65 #-Q- sx9mercure ###################### 
    66 #-Q- sx9mercure #PBS -N  MONITORING          # Nom du job 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                    # message si abort 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=1:00:00   # Limite temps a 2 heures 
    72 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     63#-Q- sx9mercure ######################### 
     64#-Q- sx9mercure ## CESIUM FOR SX9  CEA ## 
     65#-Q- sx9mercure ######################### 
     66#-Q- sx9mercure #MSUB -r MONITORING     # Nom du job                 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7372#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7473#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_rebuild_fromArchive

    r315 r316  
    6262#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    6363#-Q- sx9mercure ###################### 
    64 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
     64#-Q- sx9mercure ## CESIUM FOR SX9  CEA ## 
    6565#-Q- sx9mercure ###################### 
    66 #-Q- sx9mercure #PBS -N REBUILDARCH          # Nom du job 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                    # message si abort 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=24:00:00  # Limite temps a 1 heures 
    72 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     66#-Q- sx9mercure #MSUB -r REBUILDARCH    # Nom du job                 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7372#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7473#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/AA_rebuild_fromWorkdir

    r315 r316  
    6363#-Q- sx9mercure #!/bin/ksh 
    6464#-Q- sx9mercure ###################### 
    65 #-Q- sx9mercure ## SX9MERCURE   CEA ## 
     65#-Q- sx9mercure ## CESIUM   CEA ## 
    6666#-Q- sx9mercure ###################### 
    67 #-Q- sx9mercure #PBS -N REBUILDWRK           # Nom du job 
    68 #-Q- sx9mercure #PBS -m a                    # message si abort 
    69 #-Q- sx9mercure #PBS -j o                    # regroupement des stdout et stderr 
    70 #-Q- sx9mercure #PBS -S /usr/bin/ksh         # shell de soumission 
    71 #-Q- sx9mercure #PBS -l memsz_job=1gb        # Limite memoire a 1 Go 
    72 #-Q- sx9mercure #PBS -l cputim_job=24:00:00  # Limite temps a 1 heures 
    73 #-Q- sx9mercure #PBS -q scalaire 
     67#-Q- sx9mercure #MSUB -r REBUILDWRK     # Nom du job                 
     68#-Q- sx9mercure #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     69#-Q- sx9mercure #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
     70#-Q- sx9mercure #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
     71#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-j o" 
     72#-Q- sx9mercure #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    7473#-Q- titane #!/bin/ksh 
    7574#-Q- titane ###################### 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys.ksh

    r257 r316  
    2323echo 
    2424echo "====================================================" 
    25 echo "Where do we run ?" 
     25echo "Where do we run ?" $( hostname ) 
    2626uname -a 
    2727echo "====================================================" 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercurex9.ksh

    r315 r316  
    107107#==================================================== 
    108108#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed 
    109 #ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' ) 
    110 #if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then 
    111 #    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true} 
    112 #else 
    113 #    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false} 
    114 #fi 
     109ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' ) 
     110if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then 
     111    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true} 
     112else 
     113    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false} 
     114fi 
    115115 
    116116#==================================================== 
    117117#- libIGCM_POST 
    118 #if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then 
    119 #    PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" ) 
    120 #    typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM 
    121 #else 
    122 #    typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM} 
    123 #fi 
     118if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then 
     119    PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" ) 
     120    typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM 
     121else 
     122    typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM} 
     123fi 
    124124 
    125125# ============ CESIUM  END  ============ # 
    126126 
    127127#==================================================== 
    128 #- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed 
    129 typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false} 
    130  
    131 #==================================================== 
    132 #- libIGCM_POST 
    133 typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM} 
     128#- MirrorlibIGCM uncomment for frontend 
     129#typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false} 
     130 
     131#==================================================== 
     132#- libIGCM_POST uncomment for frontend 
     133#typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM} 
    134134 
    135135#==================================================== 
    … …  
    191191# ============ CESIUM START ============ # 
    192192#    typeset NB_ESSAI DELAI status 
    193 #    #nombre d'essai avant abandon 
    194 #    NB_ESSAI=5 
    195 #    #temps entre chaque essai 
    196 #    DELAI=10 
    197 #    i=0 
    198 #    while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do 
    199 #        ssh -t mercure ssh cesium /bin/ksh ${@} 2>/dev/null 
    200 #        status=$? 
    201 #        if [ ${status} -ne 0 ]; 
    202 #        then 
    203 #            sleep $DELAI 
    204 #        else 
    205 #            break 
    206 #        fi 
    207 #        let i=$i+1 
    208 #    done  
     193    #nombre d'essai avant abandon 
     194    NB_ESSAI=5 
     195    #temps entre chaque essai 
     196    DELAI=10 
     197    i=0 
     198    while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do 
     199        ssh -t mercure01 ssh cesium /bin/ksh ${@}  
     200        status=$? 
     201        if [ ${status} -ne 0 ]; 
     202        then 
     203            sleep $DELAI 
     204        else 
     205            break 
     206        fi 
     207        let i=$i+1 
     208    done  
    209209# ============ CESIUM  END  ============ # 
    210210 
    211  
    212     /bin/ksh ${@} 
    213     if [ $? -gt 0 ] ; then 
    214         echo "IGCM_sys_RshPost : erreur." 
    215         IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost" 
    216     fi 
     211# Uncomment for frontend  
     212#    /bin/ksh ${@} 
     213#    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     214#       echo "IGCM_sys_RshPost : erreur." 
     215#       IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost" 
     216#    fi 
     217 
    217218    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshPost" 
    218219} 
    … …  
    243244    elif [ -f ~/.forward ] ; then 
    244245       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" $( cat ~/.forward ) < job_end.mail 
     246    else 
     247       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" ${LOGIN} < job_end.mail 
    245248    fi 
    246249 
    … …  
    520523    fi 
    521524    # ============ CESIUM START ============ # 
    522     #/usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out -e ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job 
     525    /usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out -e ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job 
    523526    # ============ CESIUM  END  ============ # 
    524     /usr/bin/nqsII/qsub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out ${libIGCM}/$1.job -v ${listVarEnv} 
     527    #/usr/bin/nqsII/qsub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out ${libIGCM}/$1.job -v ${listVarEnv} 
    525528    if [ $? -gt 0 ] ; then 
    526529        echo "IGCM_sys_QsubPost : erreur " $@ 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.