Changeset 451 for trunk/libIGCM


Ignore:
Timestamp:
04/11/11 15:17:57 (13 years ago)
Author:
sdipsl
Message:
  • Rebuilds and patchs are done on titane's mono class
  • Standard error and standard output end up in the same file
  • Homegenize sleeping period across libIGCM_sys
Location:
trunk/libIGCM
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
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  • trunk/libIGCM/AA_rebuild_fromArchive

    r436 r451  
    8989#-Q- titane #!/bin/ksh 
    9090#-Q- titane ###################### 
    91 #-Q- titane ## TITANE   CEA ## 
     91#-Q- titane ## TITANE   CEA     ## 
    9292#-Q- titane ###################### 
    93 #-Q- titane #MSUB -r REBUILDARCH    # Nom du job                 
    94 #-Q- titane #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
    95 #-Q- titane #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    96 #-Q- titane #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    97 #-Q- titane #MSUB -E "-j o" 
    98 #-Q- titane #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    99 #-Q- titane ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    100 #-Q- titane ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     93#-Q- titane #MSUB -r REBUILDARCH     # Nom du job                 
     94#-Q- titane #MSUB -o REBUILDARCH.out # nom du fichier de sortie 
     95#-Q- titane #MSUB -e REBUILDARCH.out # nom du fichier de sortie 
     96#-Q- titane #MSUB -eo 
     97#-Q- titane #MSUB -n 1               # Reservation du processus 
     98#-Q- titane #MSUB -T 86400           # Limite de temps elapsed du job 
     99#-Q- titane #MSUB -p gen2211 
     100#-Q- titane #MSUB -q mono 
    101101#-Q- lxiv8 ###################### 
    102102#-Q- lxiv8 ## OBELIX      LSCE ## 

  • trunk/libIGCM/AA_rebuild_fromWorkdir

    r436 r451  
    8989#-Q- titane #!/bin/ksh 
    9090#-Q- titane ###################### 
    91 #-Q- titane ## TITANE   CEA ## 
     91#-Q- titane ## TITANE   CEA     ## 
    9292#-Q- titane ###################### 
    9393#-Q- titane #MSUB -r REBUILDWRK     # Nom du job                 
    94 #-Q- titane #MSUB -N 1              # Reservation du noeud 
     94#-Q- titane #MSUB -o REBUILDWRK.out # nom du fichier de sortie 
     95#-Q- titane #MSUB -e REBUILDWRK.out # nom du fichier de sortie 
     96#-Q- titane #MSUB -eo 
    9597#-Q- titane #MSUB -n 1              # Reservation du processus 
    9698#-Q- titane #MSUB -T 86400          # Limite de temps elapsed du job 
    97 #-Q- titane #MSUB -E "-j o" 
    98 #-Q- titane #MSUB -E "-S /bin/ksh" 
    99 #-Q- titane ##MSUB -e nco.out        # Sortie standard 
    100 #-Q- titane ##MSUB -o nco.out        # Sortie standard 
     99#-Q- titane #MSUB -p gen2211 
     100#-Q- titane #MSUB -q mono 
    101101#-Q- lxiv8 ###################### 
    102102#-Q- lxiv8 ## OBELIX      LSCE ## 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_titane.ksh

    r438 r451  
    8383 
    8484#==================================================== 
     85# Source default environment 
     86#==================================================== 
     87. /etc/profile 
     88 
     89#==================================================== 
    8590# Set environment tools (ferret, nco, cdo) 
    8691#==================================================== 
    87 #. /home/cont003/p86ipsl/.atlas_env_titane_ksh 
     92. /home/cont003/p86ipsl/.atlas_env_titane_ksh 
    8893 
    8994#==================================================== 
    9095# Specific for ocean additionnal diagnostic 
    91 #export FER_GO="$FER_GO /home/cont003/p86denv/IGCM_POST_UTIL/JNL /home/cont003/p86denv/GRAF /home/cont003/p86denv/GRAF/GO" 
    92 #export FER_PALETTE="$FER_PALETTE /home/cont003/p86denv/GRAF/PALET" 
     96export FER_GO="$FER_GO /home/cont003/p86denv/IGCM_POST_UTIL/JNL /home/cont003/p86denv/GRAF /home/cont003/p86denv/GRAF/GO" 
     97export FER_PALETTE="$FER_PALETTE /home/cont003/p86denv/GRAF/PALET" 
    9398 
    9499#==================================================== 
    … …  
    212217    fi 
    213218 
     219    set -vx 
     220 
    214221    typeset NB_ESSAI DELAI status i 
    215222    # keep standard input for the loop onto temporary file 
    216223    cat >tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
    217     # number of tentative 
    218     NB_ESSAI=10 
    219     # time delay between tentative 
    220     DELAI=10 
    221     i=0 
    222     while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do 
    223         ssh -t titane996 ssh cesium /bin/ksh <tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
    224         status=$? 
    225         if [ ${status} -ne 0 ]; 
    226         then 
    227             sleep $DELAI 
    228         else 
    229             break 
    230         fi 
    231         let i=$i+1 
    232     done 
    233     # delete temporary file 
    234     /bin/rm tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
    235  
    236     if [ ${status} -gt 0 ] ; then 
    237         echo "IGCM_sys_RshPost : erreur." 
    238         IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost" 
     224 
     225    echo cat tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ INITIAL 
     226    cat tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
     227 
     228    if [ "X$( grep rebuild_from tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ )" != "X" ] ; then 
     229        # little hack so that rebuild submission is done on titane not an cesium 
     230        # 
     231        libIGCM_POST_sed=$( echo $libIGCM_POST | sed 's/\//\\\//g' ) 
     232        POST_DIR_sed=$( echo ${POST_DIR} | sed 's/\//\\\//g' ) 
     233        sed "s/IGCM_sys_QsubPost/IGCM_sys_Qsub/g" tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ > tmp.txt 
     234        sed "s/ rebuild_fromWorkdir/ ${libIGCM_POST_sed}\/rebuild_fromWorkdir.job/g" tmp.txt > tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
     235        sed "s/ rebuild_fromArchive/ ${libIGCM_POST_sed}\/rebuild_fromArchive.job/g" tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ > tmp.txt 
     236        sed "s/Script_Post_Output=/Script_Output=${POST_DIR_sed}\//g" tmp.txt > tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
     237        #\mv tmp.txt tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
     238        # 
     239        echo cat tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ AFTER 
     240        cat tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
     241        /bin/ksh <tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
     242        if [ $? -gt 0 ] ; then 
     243            echo "IGCM_sys_RshPost : erreur." 
     244            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost" 
     245        fi 
     246    else 
     247        # number of tentative 
     248        NB_ESSAI=10 
     249        # time delay between tentative 
     250        DELAI=10 
     251        i=0 
     252        while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do 
     253            ssh -t titane996 ssh cesium /bin/ksh <tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
     254            status=$? 
     255            if [ ${status} -ne 0 ]; 
     256            then 
     257                sleep $DELAI 
     258            else 
     259                break 
     260            fi 
     261            let i=$i+1 
     262        done 
     263        # delete temporary file 
     264        /bin/rm tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ 
     265 
     266        if [ ${status} -gt 0 ] ; then 
     267            echo "IGCM_sys_RshPost : erreur." 
     268            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost" 
     269        fi 
    239270    fi 
    240271    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshPost" 
    … …  
    251282       echo "IGCM_sys_SendMail :" $@ 
    252283    fi 
     284 
     285    set -vx 
    253286 
    254287    if ( ${ExitFlag} ) ; then 
    … …  
    543576        echo "IGCM_sys_Qsub :" $@ 
    544577    fi 
    545     /usr/local/bin/ccc_msub -o ${Script_Output} -r ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} < $1 
     578    /usr/local/bin/ccc_msub -o ${Script_Output} -e ${Script_Output} -r ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} < $1 
    546579    if [ $? -gt 0 ] ; then 
    547580        echo "IGCM_sys_Qsub : erreur " $@ 
    … …  
    900933 
    901934        typeset RET 
    902         sleep 60 
     935        sleep 10 
    903936 
    904937        #USUAL WAY 
    … …  
    12371270   
    12381271} 
     1272 
     1273############################################################## 
     1274# NCO OPERATOR 
     1275 
     1276function IGCM_sys_ncatted { 
     1277    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncatted" -- $@ 
     1278    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1279        echo "IGCM_sys_ncatted :" $@ 
     1280    fi 
     1281    ncatted "$@" 
     1282    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1283       echo "IGCM_sys_ncatted : erreur ${@}." 
     1284       IGCM_debug_Exit "ncatted" 
     1285    fi 
     1286 
     1287    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncatted" 
     1288} 
     1289 
     1290function IGCM_sys_ncbo { 
     1291    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncbo" -- $@ 
     1292    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1293        echo "IGCM_sys_ncbo :" $@ 
     1294    fi 
     1295    ncbo $@ 
     1296    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1297       echo "IGCM_sys_ncbo : erreur ${@}." 
     1298       IGCM_debug_Exit "ncbo" 
     1299    fi 
     1300 
     1301    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncbo" 
     1302} 
     1303 
     1304function IGCM_sys_ncdiff { 
     1305    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncdiff" -- $@ 
     1306    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1307        echo "IGCM_sys_ncdiff :" $@ 
     1308    fi 
     1309    ncdiff $@ 
     1310    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1311       echo "IGCM_sys_ncdiff : erreur ${@}." 
     1312       IGCM_debug_Exit "ncdiff" 
     1313    fi 
     1314 
     1315    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncdiff" 
     1316} 
     1317 
     1318function IGCM_sys_ncea { 
     1319    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncea" -- $@ 
     1320    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1321        echo "IGCM_sys_ncea :" $@ 
     1322    fi 
     1323    ncea $@ 
     1324    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1325       echo "IGCM_sys_ncea : erreur ${@}." 
     1326       IGCM_debug_Exit "ncea" 
     1327    fi 
     1328 
     1329    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncea" 
     1330} 
     1331 
     1332function IGCM_sys_ncecat { 
     1333    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncecat" -- $@ 
     1334    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1335        echo "IGCM_sys_ncecat :" $@ 
     1336    fi 
     1337    ncecat $@ 
     1338    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1339       echo "IGCM_sys_ncecat : erreur ${@}." 
     1340       IGCM_debug_Exit "ncecat" 
     1341    fi 
     1342 
     1343    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncecat" 
     1344} 
     1345 
     1346function IGCM_sys_ncflint { 
     1347    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncflint" -- $@ 
     1348    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1349        echo "IGCM_sys_ncflint :" $@ 
     1350    fi 
     1351    ncflint $@ 
     1352    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1353       echo "IGCM_sys_ncflint : erreur ${@}." 
     1354       IGCM_debug_Exit "ncflint" 
     1355    fi 
     1356 
     1357    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncflint" 
     1358} 
     1359 
     1360function IGCM_sys_ncks { 
     1361    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncks" -- $@ 
     1362    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1363        echo "IGCM_sys_ncks :" $@ 
     1364    fi 
     1365    ncks $@ 
     1366    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1367       echo "IGCM_sys_ncks : erreur ${@}." 
     1368       IGCM_debug_Exit "ncks" 
     1369    fi 
     1370 
     1371    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncks" 
     1372} 
     1373 
     1374function IGCM_sys_ncpdq { 
     1375    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncpdq" -- $@ 
     1376    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1377        echo "IGCM_sys_ncpdq :" $@ 
     1378    fi 
     1379    ncpdq $@ 
     1380    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1381       echo "IGCM_sys_ncpdq : erreur ${@}." 
     1382       IGCM_debug_Exit "ncpdq" 
     1383    fi 
     1384 
     1385    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncpdq" 
     1386} 
     1387 
     1388function IGCM_sys_ncra { 
     1389    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncra" -- $@ 
     1390    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1391        echo "IGCM_sys_ncra :" $@ 
     1392    fi 
     1393    ncra $@ 
     1394    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1395       echo "IGCM_sys_ncra : erreur ${@}." 
     1396       IGCM_debug_Exit "ncra" 
     1397    fi 
     1398 
     1399    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncra" 
     1400} 
     1401 
     1402function IGCM_sys_ncrcat { 
     1403    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncrcat" -- $@ 
     1404    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1405        echo "IGCM_sys_ncrcat :" $@ 
     1406    fi 
     1407    ncrcat $@ 
     1408    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1409       echo "IGCM_sys_ncrcat : erreur ${@}." 
     1410#       IGCM_debug_Exit "ncrcat" 
     1411    fi 
     1412 
     1413    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncrcat" 
     1414} 
     1415 
     1416function IGCM_sys_ncrename { 
     1417    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncrename" -- $@ 
     1418    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1419        echo "IGCM_sys_ncrename :" $@ 
     1420    fi 
     1421    ncrename $@ 
     1422    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1423       echo "IGCM_sys_ncrename : erreur ${@}." 
     1424       IGCM_debug_Exit "ncrename" 
     1425    fi 
     1426 
     1427    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncrename" 
     1428} 
     1429 
     1430function IGCM_sys_ncwa { 
     1431    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncwa" -- $@ 
     1432    if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     1433        echo "IGCM_sys_ncwa :" $@ 
     1434    fi 
     1435    ncwa $@ 
     1436    if [ $? -gt 0 ] ; then 
     1437       echo "IGCM_sys_ncwa : erreur ${@}." 
     1438       IGCM_debug_Exit "ncwa" 
     1439    fi 
     1440 
     1441    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncwa" 
     1442} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.