Changeset 955 for trunk


Ignore:
Timestamp:
10/07/13 16:35:45 (11 years ago)
Author:
labetoulle
Message:

RunChecker? :

  • Introduction of getopts to process command line options
  • new option -r to check running simulations

(#131)

Location:
trunk/libIGCM
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/libIGCM/AA_RunChecker

    r953 r955  
    1616 
    1717 
    18  
    1918#======================================================================# 
    2019 
    … …  
    4039fg_search=false 
    4140fg_quiet=false 
     41fg_running=false 
    4242fg_path=false 
    4343NbHisto=20 
    … …  
    4545# Get arguments from command line 
    4646# ------------------------------- 
    47 while getopts :hj:p:qsu: Opt ; do 
     47while getopts :hj:p:qsu:r Opt ; do 
    4848  case $Opt in 
    4949    h) 
    … …  
    6161      echo "  -p : give the directory (absolute path) containing " 
    6262      echo "       the config.card instead of the job name." 
     63      echo "  -r : check all running simulations." 
    6364      exit 0 ;; 
    6465    j) 
    … …  
    7879      TargetUsr=${OPTARG} 
    7980      ;; 
     81    r) 
     82      fg_running=true 
     83      ;; 
    8084    :) 
    8185      echo "$0: -"${OPTARG}" option: missing value" 
    … …  
    9094shift $(($OPTIND-1)) 
    9195 
     96# If no config.card path is given, and we're not looking for running simulations,  
     97# at least one JobName must be given. 
    9298if ( ( ! ${fg_path} ) && ( ! ${fg_running} ) && [ $# -lt 1 ] ) ; then 
    9399  $0 -h 
    … …  
    121127 
    122128 
    123 JobName=$1 
     129if ( ${fg_running} ) ; then 
     130  # Look for running simu 
     131  IGCM_sys_ListJobInQueue ${TargetUsr} JobNameList 
     132fi 
     133 
     134if [ $# -ge 1 ] ; then 
     135  set -A JobNameList ${JobNameList[*]} ${*} 
     136fi 
     137 
     138if [ ${#JobNameList[*]} -lt 1 ] ; then 
     139  echo "No running simulation found." 
     140  exit 0 
     141fi 
     142 
    124143 
    125144if ( ${fg_quiet} ) ; then 
    … …  
    134153fi 
    135154 
    136 # Find SUBMIT_DIR in catalog 
    137 # ========================== 
    138 IGCM_check_SearchCatalog 
    139  
    140 if [ ! X${SUBMIT_DIR} == X ] ; then 
    141  
    142   IGCM_sys_Cd $SUBMIT_DIR 
    143  
    144  
    145   # Extract usefull information from run.card and config.card 
    146   # ========================================================= 
    147  
    148   RunFile="${SUBMIT_DIR}/run.card" 
    149   ConfFile="${SUBMIT_DIR}/config.card" 
    150  
    151   IGCM_config_CommonConfiguration ${SUBMIT_DIR}/config.card 
    152   IGCM_check_CommonDef 
    153  
    154  
    155   if [ -s ${RunFile} ] ; then 
    156     IGCM_card_DefineVariableFromOption ${RunFile} Configuration PeriodState 
    157     PeriodState=${run_Configuration_PeriodState} 
    158   else 
    159     PeriodState="Waiting" 
     155 
     156for JobName in ${JobNameList[*]} ; do 
     157 
     158  # Find SUBMIT_DIR in catalog 
     159  # ========================== 
     160  IGCM_check_SearchCatalog 
     161  Status=$? 
     162 
     163  if [ $Status -eq 0 ] ; then 
     164 
     165    IGCM_sys_Cd $SUBMIT_DIR 
     166 
     167 
     168    # Extract usefull information from run.card and config.card 
     169    # ========================================================= 
     170 
     171    RunFile="${SUBMIT_DIR}/run.card" 
     172    ConfFile="${SUBMIT_DIR}/config.card" 
     173 
     174    IGCM_config_CommonConfiguration ${SUBMIT_DIR}/config.card 
     175    IGCM_check_CommonDef 
     176 
     177 
     178    if [ -s ${RunFile} ] ; then 
     179      IGCM_card_DefineVariableFromOption ${RunFile} Configuration PeriodState 
     180      PeriodState=${run_Configuration_PeriodState} 
     181    else 
     182      PeriodState="Waiting" 
     183    fi 
     184 
     185    if ( [ X${PeriodState} == XRunning ] || [ X${PeriodState} == XOnQueue ] ) ; then 
     186      #NbRun=$( ccc_mstat -f | grep -c ${JobName} ) 
     187      IGCM_sys_CountJobInQueue ${JobName} NbRun 
     188 
     189      if [ ${NbRun} -eq 0 ] ; then 
     190        PeriodState="Fatal" 
     191      fi 
     192    fi 
     193 
     194    DateBegin=${config_UserChoices_DateBegin} 
     195    DateEnd=${config_UserChoices_DateEnd} 
     196    TagName=${config_UserChoices_TagName} 
     197    ExperimentName=${config_UserChoices_ExperimentName} 
     198    SpaceName=${config_UserChoices_SpaceName} 
     199 
     200 
     201    if ( [ ! X${PeriodState} == XWaiting ] && [ ! X${PeriodState} == XCompleted ] ) ; then 
     202      IGCM_card_DefineVariableFromOption ${RunFile} Configuration PeriodDateBegin 
     203      IGCM_card_DefineVariableFromOption ${RunFile} Configuration PeriodDateEnd 
     204      IGCM_card_DefineVariableFromOption ${RunFile} Configuration CumulPeriod 
     205      PeriodDateBegin=${run_Configuration_PeriodDateBegin} 
     206      PeriodDateEnd=${run_Configuration_PeriodDateEnd} 
     207      CumulPeriod=${run_Configuration_CumulPeriod} 
     208    else 
     209      PeriodDateBegin="." 
     210      PeriodDateEnd="." 
     211      CumulPeriod="." 
     212    fi 
     213 
     214    DATA_DIR=${R_SAVE} 
     215    POST_DIR=${R_BUFR}/Out 
     216    CWORK_DIR=${R_FIGR} 
     217 
     218    if [ ${TargetUsr} != ${CurrentUsr} ] ; then 
     219      DATA_DIR=$( IGCM_check_ChangeUsr ${DATA_DIR} ) 
     220      POST_DIR=$( IGCM_check_ChangeUsr ${POST_DIR} ) 
     221      CWORK_DIR=$( IGCM_check_ChangeUsr ${CWORK_DIR} ) 
     222      REBUILD_DIR=$( IGCM_check_ChangeUsr ${REBUILD_DIR} ) 
     223    fi 
     224 
     225    if [ $PeriodState != "Waiting" ] ; then 
     226      # Check pending REBUILDS 
     227      # ====================== 
     228      IGCM_check_CheckPendingRebuild 
     229 
     230      # Check last REBUILD and PACK* jobs 
     231      # ================================= 
     232      IGCM_check_CheckRebPackJobs 
     233 
     234      # Check last MONITORING jobs 
     235      # ========================== 
     236      IGCM_check_CheckMonitoring 
     237 
     238      # Check last ATLAS jobs 
     239      # ===================== 
     240      IGCM_check_CheckAtlas 
     241 
     242      # Time of last write on run.card 
     243      # ============================== 
     244      IGCM_sys_GetDate_FichWork ${SUBMIT_DIR}/run.card LastWrite "SplitFields" "${DateFormat}" 
     245 
     246    else 
     247 
     248      NbRebuild="." 
     249      FirstRebuild="." 
     250      LastRebuild="." 
     251 
     252      NbLines=0 
     253 
     254    fi 
     255 
     256 
     257    # Print results 
     258    # ============= 
     259    IGCM_check_PrintHeader 
     260    ind=0 
     261    while [ $ind -lt $NbLines ] ; do 
     262      IGCM_check_PrintJob 
     263      (( ind = ind + 1 )) 
     264    done 
     265    IGCM_check_PrintFooter 
     266 
    160267  fi 
    161268 
    162   if ( [ X${PeriodState} == XRunning ] || [ X${PeriodState} == XOnQueue ] ) ; then 
    163     #NbRun=$( ccc_mstat -f | grep -c ${JobName} ) 
    164     IGCM_sys_CountJobInQueue ${JobName} NbRun 
    165  
    166     if [ ${NbRun} -eq 0 ] ; then 
    167       PeriodState="Fatal" 
    168     fi 
    169   fi 
    170  
    171   DateBegin=${config_UserChoices_DateBegin} 
    172   DateEnd=${config_UserChoices_DateEnd} 
    173   TagName=${config_UserChoices_TagName} 
    174   ExperimentName=${config_UserChoices_ExperimentName} 
    175   SpaceName=${config_UserChoices_SpaceName} 
    176  
    177  
    178   if ( [ ! X${PeriodState} == XWaiting ] && [ ! X${PeriodState} == XCompleted ] ) ; then 
    179     IGCM_card_DefineVariableFromOption ${RunFile} Configuration PeriodDateBegin 
    180     IGCM_card_DefineVariableFromOption ${RunFile} Configuration PeriodDateEnd 
    181     IGCM_card_DefineVariableFromOption ${RunFile} Configuration CumulPeriod 
    182     PeriodDateBegin=${run_Configuration_PeriodDateBegin} 
    183     PeriodDateEnd=${run_Configuration_PeriodDateEnd} 
    184     CumulPeriod=${run_Configuration_CumulPeriod} 
    185   else 
    186     PeriodDateBegin="." 
    187     PeriodDateEnd="." 
    188     CumulPeriod="." 
    189   fi 
    190  
    191   DATA_DIR=${R_SAVE} 
    192   POST_DIR=${R_BUFR}/Out 
    193   CWORK_DIR=${R_FIGR} 
    194  
    195   if [ ${TargetUsr} != ${CurrentUsr} ] ; then 
    196     DATA_DIR=$( IGCM_check_ChangeUsr ${DATA_DIR} ) 
    197     POST_DIR=$( IGCM_check_ChangeUsr ${POST_DIR} ) 
    198     CWORK_DIR=$( IGCM_check_ChangeUsr ${CWORK_DIR} ) 
    199     REBUILD_DIR=$( IGCM_check_ChangeUsr ${REBUILD_DIR} ) 
    200   fi 
    201  
    202   if [ $PeriodState != "Waiting" ] ; then 
    203     # Check pending REBUILDS 
    204     # ====================== 
    205     IGCM_check_CheckPendingRebuild 
    206  
    207     # Check last REBUILD and PACK* jobs 
    208     # ================================= 
    209     IGCM_check_CheckRebPackJobs 
    210  
    211     # Check last MONITORING jobs 
    212     # ========================== 
    213     IGCM_check_CheckMonitoring 
    214  
    215     # Check last ATLAS jobs 
    216     # ===================== 
    217     IGCM_check_CheckAtlas 
    218  
    219     # Time of last write on run.card 
    220     # ============================== 
    221     LastWrite=$( ls -l --time-style=+"${DateFormat}" ${SUBMIT_DIR}/run.card | gawk '{print $6 " " $7}' ) 
    222  
    223   else 
    224  
    225     NbRebuild="." 
    226     FirstRebuild="." 
    227     LastRebuild="." 
    228  
    229     NbLines=0 
    230  
    231   fi 
    232  
    233  
    234   # Print results 
    235   # ============= 
    236   IGCM_check_PrintHeader 
    237   ind=0 
    238   while [ $ind -lt $NbLines ] ; do 
    239     IGCM_check_PrintJob 
    240     (( ind = ind + 1 )) 
    241   done 
    242   IGCM_check_PrintFooter 
    243  
    244 fi 
     269done 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_check/libIGCM_check.ksh

    r954 r955  
    136136    SEARCH_DIR=${WORKDIR} 
    137137    if [ ${TargetUsr} != ${CurrentUsr} ] ; then 
    138       echo $SEARCH_DIR 
    139138      SEARCH_DIR=$( IGCM_check_ChangeUsr ${SEARCH_DIR} ) 
    140       echo $SEARCH_DIR 
    141139    fi 
    142140    echo "${JobName} not in Catalog, we'll try to find it in ${SEARCH_DIR}" 
    … …  
    163161    read Choice 
    164162    if [ X${Choice} == Xq ] ; then 
    165       exit 
     163      return 1 
    166164    else 
    167165      fg_new=true 
    … …  
    173171  case ${NbOcc} in 
    174172    0) 
    175       echo "${JobName} not found." 
     173      if ( ${fg_search} ) ; then 
     174        echo "${JobName} not found, neither in catalog nor in \$WORKDIR." 
     175      else 
     176        echo "${JobName} not found in catalog." 
     177      fi 
    176178      echo "You can try : *) '-s' option to automatically search your \$WORKDIR ; " 
    177179      echo "              *) '-p' option to provide the directory (absolute path) " 
    178180      echo "                      containing the config.card ; " 
    179181      echo "              *)  manually editing your ${SimuCatalog}." 
    180       exit ;; 
     182      return 1 ;; 
    181183    1) 
    182184      if ( ${fg_new} ) ; then 
    … …  
    197199      else 
    198200        echo "${JobName} not in Catalog." 
    199         exit 
     201        return 1 
    200202      fi 
    201203      ;; 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_ada.ksh

    r948 r955  
    15351535    echo "IGCM_sys_GetDate_FichWork :" $@ 
    15361536  fi 
     1537 
     1538  if [ $# -ge 3 ] ; then 
     1539    mode=$3 
     1540    TimeStyle=$4 
     1541  else 
     1542    mode="default" 
     1543    TimeStyle="%Y%m%d%H%M%S" 
     1544  fi 
     1545 
    15371546  typeset dateF 
    1538   set +A dateF -- $( ls -l --full-time --time-style='+%Y%m%d%H%M%S' ${1} ) 
    1539   eval ${2}=${dateF[5]} 
     1547  set +A dateF -- $( ls -l --full-time --time-style=+"${TimeStyle}" ${1} ) 
     1548 
     1549  case $mode in 
     1550    "default") 
     1551      eval ${2}=${dateF[5]} 
     1552      ;; 
     1553    "SplitFields") 
     1554      eval ${2}="${dateF[5]}\ ${dateF[6]}" 
     1555      ;; 
     1556  esac 
     1557 
    15401558 
    15411559  # donne la date filesys d'un fichier sur la machine work 
    … …  
    20182036} 
    20192037 
     2038#D-#================================================== 
     2039#D-function IGCM_sys_ListJobInQueue 
     2040#D-* Purpose: Check if job_name is currently 
     2041#D-  running or in queue 
     2042#D-* Examples: IGCM_sys_ListJobInQueue ${User} JobNameList 
     2043#D- 
     2044function IGCM_sys_ListJobInQueue { 
     2045  IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ListJobInQueue" 
     2046  if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     2047    echo "IGCM_sys_ListJobInQueue" 
     2048  fi 
     2049 
     2050  # With -f option, the full job name is given in the last column 
     2051  set -A JobList $( llq -u $1 -W -f %jn | gawk '( $1 != /TS/      && \ 
     2052                                                  $1 !~ /PACK/    && \ 
     2053                                                  $1 !~ /REBUILD/ && \ 
     2054                                                  $1 !~ /pack/ )     \ 
     2055                                                { print $1 }' | sed -e "s/\(.*\)\.[0-9]*/\1/" ) 
     2056 
     2057  eval set -A ${2} ${JobList[*]} 
     2058 
     2059  IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ListJobInQueue" 
     2060} 
     2061 
    20202062############################################################## 
    20212063# NCO OPERATOR 

  • trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_curie.ksh

    r948 r955  
    16821682    echo "IGCM_sys_GetDate_FichWork :" $@ 
    16831683  fi 
     1684 
     1685  if [ $# -ge 3 ] ; then 
     1686    mode=$3 
     1687    TimeStyle=$4 
     1688  else 
     1689    mode="default" 
     1690    TimeStyle="%Y%m%d%H%M%S" 
     1691  fi 
     1692 
    16841693  typeset dateF 
    1685   set +A dateF -- $( ls -l --full-time --time-style='+%Y%m%d%H%M%S' ${1} ) 
    1686   eval ${2}=${dateF[5]} 
     1694  set +A dateF -- $( ls -l --full-time --time-style=+"${TimeStyle}" ${1} ) 
     1695 
     1696  case $mode in 
     1697    "default") 
     1698      eval ${2}=${dateF[5]} 
     1699      ;; 
     1700    "SplitFields") 
     1701      eval ${2}="${dateF[5]}\ ${dateF[6]}" 
     1702      ;; 
     1703  esac 
     1704 
    16871705 
    16881706  # donne la date filesys d'un fichier sur la machine work 
    … …  
    23372355  # With -f option, the full job name is given in the last column 
    23382356  NbRun=$( ccc_mstat -f | gawk -v JobName=$1 'BEGIN { x=0 } ( $NF ~ JobName ) { x=x+1 } END { print x }' ) 
     2357  set -A JobID= 
    23392358 
    23402359  eval ${2}=${NbRun} 
    23412360 
    23422361  IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_CountJobInQueue" 
     2362} 
     2363 
     2364#D-#================================================== 
     2365#D-function IGCM_sys_ListJobInQueue 
     2366#D-* Purpose: Check if job_name is currently 
     2367#D-  running or in queue 
     2368#D-* Examples: IGCM_sys_ListJobInQueue ${User} JobNameList 
     2369#D- 
     2370function IGCM_sys_ListJobInQueue { 
     2371  IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ListJobInQueue" 
     2372  if ( $DEBUG_sys ) ; then 
     2373    echo "IGCM_sys_ListJobInQueue" 
     2374  fi 
     2375 
     2376  # With -f option, the full job name is given in the last column 
     2377  set -A JobList $( ccc_mstat -f | gawk -v User=$1             \ 
     2378                                        '( $2  == User      && \ 
     2379                                           $NF != /TS/      && \ 
     2380                                           $NF !~ /PACK/    && \ 
     2381                                           $NF !~ /REBUILD/ && \ 
     2382                                           $NF !~ /pack/ )     \ 
     2383                                         { print $NF }' | sed -e "s/\(.*\)\.[0-9]*/\1/" ) 
     2384 
     2385  eval set -A ${2} ${JobList[*]} 
     2386 
     2387  IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ListJobInQueue" 
    23432388} 
    23442389 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.