Custom Query (324 matches)

Quand on tourne sur vargas, le repertoire $WORKDIR/IGCM_OUT est crée comme si on allait faire un pack. Avec tout les sous-repertoires pour chaque job. Cela parait inutile et risque fortement de perturber les utilisateurs.

Dans le tag libIGCM_v2.0_rc3

Les fichiers dans [BoundaryFiles]/List ne sont pas effacé du rundir entre les executions quand on a PeriodNb>1. Cela pose un probleme quand on copie un fichier avec le meme nom. Il semble que cette list n'est pas dans FileToBeDeleted.

Voici un exemple, dans sechiba.card je mets :

[BoundaryFiles]
List=   (${R_BC}/SRF/${config_UserChoices_TagName}/PFTmap_1850to2005_AR5_LUHa.rc2/PFTmap_IPCC_${year}.nc, PFTmap.nc)

Quand il faut copier le fichier pour la deuxième fois, avec PeriodNb>1 le run s'arrete avec "permission denied" car le fichier existe deja. La ménage n'a pas été fait completememt. Si je fais le meme chose avec PeriodNb=1, ca marche. Il semble que PFTmap.nc (dans mon exemple) n'est pas dans la liste FileToBeDeleted. Dans Script_Output on voit les fichiers suivants qui ont ete effacé :

2013-03-04 11:13:30 --Debug1--> Files that will be deleted before next period-run :
run.def run.def run.def run.def run.def sechiba_history.nc sechiba_out_2.nc orchidee_watchout.nc used_run.def out_orchidee river_desc.txt stomate_history.nc stomate_ipcc_history.nc used_run.def run.def used_run.def out_orchidee_ol out_execution

J'ai fait des tests uniquement avec Dryrun=3. PeriodLength=1Y.

Pour certain cas (ORCHIDEE_OL/FLUXNET) on lance des jobs en interactive. Du coup les variables $PBS_O_LOGNAME et $PBS_JOBID ne sont pas définis.

Avant dans trunk rev 799, dans libIGCM_sys_obelix.ksh, on avait le suivant pour contourner cette problème :

if [ X${PBS_O_LOGNAME} != X ] ; then
  typeset -r SCRATCHDIR=/scratch/$PBS_O_LOGNAME.$PBS_JOBID
#==${WORKDIR}
# cf /usr/Local/Env sur obelix
else
  typeset -r SCRATCHDIR=/tmp
fi
...
typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=${SCRATCHDIR}/tmp$$}

Maintenant trunk rev 819, ca ne fonctionne pas pour ce cas spécifique (depuis rev 800). On a :

typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=/scratch/$PBS_O_LOGNAME.$PBS_JOBID}

Proposition de modification (en cours de test) :

if [ X${PBS_O_WORKDIR} != X ] ; then
  typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=/scratch/$PBS_O_LOGNAME.$PBS_JOBID}
else
  typeset -r RUN_DIR_PATH=/tmp
# ou typeset -r RUN_DIR_PATH=/tmp/tmp$$
# ou typeset -r RUN_DIR_PATH=/scratch/tmp$$
fi