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08/31/12 16:22:55 (12 years ago)
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cholod
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Update of the trunk with the vendor v3.4_r_3459_dev_r3406_LOCEAN4_XIOS

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trunk
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  • trunk

  • trunk/NEMOGCM/ARCH/CNRS/arch-ALTIX_JADE.fcm

    r21 r46  
    2828%USER_INC            %NCDF_INC 
    2929%USER_LIB            %NCDF_LIB 
     30 
     31# Flags only needed for IOSERVER 
     32%CC      icc 
     33%XIO_CFLAGS    -ansi -O3 -DNONE -DXIOS_LIBRARY -diag-disable 1125 -diag-disable 279 -D BOOST_DISABLE_ASSERTS -DMPI_NO_CPPBIND 
     34%XIO_FFLAGS    -O3 -DXIOS_LIBRARY 
     35%XIO_LD         ifort 
     36%XIO_LDFLAGS        -lstdc++ -lifcore -lintlc -lmpi     
     37%XIO_INC        
     38 
     39%XIO_CINC     -I/opt/software/SGI/hdf5/1.8.6/include  -I/opt/software/SGI/netcdf/4.1.3/include 
     40%XIO_FINC 
     41%XIO_LDINC     -L/opt/software/SGI/netcdf/4.1.3/lib -L/opt/software/SGI/hdf5/1.8.6/lib   -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lhdf5 -lz  

  • trunk/NEMOGCM/ARCH/CNRS/arch-X64_CURIE.fcm

    r33 r46  
    1414# USER_LIB    additional libraries to pass to the linker, e.g. -l<library> 
    1515 
    16 %NCDF_INC            -I/ccc/work/cont005/ra0542/massons/netcdf4/include 
    17 %NCDF_LIB            -L/ccc/work/cont005/ra0542/massons/netcdf4/lib -lnetcdff -lnetcdf -L/ccc/work/cont005/ra0542/massons/hdf5/lib -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lcurl 
    18 %FC                  mpif90 -c  
    19 # default for Curie Fat and thin Nodes 
    20 %FCFLAGS             -i4 -r8 -O3 
     16%NCDF_INC            -I/usr/local/netcdf-4.2_hdf5/include 
     17%NCDF_LIB            -L/usr/local/netcdf-4.2_hdf5/lib -L/usr/local/hdf5-1.8.8/lib    -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lhdf5 -lz -lcurl -lstdc++ 
     18%FC                  mpif90 -c -cpp 
    2119# for Curie Fat Node 
    22 #%FCFLAGS             -i4 -r8 -fast -xSSE4.2  
     20%FCFLAGS             -i4 -r8  
    2321# for Curie Thin Node 
    24 #%FCFLAGS             -i4 -r8 -fast -xAVX  
     22#%FCFLAGS             -i4 -r8 -fast -xAVX   -automatic 
    2523%FFLAGS              %FCFLAGS 
    2624%LD                  mpif90 
    2725%LDFLAGS 
    2826%FPPFLAGS            -P -C -traditional 
    29 # use xiar if you use -fast option in FCFLAGS (slow down compilation) 
    3027%AR                  ar 
    31 #%AR                  xiar 
    3228%ARFLAGS             rs 
    3329%MK                  gmake 
    34 %USER_INC            %NCDF_INC -I/ccc/work/cont005/ra0542/massons/XIOS/inc 
    35 %USER_LIB            %NCDF_LIB -L/ccc/work/cont005/ra0542/massons/XIOS/lib -lxios -lstdc++ 
     30%USER_INC            %NCDF_INC  
     31%USER_LIB            %NCDF_LIB  
     32 
     33# Flags only needed for IOSERVER 
     34%CC      mpicc 
     35%XIO_CFLAGS    -ansi -O3 -DNONE -DXIOS_LIBRARY -diag-disable 1125 -diag-disable 279 -D BOOST_DISABLE_ASSERTS 
     36%XIO_FFLAGS    -O3 -DXIOS_LIBRARY  
     37%XIO_LD         mpif90  -nofor-main 
     38%XIO_LDFLAGS        -lstdc++ 
     39%XIO_INC       -D __NONE__ 
     40 
     41%XIO_CINC     -I/usr/local/hdf5-1.8.8/include  -I/usr/local/netcdf-4.2_hdf5/include 
     42%XIO_FINC 
     43%XIO_LDINC     -L/usr/local/netcdf-4.2_hdf5/lib -L/usr/local/hdf5-1.8.8/lib   -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lhdf5 -lz -lcurl -lstdc++   
     44 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/namelist

    r21 r46  
    615615   ln_hpg_zco  = .false.   !  z-coordinate - full steps                    
    616616   ln_hpg_zps  = .false.   !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
    617    ln_hpg_sco  = .false.   !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
     617   ln_hpg_sco  = .true.    !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
    618618   ln_hpg_djc  = .false.   !  s-coordinate (Density Jacobian with Cubic polynomial) 
    619    ln_hpg_prj  = .true.    !  s-coordinate (Pressure Jacobian scheme) 
     619   ln_hpg_prj  = .false.   !  s-coordinate (Pressure Jacobian scheme) 
    620620   ln_dynhpg_imp = .false. !  time stepping: semi-implicit time scheme  (T) 
    621621                                 !           centered      time scheme  (F) 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/AMM12_PISCES/EXP00/namelist

    r21 r46  
    615615   ln_hpg_zco  = .false.   !  z-coordinate - full steps                    
    616616   ln_hpg_zps  = .false.   !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
    617    ln_hpg_sco  = .false.   !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
     617   ln_hpg_sco  = .true.    !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
    618618   ln_hpg_djc  = .false.   !  s-coordinate (Density Jacobian with Cubic polynomial) 
    619    ln_hpg_prj  = .true.    !  s-coordinate (Pressure Jacobian scheme) 
     619   ln_hpg_prj  = .false.   !  s-coordinate (Pressure Jacobian scheme) 
    620620   ln_dynhpg_imp = .false. !  time stepping: semi-implicit time scheme  (T) 
    621621                                 !           centered      time scheme  (F) 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/EXP00/iodef.xml

    r1 r46  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation> 
    3    
    4   <context id="nemo">  
     2<simulation>  
     3 
     4 <!--context id="nemo" calendar_type="Gregorian" start_date="1989-02-01 00:00:00"--> 
     5 <context id="nemo"    time_origin="0001-01-01 00:00:00" > 
    56     
    67    <!-- $id$ --> 
    7  
     8     
    89    <!--  
    910============================================================================================================ 
    … …  
    1213============================================================================================================ 
    1314    --> 
    14      
    15     <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined --> 
    16  
    17       <!-- T grid --> 
    18        
    19       <group id="grid_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    20         <field id="toce"         description="temperature"                               unit="degC" axis_ref="deptht"   /> 
    21         <field id="soce"         description="salinity"                                  unit="psu"  axis_ref="deptht"   /> 
    22         <field id="sst"          description="sea surface temperature"                   unit="degC"                     /> 
    23         <field id="sst2"         description="square of sea surface temperature"         unit="degC2"                    /> 
    24         <field id="sstgrad"      description="module of sst gradient"                    unit="degC/m"                   /> 
    25         <field id="sstgrad2"     description="square of module of sst gradient"          unit="degC2/m2"                 /> 
    26         <field id="sss"          description="sea surface salinity"                      unit="psu"                      /> 
    27         <field id="sss2"         description="square of sea surface salinity"            unit="psu2"                     /> 
    28         <field id="ssh"          description="sea surface height"                        unit="m"                        /> 
    29         <field id="ssh2"         description="square of sea surface height"              unit="m2"                       /> 
    30         <field id="mldkz5"       description="mixing layer depth (Turbocline)"           unit="m"                        /> 
    31         <field id="mldr10_1"     description="Mixed Layer Depth 0.01 ref.10m"            unit="m"                        /> 
    32         <field id="rhop"         description="potential density (sigma0)"                unit="kg/m3" axis_ref="deptht"  /> 
    33         <!-- next variables available with key_diahth --> 
    34         <field id="mlddzt"       description="Thermocline Depth (max dT/dz)"             unit="m"                        /> 
    35         <field id="mldr10_3"     description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.10m)"       unit="m"                        /> 
    36         <field id="mldr0_1"      description="Mixed Layer Depth dr=0.01 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
    37         <field id="mldr0_3"      description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
    38         <field id="mld_dt02"     description="Mixed Layer Depth |dt|=0.2 (ref.10m)"      unit="m"                        /> 
    39         <field id="topthdep"     description="Top of the thermocline dt=-0.2 (ref.10m)"  unit="m"                        /> 
    40         <field id="pycndep"      description="Pycnocline depth dr~dt=-0.2 (ref.10m)"     unit="m"                        /> 
    41         <field id="BLT"          description="Barrier Layer Thickness"                   unit="m"                        /> 
    42         <field id="tinv"         description="Max of vertical invertion of temperature"  unit="degC"                     /> 
    43         <field id="depti"        description="Depth of max. vert. inv. of temperature"   unit="m"                        /> 
    44         <field id="20d"          description="Depth of 20C isotherm"                     unit="m"                        /> 
    45         <field id="28d"          description="Depth of 28C isotherm"                     unit="m"                        /> 
    46         <field id="hc300"        description="Heat content 300 m"                        unit="W"                        /> 
    47         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    48         <field id="botpres"      description="Pressure at sea floor"                     unit="dbar"                     /> 
    49         <field id="cellthc"      description="Cell thickness"                            unit="m"     axis_ref="deptht"  /> 
    50      </group> 
    51  
    52       <!-- SBC --> 
    53        
    54       <group id="SBC" axis_ref="none" grid_ref="grid_T" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    55  
    56         <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    57         <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
    58         <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    59         <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
    60  
    61         <field id="qt"           description="Net Downward Heat Flux"                                       unit="W/m2"     /> 
    62         <field id="qns"          description="non solar Downward Heat Flux"                                 unit="W/m2"     /> 
    63         <field id="qsr"          description="Shortwave Radiation"                                          unit="W/m2"     /> 
    64         <field id="qsr3d"        description="Shortwave Radiation 3D distribution"        axis_ref="deptht" unit="W/m2"     /> 
    65         <field id="qrp"          description="Surface Heat Flux: Damping"                                   unit="W/m2"     /> 
    66         <field id="erp"          description="Surface Water Flux: Damping"                                  unit="Kg/m2/s"  /> 
    67         <field id="taum"         description="wind stress module"                                           unit="N/m2"     /> 
    68         <field id="wspd"         description="Wind speed module at 10 m"                                    unit="m/s"      /> 
    69  
    70         <!-- * variable relative to atmospheric pressure forcing : available with ln_apr_dyn --> 
    71         <field id="ssh_ib"       description="Inverse barometer sea surface height"                         unit="m"        /> 
    72          
    73         <!-- *_oce variables available with ln_blk_clio or ln_blk_core --> 
    74         <field id="qns_oce"      description="Non solar Downward Heat Flux over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
    75         <field id="qlw_oce"      description="Longwave Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    76         <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    77         <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
    78         <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
    79  
    80         <field id="ice_cover"    description="Ice fraction"                                                 unit="1"        /> 
    81  
    82         <field id="ioceflxb"     description="Oceanic flux at the ice base"                                 unit="W/m2"     /> 
    83         <field id="qsr_ai_cea"   description="Air-Ice downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
    84         <field id="qns_ai_cea"   description="Air-Ice downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
    85         <field id="qla_ai_cea"   description="Air-Ice downward Latent heat flux (cell average)"             unit="W/m2"     /> 
    86          
    87         <field id="qsr_io_cea"   description="Ice-Oce downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
    88         <field id="qns_io_cea"   description="Ice-Oce downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
    89          
    90         <field id="snowthic_cea" description="Snow thickness (cell average)"                                unit="m"        /> 
    91         <field id="icethic_cea"  description="Ice thickness (cell average)"                                 unit="m"        /> 
    92         <field id="iceprod_cea"  description="Ice production (cell average)"                                unit="m/s"      /> 
    93          
    94         <field id="ice_pres"     description="Ice presence"                                                 unit="-"        /> 
    95         <field id="ist_cea"      description="Ice surface temperature (cell average)"                       unit="degC"     /> 
    96         <field id="ist_ipa"      description="Ice surface temperature (ice presence average)"               unit="degC"     />       
    97         <field id="uice_ipa"     description="Ice velocity along i-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
    98         <field id="vice_ipa"     description="Ice velocity along j-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
    99          
    100         <field id="utau_ice"     description="Wind stress along i-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
    101         <field id="vtau_ice"     description="Wind stress along j-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
    102          
    103         <field id="u_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along i-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    104         <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    105  
    106         <!-- available key_coupled --> 
    107         <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
    108         <field id="snow_ai_cea"  description="Snow over sea-ice (cell average)"                             unit="kg/m2/s"  /> 
    109         <field id="subl_ai_cea"  description="Sublimation over sea-ice (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
    110         <field id="icealb_cea"   description="Ice albedo (cell average)"                                    unit="1"        /> 
    111         <field id="calving"      description="Calving"                                                      unit="kg/m2/s"  /> 
    112         <!-- available if key_coupled + conservative method --> 
    113         <field id="rain"         description="Liquid precipitation"                                         unit="Kg/m2/s"  /> 
    114         <field id="evap_ao_cea"  description="Evaporation over ice-free ocean (cell average)"               unit="kg/m2/s"  /> 
    115         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    116         <field id="isnwmlt_cea"   description="Snow over Ice melting (cell average)"                        unit="kg/m2/s"  /> 
    117         <field id="fsal_virt_cea" description="Virtual salt flux due to ice formation (cell average)"       unit="kg/m2/s"  /> 
    118         <field id="fsal_real_cea" description="Real salt flux due to ice formation (cell average)"          unit="kg/m2/s"  /> 
    119         <field id="hflx_rain_cea" description="heat flux due to rainfall"                                   unit="W/m2"     /> 
    120         <field id="hflx_evap_cea" description="heat flux due to evaporation"                                unit="W/m2"     /> 
    121         <field id="hflx_snow_cea" description="heat flux due to snow falling over ice-free ocean"           unit="W/m2"     /> 
    122         <field id="hflx_ice_cea"  description="heat flux due to ice thermodynamics"                         unit="W/m2"     /> 
    123         <field id="hflx_rnf_cea"  description="heat flux due to runoffs"                                    unit="W/m2"     /> 
    124         <field id="hflx_cal_cea"  description="heat flux due to calving"                                    unit="W/m2"     /> 
    125         <field id="bicemel_cea"  description="Rate of Melt at Sea Ice Base (cell average)"                  unit="kg/m2/s"  /> 
    126         <field id="licepro_cea"  description="Lateral Sea Ice Growth Rate (cell average)"                   unit="kg/m2/s"  /> 
    127         <field id="snowmel_cea"  description="Snow Melt Rate (cell average)"                                unit="kg/m2/s"  /> 
    128         <field id="sntoice_cea"  description="Snow-Ice Formation Rate (cell average)"                       unit="kg/m2/s"  /> 
    129         <field id="ticemel_cea"  description="Rate of Melt at Upper Surface of Sea Ice (cell average)"      unit="kg/m2/s"  /> 
    130  
    131       </group> 
    132  
    133       <!-- U grid --> 
    134        
    135       <group id="grid_U"  axis_ref="depthu" grid_ref="grid_U"> 
    136         <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    137         <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    138         <field id="uocetr_eff"   description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                 /> 
    139         <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    140         <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    141         <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
    142         <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    143         <field id="ahu_bbl"      description="BBL diffusive flux along i-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
    144         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    145         <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
    146         <field id="u_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along i-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
    147         <field id="ueiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along i-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
    148         <field id="udiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along i-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
    149      </group> 
    150        
    151       <!-- V grid --> 
    152        
    153       <group id="grid_V"  axis_ref="depthv" grid_ref="grid_V"> 
    154         <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    155         <field id="voce"         description="ocean current along j-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    156         <field id="vocetr_eff"   description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                 /> 
    157         <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    158         <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    159         <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
    160         <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    161         <field id="ahv_bbl"      description="BBL diffusive flux along j-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
    162         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    163         <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 
    164         <field id="v_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along j-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
    165         <field id="veiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along j-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
    166         <field id="vdiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along j-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
    167       </group> 
    168        
    169       <!-- W grid --> 
    170        
    171       <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W"> 
    172         <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
    173         <field id="wocetr_eff"   description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
    174         <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    175         <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
    176         <!-- woce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    177         <field id="avt"          description="vertical eddy diffusivity"                   unit="m2/s"                 /> 
    178         <field id="avm"          description="vertical eddy viscosity"                     unit="m2/s"                 /> 
    179         <!-- avs: available with key_zdfddm --> 
    180         <field id="avs"          description="salt vertical eddy diffusivity"              unit="m2/s"                 /> 
    181         <!-- avt_evd and avm_evd: available with ln_zdfevd --> 
    182         <field id="avt_evd"      description="enhanced vertical diffusivity"               unit="m2/s"                 /> 
    183         <field id="avm_evd"      description="enhanced vertical viscosity"                 unit="m2/s"                 /> 
    184         <!-- aht2d and  aht2d_eiv: available with key_traldf_eiv and key_traldf_c2d --> 
    185         <field id="aht2d"        description="lateral eddy diffusivity"                    unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
    186         <field id="aht2d_eiv"    description="EIV lateral eddy diffusivity"                unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
    187         <!-- avt_tide: available with key_zdftmx --> 
    188         <field id="av_tide"      description="tidal vertical diffusivity"                  unit="m2/s"                 /> 
    189         <!-- variables available with key_diaar5 -->    
    190         <field id="w_masstr"     description="vertical mass trasport"                      unit="kg/s"                 /> 
    191         <field id="w_masstr2"    description="square of vertical mass trasport"            unit="kg2/s2"               /> 
    192       </group> 
    193            
    194       <!-- scalar --> 
    195        
    196       <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    197       <group id="scalar" axis_ref="none" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point" > 
    198         <field id="voltot"     description="global mean volume"                         unit="m3"   /> 
    199         <field id="sshtot"     description="global mean ssh"                            unit="m"    /> 
    200         <field id="sshsteric"  description="global mean ssh steric"                     unit="m"    /> 
    201         <field id="sshthster"  description="global mean ssh thermosteric"               unit="m"    /> 
    202         <field id="masstot"    description="global mean mass"                           unit="kg"   /> 
    203         <field id="temptot"    description="global mean temperature"                    unit="degC" /> 
    204         <field id="saltot"     description="global mean salinity"                       unit="psu"  /> 
    205         <field id="fram_trans" description="Sea Ice Mass Transport Through Fram Strait" unit="kg/s" /> 
    206       </group> 
    207  
    208       <!-- variables available with key_float --> 
    209       <group id="floatvar" axis_ref="nfloat" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point"> 
    210         <field id="traj_lon"   description="floats longitude"   unit="deg"  operation="inst(X)" /> 
    211         <field id="traj_lat"   description="floats latitude"    unit="deg"   /> 
    212         <field id="traj_dep"   description="floats depth"       unit="m"     /> 
    213         <field id="traj_temp"  description="floats temperature" unit="degC"  /> 
    214         <field id="traj_salt"  description="floats salinity"    unit="psu"   /> 
    215         <field id="traj_dens"  description="floats density"     unit="kg/m3" /> 
    216         <field id="traj_group" description="floats group"       unit="none"  /> 
    217       </group> 
    218  
    219  
    220     </field_definition> 
    221  
     15    <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    22216    <!--  
    22317============================================================================================================ 
    … …  
    22721============================================================================================================ 
    22822    --> 
    229     <file_definition > 
     23     
     24    <file_definition type="multi_file" sync_freq="1d"> 
     25     
     26      <file_group id="1h" output_freq="1h"   output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    23027 
    231       <group id="1h" output_freq="3600"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1h files --> 
    232       </group> 
     28      <file_group id="2h" output_freq="2h"   output_level="10" enabled=".FALSE."/> <!-- 2h files --> 
    23329 
    234       <group id="2h" output_freq="7200"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 2h files --> 
    235       </group> 
     30      <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
     31      <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
     32      <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
     33      
     34      <file_group id="1d" output_freq="1d"   output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    23635 
    237       <group id="3h" output_freq="10800"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 3h files --> 
    238       </group> 
     36        <file id="1d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     37            <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
     38            <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
     39            <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
     40        </file> 
    23941 
    240       <group id="4h" output_freq="14400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 4h files --> 
    241       </group> 
     42        <file id="1d_grid_U" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     43          <field field_ref="suoce"        name="uos"      long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
     44          <field field_ref="utau"         name="tauuo"    long_name="surface_downward_x_stress" /> 
     45        </file> 
    24246 
    243       <group id="6h" output_freq="21600"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 6h files --> 
    244       </group> 
     47        <file id="1d_grid_V" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     48          <field field_ref="svoce"        name="vos"      long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
     49          <field field_ref="vtau"         name="tauvo"    long_name="surface_downward_y_stress" /> 
     50        </file> 
    24551 
    246       <group id="1d" output_freq="86400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1d files --> 
    247       </group> 
     52      </file_group> 
    24853 
    249       <group id="2d" output_freq="172800" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 2d files --> 
    250       </group> 
     54      <file_group id="3d" output_freq="3d" output_level="10" enabled=".FALSE."/> <!-- 3d files -->     
     55  
     56      <file_group id="5d" output_freq="5d" output_level="10" enabled=".FALSE.">  <!-- 5d files -->    
     57        <file_group id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     58          <file id="5d_grid_T_2D" name_suffix="_2D" > 
     59            <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
     60          </file> 
     61         
     62          <file id="5d_grid_T_T3D" name_suffix="_T3D" > 
     63            <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
     64          </file> 
     65         
     66          <file id="5d_grid_T_S3D" name_suffix="_S3D" > 
     67            <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
     68          </file> 
     69        </file_group> 
     70         
     71        <file_group id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     72          <file id="5d_grid_U_2D" name_suffix="_2D" > 
     73            <field field_ref="suoce"        name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
     74            <field field_ref="utau"         name="tauuo"   long_name="surface_downward_x_stress" /> 
     75          </file> 
     76         
     77          <file id="5d_grid_U_3D" name_suffix="_3D" > 
     78            <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"  /> 
     79          </file> 
     80        </file_group> 
     81         
     82        <file_group id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     83          <file id="5d_grid_V_2D" name_suffix="_2D" > 
     84            <field field_ref="svoce"        name="vos"      long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
     85            <field field_ref="vtau"         name="tauvo"    long_name="surface_downward_y_stress" /> 
     86          </file> 
     87                 
     88          <file id="5d_grid_V_3D" name_suffix="_3D" > 
     89            <field field_ref="voce"         name="vo"       long_name="sea_water_y_velocity" /> 
     90          </file> 
     91        </file_group> 
    25192 
    252       <group id="5d" output_freq="432000" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 5d files --> 
    253       
    254         <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    255           <field ref="toce"         name="votemper"  /> 
    256           <field ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    257           <field ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    258           <field ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    259           <field ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    260           <field ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    261           <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    262           <field ref="empsmr"       name="sowaflcd"  /> 
    263           <field ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    264           <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    265           <field ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    266           <field ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
    267           <field ref="qrp"          name="sohefldp"  /> 
    268           <field ref="erp"          name="sowafldp"  /> 
    269           <field ref="mldr10_1"     name="sobowlin"  operation="t_max(X)" /> 
    270           <field ref="mlddzt"       name="sothedep"  /> 
    271           <field ref="20d"          name="so20chgt"  /> 
    272           <field ref="28d"          name="so28chgt"  /> 
    273           <field ref="hc300"        name="sohtc300"  /> 
    274         </file> 
     93        <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
     94          <field field_ref="woce"         name="wo"       long_name="ocean_vertical_velocity" /> 
     95        </file> 
    27596 
    276         <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
    277           <field ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    278           <field ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  /> 
    279           <field ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    280         </file> 
     97      </file_group> 
    28198 
    282         <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
    283           <field ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    284           <field ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  /> 
    285           <field ref="vtau"         name="sometauy"  />  
    286         </file> 
     99      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
     100      <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
     101      <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
     102      <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
     103      <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    287104 
    288         <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
    289           <field ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    290           <field ref="woce_eiv"     name="voveeivw" /> 
    291           <field ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    292           <field ref="avt_evd"      name="votkeevd" /> 
    293           <field ref="avm"          name="votkeavm" /> 
    294           <field ref="avm_evd"      name="votkeevm" /> 
    295           <field ref="avs"          name="voddmavs" /> 
    296           <field ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    297           <field ref="aht2d_eiv"    name="soleaeiw" /> 
    298         </file> 
    299  
    300         <!-- variables available with key_float, instantaneous fields --> 
    301         <file id="floats"  description="floats variables"> 
    302             <field ref="traj_lon"   name="floats_longitude"   freq_op="432000" /> 
    303             <field ref="traj_lat"   name="floats_latitude"    freq_op="432000" /> 
    304             <field ref="traj_dep"   name="floats_depth"       freq_op="432000" /> 
    305             <field ref="traj_temp"  name="floats_temperature" freq_op="432000" /> 
    306             <field ref="traj_salt"  name="floats_salinity"    freq_op="432000" /> 
    307             <field ref="traj_dens"  name="floats_density"     freq_op="432000" /> 
    308             <field ref="traj_group" name="floats_group"       freq_op="432000" /> 
    309         </file> 
    310  
    311       </group> 
    312  
    313       <group id="1m" output_freq="-1"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real monthly files --> 
    314       </group> 
    315  
    316       <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files --> 
    317       </group> 
    318  
    319       <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files --> 
    320       </group> 
    321  
    322       <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files --> 
    323       </group> 
    324  
    325       <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files --> 
    326       </group> 
    327  
    328       <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files --> 
    329       </group> 
    330  
    331       <group id="2y"  output_freq="-24"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2y files --> 
    332       </group> 
    333  
    334       <group id="5y"  output_freq="-60"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 5y files --> 
    335       </group> 
    336  
    337       <group id="10y" output_freq="-120"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 10y files --> 
    338       </group> 
    339  
     105      <file_group id="1y"  output_freq="1y"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
     106      <file_group id="2y"  output_freq="2y"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
     107      <file_group id="5y"  output_freq="5y"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
     108      <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    340109 
    341110   </file_definition> 
    342  
     111     
    343112    <!--  
    344113============================================================================================================ 
    345 =                                           grid definition                                                = 
    346 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
     114= grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    347115============================================================================================================ 
    348116    --> 
     117     
     118   <axis_definition>   
     119      <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
     120      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
     121      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
     122      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
     123      <axis id="none"   long_name="axe non defini"    unit="none" value="1" size="1" /> 
     124   </axis_definition>  
     125     
     126   <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
     127    
     128   <grid_definition />     
     129   
     130  </context> 
     131   
    349132 
    350   <axis_definition>   
    351      <axis id="deptht" description="Vertical T levels" unit="m" positive=".false." /> 
    352      <axis id="depthu" description="Vertical U levels" unit="m" positive=".false." /> 
    353      <axis id="depthv" description="Vertical V levels" unit="m" positive=".false." /> 
    354      <axis id="depthw" description="Vertical W levels" unit="m" positive=".false." /> 
    355      <axis id="nfloat" description="Number of float"   unit="no unit" positive=".false." /> 
    356      <axis id="none" description="axe non defini" unit="none" size="1" /> 
    357   </axis_definition>  
     133  <context id="xios"> 
    358134 
    359   <grid_definition> 
    360     <grid id="grid_T" description="grid T" /> 
    361     <grid id="grid_U" description="grid U" /> 
    362     <grid id="grid_V" description="grid V" /> 
    363     <grid id="grid_W" description="grid W" /> 
    364     <grid id="scalarpoint" description="scalar" > 
    365       <zoom id="1point" ibegin="1" jbegin="1" ni="1" nj="1" /> 
    366     </grid> 
    367   </grid_definition>     
    368  
    369 </context> 
    370  
     135      <variable_definition> 
     136  
     137      <variable_group id="buffer"> 
     138        buffer_size = 1000000000 
     139        buffer_server_factor_size = 2 
     140        info_level = 0 
     141      </variable_group> 
     142       
     143      <variable_group id="coupling"> 
     144        <variable id="using_server" type="boolean">true</variable> 
     145        <variable id="using_oasis" type="boolean">false</variable> 
     146        <variable id="client_id" type="string">oceanx</variable> 
     147        <variable id="server_id" type="string">ionemo</variable> 
     148      </variable_group> 
     149             
     150    </variable_definition> 
     151     
     152  </context> 
     153   
    371154</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/cpp_GYRE.fcm

    r1 r46  
    1  bld::tool::fppkeys key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_iomput 
     1 bld::tool::fppkeys key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_mpp_mpi key_iomput 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_LOBSTER/cpp_GYRE_LOBSTER.fcm

    r1 r46  
    1 bld::tool::fppkeys  key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_top key_lobster key_iomput  
     1bld::tool::fppkeys  key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_top key_lobster key_iomput key_mpp_mpi 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml

    r7 r46  
    11<?xml version="1.0"?> 
    22<simulation>  
    3    
    4   <context id="nemo"> 
     3 
     4 <!--context id="nemo" calendar_type="Gregorian" start_date="1989-02-01 00:00:00"--> 
     5 <context id="nemo"    time_origin="0001-01-01 00:00:00" > 
    56     
    67    <!-- $id$ --> 
    … …  
    1213============================================================================================================ 
    1314    --> 
    14      
    15     <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined --> 
    16  
    17       <!-- T grid --> 
    18        
    19       <group id="grid_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    20         <field id="toce"         description="temperature"                               unit="degC" axis_ref="deptht"   /> 
    21         <field id="soce"         description="salinity"                                  unit="psu"  axis_ref="deptht"   /> 
    22         <field id="sst"          description="sea surface temperature"                   unit="degC"                     /> 
    23         <field id="sst2"         description="square of sea surface temperature"         unit="degC2"                    /> 
    24         <field id="sstgrad"      description="module of sst gradient"                    unit="degC/m"                   /> 
    25         <field id="sstgrad2"     description="square of module of sst gradient"          unit="degC2/m2"                 /> 
    26         <field id="sss"          description="sea surface salinity"                      unit="psu"                      /> 
    27         <field id="sss2"         description="square of sea surface salinity"            unit="psu2"                     /> 
    28         <field id="ssh"          description="sea surface height"                        unit="m"                        /> 
    29         <field id="ssh2"         description="square of sea surface height"              unit="m2"                       /> 
    30         <field id="mldkz5"       description="mixing layer depth (Turbocline)"           unit="m"                        /> 
    31         <field id="mldr10_1"     description="Mixed Layer Depth 0.01 ref.10m"            unit="m"                        /> 
    32         <field id="rhop"         description="potential density (sigma0)"                unit="kg/m3" axis_ref="deptht"  /> 
    33         <!-- next variables available with key_diahth --> 
    34         <field id="mlddzt"       description="Thermocline Depth (max dT/dz)"             unit="m"                        /> 
    35         <field id="mldr10_3"     description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.10m)"       unit="m"                        /> 
    36         <field id="mldr0_1"      description="Mixed Layer Depth dr=0.01 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
    37         <field id="mldr0_3"      description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
    38         <field id="mld_dt02"     description="Mixed Layer Depth |dt|=0.2 (ref.10m)"      unit="m"                        /> 
    39         <field id="topthdep"     description="Top of the thermocline dt=-0.2 (ref.10m)"  unit="m"                        /> 
    40         <field id="pycndep"      description="Pycnocline depth dr~dt=-0.2 (ref.10m)"     unit="m"                        /> 
    41         <field id="BLT"          description="Barrier Layer Thickness"                   unit="m"                        /> 
    42         <field id="tinv"         description="Max of vertical invertion of temperature"  unit="degC"                     /> 
    43         <field id="depti"        description="Depth of max. vert. inv. of temperature"   unit="m"                        /> 
    44         <field id="20d"          description="Depth of 20C isotherm"                     unit="m"                        /> 
    45         <field id="28d"          description="Depth of 28C isotherm"                     unit="m"                        /> 
    46         <field id="hc300"        description="Heat content 300 m"                        unit="W"                        /> 
    47         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    48         <field id="botpres"      description="Pressure at sea floor"                     unit="dbar"                     /> 
    49         <field id="cellthc"      description="Cell thickness"                            unit="m"     axis_ref="deptht"  /> 
    50     <!-- tidal composante --> 
    51     <field id="M2x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    52     <field id="M2y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    53     <field id="S2x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    54     <field id="S2y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    55     <field id="N2x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    56     <field id="N2y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    57     <field id="K1x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    58     <field id="K1y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    59     <field id="O1x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    60     <field id="O1y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    61     <field id="Q1x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    62     <field id="Q1y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    63     <field id="M4x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    64     <field id="M4y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    65     <field id="K2x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    66     <field id="K2y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    67     <field id="P1x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    68     <field id="P1y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    69     <field id="Mfx"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    70     <field id="Mfy"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    71     <field id="Mmx"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    72     <field id="Mmy"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    73  
    74     <field id="M2x_u"          description="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    75     <field id="M2y_u"          description="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    76     <field id="S2x_u"          description="S2 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    77     <field id="S2y_u"          description="S2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    78     <field id="N2x_u"          description="N2 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    79     <field id="N2y_u"          description="N2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    80     <field id="K1x_u"          description="K1 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    81     <field id="K1y_u"          description="K1 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    82     <field id="O1x_u"          description="O1 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    83     <field id="O1y_u"          description="O1 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    84     <field id="Q1x_u"          description="Q1 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    85     <field id="Q1y_u"          description="Q1 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    86     <field id="M4x_u"          description="M4 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    87     <field id="M4y_u"          description="M4 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    88     <field id="K2x_u"          description="K2 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    89     <field id="K2y_u"          description="K2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    90     <field id="P1x_u"          description="P1 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    91     <field id="P1y_u"          description="P1 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    92     <field id="Mfx_u"          description="Mf current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    93     <field id="Mfy_u"          description="Mf current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    94     <field id="Mmx_u"          description="Mm current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    95     <field id="Mmy_u"          description="Mm current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    96  
    97     <field id="M2x_v"          description="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    98     <field id="M2y_v"          description="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    99     <field id="S2x_v"          description="S2 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    100     <field id="S2y_v"          description="S2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    101     <field id="N2x_v"          description="N2 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    102     <field id="N2y_v"          description="N2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    103     <field id="K1x_v"          description="K1 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    104     <field id="K1y_v"          description="K1 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    105     <field id="O1x_v"          description="O1 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    106     <field id="O1y_v"          description="O1 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    107     <field id="Q1x_v"          description="Q1 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    108     <field id="Q1y_v"          description="Q1 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    109     <field id="M4x_v"          description="M4 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    110     <field id="M4y_v"          description="M4 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    111     <field id="K2x_v"          description="K2 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    112     <field id="K2y_v"          description="K2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    113     <field id="P1x_v"          description="P1 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    114     <field id="P1y_v"          description="P1 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    115     <field id="Mfx_v"          description="Mf current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    116     <field id="Mfy_v"          description="Mf current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    117     <field id="Mmx_v"          description="Mm current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    118     <field id="Mmy_v"          description="Mm current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    119      </group> 
    120  
    121       <!-- SBC --> 
    122        
    123       <group id="SBC" axis_ref="none" grid_ref="grid_T" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    124  
    125         <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    126         <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
    127         <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    128         <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
    129  
    130         <field id="qt"           description="Net Downward Heat Flux"                                       unit="W/m2"     /> 
    131         <field id="qns"          description="non solar Downward Heat Flux"                                 unit="W/m2"     /> 
    132         <field id="qsr"          description="Shortwave Radiation"                                          unit="W/m2"     /> 
    133         <field id="qsr3d"        description="Shortwave Radiation 3D distribution"        axis_ref="deptht" unit="W/m2"     /> 
    134         <field id="qrp"          description="Surface Heat Flux: Damping"                                   unit="W/m2"     /> 
    135         <field id="erp"          description="Surface Water Flux: Damping"                                  unit="Kg/m2/s"  /> 
    136         <field id="taum"         description="wind stress module"                                           unit="N/m2"     /> 
    137         <field id="wspd"         description="Wind speed module at 10 m"                                    unit="m/s"      /> 
    138          
    139         <!-- * variable relative to atmospheric pressure forcing : available with ln_apr_dyn --> 
    140         <field id="ssh_ib"       description="Inverse barometer sea surface height"                         unit="m"        /> 
    141  
    142         <!-- *_oce variables available with ln_blk_clio or ln_blk_core --> 
    143         <field id="qns_oce"      description="Non solar Downward Heat Flux over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
    144         <field id="qlw_oce"      description="Longwave Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    145         <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    146         <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
    147         <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
    148  
    149         <field id="ice_cover"    description="Ice fraction"                                                 unit="1"        /> 
    150  
    151         <field id="ioceflxb"     description="Oceanic flux at the ice base"                                 unit="W/m2"     /> 
    152         <field id="qsr_ai_cea"   description="Air-Ice downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
    153         <field id="qns_ai_cea"   description="Air-Ice downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
    154         <field id="qla_ai_cea"   description="Air-Ice downward Latent heat flux (cell average)"             unit="W/m2"     /> 
    155          
    156         <field id="qsr_io_cea"   description="Ice-Oce downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
    157         <field id="qns_io_cea"   description="Ice-Oce downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
    158          
    159         <field id="snowthic_cea" description="Snow thickness (cell average)"                                unit="m"        /> 
    160         <field id="icethic_cea"  description="Ice thickness (cell average)"                                 unit="m"        /> 
    161         <field id="iceprod_cea"  description="Ice production (cell average)"                                unit="m/s"      /> 
    162          
    163         <field id="ice_pres"     description="Ice presence"                                                 unit="-"        /> 
    164         <field id="ist_cea"      description="Ice surface temperature (cell average)"                       unit="degC"     /> 
    165         <field id="ist_ipa"      description="Ice surface temperature (ice presence average)"               unit="degC"     />       
    166         <field id="uice_ipa"     description="Ice velocity along i-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
    167         <field id="vice_ipa"     description="Ice velocity along j-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
    168          
    169         <field id="utau_ice"     description="Wind stress along i-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
    170         <field id="vtau_ice"     description="Wind stress along j-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
    171          
    172         <field id="u_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along i-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    173         <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    174  
    175         <!-- available key_coupled --> 
    176         <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
    177         <field id="snow_ai_cea"  description="Snow over sea-ice (cell average)"                             unit="kg/m2/s"  /> 
    178         <field id="subl_ai_cea"  description="Sublimation over sea-ice (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
    179         <field id="icealb_cea"   description="Ice albedo (cell average)"                                    unit="1"        /> 
    180         <field id="calving"      description="Calving"                                                      unit="kg/m2/s"  /> 
    181         <!-- available if key_coupled + conservative method --> 
    182         <field id="rain"         description="Liquid precipitation"                                         unit="Kg/m2/s"  /> 
    183         <field id="evap_ao_cea"  description="Evaporation over ice-free ocean (cell average)"               unit="kg/m2/s"  /> 
    184         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    185         <field id="isnwmlt_cea"   description="Snow over Ice melting (cell average)"                        unit="kg/m2/s"  /> 
    186         <field id="fsal_virt_cea" description="Virtual salt flux due to ice formation (cell average)"       unit="kg/m2/s"  /> 
    187         <field id="fsal_real_cea" description="Real salt flux due to ice formation (cell average)"          unit="kg/m2/s"  /> 
    188         <field id="hflx_rain_cea" description="heat flux due to rainfall"                                   unit="W/m2"     /> 
    189         <field id="hflx_evap_cea" description="heat flux due to evaporation"                                unit="W/m2"     /> 
    190         <field id="hflx_snow_cea" description="heat flux due to snow falling over ice-free ocean"           unit="W/m2"     /> 
    191         <field id="hflx_ice_cea"  description="heat flux due to ice thermodynamics"                         unit="W/m2"     /> 
    192         <field id="hflx_rnf_cea"  description="heat flux due to runoffs"                                    unit="W/m2"     /> 
    193         <field id="hflx_cal_cea"  description="heat flux due to calving"                                    unit="W/m2"     /> 
    194         <field id="bicemel_cea"  description="Rate of Melt at Sea Ice Base (cell average)"                  unit="kg/m2/s"  /> 
    195         <field id="licepro_cea"  description="Lateral Sea Ice Growth Rate (cell average)"                   unit="kg/m2/s"  /> 
    196         <field id="snowmel_cea"  description="Snow Melt Rate (cell average)"                                unit="kg/m2/s"  /> 
    197         <field id="sntoice_cea"  description="Snow-Ice Formation Rate (cell average)"                       unit="kg/m2/s"  /> 
    198         <field id="ticemel_cea"  description="Rate of Melt at Upper Surface of Sea Ice (cell average)"      unit="kg/m2/s"  /> 
    199       </group> 
    200  
    201       <!-- U grid --> 
    202        
    203       <group id="grid_U"  axis_ref="depthu" grid_ref="grid_U"> 
    204         <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    205         <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    206         <field id="uocetr_eff"   description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                  /> 
    207         <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    208         <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    209         <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
    210         <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"  axis_ref="none" /> 
    211         <field id="ahu_bbl"      description="BBL diffusive flux along i-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
    212         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    213         <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
    214         <field id="u_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along i-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
    215         <field id="ueiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along i-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
    216         <field id="udiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along i-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
    217      </group> 
    218        
    219       <!-- V grid --> 
    220        
    221       <group id="grid_V"  axis_ref="depthv" grid_ref="grid_V"> 
    222         <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    223         <field id="voce"         description="ocean current along j-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    224         <field id="vocetr_eff"   description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                  /> 
    225         <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    226         <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    227         <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
    228         <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s" axis_ref="none"  /> 
    229         <field id="ahv_bbl"      description="BBL diffusive flux along j-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
    230         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    231         <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 
    232         <field id="v_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along j-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
    233         <field id="veiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along j-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
    234         <field id="vdiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along j-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
    235       </group> 
    236        
    237       <!-- W grid --> 
    238        
    239       <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W"> 
    240         <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
    241         <field id="wocetr_eff"   description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
    242         <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    243         <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
    244         <!-- woce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    245         <field id="avt"          description="vertical eddy diffusivity"                   unit="m2/s"                 /> 
    246         <field id="avm"          description="vertical eddy viscosity"                     unit="m2/s"                 /> 
    247         <!-- avs: available with key_zdfddm --> 
    248         <field id="avs"          description="salt vertical eddy diffusivity"              unit="m2/s"                 /> 
    249         <!-- avt_evd and avm_evd: available with ln_zdfevd --> 
    250         <field id="avt_evd"      description="enhanced vertical diffusivity"               unit="m2/s"                 /> 
    251         <field id="avm_evd"      description="enhanced vertical viscosity"                 unit="m2/s"                 /> 
    252         <!-- aht2d and  aht2d_eiv: available with key_traldf_eiv and key_traldf_c2d --> 
    253         <field id="aht2d"        description="lateral eddy diffusivity"                    unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
    254         <field id="aht2d_eiv"    description="EIV lateral eddy diffusivity"                unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
    255         <!-- avt_tide: available with key_zdftmx --> 
    256         <field id="av_tide"      description="tidal vertical diffusivity"                  unit="m2/s"                 /> 
    257         <!-- variables available with key_diaar5 -->    
    258         <field id="w_masstr"     description="vertical mass trasport"                      unit="kg/s"                 /> 
    259         <field id="w_masstr2"    description="square of vertical mass trasport"            unit="kg2/s2"               /> 
    260       </group> 
    261            
    262       <!-- scalar --> 
    263        
    264       <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    265       <group id="scalar" axis_ref="none" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point" > 
    266         <field id="voltot"     description="global mean volume"                         unit="m3"   /> 
    267         <field id="sshtot"     description="global mean ssh"                            unit="m"    /> 
    268         <field id="sshsteric"  description="global mean ssh steric"                     unit="m"    /> 
    269         <field id="sshthster"  description="global mean ssh thermosteric"               unit="m"    /> 
    270         <field id="masstot"    description="global mean mass"                           unit="kg"   /> 
    271         <field id="temptot"    description="global mean temperature"                    unit="degC" /> 
    272         <field id="saltot"     description="global mean salinity"                       unit="psu"  /> 
    273         <field id="fram_trans" description="Sea Ice Mass Transport Through Fram Strait" unit="kg/s" /> 
    274       </group> 
    275  
    276  
    277       <!-- variables available with key_float --> 
    278       <group id="floatvar" axis_ref="nfloat" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point"> 
    279         <field id="traj_lon"   description="floats longitude"   unit="deg"   operation="inst(X)" /> 
    280         <field id="traj_lat"   description="floats latitude"    unit="deg"   operation="inst(X)"  /> 
    281         <field id="traj_dep"   description="floats depth"       unit="m"     operation="inst(X)"  /> 
    282         <field id="traj_temp"  description="floats temperature" unit="degC"  operation="inst(X)"  /> 
    283         <field id="traj_salt"  description="floats salinity"    unit="psu"   operation="inst(X)"  /> 
    284         <field id="traj_dens"  description="floats density"     unit="kg/m3" operation="inst(X)"  /> 
    285         <field id="traj_group" description="floats group"       unit="none"  operation="inst(X)"  /> 
    286       </group> 
    287  
    288     </field_definition> 
    289  
     15    <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    29016    <!--  
    29117============================================================================================================ 
    … …  
    29622    --> 
    29723     
    298     <file_definition > 
     24    <file_definition type="multi_file" sync_freq="1d"> 
     25     
     26      <file_group id="1h" output_freq="1h"   output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    29927 
    300       <group id="1h" output_freq="3600"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1h files --> 
    301       </group> 
    302        
    303       <group id="2h" output_freq="7200"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 2h files --> 
    304       </group> 
    305        
    306       <group id="3h" output_freq="10800"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 3h files --> 
    307       </group> 
    308        
    309       <group id="4h" output_freq="14400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 4h files --> 
    310       </group> 
    311        
    312       <group id="6h" output_freq="21600"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 6h files --> 
    313       </group> 
    314        
    315       <group id="1d" output_freq="86400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1d files --> 
     28      <file_group id="2h" output_freq="2h"   output_level="10" enabled=".FALSE."/> <!-- 2h files --> 
    31629 
    317     <!--  
    318 ............................................................................................................ 
    319            example of 3 types of 1d files 
    320 ............................................................................................................ 
    321     --> 
    322         <!-- automatic definition of the name based on id="1d_grid_T"  
    323              => this name is used as the radical for all file names of this group 
    324              => add a suffix to be sure that all files names of this group are different   --> 
    325         <group id="1d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    326           <!-- mooring: automatic definition of the file name suffix based on id="0n180wT"  --> 
    327           <file id="0n180wT" name_suffix="auto" > 
    328             <group id="0n180wT" zoom_ref="0n180wT" >    <!-- group of variables sharing the same zoom --> 
    329               <field ref="toce" name="votemper"  /> 
    330               <field ref="uoce" name="vozocrtx"  />     <!-- include a U-grid variable in the list => switch to T-grid --> 
    331             </group> 
    332           </file> 
    333           <!-- Equatorial section: automatic definition of the file name suffix based on id="EqT" --> 
    334           <file id="EqT" name_suffix="auto" > 
    335             <group id="EqT" zoom_ref="EqT" > 
    336               <field ref="toce" name="votemper"  /> 
    337             </group> 
    338           </file> 
    339           <!-- global file with different operations on data   --> 
    340           <file id="global" > 
    341             <field ref="sst"    name="sst_1d_ave"                       />     <!-- mean --> 
    342             <field ref="sst"    name="sst_1d_max"  operation="t_max(X)" />     <!-- max --> 
    343             <field ref="M2x"     name="M2_x_elev"  /> 
    344             <field ref="M2y"     name="M2_y_elev"  /> 
    345           </file> 
    346         </group> 
     30      <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
     31      <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
     32      <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
     33      
     34      <file_group id="1d" output_freq="1d"   output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    34735 
    348         <!-- variables available with key_float, instantaneous fields --> 
    349 <!-- 
    350         <file id="floats"  description="floats variables"> 
    351             <field ref="traj_lon"   name="floats_longitude"   freq_op="86400" /> 
    352             <field ref="traj_lat"   name="floats_latitude"    freq_op="86400" /> 
    353             <field ref="traj_dep"   name="floats_depth"       freq_op="86400" /> 
    354             <field ref="traj_temp"  name="floats_temperature" freq_op="86400" /> 
    355             <field ref="traj_salt"  name="floats_salinity"    freq_op="86400" /> 
    356             <field ref="traj_dens"  name="floats_density"     freq_op="86400" /> 
    357             <field ref="traj_group" name="floats_group"       freq_op="86400" /> 
    358         </file> 
    359 --> 
    360       </group> 
    361        
    362       <group id="3d" output_freq="259200" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 3d files --> 
    363       </group> 
    364        
    365       <group id="5d" output_freq="432000" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 5d files --> 
    366  
    367         <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    368           <field ref="toce"         name="votemper"  /> 
    369           <field ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    370           <field ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    371           <field ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    372           <field ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    373           <field ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    374           <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    375           <field ref="empsmr"       name="sowaflcd"  /> 
    376           <field ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    377           <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    378           <field ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    379           <field ref="ice_cover"    name="soicecov"  /> 
    380           <field ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
    381           <field ref="qrp"          name="sohefldp"  /> 
    382           <field ref="erp"          name="sowafldp"  /> 
    383           <field ref="mlddzt"       name="sothedep"  /> 
    384           <field ref="20d"          name="so20chgt"  /> 
    385           <field ref="28d"          name="so28chgt"  /> 
    386           <field ref="hc300"        name="sohtc300"  /> 
    387           <field ref="ist_ipa"      name="soicetem"  /> 
    388           <field ref="icealb_cea"   name="soicealb"  />    
    389         </file> 
    390          
    391         <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
    392           <field ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    393           <field ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  /> 
    394           <field ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    395         </file> 
    396          
    397         <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
    398           <field ref="voce"         name="vomecrty"  /> 
    399           <field ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  /> 
    400           <field ref="vtau"         name="sometauy"  /> 
    401         </file> 
    402          
    403         <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
    404           <field ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    405           <field ref="woce_eiv"     name="voveeivw" /> 
    406           <field ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    407           <field ref="avt_evd"      name="votkeevd" /> 
    408           <field ref="avm"          name="votkeavm" /> 
    409           <field ref="avm_evd"      name="votkeevm" /> 
    410           <field ref="avs"          name="voddmavs" /> 
    411           <field ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    412           <field ref="aht2d_eiv"    name="soleaeiw" /> 
    413         </file> 
    414          
    415         <file id="5d_icemod" name="auto" description="ice variables" > 
    416           <field ref="ice_pres"                     /> 
    417           <field ref="snowthic_cea" name="isnowthi" /> 
    418           <field ref="icethic_cea"  name="iicethic" /> 
    419           <field ref="iceprod_cea"  name="iiceprod" /> 
    420           <field ref="ist_ipa"      name="iicetemp" /> 
    421           <field ref="ioceflxb"     name="ioceflxb" /> 
    422           <field ref="uice_ipa"     name="iicevelu" /> 
    423           <field ref="vice_ipa"     name="iicevelv" /> 
    424           <field ref="utau_ice"     name="iicestru" /> 
    425           <field ref="vtau_ice"     name="iicestrv" /> 
    426           <field ref="qsr_io_cea"   name="iicesflx" /> 
    427           <field ref="qns_io_cea"   name="iicenflx" /> 
    428           <field ref="snowpre"      name="isnowpre" /> 
    429         </file> 
    430          
    431       </group> 
    432        
    433       <group id="1m" output_freq="-1"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real monthly files --> 
    434  
    435         <file id="1m_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    436           <field ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    437         </file>    
    438  
    439       </group> 
    440  
    441       <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files --> 
    442       </group> 
    443  
    444       <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files --> 
    445       </group> 
    446  
    447       <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files --> 
    448       </group> 
    449  
    450       <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files --> 
    451       </group> 
    452  
    453       <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files --> 
    454  
    455         <file id="1y_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    456           <field ref="mldr10_1"     name="sobowlin"  operation="t_max(X)" /> 
     36        <file id="1d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     37            <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
     38            <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
     39            <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
    45740        </file> 
    45841 
    459       </group> 
     42        <file id="1d_grid_U" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     43          <field field_ref="suoce"        name="uos"      long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
     44          <field field_ref="utau"         name="tauuo"    long_name="surface_downward_x_stress" /> 
     45        </file> 
    46046 
    461       <group id="2y"  output_freq="-24"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2y files --> 
    462       </group> 
     47        <file id="1d_grid_V" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     48          <field field_ref="svoce"        name="vos"      long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
     49          <field field_ref="vtau"         name="tauvo"    long_name="surface_downward_y_stress" /> 
     50        </file> 
    46351 
    464       <group id="5y"  output_freq="-60"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 5y files --> 
    465       </group> 
     52      </file_group> 
    46653 
    467       <group id="10y" output_freq="-120"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 10y files --> 
    468       </group> 
     54      <file_group id="3d" output_freq="3d" output_level="10" enabled=".FALSE."/> <!-- 3d files -->     
     55  
     56      <file_group id="5d" output_freq="5d" output_level="10" enabled=".FALSE.">  <!-- 5d files -->    
     57        <file_group id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     58          <file id="5d_grid_T_2D" name_suffix="_2D" > 
     59            <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
     60          </file> 
     61         
     62          <file id="5d_grid_T_T3D" name_suffix="_T3D" > 
     63            <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
     64          </file> 
     65         
     66          <file id="5d_grid_T_S3D" name_suffix="_S3D" > 
     67            <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
     68          </file> 
     69        </file_group> 
     70         
     71        <file_group id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     72          <file id="5d_grid_U_2D" name_suffix="_2D" > 
     73            <field field_ref="suoce"        name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
     74            <field field_ref="utau"         name="tauuo"   long_name="surface_downward_x_stress" /> 
     75          </file> 
     76         
     77          <file id="5d_grid_U_3D" name_suffix="_3D" > 
     78            <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"  /> 
     79          </file> 
     80        </file_group> 
     81         
     82        <file_group id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     83          <file id="5d_grid_V_2D" name_suffix="_2D" > 
     84            <field field_ref="svoce"        name="vos"      long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
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     114= grid definition = = DO NOT CHANGE = 
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    487125     
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    497       <!--   147e   --> 
    498         <zoom id="0n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    499         <zoom id="2n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    500         <zoom id="5n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    501       <!--   156e   --> 
    502         <zoom id="5s156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    503         <zoom id="2s156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
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    517         <zoom id="8s180wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    518         <zoom id="5s180wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
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    532       <!--   155w   --> 
    533         <zoom id="8s155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
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    564       <!--   95w   --> 
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    568         <zoom id="0n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    569         <zoom id="2n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    570         <zoom id="5n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    571         <zoom id="8n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    572     <!--   RAMA   --> 
    573       <!--   55e   --> 
    574         <zoom id="16s55eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    575         <zoom id="12s55eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    576         <zoom id="8s55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    577         <zoom id="4s55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    578         <zoom id="1.5s55eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    579         <zoom id="0n55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    580         <zoom id="1.5n55eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    581         <zoom id="4n55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    582       <!--   65e   --> 
    583         <zoom id="15n65eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    584       <!--   67e   --> 
    585         <zoom id="16s67eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    586         <zoom id="12s67eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    587         <zoom id="8s67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    588         <zoom id="4s67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    589         <zoom id="1.5s67eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    590         <zoom id="0n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    591         <zoom id="1.5n67eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    592         <zoom id="4n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    593         <zoom id="8n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    594       <!--   80.5e   --> 
    595         <zoom id="16s80.5eT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    596         <zoom id="12s80.5eT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    597         <zoom id="8s80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    598         <zoom id="4s80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    599         <zoom id="1.5s80.5eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    600         <zoom id="0n80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    601         <zoom id="1.5n80.5eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    602         <zoom id="4n80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    603       <!--   90e   --> 
    604         <zoom id="1.5s90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    605         <zoom id="0n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    606         <zoom id="1.5n90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    607         <zoom id="4n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    608         <zoom id="8n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
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    610         <zoom id="15n90eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    611       <!--   95e   --> 
    612         <zoom id="16s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    613         <zoom id="12s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
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    615         <zoom id="5s95eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    616     <!--   PIRATA   --> 
    617       <!--   38w-30w   --> 
    618         <zoom id="19s34wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    619         <zoom id="14s32wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    620         <zoom id="8s30wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    621         <zoom id="0n35wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    622         <zoom id="4n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    623         <zoom id="8n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
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    625         <zoom id="15n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    626         <zoom id="20n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    627       <!--   23w   --> 
    628         <zoom id="0n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    629         <zoom id="4n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    630         <zoom id="12n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    631         <zoom id="21n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    632       <!--   10w   --> 
    633         <zoom id="10s10wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    634         <zoom id="6s10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    635         <zoom id="0n10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    636       <!--   0e   --> 
    637         <zoom id="0n0eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    638       </grid> 
     126   <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
     127    
     128   <grid_definition />     
     129   
     130  </context> 
     131   
    639132 
    640       <grid id="grid_U" description="grid U" > 
    641     <!--   Eq section   --> 
    642         <zoom id="EqU" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
    643       </grid> 
     133  <context id="xios"> 
    644134 
    645       <grid id="grid_V" description="grid V" > 
    646       </grid> 
    647  
    648       <grid id="grid_W" description="grid W" > 
    649     <!--   Eq section   --> 
    650         <zoom id="EqW" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
    651       </grid> 
    652  
    653       <grid id="scalarpoint" description="scalar" > 
    654         <zoom id="1point" ibegin="1" jbegin="1" ni="1" nj="1" /> 
    655       </grid> 
    656  
    657     </grid_definition>     
     135      <variable_definition> 
     136  
     137      <variable_group id="buffer"> 
     138        buffer_size = 1000000000 
     139        buffer_server_factor_size = 2 
     140        info_level = 0 
     141      </variable_group> 
     142       
     143      <variable_group id="coupling"> 
     144        <variable id="using_server" type="boolean">true</variable> 
     145        <variable id="using_oasis" type="boolean">false</variable> 
     146        <variable id="client_id" type="string">oceanx</variable> 
     147        <variable id="server_id" type="string">ionemo</variable> 
     148      </variable_group> 
     149             
     150    </variable_definition> 
    658151     
    659152  </context> 
    660   <context id="1_nemo"> 
    661      
    662     <!-- $id$ --> 
    663      
    664     <!--  
    665 ============================================================================================================ 
    666 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    667 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    668 ============================================================================================================ 
    669     --> 
    670      
    671     <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined --> 
    672  
    673       <!-- T grid --> 
    674        
    675       <group id="grid_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    676         <field id="toce"         description="temperature"                               unit="degC" axis_ref="deptht"   /> 
    677         <field id="soce"         description="salinity"                                  unit="psu"  axis_ref="deptht"   /> 
    678         <field id="sst"          description="sea surface temperature"                   unit="degC"                     /> 
    679         <field id="sst2"         description="square of sea surface temperature"         unit="degC2"                    /> 
    680         <field id="sstgrad"      description="module of sst gradient"                    unit="degC/m"                   /> 
    681         <field id="sstgrad2"     description="square of module of sst gradient"          unit="degC2/m2"                 /> 
    682         <field id="sss"          description="sea surface salinity"                      unit="psu"                      /> 
    683         <field id="sss2"         description="square of sea surface salinity"            unit="psu2"                     /> 
    684         <field id="ssh"          description="sea surface height"                        unit="m"                        /> 
    685         <field id="ssh2"         description="square of sea surface height"              unit="m2"                       /> 
    686         <field id="mldkz5"       description="mixing layer depth (Turbocline)"           unit="m"                        /> 
    687         <field id="mldr10_1"     description="Mixed Layer Depth 0.01 ref.10m"            unit="m"                        /> 
    688         <field id="rhop"         description="potential density (sigma0)"                unit="kg/m3" axis_ref="deptht"  /> 
    689         <!-- next variables available with key_diahth --> 
    690         <field id="mlddzt"       description="Thermocline Depth (max dT/dz)"             unit="m"                        /> 
    691         <field id="mldr10_3"     description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.10m)"       unit="m"                        /> 
    692         <field id="mldr0_1"      description="Mixed Layer Depth dr=0.01 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
    693         <field id="mldr0_3"      description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
    694         <field id="mld_dt02"     description="Mixed Layer Depth |dt|=0.2 (ref.10m)"      unit="m"                        /> 
    695         <field id="topthdep"     description="Top of the thermocline dt=-0.2 (ref.10m)"  unit="m"                        /> 
    696         <field id="pycndep"      description="Pycnocline depth dr~dt=-0.2 (ref.10m)"     unit="m"                        /> 
    697         <field id="BLT"          description="Barrier Layer Thickness"                   unit="m"                        /> 
    698         <field id="tinv"         description="Max of vertical invertion of temperature"  unit="degC"                     /> 
    699         <field id="depti"        description="Depth of max. vert. inv. of temperature"   unit="m"                        /> 
    700         <field id="20d"          description="Depth of 20C isotherm"                     unit="m"                        /> 
    701         <field id="28d"          description="Depth of 28C isotherm"                     unit="m"                        /> 
    702         <field id="hc300"        description="Heat content 300 m"                        unit="W"                        /> 
    703         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    704         <field id="botpres"      description="Pressure at sea floor"                     unit="dbar"                     /> 
    705         <field id="cellthc"      description="Cell thickness"                            unit="m"     axis_ref="deptht"  /> 
    706     <!-- tidal composante --> 
    707     <field id="M2x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    708     <field id="M2y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    709     <field id="S2x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    710     <field id="S2y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    711     <field id="N2x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    712     <field id="N2y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    713     <field id="K1x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    714     <field id="K1y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    715     <field id="O1x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    716     <field id="O1y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    717     <field id="Q1x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    718     <field id="Q1y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    719     <field id="M4x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    720     <field id="M4y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    721     <field id="K2x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    722     <field id="K2y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    723     <field id="P1x"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    724     <field id="P1y"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    725     <field id="Mfx"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    726     <field id="Mfy"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    727     <field id="Mmx"          description="M2 Elevation harmonic real part "                             unit="m"        /> 
    728     <field id="Mmy"          description="M2 Elevation harmonic imaginary part"                         unit="m"        /> 
    729  
    730     <field id="M2x_u"          description="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    731     <field id="M2y_u"          description="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    732     <field id="S2x_u"          description="S2 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    733     <field id="S2y_u"          description="S2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    734     <field id="N2x_u"          description="N2 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    735     <field id="N2y_u"          description="N2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    736     <field id="K1x_u"          description="K1 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    737     <field id="K1y_u"          description="K1 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    738     <field id="O1x_u"          description="O1 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    739     <field id="O1y_u"          description="O1 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    740     <field id="Q1x_u"          description="Q1 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    741     <field id="Q1y_u"          description="Q1 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    742     <field id="M4x_u"          description="M4 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    743     <field id="M4y_u"          description="M4 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    744     <field id="K2x_u"          description="K2 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    745     <field id="K2y_u"          description="K2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    746     <field id="P1x_u"          description="P1 current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    747     <field id="P1y_u"          description="P1 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    748     <field id="Mfx_u"          description="Mf current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    749     <field id="Mfy_u"          description="Mf current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    750     <field id="Mmx_u"          description="Mm current barotrope along i-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    751     <field id="Mmy_u"          description="Mm current barotrope along i-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    752  
    753     <field id="M2x_v"          description="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    754     <field id="M2y_v"          description="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    755     <field id="S2x_v"          description="S2 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    756     <field id="S2y_v"          description="S2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    757     <field id="N2x_v"          description="N2 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    758     <field id="N2y_v"          description="N2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    759     <field id="K1x_v"          description="K1 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    760     <field id="K1y_v"          description="K1 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    761     <field id="O1x_v"          description="O1 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    762     <field id="O1y_v"          description="O1 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    763     <field id="Q1x_v"          description="Q1 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    764     <field id="Q1y_v"          description="Q1 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    765     <field id="M4x_v"          description="M4 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    766     <field id="M4y_v"          description="M4 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    767     <field id="K2x_v"          description="K2 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    768     <field id="K2y_v"          description="K2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    769     <field id="P1x_v"          description="P1 current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    770     <field id="P1y_v"          description="P1 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    771     <field id="Mfx_v"          description="Mf current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    772     <field id="Mfy_v"          description="Mf current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    773     <field id="Mmx_v"          description="Mm current barotrope along j-axis harmonic real part "      unit="m/s"        /> 
    774     <field id="Mmy_v"          description="Mm current barotrope along j-axis harmonic imaginary part " unit="m/s"        /> 
    775      </group> 
    776  
    777       <!-- SBC --> 
    778        
    779       <group id="SBC" axis_ref="none" grid_ref="grid_T" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    780  
    781         <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    782         <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
    783         <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    784         <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
    785  
    786         <field id="qt"           description="Net Downward Heat Flux"                                       unit="W/m2"     /> 
    787         <field id="qns"          description="non solar Downward Heat Flux"                                 unit="W/m2"     /> 
    788         <field id="qsr"          description="Shortwave Radiation"                                          unit="W/m2"     /> 
    789         <field id="qsr3d"        description="Shortwave Radiation 3D distribution"        axis_ref="deptht" unit="W/m2"     /> 
    790         <field id="qrp"          description="Surface Heat Flux: Damping"                                   unit="W/m2"     /> 
    791         <field id="erp"          description="Surface Water Flux: Damping"                                  unit="Kg/m2/s"  /> 
    792         <field id="taum"         description="wind stress module"                                           unit="N/m2"     /> 
    793         <field id="wspd"         description="Wind speed module at 10 m"                                    unit="m/s"      /> 
    794          
    795         <!-- * variable relative to atmospheric pressure forcing : available with ln_apr_dyn --> 
    796         <field id="ssh_ib"       description="Inverse barometer sea surface height"                         unit="m"        /> 
    797  
    798         <!-- *_oce variables available with ln_blk_clio or ln_blk_core --> 
    799         <field id="qns_oce"      description="Non solar Downward Heat Flux over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
    800         <field id="qlw_oce"      description="Longwave Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    801         <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    802         <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
    803         <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
    804  
    805         <field id="ice_cover"    description="Ice fraction"                                                 unit="1"        /> 
    806  
    807         <field id="ioceflxb"     description="Oceanic flux at the ice base"                                 unit="W/m2"     /> 
    808         <field id="qsr_ai_cea"   description="Air-Ice downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
    809         <field id="qns_ai_cea"   description="Air-Ice downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
    810         <field id="qla_ai_cea"   description="Air-Ice downward Latent heat flux (cell average)"             unit="W/m2"     /> 
    811          
    812         <field id="qsr_io_cea"   description="Ice-Oce downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
    813         <field id="qns_io_cea"   description="Ice-Oce downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
    814          
    815         <field id="snowthic_cea" description="Snow thickness (cell average)"                                unit="m"        /> 
    816         <field id="icethic_cea"  description="Ice thickness (cell average)"                                 unit="m"        /> 
    817         <field id="iceprod_cea"  description="Ice production (cell average)"                                unit="m/s"      /> 
    818          
    819         <field id="ice_pres"     description="Ice presence"                                                 unit="-"        /> 
    820         <field id="ist_cea"      description="Ice surface temperature (cell average)"                       unit="degC"     /> 
    821         <field id="ist_ipa"      description="Ice surface temperature (ice presence average)"               unit="degC"     />       
    822         <field id="uice_ipa"     description="Ice velocity along i-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
    823         <field id="vice_ipa"     description="Ice velocity along j-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
    824          
    825         <field id="utau_ice"     description="Wind stress along i-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
    826         <field id="vtau_ice"     description="Wind stress along j-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
    827          
    828         <field id="u_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along i-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    829         <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    830  
    831         <!-- available key_coupled --> 
    832         <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
    833         <field id="snow_ai_cea"  description="Snow over sea-ice (cell average)"                             unit="kg/m2/s"  /> 
    834         <field id="subl_ai_cea"  description="Sublimation over sea-ice (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
    835         <field id="icealb_cea"   description="Ice albedo (cell average)"                                    unit="1"        /> 
    836         <field id="calving"      description="Calving"                                                      unit="kg/m2/s"  /> 
    837         <!-- available if key_coupled + conservative method --> 
    838         <field id="rain"         description="Liquid precipitation"                                         unit="Kg/m2/s"  /> 
    839         <field id="evap_ao_cea"  description="Evaporation over ice-free ocean (cell average)"               unit="kg/m2/s"  /> 
    840         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    841         <field id="isnwmlt_cea"   description="Snow over Ice melting (cell average)"                        unit="kg/m2/s"  /> 
    842         <field id="fsal_virt_cea" description="Virtual salt flux due to ice formation (cell average)"       unit="kg/m2/s"  /> 
    843         <field id="fsal_real_cea" description="Real salt flux due to ice formation (cell average)"          unit="kg/m2/s"  /> 
    844         <field id="hflx_rain_cea" description="heat flux due to rainfall"                                   unit="W/m2"     /> 
    845         <field id="hflx_evap_cea" description="heat flux due to evaporation"                                unit="W/m2"     /> 
    846         <field id="hflx_snow_cea" description="heat flux due to snow falling over ice-free ocean"           unit="W/m2"     /> 
    847         <field id="hflx_ice_cea"  description="heat flux due to ice thermodynamics"                         unit="W/m2"     /> 
    848         <field id="hflx_rnf_cea"  description="heat flux due to runoffs"                                    unit="W/m2"     /> 
    849         <field id="hflx_cal_cea"  description="heat flux due to calving"                                    unit="W/m2"     /> 
    850         <field id="bicemel_cea"  description="Rate of Melt at Sea Ice Base (cell average)"                  unit="kg/m2/s"  /> 
    851         <field id="licepro_cea"  description="Lateral Sea Ice Growth Rate (cell average)"                   unit="kg/m2/s"  /> 
    852         <field id="snowmel_cea"  description="Snow Melt Rate (cell average)"                                unit="kg/m2/s"  /> 
    853         <field id="sntoice_cea"  description="Snow-Ice Formation Rate (cell average)"                       unit="kg/m2/s"  /> 
    854         <field id="ticemel_cea"  description="Rate of Melt at Upper Surface of Sea Ice (cell average)"      unit="kg/m2/s"  /> 
    855  
    856       </group> 
    857  
    858       <!-- U grid --> 
    859        
    860       <group id="grid_U"  axis_ref="depthu" grid_ref="grid_U"> 
    861         <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    862         <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    863         <field id="uocetr_eff"   description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                  /> 
    864         <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    865         <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    866         <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
    867         <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"  axis_ref="none" /> 
    868         <field id="ahu_bbl"      description="BBL diffusive flux along i-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
    869         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    870         <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
    871         <field id="u_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along i-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
    872         <field id="ueiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along i-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
    873         <field id="udiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along i-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
    874      </group> 
    875        
    876       <!-- V grid --> 
    877        
    878       <group id="grid_V"  axis_ref="depthv" grid_ref="grid_V"> 
    879         <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    880         <field id="voce"         description="ocean current along j-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    881         <field id="vocetr_eff"   description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                  /> 
    882         <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    883         <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    884         <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
    885         <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s" axis_ref="none"  /> 
    886         <field id="ahv_bbl"      description="BBL diffusive flux along j-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
    887         <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    888         <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 
    889         <field id="v_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along j-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
    890         <field id="veiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along j-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
    891         <field id="vdiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along j-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
    892       </group> 
    893        
    894       <!-- W grid --> 
    895        
    896       <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W"> 
    897         <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
    898         <field id="wocetr_eff"   description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
    899         <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    900         <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
    901         <!-- woce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    902         <field id="avt"          description="vertical eddy diffusivity"                   unit="m2/s"                 /> 
    903         <field id="avm"          description="vertical eddy viscosity"                     unit="m2/s"                 /> 
    904         <!-- avs: available with key_zdfddm --> 
    905         <field id="avs"          description="salt vertical eddy diffusivity"              unit="m2/s"                 /> 
    906         <!-- avt_evd and avm_evd: available with ln_zdfevd --> 
    907         <field id="avt_evd"      description="enhanced vertical diffusivity"               unit="m2/s"                 /> 
    908         <field id="avm_evd"      description="enhanced vertical viscosity"                 unit="m2/s"                 /> 
    909         <!-- aht2d and  aht2d_eiv: available with key_traldf_eiv and key_traldf_c2d --> 
    910         <field id="aht2d"        description="lateral eddy diffusivity"                    unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
    911         <field id="aht2d_eiv"    description="EIV lateral eddy diffusivity"                unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
    912         <!-- avt_tide: available with key_zdftmx --> 
    913         <field id="av_tide"      description="tidal vertical diffusivity"                  unit="m2/s"                 /> 
    914         <!-- variables available with key_diaar5 -->    
    915         <field id="w_masstr"     description="vertical mass trasport"                      unit="kg/s"                 /> 
    916         <field id="w_masstr2"    description="square of vertical mass trasport"            unit="kg2/s2"               /> 
    917       </group> 
    918            
    919       <!-- scalar --> 
    920        
    921       <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    922       <group id="scalar" axis_ref="none" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point" > 
    923         <field id="voltot"     description="global mean volume"                         unit="m3"   /> 
    924         <field id="sshtot"     description="global mean ssh"                            unit="m"    /> 
    925         <field id="sshsteric"  description="global mean ssh steric"                     unit="m"    /> 
    926         <field id="sshthster"  description="global mean ssh thermosteric"               unit="m"    /> 
    927         <field id="masstot"    description="global mean mass"                           unit="kg"   /> 
    928         <field id="temptot"    description="global mean temperature"                    unit="degC" /> 
    929         <field id="saltot"     description="global mean salinity"                       unit="psu"  /> 
    930         <field id="fram_trans" description="Sea Ice Mass Transport Through Fram Strait" unit="kg/s" /> 
    931       </group> 
    932  
    933       <!-- variables available with key_float --> 
    934       <group id="floatvar" axis_ref="nfloat" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point"> 
    935         <field id="traj_lon"   description="floats longitude"   unit="deg"   operation="inst(X)" /> 
    936         <field id="traj_lat"   description="floats latitude"    unit="deg"   operation="inst(X)"  /> 
    937         <field id="traj_dep"   description="floats depth"       unit="m"     operation="inst(X)"  /> 
    938         <field id="traj_temp"  description="floats temperature" unit="degC"  operation="inst(X)"  /> 
    939         <field id="traj_salt"  description="floats salinity"    unit="psu"   operation="inst(X)"  /> 
    940         <field id="traj_dens"  description="floats density"     unit="kg/m3" operation="inst(X)"  /> 
    941         <field id="traj_group" description="floats group"       unit="none"  operation="inst(X)"  /> 
    942       </group> 
    943  
    944     </field_definition> 
    945      
    946     <!--  
    947 ============================================================================================================ 
    948 =                                           output files definition                                        = 
    949 =                                            Define your own files                                         = 
    950 =                                         put the variables you want...                                    = 
    951 ============================================================================================================ 
    952     --> 
    953      
    954     <file_definition > 
    955  
    956       <group id="1h" output_freq="3600"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1h files --> 
    957       </group> 
    958        
    959       <group id="2h" output_freq="7200"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 2h files --> 
    960       </group> 
    961        
    962       <group id="3h" output_freq="10800"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 3h files --> 
    963       </group> 
    964        
    965       <group id="4h" output_freq="14400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 4h files --> 
    966       </group> 
    967        
    968       <group id="6h" output_freq="21600"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 6h files --> 
    969       </group> 
    970        
    971       <group id="1d" output_freq="86400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1d files --> 
    972  
    973     <!--  
    974 ............................................................................................................ 
    975            example of 3 types of 1d files 
    976 ............................................................................................................ 
    977     --> 
    978         <!-- automatic definition of the name based on id="1d_grid_T" 
    979              => this name is used as the radical for all file names of this group 
    980              => add a suffix to be sure that all files names of this group are different   --> 
    981         <group id="1d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    982           <!-- global file with different operations on data   --> 
    983           <file id="global" > 
    984             <field ref="sst"    name="sst_1d_ave"                       />     <!-- mean --> 
    985             <field ref="sst"    name="sst_1d_max"  operation="t_max(X)" />     <!-- max --> 
    986             <field ref="M2x"     name="M2_x_elev"  /> 
    987             <field ref="M2y"     name="M2_y_elev"  /> 
    988           </file> 
    989         </group> 
    990  
    991         <!-- variables available with key_float, instantaneous fields --> 
    992 <!-- 
    993         <file id="floats"  description="floats variables"> 
    994             <field ref="traj_lon"   name="floats_longitude"   freq_op="86400" /> 
    995             <field ref="traj_lat"   name="floats_latitude"    freq_op="86400" /> 
    996             <field ref="traj_dep"   name="floats_depth"       freq_op="86400" /> 
    997             <field ref="traj_temp"  name="floats_temperature" freq_op="86400" /> 
    998             <field ref="traj_salt"  name="floats_salinity"    freq_op="86400" /> 
    999             <field ref="traj_dens"  name="floats_density"     freq_op="86400" /> 
    1000             <field ref="traj_group" name="floats_group"       freq_op="86400" /> 
    1001         </file> 
    1002 --> 
    1003       </group> 
    1004        
    1005       <group id="3d" output_freq="259200" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 3d files --> 
    1006       </group> 
    1007        
    1008       <group id="5d" output_freq="432000" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 5d files --> 
    1009  
    1010         <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    1011           <field ref="toce"         name="votemper"  /> 
    1012           <field ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    1013           <field ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    1014           <field ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    1015           <field ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    1016           <field ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    1017           <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    1018           <field ref="empsmr"       name="sowaflcd"  /> 
    1019           <field ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    1020           <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    1021           <field ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    1022           <field ref="ice_cover"    name="soicecov"  /> 
    1023           <field ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
    1024           <field ref="qrp"          name="sohefldp"  /> 
    1025           <field ref="erp"          name="sowafldp"  /> 
    1026           <field ref="mlddzt"       name="sothedep"  /> 
    1027           <field ref="20d"          name="so20chgt"  /> 
    1028           <field ref="28d"          name="so28chgt"  /> 
    1029           <field ref="hc300"        name="sohtc300"  /> 
    1030           <field ref="ist_ipa"      name="soicetem"  /> 
    1031           <field ref="icealb_cea"   name="soicealb"  />    
    1032         </file> 
    1033          
    1034         <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
    1035           <field ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    1036           <field ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  /> 
    1037           <field ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    1038         </file> 
    1039          
    1040         <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
    1041           <field ref="voce"         name="vomecrty"  /> 
    1042           <field ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  /> 
    1043           <field ref="vtau"         name="sometauy"  /> 
    1044         </file> 
    1045          
    1046         <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
    1047           <field ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    1048           <field ref="woce_eiv"     name="voveeivw" /> 
    1049           <field ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    1050           <field ref="avt_evd"      name="votkeevd" /> 
    1051           <field ref="avm"          name="votkeavm" /> 
    1052           <field ref="avm_evd"      name="votkeevm" /> 
    1053           <field ref="avs"          name="voddmavs" /> 
    1054           <field ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    1055           <field ref="aht2d_eiv"    name="soleaeiw" /> 
    1056         </file> 
    1057          
    1058 <!--     
    1059       <file id="5d_icemod" name="auto" description="ice variables" > 
    1060           <field ref="ice_pres"                     /> 
    1061           <field ref="snowthic_cea" name="isnowthi" /> 
    1062           <field ref="icethic_cea"  name="iicethic" /> 
    1063           <field ref="iceprod_cea"  name="iiceprod" /> 
    1064           <field ref="ist_ipa"      name="iicetemp" /> 
    1065           <field ref="ioceflxb"     name="ioceflxb" /> 
    1066           <field ref="uice_ipa"     name="iicevelu" /> 
    1067           <field ref="vice_ipa"     name="iicevelv" /> 
    1068           <field ref="utau_ice"     name="iicestru" /> 
    1069           <field ref="vtau_ice"     name="iicestrv" /> 
    1070           <field ref="qsr_io_cea"   name="iicesflx" /> 
    1071           <field ref="qns_io_cea"   name="iicenflx" /> 
    1072           <field ref="snowpre"      name="isnowpre" /> 
    1073         </file> 
    1074 -->      
    1075       </group> 
    1076        
    1077       <group id="1m" output_freq="-1"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real monthly files --> 
    1078  
    1079         <file id="1m_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    1080           <field ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    1081         </file>    
    1082  
    1083       </group> 
    1084  
    1085       <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files --> 
    1086       </group> 
    1087  
    1088       <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files --> 
    1089       </group> 
    1090  
    1091       <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files --> 
    1092       </group> 
    1093  
    1094       <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files --> 
    1095       </group> 
    1096  
    1097       <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files --> 
    1098  
    1099         <file id="1y_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    1100           <field ref="mldr10_1"     name="sobowlin"  operation="t_max(X)" /> 
    1101         </file> 
    1102  
    1103       </group> 
    1104  
    1105       <group id="2y"  output_freq="-24"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2y files --> 
    1106       </group> 
    1107  
    1108       <group id="5y"  output_freq="-60"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 5y files --> 
    1109       </group> 
    1110  
    1111       <group id="10y" output_freq="-120"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 10y files --> 
    1112       </group> 
    1113  
    1114     </file_definition> 
    1115      
    1116     <!--  
    1117 ============================================================================================================ 
    1118 =                                           grid definition                                                = 
    1119 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    1120 ============================================================================================================ 
    1121     --> 
    1122      
    1123     <axis_definition>   
    1124       <axis id="deptht" description="Vertical T levels" unit="m" positive=".false." /> 
    1125       <axis id="depthu" description="Vertical U levels" unit="m" positive=".false." /> 
    1126       <axis id="depthv" description="Vertical V levels" unit="m" positive=".false." /> 
    1127       <axis id="depthw" description="Vertical W levels" unit="m" positive=".false." /> 
    1128       <axis id="none" description="axe non defini" unit="none" size="1" /> 
    1129       <axis id="nfloat" description="Number of float"   unit="no unit" positive=".false." /> 
    1130     </axis_definition>  
    1131      
    1132     <grid_definition> 
    1133       <grid id="grid_T" description="grid T" > 
    1134     <!--   Eq section   --> 
    1135         <zoom id="EqT" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
    1136     <!--   TAO   --> 
    1137       <!--   137e   --> 
    1138         <zoom id="2n137eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1139         <zoom id="5n137eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1140         <zoom id="8n137eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1141       <!--   147e   --> 
    1142         <zoom id="0n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1143         <zoom id="2n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1144         <zoom id="5n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1145       <!--   156e   --> 
    1146         <zoom id="5s156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1147         <zoom id="2s156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1148         <zoom id="0n156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1149         <zoom id="2n156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1150         <zoom id="5n156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1151         <zoom id="8n156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1152       <!--   165e   --> 
    1153         <zoom id="8s165eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1154         <zoom id="5s165eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1155         <zoom id="2s165eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1156         <zoom id="0n165eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1157         <zoom id="2n165eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1158         <zoom id="5n165eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1159         <zoom id="8n165eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1160       <!--   180w   --> 
    1161         <zoom id="8s180wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1162         <zoom id="5s180wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1163         <zoom id="2s180wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1164         <zoom id="0n180wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1165         <zoom id="2n180wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1166         <zoom id="5n180wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1167         <zoom id="8n180wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1168       <!--   170w   --> 
    1169         <zoom id="8s170wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1170         <zoom id="5s170wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1171         <zoom id="2s170wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1172         <zoom id="0n170wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1173         <zoom id="2n170wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1174         <zoom id="5n170wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1175         <zoom id="8n170wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1176       <!--   155w   --> 
    1177         <zoom id="8s155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1178         <zoom id="5s155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1179         <zoom id="2s155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1180         <zoom id="0n155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1181         <zoom id="2n155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1182         <zoom id="5n155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1183         <zoom id="8n155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1184       <!--   140w   --> 
    1185         <zoom id="8s140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1186         <zoom id="5s140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1187         <zoom id="2s140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1188         <zoom id="0n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1189         <zoom id="2n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1190         <zoom id="5n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1191         <zoom id="8n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1192       <!--   125w   --> 
    1193         <zoom id="8s125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1194         <zoom id="5s125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1195         <zoom id="2s125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1196         <zoom id="0n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1197         <zoom id="2n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1198         <zoom id="5n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1199         <zoom id="8n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1200       <!--   110w   --> 
    1201         <zoom id="8s110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1202         <zoom id="5s110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1203         <zoom id="2s110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1204         <zoom id="0n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1205         <zoom id="2n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1206         <zoom id="5n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1207         <zoom id="8n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1208       <!--   95w   --> 
    1209         <zoom id="8s95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1210         <zoom id="5s95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1211         <zoom id="2s95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1212         <zoom id="0n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1213         <zoom id="2n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1214         <zoom id="5n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1215         <zoom id="8n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1216     <!--   RAMA   --> 
    1217       <!--   55e   --> 
    1218         <zoom id="16s55eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1219         <zoom id="12s55eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1220         <zoom id="8s55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1221         <zoom id="4s55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1222         <zoom id="1.5s55eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1223         <zoom id="0n55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1224         <zoom id="1.5n55eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1225         <zoom id="4n55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1226       <!--   65e   --> 
    1227         <zoom id="15n65eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1228       <!--   67e   --> 
    1229         <zoom id="16s67eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1230         <zoom id="12s67eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1231         <zoom id="8s67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1232         <zoom id="4s67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1233         <zoom id="1.5s67eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1234         <zoom id="0n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1235         <zoom id="1.5n67eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1236         <zoom id="4n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1237         <zoom id="8n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1238       <!--   80.5e   --> 
    1239         <zoom id="16s80.5eT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1240         <zoom id="12s80.5eT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1241         <zoom id="8s80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1242         <zoom id="4s80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1243         <zoom id="1.5s80.5eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1244         <zoom id="0n80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1245         <zoom id="1.5n80.5eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1246         <zoom id="4n80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1247       <!--   90e   --> 
    1248         <zoom id="1.5s90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1249         <zoom id="0n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1250         <zoom id="1.5n90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1251         <zoom id="4n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1252         <zoom id="8n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1253         <zoom id="12n90eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1254         <zoom id="15n90eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1255       <!--   95e   --> 
    1256         <zoom id="16s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1257         <zoom id="12s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1258         <zoom id="8s95eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1259         <zoom id="5s95eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1260     <!--   PIRATA   --> 
    1261       <!--   38w-30w   --> 
    1262         <zoom id="19s34wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1263         <zoom id="14s32wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1264         <zoom id="8s30wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1265         <zoom id="0n35wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1266         <zoom id="4n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1267         <zoom id="8n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1268         <zoom id="12n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1269         <zoom id="15n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1270         <zoom id="20n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1271       <!--   23w   --> 
    1272         <zoom id="0n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1273         <zoom id="4n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1274         <zoom id="12n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1275         <zoom id="21n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1276       <!--   10w   --> 
    1277         <zoom id="10s10wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1278         <zoom id="6s10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1279         <zoom id="0n10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1280       <!--   0e   --> 
    1281         <zoom id="0n0eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
    1282       </grid> 
    1283  
    1284       <grid id="grid_U" description="grid U" > 
    1285     <!--   Eq section   --> 
    1286         <zoom id="EqU" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
    1287       </grid> 
    1288  
    1289       <grid id="grid_V" description="grid V" > 
    1290       </grid> 
    1291  
    1292       <grid id="grid_W" description="grid W" > 
    1293     <!--   Eq section   --> 
    1294         <zoom id="EqW" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
    1295       </grid> 
    1296  
    1297       <grid id="scalarpoint" description="scalar" > 
    1298         <zoom id="1point" ibegin="1" jbegin="1" ni="1" nj="1" /> 
    1299       </grid> 
    1300  
    1301     </grid_definition>     
    1302      
    1303   </context> 
    1304  
     153   
    1305154</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/IDL_scripts/std_ts_S.pro

    r1 r46  
    3131 
    3232; read exp1 data 
    33   std_ts_read, vsal, date1, date2, prefix, suffix, ts_Sal, ts_z $ 
     33  std_ts_read, vsal, date1, date2, prefix, suffix, ts_Sal, ts_z, masknp $ 
    3434               , WITHSSH = vssh, SSHPREFIX = sshprefix, SSHSUFFIX = sshsuffix, LEVZ = levz 
    3535 
    … …  
    6262; read exp2 data 
    6363    tsave = time 
    64     std_ts_read, vsal2, date1_2, date2_2, prefix2, suffix2, ts_Sal2, ts_z2 $ 
     64    std_ts_read, vsal2, date1_2, date2_2, prefix2, suffix2, ts_Sal2, ts_z2, masknp $ 
    6565                 , WITHSSH = vssh2, SSHPREFIX = sshprefix2, SSHSUFFIX = sshsuffix2, LEVZ = levz 
    6666    time = tsave   &   IF n_elements(time) NE jpt THEN stop 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/IDL_scripts/std_ts_T.pro

    r1 r46  
    3131 
    3232; read exp1 data 
    33   std_ts_read, vtemp, date1, date2, prefix, suffix, ts_Temp, ts_z $ 
     33  std_ts_read, vtemp, date1, date2, prefix, suffix, ts_Temp, ts_z, masknp $ 
    3434               , WITHSSH = vssh, SSHPREFIX = sshprefix, SSHSUFFIX = sshsuffix, LEVZ = levz 
    3535 
    … …  
    6262; read exp2 data 
    6363    tsave = time 
    64     std_ts_read, vtemp2, date1_2, date2_2, prefix2, suffix2, ts_Temp2, ts_z2 $ 
     64    std_ts_read, vtemp2, date1_2, date2_2, prefix2, suffix2, ts_Temp2, ts_z2, masknp $ 
    6565                 , WITHSSH = vssh2, SSHPREFIX = sshprefix2, SSHSUFFIX = sshsuffix2, LEVZ = levz 
    6666    time = tsave   &   IF n_elements(time) NE jpt THEN stop 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/IDL_scripts/std_ts_read.pro

    r1 r46  
    1 PRO std_ts_read, var_name, dt1, dt2, prefix, suffix, ts, ts_z $ 
     1PRO std_ts_read, var_name, dt1, dt2, prefix, suffix, ts, ts_z, masknp $ 
    22                 , WITHSSH = withssh, SSHPREFIX = sshprefix, SSHSUFFIX = sshsuffix, LEVZ = levz 
    33 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/cpp_ORCA2_LIM.fcm

    r1 r46  
    1  bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_iomput  
     1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_iomput key_mpp_mpi 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_top

    r7 r46  
    1616   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    1717   nn_rsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
    18                            !                  = 1 do not use the value in the restart file 
    19                            !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
     18                             !                  = 1 do not use the value in the restart file 
     19                             !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
    2020   cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (input) 
    2121   cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (output) 
    22    ln_trcdta     =   .true. !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     22   ln_trcdta     =   .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     23   ln_trcdmp     =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
    2324! 
    2425!                !    name   !           title of the field              ! initial data ! initial data ! save   ! 
    … …  
    3435   sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3536   sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    36    sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     37   sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    3738   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3839   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    … …  
    114115&namtrc_dmp    !   passive tracer newtonian damping    
    115116!----------------------------------------------------------------------- 
    116    ln_trcdmp   =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
    117117   nn_hdmp_tr  =   -1      !  horizontal shape =-1, damping in Med and Red Seas only 
    118118                           !                   =XX, damping poleward of XX degrees (XX>0) 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/cpp_ORCA2_LIM_PISCES.fcm

    r1 r46  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_top key_pisces key_iomput  
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_top key_pisces key_iomput key_mpp_mpi 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_top

    r7 r46  
    1616   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    1717   nn_rsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
    18                            !                  = 1 do not use the value in the restart file 
    19                            !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
     18                             !                  = 1 do not use the value in the restart file 
     19                             !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
    2020   cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (input) 
    2121   cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (output) 
    22    ln_trcdta     =   .true. !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     22   ln_trcdta     =   .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     23   ln_trcdmp     =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
    2324! 
    2425!                !    name   !           title of the field              ! initial data ! initial data ! save   ! 
    … …  
    3435   sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3536   sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    36    sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     37   sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    3738   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3839   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    … …  
    114115&namtrc_dmp    !   passive tracer newtonian damping    
    115116!----------------------------------------------------------------------- 
    116    ln_trcdmp   =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
    117117   nn_hdmp_tr  =   -1      !  horizontal shape =-1, damping in Med and Red Seas only 
    118118                           !                   =XX, damping poleward of XX degrees (XX>0) 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/cpp_ORCA2_OFF_PISCES.fcm

    r1 r46  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_top key_offline key_pisces key_iomput  
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_top key_offline key_pisces key_iomput key_mpp_mpi 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/makenemo

    r15 r46  
    6969# ========== 
    7070# 
    71 # $Id: makenemo 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     71# $Id: makenemo 3415 2012-06-15 13:29:37Z rblod $ 
    7272# 
    7373# 
    … …  
    298298#- Compile --- 
    299299 
     300#IO server first as a library 
     301cd $MAIN_DIR/EXTERNAL/XIOS 
     302   fcm build -j 1 --ignore-lock || exit 
     303cd - 
     304  
     305 
     306 
    300307if [ "${NBR_PRC}" -gt 0 ]; then 
    301308    cd ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF} || cd - 
    … …  
    308315    fcm build ${x_c} --ignore-lock -v ${x_v} -j ${NBR_PRC} ${COMPIL_DIR}/$USEBLD || cd - 
    309316    [ -f ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/nemo.exe ] && ln -sf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/nemo.exe  ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00/opa 
    310     [ -f ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/server.exe ] && ln -sf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/server.exe  ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00/server.exe 
     317    [ -f $MAIN_DIR/EXTERNAL/XIOS/bin/xios_server.exe ] && ln -sf $MAIN_DIR/EXTERNAL/XIOS/bin/xios_server.exe  ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00/xios_server.exe 
    311318 
    312319#add remove for clean option 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_3/limistate.F90

    r7 r46  
    4949   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5050   !! NEMO/LIM3 4.0 , UCL - NEMO Consortium (2011) 
    51    !! $Id: limistate.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     51   !! $Id: limistate.F90 3349 2012-04-11 08:31:17Z rblod $ 
    5252   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5353   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    460460      ! 4) Moments for advection 
    461461      !-------------------------------------------------------------------- 
     462 
     463      sxopw (:,:) = 0.e0  
     464      syopw (:,:) = 0.e0  
     465      sxxopw(:,:) = 0.e0  
     466      syyopw(:,:) = 0.e0  
     467      sxyopw(:,:) = 0.e0 
    462468 
    463469      sxice (:,:,:)  = 0.e0   ;   sxsn (:,:,:)  = 0.e0   ;   sxa  (:,:,:)  = 0.e0 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_3/limthd_dif.F90

    r7 r46  
    3434   !!---------------------------------------------------------------------- 
    3535   !! NEMO/LIM3 4.0 , UCL - NEMO Consortium (2011) 
    36    !! $Id: limthd_dif.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     36   !! $Id: limthd_dif.F90 3351 2012-04-11 12:16:00Z rblod $ 
    3737   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    3838   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    102102      INTEGER ::   nconv       ! number of iterations in iterative procedure 
    103103      INTEGER ::   minnumeqmin, maxnumeqmax 
    104  
    105       INTEGER , POINTER, DIMENSION(:) ::   numeqmin   ! reference number of top equation 
    106       INTEGER , POINTER, DIMENSION(:) ::   numeqmax   ! reference number of bottom equation 
    107       INTEGER , POINTER, DIMENSION(:) ::   isnow      ! switch for presence (1) or absence (0) of snow 
    108  
    109       !! * New local variables        
    110       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   ztcond_i   !Ice thermal conductivity 
    111       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   zradtr_i   !Radiation transmitted through the ice 
    112       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   zradab_i   !Radiation absorbed in the ice 
    113       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   zkappa_i   !Kappa factor in the ice 
    114  
    115       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   zradtr_s   !Radiation transmited through the snow 
    116       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   zradab_s   !Radiation absorbed in the snow 
    117       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   zkappa_s   !Kappa factor in the snow 
    118  
    119       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   ztiold      !Old temperature in the ice 
    120       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   zeta_i      !Eta factor in the ice  
    121       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   ztitemp     !Temporary temperature in the ice to check the convergence 
    122       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   zspeche_i   !Ice specific heat 
    123       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   z_i         !Vertical cotes of the layers in the ice 
    124  
    125       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   zeta_s      !Eta factor in the snow 
    126       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   ztstemp     !Temporary temperature in the snow to check the convergence 
    127       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   ztsold      !Temporary temperature in the snow 
    128       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::   z_s         !Vertical cotes of the layers in the snow 
    129  
    130       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:)   ::   zindterm    ! Independent term 
    131       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:)   ::   zindtbis    ! temporary independent term 
    132       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:)   ::   zdiagbis 
    133       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) ::   ztrid       ! tridiagonal system terms 
    134  
    135       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   ztfs        ! ice melting point 
    136       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   ztsuold     ! old surface temperature (before the iterative procedure ) 
    137       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   ztsuoldit   ! surface temperature at previous iteration 
    138       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   zh_i        ! ice layer thickness 
    139       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   zh_s        ! snow layer thickness 
    140       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   zfsw        ! solar radiation absorbed at the surface 
    141       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   zf          ! surface flux function 
    142       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   dzf         ! derivative of the surface flux function 
    143  
     104      INTEGER, DIMENSION(kiut) ::   numeqmin   ! reference number of top equation 
     105      INTEGER, DIMENSION(kiut) ::   numeqmax   ! reference number of bottom equation 
     106      INTEGER, DIMENSION(kiut) ::   isnow      ! switch for presence (1) or absence (0) of snow 
    144107      REAL(wp) ::   zeps      =  1.e-10_wp    ! 
    145108      REAL(wp) ::   zg1s      =  2._wp        ! for the tridiagonal system 
    … …  
    150113      REAL(wp) ::   zkimin    =  0.10_wp      ! minimum ice thermal conductivity 
    151114      REAL(wp) ::   zht_smin  =  1.e-4_wp     ! minimum snow depth 
    152  
    153115      REAL(wp) ::   ztmelt_i    ! ice melting temperature 
    154116      REAL(wp) ::   zerritmax   ! current maximal error on temperature  
    155       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   zerrit       ! current error on temperature  
    156       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   zdifcase     ! case of the equation resolution (1->4) 
    157       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   zftrice      ! solar radiation transmitted through the ice 
    158       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:) ::   zihic, zhsu 
     117      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   ztfs        ! ice melting point 
     118      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   ztsuold     ! old surface temperature (before the iterative procedure ) 
     119      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   ztsuoldit   ! surface temperature at previous iteration 
     120      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   zh_i        ! ice layer thickness 
     121      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   zh_s        ! snow layer thickness 
     122      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   zfsw        ! solar radiation absorbed at the surface 
     123      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   zf          ! surface flux function 
     124      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   dzf         ! derivative of the surface flux function 
     125      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   zerrit      ! current error on temperature 
     126      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   zdifcase    ! case of the equation resolution (1->4) 
     127      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   zftrice     ! solar radiation transmitted through the ice 
     128      REAL(wp), DIMENSION(kiut) ::   zihic, zhsu 
     129      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_i) ::   ztcond_i    ! Ice thermal conductivity 
     130      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_i) ::   zradtr_i    ! Radiation transmitted through the ice 
     131      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_i) ::   zradab_i    ! Radiation absorbed in the ice 
     132      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_i) ::   zkappa_i    ! Kappa factor in the ice 
     133      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_i) ::   ztiold      ! Old temperature in the ice 
     134      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_i) ::   zeta_i      ! Eta factor in the ice 
     135      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_i) ::   ztitemp     ! Temporary temperature in the ice to check the convergence 
     136      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_i) ::   zspeche_i   ! Ice specific heat 
     137      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_i) ::   z_i         ! Vertical cotes of the layers in the ice 
     138      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_s) ::   zradtr_s    ! Radiation transmited through the snow 
     139      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_s) ::   zradab_s    ! Radiation absorbed in the snow 
     140      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_s) ::   zkappa_s    ! Kappa factor in the snow 
     141      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_s) ::   zeta_s       ! Eta factor in the snow 
     142      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_s) ::   ztstemp      ! Temporary temperature in the snow to check the convergence 
     143      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_s) ::   ztsold       ! Temporary temperature in the snow 
     144      REAL(wp), DIMENSION(kiut,0:nlay_s) ::   z_s          ! Vertical cotes of the layers in the snow 
     145      REAL(wp), DIMENSION(kiut,jkmax+2) ::   zindterm   ! Independent term 
     146      REAL(wp), DIMENSION(kiut,jkmax+2) ::   zindtbis   ! temporary independent term 
     147      REAL(wp), DIMENSION(kiut,jkmax+2) ::   zdiagbis 
     148      REAL(wp), DIMENSION(kiut,jkmax+2,3) ::   ztrid   ! tridiagonal system terms 
    159149      !!------------------------------------------------------------------ 
    160       ! 
    161       CALL wrk_alloc( kiut, numeqmin, numeqmax, isnow )   ! integer 
    162       CALL wrk_alloc( kiut,nlay_i+1, ztcond_i, zradtr_i, zradab_i, zkappa_i, ztiold, zeta_i, ztitemp, zspeche_i, z_i, kjstart=0 ) 
    163       CALL wrk_alloc( kiut,nlay_s+1, zradtr_s, zradab_s, zkappa_s, zeta_s, ztstemp, ztsold, z_s, kjstart=0 ) 
    164       CALL wrk_alloc( kiut,jkmax+2, zindterm, zindtbis, zdiagbis ) 
    165       CALL wrk_alloc( kiut,jkmax+2,3, ztrid ) 
    166       CALL wrk_alloc( kiut, ztfs, ztsuold, ztsuoldit, zh_i, zh_s, zfsw, zf, dzf ) 
    167       CALL wrk_alloc( kiut, zerrit, zdifcase, zftrice, zihic, zhsu ) 
    168  
     150       
     151      !  
    169152      !------------------------------------------------------------------------------! 
    170153      ! 1) Initialization                                                            ! 
    … …  
    772755      ENDIF 
    773756      ! 
    774       CALL wrk_dealloc( kiut, numeqmin, numeqmax, isnow )   ! integer 
    775       CALL wrk_dealloc( kiut,nlay_i+1, ztcond_i, zradtr_i, zradab_i, zkappa_i, ztiold, zeta_i, ztitemp, zspeche_i, z_i, kjstart=0 ) 
    776       CALL wrk_dealloc( kiut,nlay_s+1, zradtr_s, zradab_s, zkappa_s, zeta_s, ztstemp, ztsold, z_s, kjstart=0 ) 
    777       CALL wrk_dealloc( kiut,jkmax+2, zindterm, zindtbis, zdiagbis ) 
    778       CALL wrk_dealloc( kiut,jkmax+2,3, ztrid ) 
    779       CALL wrk_dealloc( kiut, ztfs, ztsuold, ztsuoldit, zh_i, zh_s, zfsw, zf, dzf ) 
    780       CALL wrk_dealloc( kiut, zerrit, zdifcase, zftrice, zihic, zhsu ) 
    781  
    782757   END SUBROUTINE lim_thd_dif 
    783758 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/BDY/bdyice_lim2.F90

    r1 r46  
    5353            CYCLE 
    5454         CASE(jp_frs) 
    55             CALL bdy_ice_frs( idx_bdy(ib_bdy), dta_idx(ib_bdy) ) 
     55            CALL bdy_ice_frs( idx_bdy(ib_bdy), dta_bdy(ib_bdy) ) 
    5656         CASE DEFAULT 
    5757            CALL ctl_stop( 'bdy_ice_lim_2 : unrecognised option for open boundaries for ice fields' ) 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diaptr.F90

    r7 r46  
    8787   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8888   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    89    !! $Id: diaptr.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $  
     89   !! $Id: diaptr.F90 3385 2012-05-08 08:59:30Z charris $  
    9090   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    9191   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    332332      !!---------------------------------------------------------------------- 
    333333      USE oce,     vt  =>   ua   ! use ua as workspace 
    334       USE oce,     vs  =>   ua   ! use ua as workspace 
     334      USE oce,     vs  =>   va   ! use va as workspace 
    335335      IMPLICIT none 
    336336      !! 
    … …  
    378378                     zv = ( vn(ji,jj,jk) + vn(ji,jj-1,jk) ) * 0.5_wp 
    379379#endif  
    380                      vt(:,jj,jk) = zv * tsn(:,jj,jk,jp_tem) 
    381                      vs(:,jj,jk) = zv * tsn(:,jj,jk,jp_sal) 
     380                     vt(ji,jj,jk) = zv * tsn(ji,jj,jk,jp_tem) 
     381                     vs(ji,jj,jk) = zv * tsn(ji,jj,jk,jp_sal) 
    382382                  END DO 
    383383               END DO 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DYN/dynspg.F90

    r7 r46  
    4545   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4646   !! NEMO/OPA 3.2 , LODYC-IPSL  (2009) 
    47    !! $Id: dynspg.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $  
     47   !! $Id: dynspg.F90 3322 2012-03-06 16:44:02Z rfurner $  
    4848   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    4949   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    106106                  &                   + ssh_ibb(ji+1,jj) - ssh_ibb(ji,jj)  ) /e1u(ji,jj) 
    107107               spgv(ji,jj) =  zg_2 * (  ssh_ib (ji,jj+1) - ssh_ib (ji,jj)    & 
    108                   &                   + ssh_ibb(ji,jj+1) - ssh_ib (ji,jj)  ) /e2v(ji,jj) 
     108                  &                   + ssh_ibb(ji,jj+1) - ssh_ibb(ji,jj)  ) /e2v(ji,jj) 
    109109            END DO 
    110110         END DO 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90

    r37 r46  
    7373   !!---------------------------------------------------------------------- 
    7474   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    75    !! $Id: iom.F90 3104 2011-11-15 10:08:25Z cetlod $ 
     75   !! $Id: iom.F90 3415 2012-06-15 13:29:37Z rblod $ 
    7676   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    7777   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/prtctl.F90

    r7 r46  
    3333   !!---------------------------------------------------------------------- 
    3434   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    35    !! $Id: prtctl.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $  
     35   !! $Id: prtctl.F90 3332 2012-03-20 09:27:17Z sga $  
    3636   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    3737   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    118118      IF( PRESENT(tab2d_1) )   ztab2d_1(:,:)        = tab2d_1(:,:) 
    119119      IF( PRESENT(tab2d_2) )   ztab2d_2(:,:)        = tab2d_2(:,:) 
    120       IF( PRESENT(tab3d_1) )   ztab3d_1(:,:,1:kdir) = tab3d_1(:,:,:) 
    121       IF( PRESENT(tab3d_2) )   ztab3d_2(:,:,1:kdir) = tab3d_2(:,:,:) 
     120      IF( PRESENT(tab3d_1) )   ztab3d_1(:,:,1:kdir) = tab3d_1(:,:,1:kdir) 
     121      IF( PRESENT(tab3d_2) )   ztab3d_2(:,:,1:kdir) = tab3d_2(:,:,1:kdir) 
    122122      IF( PRESENT(mask1)   )   zmask1  (:,:,:)      = mask1  (:,:,:) 
    123123      IF( PRESENT(mask2)   )   zmask2  (:,:,:)      = mask2  (:,:,:) 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcmod.F90

    r43 r46  
    6363   !!---------------------------------------------------------------------- 
    6464   !! NEMO/OPA 4.0 , NEMO-consortium (2011)  
    65    !! $Id: sbcmod.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     65   !! $Id: sbcmod.F90 3415 2012-06-15 13:29:37Z rblod $ 
    6666   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    6767   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    240240      !                                            ! ---------------------------------------- ! 
    241241 
    242 !     CALL iom_setkt( kt + nn_fsbc - 1 )                 ! in sbc, iom_put is called every nn_fsbc time step 
     242!      CALL iom_setkt( kt + nn_fsbc - 1 )                 ! in sbc, iom_put is called every nn_fsbc time step 
    243243      ! 
    244244      IF( ln_apr_dyn ) CALL sbc_apr( kt )                ! atmospheric pressure provided at kt+0.5*nn_fsbc 
    … …  
    343343      ENDIF 
    344344      ! 
    345 !     CALL iom_setkt( kt )           ! iom_put outside of sbc is called at every time step 
     345!      CALL iom_setkt( kt )           ! iom_put outside of sbc is called at every time step 
    346346      ! 
    347347      CALL iom_put( "utau", utau )   ! i-wind stress   (stress can be updated at  

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRA/traldf_iso_grif.F90

    r7 r46  
    4646   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4747   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    48    !! $Id: traldf_iso_grif.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     48   !! $Id: traldf_iso_grif.F90 3389 2012-05-14 14:52:22Z agn $ 
    4949   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5050   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    225225            DO jj = 2, jpjm1 
    226226               DO ji = fs_2, fs_jpim1  ! vector opt. 
    227                   zw3d(ji,jj,jk) = (psiy_eiv(ji,jj,jk) - psiy_eiv(ji,jj-1,jk))/e2v(ji,jj) + & 
    228                        &    (psix_eiv(ji,jj,jk) - psix_eiv(ji-1,jj,jk))/e1u(ji,jj) ! w_eiv = dpsiy/dy + dpsiy/dx 
     227                  zw3d(ji,jj,jk) = (psiy_eiv(ji,jj,jk) - psiy_eiv(ji,jj-1,jk))/e2t(ji,jj) + & 
     228                       &    (psix_eiv(ji,jj,jk) - psix_eiv(ji-1,jj,jk))/e1t(ji,jj) ! w_eiv = dpsiy/dy + dpsiy/dx 
    229229               END DO 
    230230            END DO 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ZDF/zdfddm.F90

    r7 r46  
    4545   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4646   !! NEMO/OPA 4.0 , NEMO Consortium (2011) 
    47    !! $Id: zdfddm.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     47   !! $Id: zdfddm.F90 3348 2012-04-11 08:25:58Z rblod $ 
    4848   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    4949   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    227227      ENDIF 
    228228      ! 
    229       !                              ! allocate zdfddm arrays 
     229      !                               ! allocate zdfddm arrays 
    230230      IF( zdf_ddm_alloc() /= 0 )   CALL ctl_stop( 'STOP', 'zdf_ddm_init : unable to allocate arrays' ) 
     231      !                               ! initialization to masked Kz 
     232      avs(:,:,:) = rn_avt0 * tmask(:,:,:)  
    231233      ! 
    232234   END SUBROUTINE zdf_ddm_init 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ZDF/zdftke.F90

    r43 r46  
    8686   REAL(wp)        , ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::   htau           ! depth of tke penetration (nn_htau) 
    8787   REAL(wp)        , ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   dissl          ! now mixing lenght of dissipation 
     88   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   avt_k , avm_k  ! not enhanced Kz 
     89   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   avmu_k, avmv_k ! not enhanced Kz 
    8890#if defined key_c1d 
    8991   !                                                                        !!** 1D cfg only  **   ('key_c1d') 
    … …  
    9799   !!---------------------------------------------------------------------- 
    98100   !! NEMO/OPA 4.0 , NEMO Consortium (2011) 
    99    !! $Id: zdftke.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     101   !! $Id: zdftke.F90 3406 2012-06-05 16:32:34Z rblod $ 
    100102   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    101103   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    111113         &      e_pdl(jpi,jpj,jpk) , e_ric(jpi,jpj,jpk) ,                          & 
    112114#endif 
    113          &      en   (jpi,jpj,jpk) , htau (jpi,jpj)     , dissl(jpi,jpj,jpk) , STAT= zdf_tke_alloc ) 
     115         &      en    (jpi,jpj,jpk) , htau  (jpi,jpj)    , dissl(jpi,jpj,jpk) ,     &  
     116         &      avt_k (jpi,jpj,jpk) , avm_k (jpi,jpj,jpk),                          & 
     117         &      avmu_k(jpi,jpj,jpk) , avmv_k(jpi,jpj,jpk), STAT= zdf_tke_alloc      ) 
    114118         ! 
    115119      IF( lk_mpp             )   CALL mpp_sum ( zdf_tke_alloc ) 
    … …  
    167171      !!---------------------------------------------------------------------- 
    168172      ! 
     173      IF( kt /= nit000 ) THEN   ! restore before value to compute tke 
     174         avt (:,:,:) = avt_k (:,:,:)  
     175         avm (:,:,:) = avm_k (:,:,:)  
     176         avmu(:,:,:) = avmu_k(:,:,:)  
     177         avmv(:,:,:) = avmv_k(:,:,:)  
     178      ENDIF  
     179      ! 
    169180      CALL tke_tke      ! now tke (en) 
    170181      ! 
    171182      CALL tke_avn      ! now avt, avm, avmu, avmv 
     183      ! 
     184      avt_k (:,:,:) = avt (:,:,:)  
     185      avm_k (:,:,:) = avm (:,:,:)  
     186      avmu_k(:,:,:) = avmu(:,:,:)  
     187      avmv_k(:,:,:) = avmv(:,:,:)  
    172188      ! 
    173189   END SUBROUTINE zdf_tke 
    … …  
    810826        !                                   ! ------------------- 
    811827        IF(lwp) WRITE(numout,*) '---- tke-rst ----' 
    812         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'en'   , en    ) 
    813         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'avt'  , avt   ) 
    814         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'avm'  , avm   ) 
    815         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'avmu' , avmu  ) 
    816         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'avmv' , avmv  ) 
    817         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'dissl', dissl ) 
     828        CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'en'   , en     ) 
     829        CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'avt'  , avt_k  ) 
     830        CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'avm'  , avm_k  ) 
     831        CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'avmu' , avmu_k ) 
     832        CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'avmv' , avmv_k ) 
     833        CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrow, 'dissl', dissl  ) 
    818834        ! 
    819835     ENDIF 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/nemogcm.F90

    r33 r46  
    8686   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8787   !! NEMO/OPA 4.0 , NEMO Consortium (2011) 
    88    !! $Id: nemogcm.F90 3289 2012-01-27 14:37:34Z rblod $ 
     88   !! $Id: nemogcm.F90 3415 2012-06-15 13:29:37Z rblod $ 
    8989   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    9090   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    228228         CALL xios_initialize( "oceanx",local_comm=ilocal_comm ) 
    229229# else 
    230          CALL  xios_initialize( "nemo",return_comm=ilocal_comm )  
     230         CALL  xios_initialize( "nemo",return_comm=ilocal_comm ) 
    231231# endif 
    232232      ENDIF 
    … …  
    415415         WRITE(numout,*) '      number of proc. following j     nn_jsplt   = ', nn_jsplt 
    416416         WRITE(numout,*) '      benchmark parameter (0/1)       nn_bench   = ', nn_bench 
     417         WRITE(numout,*) '      timing activated    (0/1)       nn_timing  = ', nn_timing 
    417418      ENDIF 
    418419      ! 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/step.F90

    r36 r46  
    4747   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4848   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    49    !! $Id: step.F90 3217 2011-12-13 09:07:25Z cbricaud $ 
     49   !! $Id: step.F90 3415 2012-06-15 13:29:37Z rblod $ 
    5050   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5151   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    9393                             indic = 0                ! reset to no error condition 
    9494      IF( kstp /= nit000 )   CALL day( kstp )         ! Calendar (day was already called at nit000 in day_init) 
    95                              CALL iom_setkt( kstp -nit000 + 1 )   ! say to iom that we are at time step kstp 
     95                             CALL iom_setkt( kstp - nit000 + 1 )   ! say to iom that we are at time step kstp 
    9696 
    9797      !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/timing.F90

    r7 r46  
    7676   LOGICAL :: ln_onefile = .TRUE.  
    7777   LOGICAL :: lwriter 
    78  
    7978   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8079   !! NEMO/OPA 4.0 , NEMO Consortium (2011) 
    81    !! $Id: timing.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     80   !! $Id: timing.F90 3352 2012-04-11 12:56:01Z rblod $ 
    8281   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    8382   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    322321      IF( lwriter ) WRITE(numtime,*) 'Total timing (sum) :' 
    323322      IF( lwriter ) WRITE(numtime,*) '--------------------' 
    324       IF( lwriter ) WRITE(numtime,*) 'Elapsed Time (s)  ','CPU Time (s)' 
    325       IF( lwriter ) WRITE(numtime,'(5x,f12.3,2x,f12.3)')  tot_etime, tot_ctime 
     323      IF( lwriter ) WRITE(numtime,"('Elapsed Time (s)  CPU Time (s)')") 
     324      IF( lwriter ) WRITE(numtime,'(5x,f12.3,1x,f12.3)')  tot_etime, tot_ctime 
    326325      IF( lwriter ) WRITE(numtime,*)  
    327326#if defined key_mpp_mpi 
    … …  
    406405      TYPE(timer), POINTER :: sl_timer_ave      => NULL() 
    407406      INTEGER :: icode 
     407      INTEGER :: ierr 
    408408      LOGICAL :: ll_ord            
    409409      CHARACTER(len=200) :: clfmt               
    410410                  
    411411      ! Initialised the global strucutre    
    412       ALLOCATE(sl_timer_glob_root) 
    413       ALLOCATE(sl_timer_glob_root%cname     (jpnij)) 
    414       ALLOCATE(sl_timer_glob_root%tsum_cpu  (jpnij)) 
    415       ALLOCATE(sl_timer_glob_root%tsum_clock(jpnij)) 
    416       ALLOCATE(sl_timer_glob_root%niter     (jpnij)) 
     412      ALLOCATE(sl_timer_glob_root, Stat=ierr) 
     413      IF(ierr /= 0)THEN 
     414         WRITE(numtime,*) 'Failed to allocate global timing structure in waver_info' 
     415         RETURN 
     416      END IF 
     417 
     418      ALLOCATE(sl_timer_glob_root%cname     (jpnij), & 
     419               sl_timer_glob_root%tsum_cpu  (jpnij), & 
     420               sl_timer_glob_root%tsum_clock(jpnij), & 
     421               sl_timer_glob_root%niter     (jpnij), Stat=ierr) 
     422      IF(ierr /= 0)THEN 
     423         WRITE(numtime,*) 'Failed to allocate global timing structure in waver_info' 
     424         RETURN 
     425      END IF 
    417426      sl_timer_glob_root%cname(:)       = '' 
    418427      sl_timer_glob_root%tsum_cpu(:)   = 0._wp 
    … …  
    421430      sl_timer_glob_root%next => NULL() 
    422431      sl_timer_glob_root%prev => NULL() 
    423       ALLOCATE(sl_timer_glob) 
    424       ALLOCATE(sl_timer_glob%cname     (jpnij)) 
    425       ALLOCATE(sl_timer_glob%tsum_cpu  (jpnij)) 
    426       ALLOCATE(sl_timer_glob%tsum_clock(jpnij)) 
    427       ALLOCATE(sl_timer_glob%niter     (jpnij)) 
     432      !ARPDBG - don't need to allocate a pointer that's immediately then 
     433      !         set to point to some other object. 
     434      !ALLOCATE(sl_timer_glob) 
     435      !ALLOCATE(sl_timer_glob%cname     (jpnij)) 
     436      !ALLOCATE(sl_timer_glob%tsum_cpu  (jpnij)) 
     437      !ALLOCATE(sl_timer_glob%tsum_clock(jpnij)) 
     438      !ALLOCATE(sl_timer_glob%niter     (jpnij)) 
    428439      sl_timer_glob => sl_timer_glob_root 
    429440      ! 
    … …  
    451462         sl_timer_ave => sl_timer_ave_root             
    452463      ENDIF  
    453        
     464 
    454465      ! Gather info from all processors 
    455466      s_timer => s_timer_root 
    … …  
    467478                         sl_timer_glob%niter, 1, MPI_INTEGER,   & 
    468479                         0, MPI_COMM_OPA, icode) 
     480 
    469481         IF( narea == 1 .AND. ASSOCIATED(s_timer%next) ) THEN 
    470482            ALLOCATE(sl_timer_glob%next) 
    … …  
    479491         s_timer => s_timer%next 
    480492      END DO       
     493 
     494         WRITE(*,*) 'ARPDBG: timing: done gathers' 
    481495       
    482496      IF( narea == 1 ) THEN     
    … …  
    500514            ENDIF 
    501515            sl_timer_glob => sl_timer_glob%next                                 
    502          END DO          
     516         END DO 
     517 
     518         WRITE(*,*) 'ARPDBG: timing: done computing stats' 
    503519       
    504          ! reorder the avearged list by CPU time       
     520         ! reorder the averaged list by CPU time       
    505521         s_wrk => NULL() 
    506522         sl_timer_ave => sl_timer_ave_root 
    … …  
    509525            sl_timer_ave => sl_timer_ave_root 
    510526            DO WHILE( ASSOCIATED( sl_timer_ave%next ) ) 
    511             IF( .NOT. ASSOCIATED(sl_timer_ave%next) ) EXIT 
     527 
     528               IF( .NOT. ASSOCIATED(sl_timer_ave%next) ) EXIT 
     529 
    512530               IF ( sl_timer_ave%tsum_clock < sl_timer_ave%next%tsum_clock ) THEN  
    513531                  ALLOCATE(s_wrk) 
     532                  ! Copy data into the new object pointed to by s_wrk 
    514533                  s_wrk = sl_timer_ave%next 
     534                  ! Insert this new timer object before our current position 
    515535                  CALL insert  (sl_timer_ave, sl_timer_ave_root, s_wrk) 
     536                  ! Remove the old object from the list 
    516537                  CALL suppress(sl_timer_ave%next)             
    517538                  ll_ord = .FALSE. 
    518539                  CYCLE             
    519540               ENDIF            
    520             IF( ASSOCIATED(sl_timer_ave%next) ) sl_timer_ave => sl_timer_ave%next 
     541               IF( ASSOCIATED(sl_timer_ave%next) ) sl_timer_ave => sl_timer_ave%next 
    521542            END DO          
    522            IF( ll_ord ) EXIT 
     543            IF( ll_ord ) EXIT 
    523544         END DO 
    524545 
    525546         ! write averaged info 
    526          WRITE(numtime,*) 'Averaged timing on all processors :' 
    527          WRITE(numtime,*) '-----------------------------------' 
    528          WRITE(numtime,*) 'Section             ',                & 
    529          &   'Elapsed Time (s)  ','Elapsed Time (%)  ',          & 
    530          &   'CPU Time(s)  ','CPU Time (%)  ','CPU/Elapsed  ',   & 
    531          &   'Max Elapsed (%)  ','Min elapsed (%)  ',            &            
    532          &   'Frequency'  
     547         WRITE(numtime,"('Averaged timing on all processors :')") 
     548         WRITE(numtime,"('-----------------------------------')") 
     549         WRITE(numtime,"('Section',13x,'Elap. Time(s)',2x,'Elap. Time(%)',2x, & 
     550         &   'CPU Time(s)',2x,'CPU Time(%)',2x,'CPU/Elap',1x,   & 
     551         &   'Max elap(%)',2x,'Min elap(%)',2x,            &            
     552         &   'Freq')") 
    533553         sl_timer_ave => sl_timer_ave_root   
    534          clfmt = '(1x,a,4x,f12.3,6x,f12.3,x,f12.3,2x,f12.3,6x,f7.3,5x,f12.3,5x,f12.3,2x,f9.2)' 
     554         clfmt = '((A),E15.7,2x,f6.2,5x,f12.2,5x,f6.2,5x,f7.2,2x,f12.2,4x,f6.2,2x,f9.2)' 
    535555         DO WHILE ( ASSOCIATED(sl_timer_ave) ) 
    536             WRITE(numtime,TRIM(clfmt))   sl_timer_ave%cname,                            & 
     556            WRITE(numtime,TRIM(clfmt))   sl_timer_ave%cname(1:18),                            & 
    537557            &   sl_timer_ave%tsum_clock,sl_timer_ave%tsum_clock*100.*jpnij/tot_etime,   & 
    538558            &   sl_timer_ave%tsum_cpu  ,sl_timer_ave%tsum_cpu*100.*jpnij/tot_ctime  ,   & 
    … …  
    712732      !!---------------------------------------------------------------------- 
    713733      l_initdone = .TRUE.  
    714       IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    715       IF(lwp) WRITE(numout,*) 'timing_reset : instrumented routines for timing' 
    716       IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~' 
    717       CALL timing_list(s_timer_root) 
    718       WRITE(numout,*) 
     734!      IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     735!      IF(lwp) WRITE(numout,*) 'timing_reset : instrumented routines for timing' 
     736!      IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~' 
     737!      CALL timing_list(s_timer_root) 
     738!      WRITE(numout,*) 
    719739      ! 
    720740   END SUBROUTINE timing_reset 
    … …  
    734754      !!---------------------------------------------------------------------- 
    735755      !!               ***  ROUTINE insert  *** 
    736       !! ** Purpose :   insert an element in  imer structure 
     756      !! ** Purpose :   insert an element in timer structure 
    737757      !!---------------------------------------------------------------------- 
    738758      TYPE(timer), POINTER, INTENT(inout) :: sd_current, sd_root, sd_ptr 
    … …  
    740760      
    741761      IF( ASSOCIATED( sd_current, sd_root ) ) THEN 
     762         ! If our current element is the root element then 
     763         ! replace it with the one being inserted 
    742764         sd_root => sd_ptr 
    743765      ELSE 
    … …  
    747769      sd_ptr%prev     => sd_current%prev 
    748770      sd_current%prev => sd_ptr 
     771      ! Nullify the pointer to the new element now that it is held 
     772      ! within the list. If we don't do this then a subsequent call 
     773      ! to ALLOCATE memory to this pointer will fail. 
     774      sd_ptr => NULL() 
    749775      !     
    750776   END SUBROUTINE insert 
    … …  
    764790      IF ( ASSOCIATED(sl_temp%next) ) sl_temp%next%prev => sl_temp%prev 
    765791      DEALLOCATE(sl_temp) 
     792      sl_temp => NULL() 
    766793      ! 
    767794    END SUBROUTINE suppress 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zlys.F90

    r7 r46  
    4242   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4343   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    44    !! $Id: p4zlys.F90 3295 2012-01-30 15:49:07Z cetlod $  
     44   !! $Id: p4zlys.F90 3321 2012-03-05 17:10:55Z cetlod $  
    4545   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    4646   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    150150         IF( lk_iomput ) THEN 
    151151            zrfact2 = 1.e3 * rfact2r 
    152             CALL iom_put( "PH"    , hi      (:,:,:)                  * tmask(:,:,:) ) 
    153             CALL iom_put( "CO3"   , zco3    (:,:,:) * 1e+3           * tmask(:,:,:) ) 
    154             CALL iom_put( "CO3sat", aksp    (:,:,:) * 1e+3 / calcon  * tmask(:,:,:) ) 
    155             CALL iom_put( "DCAL"  , zcaldiss(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) ) 
     152            CALL iom_put( "PH"    , -1. * LOG10( hi(:,:,:) )                * tmask(:,:,:) ) 
     153            CALL iom_put( "CO3"   ,        zco3    (:,:,:) * 1e+3           * tmask(:,:,:) ) 
     154            CALL iom_put( "CO3sat",        aksp    (:,:,:) * 1e+3 / calcon  * tmask(:,:,:) ) 
     155            CALL iom_put( "DCAL"  ,        zcaldiss(:,:,:) * zrfact2        * tmask(:,:,:) ) 
    156156         ELSE 
    157             trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d    ) = hi  (:,:,:)          * tmask(:,:,:) 
    158             trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 1) = zco3(:,:,:)          * tmask(:,:,:) 
    159             trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 2) = aksp(:,:,:) / calcon * tmask(:,:,:) 
     157            trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d    ) = -1. * LOG10( hi(:,:,:) ) * tmask(:,:,:) 
     158            trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 1) = zco3(:,:,:)              * tmask(:,:,:) 
     159            trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 2) = aksp(:,:,:) / calcon     * tmask(:,:,:) 
    160160         ENDIF 
    161161         ! 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zsink.F90

    r7 r46  
    6565   !!---------------------------------------------------------------------- 
    6666   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    67    !! $Id: p4zsink.F90 3295 2012-01-30 15:49:07Z cetlod $  
     67   !! $Id: p4zsink.F90 3404 2012-06-02 11:52:06Z cetlod $  
    6868   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    6969   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    295295      ENDIF 
    296296      ! 
    297       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, znum3d ) 
     297      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, znum3d ) 
    298298      ! 
    299299      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('p4z_sink') 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcsms_pisces.F90

    r7 r46  
    4040   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4141   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    42    !! $Id: trcsms_pisces.F90 3295 2012-01-30 15:49:07Z cetlod $  
     42   !! $Id: trcsms_pisces.F90 3320 2012-03-05 16:37:52Z cetlod $  
    4343   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    4444   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    6060      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index       
    6161      !! 
    62       INTEGER ::   jnt, jn 
     62      INTEGER ::   jnt, jn, jl 
    6363      CHARACTER (len=25) :: charout 
     64      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:)  :: ztrdpis 
    6465      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6566      ! 
    … …  
    6869      IF( ln_pisdmp .AND. MOD( kt - nn_dttrc, nn_pisdmp ) == 0 )   CALL trc_sms_pisces_dmp( kt )  ! Relaxation of some tracers 
    6970                                                                   CALL trc_sms_pisces_mass_conserv( kt ) ! Mass conservation checking 
     71      IF( l_trdtrc )  THEN 
     72         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jp_pisces, ztrdpis )  
     73         DO jn = 1, jp_pisces 
     74            jl = jn + jp_pcs0 - 1 
     75            ztrdpis(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jl) 
     76         ENDDO 
     77      ENDIF 
    7078 
    7179      IF( ndayflxtr /= nday_year ) THEN      ! New days 
    … …  
    8290      ENDIF 
    8391 
     92 
    8493      DO jnt = 1, nrdttrc          ! Potential time splitting if requested 
    8594         ! 
    … …  
    8796         CALL p4z_sed (kt, jnt)    ! compute soft tissue remineralisation 
    8897         ! 
    89          trb(:,:,:,:) = trn(:,:,:,:) 
     98         DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
     99            trb(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jn) 
     100         ENDDO 
    90101         ! 
    91102      END DO 
     103 
     104      IF( l_trdtrc )  THEN 
     105         DO jn = 1, jp_pisces 
     106            jl = jn + jp_pcs0 - 1 
     107            ztrdpis(:,:,:,jn) = ( ztrdpis(:,:,:,jn) - trn(:,:,:,jl) ) * rfact2r 
     108         ENDDO 
     109      ENDIF 
    92110 
    93111      CALL p4z_lys( kt )             ! Compute CaCO3 saturation 
    … …  
    101119 
    102120      IF( l_trdtrc ) THEN 
    103           DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
    104             CALL trd_mod_trc( tra(:,:,:,jn), jn, jptra_trd_sms, kt )   ! save trends 
     121         DO jn = 1, jp_pisces 
     122            jl = jn + jp_pcs0 - 1 
     123             ztrdpis(:,:,:,jn) = ztrdpis(:,:,:,jn) + tra(:,:,:,jl) 
     124             CALL trd_mod_trc( ztrdpis(:,:,:,jn), jn, jptra_trd_sms, kt )   ! save trends 
    105125          END DO 
     126          CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jp_pisces, ztrdpis )  
    106127      END IF 
    107128 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trdmld_trc.F90

    r1 r46  
    3535   USE sms_pisces        ! PISCES bio-model 
    3636   USE sms_lobster       ! LOBSTER bio-model 
     37   USE wrk_nemo          ! Memory allocation 
    3738 
    3839   IMPLICIT NONE 
    … …  
    6768   !! * Substitutions 
    6869#  include "top_substitute.h90" 
     70#  include "zdfddm_substitute.h90" 
    6971   !!---------------------------------------------------------------------- 
    7072   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    … …  
    388390      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) ::   ztmlrad2            !  | (-> for trb<0 corr in trcrad) 
    389391      ! 
    390       CHARACTER (LEN= 5) ::   clvar 
     392      CHARACTER (LEN=10) ::   clvar 
    391393#if defined key_dimgout 
    392394      INTEGER ::   iyear,imon,iday 
    … …  
    801803               !-- Output the fields 
    802804               clvar = trim(ctrcnm(jn))//"ml"                        ! e.g. detml, zooml, nh4ml, etc. 
    803                CALL histwrite( nidtrd(jn), clvar         , it, tml_trc(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
    804                CALL histwrite( nidtrd(jn), clvar//"_tot" , it, ztmltot(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
    805                CALL histwrite( nidtrd(jn), clvar//"_res" , it, ztmlres(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
     805               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)         , it, tml_trc(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
     806               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//"_tot" , it, ztmltot(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
     807               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//"_res" , it, ztmlres(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
    806808            
    807809               DO jl = 1, jpltrd_trc - 2 
    808                   CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar//ctrd_trc(jl,2)),             & 
     810                  CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//trim(ctrd_trc(jl,2)),             & 
    809811                    &          it, tmltrd_trc(:,:,jl,jn), ndimtrd1, ndextrd1 ) 
    810812               END DO 
    811813 
    812                CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_radb,2)),    &  ! now trcrad    : jpltrd_trc - 1 
     814               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//trim(ctrd_trc(jpmld_trc_radb,2)),    &  ! now trcrad    : jpltrd_trc - 1 
    813815                    &          it, ztmlrad(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 ) 
    814816 
    815                CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_atf,2)),     &  ! now Asselin   : jpltrd_trc 
     817               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//trim(ctrd_trc(jpmld_trc_atf,2)),     &  ! now Asselin   : jpltrd_trc 
    816818                    &          it, ztmlatf(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 ) 
    817819                      
    … …  
    827829      ELSE                                                        ! <<< write the trends for passive tracer mean diagnostics 
    828830          
    829                   
    830831         DO jn = 1, jptra 
    831832            ! 
    … …  
    835836               clvar = trim(ctrcnm(jn))//"ml"                        ! e.g. detml, zooml, nh4ml, etc. 
    836837 
    837                CALL histwrite( nidtrd(jn), clvar         , it, tml_sum_trc(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 ) 
    838                CALL histwrite( nidtrd(jn), clvar//"_tot" , it,    ztmltot2(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
    839                CALL histwrite( nidtrd(jn), clvar//"_res" , it,    ztmlres2(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
     838               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)         , it, tml_sum_trc(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 ) 
     839               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//"_tot" , it,    ztmltot2(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
     840               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//"_res" , it,    ztmlres2(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 )  
    840841 
    841842               DO jl = 1, jpltrd_trc - 2 
    842                   CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar//ctrd_trc(jl,2)),           & 
     843                  CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//trim(ctrd_trc(jl,2)),           & 
    843844                    &          it, ztmltrd2(:,:,jl,jn), ndimtrd1, ndextrd1 ) 
    844845               END DO 
    845846             
    846                CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_radb,2)),   &  ! now trcrad    : jpltrd_trc - 1 
     847               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//trim(ctrd_trc(jpmld_trc_radb,2)),   &  ! now trcrad    : jpltrd_trc - 1 
    847848                 &          it, ztmlrad2(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 ) 
    848849 
    849                CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_atf,2)),    &  ! now Asselin   : jpltrd_trc 
     850               CALL histwrite( nidtrd(jn), trim(clvar)//trim(ctrd_trc(jpmld_trc_atf,2)),    &  ! now Asselin   : jpltrd_trc 
    850851                 &          it, ztmlatf2(:,:,jn), ndimtrd1, ndextrd1 ) 
    851852 
    … …  
    11481149      !!---------------------------------------------------------------------- 
    11491150      INTEGER :: inum   ! logical unit 
    1150       INTEGER :: ilseq, jl, jn 
     1151      INTEGER :: ilseq, jl, jn, iiter 
    11511152      REAL(wp) ::   zjulian, zsto, zout 
    11521153      CHARACTER (LEN=40) ::   clop 
    … …  
    11541155      CHARACTER (LEN=12) ::   clmxl 
    11551156      CHARACTER (LEN=16) ::   cltrcu 
    1156       CHARACTER (LEN= 5) ::   clvar 
     1157      CHARACTER (LEN=10) ::   clvar 
    11571158 
    11581159      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    11921193      ENDIF 
    11931194 
    1194       IF( ln_trcadv_muscl .AND. .NOT. ln_trdmld_trc_instant ) THEN 
     1195      IF( ( ln_trcadv_muscl .OR. ln_trcadv_muscl2 ) .AND. .NOT. ln_trdmld_trc_instant ) THEN 
    11951196         WRITE(numout,cform_err) 
    11961197         WRITE(numout,*) '                Currently, you can NOT use simultaneously tracer MUSCL    ' 
    … …  
    12051206      ENDIF 
    12061207 
    1207       IF( ln_trcadv_muscl2 .AND. .NOT. ln_trdmld_trc_instant ) THEN 
    1208          WRITE(numout,cform_err) 
    1209          WRITE(numout,*) '                Currently, you can NOT use simultaneously tracer MUSCL2    ' 
    1210          WRITE(numout,*) '                advection and window averaged diagnostics of ML trends.   ' 
    1211          WRITE(numout,*) '                WHY? Everything in trdmld_trc is coded for leap-frog, and ' 
    1212          WRITE(numout,*) '                MUSCL scheme is Euler forward for passive tracers (note   ' 
    1213          WRITE(numout,*) '                that MUSCL is leap-frog for active tracers T/S).          ' 
    1214          WRITE(numout,*) '                In particuliar, entrainment trend would be FALSE. However ' 
    1215          WRITE(numout,*) '                this residual is correct for instantaneous ML diagnostics.' 
    1216          WRITE(numout,*)  
    1217          nstop = nstop + 1 
    1218       ENDIF 
    1219  
    12201208      ! I.2 Initialize arrays to zero or read a restart file 
    12211209      ! ---------------------------------------------------- 
    … …  
    13021290#  endif 
    13031291      zout = nn_trd_trc * rdt 
     1292      iiter = ( nittrc000 - 1 ) / nn_dttrc 
    13041293 
    13051294      IF(lwp) WRITE (numout,*) '                netCDF initialization' 
    … …  
    13391328            CALL dia_nam( clhstnam, nn_trd_trc, csuff ) 
    13401329            CALL histbeg( clhstnam, jpi, glamt, jpj, gphit,                                            & 
    1341                &        1, jpi, 1, jpj, nittrc000, zjulian, rdt, nh_t(jn), nidtrd(jn), domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set ) 
     1330               &        1, jpi, 1, jpj, iiter, zjulian, rdt, nh_t(jn), nidtrd(jn), domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set ) 
    13421331       
    13431332            !-- Define the ML depth variable 
    … …  
    13521341          CALL dia_nam( clhstnam, nn_trd_trc, 'trdbio' ) 
    13531342          CALL histbeg( clhstnam, jpi, glamt, jpj, gphit,                                            & 
    1354              &             1, jpi, 1, jpj, nittrc000, zjulian, rdt, nh_tb, nidtrdbio, domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set ) 
     1343             &             1, jpi, 1, jpj, iiter, zjulian, rdt, nh_tb, nidtrdbio, domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set ) 
    13551344#endif 
    13561345 
    … …  
    13731362         IF( ln_trdtrc(jn) ) THEN 
    13741363            clvar = trim(ctrcnm(jn))//"ml"                           ! e.g. detml, zooml, no3ml, etc. 
    1375             CALL histdef(nidtrd(jn), clvar,           clmxl//" "//trim(ctrcnm(jn))//" Mixed Layer ",                         & 
     1364            CALL histdef(nidtrd(jn), trim(clvar),           clmxl//" "//trim(ctrcnm(jn))//" Mixed Layer ",                         & 
    13761365              & "mmole-N/m3", jpi, jpj, nh_t(jn), 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )            
    1377             CALL histdef(nidtrd(jn), clvar//"_tot"  , clmxl//" "//trim(ctrcnm(jn))//" Total trend ",                         &  
     1366            CALL histdef(nidtrd(jn), trim(clvar)//"_tot"  , clmxl//" "//trim(ctrcnm(jn))//" Total trend ",                         &  
    13781367              &       cltrcu, jpi, jpj, nh_t(jn), 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zout, zout )  
    1379             CALL histdef(nidtrd(jn), clvar//"_res"  , clmxl//" "//trim(ctrcnm(jn))//" dh/dt Entrainment (Resid.)",           &  
     1368            CALL histdef(nidtrd(jn), trim(clvar)//"_res"  , clmxl//" "//trim(ctrcnm(jn))//" dh/dt Entrainment (Resid.)",           &  
    13801369              &       cltrcu, jpi, jpj, nh_t(jn), 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zout, zout )                    
    13811370          
    13821371            DO jl = 1, jpltrd_trc - 2                                ! <== only true if jpltrd_trc == jpmld_trc_atf 
    1383                CALL histdef(nidtrd(jn), trim(clvar//ctrd_trc(jl,2)), clmxl//" "//clvar//ctrd_trc(jl,1),                      &  
     1372               CALL histdef(nidtrd(jn), trim(clvar)//trim(ctrd_trc(jl,2)), clmxl//" "//clvar//ctrd_trc(jl,1),                      &  
    13841373                 &    cltrcu, jpi, jpj, nh_t(jn), 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout ) ! IOIPSL: time mean 
    13851374            END DO                                                                         ! if zsto=rdt above 
    13861375          
    1387             CALL histdef(nidtrd(jn), trim(clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_radb,2)), clmxl//" "//clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_radb,1), &  
     1376            CALL histdef(nidtrd(jn), trim(clvar)//trim(ctrd_trc(jpmld_trc_radb,2)), clmxl//" "//clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_radb,1), &  
    13881377              &       cltrcu, jpi, jpj, nh_t(jn), 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zout, zout ) ! IOIPSL: NO time mean 
    13891378          
    1390             CALL histdef(nidtrd(jn), trim(clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_atf,2)), clmxl//" "//clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_atf,1),   &  
     1379            CALL histdef(nidtrd(jn), trim(clvar)//trim(ctrd_trc(jpmld_trc_atf,2)), clmxl//" "//clvar//ctrd_trc(jpmld_trc_atf,1),   &  
    13911380              &       cltrcu, jpi, jpj, nh_t(jn), 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zout, zout ) ! IOIPSL: NO time mean 
    13921381         ! 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trdmod_trc_oce.F90

    r1 r46  
    3838 
    3939   INTEGER, PARAMETER ::            & !: mixed layer trends indices 
    40         jpmld_trc_xad     =  1,     & !:     zonal      \ 
    41         jpmld_trc_yad     =  2,     & !:     meridonal   > advection 
    42         jpmld_trc_zad     =  3,     & !:     vertical   / 
     40        jpmld_trc_xad     =  1,     & !:     zonal       advection      
     41        jpmld_trc_yad     =  2,     & !:     meridonal   ========= 
     42        jpmld_trc_zad     =  3,     & !:     vertical    ========= 
    4343        jpmld_trc_ldf     =  4,     & !:     lateral diffusion (geopot. or iso-neutral) 
    4444        jpmld_trc_zdf     =  5,     & !:     vertical diffusion (TKE) 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcnam.F90

    r7 r46  
    3939   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4040   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    41    !! $Id: trcnam.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $  
     41   !! $Id: trcnam.F90 3319 2012-03-05 16:03:27Z cetlod $  
    4242   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    4343   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    6060      !! 
    6161      NAMELIST/namtrc/ nn_dttrc, nn_writetrc, ln_rsttr, nn_rsttr, & 
    62          &             cn_trcrst_in, cn_trcrst_out, sn_tracer, ln_trcdta 
     62         &             cn_trcrst_in, cn_trcrst_out, sn_tracer, ln_trcdta, ln_trcdmp 
    6363#if defined key_trdmld_trc  || defined key_trdtrc 
    6464      NAMELIST/namtrc_trd/ nn_trd_trc, nn_ctls_trc, rn_ucf_trc, & 
    … …  
    9292      END DO 
    9393      ln_trcdta = .FALSE. 
     94      ln_trcdmp = .FALSE. 
    9495 
    9596 
    … …  
    115116         WRITE(numout,*) '   restart  for passive tracer                  ln_rsttr      = ', ln_rsttr 
    116117         WRITE(numout,*) '   control of time step for passive tracer      nn_rsttr      = ', nn_rsttr 
    117          WRITE(numout,*) '    first time step for pass. trac.             nittrc000     = ', nittrc000 
    118          WRITE(numout,*) '    frequency of outputs for passive tracers    nn_writetrc   = ', nn_writetrc   
    119          WRITE(numout,*) '   Read inputs data from file                   ln_trcdta     = ', ln_trcdta 
     118         WRITE(numout,*) '   first time step for pass. trac.              nittrc000     = ', nittrc000 
     119         WRITE(numout,*) '   frequency of outputs for passive tracers     nn_writetrc   = ', nn_writetrc   
     120         WRITE(numout,*) '   Read inputs data from file (y/n)             ln_trcdta     = ', ln_trcdta 
     121         WRITE(numout,*) '   Damping of passive tracer (y/n)              ln_trcdmp     = ', ln_trcdmp 
    120122         WRITE(numout,*) ' ' 
    121123         DO jn = 1, jptra 
    … …  
    265267   !!---------------------------------------------------------------------- 
    266268   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    267    !! $Id: trcnam.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $  
     269   !! $Id: trcnam.F90 3319 2012-03-05 16:03:27Z cetlod $  
    268270   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    269271   !!====================================================================== 

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcstp.F90

    r7 r46  
    3333   !!---------------------------------------------------------------------- 
    3434   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    35    !! $Id: trcstp.F90 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $  
     35   !! $Id: trcstp.F90 3319 2012-03-05 16:03:27Z cetlod $  
    3636   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    3737   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    5656      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_start('trc_stp') 
    5757      ! 
    58       IF( kt == nittrc000 ) THEN 
    59                                CALL iom_close( numrtr )     ! close input  passive tracers restart file 
    60          IF( lk_trdmld_trc  )  CALL trd_mld_trc_init        ! trends: Mixed-layer 
    61       ENDIF 
     58      IF( kt == nittrc000 .AND. lk_trdmld_trc )  CALL trd_mld_trc_init    ! trends: Mixed-layer 
    6259      ! 
    63       IF( lk_vvl ) THEN                              ! update ocean volume due to ssh temporal evolution 
     60      IF( lk_vvl ) THEN                                                   ! update ocean volume due to ssh temporal evolution 
    6461         DO jk = 1, jpk 
    6562            cvol(:,:,jk) = e1e2t(:,:) * fse3t(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
    6663         END DO 
    67          IF( lk_degrad )  cvol(:,:,:) = cvol(:,:,:) * facvol(:,:,:)      ! degrad option: reduction by facvol 
     64         IF( lk_degrad )  cvol(:,:,:) = cvol(:,:,:) * facvol(:,:,:)       ! degrad option: reduction by facvol 
    6865         areatot         = glob_sum( cvol(:,:,:) ) 
    6966      ENDIF 

  • trunk/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-PW6_VARGAS

    r7 r46  
    6060  echo Directory is `pwd` 
    6161#  
    62 #  Run the parallel MPI executable  
    63 # 
    64   echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
     62#  Run the executable  
    6563# 
    6664  if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
     65  echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
    6766     time ${MPIRUN} ./opa 
    6867  else 
     68  echo "Running time ./opa" 
    6969     time ./opa 
    7070  fi 

  • trunk/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-X64_TITANE

    r7 r46  
    5454#  Run the parallel MPI executable  
    5555# 
     56  if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    5657  echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
    57 # 
    58   if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    5958     time ${MPIRUN} ./opa 
    6059  else 
     60  echo "Running time ./opa" 
    6161     time ./opa 
    6262  fi 

  • trunk/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-ifort_MERCATOR_CLUSTER

    r7 r46  
    5757#  Run the parallel MPI executable  
    5858# 
     59  if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    5960  echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
    60 # 
    61   if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    6261     time ${MPIRUN} ./opa 
    6362  else 
     63  echo "Running time ./opa" 
    6464     time ./opa 
    6565  fi 

  • trunk/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/sette_batch_template

    r7 r46  
    6464#  Run the parallel MPI executable  
    6565# 
     66  if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    6667  echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
    67 # 
    68  
    69   if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    7068     time ${MPIRUN} ./opa 
    7169  else 
     70  echo "Running time./opa" 
    7271     time ./opa 
    7372  fi 

  • trunk/NEMOGCM/SETTE/README

    r1 r46  
    3232                                    IT is mandatory to have different TEST_NAME for each job run if not existing files are re-written (for example namelist) 
    3333 
    34                fcm_job.sh needs input: input_CONFIG_NAME TOTAL_NUMBER_OF_PROCS_used TEST_NAME 
     34               prepare_job.sh generates the script to be executed  
     35                        input: INPUT_FILE_CONFIG_NAME NB_PROCS TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE_NAME 
     36 
     37               fcm_job.sh needs input: TOTAL_NUMBER_OF_PROCS_used JOB_FILE_NAME INTERACT_FLAG MPI_FLAG  
    3538                        (for example if you compile ORCA2_LIM with key_mpp_mpi  
    3639                        and only run short test ===> ./fcm_job input_ORCA2_LIM.cfg 4 SHORT) 

  • trunk/NEMOGCM/SETTE/fcm_job.sh

    r7 r46  
    66# fcm_job.sh   : simple job to run NEMO with fcm  
    77###################################################### 
    8 #set -x 
     8#set -vx 
    99set -o posix 
    1010#set -u 
    … …  
    2323# ======== 
    2424# 
    25 # :: 
     25# :: lauches the script $JOB_FILE interactive or batch, one task or MPI 
    2626# 
    27 #  $ ./fcm_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_INTERACT MPI_FLAG 
     27#  $ ./fcm_job.sh NUMBER_OF_PROCS JOB_FILE INTERACT MPI_FLAG 
    2828# 
    2929# 
    … …  
    3333# Simple job for SET TESTS for NEMO (SETTE) 
    3434#  
    35 #   get input files (if needed) : tar file   
    36 #  (note this job needs to have an input_CONFIG.cfg in which can be found input tar file name) 
    37 # 
    38 #   runs job in interactive or batch mode : all jobs using 1 process are run interactive, and all MPP jobs are 
    39 # 
    40 #   run in batch (MPI_INTERACT="no") or interactive (MPI_INTERACT="yes") see sette.sh and BATCH_TEMPLATE directory 
    41 # 
    42 #   and call post_test_tidyup function (that moves in NEMO_VALIDATION_DIR solver.stat, tracer.stat (for LOBSTER & PISCES) & ocean.output) 
     35#   
    4336# 
    4437# EXAMPLES 
    … …  
    4740# :: 
    4841# 
    49 #  $ ./fcm_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_INTERACT MPI_FLAG 
     42#  $ ./fcm_job.sh NUMBER_OF_PROCS JOB_FILE INTERACT MPI_FLAG 
    5043# 
    51 #  run a job of config GYRE with 1 processor SHORT test ( 5 days ) using an interactive run without mpirun 
    52 #  $ ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 1 SHORT yes no 
    53 # 
    54 #  run a job of config ORCA2_LIM_PISCES with 8 processors test RESTARTABILITY submitting the job to the batch queue system and using mpirun 
    55 #  $ ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 LONG no yes 
     44#  run a  
    5645# 
    5746# 
    … …  
    6554# ========== 
    6655# 
    67 # $Id: fcm_job.sh 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     56# $Id: fcm_job.sh 3336 2012-03-30 09:29:20Z clevy $ 
    6857# 
    6958# 
    … …  
    7463# 
    7564 
    76 usage=" Usage : ./fcm_job.sh input_CONFIG_NAME.cfg  NUMBER_OF_PROCS TEST_NAME INTERACT MPI_FLAG" 
    77 usage=" example : ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes no/yes" 
     65usage=" Usage : ./fcm_job.sh  NUMBER_OF_PROCS JOB_FILE INTERACT MPI_FLAG" 
     66usage=" example : ./fcm_job.sh 8 SHORT no/yes no/yes" 
    7867 
    7968 
    80 minargcount=2 
     69minargcount=4 
    8170        if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
    8271        then 
    83                 echo "not enought arguments for fcm_job.sh script" 
     72                echo "not enough arguments for fcm_job.sh script" 
    8473                echo "control number of argument of fcm_job.sh in sette.sh" 
    8574                echo "${usage}" 
    … …  
    9483export NB_PROCS=$1 
    9584export JOB_FILE=$2 
     85export INTERACT=$3 
     86export MPI_FLAG=$4 
    9687################################################################ 
    9788# RUN OPA 
    9889cd ${EXE_DIR} 
    99  
     90if [ "$INTERACT" == "yes" ]; then 
     91        eval $JOB_FILE 
     92else if [ "$INTERACT" == "no" ]; then 
    10093# submit job to batch system  
    101         if [ ${NB_PROC} -eq 1 ]; then 
    102            eval ${BATCH_COMMAND_SEQ} $JOB_FILE  
     94        if [ "$NB_PROC" == "1" ]; then 
     95           eval ${BATCH_COMMAND_SEQ} $JOB_FILE ; echo  ${BATCH_COMMAND_SEQ} $JOB_FILE 
    10396        else 
    104            eval ${BATCH_COMMAND_PAR} $JOB_FILE 
     97           eval ${BATCH_COMMAND_PAR} $JOB_FILE ; echo ${BATCH_COMMAND_PAR} $JOB_FILE 
    10598        fi 
    106  
     99fi 
     100fi 

  • trunk/NEMOGCM/SETTE/prepare_job.sh

    r7 r46  
    66# prepare_job.sh   : create the job script for running job  
    77###################################################### 
    8 #set -x 
     8#set -vx 
    99set -o posix 
    1010#set -u 
    1111#set -e 
    12 # 
     12#+ 
    1313# 
    1414# ================ 
    … …  
    2525# :: 
    2626# 
    27 #  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_INTERACT MPI_FLAG 
     27#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE 
    2828# 
    2929# 
    … …  
    3131# =========== 
    3232# 
    33 # Simple job for SET TESTS for NEMO (SETTE) 
     33# Part of the SETTE package to run tests for NEMO 
    3434#  
    35 #   get input files (if needed) : tar file   
    36 #  (note this job needs to have an input_CONFIG.cfg in which can be found input tar file name) 
    37 # 
    38 #   runs job in interactive or batch mode : all jobs using 1 process are run interactive, and all MPP jobs are 
    39 # 
    40 #   run in batch (MPI_INTERACT="no") or interactive (MPI_INTERACT="yes") see sette.sh and BATCH_TEMPLATE directory 
    41 # 
    42 #   and call post_test_tidyup function (that moves in NEMO_VALIDATION_DIR solver.stat, tracer.stat (for LOBSTER & PISCES) & ocean.output) 
     35# prepare the script $JOB_FILE to run the tests  
    4336# 
    4437# EXAMPLES 
    … …  
    4740# :: 
    4841# 
    49 #  $ ./fcm_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_INTERACT MPI_FLAG 
    50 # 
    51 #  run a job of config GYRE with 1 processor SHORT test ( 5 days ) using an interactive run without mpirun 
    52 #  $ ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 1 SHORT yes no 
    53 # 
    54 #  run a job of config ORCA2_LIM_PISCES with 8 processors test RESTARTABILITY submitting the job to the batch queue system and using mpirun 
    55 #  $ ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 LONG no yes 
     42#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG $JOB_FILE 
     43# 
     44# prepare the $JOB_FILE for execution  
    5645# 
    5746# 
    … …  
    6554# ========== 
    6655# 
    67 # $Id: fcm_job.sh 3050 2011-11-07 14:11:34Z acc $ 
     56# $Id: prepare_job.sh 3050 2011-11-07 14:11:34Z acc $ 
    6857# 
    6958# 
    … …  
    7463# 
    7564 
    76 usage=" Usage : ./fcm_job.sh input_CONFIG_NAME.cfg  NUMBER_OF_PROCS TEST_NAME INTERACT MPI_FLAG" 
    77 usage=" example : ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes no/yes" 
     65usage=" Usage : ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE" 
     66usage=" example : ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes $JOB_FILE" 
    7867 
    7968 
    … …  
    8170        if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
    8271        then 
    83                 echo "not enought arguments for fcm_job.sh script" 
    84                 echo "control number of argument of fcm_job.sh in sette.sh" 
     72                echo "not enough arguments for prepare_job.sh script" 
     73                echo "control number of argument of prepare_job.sh in sette.sh" 
    8574                echo "${usage}" 
    8675        exit 1 
    … …  
    165154    exit 1 
    166155fi 
    167 #if [ ${NB_PROC} == 1 ] ; then 
    168 #    echo "running opa" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    169 #    echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    170 #    ./opa 
    171 # 
    172 # Tidy out output from this test and populate the NEMO_VALIDATION_DIR tree 
    173 # 
    174 #    post_test_tidyup 
    175 #else 
    176 #    echo "running opa in MPI" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    177 #    echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    178  
    179 #    if [ ${MPI_INTERACT} == "yes" ] ; then 
    180 #       # 
    181 #       # example for brodie (NEC SX8) machine 
    182 #       #       mpirun -np ${NB_PROC} opa 
    183 #       # example for dedale machine 
    184 #       #       mpirun --mca btl self,tcp -np ${NB_PROC} opa 
    185 #       # example for vargas (IBM Power6) machine 
    186 #       mpiexec -n ${NB_PROC} opa 
    187 #       # 
    188 #       post_test_tidyup 
    189 #    fi 
    190 # 
     156 
    191157# example for NOCS Altix system using PBS batch submission (requires ${SETTE_DIR}/sette_batch_template file) 
    192158# 
    193   #  if [ ${MPI_INTERACT} == "no" ] ; then 
     159  #  if [ ${MPI_FLAG} == "no" ] ; then 
    194160                case ${COMPILER} in  
    195161                        ALTIX_NAUTILUS_MPT) 
    … …  
    239205        fi 
    240206         
    241         chmod a+x $JOB_FILE 
     207        chmod a+x $JOB_FILE ; echo "$JOB_FILE is ready" 
    242208 
    243209#fi 

  • trunk/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r7 r46  
    8484# 
    8585# 
     86#  prepare_job.sh 
     87# 
     88#  to generate the script run_job.sh 
     89# 
    8690#  fcm_job.sh  
    8791# 
    … …  
    121125# ========== 
    122126# 
    123 # $Id: sette.sh 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     127# $Id: sette.sh 3336 2012-03-30 09:29:20Z clevy $ 
    124128# 
    125129#   * creation 
    … …  
    129133#- 
    130134# Compiler among those in NEMOGCM/ARCH 
    131 COMPILER=PW6_CALYPSO 
    132 export BATCH_COMMAND_PAR="bsub < " 
     135COMPILER=PW6_VARGAS 
     136export BATCH_COMMAND_PAR="llsubmit" 
    133137export BATCH_COMMAND_SEQ=$BATCH_COMMAND_PAR 
     138export INTERACT_FLAG="no" 
     139export MPIRUN_FLAG="yes" 
    134140 
    135141 
    … …  
    160166    . prepare_exe_dir.sh 
    161167    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    162     MPIRUN_FLAG="yes" 
    163168    NPROC=1 
    164     rm $JOB_FILE 
     169    \rm $JOB_FILE 
    165170    cd ${EXE_DIR} 
    166171    set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_LONG\" 
    … …  
    172177    set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    173178    cd ${SETTE_DIR} 
     179    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    174180    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     181    cd ${SETTE_DIR} 
     182    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    175183 
    176184    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    194202    set_namelist namelist_top cn_trcrst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc\" 
    195203    cd ${SETTE_DIR} 
     204    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    196205    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    197206    cd ${SETTE_DIR} 
    198     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     207    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    199208fi 
    200209 
    … …  
    209218    . prepare_exe_dir.sh 
    210219    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    211     MPIRUN_FLAG="yes" 
    212220    NPROC=4 
    213     rm $JOB_FILE 
     221    \rm $JOB_FILE 
    214222    cd ${EXE_DIR} 
    215223    set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_14\" 
    … …  
    227235    set_namelist namelist jpnij 4 
    228236    cd ${SETTE_DIR} 
     237    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    229238    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    230239    cd ${SETTE_DIR} 
    231     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     240    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    232241 
    233242    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    235244    . prepare_exe_dir.sh 
    236245    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    237     MPIRUN_FLAG="yes" 
    238246    NPROC=4 
    239     rm $JOB_FILE 
     247    \rm $JOB_FILE 
    240248    cd ${EXE_DIR} 
    241249    set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_22\" 
    … …  
    252260    set_namelist namelist jpnij 4 
    253261    cd ${SETTE_DIR} 
     262    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    254263    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    255264    cd ${SETTE_DIR} 
    256     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     265    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    257266fi 
    258267 
    … …  
    268277    . prepare_exe_dir.sh 
    269278    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    270     MPIRUN_FLAG="yes" 
    271279    NPROC=1 
    272     rm $JOB_FILE 
     280    \rm $JOB_FILE 
    273281    cd ${EXE_DIR} 
    274282    set_namelist namelist cn_exp \"O2LP_LONG\" 
    … …  
    288296    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    289297    cd ${SETTE_DIR} 
    290     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    291      
    292     cd ${SETTE_DIR} 
     298    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     299    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE     
     300    cd ${SETTE_DIR} 
     301    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
     302# 
    293303    export TEST_NAME="SHORT" 
     304    cd ${SETTE_DIR} 
    294305    . prepare_exe_dir.sh 
    295306    cd ${EXE_DIR} 
    … …  
    319330    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    320331    cd ${SETTE_DIR} 
     332    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    321333    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    322334    cd ${SETTE_DIR} 
    323     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     335    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG  
    324336fi 
    325337 
    … …  
    334346    . prepare_exe_dir.sh 
    335347    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    336     MPIRUN_FLAG="yes" 
    337348    NPROC=16 
    338     rm $JOB_FILE 
     349    \rm $JOB_FILE 
    339350    cd ${EXE_DIR} 
    340351    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    356367    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    357368    cd ${SETTE_DIR} 
     369    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    358370    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    359371    cd ${SETTE_DIR} 
    360     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     372    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    361373 
    362374    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    364376    . prepare_exe_dir.sh 
    365377    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    366     MPIRUN_FLAG="yes" 
    367378    NPROC=16 
    368     rm $JOB_FILE 
     379    \rm $JOB_FILE 
    369380    cd ${EXE_DIR} 
    370381    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    386397    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    387398    cd ${SETTE_DIR} 
     399    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    388400    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    389401    cd ${SETTE_DIR} 
    390     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     402    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    391403fi 
    392404 
    … …  
    402414    . prepare_exe_dir.sh 
    403415    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    404     MPIRUN_FLAG="yes" 
    405416    NPROC=1 
    406     rm $JOB_FILE 
     417    \rm $JOB_FILE 
    407418    cd ${EXE_DIR} 
    408419    set_namelist namelist cn_exp \"OFFP_LONG\" 
    … …  
    421432    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    422433    cd ${SETTE_DIR} 
     434   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    423435    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    424436     
    … …  
    445457    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    446458    cd ${SETTE_DIR} 
     459   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    447460    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    448461    cd ${SETTE_DIR} 
    449     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     462    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    450463fi 
    451464 
    … …  
    460473    . prepare_exe_dir.sh 
    461474    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    462     MPIRUN_FLAG="yes" 
    463475    NPROC=16 
    464     rm $JOB_FILE 
     476    \rm $JOB_FILE 
    465477    cd ${EXE_DIR} 
    466478    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    480492    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    481493    cd ${SETTE_DIR} 
     494   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    482495    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    483496    cd ${SETTE_DIR} 
    484     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     497    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    485498 
    486499    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    488501    . prepare_exe_dir.sh 
    489502    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    490     MPIRUN_FLAG="yes" 
    491503    NPROC=16 
    492     rm $JOB_FILE 
     504    \rm $JOB_FILE 
    493505    cd ${EXE_DIR} 
    494506    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    508520    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    509521    cd ${SETTE_DIR} 
     522   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    510523    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    511524    cd ${SETTE_DIR} 
    512     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     525    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    513526fi 
    514527 
    … …  
    524537    . prepare_exe_dir.sh 
    525538    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    526     MPIRUN_FLAG="yes" 
    527539    NPROC=32 
    528     rm $JOB_FILE 
     540    \rm $JOB_FILE 
    529541    cd ${EXE_DIR} 
    530542    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    539551    set_namelist namelist jpnij 32 
    540552    cd ${SETTE_DIR} 
     553   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    541554    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    542555    cd ${SETTE_DIR} 
    543     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     556    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG  
    544557 
    545558    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    547560    . prepare_exe_dir.sh 
    548561    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    549     MPIRUN_FLAG="yes" 
    550562    NPROC=32 
    551     rm $JOB_FILE 
     563    \rm $JOB_FILE 
    552564    cd ${EXE_DIR} 
    553565    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    562574    set_namelist namelist jpnij 32 
    563575    cd ${SETTE_DIR} 
     576   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    564577    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    565578    cd ${SETTE_DIR} 
    566     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     579    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    567580fi 
    568581 
    … …  
    577590    . prepare_exe_dir.sh 
    578591    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    579     MPIRUN_FLAG="yes" 
    580592    NPROC=32 
    581     rm $JOB_FILE 
     593    \rm $JOB_FILE 
    582594    cd ${EXE_DIR} 
    583595    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    593605    set_namelist namelist jpnij 32 
    594606    cd ${SETTE_DIR} 
     607   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    595608    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     609    cd ${SETTE_DIR} 
     610    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    596611 
    597612    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    613628    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"../LONG/AMM12_00000006_restart\" 
    614629    cd ${SETTE_DIR} 
     630   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    615631    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    616632    cd ${SETTE_DIR} 
    617     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     633    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG  
    618634fi 
    619635 
    … …  
    629645    . prepare_exe_dir.sh 
    630646    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    631     MPIRUN_FLAG="yes" 
    632647    NPROC=2 
    633     rm $JOB_FILE 
     648    \rm $JOB_FILE 
    634649    cd ${EXE_DIR} 
    635650    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    645660    set_namelist 1_namelist ln_clobber .true. 
    646661    cd ${SETTE_DIR} 
     662   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    647663    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    648664    cd ${SETTE_DIR} 
    649     . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
     665    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE  $INTERACT_FLAG $MPIRUN_FLAG 
    650666fi 
    651667 

  • trunk/NEMOGCM/SETTE/sette_beginner.sh

    r7 r46  
    1111# 
    1212############################################################# 
    13 #set -x 
     13#set -vx 
    1414set -o posix 
    1515#set -u 
    … …  
    3939# Compiler among those in NEMOGCM/ARCH 
    4040COMPILER=PW6_VARGAS 
    41 export BATCH_COMMAND=llsubmit 
    42 export MPI_INTERACT="no" 
     41export BATCH_COMMAND_PAR="llsubmit" 
     42export BATCH_COMMAND_SEQ=$BATCH_COMMAND_PAR 
     43# export MPI_INTERACT="no" 
    4344 
    4445# Directory to run the tests 
    … …  
    5758# small test to start 
    5859# compile GYRE configuration with gfortran_osx compiler run with 1 proc, by default in cpp_GYRE.fcm file :  
    59 export TEST_NAME="TEST01" 
     60export TEST_NAME="TEST02" 
    6061cd ${SETTE_DIR} 
    6162. ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_SHORT -r GYRE 
    … …  
    6566# creation of execution directory 
    6667. prepare_exe_dir.sh 
     68JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    6769cd ${EXE_DIR} 
    6870# setting namelist parameters 
    … …  
    7577# frequency of creation of a restart file 
    7678set_namelist namelist nn_stock 60 
     79 
    7780cd ${SETTE_DIR} 
     81# . ./prepare_job.sh input_file_config_name NB_PROCS TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE 
     82. ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg 1 SHORT no $JOB_FILE 
    7883# run job, with 1 processor, test named SHORT (= 60 time steps) 
    79 . ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 1 ${TEST_NAME} 
     84#. ./fcm_job.sh NB_PROCS JOB_FILE INTERACT_FLAG MPI_FLAG 
     85    cd ${SETTE_DIR}    
     86. ./fcm_job.sh 1 $JOB_FILE no no 
     87 

  • trunk/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/bldxag.cfg

    r1 r46  
    1313search_src           1 
    1414 
    15 src::xmlf90::cml          $MAIN_DIR/EXTERNAL/XMLF90/src/cml 
    16 src::xmlf90::dom          $MAIN_DIR/EXTERNAL/XMLF90/src/dom 
    17 src::xmlf90::sax          $MAIN_DIR/EXTERNAL/XMLF90/src/sax 
    18 src::xmlf90::strings      $MAIN_DIR/EXTERNAL/XMLF90/src/strings 
    19 src::xmlf90::wxml         $MAIN_DIR/EXTERNAL/XMLF90/src/wxml 
    20 src::xmlf90::xpath        $MAIN_DIR/EXTERNAL/XMLF90/src/xpath 
    21 src::xmlio                $MAIN_DIR/EXTERNAL/XMLIO_SERVER/src/XMLIO 
    22 src::ioserver             $MAIN_DIR/EXTERNAL/XMLIO_SERVER/src/IOSERVER 
     15src::nemo                 $CONFIG_DIR/$NEW_CONF/WORK 
    2316src::ioipsl               $MAIN_DIR/EXTERNAL/IOIPSL/src 
    24 src::nemo                 $CONFIG_DIR/$NEW_CONF/WORK 
    2517 
    26 bld::target  server.exe nemo.exe 
     18bld::target  nemo.exe 
    2719bld::exe_dep 
    2820 
    … …  
    3022dir::root            $NEMO_TDIR/$NEW_CONF/BLD 
    3123 
    32  
    3324bld::tool::fc        %FC  
    34 bld::tool::fflags    %FCFLAGS %USER_INC 
     25bld::tool::fflags    %FCFLAGS %USER_INC -I$MAIN_DIR/EXTERNAL/XIOS/inc 
    3526bld::tool::ld        %LD 
    36 bld::tool::ldflags   %LDFLAGS %USER_LIB 
     27bld::tool::ldflags   %LDFLAGS %USER_LIB -L$MAIN_DIR/EXTERNAL/XIOS/lib  -lxios  -lstdc++ 
    3728bld::tool::ar        %AR 
    3829bld::tool::arflags   %ARFLAGS 
    … …  
    4031 
    4132# Pre-process code before analysing dependencies 
    42 bld::pp::xmlio    1 
    43 bld::pp::ioserver 1 
     33bld::pp::nemo     1 
    4434bld::pp::ioipsl   1 
    45 bld::pp::nemo     1 
    4635bld::tool::fpp       $COMPIL_DIR/agrifpp.sh 
    4736bld::tool::fppflags::nemo ${AGRIFUSE} %FPPFLAGS 
    48 bld::tool::fppflags::xmlio    0 %FPPFLAGS 
    49 bld::tool::fppflags::ioserver 0 %FPPFLAGS 
    5037bld::tool::fppflags::ioipsl   0 %FPPFLAGS 
    5138 
    … …  
    5441bld::excl_dep        inc::VT.inc 
    5542bld::excl_dep        use::netcdf 
     43bld::excl_dep        use::xios 
    5644bld::excl_dep        h::netcdf.inc 
    5745bld::excl_dep        h::mpif.h 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.