Machine specific installations instructions
Installation de iLOVECLIM sur avakas (Université de Bordeaux)
Pour installer iloveclim sur les machines avakas, il faut :
- Créer un compte MCIA : http://www.mcia.univ-bordeaux.fr/index.php?id=inscriptions
- Avoir ou créer un compte forge pour ludus
- Se connecter sur avakas : login@…
- Récupérer le code iLOVECLIM avec svn :
svn co svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/ludus/svn/trunk iloveclim/.
- Copier (cp) le fichier config pour avakas qui se trouve dans : /home/nbouttes/iloveclim/iloveclim/config/config.avakas
- Changer config/make.macros-maitre ligne 40 :
Remplacer ${MKLROOT}/lib/em64 par ${MKLROOT}/lib/intel64
- Avoir installé netcdf4 compilé avec INTEL et udunits version 1 (pas 2)
Pour udunits c’est un module privé venant de vmarieu (Vincent Marieu) à récupérer
Copier (cp –r) les modules privés qui sont dans : /home/nbouttes/privatemodules/
Puis charger les modules :
module load use.own
module load intel/compiler+mkl/64/12.1/2012.0.032
module load intel-mpi/64/stable/003[[BR]]
module load netcdf+hdf5/intel/4.1.2
- Pour tout installer lancer :
./install_ludus.sh
- Pour lancer un run test en interactif:
demander une session interactive (30 minutes) avec un processeur, 1 cœur:
qsub -I -X -V -l nodes=1:ppn=1,walltime=00:30:00
Loader les modules
module load use.own
module load intel/compiler+mkl/64/12.1/2012.0.032
module load intel-mpi/64/stable/003
module load netcdf+hdf5/intel/4.1.2
Changer le chemin :
LD_LIBRARY_PATH=/home/vmarieu/Librairies/intel/lib:/home/vmarieu/Librairies/udunits-1.12.11/lib:$LD_LIBRARY_PATH
Lancer le run test :
./bin/loveclim-new-run
Si tout va bien le run test a tourné.
- Pour soumettre un job en queue :
Modifier un fichier job type iloveclim_exemple.qsub
Exemple : /home/nbouttes/iloveclim/iloveclim/iloveclim_exemple.qsub
Penser à changer l’adresse email (merci pour ma boite)
Pour soumettre :
qsub iloveclim_exemple.qsub
Pour voir ou en est le job :
qstat –u login
Pour supprimer le job :
qdel numero_job
Plus d’info…
Info sur avakas : https://redmine.mcia.univ-bordeaux.fr/projects/cluster-avakas/wiki/Guide_de_l'utilisateur
Infos sur ludus (iLOVECMI) : http://forge.ipsl.jussieu.fr/ludus
Pour voir les modules disponibles :
module avail
Pour avoir des infos sur les jobs soumis :
Loader le module maui
module load maui
Pour avoir l’heure estimée à laquelle le job devrait partir :
showstart NumeroJob
Plus d’infos sur le job :
checkjob NumeroJob