wiki:machineInstall

Machine specific installations instructions

Installation de iLOVECLIM sur avakas (Université de Bordeaux)

Pour installer iloveclim sur les machines avakas, il faut :

  • Avoir ou créer un compte forge pour ludus
  • Se connecter sur avakas : login@…
  • Récupérer le code iLOVECLIM avec svn :
    svn co svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/ludus/svn/trunk iloveclim/.
    
  • Copier (cp) le fichier config pour avakas qui se trouve dans : /home/nbouttes/iloveclim/iloveclim/config/config.avakas
  • Changer config/make.macros-maitre ligne 40 :

Remplacer ${MKLROOT}/lib/em64 par ${MKLROOT}/lib/intel64

  • Avoir installé netcdf4 compilé avec INTEL et udunits version 1 (pas 2)

Pour udunits c’est un module privé venant de vmarieu (Vincent Marieu) à récupérer
Copier (cp –r) les modules privés qui sont dans : /home/nbouttes/privatemodules/
Puis charger les modules :

module load use.own
module load intel/compiler+mkl/64/12.1/2012.0.032
module load intel-mpi/64/stable/003[[BR]]
module load netcdf+hdf5/intel/4.1.2 
  • Pour tout installer lancer :
    ./install_ludus.sh 
    
  • Pour lancer un run test en interactif:

demander une session interactive (30 minutes) avec un processeur, 1 cœur:

qsub -I -X -V -l nodes=1:ppn=1,walltime=00:30:00

Loader les modules

module load use.own
module load intel/compiler+mkl/64/12.1/2012.0.032
module load intel-mpi/64/stable/003
module load netcdf+hdf5/intel/4.1.2

Changer le chemin :

LD_LIBRARY_PATH=/home/vmarieu/Librairies/intel/lib:/home/vmarieu/Librairies/udunits-1.12.11/lib:$LD_LIBRARY_PATH

Lancer le run test :

./bin/loveclim-new-run

Si tout va bien le run test a tourné.

  • Pour soumettre un job en queue :

Modifier un fichier job type iloveclim_exemple.qsub
Exemple : /home/nbouttes/iloveclim/iloveclim/iloveclim_exemple.qsub
Penser à changer l’adresse email (merci pour ma boite)
Pour soumettre :

qsub iloveclim_exemple.qsub

Pour voir ou en est le job :

qstat –u login

Pour supprimer le job :

qdel numero_job

Plus d’info…

Info sur avakas : https://redmine.mcia.univ-bordeaux.fr/projects/cluster-avakas/wiki/Guide_de_l'utilisateur

Infos sur ludus (iLOVECMI) : http://forge.ipsl.jussieu.fr/ludus

Pour voir les modules disponibles :

module avail

Pour avoir des infos sur les jobs soumis :
Loader le module maui

module load maui

Pour avoir l’heure estimée à laquelle le job devrait partir :

showstart NumeroJob

Plus d’infos sur le job :

checkjob NumeroJob 
Last modified 19 months ago Last modified on 12/01/15 10:42:05