New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
ocean.output on Topic #21 – Attachment – NEMO

Topic #21: ocean.output

File ocean.output, 47.5 KB (added by larsbuntemeyer, 7 years ago)

ocean log

Line 
1 
2    CNRS - NERC - Met OFFICE - MERCATOR-ocean - INGV - CMCC
3                        NEMO team
4             Ocean General Circulation Model
5                   version 3.6  (2015)
6 
7 
8  mynode : mpi initialisation                                                   
9 
10  ~~~~~~                                                                       
11 
12     Namelist nammpp                                                           
13 
14        mpi send type                      cn_mpi_send = I                     
15 
16        size in bytes of exported buffer   nn_buffer   =            0           
17 
18        jpni, jpnj and jpnij will be calculated automatically                   
19 
20        avoid use of mpi_allgather at the north fold  ln_nnogather =  F         
21 
22             Immediate non-blocking send (isend)                               
23 
24
25AAAAAAAA
26
27 
28 nemo_ctl: Control prints & Benchmark
29 ~~~~~~~
30    Namelist namctl
31       run control (for debugging)     ln_ctl     =  F
32       level of print                  nn_print   =            0
33       Start i indice for SUM control  nn_ictls   =            0
34       End i indice for SUM control    nn_ictle   =            0
35       Start j indice for SUM control  nn_jctls   =            0
36       End j indice for SUM control    nn_jctle   =            0
37       number of proc. following i     nn_isplt   =            1
38       number of proc. following j     nn_jsplt   =            1
39       benchmark parameter (0/1)       nn_bench   =            0
40       timing activated    (0/1)       nn_timing  =            0
41 
42 namcfg  : configuration initialization through namelist read
43 ~~~~~~~
44    Namelist namcfg
45       configuration name              cp_cfg      = gyre
46       configuration zoom name         cp_cfz      = no zoom
47       configuration resolution        jp_cfg      =            1
48       1st lateral dimension ( >= jpi ) jpidta     =           32
49       2nd    "         "    ( >= jpj ) jpjdta     =           22
50       3nd    "         "               jpkdta     =           31
51       1st dimension of global domain in i jpiglo  =           32
52       2nd    -                  -    in j jpjglo  =           22
53       left bottom i index of the zoom (in data domain) jpizoom =            1
54       left bottom j index of the zoom (in data domain) jpizoom =            1
55       lateral cond. type (between 0 and 6) jperio =            0
56       use file attribute if exists as i/p j-start ln_use_jattr =  F
57 
58 mpp_init : Message Passing MPI
59 ~~~~~~~~
60 
61  mpp_init: defines mpp subdomains
62  ~~~~~~  ----------------------
63 
64 iresti=           2  irestj=           2
65 
66 jpni=           4  jpnj=           2
67 
68  sum ilcit(i,1)=   32.0000000000000       jpiglo=          32
69  sum ilcit(1,j)=   22.0000000000000       jpjglo=          22
70 
71 
72     ****************************************************************
73     *              *               *               *               *   
74   2 *   10  x 12   *    10  x 12   *     9  x 12   *     9  x 12   *   
75     *          4   *           5   *           6   *           7   *         
76     *              *               *               *               *   
77     ****************************************************************
78     *              *               *               *               *   
79   1 *   10  x 12   *    10  x 12   *     9  x 12   *     9  x 12   *   
80     *          0   *           1   *           2   *           3   *         
81     *              *               *               *               *   
82     ****************************************************************
83             1               2               3               4             
84  nproc  =            0
85  nowe   =           -1  noea   =             1
86  nono   =            4  noso   =            -4
87  nbondi =           -1
88  nbondj =           -1
89  npolj  =            0
90  nperio =            0
91  nlci   =           10
92  nlcj   =           12
93  nimpp  =            1
94  njmpp  =            1
95  nreci  =            2  npse   =           -3
96  nrecj  =            2  npsw   =           -5
97  jpreci =            1  npne   =            5
98  jprecj =            1  npnw   =            3
99 
100 
101 mpp_init_ioipsl :   iloc  =           10          12
102 ~~~~~~~~~~~~~~~     iabsf =            1           1
103                     ihals =            0           0
104                     ihale =            1           1
105 
106  phy_cst : initialization of ocean parameters and constants
107  ~~~~~~~
108        Domain info
109           dimension of model
110                  Local domain      Global domain       Data domain
111               jpi     :      10   jpiglo  :      32   jpidta  :      32
112               jpj     :      12   jpjglo  :      22   jpjdta  :      22
113               jpk     :      31   jpk     :      31   jpkdta  :      31
114               jpij    :          120
115           mpp local domain info (mpp)
116              jpni    :            4    jpreci  :            1
117              jpnj    :            2    jprecj  :            1
118              jpnij   :            8
119           lateral domain boundary condition type : jperio  =            0
120 
121        Constants
122 
123           mathematical constant                 rpi =    3.14159265358979     
124 
125           day                                rday   =    86400.0000000000     
126  s
127           sideral year                       rsiyea =    31558149.0101107     
128  s
129           sideral day                        rsiday =    86164.0996559118     
130  s
131           omega                              omega  =   7.292115083046062E-005
132  s^-1
133 
134           nb of months per year               raamo =    12.0000000000000     
135  months
136           nb of hours per day                 rjjhh =    24.0000000000000     
137  hours
138           nb of minutes per hour              rhhmm =    60.0000000000000     
139  mn
140           nb of seconds per minute            rmmss =    60.0000000000000     
141  s
142 
143           earth radius                         ra   =    6371229.00000000     
144  m
145           gravity                              grav =    9.80665000000000     
146  m/s^2
147 
148           triple point of temperature      rtt      =    273.160000000000     
149  K
150           freezing point of water          rt0      =    273.150000000000     
151  K
152           melting point of snow            rt0_snow =    273.150000000000     
153  K
154           melting point of ice             rt0_ice  =    273.050000000000     
155  K
156           reference density and heat capacity now defined in eosbn2.f90
157 
158           thermal conductivity of pure ice          =    2.03439600000000     
159  J/s/m/K
160           fresh ice specific heat                   =    2093.00000000000     
161  J/kg/K
162           latent heat of fusion of fresh ice / snow =    333700.000000000     
163  J/kg
164           density times specific heat for snow      =    690690.000000000     
165  J/m^3/K
166           density times specific heat for ice       =    1883700.00000000     
167  J/m^3/K
168           volumetric latent heat fusion of sea ice  =    300330000.000000     
169  J/m
170           latent heat of sublimation of snow        =    2800000.00000000     
171  J/kg
172           volumetric latent heat fusion of snow     =    110121000.000000     
173  J/m^3
174           density of sea ice                        =    900.000000000000     
175  kg/m^3
176           density of snow                           =    330.000000000000     
177  kg/m^3
178           emissivity of snow or ice                 =   0.970000000000000     
179           salinity of ice                           =    6.00000000000000     
180  psu
181           salinity of sea                           =    34.7000000000000     
182  psu
183           latent heat of evaporation (water)        =    2500000.00000000     
184  J/m^3
185           correction factor for solar radiation     =   0.900000000000000     
186           von Karman constant                       =   0.400000000000000     
187           Stefan-Boltzmann constant                 =   5.670000000000000E-008
188  J/s/m^2/K^4
189 
190           conversion: degre ==> radian          rad =   1.745329251994330E-002
191 
192           smallest real computer value       rsmall =   1.110223024625157E-016
193 
194 eos_init : equation of state
195 ~~~~~~~~
196           Namelist nameos : set eos parameters
197              flag for eq. of state and N^2  nn_eos   =            0
198              model does not use Conservative Temperature
199 
200           use of EOS-80 equation of state (pot. temp. and pract. salinity)
201 
202           volumic mass of reference           rau0  =    1026.00000000000     
203  kg/m^3
204           1. / rau0                        r1_rau0  =   9.746588693957114E-004
205  m^3/kg
206           ocean specific heat                 rcp   =    3991.86795711963     
207  J/Kelvin
208           rau0 * rcp                       rau0_rcp =    4095656.52400474     
209           1. / ( rau0 * rcp )           r1_rau0_rcp =   2.441610994816036E-007
210 
211 dom_cfg : set the ocean configuration
212 ~~~~~~~
213    ocean model configuration used :   cp_cfg =
214 gyre                                                                           
215                                                                               
216                                                                               
217                     jp_cfg =            1
218    global domain lateral boundaries
219       jperio= 0, closed
220 
221 dom_glo : domain: data / local
222 ~~~~~~~
223           data input domain    : jpidta =           32  jpjdta =           22
224  jpkdta =           31
225           global or zoom domain: jpiglo =           32  jpjglo =           22
226  jpk    =           31
227           local domain         : jpi    =           10  jpj    =           12
228  jpk    =           31
229 
230           south-west indices    jpizoom =            1  jpjzoom =            1
231 
232           conversion local  ==> data i-index domain
233             1   2   3   4   5   6   7   8   9  10
234 
235           conversion data   ==> local  i-index domain
236              starting index
237             1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  11  11  11  11  11  11  11  11
238            11  11  11  11  11  11  11  11  11  11  11  11  11
239              ending index
240             1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  10  10  10  10  10  10  10  10  10
241            10  10  10  10  10  10  10  10  10  10  10  10  10
242 
243           conversion local  ==> data j-index domain
244             1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12
245 
246           conversion data  ==> local j-index domain
247              starting index
248             1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  13  13  13  13  13  13
249            13  13  13
250              ending index
251             1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  12  12  12  12  12  12  12
252            12  12  12
253 
254           zoom flags :
255              lzoom   =  F  (T = zoom, F = global )
256              lzoom_e =  F  (T = forced closed east  boundary)
257              lzoom_w =  F  (T = forced closed west  boundary)
258              lzoom_s =  F  (T = forced closed South boundary)
259              lzoom_n =  F  (T = forced closed North boundary)
260 
261 dom_init : domain initialization
262 ~~~~~~~~
263 
264 dom_nam  : domain initialization through namelist read
265 ~~~~~~~
266    Namelist namrun
267       job number                      nn_no      =            0
268       experiment name for output      cn_exp     =
269 GYRE                                                                           
270                                                                               
271                                                                               
272                   
273       file prefix restart input       cn_ocerst_in=
274 restart                                                                       
275                                                                               
276                                                                               
277                   
278       restart input directory         cn_ocerst_indir=
279 .                                                                             
280                                                                               
281                                                                               
282                   
283       file prefix restart output      cn_ocerst_out=
284 restart                                                                       
285                                                                               
286                                                                               
287                   
288       restart output directory        cn_ocerst_outdir=
289 .                                                                             
290                                                                               
291                                                                               
292                   
293       restart logical                 ln_rstart  =  F
294       start with forward time step    nn_euler   =            1
295       control of time step            nn_rstctl  =            0
296       number of the first time step   nn_it000   =            1
297       number of the last time step    nn_itend   =         4320
298       initial calendar date aammjj    nn_date0   =        10101
299       leap year calendar (0/1)        nn_leapy   =           30
300       initial state output            nn_istate  =            0
301       frequency of restart file       nn_stock   =         4320
302       frequency of output file        nn_write   =           60
303       multi file dimgout              ln_dimgnnn =  F
304       mask land points                ln_mskland =  F
305       additional CF standard metadata ln_cfmeta  =  F
306       overwrite an existing file      ln_clobber =  T
307       NetCDF chunksize (bytes)        nn_chunksz =            0
308
309 ===>>> : W A R N I N G
310         ===============
311
312  ln_rstart =.FALSE., nn_euler is forced to 0                                   
313                                                                               
314                                                                               
315                   
316    The IOIPSL calendar is "360d", i.e. 360 days in a year
317 
318    Namelist namdom : space & time domain
319       flag read/compute bathymetry      nn_bathy     =            0
320       Depth (if =0 bathy=jpkm1)         rn_bathy     =   0.000000000000000E+000
321       min depth of the ocean    (>0) or    rn_hmin   =   -3.00000000000000     
322       min number of ocean level (<0)       
323       minimum thickness of partial      rn_e3zps_min =    20.0000000000000     
324  (m)
325          step level                     rn_e3zps_rat =   0.100000000000000     
326       create mesh/mask file(s)          nn_msh       =            1
327            = 0   no file created           
328            = 1   mesh_mask                 
329            = 2   mesh and mask             
330            = 3   mesh_hgr, msh_zgr and mask
331       ocean time step                       rn_rdt    =
332   7200.00000000000     
333       asselin time filter parameter         rn_atfp   =
334  0.100000000000000     
335       acceleration of converge              nn_acc    =            0
336         nn_acc=1: surface tracer rdt        rn_rdtmin =
337   7200.00000000000     
338                   bottom  tracer rdt        rdtmax    =
339   7200.00000000000     
340                   depth of transition       rn_rdth   =
341   800.000000000000     
342       suppression of closed seas (=0)       nn_closea =            0
343       online coarsening of dynamical fields ln_crs    =  F
344       type of horizontal mesh jphgr_msh           =            5
345       longitude of first raw and column T-point ppglam0 =
346  0.000000000000000E+000
347       latitude  of first raw and column T-point ppgphi0 =
348   29.0000000000000     
349       zonal      grid-spacing (degrees) ppe1_deg        =
350   999999.000000000     
351       meridional grid-spacing (degrees) ppe2_deg        =
352   999999.000000000     
353       zonal      grid-spacing (degrees) ppe1_m          =
354   999999.000000000     
355       meridional grid-spacing (degrees) ppe2_m          =
356   999999.000000000     
357       ORCA r4, r2 and r05 coefficients  ppsur           =
358  -2033.19429528338     
359                                         ppa0            =
360   155.832536966415     
361                                         ppa1            =
362   146.361591860189     
363                                         ppkth           =
364   17.2852037241979     
365                                         ppacr           =
366   5.00000000000000     
367       Minimum vertical spacing ppdzmin                  =
368   999999.000000000     
369       Maximum depth pphmax                              =
370   999999.000000000     
371       Use double tanf function for vertical coordinates ldbletanh =  F
372       Double tanh function parameters ppa2              =
373   999999.000000000     
374                                       ppkth2            =
375   999999.000000000     
376                                       ppacr2            =
377   999999.000000000     
378 
379    Namelist namcla
380       cross land advection                 nn_cla    =            0
381 
382 dom_clo : closed seas
383 ~~~~~~~
384 
385 dom_hgr : define the horizontal mesh from ithe following par_oce parameters
386 ~~~~~~~      type of horizontal mesh           jphgr_msh =            5
387              position of the first row and     ppglam0  =
388  0.000000000000000E+000
389              column grid-point (degrees)       ppgphi0  =
390   29.0000000000000     
391              zonal      grid-spacing (degrees) ppe1_deg =
392   999999.000000000     
393              meridional grid-spacing (degrees) ppe2_deg =
394   999999.000000000     
395              zonal      grid-spacing (meters)  ppe1_m   =
396   999999.000000000     
397              meridional grid-spacing (meters)  ppe2_m   =
398   999999.000000000     
399 
400           beta-plane with regular grid-spacing and rotated domain (GYRE configu
401 ration)
402           given by ppe1_m and ppe2_m
403 
404           longitude and e1 scale factors
405           ------------------------------
406    1  -71.52   -71.18   -71.86   -71.52   106000.0000000000   106000.0000000000   106000.0000000000   106000.0000000000
407 
408           latitude and e2 scale factors
409           -----------------------------
410    1   14.85    15.18    15.18    15.52   106000.0000000000   106000.0000000000   106000.0000000000   106000.0000000000
411   11   21.59    21.92    21.92    22.26   106000.0000000000   106000.0000000000   106000.0000000000   106000.0000000000
412 
413           Beta-plane and rotated domain :
414           Coriolis parameter varies in this processor from
415  3.890233185442712E-005  to   5.390852115542532E-005
416           Coriolis parameter varies globally from   3.890233185442712E-005  to
417  1.064301837089190E-004
418 
419 dom_zgr : vertical coordinate
420 ~~~~~~~
421           Namelist namzgr : set vertical coordinate
422              z-coordinate - full steps      ln_zco    =  T
423              z-coordinate - partial steps   ln_zps    =  F
424              s- or hybrid z-s-coordinate    ln_sco    =  F
425              ice shelf cavities             ln_isfcav =  F
426 
427     zgr_z   : Reference vertical z-coordinates
428     ~~~~~~~
429            Value of coefficients for vertical mesh:
430                  zsur =   -2033.19429528338     
431                  za0  =    155.832536966415     
432                  za1  =    146.361591860189     
433                  zkth =    17.2852037241979     
434                  zacr =    5.00000000000000     
435 
436               Reference z-coordinate depth and scale factors:
437          level  gdept_1d  gdepw_1d  e3t_1d   e3w_1d 
438             1     4.98     0.00    10.00     9.90
439             2    15.10    10.00    10.26    10.12
440             3    25.54    20.27    10.65    10.43
441             4    36.45    30.92    11.22    10.90
442             5    48.07    42.15    12.07    11.60
443             6    60.73    54.24    13.34    12.64
444             7    74.94    67.60    15.20    14.18
445             8    91.42    82.84    17.93    16.44
446             9   111.22   100.82    21.92    19.74
447            10   135.84   122.82    27.66    24.54
448            11   167.35   150.58    35.81    31.39
449            12   208.50   186.52    47.09    41.01
450            13   262.83   233.77    62.26    54.15
451            14   334.49   296.22    81.81    71.47
452            15   427.90   378.20   105.69    93.24
453            16   547.03   484.04   133.03   119.02
454            17   694.55   617.15   162.12   147.49
455            18   871.10   779.24   190.71   176.61
456            19  1075.10   969.84   216.73   204.15
457            20  1303.24  1186.41   238.81   228.31
458            21  1551.23  1425.03   256.44   248.18
459            22  1814.70  1681.29   269.86   263.64
460            23  2089.75  1951.00   279.70   275.18
461            24  2373.16  2230.58   286.72   283.52
462            25  2662.49  2517.21   291.64   289.40
463            26  2955.93  2808.79   295.03   293.50
464            27  3252.20  3103.78   297.36   296.31
465            28  3550.40  3401.10   298.93   298.22
466            29  3849.90  3700.01   300.00   299.52
467            30  4150.28  4000.00   300.72   300.40
468            31  4451.26  4300.71   301.20   300.99
469 
470     zgr_bat : defines level and meter bathymetry
471     ~~~~~~~
472 
473          bathymetry field: flat basin
474          Depth = depthw(jpkm1)
475 Minimum ocean depth:    30.9217699403011       minimum number of ocean levels :
476             3
477 
478     zgr_bat_ctl : check the bathymetry
479     ~~~~~~~~~~~
480 
481                    suppress isolated ocean grid points
482                    -----------------------------------
483      no isolated ocean grid points
484  mbathy set to 0 along east and west boundary: nperio =            0
485 
486     zgr_bot_level : ocean bottom k-index of T-, U-, V- and W-levels
487     ~~~~~~~~~~~~~
488 
489     zgr_top_level : ocean top k-index of T-, U-, V- and W-levels
490     ~~~~~~~~~~~~~
491 
492 dommsk : ocean mask
493 ~~~~~~
494    Namelist namlbc
495       lateral momentum boundary cond.    rn_shlat  =   0.000000000000000E+000
496       consistency with analytical form   ln_vorlat =  F
497    ocean lateral  free-slip
498 
499 dom_stp : time stepping setting
500 ~~~~~~~
501                synchronous time stepping
502                dynamics and tracer time step =    2.00000000000000       hours
503 
504 dom_wri : create NetCDF mesh and mask information file(s)
505 ~~~~~~~
506                     iom_nf90_open ~~~ create new file: mesh_mask_0000.nc in WRI
507 TE mode
508                    ---> mesh_mask_0000.nc OK
509           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: tmask define dimensio
510 n variables done
511           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: tmask defined ok
512           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: tmask write dimension
513  variables done
514           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: tmask written ok
515           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: umask defined ok
516           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: umask written ok
517           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: vmask defined ok
518           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: vmask written ok
519           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: fmask defined ok
520           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: fmask written ok
521           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: tmaskutil defined ok
522           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: tmaskutil written ok
523           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: umaskutil defined ok
524           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: umaskutil written ok
525           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: vmaskutil defined ok
526           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: vmaskutil written ok
527           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: fmaskutil defined ok
528           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: fmaskutil written ok
529           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: glamt defined ok
530           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: glamt written ok
531           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: glamu defined ok
532           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: glamu written ok
533           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: glamv defined ok
534           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: glamv written ok
535           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: glamf defined ok
536           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: glamf written ok
537           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gphit defined ok
538           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gphit written ok
539           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gphiu defined ok
540           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gphiu written ok
541           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gphiv defined ok
542           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gphiv written ok
543           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gphif defined ok
544           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gphif written ok
545           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e1t defined ok
546           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e1t written ok
547           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e1u defined ok
548           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e1u written ok
549           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e1v defined ok
550           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e1v written ok
551           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e1f defined ok
552           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e1f written ok
553           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e2t defined ok
554           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e2t written ok
555           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e2u defined ok
556           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e2u written ok
557           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e2v defined ok
558           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e2v written ok
559           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e2f defined ok
560           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e2f written ok
561           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: ff defined ok
562           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: ff written ok
563           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: mbathy defined ok
564           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: mbathy written ok
565           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: misf defined ok
566           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: misf written ok
567           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: isfdraft defined ok
568           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: isfdraft written ok
569           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gdept_1d defined ok
570           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gdept_1d written ok
571           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gdepw_1d defined ok
572           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: gdepw_1d written ok
573           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e3t_1d defined ok
574           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e3t_1d written ok
575           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e3w_1d defined ok
576           iom_nf90_rp0123d, file: mesh_mask_0000.nc, var: e3w_1d written ok
577                     iom_close ~~~ close file: mesh_mask_0000.nc ok
578 
579 dom_ctl : extrema of the masked scale factors
580 ~~~~~~~
581              e1t maxi:  106000.00 at i =     2 j=     2
582              e1t mini:  106000.00 at i =     2 j=     2
583              e2t maxi:  106000.00 at i =     2 j=     2
584              e2t mini:  106000.00 at i =     2 j=     2
585 
586 istate_ini : Initialization of the dynamics and tracers
587 ~~~~~~~~~~
588 
589 dta_tsd_init : Temperature & Salinity data
590 ~~~~~~~~~~~~
591    Namelist namtsd
592       Initialisation of ocean T & S with T &S input data   ln_tsd_init   =  F
593       damping of ocean T & S toward T &S input data        ln_tsd_tradmp =  F
594 
595 
596    T & S data not used
597  *** Info used values :
598    date ndastp                                      :        10100
599    number of elapsed days since the begining of run :   0.000000000000000E+000
600 
601 =======>> 1/2 time step before the start of the run DATE Y/M/D =      0/12/30  nsec_day:   82800  nsec_week: -522000
602======>> time-step =       1      New day, DATE Y/M/D = 0001/01/01      nday_year = 001
603         nsec_year =     3600   nsec_month =    3600   nsec_day =  3600
604   nsec_week =  -514800
605 
606 istate_gyre : initial analytical T and S profil deduced from LEVITUS
607 ~~~~~~~~~~~
608 
609               Initial temperature and salinity profiles:
610          level   gdept_1d   temperature   salinity   
611             1      4.98     23.46     36.84
612             2     15.10     23.24     36.83
613             3     25.54     23.01     36.82
614             4     36.45     22.75     36.81
615             5     48.07     22.46     36.81
616             6     60.73     22.13     36.80
617             7     74.94     21.74     36.78
618             8     91.42     21.28     36.77
619             9    111.22     20.71     36.74
620            10    135.84     20.03     36.70
621            11    167.35     19.23     36.63
622            12    208.50     18.35     36.54
623            13    262.83     17.40     36.41
624            14    334.49     16.34     36.24
625            15    427.90     15.08     36.02
626            16    547.03     13.42     35.74
627            17    694.55     11.23     35.48
628            18    871.10      8.96     35.30
629            19   1075.10      7.04     35.20
630            20   1303.24      5.69     35.15
631            21   1551.23      4.86     35.13
632            22   1814.70      4.41     35.12
633            23   2089.75      4.19     35.12
634            24   2373.16      4.09     35.12
635            25   2662.49      4.04     35.12
636            26   2955.93      4.02     35.12
637            27   3252.20      4.01     35.12
638            28   3550.40      4.00     35.12
639            29   3849.90      4.00     35.12
640            30   4150.28      4.00     35.12
641            31   4451.26      0.00      0.00
642 
643 sbc_init : surface boundary condition setting
644 ~~~~~~~~
645         Namelist namsbc (partly overwritten with CPP key setting)
646            frequency update of sbc (and ice)             nn_fsbc     =
647           1
648            Type of sbc :
649               analytical formulation                     ln_ana      =  T
650               flux       formulation                     ln_flx      =  F
651               CLIO bulk  formulation                     ln_blk_clio =  F
652               CORE bulk  formulation                     ln_blk_core =  F
653               MFS  bulk  formulation                     ln_blk_mfs  =  F
654               ocean-atmosphere coupled formulation       ln_cpl      =  F
655               forced-coupled mixed formulation           ln_mixcpl   =  F
656               OASIS coupling (with atm or sas)           lk_oasis    =  F
657               components of your executable              nn_components =
658           0
659               Multicategory heat flux formulation (LIM3) nn_limflx   =
660          -1
661            Misc. options of sbc :
662               Patm gradient added in ocean & ice Eqs.    ln_apr_dyn  =  F
663               ice management in the sbc (=0/1/2/3)       nn_ice      =
664           0
665               ice-ocean embedded/levitating (=0/1/2)     nn_ice_embd =
666           1
667               daily mean to diurnal cycle qsr            ln_dm2dc    =  F
668               runoff / runoff mouths                     ln_rnf      =  F
669               iceshelf formulation                       nn_isf      =
670           0
671               Sea Surface Restoring on SST and/or SSS    ln_ssr      =  F
672               FreshWater Budget control  (=0/1/2)        nn_fwb      =
673           0
674               closed sea (=0/1) (set in namdom)          nn_closea   =
675           0
676               n. of iterations if land-sea-mask applied  nn_lsm      =
677           0
678               Use of per-category fluxes (nn_limflx = -1)
679 
680               GYRE analytical formulation
681 
682 sbc_ssm : sea surface mean fields, nn_fsbc=1 : instantaneous values
683 ~~~~~~~
684           default initialisation of ss?_m arrays
685 
686 dyn_nept_init : Simplified Neptune module
687 ~~~~~~~~~~~~~
688  -->   Reading namelist namdyn_nept parameters:
689        ln_neptsimp          =  F
690 
691 
692 zdf_init: vertical physics
693 ~~~~~~~~
694    Namelist namzdf : set vertical mixing mixing parameters
695       vertical eddy viscosity             rn_avm0   =   1.200000000000000E-004
696       vertical eddy diffusivity           rn_avt0   =   1.200000000000000E-005
697       constant background or profile      nn_avb    =            0
698       horizontal variation for avtb       nn_havtb  =            0
699       time splitting / backward scheme    ln_zdfexp =  F
700       number of time step                 nn_zdfexp =            3
701       enhanced vertical diffusion         ln_zdfevd =  T
702          applied on momentum (=1/0)       nn_evdm   =            1
703       vertical coefficient for evd        rn_avevd  =    100.000000000000     
704       non-penetrative convection (npc)    ln_zdfnpc =  F
705       npc call  frequency                 nn_npc    =            1
706       npc print frequency                 nn_npcp   =          365
707 
708    vertical mixing option :
709       TKE dependent eddy coefficients
710 
711    convection :
712       use enhanced vertical dif. scheme
713       use the 1.5 turbulent closure
714 
715 zdf_bfr_init : momentum bottom friction
716 ~~~~~~~~~~~~~
717    Namelist nam_bfr : set bottom friction parameters
718       quadratic bottom friction
719       friction coef.   rn_bfri2  =   1.000000000000000E-003
720       Max. coef. (log case)   rn_bfri2_max  =   0.100000000000000     
721       background tke   rn_bfeb2  =   2.500000000000000E-003
722       log formulation   ln_bfr2d =  F
723       bottom roughness  rn_bfrz0 [m] =   3.000000000000000E-003
724       implicit bottom friction switch                ln_bfrimp  =  T
725 
726 zdf_tke_init : tke turbulent closure scheme - initialisation
727 ~~~~~~~~~~~~
728    Namelist namzdf_tke : set tke mixing parameters
729       coef. to compute avt                        rn_ediff  =
730  0.100000000000000     
731       Kolmogoroff dissipation coef.               rn_ediss  =
732  0.700000000000000     
733       tke surface input coef.                     rn_ebb    =
734   67.8300000000000     
735       minimum value of tke                        rn_emin   =
736  1.000000000000000E-006
737       surface minimum value of tke                rn_emin0  =
738  1.000000000000000E-004
739       background shear (>0)                       rn_bshear =
740  9.999999999999999E-021
741       mixing length type                          nn_mxl    =            2
742       prandl number flag                          nn_pdl    =            1
743       surface mixing length = F(stress) or not    ln_mxl0   =  T
744       surface  mixing length minimum value        rn_mxl0   =
745  4.000000000000000E-002
746       flag to take into acc.  Langmuir circ.      ln_lc     =  T
747       coef to compute verticla velocity of LC     rn_lc     =
748  0.150000000000000     
749       test param. to add tke induced by wind      nn_etau   =            0
750       flag for computation of exp. tke profile    nn_htau   =            1
751       fraction of en which pene. the thermocline  rn_efr    =
752  5.000000000000000E-002
753 
754       critical Richardson nb with your parameters  ri_cri =
755  0.222222222222222     
756    use a surface mixing length = F(stress) :   set rn_mxl0 = rmxl_min
757 
758 ldf_tra_init : lateral tracer physics
759 ~~~~~~~~~~~~
760    Namelist namtra_ldf : lateral mixing parameters (type, direction, coefficien
761 ts)
762       laplacian operator            ln_traldf_lap   =  T
763       bilaplacian operator          ln_traldf_bilap =  F
764       iso-level                     ln_traldf_level =  F
765       horizontal (geopotential)     ln_traldf_hor   =  F
766       iso-neutral                   ln_traldf_iso   =  T
767       iso-neutral (Griffies)        ln_traldf_grif  =  F
768       Griffies strmfn diagnostics   ln_traldf_gdia  =  F
769       lateral eddy diffusivity      rn_aht_0        =    1000.00000000000     
770       background hor. diffusivity   rn_ahtb_0       =   0.000000000000000E+000
771       eddy induced velocity coef.   rn_aeiv_0       =   0.000000000000000E+000
772       maximum isoppycnal slope      rn_slpmax       =   1.000000000000000E-002
773       pure lateral mixing in ML     ln_triad_iso    =  F
774       lateral mixing on bottom      ln_botmix_grif  =  F
775 
776           tracer mixing coef. = constant (default option)
777           harmonic tracer diffusion (default)
778 
779       constant eddy diffusivity coef.   ahtu = ahtv = ahtw = aht0 =
780   1000.00000000000     
781 
782 ldf_dyn : lateral momentum physics
783 ~~~~~~~
784    Namelist namdyn_ldf : set lateral mixing parameters
785       laplacian operator                      ln_dynldf_lap   =  T
786       bilaplacian operator                    ln_dynldf_bilap =  F
787       iso-level                               ln_dynldf_level =  F
788       horizontal (geopotential)               ln_dynldf_hor   =  T
789       iso-neutral                             ln_dynldf_iso   =  F
790       horizontal laplacian eddy viscosity     rn_ahm_0_lap    =
791   100000.000000000     
792       background viscosity                    rn_ahmb_0       =
793  0.000000000000000E+000
794       horizontal bilaplacian eddy viscosity   rn_ahm_0_blp    =
795  0.000000000000000E+000
796       upper limit for laplacian eddy visc     rn_ahm_m_lap    =
797   40000.0000000000     
798       upper limit for bilap eddy viscosity    rn_ahm_m_blp    =
799  -1000000000000.00     
800    momentum mixing coef. = constant  (default option)
801    harmonic momentum diff. (default)
802 
803 inildf: constant eddy viscosity coef.
804 ~~~~~~
805         ahm1 = ahm2 = ahm0 =     100000.000000000     
806 
807 ldf_slp_init : direction of lateral mixing
808 ~~~~~~~~~~~~
809 
810 tra_qsr_init : penetration of the surface solar radiation
811 ~~~~~~~~~~~~
812    Namelist namtra_qsr : set the parameter of penetration
813       Light penetration (T) or not (F)         ln_traqsr  =  T
814       RGB (Red-Green-Blue) light penetration   ln_qsr_rgb =  F
815       2 band               light penetration   ln_qsr_2bd =  T
816       bio-model            light penetration   ln_qsr_bio =  F
817       light penetration for ice-model LIM3     ln_qsr_ice =  T
818       RGB : Chl data (=1/2) or cst value (=0)  nn_chldta  =            0
819       RGB & 2 bands: fraction of light (rn_si1)    rn_abs =
820  0.580000000000000     
821       RGB & 2 bands: shortess depth of extinction  rn_si0 =
822  0.350000000000000     
823       2 bands: longest depth of extinction         rn_si1 =
824   23.0000000000000     
825 
826          2 bands light penetration
827 
828         level of light extinction =           18  ref depth =
829   969.843774414690       m
830 
831 tra_bbc : Bottom Boundary Condition (bbc), apply a Geothermal heating
832 ~~~~~~~   
833    Namelist nambbc : set bbc parameters
834       Apply a geothermal heating at ocean bottom   ln_trabbc     =  F
835       type of geothermal flux                      nn_geoflx     =            0
836       Constant geothermal flux value               rn_geoflx_cst =
837  8.640000000000000E-002
838 
839       *** no geothermal heat flux
840 
841 tra_dmp_init : T and S newtonian relaxation
842 ~~~~~~~
843    Namelist namtra_dmp : set relaxation parameters
844       Apply relaxation   or not       ln_tradmp =  F
845       mixed layer damping option      nn_zdmp   =            0
846       Damping file name               cn_resto  =
847 resto.nc                                                                       
848                                                                               
849                                           
850 
851 
852 tra_adv_init : choice/control of the tracer advection scheme
853 ~~~~~~~~~~~
854    Namelist namtra_adv : chose a advection scheme for tracers
855       2nd order advection scheme     ln_traadv_cen2    =  F
856       TVD advection scheme           ln_traadv_tvd     =  T
857       MUSCL  advection scheme        ln_traadv_muscl   =  F
858       MUSCL2 advection scheme        ln_traadv_muscl2  =  F
859       UBS    advection scheme        ln_traadv_ubs     =  F
860       QUICKEST advection scheme      ln_traadv_qck     =  F
861       upstream scheme within muscl   ln_traadv_msc_ups =  F
862       TVD advection scheme with zts  ln_traadv_tvd_zts =  F
863 
864          TVD       scheme is used
865 
866 tra_adv_mle_init : mixed layer eddy (MLE) advection acting on tracers
867 ~~~~~~~~~~~~~~~~
868    Namelist namtra_adv_mle : mixed layer eddy advection on tracers
869       use mixed layer eddy (MLE, i.e. Fox-Kemper param) (T/F)      ln_mle    =
870 T
871       MLE type: =0 standard Fox-Kemper ; =1 new formulation        nn_mle    =
872           1
873       magnitude of the MLE (typical value: 0.06 to 0.08)           rn_ce     =
874  6.000000000000000E-002
875       scale of ML front (ML radius of deformation) (rn_mle=0)      rn_lf     =
876   5000.00000000000      m
877       maximum time scale of MLE                    (rn_mle=0)      rn_time   =
878   172800.000000000      s
879       reference latitude (degrees) of MLE coef.    (rn_mle=1)      rn_lat    =
880   20.0000000000000      deg
881       space interp. of MLD at u-(v-)pts (0=min,1=averaged,2=max)   nn_mld_uv =
882           0
883       =1 no MLE in case of convection ; =0 always MLE              nn_conv   =
884           0
885       Density difference used to define ML for FK              rn_rho_c_mle  =
886  1.000000000000000E-002
887 
888    Mixed Layer Eddy induced transport added to tracer advection
889    New formulation
890 
891       ML buoyancy criteria =   9.558138401559454E-005  m/s2
892       associated ML density criteria defined in zdfmxl =
893  1.000000000000000E-002 kg/m3
894 
895 tra_ldf_init : lateral tracer diffusive operator
896 ~~~~~~~~~~~
897    Namelist namtra_ldf already read in ldftra module
898    see ldf_tra_init report for lateral mixing parameters
899 
900 
901           Rotated laplacian operator
902 
903 tra:ldf_ano : lateral diffusion acting on the full fields
904 ~~~~~~~~~~~
905 
906 tra_zdf_init : vertical tracer physics scheme
907 ~~~~~~~~~~~
908               Implicit (euler backward) scheme
909 
910 dyn_adv_init : choice/control of the momentum advection scheme
911 ~~~~~~~~~~~
912        Namelist namdyn_adv : chose a advection formulation & scheme for momentu
913 m
914           Vector/flux form (T/F)                           ln_dynadv_vec  =  T
915           = 0 standard scheme  ; =1 Hollingsworth scheme   nn_dynkeg      =
916           0
917           2nd order centred advection scheme               ln_dynadv_cen2 =  F
918           3rd order UBS advection scheme                   ln_dynadv_ubs  =  F
919           Sub timestepping of vertical advection           ln_dynzad_zts  =  F
920 
921          vector form : keg + zad + vor is used
922 with Centered standard keg scheme
923 
924 dyn_vor_init : vorticity term : read namelist and control the consistency
925 ~~~~~~~~~~~~
926         Namelist namdyn_vor : choice of the vorticity term scheme
927            energy    conserving scheme                ln_dynvor_ene =  T
928            enstrophy conserving scheme                ln_dynvor_ens =  F
929            mixed enstrophy/energy conserving scheme   ln_dynvor_mix =  F
930            enstrophy and energy conserving scheme     ln_dynvor_een =  F
931            enstrophy and energy conserving scheme (old) ln_dynvor_een_old=  F
932 
933          Vector form advection : vorticity = Coriolis + relative vorticity
934 
935          vorticity scheme : energy conserving scheme
936 
937 dyn_ldf_init : Choice of the lateral diffusive operator on dynamics
938 ~~~~~~~~~~~
939        Namelist nam_dynldf : set lateral mixing parameters (type, direction, co
940 efficients)
941           laplacian operator          ln_dynldf_lap   =  T
942           bilaplacian operator        ln_dynldf_bilap =  F
943           iso-level                   ln_dynldf_level =  F
944           horizontal (geopotential)   ln_dynldf_hor   =  T
945           iso-neutral                 ln_dynldf_iso   =  F
946 
947               laplacian operator
948 
949 dyn_hpg_init : hydrostatic pressure gradient initialisation
950 ~~~~~~~~~~~~
951    Namelist namdyn_hpg : choice of hpg scheme
952       z-coord. - full steps                             ln_hpg_zco    =  T
953       z-coord. - partial steps (interpolation)          ln_hpg_zps    =  F
954       s-coord. (standard jacobian formulation)          ln_hpg_sco    =  F
955       s-coord. (standard jacobian formulation) for isf  ln_hpg_isf    =  F
956       s-coord. (Density Jacobian: Cubic polynomial)     ln_hpg_djc    =  F
957       s-coord. (Pressure Jacobian: Cubic polynomial)    ln_hpg_prj    =  F
958       time stepping: centered (F) or semi-implicit (T)  ln_dynhpg_imp =  F
959 
960 dyn_zdf_init : vertical dynamics physics scheme
961 ~~~~~~~~~~~
962               Implicit (euler backward) scheme
963 
964 dyn_spg_init : choice of the surface pressure gradient scheme
965 ~~~~~~~~~~~
966      Explicit free surface                  lk_dynspg_exp =  F
967      Free surface with time splitting       lk_dynspg_ts  =  F
968      Filtered free surface cst volume       lk_dynspg_flt =  T
969 
970      filtered free surface
971      file   :
972 solver.stat                                                                   
973   open ok
974      unit   =           20
975      status = REPLACE
976      form   = FORMATTED
977      access = SEQUENTIAL
978 
979 
980 solver_init : solver to compute the surface pressure gradient
981 ~~~~~~~~~~~
982    Namelist namsol : set solver parameters
983       type of elliptic solver            nn_solv    =            2
984       absolute/relative (0/1) precision  nn_sol_arp =            0
985       minimum iterations for solver      nn_nmin    =          210
986       maximum iterations for solver      nn_nmax    =          800
987       frequency for test                 nn_nmod    =           10
988       absolute precision of solver       rn_eps     =   1.000000000000000E-006
989       absolute precision for SOR solver  rn_resmax  =   1.000000000000000E-010
990       optimal coefficient of sor         rn_sor     =    1.96000000000000     
991 
992    a successive-over-relaxation solver with extra outer halo is used
993    with jpr2di =           0  and  jpr2dj =           0
994 
995 icbini :   Namelist namberg ln_icebergs = F , NO icebergs used
996 ~~~~~~~~
997
998 ===>>> : W A R N I N G
999         ===============
1000
1001 W A R N I N G:  end of record or file while reading namelist namsto in configur
1002 ation namelist iostat =    -1
1003 
1004 sto_par_init : stochastic parameterization
1005 ~~~~~~~~~~~~
1006    Namelist namsto : stochastic parameterization
1007       restart stochastic parameters           ln_rststo     =  F
1008       read seed of RNG from restart file      ln_rstseed    =  T
1009       suffix of sto restart name (input)      cn_storst_in  =
1010 restart_sto                     
1011       suffix of sto restart name (output)     cn_storst_out =
1012 restart_sto                     
1013       stochastic equation of state            ln_sto_eos    =  F
1014       number of degrees of freedom            nn_sto_eos    =            1
1015       random walk horz. std (in grid points)  rn_eos_stdxy  =
1016   1.40000000000000     
1017       random walk vert. std (in grid points)  rn_eos_stdz   =
1018  0.700000000000000     
1019       random walk tcor (in timesteps)         rn_eos_tcor   =
1020   1440.00000000000     
1021       order of autoregressive  processes      nn_eos_ord    =            1
1022       passes of Laplacian filter              nn_eos_flt    =            0
1023       limitation factor                       rn_eos_lim    =
1024   2.00000000000000     
1025 
1026    stochastic parameterization :
1027 
1028 dia_ptr_init : poleward transport and msf initialization
1029 ~~~~~~~~~~~~
1030    Namelist namptr : set ptr parameters
1031       Poleward heat & salt transport (T) or not (F)      ln_diaptr  =  F
1032       Global (F) or glo/Atl/Pac/Ind/Indo-Pac basins      ln_subbas  =  F
1033 
1034 dia_hsb_init
1035 ~~~~~~~~
1036   check the heat and salt budgets (T) or not (F)       ln_diahsb =  F
1037 
1038  trd_init : Momentum/Tracers trends
1039  ~~~~~~~~~~
1040    Namelist namtrd : set trends parameters
1041       global domain averaged dyn & tra trends   ln_glo_trd  =  F
1042       U & V trends: 3D output                   ln_dyn_trd  =  F
1043       U & V trends: Mixed Layer averaged        ln_dyn_mxl  =  F
1044       T & S trends: 3D output                   ln_tra_trd  =  F
1045       T & S trends: Mixed Layer averaged        ln_tra_mxl  =  F
1046       Kinetic   Energy trends                   ln_KE_trd   =  F
1047       Potential Energy trends                   ln_PE_trd   =  F
1048       Barotropic vorticity trends               ln_vor_trd  =  F
1049       frequency of trends diagnostics (glo)     nn_trd      =          365
1050 Euler time step switch is            0
1051
1052AAAAAAAA
1053