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field_def_nemo-pisces.xml in NEMO/trunk/cfgs/SHARED – NEMO

source: NEMO/trunk/cfgs/SHARED/field_def_nemo-pisces.xml

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Various bug fixes and more comments in PISCES routines ; sette test OK in debug mode, nn_hls=1/2, with tiling ; run.stat unchanged ; of course tracer.stat different

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RevLine 
[14072]1<?xml version="1.0"?>
2<!-- $id$ -->
3
4<!--
[7443]5============================================================================================================
6=                                  definition of all existing variables                                    =
7=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
8============================================================================================================
[14072]9-->
10<field_definition level="1" prec="4" operation="average" enabled=".TRUE." default_value="1.e20" > <!-- time step automaticaly defined -->
[7443]11
[14072]12  <!--
13      ============================================================================================================
14      Biogeochemistry model variables
15      ============================================================================================================
16  -->
[7443]17
[14072]18  <!-- ptrc on T grid -->
[7443]19
[14072]20  <field_group id="ptrc_T" grid_ref="grid_T_3D">
21    <!-- PISCES standard : variables available with ln_p4z  -->
22    <field id="DIC"          long_name="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" />
23    <field id="DIC_e3t"      long_name="DIC * e3t"                                unit="mmol/m2" > DIC * e3t </field >
24    <field id="Alkalini"     long_name="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" />
25    <field id="Alkalini_e3t" long_name="Alkalini * e3t"                           unit="mmol/m2"  > Alkalini * e3t </field >
26    <field id="O2"           long_name="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" />
27    <field id="O2_e3t"       long_name="O2 * e3t"                                 unit="mmol/m2"  > O2 * e3t </field >
28    <field id="CaCO3"        long_name="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" />
29    <field id="CaCO3_e3t"    long_name="CaCO3 * e3t"                              unit="mmol/m2"  > CaCO3 * e3t </field >
30    <field id="PO4"          long_name="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" />
31    <field id="PO4_e3t"      long_name="PO4 * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PO4 * e3t </field >
32    <field id="POC"          long_name="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" />
33    <field id="POC_e3t"      long_name="POC * e3t"                                unit="mmol/m2"  > POC * e3t </field >
34    <field id="Si"           long_name="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" />
35    <field id="Si_e3t"       long_name="Si * e3t"                                 unit="mmol/m2"  > Si * e3t </field >
36    <field id="PHY"          long_name="(Nano)Phytoplankton Concentration"        unit="mmol/m3" />
37    <field id="PHY_e3t"      long_name="PHY * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PHY * e3t </field >
38    <field id="ZOO"          long_name="(Micro)Zooplankton Concentration"         unit="mmol/m3" />
39    <field id="ZOO_e3t"      long_name="ZOO2 * e3t"                               unit="mmol/m2"  > ZOO * e3t </field >
40    <field id="DOC"          long_name="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" />
41    <field id="DOC_e3t"      long_name="DOC * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DOC * e3t </field >
42    <field id="PHY2"         long_name="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" />
43    <field id="PHY2_e3t"     long_name="PHY2 * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PHY2 * e3t </field >
44    <field id="ZOO2"         long_name="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" />
45    <field id="ZOO2_e3t"     long_name="ZOO2 * e3t"                               unit="mmol/m2"  > ZOO2 * e3t </field >
46    <field id="DSi"          long_name="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" />
47    <field id="DSi_e3t"      long_name="Dsi * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DSi * e3t </field >
48    <field id="Fer"          long_name="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" />
49    <field id="Fer_e3t"      long_name="Fer * e3t"                                unit="mmol/m2"  > Fer * e3t </field >
50    <field id="BFe"          long_name="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" />
51    <field id="BFe_e3t"      long_name="BFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > BFe * e3t </field >
52    <field id="GOC"          long_name="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" />
53    <field id="GOC_e3t"      long_name="GOC * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GOC * e3t </field >
54    <field id="SFe"          long_name="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" />
55    <field id="SFe_e3t"      long_name="SFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > SFe * e3t </field >
56    <field id="DFe"          long_name="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" />
57    <field id="DFe_e3t"      long_name="DFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DFe * e3t </field >
58    <field id="GSi"          long_name="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" />
59    <field id="GSi_e3t"      long_name="GSi * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GSi * e3t </field >
60    <field id="NFe"          long_name="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" />
61    <field id="NFe_e3t"      long_name="NFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > NFe * e3t </field >
62    <field id="NCHL"         long_name="Nano chlorophyl Concentration"            unit="gChl/m3"   />
63    <field id="NCHL_e3t"     long_name="NCHL * e3t"                               unit="mmol/m2"  > NCHL * e3t </field >
64    <field id="DCHL"         long_name="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="gChl/m3"   />
65    <field id="DCHL_e3t"     long_name="DCHL * e3t"                               unit="mmol/m2"  > DCHL * e3t </field >
66    <field id="NO3"          long_name="Nitrate Concentration"                    unit="mmol/m3" />
67    <field id="NO3_e3t"      long_name="NO3 * e3t"                                unit="mmol/m2"  > NO3 * e3t </field >
68    <field id="NH4"          long_name="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" />
69    <field id="NH4_e3t"      long_name="NH4 * e3t"                                unit="mmol/m2"  > NH4 * e3t </field >
[7443]70
[14072]71    <!-- PISCES quota : variables available with ln_p5z  -->
[7443]72
[14072]73    <field id="DON"          long_name="Dissolved organic N Concentration"        unit="mmol/m3" />
74    <field id="DON_e3t"      long_name="DON * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DON * e3t </field >
75    <field id="DOP"          long_name="Dissolved organic P Concentration"        unit="mmol/m3" />
76    <field id="DOP_e3t"      long_name="DOP * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DOP * e3t </field >
77    <field id="PON"          long_name="Small PON Concentration"                  unit="mmol/m3" />
78    <field id="PON_e3t"      long_name="PON * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PON * e3t </field >
79    <field id="POP"          long_name="Small POP Concentration"                  unit="mmol/m3" />
80    <field id="POP_e3t"      long_name="POP * e3t"                                unit="mmol/m2"  > POP * e3t </field >
81    <field id="GON"          long_name="Big PON Concentration"                    unit="mmol/m3" />
82    <field id="GON_e3t"      long_name="GON * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GON * e3t </field >
83    <field id="GOP"          long_name="Big POP Concentration"                    unit="mmol/m3" />
84    <field id="GOP_e3t"      long_name="GOP * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GOP * e3t </field >
85    <field id="PHYN"         long_name="Nanophytoplankton N biomass"              unit="mmol/m3" />
86    <field id="PHYN_e3t"     long_name="PHYN * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PHYN * e3t </field >
87    <field id="PHYP"         long_name="Nanophytoplankton P biomass"              unit="mmol/m3" />
88    <field id="PHYP_e3t"     long_name="PHYP * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PHYP * e3t </field >
89    <field id="DIAN"         long_name="Diatoms N biomass"                        unit="mmol/m3" />
90    <field id="DIAN_e3t"     long_name="DIAN * e3t"                               unit="mmol/m2"  > DIAN * e3t </field >
91    <field id="DIAP"         long_name="Diatoms P biomass"                        unit="mmol/m3" />
92    <field id="DIAP_e3t"     long_name="DIAP * e3t"                               unit="mmol/m2"  > DIAP * e3t </field >
93    <field id="PIC"          long_name="Picophytoplankton C biomass"              unit="mmol/m3" />
94    <field id="PIC_e3t"      long_name="PIC * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PIC * e3t </field >
95    <field id="PICN"         long_name="Picophytoplankton N biomass"              unit="mmol/m3" />
96    <field id="PICN_e3t"     long_name="PICN * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PICN * e3t </field >
97    <field id="PICP"         long_name="Picophytoplankton P biomass"              unit="mmol/m3" />
98    <field id="PICP_e3t"     long_name="PICP * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PICP * e3t </field >
99    <field id="PFe"          long_name="Picophytoplankton Fe biomass"             unit="mmol/m3" />
100    <field id="PFe_e3t"      long_name="PFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PFe * e3t </field >
101    <field id="PCHL"         long_name="Picophytoplankton Chl biomass"            unit="gChl/m3" />
102    <field id="PCHL_e3t"     long_name="PCHL * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PCHL * e3t </field >
[7443]103
[14072]104    <!-- PISCES with ligand parametisation : variables available namelist paramter ln_ligand -->
105    <field id="LGW"         long_name="Weak ligands concentration"                unit="mmol/m3" />
106    <field id="LGW_e3t"     long_name="LGW * e3t"                                 unit="mmol/m2"  > LGW * e3t </field >
[7443]107
[14072]108    <!-- PISCES light : variables available with ln_p2z  -->
109    <field id="DET"         long_name="Detritus"                                 unit="mmol-N/m3" />
110    <field id="DET_e3t"     long_name="DET * e3t"                                unit="mmol-N/m2"  > DET * e3t </field >
111    <field id="DOM"         long_name="Dissolved Organic Matter"                 unit="mmol-N/m3" />
112    <field id="DOM_e3t"     long_name="DOM * e3t"                                unit="mmol-N/m2"  > DOM * e3t </field >
[7443]113
[14072]114  </field_group>
[7443]115
[14072]116  <!-- SEDIMENT variables on T sediment grid  -->
117  <field_group id="sed_T" grid_ref="grid_T_3DS">
118    <field id="SedDIC"          long_name="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" />
119    <field id="SedAlkalini"     long_name="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" />
120    <field id="SedO2"           long_name="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" />
121    <field id="SedCaCO3"        long_name="Calcite Concentration"                    unit="%" />
122    <field id="SedPOS"          long_name="Semi-ref POC Concentration"               unit="%" />
123    <field id="SedPOR"          long_name="Refractory POC Concentration"             unit="%" />
124    <field id="SedPO4"          long_name="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" />
125    <field id="SedPOC"          long_name="Labile POC Concentration"                 unit="%" />
126    <field id="SedSil"          long_name="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" />
127    <field id="SedFe2"          long_name="Fe2+ Concentration"                       unit="mmol/m3" />
128    <field id="SedBSi"          long_name="Biogenic Silicate Concentration"          unit="%" />
129    <field id="SedNO3"          long_name="Nitrate Concentration"                    unit="mmol/m3" />
130    <field id="SedNH4"          long_name="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" />
131    <field id="SedH2S"          long_name="H2S Concentration"                        unit="mmol/m3" />
132    <field id="SedSO4"          long_name="SO4 Concentration"                        unit="mmol/m3" />
133    <field id="SedClay"         long_name="Clay Concentration"                       unit="%" />
134    <field id="SedFeO"          long_name="Fe(OH)3 Concentration"                    unit="%" />
135    <field id="SedFeS"          long_name="FeS Concentration"                        unit="%" />
136    <field id="SedpH"           long_name="PH"                                       unit="1"          />
137    <field id="SedCO3por"       long_name="Bicarbonates"                             unit="mol/m3" />
[15459]138    <field id="Sedligand"       long_name="Ligands"                                  unit="mol/m3" />
139    <field id="SaturCO3"        long_name="CO3 Saturation"                           unit="-" />       
[14072]140  </field_group>
[10226]141
[14072]142  <!-- SEDIMENT additional variables on T sediment grid  -->
143  <field_group id="Diag_S" grid_ref="grid_T_2D">
[15459]144      <field id="FlxSi"       long_name="Si sediment flux"                        unit="mol/cm2/s"     />
145       <field id="FlxO2"       long_name="O2 sediment flux"                        unit="mol/cm2/s"     />
146       <field id="FlxDIC"      long_name="DIC sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     />
147       <field id="FlxNO3"      long_name="NO3 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     />
148       <field id="FlxPO4"      long_name="PO4 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     />
149       <field id="FlxAlkalini" long_name="Alkalinity sediment flux"                unit="mol/cm2/s"     />
150       <field id="FlxNH4"      long_name="Ammonium sediment flux"                  unit="mol/cm2/s"     />
151       <field id="FlxH2S"      long_name="H2S sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     />
152       <field id="FlxSO4"      long_name="SO4 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     />
153       <field id="FlxFe2"      long_name="Fe2+ sediment flux"                      unit="mol/cm2/s"     />
154       <field id="FlxLig"      long_name="Ligand sediment flux"                    unit="mol/cm2/s"     />
155       <field id="dzdep"       long_name="Sedimentation rate"                      unit="cm/s"     />
156       <field id="sflxclay"    long_name="Clay sedimentation rate"                 unit="g/cm2/s"     />
157       <field id="sflxbsi"     long_name="BSi sedimentation rate"                  unit="g/cm2/s"     />
158       <field id="sflxpoc"     long_name="POC sedimentation rate"                  unit="g/cm2/s"     />
159       <field id="sflxcal"     long_name="Calcite sedimentation rate"              unit="g/cm2/s"     />
160       <field id="sflxfeo"     long_name="Fe(OH)3 Sedimentation rate"              unit="mol/cm2/s"     />
161       <field id="FlxClay"     long_name="Clay burial rate"                        unit="g/cm2/s"     />
162       <field id="FlxCaCO3"    long_name="Calcite burial rate"                     unit="g/cm2/s"     />
163       <field id="FlxBSi"      long_name="BSi burial rate"                         unit="g/cm2/s"     />
164       <field id="FlxPOC"      long_name="POC burial rate"                         unit="g/cm2/s"     />
165       <field id="FlxFeO"      long_name="Fe(OH)3 burial rate"                     unit="g/cm2/s"     />
166       <field id="FlxFeS"      long_name="FeS burial rate"                         unit="g/cm2/s"     />
167       <field id="FlxPOR"      long_name="POR burial rate"                         unit="g/cm2/s"     />
168       <field id="FlxPOS"      long_name="POS burial rate"                         unit="g/cm2/s"     />
169       <field id="Flxtot"      long_name="total burial flux"                       unit="g/cm2/s"     />
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286    <field id="INTPPPHYN"   long_name="Vertically integrated primary production by nanophy" unit="mol/m2/s"  grid_ref="grid_T_vsum"  detect_missing_value="true" > PPPHYN * e3t </field >
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289    <field id="INTPP"       long_name="Vertically integrated primary production by phyto"   unit="mol/m2/s"  grid_ref="grid_T_vsum"  detect_missing_value="true" > TPP * e3t </field >
290    <field id="INTPNEW"     long_name="Vertically integrated new primary production"        unit="mol/m2/s"  grid_ref="grid_T_vsum"  detect_missing_value="true" > TPNEW * e3t </field >
291    <field id="INTPBFE"     long_name="Vertically integrated of biogenic iron production"   unit="mol/m2/s"  grid_ref="grid_T_vsum"  detect_missing_value="true" > TPBFE * e3t </field >
292    <field id="INTPBSI"     long_name="Vertically integrated of biogenic Si production"     unit="mol/m2/s"  grid_ref="grid_T_vsum"  detect_missing_value="true" > PBSi * e3t </field >
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[14072]294    <!-- PISCES light : variables available with key_pisces_reduced -->
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319    <!-- PISCES scalar  -->
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Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.