New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
namelist_pisces_ref in NEMO/trunk/cfgs/SHARED – NEMO

source: NEMO/trunk/cfgs/SHARED/namelist_pisces_ref @ 10227

Last change on this file since 10227 was 10227, checked in by aumont, 5 years ago

rename p4zice and p5zice to their orginal names p4zlim and p5zlim. Namelists files should be changed accordingly.
  • Property svn:mime-type set to text/x-fortran
File size: 32.3 KB
RevLine 
[3875]1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
[7646]2!! PISCES reference namelist
[3875]3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext)
4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio)
5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)   
6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort)
7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo)
8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem)
9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal)
10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed)
11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp)
[7646]12!-----------------------------------------------------------------------
13&nampismod     !  Model used
14!-----------------------------------------------------------------------
15  ln_p2z    = .false.        !  LOBSTER model used
16  ln_p4z    = .true.         !  PISCES model used
17  ln_p5z    = .false.        !  PISCES QUOTA model used
18  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands
[10226]19  ln_sediment = .false.      !  Enable sediment module
[7646]20/
21!-----------------------------------------------------------------------
[3875]22&nampisext     !   air-sea exchange
[7646]23!-----------------------------------------------------------------------
[3875]24   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F)
25   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F
26   clname     =  'atcco2.txt'  ! Name of atm pCO2 file - ln_co2int = T
27   nn_offset  =  0       ! Offset model-data start year - ln_co2int = T
28!                        ! If your model year is iyy, nn_offset=(years(1)-iyy)
29!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1)
30/
[7646]31!-----------------------------------------------------------------------
[3875]32&nampisatm     !  Atmospheric prrssure
[7646]33!-----------------------------------------------------------------------
[4329]34!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
35!              !              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
36   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1            , 'patm'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
[7646]37   sn_atmco2   = 'presatmco2' ,     -1            , 'xco2'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
[3875]38   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files
39!
[7646]40   ln_presatm    = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T)
41   ln_presatmco2 = .false.   ! Read spatialized atm co2 files [ppm] if TRUE
[3875]42/
[7646]43!-----------------------------------------------------------------------
[3875]44&nampisbio     !   biological parameters
[7646]45!-----------------------------------------------------------------------
[3875]46   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology
47   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed
48   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality
49   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton
[7646]50   wsbio2     =  50.      ! Big particles sinking speed
51   wsbio2max  =  50.      ! Big particles maximum sinking speed
[10075]52   wsbio2scale =  5000.    ! Big particles length scale of sinking
[3875]53   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC
[7646]54   niter2max  =  2        ! Maximum number of iterations for GOC
55!                         !  ln_ligand enabled
56   wfep       =  0.2      ! FeP sinking speed
57   ldocp      =  1.E-5    ! Phyto ligand production per unit doc
58   ldocz      =  1.E-5    ! Zoo ligand production per unit doc
59   lthet      =  0.5      ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake
60!                         !  ln_p5z enabled
61   no3rat3    =  0.182    ! N/C ratio in zooplankton
62   po4rat3    =  0.0094   ! P/C ratio in zooplankton
[3875]63/
[7646]64!-----------------------------------------------------------------------
[10227]65&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z
[7646]66!-----------------------------------------------------------------------
[3875]67   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
[5148]68   concdno3   =  3.E-6    ! Nitrate half saturation for diatoms
[3875]69   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
[4529]70   concdnh4   =  3.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms
71   concnfer   =  1.E-9    ! Iron half saturation for phyto
72   concdfer   =  3.E-9    ! Iron half saturation for diatoms
[5148]73   concbfe    =  1.E-11   ! Iron half-saturation for DOC remin.
74   concbnh4   =  2.E-8    ! NH4 half saturation for DOC remin.
75   concbno3   =  2.E-7    ! Nitrate half saturation for DOC remin.
[3875]76   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
77   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
78   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
79   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms
80   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
[5148]81   xksi2      =  20E-6    ! half saturation constant for Si/C
[3875]82   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
83   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto
84   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms
85   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio
[7646]86   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia
[3875]87/
[7646]88!-----------------------------------------------------------------------
[10227]89&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z
[7646]90!-----------------------------------------------------------------------
91   concnno3   =  3e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
92   concpno3   =  1e-6
93   concdno3   =  4E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms
94   concnnh4   =  1.5E-6   ! NH4 half saturation for phyto
95   concpnh4   =  4E-7
96   concdnh4   =  2E-6     ! NH4 half saturation for diatoms
97   concnpo4   =  3E-6     ! PO4 half saturation for phyto
98   concppo4   =  1.5E-6
99   concdpo4   =  4E-6     ! PO4 half saturation for diatoms
100   concnfer   =  3E-9   ! Iron half saturation for phyto
101   concpfer   =  1.5E-9
102   concdfer   =  4E-9   ! Iron half saturation for diatoms
103   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria
104   concbnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
105   concbno3   =  5.E-7    ! Phosphate half saturation for diatoms
106   concbpo4   =  1E-7     ! Phosphate half saturation for bacteria
107   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
108   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
109   xsizepic   =  1.E-6
110   xsizern    =  1.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
111   xsizerp    =  1.0
112   xsizerd    =  4.0      ! Size ratio for diatoms
113   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
114   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C
115   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
116   caco3r     =  0.35     ! mean rain ratio
117   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia
118/
119!-----------------------------------------------------------------------
[9356]120&namp5zquota   !   parameters for nutrient limitations PISCES quota    - ln_p5z
[7646]121!-----------------------------------------------------------------------
122   qfnopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of nanophyto
123   qfpopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of picophyto
124   qfdopt     =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms
125   qnnmin     =  0.29     ! Minimal N quota for nano
126   qnnmax     =  1.39     ! Maximal N quota for nano
127   qpnmin     =  0.28     ! Minimal P quota for nano
128   qpnmax     =  1.06     ! Maximal P quota for nano
129   qnpmin     =  0.42     ! Minimal N quota for pico
130   qnpmax     =  1.39     ! Maximal N quota for pico
131   qppmin     =  0.25     ! Minimal P quota for pico
132   qppmax     =  0.7      ! Maximal P quota for pico
133   qndmin     =  0.25     ! Minimal N quota for diatoms
134   qndmax     =  1.39     ! Maximal N quota for diatoms
135   qpdmin     =  0.29     ! Minimal P quota for diatoms
136   qpdmax     =  1.32     ! Maximal P quota for diatoms
137   qfnmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for nano
138   qfpmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for pico
139   qfdmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for diatoms
140/
141!-----------------------------------------------------------------------
[3875]142&nampisopt     !   parameters for optics
[7646]143!-----------------------------------------------------------------------
[4329]144!              !  file name       ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
145!              !                  !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
146   sn_par      = 'par.orca'       ,     24            , 'fr_par'  ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
[3875]147   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
148   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable
149   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR
150/ 
[7646]151!-----------------------------------------------------------------------
[9356]152&namp4zprod    !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std  - ln_p4z
[7646]153!-----------------------------------------------------------------------
154   pislopen   =  2.       ! P-I slope
155   pisloped   =  2.       ! P-I slope  for diatoms
[4529]156   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light
[7646]157   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
158   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
[3875]159   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)
[5148]160   bresp      =  0.033    ! Basal respiration rate
161   chlcnm     =  0.033    ! Maximum Chl/C in nanophytoplankton
162   chlcdm     =  0.05     ! Maximum Chl/C in diatoms
163   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton
[3875]164   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton
[5148]165   fecdm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in diatoms
[3875]166   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio
167/
[7646]168!-----------------------------------------------------------------------
[9356]169&namp5zprod    !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota- ln_p5z
[7646]170!-----------------------------------------------------------------------
171   pislopen   =  3.       ! P-I slope
172   pislopep   =  3.       ! P-I slope for picophytoplankton
173   pisloped   =  3.       ! P-I slope  for diatoms
174   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
175   excretp    =  0.05     ! excretion ratio of picophytoplankton
176   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
177   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light
178   bresp      =  0.02     ! Basal respiration rate
179   thetannm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in nanophytoplankton
180   thetanpm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in picophytoplankton
181   thetandm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in diatoms
182   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton
183   grosip     =  0.131    ! mean Si/C ratio
184/
185!-----------------------------------------------------------------------
[9356]186&namp4zmort    !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std   - ln_p4z
[7646]187!-----------------------------------------------------------------------
188   wchl       =  0.01     ! quadratic mortality of phytoplankton
[3875]189   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms
190   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms
191   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate
192   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
193/
[7646]194!-----------------------------------------------------------------------
[9356]195&namp5zmort    !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z
[7646]196!-----------------------------------------------------------------------
197   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of nanophytoplankton
198   wchlp      =  0.01     ! quadratic mortality of picophytoplankton
199   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms
200   wchldm     =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms
201   mpratn     =  0.01     ! nanophytoplankton mortality rate
202   mpratp     =  0.01     ! picophytoplankton mortality rate
203   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
204/
205!-----------------------------------------------------------------------
[9356]206&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std       - ln_p4z
[7646]207!-----------------------------------------------------------------------
[3875]208   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
209   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate
[4529]210   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
[3875]211   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate
[5148]212   xprefc     =  1.       ! mesozoo preference for diatoms
213   xprefp     =  0.3      ! mesozoo preference for nanophyto.
214   xprefz     =  1.       ! mesozoo preference for microzoo.
215   xprefpoc   =  0.3      ! mesozoo preference for poc
[3875]216   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
217   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
218   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
219   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
220   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing
[5148]221   xkgraz2    =  20.E-6   ! half saturation constant for meso grazing
[4529]222   epsher2    =  0.35     ! Efficicency of Mesozoo growth
223   sigma2     =  0.6      ! Fraction of mesozoo excretion as DOM
[3875]224   unass2     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by mesozoo
225   grazflux   =  2.e3     ! flux-feeding rate
226/
[7646]227!-----------------------------------------------------------------------
228&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton
229!-----------------------------------------------------------------------
230   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
231   grazrat2   =  0.85     ! maximal mesozoo grazing rate
232   bmetexc2   =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon
233   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
234   mzrat2     =  0.02     ! mesozooplankton mortality rate
235   xpref2d    =  1.       ! zoo preference for phyto
236   xpref2p    =  1.       ! zoo preference for POC
237   xpref2z    =  1.       ! zoo preference for zoo
238   xpref2m    =  0.2      ! meso preference for zoo
239   xpref2c    =  0.3      ! zoo preference for poc
240   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
241   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
242   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
243   xthresh2mes = 1E-8     ! meso feeding threshold for mesozooplankton
244   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
245   xthresh2    =  3E-7     ! Food threshold for grazing
246   xkgraz2     =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing
247   epsher2     =  0.5      ! Efficicency of Mesozoo growth
248   ssigma2     =  0.5     ! Fraction excreted as semi-labile DOM
249   srespir2    =  0.2     ! Active respiration
250   unass2c     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo
251   unass2n     =  0.3     ! non assimilated fraction of N by mesozoo
252   unass2p     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo
253   grazflux   =  3.e3     ! flux-feeding rate
254/
255!-----------------------------------------------------------------------
[9356]256&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std      - ln_p4z
[7646]257!-----------------------------------------------------------------------
258   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo guts
[3875]259   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate
[4529]260   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton
[3875]261   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate
262   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM
263   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto
264   xpref2d    =  0.5      ! Microzoo preference for Diatoms
265   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
266   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
267   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
268   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
269   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
[4529]270   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth
[3875]271   sigma1     =  0.6      ! Fraction of microzoo excretion as DOM
272   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo
273/
[7646]274!-----------------------------------------------------------------------
275&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton
276!-----------------------------------------------------------------------
277   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa
278   grazrat    =  2.75     ! maximal zoo grazing rate
279   bmetexc    =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon
280   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton
281   mzrat      =  0.005    ! zooplankton mortality rate
282   xprefc     =  0.1      ! Microzoo preference for POM
283   xprefn     =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto
284   xprefp     =  1.6      ! Microzoo preference for picophyto
285   xprefd     =  1.0      ! Microzoo preference for Diatoms
286   xprefz     =  0.3      ! Microzoo preference for microzooplankton
287   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
288   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
289   xthreshpic =  1.E-8
290   xthreshzoo =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
291   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
292   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
293   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
294   epsher     =  0.5      ! Efficiency of microzoo growth
295   ssigma     =  0.5      ! Fraction excreted as semi-labile DOM
296   srespir    =  0.2      ! Active respiration
297   unassc     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo
298   unassn     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo
299   unassp     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo
300/
301!-----------------------------------------------------------------------
[3875]302&nampisfer     !   parameters for iron chemistry
[7646]303!-----------------------------------------------------------------------
[3875]304   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F )
[4388]305   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration
[7646]306   ln_fecolloid = .false. ! variable colloidal fraction
307   xlam1        =  0.005  ! scavenging rate of Iron
308   xlamdust     =  150.0  ! Scavenging rate of dust
309   ligand       =  0.6E-9 ! Ligands concentration
310   kfep         =  0.     ! Nanoparticle formation rate constant
311/
312!----------------------------------------------------------------------- 
[3875]313&nampisrem     !   parameters for remineralization
[7646]314!-----------------------------------------------------------------------
[5148]315   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC
[3875]316   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate
317   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si
318   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si
319   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica
[7646]320   feratb    =  10.E-6    ! Fe/C quota in bacteria
321   xkferb    =  2.5E-10   ! Half-saturation constant for bacteria Fe/C
322!                         ! ln_p5z
323   xremikc   =  0.25      ! remineralization rate of DOC
324   xremikn   =  0.35      ! remineralization rate of DON
325   xremikp   =  0.4       ! remineralization rate of DOP
326!   feratb    =  20E-6     ! Bacterial Fe/C ratio
327!   xkferb    =  3E-10     ! Half-saturation constant for bact. Fe/C
[3875]328/
[7646]329!-----------------------------------------------------------------------
330&nampispoc     !   parameters for organic particles
331!-----------------------------------------------------------------------
332   xremip    =  0.035     ! remineralisation rate of PON
333   jcpoc     =  15        ! Number of lability classes
334   rshape    =  1.0       ! Shape of the gamma function
335!                         ! ln_p5z
336   xremipc   =  0.02      ! remineralisation rate of POC
337   xremipn   =  0.025     ! remineralisation rate of PON
338   xremipp   =  0.03      ! remineralisation rate of POP
339/
340!-----------------------------------------------------------------------
[3875]341&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry
[7646]342!-----------------------------------------------------------------------
[3875]343   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time)
344   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless)
345/
[7646]346!-----------------------------------------------------------------------
[3875]347&nampissbc     !   parameters for inputs deposition
[7646]348!-----------------------------------------------------------------------
[4329]349!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
350!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
351   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'        ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
352   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12            , 'solubility1' ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
353   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
354   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
355   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
356   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdon'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
357   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
358   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdop'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
359   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
360   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'        ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
361   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
[4529]362   sn_hydrofe  = 'hydrofe.orca'    ,    -12            , 'epsdb'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
[3875]363!
364   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
365   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere
366   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron
367   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients
368   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N
369   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments
370   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice
371   ln_hydrofe  =  .false.  ! boolean for from hydrothermal vents
[4529]372   sedfeinput  =  2.e-9    ! Coastal release of Iron
[10111]373   distcoast   =  5.e3     ! Distance off the coast for Iron from sediments
[4529]374   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dusta
375   mfrac       =  0.035    ! Fe mineral fraction of dust
[3875]376   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed
377   icefeinput  =  15.e-9   ! Iron concentration in sea ice
378   nitrfix     =  1.e-7    ! Nitrogen fixation rate
379   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2)
380   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron
[4529]381   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply
[7646]382!                          ! ln_ligand
383   fep_rats    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed sources
384   fep_rath    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed hydro sources
385   lgw_rath    =  0.5      ! Weak ligand ratio from sed hydro sources
[3875]386/
[7646]387!-----------------------------------------------------------------------
[9356]388&nampislig     !   Namelist parameters for ligands, nampislig
[7646]389!-----------------------------------------------------------------------
390   rfep        =  0.001    ! Dissolution rate of FeP
391   rlgw        =  1.       ! Lifetime (years) of weak ligands
392   rlig        =  1.E-4    ! Remin ligand production per unit C
393   prlgw       =  1.E-4    ! Photolysis of weak ligand
394   rlgs        =  1000.    ! Lifetime (years) of strong ligands
395/
396!-----------------------------------------------------------------------
[9356]397&nampisice     !   Prescribed sea ice tracers
[7646]398!-----------------------------------------------------------------------
[9356]399!========================================================================
400! constant ocean tracer concentrations are defined in trcice_pisces.F90
401!                               (Global, Arctic, Antarctic and Baltic)
402! trc_ice_ratio  : >=0 & <=1 => prescribed ice/ocean tracer concentration ratio
403!                :  = -1     => the ice-ocean tracer concentration ratio
404!                               follows the ice-ocean salinity ratio
405!                :  = -2     => tracer concentration in sea ice is prescribed
406!                               and trc_ice_prescr is used
407! trc_ice_prescr : prescribed tracer concentration. used only if
408!                  trc_ice_ratio = -2. equals -99 if not used.
409! cn_trc_o       :  = 'GL'   => use global ocean values making the Baltic
410!                               distinction only
411!                :  = 'AA'   => use specific Arctic/Antarctic/Baltic values
412!========================================================================
[5385]413!    sn_tri_ ! trc_ice_ratio ! trc_ice_prescr !     cn_trc_o
414   sn_tri_dic =           -1.,           -99.,          'AA'
415   sn_tri_doc =            0.,           -99.,          'AA'
416   sn_tri_tal =           -1.,           -99.,          'AA'
417   sn_tri_oxy =           -1.,           -99.,          'AA'
418   sn_tri_cal =            0.,           -99.,          'AA'
419   sn_tri_po4 =           -1.,           -99.,          'AA'
420   sn_tri_poc =            0.,           -99.,          'AA'
421   sn_tri_goc =            0.,           -99.,          'AA'
422   sn_tri_bfe =            0.,           -99.,          'AA'
423   sn_tri_num =            0.,           -99.,          'AA'
424   sn_tri_sil =           -1.,           -99.,          'AA'
425   sn_tri_dsi =            0.,           -99.,          'AA'
426   sn_tri_gsi =            0.,           -99.,          'AA'
427   sn_tri_phy =            0.,           -99.,          'AA'
428   sn_tri_dia =            0.,           -99.,          'AA'
429   sn_tri_zoo =            0.,           -99.,          'AA'
430   sn_tri_mes =            0.,           -99.,          'AA'
431   sn_tri_fer =           -2.,          15E-9,          'AA'
432   sn_tri_sfe =            0.,           -99.,          'AA'
433   sn_tri_dfe =            0.,           -99.,          'AA'
434   sn_tri_nfe =            0.,           -99.,          'AA'
435   sn_tri_nch =            0.,           -99.,          'AA'
436   sn_tri_dch =            0.,           -99.,          'AA'
437   sn_tri_no3 =           -1.,           -99.,          'AA'
438   sn_tri_nh4 =            1.,           -99.,          'AA'
439/
[7646]440!-----------------------------------------------------------------------
[9356]441&nampisdmp     !   Damping
[7646]442!-----------------------------------------------------------------------
[9356]443   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation for some tracers to a mean value
[3875]444   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation
445/
[7646]446!-----------------------------------------------------------------------
[9356]447&nampismass    !   Mass conservation
[7646]448!-----------------------------------------------------------------------
[3875]449   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation
450/
451!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
452!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists
453!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy)
454!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut)
455!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)   
456!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet)
457!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom)
458!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed)
459!!              7  - general coefficients                       (namlobrat)
460!!              8  - optical parameters                         (namlobopt)
461!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
[7646]462!-----------------------------------------------------------------------
[3875]463&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton
[7646]464!-----------------------------------------------------------------------
[3875]465   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]
466   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%]
467   fphylab =  0.75      ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation     
468   tmminp  =  5.8e-7    ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days]
469   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2]
470/
[7646]471!-----------------------------------------------------------------------
[3875]472&namlobnut     !   biological parameters for nutrients
[7646]473!-----------------------------------------------------------------------
[3875]474   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3]
475   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3]
476   taunn   =  5.80e-7   ! nitrification rate                           [s-1] 
477   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium
478/
[7646]479!-----------------------------------------------------------------------
[3875]480&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton
[7646]481!-----------------------------------------------------------------------
[3875]482   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%]
483   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]
484!                       ! 0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5
485   aks     = 1.         ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3]
486   rpnaz   = 0.3        ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%]
487   rdnaz   = 0.3        ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%]
488   tauzn   = 8.1e-7     ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days]
489   fzoolab = 0.5        ! NH4 fraction of zooplankton excretion
490   fdbod   = 0.5        ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus
491   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1]
492/
[7646]493!-----------------------------------------------------------------------
[3875]494&namlobdet     !   biological parameters for detritus
[7646]495!-----------------------------------------------------------------------
[3875]496   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days]
497   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution           
498/
[7646]499!-----------------------------------------------------------------------
[3875]500&namlobdom     !   biological parameters for DOM
[7646]501!-----------------------------------------------------------------------
[3875]502   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]
503!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month)
504/
[7646]505!-----------------------------------------------------------------------
[3875]506&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment
[7646]507!-----------------------------------------------------------------------
[3875]508   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1]
509   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments
510   vsed       = 3.47e-5    ! detritus sedimentation speed                   [m/s]
511   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile
512/
[7646]513!-----------------------------------------------------------------------
[3875]514&namlobrat     !   general coefficients
[7646]515!-----------------------------------------------------------------------
[3875]516   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1]
517   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto
518   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM
519/
[7646]520!-----------------------------------------------------------------------
[3875]521&namlobopt     !   optical parameters
[7646]522!-----------------------------------------------------------------------
[3875]523   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water
524   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water
525   xkgp   = 0.074      ! green absorption coefficient of chl
526   xkrp   = 0.037      ! red absorption coefficient of chl
527   xlg    = 0.674      ! green chl exposant for absorption
528   xlr    = 0.629      ! red chl exposant for absorption
529   rpig   = 0.7        ! chla/chla+pheo ratio
530/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.