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iodef.xml in branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00 – NEMO

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Line 
1<?xml version="1.0"?>
2<simulation> 
3 
4  <context id="nemo">
5
6    <!-- $id$ -->
7 
8    <!--
9============================================================================================================
10=                                  definition of all existing variables                                    =
11=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
12============================================================================================================
13    -->
14
15  <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined -->
16 
17      <!-- ptrc on T grid -->
18 
19     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">
20       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" />
21       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" />
22       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" />
23       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" />
24       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" />
25       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" />
26       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" />
27       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" />
28       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" />
29       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" />
30       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" />
31       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" />
32       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" />
33       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" />
34       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" />
35       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" />
36       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" />
37       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" />
38       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" />
39       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" />
40       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3"   />
41       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3"   />
42       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" />
43       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" />
44     </group>
45
46      <!-- diad on T grid : variables available with key_diatrc -->
47
48     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T">
49       <field id="PH"          description="PH"                                      unit="-"          axis_ref="deptht" />
50       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                            unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" />
51       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                          unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" />
52       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"  unit="W/m2"       axis_ref="deptht" />
53       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"         unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
54       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
55       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
56       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"       unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
57       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"        unit="molSi/m3/s" axis_ref="deptht" />
58       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"         unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" />
59       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"      unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" />
60       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                     unit="-"          axis_ref="deptht" />
61       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                      unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
62       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
63       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
64       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
65       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
66       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
67       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                       unit="molN/m3/s"  axis_ref="deptht" />
68       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                     unit="s-1"        axis_ref="deptht" />
69       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"      unit="s-1"        axis_ref="deptht" />
70       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" />
71       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"   unit="-"          axis_ref="deptht" />
72       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"     unit="-"          axis_ref="deptht" />
73       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" />
74       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" />
75       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"      unit="-"          axis_ref="deptht" />
76       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"        unit="-"          axis_ref="deptht" />
77       <field id="Fe2"         description="Iron II concentration"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" />
78       <field id="Fe3"         description="Iron III concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" />
79       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" />
80       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" />
81       <field id="FeP"         description="Precipitated Iron III"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" />
82       <field id="TL1"         description="Total L1 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" />
83       <field id="TL2"         description="Total L2 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" />
84       <field id="pdust"       description="dust concentration"                      unit="g/L"                          />
85       <field id="Totlig"      description="Total ligand concentation"               unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" />
86       <field id="Biron"       description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" />
87       <field id="Sdenit"      description="Nitrate reduction in the sediments"      unit="molN/m2/s"                    />
88       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="molFe/m2/s"                   />
89       <field id="HYDR"        description="Iron input from hydrothemal vents"       unit="molFe/m2/s"                   />
90       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"     unit="mol/m2/s"                     />
91       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"        unit="mol/m2/s"                     />
92       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"             unit="mol/m2/s"                     />
93       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     />
94       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                unit="mol/m2/s"                     />
95       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                             unit="mol/m2/s"                     />
96       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                            unit="mol/m2/s/uatm"                />
97       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                               unit="uatm"                         />
98       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                unit="uatm"                         />
99       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                    unit="m"                            />
100       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"               unit="mol/m2/s"                     />
101       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  />
102     </group>         
103
104      <!-- scalar -->
105     
106      <group id="scalar" axis_ref="none" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point" >
107      </group>
108
109  </field_definition>
110
111    <!--
112============================================================================================================
113=                                           output files definition                                        =
114=                                            Define your own files                                         =
115=                                         put the variables you want...                                    =
116============================================================================================================
117    -->
118
119  <file_definition output_level="10" enabled=".TRUE.">
120   
121      <group id="1d" output_freq="86400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1d files -->
122      </group>
123
124      <group id="5d" output_freq="432000" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 5d files -->
125      </group>
126 
127      <group id="1m" output_freq="-1"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real monthly files -->
128
129       <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" >
130          <field ref="DIC"      />
131          <field ref="Alkalini" />
132          <field ref="O2"       />
133          <field ref="CaCO3"    />
134          <field ref="PO4"      />
135          <field ref="POC"      />
136          <field ref="Si"       />
137          <field ref="PHY"      />
138          <field ref="ZOO"      />
139          <field ref="DOC"      />
140          <field ref="PHY2"     />
141          <field ref="ZOO2"     />
142          <field ref="DSi"      />
143          <field ref="Fer"      />
144          <field ref="BFe"      />
145          <field ref="GOC"      />
146          <field ref="SFe"      />
147          <field ref="DFe"      />
148          <field ref="GSi"      />
149          <field ref="NFe"      />
150          <field ref="NCHL"     />
151          <field ref="DCHL"     />
152          <field ref="NO3"      />
153          <field ref="NH4"      />
154       </file>
155
156       <file id="1m_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" >
157          <field ref="PH"       />
158          <field ref="CO3"      />
159          <field ref="CO3sat"   />
160          <field ref="PAR"   />
161          <field ref="PPPHY"    />
162          <field ref="PPPHY2"   />
163          <field ref="PPNEWN"   />
164          <field ref="PPNEWD"   />
165          <field ref="PBSi"     />
166          <field ref="PFeN"     />
167          <field ref="PFeD"     />
168          <field ref="xfracal"  />
169          <field ref="PCAL"     />
170          <field ref="DCAL"     />
171          <field ref="GRAZ1"     />
172          <field ref="GRAZ2"     />
173          <field ref="EPC100"   />
174          <field ref="EPFE100"  />
175          <field ref="EPSI100"  />
176          <field ref="EPCAL100" />
177          <field ref="Cflx"     />
178          <field ref="Oflx"     />
179          <field ref="Kg"       />
180          <field ref="Dpco2"    />
181          <field ref="Dpo2"     />
182          <field ref="Heup"     />
183          <field ref="Irondep"  />
184          <field ref="Ironsed"  />
185          <field ref="Ironice"  />
186          <field ref="Nfix"     />
187          <field ref="MuN"      />
188          <field ref="MuD"      />
189          <field ref="LNnut"      />
190          <field ref="LDnut"      />
191          <field ref="LNFe"      />
192          <field ref="LDFe"      />
193          <field ref="LNlight"      />
194          <field ref="LDlight"      />
195          <field ref="pdust"      />
196          <field ref="Fe2"      />
197          <field ref="Fe3"      />
198          <field ref="FeL1"      />
199          <field ref="FeL2"      />
200          <field ref="FeP"      />
201          <field ref="TL1"      />
202          <field ref="TL2"      />
203          <field ref="Sdenit"      />
204          <field ref="Totlig" />
205       </file>
206      </group>
207
208      <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files -->
209      </group>
210
211      <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files -->
212      </group>
213
214      <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files -->
215      </group>
216
217      <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files -->
218      </group>
219
220      <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files -->
221      </group>
222
223      <group id="2y"  output_freq="-24"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2y files -->
224      </group>
225
226      <group id="5y"  output_freq="-60"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 5y files -->
227      </group>
228
229      <group id="10y" output_freq="-120"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 10y files -->
230      </group>
231   
232  </file_definition>
233
234    <!--
235============================================================================================================
236=                                           grid definition                                                =
237=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
238============================================================================================================
239    -->
240
241  <axis_definition> 
242     <axis id="deptht" description="Vertical T levels" unit="m" positive=".false." />
243     <axis id="depthu" description="Vertical U levels" unit="m" positive=".false." />
244     <axis id="depthv" description="Vertical V levels" unit="m" positive=".false." />
245     <axis id="depthw" description="Vertical W levels" unit="m" positive=".false." />
246     <axis id="none" description="axe non defini" unit="none" size="1" />
247  </axis_definition> 
248
249  <grid_definition>
250    <grid id="grid_T" description="grid T" />
251    <grid id="grid_U" description="grid U" />
252    <grid id="grid_V" description="grid V" />
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Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.