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namelist_pisces in branches/2013/dev_r3940_CNRS4_IOCRS/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00 – NEMO

source: branches/2013/dev_r3940_CNRS4_IOCRS/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_pisces @ 4064

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branch dev_r3940_CNRS4_IOCRS: some improvments+ minor bug corrections

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Line 
1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
2!! PISCES  :    1  - air-sea exchange                         (nampisext)
3!! namelists    2  - biological parameters                    (nampisbio)
4!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)   
5!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort)
6!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo)
7!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem)
8!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal)
9!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed)
10!!              9  - parameters for Kriest parameterization   (nampiskrp, nampiskrs)
11!!              10 - additional 2D/3D  diagnostics            (nampisdia)
12!!              11 - Damping                                  (nampisdmp)
13!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
14!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
15&nampisext     !   air-sea exchange
16!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
17   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F)
18   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F
19   clname     =  'atcco2.txt'  ! Name of atm pCO2 file - ln_co2int = T
20   nn_offset  =  0       ! Offset model-data start year - ln_co2int = T
21!                        ! If your model year is iyy, nn_offset=(years(1)-iyy)
22!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1)
23/
24!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
25&nampisatm     !  Atmospheric prrssure
26!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
27!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation !
28!              !              !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  !
29   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1            , 'patm'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
30   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files
31!
32   ln_presatm  = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T)
33/
34!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
35&nampisbio     !   biological parameters
36!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
37   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology
38   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed
39   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality
40   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton
41   wsbio2     =  50.      ! Big particles sinking speed
42   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC
43   niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC
44/
45!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
46&nampislim     !   parameters for nutrient limitations
47!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
48   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
49   concdno3   =  3.E-6    ! Phosphate half saturation for diatoms
50   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
51   concdnh4   =  3.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms
52   concnfer   =  1.E-9    ! Iron half saturation for phyto
53   concdfer   =  3.E-9    ! Iron half saturation for diatoms
54   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria
55   concbnh4   =  2.5E-8   ! NH4 half saturation for phyto
56   concbno3   =  2.5E-7   ! Phosphate half saturation for diatoms
57   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
58   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
59   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
60   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms
61   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
62   xksi2      =  20E-6    ! half saturation constant for Si/C
63   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
64   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto
65   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms
66   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio
67/
68!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
69&nampisopt     !   parameters for optics
70!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
71!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation !
72!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  !
73   sn_par     = 'par.orca'       ,     24            , 'fr_par'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
74   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
75   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable
76   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR
77/
78!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
79&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth
80!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
81   pislope    =  2.       ! P-I slope
82   pislope2   =  2.       ! P-I slope  for diatoms
83   excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
84   excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
85   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)
86   bresp      =  0.0333   ! Basal respiration rate
87   chlcnm     =  0.033    ! Minimum Chl/C in nanophytoplankton
88   chlcdm     =  0.05     ! Minimum Chl/C in diatoms
89   chlcmin    =  0.004    ! Maximum Chl/c in phytoplankton
90   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton
91   fecdm      =  40E-6    ! Minimum Fe/C in diatoms
92   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio
93/
94!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
95&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks
96!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
97   wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton
98   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms
99   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms
100   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate
101   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
102/
103!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
104&nampismes     !   parameters for mesozooplankton
105!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
106   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
107   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate
108   resrat2    =  0.01     ! exsudation rate of mesozooplankton
109   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate
110   xprefc     =  1.       ! zoo preference for phyto
111   xprefp     =  0.3      ! zoo preference for POC
112   xprefz     =  1.       ! zoo preference for zoo
113   xprefpoc   =  0.3      ! zoo preference for poc
114   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
115   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
116   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
117   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
118   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing
119   xkgraz2    =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing
120   epsher2    =  0.4      ! Efficicency of Mesozoo growth
121   sigma2     =  0.6      ! Fraction of mesozoo excretion as DOM
122   unass2     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by mesozoo
123   grazflux   =  2.e3     ! flux-feeding rate
124/
125!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
126&nampiszoo     !   parameters for microzooplankton
127!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
128   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa
129   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate
130   resrat     =  0.05     ! exsudation rate of zooplankton
131   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate
132   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM
133   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto
134   xpref2d    =  0.5      ! Microzoo preference for Diatoms
135   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
136   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
137   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
138   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
139   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
140   epsher     =  0.4      ! Efficiency of microzoo growth
141   sigma1     =  0.6      ! Fraction of microzoo excretion as DOM
142   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo
143/
144!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
145&nampisfer     !   parameters for iron chemistry
146!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
147   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F )
148   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration
149   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron
150   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust
151   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration
152
153!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
154&nampisrem     !   parameters for remineralization
155!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
156   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC
157   xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC
158   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate
159   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si
160   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si
161   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica
162   oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia
163/
164!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
165&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry
166!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
167   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time)
168   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless)
169/
170!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
171&nampissbc     !   parameters for inputs deposition
172!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
173!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation !
174!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  !
175   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
176   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12            , 'solubility1' ,  .false.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
177   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
178   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
179   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
180   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdon' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
181   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
182   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdop' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
183   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
184   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'     ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
185   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
186   sn_hydrofe  = 'hydrofe'         ,    -12            , 'epsdb'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
187!
188   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
189   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere
190   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron
191   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients
192   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N
193   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments
194   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice
195   ln_hydrofe  =  .false.  ! boolean for from hydrothermal vents
196   sedfeinput  =  1.e-9    ! Coastal release of Iron
197   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dust
198   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed
199   icefeinput  =  15.e-9   ! Iron concentration in sea ice
200   nitrfix     =  1.e-7    ! Nitrogen fixation rate
201   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2)
202   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron
203   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply
204/
205!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
206&nampiskrp     !   Kriest parameterization : parameters     "key_kriest"
207!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
208   xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent
209   xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent
210   xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor
211   xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates
212   xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates
213/
214!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
215&nampiskrs     !   Kriest parameterization : size classes  "key_kriest"
216!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
217   xkr_sfact    = 942.    ! Sinking factor
218   xkr_stick    = 0.5     ! Stickiness
219   xkr_nnano    = 2.337   ! Nbr of cell in nano size class
220   xkr_ndiat    = 3.718   ! Nbr of cell in diatoms size class
221   xkr_nmeso    = 7.147   ! Nbr of cell in mesozoo size class
222   xkr_naggr    = 9.877   ! Nbr of cell in aggregates  size class
223/
224!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
225&nampisdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics
226!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
227!              !    name   !           title of the field          !     units      !
228!              !           !                                       !                ! 
229   pisdia2d(1)  = 'Cflx     ' , 'DIC flux                          ',  'molC/m2/s    '
230   pisdia2d(2)  = 'Oflx     ' , 'Oxygen flux                       ',  'molC/m2/s    '
231   pisdia2d(3)  = 'Kg       ' , 'Gas transfer                      ',  'mol/m2/s/uatm'
232   pisdia2d(4)  = 'Delc     ' , 'Delta CO2                         ',  'uatm         '
233   pisdia2d(5)  = 'PMO      ' , 'POC export                        ',  'molC/m2/s    '
234   pisdia2d(6)  = 'PMO2     ' , 'GOC export                        ',  'molC/m2/s    '
235   pisdia2d(7)  = 'ExpFe1   ' , 'Nano iron export                  ',  'molFe/m2/s   '
236   pisdia2d(8)  = 'ExpFe2   ' , 'Diatoms iron export               ',  'molFe/m2/s   '
237   pisdia2d(9)  = 'ExpSi    ' , 'Silicate export                   ',  'molSi/m2/s   '
238   pisdia2d(10) = 'ExpCaCO3 ' , 'Calcite export                    ',  'molC/m2/s    '
239   pisdia2d(11) = 'heup     ' , 'euphotic layer depth              ',  'm            '
240   pisdia2d(12) = 'Fedep    ' , 'Iron dep                          ',  'molFe/m2/s   '
241   pisdia2d(13) = 'Nfix     ' , 'Nitrogen Fixation                 ',  'molN/m2/s    '
242   pisdia3d(1)  = 'PH       ' , 'PH                                ',  '-            '
243   pisdia3d(2)  = 'CO3      ' , 'Bicarbonates                      ',  'mol/l        '
244   pisdia3d(3)  = 'CO3sat   ' , 'CO3 saturation                    ',  'mol/l        '
245   pisdia3d(4)  = 'PAR      ' , 'light penetration                 ',  'W/m2         '
246   pisdia3d(5)  = 'PPPHY    ' , 'Primary production of nanophyto   ',  'molC/m3/s    '
247   pisdia3d(6)  = 'PPPHY2   ' , 'Primary production of diatoms     ',  'molC/m3/s    '
248   pisdia3d(7)  = 'PPNEWN   ' , 'New Primary production of nano    ',  'molC/m3/s    '
249   pisdia3d(8)  = 'PPNEWD   ' , 'New Primary production of diat    ',  'molC/m3/s    '
250   pisdia3d(9)  = 'PBSi     ' , 'Primary production of Si diatoms  ',  'molSi/m3/s   '
251   pisdia3d(10) = 'PFeN     ' , 'Primary production of nano iron   ',  'molFe/m3/s   '
252   pisdia3d(11) = 'PFeD     ' , 'Primary production of diatoms iron',  'molFe/m3/s   '
253/
254!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
255&nampisdmp     !  Damping
256!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
257   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation fo some tracers to a mean value
258   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation
259/
260!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
261&nampismass     !  Mass conservation
262!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
263   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation
264/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.